Summary

Time-lapse beeldvorming van neuronale arborisatie met behulp van schaarse Adeno-geassocieerde virusetikettering van genetisch gerichte retinale celpopulaties

Published: March 19, 2021
doi:

Summary

Hier presenteren we een methode voor het onderzoeken van neurietmorfogenese in postnatale muis retinale explantaten door time-lapse confocale microscopie. We beschrijven een aanpak voor schaarse etikettering en acquisitie van retinale celtypen en hun fijne processen met behulp van recombinante adeno-geassocieerde virusvectoren die membraangerichte fluorescerende eiwitten op een Cre-afhankelijke manier tot expressie brengen.

Abstract

Het ontdekken van mechanismen die dendritische priëlen patroon, vereist methoden om dendrieten tijdens de ontwikkeling te visualiseren, in beeld te brengen en te analyseren. Het netvlies van de muis is een krachtig modelsysteem voor het onderzoek van celtypespecifieke mechanismen van neuronale morfogenese en connectiviteit. De organisatie en samenstelling van retinale subtypen zijn goed gedefinieerd en genetische hulpmiddelen zijn beschikbaar om toegang te krijgen tot specifieke typen tijdens de ontwikkeling. Veel retinale celtypen beperken ook hun dendrieten en / of axonen tot smalle lagen, wat time-lapse beeldvorming vergemakkelijkt. Explantaatculturen van muizen zijn zeer geschikt voor live-cell imaging met behulp van confocale of multifotonenmicroscopie, maar methoden die zijn geoptimaliseerd voor het afbeelden van dendrietdynamica met temporele en structurele resolutie ontbreken. Hier wordt een methode gepresenteerd om de ontwikkeling van specifieke retinale populaties gemarkeerd door het Cre-Lox-systeem spaarzaam te labelen en in beeld te brengen. Commercieel verkrijgbare adeno-geassocieerde virussen (AAV’s) die hier worden gebruikt, brachten membraangerichte fluorescerende eiwitten tot expressie op een Cre-afhankelijke manier. Intraoculaire toediening van AAV’s bij neonatale muizen produceert fluorescerende etikettering van gerichte celtypen 4-5 dagen na injectie (dpi). De fluorescerende signalen van het membraan zijn detecteerbaar door confocale beeldvorming en lossen fijne takstructuren en dynamica op. Video’s van hoge kwaliteit van 2-4 uur worden verkregen van het afbeelden van retinale flat-mounts doordrenkt met zuurstofrijk kunstmatig hersenvocht (aCSF). Ook wordt een beeld-nabewerkingspijplijn geleverd voor deconvolutie en driedimensionale (3D) driftcorrectie. Dit protocol kan worden gebruikt om verschillende cellulaire gedragingen in het intacte netvlies vast te leggen en om nieuwe factoren te identificeren die de morfogenese van neuriet regelen. Veel ontwikkelingsstrategieën die in het netvlies worden geleerd, zullen relevant zijn voor het begrijpen van de vorming van neurale circuits elders in het centrale zenuwstelsel.

Introduction

Dendrieten van retinale neuronen vormen ingewikkelde, maar specifieke patronen die hun functie binnen neurale circuits beïnvloeden. In het netvlies van gewervelde dieren dragen verschillende soorten retinale ganglioncellen (RGC’s) en interneuronen van amacrinecellen unieke dendritische morfologieën die verschillen in arborgrootte, locatie, taklengte en dichtheid1. Tijdens de postnatale ontwikkeling breiden RGC’s en amacrinecellen uitbundige dendritische processen uit tot een neuropil die de binnenste plexiforme laag (IPL) wordt genoemd, waar ze bipolaire celingangen ontvangen die fotoreceptorsignalen verzenden2. Zoals vastgelegd door time-lapse beeldvorming van fluorescerend gelabelde retinale populaties in kuiken- of zebravislarven, is de morfogenese van dendriet zeer dynamisch3,4,5. Binnen enkele dagen breiden dendritische priëlen zich uit, vervormen en vertakken ze naar smalle sublagen van de IPL, waar ze synapsen met geselecteerde partners. De priëlen vertonen verschillende structurele dynamieken gedurende de ontwikkeling, met veranderingen in relatieve snelheden van taktoevoeging, terugtrekking en stabilisatie. Amacrine- en RGC-dendrieten vertonen ook verschillende uitgroei- en remodelleringsgedragingen die typespecifieke arborisatie kunnen weerspiegelen. Deze studies volgden echter brede amacrine- of RGC-populaties en richtten zich op laminaire targeting, wat slechts één aspect van morfologie is.

