Summary

Diffrazione elettronica microcristallina di piccole molecole

Published: March 15, 2021
doi:

Summary

Qui, descriviamo le procedure sviluppate nel nostro laboratorio per la preparazione di polveri di cristalli di piccole molecole per esperimenti di diffrazione elettronica microcristallina (MicroED).

Abstract

Viene descritto un protocollo dettagliato per la preparazione di campioni di piccole molecole per esperimenti di diffrazione elettronica microcristallina (MicroED). MicroED è stato sviluppato per risolvere strutture di proteine e piccole molecole utilizzando apparecchiature standard di criomicroscopia elettronica (crio-EM). In questo modo, piccole molecole, peptidi, proteine solubili e proteine di membrana sono state recentemente determinate ad alte risoluzioni. I protocolli sono presentati qui per la preparazione di griglie di farmaci a piccole molecole usando il farmaco carbamazepina come esempio. Vengono presentati protocolli per lo screening e la raccolta dei dati. Ulteriori passaggi nel processo complessivo, come l’integrazione dei dati, la determinazione della struttura e il perfezionamento, sono presentati altrove. Il tempo necessario per preparare le griglie di piccole molecole è stimato in meno di 30 minuti.

Introduction

La diffrazione elettronica a microcristalli (MicroED) è un metodo di criomicroscopia elettronica (cryo-EM) per determinare strutture di risoluzione atomica da cristalli di dimensioni sub-micrometriche 1,2. I cristalli vengono applicati alle griglie standard del microscopio elettronico a trasmissione (TEM) e congelati immergendosi nell’etano liquido o nell’azoto liquido. Le griglie vengono quindi caricate in un TEM che opera a temperature criogeniche. I cristalli si trovano sulla griglia e vengono schermati per la qualità iniziale della diffrazione. I dati MicroED a rotazione continua vengono raccolti da un sottoinsieme dei cristalli schermati, dove i dati vengono salvati utilizzando una fotocamera veloce come un filmato3. Questi filmati vengono convertiti in un formato cristallografico standard ed elaborati in modo quasi identico come un esperimento di cristallografia a raggi X4.

MicroED è stato originariamente sviluppato per studiare i microcristalli proteici 1,2. Un collo di bottiglia nella cristallografia delle proteine sta crescendo cristalli grandi e ben ordinati per i tradizionali esperimenti di diffrazione dei raggi X di sincrotrone. Poiché gli elettroni interagiscono con la materia ordini di grandezza più forte dei raggi X, i limiti della dimensione del cristallo necessari per produrre la diffrazione rilevabile sono considerevolmente più piccoli5. Inoltre, il rapporto tra eventi di scattering elastici e anelastici è più favorevole per gli elettroni, suggerendo che dati più utili possono essere raccolti con un’esposizione complessiva inferiore5. I costanti sviluppi hanno permesso di raccogliere dati MicroED dai microcristalli più impegnativi 6,7,8,9.

Recentemente, MicroED ha dimostrato di essere un potente strumento per determinare le strutture di farmaci a piccole molecole da materiali apparentemente amorfi10,11,12,13. Queste polveri possono provenire direttamente da una bottiglia di reagente acquistato, da una colonna di purificazione o anche dalla frantumazione di una pillola in una polvere fine10. Queste polveri appaiono amorfe ad occhio, ma possono essere interamente composte da nanocristalli o semplicemente contenere tracce di depositi nanocristallini in una maggiore frazione amorfa non cristallina. L’applicazione del materiale alla griglia è facile e le fasi successive di identificazione dei cristalli, screening e raccolta dei dati potrebbero anche essere automatizzate nel prossimo futuro14. Mentre altri possono utilizzare metodi diversi per la preparazione dei campioni e la raccolta dei dati, qui sono dettagliati i protocolli sviluppati e utilizzati nel laboratorio Gonen per la preparazione di campioni di piccole molecole per MicroED e per la raccolta dei dati.

Protocol

1. Preparazione di campioni di piccole molecole Trasferire una piccola quantità (0,01 – 1 mg) di polvere, liquido o solidi in un piccolo flaconcino o tubo. Per i campioni già in polvere, sigillare il tubo usando il tappo fino a quando il campione è necessario. Essiccare i campioni liquidi in polveri prima di tentare di utilizzare il metodo 1 (fase 3) o 2 (fase 4).NOTA: i campioni disciolti nel liquido possono utilizzare il metodo 3 (5.X) riportato di seguito. 2. …

Representative Results

MicroED è un metodo crioEM che sfrutta le forti interazioni tra elettroni e materia, che consente lo studio di cristalli12,13 infinitamente piccoli. Dopo questi passaggi, ci si aspetta di avere un filmato di diffrazione in formato cristallografico raccolto da microcristalli (Filmato 1). Qui, la tecnica è dimostrata usando carbamazepina12. I risultati mostrano un set di dati MicroED a rotazione continua da un microcristal…

Discussion

La preparazione dei campioni è in genere un processo iterativo, in cui le ottimizzazioni vengono effettuate dopo sessioni di screening e raccolta dati. Per i campioni di piccole molecole, è spesso prudente tentare prima la preparazione della griglia senza scaricare le griglie, poiché molti farmaci tendono ad essere idrofobici10,11. Se le griglie hanno troppo pochi depositi nanocristallini, è una buona idea riprovare dopo aver scaricato le griglie. Può darsi …

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Il laboratorio Gonen è supportato da fondi dell’Howard Hughes Medical Institute. Questo studio è stato supportato dal National Institutes of Health P41GM136508.

Materials

0.1-1.5mL Eppendorf tubes Fisher Scientific 14-282-300 Any vial or tube will do.
Autogrid clips Thermo-Fisher 1036173 Clipped grids are not required for MicroED. They are required for Thermo-Fisher TEMs equipped with an autoloader system.
Autogrid C-rings Thermo-Fisher 1036171
Carbamazapine Sigma C4024-1G Any amount will suffice for these experiments
CMOS based detector Thermo-Fisher CetaD 16M We used a CetaD 16M, but any detector with rolling shutter mode or sufficiently fast readout is acceptable. 
Delphi software Thermo-Fisher N/A Software on Thermo-Fisher TEM systems that allows for manual rotation of the sample stage
EPU-D software Thermo-Fisher N/A Commercial software for the acquisition of MicroED data
Glass cover slides Hampton HR3-231
Glow discharger Pelco easiGlow
High PrecisionTweezers EMS 78325-AC Any high precision tweezer will do
Liquid nitrogen vessel Spear Lab FD-800 A standard foam vessel for handling specimens under liquid nitrogen – 800mL
SerialEM software UC Boulder N/A Free software distributed by D. Mastronarde. Department of Molecular, Cellular, and Developmental Biology
TEM grids Quantifoil/EMS Q310CMA Multi-A 300 mesh grids were used here, but any thin carbon grids will work. For these small molecules, we suggest starting with continuous carbon. 
transmission electron microscope (TEM) Thermo-Fisher Talos Arctica
Whatman circular filter paper Millipore-Sigma WHA1001090 90mm or larger

References

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Cite This Article
Martynowycz, M. W., Gonen, T. Microcrystal Electron Diffraction of Small Molecules. J. Vis. Exp. (169), e62313, doi:10.3791/62313 (2021).

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