集束イオンビームミリングを使用して、凍結した生物学的サンプルを急落させてクライオ電子線トモグラフィー用にガラス体オングリッドラメラを作成します。
ここでは、 熱帯熱マラリア原虫に感染したヒト赤血球の急落凍結グリッドから凍結ラメラを調製するためのプロトコルを示しており、他の生物学的サンプルに容易に適合させることができます。サンプルの調製、粉砕、およびラメラの表示に関する基本原則はすべての機器に共通であり、クライオ電子顕微鏡(クライオEM)およびクライオ電子線トモグラフィー(クライオET)用のオングリッドクライオラメラ調製の一般的なガイドとしてプロトコルに従うことができます。細胞を支持する電子顕微鏡グリッドは、手動または自動プランジフリーザーを使用して液体窒素冷却液体エタンにプランジ凍結され、クライオステージを備えた光学顕微鏡でスクリーニングされます。凍結したグリッドは、集束イオンビームを備えたクライオ走査型電子顕微鏡(クライオFIB-SEM)に移されます。グリッドはフライス加工前に定期的にスパッタコーティングされ、フライス加工中の電荷蓄積の分散に役立ちます。あるいは、電子ビームロータリーコーターを使用して、カーボン – 白金の層をグリッドに適用することができ、その正確な厚さをより正確に制御することができる。クライオFIB-SEM内に入ると、有機白金化合物の追加コーティングがガス注入システム(GIS)を介してグリッドの表面に適用されます。この層は、粉砕時にラメラの前縁を保護し、その完全性は均一に薄いラメラを達成するために重要です。関心のある領域はSEMを介して識別され、ミリングは段階的に実行され、ラメラが電子透過性に達するとイオンビームの電流を減らして、過度の発熱を回避します。次に、複数のラメラを持つグリッドを極低温条件下で透過型電子顕微鏡(TEM)に転送し、傾斜系列を取得します。ラメラ調製のための堅牢で汚染のないワークフローは、細胞クライオEM、クライオET、サブトモグラム平均化などのダウンストリーム技術にとって不可欠なステップです。これらの技術の開発、特に高圧凍結サンプルのリフトアウトと粉砕は、現場で優先度が高いです。
極低温での透過型電子顕微鏡(TEM)によって効果的にイメージングできるのは、厚さ<500 nmの生物学的サンプルの細胞内容物のみであり、標本の範囲をウイルス、原核生物、単純な単細胞生物、およびより大きな真核細胞のより薄い領域に限定します1。オングリッド集束イオンビーム(FIB)ミリングにより、極低温(<-150°C)で、より厚いプランジ凍結生物学的サンプルを電子透過性のラメラに薄くすることができます。得られたラメラは、可視化および断層撮影データ収集のためにTEMに移され、細胞内の細胞および分子的特徴の高解像度3D再構成を可能にする(レビューについては、Rigort et al., 20122、Oikonomou et al., 20163、およびWagnerら, 20204を参照)。
FIBミリングは、サンプルが定期的に薄くなり、下流の分析に備える材料科学の分野から生まれました5。これは、従来の走査型電子顕微鏡光学系と、FIB-SEMと呼ばれる集束イオンビーム(FIB)を生成して細かく制御できる光学系を含む2番目のカラムの2つの光学カラムを備えた走査型電子顕微鏡(SEM)で行われます。これにより、試料の特定の領域をガリウム源によって生成されたイオンによってアブレーションし、余分な物質を除去し、ラメラ6を残すことができる。フライス加工プロセスは、サンプルのトポグラフィーのSEMイメージングによってガイドされ、関心のある領域を特定し、フライス加工の進行状況を監視するために使用されます。生物学的用途の場合、基本的なセットアップはほぼ同じですが、粉砕は極低温で行われます。これには、標準的なFIB-SEMを、一定の温度と低い表面汚染率を維持する低温冷却ステージと、失透や汚染なしにサンプルの移動を容易にするエアロックを備えているように適合させる必要がありました。サンプルシャトルも変更され、TEMグリッド、プランシェット、キャピラリーなど、クライオFIB-SEM内にさまざまなキャリアを取り付けることができます。いくつかの主要な研究者グループは、これらの方法の開発とこの分野における継続的な技術的進歩の中心となっています7,8,9,10,11,12。市販のソリューションは、極低温での生物学的FIBミリングのためにより広く利用可能であり、最適化されたサンプルを考えると、ラメラのオングリッドミリングはより日常的になりつつあります。