De mechanismen die de enorme morfologische diversiteit produceren die wordt waargenomen in retinale subtypen zijn slecht begrepen. Het doel van deze groep was om een methode te ontwikkelen om dendrietdynamica en arbor remodeling van gedefinieerde retinale subtypen bij muizen vast te leggen. Het identificeren van celtypespecifieke mechanismen van dendrietpatronen vereist methoden om dendrietgedrag van interessante cellen te visualiseren en te meten. Organotypische culturen van het netvlies van muizen zijn zeer geschikt voor live-cell imaging studies met behulp van confocale of multifotonenmicroscopie. Ontwikkelende netvliezen worden ontleed en gemonteerd in een platte explant die gedurende enkele uren in een opnamekamer kan worden afgebeeld of gedurende enkele dagen kan worden gekweekt met beperkte effecten op het circuit6,7. Levende retinale neuronen kunnen worden gelabeld door een verscheidenheid aan technieken, waaronder kleurstofvulling door elektroden, elektroporatie, biolistische afgifte van deeltjes bedekt met lipofiele kleurstoffen of plasmiden die coderen voor fluorescerende eiwitten (bijv. Gene Gun), evenals genetisch gecodeerde cellabels7,8,9,10 . Deze benaderingen zijn echter inefficiënt voor het afbeelden van dendrietdynamica van specifieke retinale subtypen. Verfvulmethoden hebben bijvoorbeeld een lage doorvoer en vereisen elektrofysiologische apparatuur en aanvullende genetische labels om op betrouwbare wijze cellen van belang te targeten. Bovendien kunnen de sterke fluorescentiesignalen in de soma nabijgelegen dendrieten verdoezelen.

Biolistische genafgiftemethoden kunnen tegelijkertijd tientallen cellen labelen, maar stappen met hogedrukdeeltjesafgifte en nachtelijke incubatie van geïsoleerd netvlies kunnen de celfysiologie en dendritische uitgroei in gevaar brengen. Dit artikel stelt voor dat recente genetische hulpmiddelen kunnen worden gebruikt om vroege dendrietdynamica vast te leggen met celtype en structurele resolutie, gezien de volgende experimentele criteria. Ten eerste, om de fijne takken en filopodia op te lossen die zich ontwikkelende priëlen domineren, moet de methode neuronen labelen met heldere, fluorescerende eiwitten die processen in het hele prieel vullen. De fluorescentielabeling mag niet vervagen als gevolg van fotobleaching tijdens de beeldvormingsperiode. Er zijn verschillende fluorescerende eiwitvarianten gegenereerd en vergeleken voor geschiktheid voor in vivo/ex vivo beeldvorming11 op basis van helderheid en fotostabiliteit. Ten tweede moeten de fluorescerende eiwitten (XFP’s) in voldoende hoge niveaus tot expressie worden gebracht door het vroegste stadium van dendrietmorfogenese, zodat het smalle ontwikkelingsvenster niet wordt gemist. In analyses van statische tijdpunten in het netvlies van de muis vindt dendrietontwikkeling plaats tijdens de eerste postnatale week en omvat fasen van uitgroei, remodellering en stabilisatie10,12,13,14,15. Ten derde moet de methode leiden tot selectieve etikettering of tot een grotere kans op etikettering van de neuronale subpopulatie van belang. Ten vierde moet de etikettering van de doelsubpopulatie voldoende dun zijn om het gehele neuronale prieel te kunnen identificeren en traceren. Hoewel RGC- en amacrine-subtypen kunnen worden onderscheiden door hun volwassen morfologische kenmerken en IPL-stratificatiepatronen16,17,18,19,20, is de uitdaging om subtypen tijdens de ontwikkeling te identificeren op basis van onvolgroeide structuren. Deze taak wordt vergemakkelijkt door de uitbreiding van transgene hulpmiddelen om specifieke retinale celtypen tijdens de ontwikkeling te labelen.

