تسرد هذه الورقة الخطوات المطلوبة لزرع خطوط خلايا الورم الأرومي العصبي على سقالات ثلاثية الأبعاد قائمة على الكولاجين الموصوفة سابقا ، والحفاظ على نمو الخلايا لإطار زمني محدد مسبقا ، واسترداد السقالات للعديد من نمو الخلايا وتحليلات سلوك الخلية والتطبيقات النهائية ، قابلة للتكيف لتلبية مجموعة من الأهداف التجريبية.
الورم الأرومي العصبي هو الورم الصلب خارج الجمجمة الأكثر شيوعا لدى الأطفال، وهو ما يمثل 15٪ من إجمالي وفيات سرطان الأطفال. نسيج الورم الأصلي عبارة عن بيئة مجهرية معقدة ثلاثية الأبعاد (3D) تتضمن طبقات من الخلايا السرطانية وغير السرطانية محاطة بمصفوفة خارج الخلية (ECM). يوفر ECM الدعم المادي والبيولوجي ويساهم في تطور المرض وتشخيص المريض والاستجابة العلاجية.
تصف هذه الورقة بروتوكولا لتجميع نظام قائم على سقالة 3D لتقليد البيئة المكروية للورم الأرومي العصبي باستخدام خطوط خلايا الورم الأرومي العصبي والسقالات القائمة على الكولاجين. تستكمل السقالات إما بهيدروكسيباتيت نانو هيدروكسيباتيت (nHA) أو جليكوزامينوجليكان (GAGs) ، يوجد بشكل طبيعي بتركيزات عالية في العظام ونخاع العظام ، وهي أكثر المواقع النقيلية شيوعا للورم الأرومي العصبي. يسمح الهيكل المسامي 3D لهذه السقالات بربط خلايا الورم الأرومي العصبي والانتشار والهجرة وتشكيل مجموعات الخلايا. في هذه المصفوفة 3D ، تكون استجابة الخلية للعلاجات أكثر انعكاسا للوضع في الجسم الحي .
يمكن لنظام الاستزراع القائم على السقالات الحفاظ على كثافة خلايا أعلى من ثقافة الخلايا التقليدية ثنائية الأبعاد (2D). لذلك ، تعتمد بروتوكولات التحسين لأرقام خلايا البذر الأولية على الأطر الزمنية التجريبية المطلوبة. تتم مراقبة النموذج من خلال تقييم نمو الخلايا عن طريق تحديد كمية الحمض النووي ، وصلاحية الخلية عن طريق المقايسات الأيضية ، وتوزيع الخلايا داخل السقالات عن طريق التلوين النسيجي.
تشمل تطبيقات هذا النموذج تقييم ملامح التعبير الجيني والبروتيني بالإضافة إلى اختبار السمية الخلوية باستخدام الأدوية التقليدية و miRNAs. يسمح نظام الثقافة 3D بالتلاعب الدقيق بمكونات الخلية و ECM ، مما يخلق بيئة أكثر تشابها من الناحية الفسيولوجية مع أنسجة الورم الأصلية. لذلك ، فإن هذا النموذج 3D في المختبر سيعزز فهم التسبب في المرض ويحسن العلاقة بين النتائج التي تم الحصول عليها في المختبر ، في الجسم الحي في النماذج الحيوانية ، والموضوعات البشرية.
الورم الأرومي العصبي هو سرطان يصيب الأطفال في الجهاز العصبي الودي ينشأ أثناء التطور الجنيني أو الحياة المبكرة بعد الولادة بسبب تحول خلايا القمة العصبية1. إنه الورم الصلب خارج الجمجمة الأكثر شيوعا عند الأطفال ، ويمثل 8٪ من الأورام الخبيثة التي تم تشخيصها في المرضى الذين تقل أعمارهم عن 15 عاما وهو مسؤول عن 15٪ من جميع وفيات سرطان الأطفال. يظهر المرض سلوكيات سريرية غير متجانسة للغاية بسبب تغيرات كروموسومية وجينية وجينية محددة ، وميزات علم التشريح المرضي.