さまざまな室温およびクライオ電子顕微鏡技術を使用して、多細胞生物全体から、適度な解像度での複雑なプロセスのコンテキストの理解、さらに詳細な決定まで、生命のあらゆるスケールにわたる細胞情報を視覚化できます。 in situ 分子構造13,14,15,16,17,18,19.古典的な室温技術には、TEMによる細胞形態の分析のための超ミクロトミーによる固定および染色された樹脂埋め込み細胞および組織の切片化が含まれる(レビューについては、Studer et al., 2008を参照のこと20).ナイフ(シリアルブロックフェースイメージング)または集束イオンビームのいずれかで材料を徐々に除去する前に、保存された細胞のブロックの表面を画像化するためにSEMによる二次電子散乱を利用する代替技術が開発されている21,22,23.この技術は、細胞または組織の硝子体の染色されていないブロック上のクライオFIB-SEMを用いて、極低温(クライオボリュームイメージングと呼ばれる)でも首尾よく実装されています24.あるいは、より厚いラメラ(~15 μmの厚さ)を粉砕し、STEMイメージングによって研究することもできます25.これらの技術を使用すると、多くの細胞を含むブロック全体を画像化して集団情報を収集したり、臓器/生物全体を画像化して3Dで再構築したりできます。ただし、細胞から高分解能の分子情報にアクセスするには、サンプルを天然に近い凍結水和状態で保存する必要があるため、極低温条件下で調製する必要があります。ガラス体切片のクライオ電子顕微鏡(CEMOVIS)は、生体材料の高圧凍結ブロックを極低温条件下でウルトラミクロトームで切片化する技術です。これにより、クライオセクション(厚さ40〜100 nm)のリボンが生成されます26これはEMグリッドに取り付けられ、TEMで画像化されます。ただし、ナイフと硝子体サンプルとの物理的相互作用により、クレバスおよび圧縮アーティファクトが発生し、細胞構造が大幅に歪む可能性があります27,28,29,30.厚い切片はこれらのアーチファクトの影響を受けやすく、~70 nmより厚い切片を使用することは実用的ではありません26.この制限は、断層撮影における生物学的構造の3Dビューを大きく制限する。極低温でのFIBフライス加工ではこれらの問題は発生しませんが、試験片の部品間で異なるフライス加工速度によって引き起こされる独自のアーティファクトがあり、カーテンと呼ばれるラメラ内の厚さが変動します。この問題は、フライス加工中にラメラの前端を保護するガス注入システム(GIS)を介して塗布された有機白金コートを適用することによって軽減されます31.オングリッドFIBフライス加工のサンプル厚さの上限は、ガラス質を維持しながら試料を急落凍結する能力によって定義されます32ただし、クライオリフトアウト技術と生物学的試料に適合したサンプルキャリアの導入により、FIBミリングを使用して高圧凍結サンプルを処理することもできます31,33,34,35.さらに、プランジ凍結サンプルは、必要な倍率で傾斜系列を収集するのに十分な表面積を提供する妥当なサイズのラメラを生成するのに十分な生物学的材料が必要であるため、薄すぎることはできません。この問題は、細菌や酵母などの小さな細胞の塊を粉砕することで軽減できます。最終的なラメラの厚さ(~100-300 nm)は、通常、サンプルの完全性と粉砕戦略によって決まります。薄いラメラは、サブトモグラム平均法などの高解像度の構造作業に適していますが、厚いラメラはCEMOVISで達成できるよりもはるかに大きな細胞量を含み、ネイティブに保存されたサンプルに近い細胞コンテキストを提供します。FIBミリングは、電子回折研究のためにプランジ凍結タンパク質結晶を薄くするためにも使用できます36.