Transgene en knock-in muislijnen waarin cellulaire en temporele expressie van fluorescerende eiwitten of Cre wordt bepaald door genregulerende elementen worden veel gebruikt om retinale celtypen te bestuderen13,21,22,23. Belangrijke observaties over subtypespecifieke patronen van dendrietontwikkeling zijn afkomstig van studies van transgene muizenvliezen op statische tijdpunten10,14,24,25. Met name het Cre-Lox-systeem maakt uitstekende genmanipulatie en monitoring van subtypen mogelijk met behulp van een verscheidenheid aan recombinase-afhankelijke reporters, sensoren en optogenetische activatoren. Deze hulpmiddelen hebben geleid tot ontdekkingen van subtypespecifieke moleculaire programma’s en functionele eigenschappen die ten grondslag liggen aan retinale circuitassemblage26,27,28,29,30. Ze moeten echter nog worden gebruikt om subtypespecifieke dendrietdynamica in het netvlies van de muis te bestuderen. Labeling met lage dichtheid kan worden bereikt door Cre-muislijnen te combineren met transgenen die worden geïntroduceerd door elektroporatie of door recombinante AAV’s. Indien beschikbaar, kunnen tamoxifen-induceerbare Cre-lijnen of intersectionele genetische strategieën ook worden gebruikt. Ten slotte moet de cel op een minimaal invasieve manier worden geëtiketteerd en in beeld worden gebracht met behulp van acquisitieparameters om het weefsel niet in gevaar te brengen of de cellulaire functie te verstoren die nodig is voor de morfogenese van dendriet.

Hier wordt een methode gepresenteerd om transgene hulpmiddelen en confocale microscopie toe te passen om dendrietdynamiek in retinale explantaten van levende muizen te onderzoeken. Cretransgene muislijnen zijn gecombineerd met AAV-vectoren die fluorescerende eiwitten tot expressie brengen bij Cre-recombinatie, wat een schaarse labeling van retinale cellen van belang mogelijk maakt. Commercieel verkrijgbare AAV’s worden geleverd aan neonatale netvlies door intravitreale injecties. Dit artikel toont aan dat AAV’s een significant hoge en celtypespecifieke fluorescerende expressie produceren met 4 dpi, waardoor toegang tot postnatale tijdspunten mogelijk is. Om deze benadering te illustreren, werd de cholinerge “starburst” amacrine interneuron gelabeld door Brainbow AAV af te leveren bij neonatale muizen die de choline-acetyltransferase (ChAT) -interne ribosoom entry site (IRES) -Cre transgen tot expressie brengen, dat actief is in het vroege postnatale retina31,32. Starburst amacrine cellen ontwikkelen een stereotiepe en radiale arbor morfologie die wordt gevormd door dendriet zelfvermijding gemedieerd door de geclusterde protocadherinen33,34. Dit artikel toont aan dat de resolutie van starburst dendrieten en filopodia aanzienlijk wordt verbeterd door XFP’s aan het plasmamembraan met de toevoeging van het CAAX-motief dat farnesylatie ondergaat, zoals gebruikt voor de Brainbow AAV’s31. Ten slotte zijn time-lapse beeldvorming en nabewerkingsprotocollen vastgesteld die beelden van hoge kwaliteit produceren die vatbaar zijn voor dendrietreconstructie en morfometrische kwantificering. Dit protocol kan worden gebruikt om factoren te identificeren die de morfogenese van dendriet regelen en om verschillende cellulaire gedragingen in het intacte netvlies vast te leggen.