تساهم هذه التعديلات في عدوانية الورم الأرومي العصبي والنتائج السيئة لدى مرضى الأطفال. وبالتالي ، أثبتت العلاجات الحالية عدم فعاليتها على المدى الطويل لما يقرب من 80 ٪ من المرضى الذين يعانون من المرض العدواني سريريا2 ، مما يسلط الضوء على حقيقة أن العلاج لهذه المجموعة من المرضى لا يزال يمثل تحديا. من المحتمل أن يكون هذا بسبب آليات عدم تجانس الورم الأرومي العصبي والنقائل التي لا تزال غير مفهومة تماما. ومع ذلك ، يعتقد الآن على نطاق واسع أن البيئة المكروية للورم (TME) تلعب دورا في تطور العديد من أنواع السرطان. ومع ذلك ، فإنه لا يزال غير مدروس في الورم الأرومي العصبي 3,4.
TME الأصلي هو بيئة دقيقة 3D معقدة تنطوي على خلايا سرطانية وغير سرطانية محاطة ب ECM. يشير ECM إلى المكون اللاخلوي للنسيج الذي يوفر الدعم الهيكلي والكيميائي الحيوي لسكانه الخلويين ويساهم في تطور المرض وتشخيص المريض والاستجابة العلاجية5. يرجع هذا الترويج لتطور المرض إلى “المعاملة بالمثل الديناميكية” أو الاتصال ثنائي الاتجاه المستمر بين الخلايا و ECM6،7،8. مع تقدم السرطان ، يتم إعادة تنظيم الكولاجين اللحمي في كثير من الأحيان في أنماط خطية عمودية على واجهة سرطان السدى ، والتي تستخدمها الخلايا السرطانية كطريق مهاجر إلى ورم خبيث9،10،11.
تشمل المكونات الرئيسية لهذه السقالة البيولوجية الوظيفية الأصلية شبكة ليفية من الكولاجين من النوع الأول والثاني وبروتينات أخرى ، بما في ذلك الإيلاستين والبروتينات السكرية مثل اللامينين ، بالإضافة إلى مجموعة من البروتيوغليكان والمكونات الأخرى القابلة للذوبان12,13. أصبحت هذه البروتينات من ECM الأصلية الآن جزيئات حيوية طبيعية جذابة لتطوير نماذج ثلاثية الأبعاد في المختبر 3. يزداد تطبيق سقالات 3D لثقافة الخلايا في المختبر بسبب تمثيلها الفسيولوجي الأكبر ل TME مقارنة بثقافة 2D أحادية الطبقة التقليدية. تساعد سقالات 3D المصنعة على ربط الخلايا ، والانتشار ، والهجرة ، والتمثيل الغذائي ، والاستجابة للمنبهات التي تظهر في الأنظمة البيولوجية في الجسم الحي.
المكون الرئيسي لهذه السقالات 3D هو الكولاجين ، وهو لاعب رئيسي في العديد من العمليات البيولوجية الطبيعية بما في ذلك إصلاح الأنسجة ، وتكوين الأوعية ، وتشكل الأنسجة ، والتصاق الخلايا ، والهجرة11. أظهرت مصفوفات 3D القائمة على الكولاجين وظائفها القوية لنمذجة ECM ، حيث تعمل كبيئة دقيقة للمحاكاة الحيوية في المختبر مع تمكين تفاعلات الخلايا ECM بالإضافة إلى هجرة الخلايا وغزوها. توفر هذه المصفوفات ثلاثية الأبعاد أيضا تحليلا أكثر دقة لاستجابة الخلايا لأدوية العلاج الكيميائي من الثقافة التقليدية ثنائية الأبعاد أو “المسطحة” في العديد من نماذج السرطان 14،15،16 ، بما في ذلك الورم الأرومي العصبي17،18. أبلغ التحليل الجيني لثقافات الخلايا ثلاثية الأبعاد عن ارتباط أعلى مع ملف الأنسجة البشرية حتى عند مقارنته بالنماذج الحيوانية19. بشكل عام ، فإن حجر الزاوية في هذه السقالات ثلاثية الأبعاد هو توفير خلايا مناسبة في بيئة المختبر ، والتي تلخص بنية الأنسجة الأصلية وتسهل الحديث المتبادل الجزيئيثنائي الاتجاه 8.