硝子体細胞のFIB粉砕は、科学的な問題が その場で天然に近い標本の高解像度の分子詳細を必要とする場合、実行する時間と労力の価値があります。ラメラのルーチン生産のためのより多くの施設へのアクセスにより、律速ステップは多くの場合、粉砕前のサンプルの最適化であり、サンプルがガラス質であり、堅牢で均一に薄いラメラを生成するために適切な厚さを確保するために時間をかける必要があります。ここでは、マラリアの原因物質である 熱帯熱マラリア原虫 に感染したFIB粉砕プランジ凍結ヒト赤血球のサンプル最適化について説明しますが、このアプローチは任意のサンプルに適用できます。
クライオFIBミリングはより日常的になりつつありますが、ミリングに最適なサンプルの準備はそうではありません。したがって、このプロトコルの重要なステップのほとんどは、サンプルがクライオFIB-SEMに到達する前に発生します。粉砕を試みる前に、可能な限り最良のサンプルを生成するには、複数回の細胞調製、プランジ凍結、および光学顕微鏡および電子顕微鏡によるスクリーニングによるサンプルの最適化が必要です。可能な限り最高のサンプルを持つことは、成功の可能性を高めるだけでなく、機器の使用を最適化します。このため、ほとんどの国の施設では、マシンに時間を与える前に、十分な最適化が実行されたという証拠が必要です。クライオFIB-SEM内に入ると、有機白金コートの効果を最大化することが、均一に薄いラメラを生成するために重要です。最後に、忍耐と適切なサンプル処理は、繊細なラメラを含むグリッドを数日間作成して転送する必要があるユーザーからの前提条件スキルです。これは、自動フライス加工戦略47,48の導入によって変わる可能性がありますが、まだ、ほとんどの施設でフライス加工プロセス全体が依然として大部分が手動です。
この研究は 熱帯熱マラリア原虫 にのみ焦点を当てていますが、ここで紹介する方法は、他の細胞タイプのグリッド調製とミリングを最適化するために簡単に変更できます。考慮すべき重要な要素は、グリッドに適用されるセルの密度、グリッドタイプ(銅は一部のセルに有毒です)、炭素膜の穴のサイズと間隔、ブロッティング時間、およびブロッティングの方法(片面/両面、手動、または自動)。さらに、細胞がグリッド(通常は穴のある炭素膜を有する金のグリッド)上で増殖している場合、ブロッティングおよび凍結の前に光学顕微鏡によってコンフルエンシーをチェックすることができる。ミリング戦略は、セルがグリッド上にどのように堆積されるかによって異なります。マラリアに感染した赤血球の場合、グリッドは本質的に壊れていない細胞の層によってコーティングされており、一部の領域では厚く、他の領域では薄くなっています。粉砕は、氷の厚さが断層撮影に適したサイズのラメラを生成するこの勾配に沿った1つの領域の複数の点で実行されます。このアプローチは、複数のセルを通るスライスを含むラメラを生成できるため、より小さなセルに適しています。より大きな細胞または細胞の塊の場合、1つの細胞または細胞塊が1つのラメラを生成する場合があります。
グリッドハンドリングとサンプル転送は、このワークフローの主な課題の1つです。ラメラは、破損や亀裂、生物学を覆い隠すカーテンアーティファクト、過度の表面汚染、およびTEM内のグリッド配向の問題により失われる可能性があり、グリッドを再配置するための追加の処理手順が必要になります。損失の程度は日常的およびグリッドごとに異なりますが、時間の経過とともに練習と取り扱いの経験を通じて改善されます。この研究では、ラメラを破壊することなく、オートローダー内でグリッドの向きを何度も注意深く変更でき、表面の氷を洗い流すという利点があることがわかりました。このワークフローのもう一つの主な制限は、ラメラの製造にかかる時間です。生産が遅いため、適切に最適化されたサンプルを用意して、フライス加工を可能な限り効率的にすることが重要です。
ガラス体生物学的サンプルのFIB粉砕への多くの適応が最近導入されている。ゲームチェンジャーは、クライオFIB-SEMチャンバー内に極低温冷却リフトアウトツールを実装し、高圧凍結サンプルからより大きな材料ブロックを粉砕できるようにすることです。ブロックは、金属棒に取り付けるか、グリッパーでピックアップして、特別に変更されたEMグリッドを含む2番目のサンプル位置に移動することができます。次に、ブロックを有機白金でコーティングし、粉砕してラメラを生成することができます。高圧凍結材料からラメラを粉砕する能力は、相関蛍光顕微鏡によって領域を特異的に標的とする、はるかに大きな細胞および組織を処理できることを意味する12。FIBミリング法への他の最近の適応には、サンプル16のウェッジプレミリングによるカーテンアーチファクトの低減、マイクロ流体クライオ固定49 、および細胞分布を改善するための電子顕微鏡グリッドのフォトマイクロパターニング50が含まれる。また、ラメラの両側の微小膨張ギャップを粉砕することで、周囲のサンプルが最終的な薄さ51に達するにつれて、周囲のサンプルによる圧縮を緩和できることが実証されています。これは、この研究のサンプルなど、最終研磨ステップ中にラメラの曲がりが見られることがある連続セル層を粉砕する場合に特に役立ちます。
電子顕微鏡法の未来は、サブトモグラム平均化による in situ 分子構造の決定である可能性が高く、FIBミリングは、これらのタイプのワークフローのための硝子体生物学的サンプルの製造を容易にする重要なツールです。FIBミリングは生物学的応用にはまだ揺籃期にありますが、学術施設と国立施設の両方の研究者の努力と、研究をサポートするためのクライオFIB-SEM技術の開発への商業投資のおかげで、メソッド開発は急速に進んでいます。
The authors have nothing to disclose.