Protocol

OPMERKING: Dit protocol beslaat 2 dagen met een minimale periode van 4-5 dagen voor virale transductie tussen experimentele dagen (figuur 1A). Dierproeven worden uitgevoerd in overeenstemming met de Canadian Council on Animal Care Guidelines for Use of Animals in Research and Laboratory Animal Care volgens protocollen die zijn goedgekeurd door het Laboratory of Animal Services Animal Use and Care Committee in het Hospital for Sick Children (Toronto, Canada). 1. Voor…

Representative Results

Met behulp van het bovenstaande protocol werd een 3D-video met hoge resolutie van het ontwikkelen van starburst-celdendrieten verkregen, gedeconvoleerd en gecorrigeerd voor 3D-drift. Z-plane maximale projecties werden geproduceerd om 2D-video’s te maken voor analyse (Aanvullende video 1, figuur 5A). 3D-deconvolutie van elk tijdstip verhoogde de resolutie van fijne filopodiaprojecties (figuur 5B,C). Fijne filopodia-uitsteeksels z…

Discussion

Deze video demonstreert een experimentele pijplijn die bestaande genetische hulpmiddelen gebruikt om de dendrietdynamiek van ontwikkelende retinale neuronen in beeld te brengen met confocale live-imaging. Ook aangetoond zijn intraoculaire injecties van Cre-afhankelijke AAV’s die coderen voor membraangerichte fluorescerende eiwitten in neonatale muizen. Afzonderlijke cellen van genetisch gerichte populaties worden al helder gelabeld als 4-5 dpi. Retinale flat-mounts werden voorbereid voor standaard beeldvormingskamers om …

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

We bedanken Madison Gray dat ze me een hand heeft gegeven toen ik er geen had. Dit onderzoek werd ondersteund door een NSERC Discovery Grant (RGPIN-2016-06128), een Sloan Fellowship in Neuroscience en een Canada Research Chair Tier 2 (aan J.L.L). S. Ing-Esteves werd ondersteund door het Vision Science Research Program en NSERC Postgraduate Scholarships-Doctoral.

Materials

Addgene viral prep #45185-AAV9
Addgene viral prep #45186-AAV9
Dissection tools
Cellulose filter paper Whatman 1001-070
Dumont #5 fine forceps FST 11252-20 Two Dumont #5 forceps are required for retinal micro-dissection
Dumont forceps VWR 82027-426
Fine Scissors FST 14058-09
Mixed cellulose ester membrane (MCE) filter papers, hydrophilic, 0.45 µm pore size Millipore HABG01 300
Petri Dish, 50 × 15 mm VWR 470313-352
Polyethylene disposable transfer pipette VWR 470225-034
Round tip paint brush, size 3/0 Conventional art supply store Two size 3/0 paint brushes (or smaller) are required for retinal flat-mounting
Surgical Scissors FST 14007-14
Vannas Spring Scissors – 2.5 mm Cutting Edge FST 15000-08
Live-imaging incubation system
Chamber polyethylene tubing, PE-160 10' Warner Instruments 64-0755
Dual channel heater controller, Model TC-344C Warner Instruments 64-2401
HC FLUOTAR L 25x/0.95 W VISIR dipping objective Leica 15506374
Heater controller cable Warner Instruments CC-28
Large bath incubation chamber with slice support Warner Instruments RC-27L
MPII Mini-Peristaltic Pump Harvard Apparatus 70-2027
PM-6D Magnetic Heated Platform (incubation chamber heater) Warner Instruments PM-6D
Pump Head Tubing Pieces For MPII Mini-Peristaltic Pump Harvard Apparatus 55-4148
Sample anchor (Harps) Warner Instruments 64-0260 Sample anchor must be compatible with incubation chamber
Sloflo In-line Solution Heater Warner Instruments SF-28
Neonatal Injections
10 µL Microliter Syringe Series 700, Removable Needle Hamilton Company 80314
30 G Hypodermic Needles (0.5 inch) BD PrecisionGlide 305106
4 inch thinwall glass capillary, no filament (1.0 mm outer diameter/0.75 mm)  WPI World Precision Instruments TW100-4
Ethanol 99.8% (to dilute to 70% with double-distilled water [ddH2O]) Sigma-Aldrich V001229 
AAV9.hEF1a.lox.TagBFP. lox.eYFP.lox.WPRE.hGH-InvBYF Penn Vector Core AV-9-PV2453 Addgene Plasmid #45185 
AAV9.hEF1a.lox.mCherry.lox.mTFP
1.lox.WPRE.hGH-InvCheTF
Penn Vector Core AV-9-PV2454 Addgene Plasmid #45186
ChAT-IRES-Cre knock-in transgenic mouse line The Jackson Laboratory 6410
Fast Green FCF Dye content ≥85 % Sigma-Aldrich F7252-25G
Flaming/Brown Micropipette Puller, model P-97 Sutter Instrument Co. P-97
Green tattoo paste Ketchum MFG Co 329A
Phosphate-Buffered Saline, pH 7.4, liquid, sterile-filtered, suitable for cell culture Sigma-Aldrich 806552
Pneumatic PicoPump WPI World Precision Instruments PV-820
Oxygenated artifiial cerebrospinal fluid (aCSF) Reagents
Calcium chloride dihydrate (CaCl2·2H2O) Sigma-Aldrich C7902
Carbogen (5% CO2, 95% O2) AirGas X02OX95C2003102 Supplier may vary depending on region
D-(+)-Glucose Sigma-Aldrich G7021
HEPES, Free Acid Bio Basic HB0264
Hydrochloric acid solution, 1 N Sigma-Aldrich H9892
Magnesium chloride hexahydrate (MgCl2·6H2O) Sigma-Aldrich M2670
pH-Test strips (6.0-7.7) VWR BDH35317.604
Potassium chloride (KCl) Sigma-Aldrich P9541
Sodium chloride (NaCl) Bio Basic DB0483
Sodium phosphate monobasic (NaH2PO4) Sigma-Aldrich RDD007
Software
ImageJ National Institutes of Health (NIH) Open source