لزيادة تعقيد النماذج القائمة على الكولاجين ، يتم دمج مكونات ECM الشائعة الأخرى في عملية هندسة الأنسجة ، وبالتالي إنشاء نماذج أكثر صلة من الناحية الفسيولوجية لتعكس TMEs المتخصصة للأنسجة المختلفة. على سبيل المثال ، GAGs ، السكريات سالبة الشحنة الموجودة في جميع أنسجة الثدييات20 ، تسهل ارتباط الخلايا والهجرة والانتشار والتمايز. كبريتات شوندروتن هي نوع معين من GAG الموجود في العظام والغضاريف ، والذي تم استخدامه سابقا في تطبيقات هندسة الأنسجة لإصلاح العظام21،22،23،24،25. نانو هيدروكسيباتيت (nHA) هو المكون غير العضوي الرئيسي للتكوين المعدني لأنسجة العظام البشرية ، ويشكل ما يصل إلى 65٪ من العظام بالوزن26 ، وبالتالي يستخدم على نطاق واسع لاستبدال العظام وتجديدها27. وبالتالي ، فإن GAGs و nHA هي مركبات جذابة لإعادة بناء الورم الأرومي العصبي الأولي ECM ونمذجة المواقع النقيلية الأكثر شيوعا للورم الأرومي العصبي ونخاع العظام (70.5٪) والعظام (55.7٪) 28.
تم تطوير السقالات التي تتضمن مكونات ECM هذه في الأصل لتطبيقات هندسة أنسجة العظام مع تحليل مكثف للتوافق الحيوي والسمية والسمات الموصلة للعظام والحثالعظمي 29,30. إنها مصفوفات مسامية قائمة على الكولاجين يتم إنتاجها باستخدام تقنيات التجفيف بالتجميد للتحكم في خصائصها الفيزيائية والبيولوجية. أظهرت سقالات الكولاجين المكملة إما ب nHA (Coll-I-nHA) أو شوندروتن-6-كبريتات (Coll-I-GAG) نجاحا في محاكاة TME الأساسي في سرطان الثدي31 وورم خبيث للعظام في سرطان البروستاتا15 وكذلك الورم الأرومي العصبي17. تنتج تقنية التجفيف بالتجميد المستخدمة في تصنيع هذه السقالات المركبة تجانسا قابلا للتكرار في حجم المسام والمسامية داخل السقالات22،23،24. باختصار ، يتم تصنيع ملاط الكولاجين (0.5 بالوزن٪) عن طريق مزج الكولاجين الليفي مع 0.05 M حمض الأسيتيك. بالنسبة ل Coll-I-GAG ، تتم إضافة 0.05٪ بالوزن من كروندويتين-6-سلفات المعزولة من غضروف سمك القرش إلى ملاط الكولاجين أثناء المزج. بالنسبة لسقالات Coll-I-nHA المركبة ، يتم تصنيع جزيئات هيدروكسيباتيت بحجم النانو كما هو موضح سابقا27 وتضاف إلى ملاط الكولاجين بنسبة 2: 1 إلى وزن الكولاجين أثناء عملية المزج. يتم ربط جميع السقالات وتعقيمها جسديا باستخدام المعالجة الحرارية المائية عند 105 درجة مئوية لمدة 24 ساعة25. يتم الحصول على سقالات أسطوانية (قطرها 6 مم ، ارتفاع 4 مم) باستخدام لكمة خزعة ويمكن ربطها كيميائيا مع 3 mM N- (3-dimethylaminopropyl) -N’-ethylcarbodiimide hydrochloride و 5.5 mM N-hydroxysuccinimide (EDAC / NHS) في الماء المقطر (dH2O) لتحسين الخواص الميكانيكية للتركيبات30. تخلق عملية التصنيع المحسنة جيدا لسقالتين من الكولاجين سقالات ذات خصائص ميكانيكية قابلة للتكرار ، بما في ذلك حجم المسام والمسامية والصلابة (كيلو باسكال). تتميز كل من سقالات Coll-I-GAG و Coll-I-nHA بخصائص فيزيائية مختلفة ، مما يخلق ظروفا بيئية مختلفة. يتم عرض خصائص كل سقالة في الجدول 1.