この研究は、全体的または部分的にWellcome Trust(212916/Z/18/Z)から資金提供を受けました。オープンアクセスの目的で、著者は、この投稿から生じる著者が受け入れた原稿バージョンにCC BYパブリック著作権ライセンスを適用しました。
この方法が開発されたこのプロジェクトは、ヘレンR.サイビル、ローランドA.フレック、マイケルJ.ブラックマンに授与された医学研究評議会の助成金MR / P010288 / 1によって資金提供されました。 熱帯熱マラリア原虫 の培養は、マイケルJ.ブラックマンのグループのメンバーの支援を受けて、フランシスクリック研究所で栽培されました。著者らは、薄い血液塗抹標本中の化合物2およびE64処理シゾントの画像を提供してくれたSer Ying(Michele)Tan博士に感謝の意を表したい。ほとんどのラメラはeBICのスタッフのサポートを受けて製造されており、研究提案NT21004に関するSciosデュアルビームクライオFIB-SEMにアクセスできることに感謝しています。著者らはまた、CUI内でのFIBフライス盤技術の開発を継続する上での王立協会産業フェローシップスキーム(INF\R2\202061)の支援を認めています。著者らはまた、この方法の論文とプロジェクトの監督に関して有益な議論をしてくれたHelen R. Saibilに感謝したい。
c-clips | Thermo Fisher Scientific | 1036171 | |
Clipping station | Thermo Fisher Scientific | n/a | Direct quote from Thermo |
Clipping station | Sub-angstrom | CSA-01 | |
Compound 2 | n/a | n/a | Synthesised by Dr Simon A. Osborne, LifeArc |
Cryo-FIB specific autogrid rims | Thermo Fisher Scientific | 1205101 | |
E64 | Sigma | E3132 | |
Emitech K100X glow discharge unit | Quorum | n/a | |
Gibco RPMI 1640 media | Thermo Fisher Scientific | 12633012 | Formulation used for culturing is custom made (REF 041-91762 A) and includes Albumax, glutamine, HEPES and hypoxanthine supplements |
Giemsa Stain | VWR International | 350864X | |
Glass slides | Thermo Fisher Scientific | 11562203 | |
Grid boxes | Sub-angstrom | PB | For clipped grids |
Grid boxes | Thermo Fisher Scientific | n/a | For clipped grids – direct quote from Thermo Fisher Scientific |
Grid boxes | Agar Scientific | AGG3727 | |
Home-made manual plunge freezing rig | n/a | n/a | With an insulated ethane pot (high-density foam) and liquid nitrogen bath (polystyrene) on a bench top in a containment facility. |
Human blood | n/a | n/a | UK National Blood and Transplant service |
JEOL 4700F Z JSM with a Leica VCT500 stage cooling system | JEOL | n/a | FIB-SEM |
Leica EM ACE600 with a VCT500 cryostage | Leica | n/a | sputter coater |
Leica EM ACE900 | Leica | n/a | e-beam rotary coater. In a humidity controlled room. |
Linkam cryo-stage for light microscope | Linkam | Model No. CMS196 | Cassettes for clipped and un-clipped grids. In a humidity controlled room. |
Methanol | Sigma | 179957 | |
Nikon Eclipse E200 light microscope | Nikon | n/a | with Linkam cryo-stage in a humidity controlled room. |
Percoll | VWR International | 17-0891-01 | Solution for percoll cushion is 35 ml 10x PBS, 150 ml RPMI 1640 media and 315 ml Percoll |
Quantifoil copper 200 mesh 2/4 holey carbon EM Finder grids | Quantifoil | N1-C17nCuH2-01 | 100 pack |
Quantifoil copper 200 mesh 2/4 holey carbon EM grids | Quantifoil | N1-C17nCu20-01 | 100 pack |
Quorum PP3010 prep-chamber | Quorum | n/a | sputter coater |
Scios dual beam equipped with a Quorum PP3010 transfer stage. | FEI | n/a | FIB-SEM |
Staedtler Lumocolor fine black permanent marker pen | Viking Direct | ND538522 | |
TFS Titan Krios 300 kV TEM | Thermo Fisher Scientific | n/a | TEM equipped with a K2 or K3 camera. |
Whatmann grade 1 filter paper | Sigma | WHA1001150 | |
Zeiss Axio Scope A1 light microscope | Zeiss | n/a | with Linkam cryo-stage in a humidity controlled room. |