References

  1. Lefebvre, J. L., Sanes, J. R., Kay, J. N. Development of dendritic form and function. Annual Review of Cell and Developmental Biology. 31, 741-777 (2015).
  2. Graham, H. K., Duan, X. Molecular mechanisms regulating synaptic specificity and retinal circuit formation. Wiley Interdisciplinary Reviews Developmental biology. 10 (1), 379 (2021).
  3. Godinho, L., et al. Targeting of amacrine cell neurites to appropriate synaptic laminae in the developing zebrafish retina. Development. 132 (22), 5069-5079 (2005).
  4. Mumm, J. S., et al. In vivo imaging reveals dendritic targeting of laminated afferents by zebrafish retinal ganglion cells. Neuron. 52 (4), 609-621 (2006).
  5. Wong, W. T., Faulkner-Jones, B. E., Sanes, J. R., Wong, R. O. Rapid dendritic remodeling in the developing retina: dependence on neurotransmission and reciprocal regulation by Rac and Rho. The Journal of Neuroscience. 20 (13), 5024-5036 (2000).
  6. Wei, W., Elstrott, J., Feller, M. B. Two-photon targeted recording of GFP-expressing neurons for light responses and live-cell imaging in the mouse retina. Nature Protocols. 5 (7), 1347-1352 (2010).
  7. Morgan, J. L., Wong, R. O. L. Ballistic labeling with fluorescent dyes and indicators. Current Protocols in Neuroscience. 43 (1), 1-10 (2008).
  8. Nickerson, P. E. B., et al. Live imaging and analysis of postnatal mouse retinal development. BMC Developmental Biology. 13, 24 (2013).
  9. Morgan, J. L., Dhingra, A., Vardi, N., Wong, R. O. L. Axons and dendrites originate from neuroepithelial-like processes of retinal bipolar cells. Nature Neuroscience. 9 (1), 85-92 (2006).
  10. Coombs, J. L., Van Der List, D., Chalupa, L. M. Morphological properties of mouse retinal ganglion cells during postnatal development. The Journal of Comparative Neurology. 503 (6), 803-814 (2007).
  11. Cranfill, P. J., et al. Quantitative assessment of fluorescent proteins. Nature Methods. 13 (7), 557-562 (2016).
  12. Stacy, R. C., Wong, R. O. L. Developmental relationship between cholinergic amacrine cell processes and ganglion cell dendrites of the mouse retina. The Journal of Comparative Neurology. 456 (2), 154-166 (2003).
  13. Kay, J. N., et al. Retinal ganglion cells with distinct directional preferences differ in molecular identity, structure, and central projections. The Journal of Neuroscience. 31 (21), 7753-7762 (2011).
  14. Liu, J., Sanes, J. R. Cellular and molecular analysis of dendritic morphogenesis in a retinal cell type that senses color contrast and ventral motion. The Journal of Neuroscience. 37 (50), 12247-12262 (2017).
  15. Diao, L., Sun, W., Deng, Q., He, S. Development of the mouse retina: emerging morphological diversity of the ganglion cells. Journal of Neurobiology. 61 (2), 236-249 (2004).
  16. Coombs, J., vander List, D., Wang, G. Y., Chalupa, L. M. Morphological properties of mouse retinal ganglion cells. Neuroscience. 140 (1), 123-136 (2006).
  17. Sanes, J. R., Masland, R. H. The types of retinal ganglion cells: current status and implications for neuronal classification. Annual Review of Neuroscience. 38, 221-246 (2015).