كول آي جاج | كول-I-nHA | |
حجم سقالة (القطر [مم] × الارتفاع [مم]) |
6 س 4 17 | 6 س 4 17 |
تركيز الكولاجين (بالوزن٪) | 0.5 17 | 0.5 17 |
تركيز الركيزة (بالوزن٪) [على أساس وزن الكولاجين] |
0.05 15,17 | 200 17 |
متوسط حجم المسام (مم) | 96 22 | 96 – 120 29 |
المسامية (٪) | 99.5 23 | 98.9 – 99.4 27 |
صلابة (كيلو باسكال) | 1.5 27 | 5.5 – 8.63 29 |
الجدول 1: نظرة عامة على الخواص الميكانيكية للسقالتين المعتمدتين لدراسة بيولوجيا الورم الأرومي العصبي.
تصف هذه الورقة بروتوكولا لتجميع نظام قائم على سقالة 3D لمحاكاة البيئة المكروية للورم الأرومي العصبي بشكل أفضل باستخدام خطوط خلايا الورم الأرومي العصبي والسقالات القائمة على الكولاجين الموصوفة سابقا والتي تستكمل إما ب nHA (Coll-I-nHA) أو شوندروتن-6-كبريتات (Coll-I-GAG). يتضمن البروتوكول طرقا نهائية لتحليل آليات نمو خلايا الورم الأرومي العصبي في بيئة أكثر صلة من الناحية الفسيولوجية باستخدام طرق غير مكلفة محسنة مسبقا مقتبسة من ثقافة أحادية الطبقة 2D الشكل 1.
الشكل 1: سير عمل البروتوكول بشكل عام. (أ) تنمو الخلايا إلى أعداد كافية، وتنقسم وتعد، ويعاد تعليقها في حجم مناسب من الوسط. (ب) يخضع مخزون الخلية هذا بعد ذلك للتخفيف المتسلسل لتحضير إجمالي 4 معلقات خلوية بكثافات مختلفة. (ج) يتم طلاء السقالات القائمة على الكولاجين بشكل معقم في ألواح غير ملتصقة من 24 بئرا ، و (د) يضاف 20 ميكرولتر من معلق الخلية إلى مركز كل سقالة ويترك لاحتضانه عند 37 درجة مئوية ، و 5٪ CO2 ، و 95٪ رطوبة لمدة 3-5 ساعات. (ه) ثم يضاف وسط النمو الكامل (1 مل) ببطء إلى كل سقالة ، وتوضع الألواح مرة أخرى في الحاضنة للسماح بنمو الخلايا للإطار الزمني المطلوب. (F) في كل نقطة زمنية محددة مسبقا ، يتم استرداد العديد من السقالات لتقييم صلاحية الخلية ونموها ، وتحليل التعبير الجيني ، والتلطيخ النسيجي. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
لقد ثبت أن نموذج خلية سرطان السقالة ثلاثية الأبعاد أداة قيمة ومتعددة الاستخدامات لاكتساب نظرة ثاقبة ميكانيكية لنمو خلايا الورم الأرومي العصبي ، وقدرتها على البقاء ، وتسلل الخلايا في TME32 المبسط. يحاكي نموذج الورم الأرومي العصبي 3D الموصوف هنا الحد الأدنى من TME ويوفر بيانات ذات صلة من الناحية الفسيولوجية أكثر من ثقافة أحادية الطبقة 2D. عيب رئيسي في ثقافة الخلايا 3D هو زيادة التعقيد التجريبي والأطر الزمنية الأطول. الموصوف هنا هو بروتوكول محسن لبذر ونمو وصيانة خلايا الورم الأرومي العصبي على السقالات القائمة على الكولاجين تليها تحليلات وتطبيقات المصب ، مما يؤدي إلى توصيف قوي لنمو الخلايا. كنا نهدف إلى اكتساب نظرة ثاقبة حول كثافة بذر الخلايا المثلى للسقالات لخلق بيئة يمكن التنبؤ بها ويمكن التحكم فيها لتقييم العلاجات الدوائية المضادة للسرطان في نافذة تجريبية سريعة مدتها 14 يوما. يوفر الجمع بين كل هذه البروتوكولات البسيطة الموصوفة تقييما شاملا لنمو خلايا الورم الأرومي العصبي في نظام الزراعة في المختبر القائم على السقالة.
تم التأكيد على النقاط الحرجة في إعداد البروتوكول للسماح للعلماء بتأسيسها في مختبراتهم بسرعة. على سبيل المثال ، تسمح أوقات الحضانة المشار إليها للحصول على أداء أفضل لمقايسة صلاحية الخلية اللونية باختراق أعمق للكاشف في مسام السقالة للوصول إلى جميع الخلايا. علاوة على ذلك ، فإن تقنية تلطيخ dsDNA الفلورية قوية ومباشرة. ومع ذلك ، فإن إطلاق الحمض النووي من السقالات يتطلب تحللا قويا للخلايا لأن الخلايا “محاصرة” داخل ألياف الكولاجين.
باستخدام مقايسة قياس كمية الحمض النووي البسيطة الموصوفة ، يمكننا تحديد مرحلة نمو السجل على السقالات القائمة على الكولاجين لفحص الأدوية المضادة للسرطان باستخدام هذا النموذج. في الإعداد التجريبي الموصوف ، تم استخدام 4 كثافات أولية لبذر الخلايا مع فترة إجمالية مدتها 14 يوما ونقاط زمنية للتحليل في الأيام 1 و 7 و 14. حددنا أن خلايا KellyLuc المصنفة في 4 × 105 خلايا / سقالة لديها نافذة الانتشار الأكثر نشاطا بين اليومين 7 و 14. ستسمح بيانات نمو مرحلة السجل هذه بتفسير موثوق لمختلف تجارب السمية الخلوية للخلايا. إنه يزيل التكهنات حول أي انخفاض في النمو أو موت الخلايا الناتج عن النمو المكبوت على منصة 3D المسامية بدلا من سمية الأدوية. تعد صلاحية الخلية أيضا تقييما مستخدما على نطاق واسع لمدى ملاءمة منصات 3D لدعم نمو أنواع الخلايا المختلفة33,34. في حين أن هناك العديد من المقايسات لقياس صلاحية الخلية ، بما في ذلك التلوين الحي / الميت ، وقياس ATP ، ومقايسات الانتشار ، وجدنا أن استخدام مقايسة بقاء الخلية اللونية Alamar Blue هو تقنية بسيطة وفعالة لدعم بيانات قياس كمية الحمض النووي.