  18. Sümbül, U., et al. A genetic and computational approach to structurally classify neuronal types. Nature Communications. 5, 3512 (2014).
  19. Lin, B., Masland, R. H. Populations of wide-field amacrine cells in the mouse retina. The Journal of Comparative Neurology. 499 (5), 797-809 (2006).
  20. Macneil, M. A., Heussy, J. K., Dacheux, R. F., Raviola, E., Masland, R. H. The shapes and numbers of amacrine cells: Matching of photofilled with Golgi-stained cells in the rabbit retina and comparison with other mammalian species. Journal of Comparative Neurology. 413 (2), 305-326 (1999).
  21. Ivanova, E., Hwang, G. S., Pan, Z. H. Characterization of transgenic mouse lines expressing Cre recombinase in the retina. Neuroscience. 165 (1), 233-243 (2010).
  22. Jo, A., Xu, J., Deniz, S., Cherian, S., DeVries, S. H., Zhu, Y. Intersectional strategies for targeting amacrine and ganglion cell types in the mouse retina. Frontiers in Neural Circuits. 12, 66 (2018).
  23. Siegert, S., et al. Genetic address book for retinal cell types. Nature Neuroscience. 12 (9), 1197-1204 (2009).
  24. Kim, I. -. J., Zhang, Y., Meister, M., Sanes, J. R. Laminar restriction of retinal ganglion cell dendrites and axons: subtype-specific developmental patterns revealed with transgenic markers. The Journal of Neuroscience. 30 (4), 1452-1462 (2010).
  25. Peng, Y. -. R., Tran, N. M., Krishnaswamy, A., Kostadinov, D., Martersteck, E. M., Sanes, J. R. Satb1 regulates contactin 5 to pattern dendrites of a mammalian retinal ganglion cell. Neuron. 95 (4), 869-883 (2017).
  26. Duan, X., Krishnaswamy, A., Dela Huerta, I., Sanes, J. R. Type II cadherins guide assembly of a direction-selective retinal circuit. Cell. 158 (4), 793-807 (2014).
  27. Ray, T. A., et al. Formation of retinal direction-selective circuitry initiated by starburst amacrine cell homotypic contact. eLife. 7, 34241 (2018).
  28. Krishnaswamy, A., Yamagata, M., Duan, X., Hong, Y. K., Sanes, J. R. Sidekick 2 directs formation of a retinal circuit that detects differential motion. Nature. 524 (7566), 466-470 (2015).
  29. Caval-Holme, F., Zhang, Y., Feller, M. B. Gap junction coupling shapes the encoding of light in the developing retina. Current Biology. 29 (23), 4024-4035 (2019).
  30. Lucas, J. A., Schmidt, T. M. Cellular properties of intrinsically photosensitive retinal ganglion cells during postnatal development. Neural Development. 14 (1), 8 (2019).
  31. Cai, D., Cohen, K. B., Luo, T., Lichtman, J. W., Sanes, J. R. Improved tools for the Brainbow toolbox. Nature Methods. 10 (6), 540-547 (2013).
  32. Rossi, J., et al. Melanocortin-4 receptors expressed by cholinergic neurons regulate energy balance and glucose homeostasis. Cell Metabolism. 13 (2), 195-204 (2011).
  33. Lefebvre, J. L., Kostadinov, D., Chen, W. V., Maniatis, T., Sanes, J. R. Protocadherins mediate dendritic self-avoidance in the mammalian nervous system. Nature. 488 (7412), 517-521 (2012).