قدم الاستخدام المشترك لقياس كمية الحمض النووي وصلاحية الخلية دليلا تكميليا على أن الكثافة المثلى لخلايا البذور على السقالة لتحقيق نمو مستمر على مدى فترة 14 يوما هي 2-4 × 105 خلايا / سقالة. ومع ذلك ، يمكن بسهولة تكييف هذا البروتوكول لتلبية الأطر الزمنية التجريبية المختلفة والنقاط الزمنية للتحليل والتطبيقات النهائية. على الرغم من أن هذا البروتوكول يصف تقييم نمو الخلايا أحادية الزراعة لخلايا الورم الأرومي العصبي على السقالات ، إلا أن السقالات قابلة للتعديل بسهولة لاستخدامها كمنصة للثقافة المشتركة ، كما وصفها دو أمارال وآخرون ، الذين استخدموا سقالات الكولاجين GAG للمشاركة في زراعة الخلايا الكيراتينية والخلايا الليفية في التحقيق في التئام الجروح35.
يتيح نموذج 3D الموصوف تصور نمو الخلايا وتسللها باستخدام تقنيات مختلفة معروفة ، مثل التألق المناعي و H&E القياسي. من المهم تصور الخلايا جنبا إلى جنب مع توصيف النمو باستخدام المقايسات الكيميائية الحيوية بسبب تنوع مورفولوجيا الخلية وأنماط النمو على السقالات. يمكن أن يؤدي فهم نمط النمو إلى رؤى حول سلوك النمو والاستجابة المستقبلية للأدوية المضادة للسرطان. على سبيل المثال ، ينتج عن نمو IMR32 باستخدام القياس الكمي للحمض النووي أنماطا مماثلة لكيلي ، على الرغم من أنه عند التصور باستخدام H&E ، ينمو IMR32 في مجموعات أكبر من كيلي ، والتي أظهرت نموا أكثر تشتتا (الشكل 9). تعكس أنماط النمو المتنوعة لخطوط الخلايا في السقالات السيناريو السريري لعدم تجانس الورم. إن فحص الاستجابة للأدوية المضادة للسرطان باستخدام لوحة من خطوط الخلايا ذات الأشكال المختلفة في سقالات 3D سيزيد من القيمة التنبؤية لاستجابة المريض لنفس الأدوية.
يمكن أيضا إجراء الكشف عن التعبير الجيني أو البروتيني باستخدام طرق أخرى مثل RT-qPCR أو ELISA إذا تم إفراز البروتين محل الاهتمام. تم استخدام علامة بديلة لتطور الورم الأرومي العصبي ، chromogranin A (CgA) 36 ، لتوصيف نمو خلايا الورم الأرومي العصبي في 3D. كما هو موضح في العمل السابق17 ، زاد إفراز CgA مع تكاثر الخلايا (الشكل 10). في حين أن زراعة الخلايا أحادية الطبقة لم تستطع التقاط هذه الزيادة ، حيث أن الانتشار يعني أن الخلايا وصلت إلى التقاء كامل في أطباق الاستزراع ، فإن استخدام سقالات الكولاجين 3D سمح بالتقييم المطول لإفراز CgA.
قد لا يكون نموذج 3D في المختبر مناسبا لجميع الأسئلة البحثية لدراسة بيولوجيا الورم الأرومي العصبي والاستجابة للعلاجات. أحد القيود هو الاختراق غير المتكافئ للخلايا داخل السقالات وتشكيل مجموعات خلايا متفاوتة الحجم ، والتي تعتمد على خط خلية معين وقد تؤدي إلى انتشار لا يمكن السيطرة عليه للمغذيات وأدوية الاختبار. تؤثر هذه الميزة على متانة الفحص العلاجي. ومع ذلك ، على الرغم من هذا القيد ، من المهم مراعاة أن الأورام الأصلية غير متجانسة أيضا في الحجم وتوزيع الخلايا السرطانية وتحتوي على العديد من أنواع الخلايا الأخرى داخل أنسجة الورم. للتغلب على هذا القيد ، نقترح استخدام كل سقالة مملوءة بالخلايا كنسيج مجهري واحد سيتم تحسين المعلمات التالية له: (أ) أوقات الحضانة لكاشف صلاحية الخلية للوصول إلى الخلايا ومجموعات الخلايا ، و (ب) تحلل الخلايا في المخزن المؤقت Triton X-100 عن طريق المعالجة المسبقة للخلايا على السقالات باستخدام محلل الأنسجة لتحرير الحمض النووي للخلايا الموجودة في عمق السقالة.
هناك قيد تقني آخر لهذا البروتوكول وهو عدم وجود اختبار ميكانيكي لكل دفعة من السقالات المصنعة حديثا لهذا النموذج. ومع ذلك ، فإن استخدام عملية التصنيع القوية للسقالات ، والتي تم وصفها على نطاق واسع فيما يتعلق بالخصائص الفيزيائية والكيميائية للسقالات ، مثل معامل الانضغاط والشد ، والمسامية وهيكل المسام البصري ، والتجانس ، يضمن الحفاظ على صفات السقالة من خلال الدفعات21،24،27،30،37.
باختصار ، تقدم هذه الورقة سلسلة من الطرق البسيطة لتحليل النمو الخلوي على السقالات القائمة على الكولاجين. يمكن تبادل كل من الجدول الزمني التجريبي ونقاط التحليل اعتمادا على أسئلة البحث المحددة. هذا البروتوكول قابل للتكيف أيضا مع أنواع الخلايا الأخرى. تقدم النتائج الموضحة أعلاه دليلا على كيفية إعطاء هذا التجميع من الأساليب نظرة ثاقبة لكثافة البذر المثلى لمختلف خطوط خلايا الورم الأرومي العصبي لخلق نمو مستمر على مدار 14 يوما. يؤدي دمج النتائج التي تم الحصول عليها من جميع الطرق في هذا البروتوكول إلى فهم فائق لنمو الخلايا داخل مصفوفة الكولاجين 3D. من المحتمل أن يشمل الاستخدام المستقبلي لهذا النموذج أنظمة الاستزراع المشترك الخاصة بالورم الأرومي العصبي TME واختبار العديد من الأدوية الجديدة المضادة للسرطان.
The authors have nothing to disclose.
تم دعم هذا العمل من قبل المركز الوطني لأبحاث الأطفال (NCRC) ، ومجلس البحوث الأيرلندي (IRC) ، والورم الأرومي العصبي في المملكة المتحدة. تم إنشاء الرسوم التوضيحية باستخدام BioRender.
Cells | |||
IMR-32 | ATCC | CCL-127 | |
Kelly | ECACC | 82110411 | |
KellyCis83 | Made in lab – derived from Kelly (Piskareva et al., 2015) | – | Increasing exposure to cisplatin. Cross resistance acquired |
SH-SY5Y | ATCC | CRL-2266 | |
Disposable | |||
0.22 µm syringe filter | Millex | SLHP033RS | |
1.5 mL Eppendorf tube | Eppendorf | 0030 120.086 | |
100 mL sterile Pot | Starstedt | – | |
10 mL plastic pipette | Cellstar | 607 180 | |
15 mL Falcon tube | Starstedt | 62.554.502 | |
25 mL plastic pipette | Cellstar | 760 180 | |
50 mL Falcon tube | Starstedt | 62.547.254 | |
5 mL plastic pipette | Cellstar | 606 180 | |
6 mm Biopsy punches | Kai Medical | BP-60F | |
Aluminium foil | – | – | |
Cover Slip | Menzel-Glaser | – | |
HYPERflask | Corning | CLS10030 | |
Microscope slides | Thermo Scientific | J1840AMNT | |
Opaque black 96-well plate | Costar | 3915 | |
Sterile P10 tips | Starlab | S1121-3810 | |
Sterile P1000 tips | Starlab | S1122-1830 | |
Sterile P20 tips | Starlab | S1123-1810 | |
Sterile P200 tips | Starlab | S1120-8810 | |
T-175 (175 cm2 flask) | Sarstedt | 83.3912 | |
T-75 (75 cm2 flask) | Sarstedt | 83.3911.302 | |
Translucent clear 96 well plate | Cellstar | 655180 | |
Translucent non-adherent 24 well plates | Cellstar | 83.3922.500 | |
Equipment | |||
Autoclave | Astell | – | |
Automatic tissue processor | Leica | TP1020 | |
Centrifuge 5804 | Eppendorf | – | |
Hemocytometer | Hausser Scientific | – | |
Incubator | ThermoScientific | – | |
Microtome | Leica | RM2255 | |
Oven | Memmert | Calibrated by: Cruinn diagnostics Ltd | |
P10 pipette | Gilson | ||
P100 pipette | Gilson | ||
P1000 pipette | Gilson | ||
P20 pipette | Gilson | Calibrated by: Cruinn diagnostics Ltd | |
P200 pipette | Gilson | Calibrated by: Cruinn diagnostics Ltd | |
Paraffin section flotation bath | Electrothermal | MH8517 | Calibrated by: Cruinn diagnostics Ltd |
Pipette electronic dispenser | Corning | StripipetterUltra | Calibrated by: Cruinn diagnostics Ltd |
Plate cooler | Leica | EG1140C | Calibrated by: Cruinn diagnostics Ltd |
Refrigerator -20 °C | Liebherr | – | |
Refrigerator -80 °C | Liebherr | – | |
Refrigerator 4 °C | Liebherr | – | |
Seesaw Rocker | DLAb | SK-D1807-E | |
Spectrophotometer – Victor3V Platereader | PerkinElmer | 1420 | |
Tissue culture hood/Laminar flow hood | GMI | 8038-30-1044 | |
Tissue Lyser | Qiagen | TissueLyser LT | |
Tweezers | – | – | |
Water bath | Grant | – | |
Wax embedder | Leica | EG1140H | |
Materials | |||
1 L Water | Adrona – Biosciences | 568 | |
1% Triton-X | Sigma Aldrich | 9002-93-1 | |
10x PBS tablets | Sigma Aldrich | P4417-100TAB | |
37% paraformaldehyde | Sigma-Aldrich | F8775 | |
Alamar Blue Cell Viability Reagent | Invitrogen | DAL1100 | |
Collagen- glycosaminoglycan scaffold | Tissue engineering research group (TERG) | ||
Collagen-nanohydroxyapatite scaffold | Tissue engineering research group (TERG) | ||
dH20 | Adrona – Biosciences | 568 | |
Eosin | Sigma-Aldrich | E4009 | Made as per: (Cunniffe et al., 2010, Fitzgerald et al., 2015; O’Brien et al., 2005) |
EtOH | Sigma-Aldrich | 1.00983.2500 | Made as per: (Cunniffe et al., 2010, Fitzgerald et al., 2015; O’Brien et al., 2005) |
F12 | Gibco | 21765-029 | |
FBS | Gibco | 10270-106 | |
Hemaytoxylin | Sigma-Aldrich | HHS32-1L | |
L-Glutamine | Gibco | 25030-024 | |
MEM | Gibco | 21090-022 | |
miRNA easy Kit | Qiagen | 217004 | |
MNEAA’s | Gibco | 11140-035 | |
Penicillin/streptomycin | Gibco | 015140-122 | |
Qiazol | Qiagen | 79306 | |
Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit | Invitrogen | P11496 | |
RPMI | Gibco | 21875-034 | |
Sodium bicarbonate | Sigma Aldrich | S7795-500G | |
Tissue embedding Medium | Sigma | A6330-4LB | |
Trypsin-EDTA | Gibco | 25300-054 | |
Software | |||
Excel | – | Excel 2016 | |
ImageJ | – | – | |
Prism | – | Version 9 |