  34. Ing-Esteves, S., et al. Combinatorial effects of alpha- and gamma-protocadherins on neuronal survival and dendritic self-avoidance. The Journal of Neuroscience. 38 (11), 2713-2729 (2018).
  35. Williams, P. R., Morgan, J. L., Kerschensteiner, D., Wong, R. O. L. In vitro imaging of retinal whole mounts. Cold Spring Harbor Protocols. 2013 (1), (2013).
  36. Ramoa, A. S., Campbell, G., Shatz, C. J. Transient morphological features of identified ganglion cells in living fetal and neonatal retina. Science. 237 (4814), 522-525 (1987).
  37. Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nature Methods. 9, 676-682 (2012).
  38. Peng, H., Ruan, Z., Long, F., Simpson, J. H., Myers, E. W. V3D enables real-time 3D visualization and quantitative analysis of large-scale biological image data sets. Nature Biotechnology. 28 (4), 348-353 (2010).
  39. Cuntz, H., Forstner, F., Borst, A., Häusser, M. One rule to grow them all: a general theory of neuronal branching and its practical application. PLoS Computational Biology. 6 (8), 1000877 (2010).
  40. Xiao, H., Peng, H. APP2: automatic tracing of 3D neuron morphology based on hierarchical pruning of a gray-weighted image distance-tree. Bioinformatics. 29 (11), 1448-1454 (2013).
  41. Nanda, S., et al. Design and implementation of multi-signal and time-varying neural reconstructions. Scientific data. 5, 170207 (2018).
  42. Sherry, D. M., Wang, M. M., Bates, J., Frishman, L. J. Expression of vesicular glutamate transporter 1 in the mouse retina reveals temporal ordering in development of rod vs. cone and ON vs. OFF circuits. The Journal of Comparative Neurology. 465 (4), 480-498 (2003).
  43. Johnson, J., et al. Vesicular neurotransmitter transporter expression in developing postnatal rodent retina: GABA and glycine precede glutamate. The Journal of Neuroscience. 23 (2), 518-529 (2003).
  44. Jüttner, J., et al. Targeting neuronal and glial cell types with synthetic promoter AAVs in mice, non-human primates and humans. Nature Neuroscience. 22 (8), 1345-1356 (2019).
  45. Zincarelli, C., Soltys, S., Rengo, G., Rabinowitz, J. E. Analysis of AAV serotypes 1-9 mediated gene expression and tropism in mice after systemic injection. Molecular Therapy. 16 (6), 1073-1080 (2008).
  46. Petros, T. J., Rebsam, A., Mason, C. A. In utero and ex vivo electroporation for gene expression in mouse retinal ganglion cells. Journal of Visualized Experiments: JoVE. (31), e1333 (2009).
  47. Lye, M. H., Jakobs, T. C., Masland, R. H., Koizumi, A. Organotypic culture of adult rabbit retina. Journal of Visualized Experiments: JoVE. (3), e190 (2007).
  48. Pignatelli, V., Strettoi, E. Bipolar cells of the mouse retina: a gene gun, morphological study. The Journal of Comparative Neurology. 476 (3), 254-266 (2004).
  49. Huckfeldt, R. M., et al. Transient neurites of retinal horizontal cells exhibit columnar tiling via homotypic interactions. Nature Neuroscience. 12 (1), 35-43 (2009).
  50. Prahst, C., et al. Mouse retinal cell behaviour in space and time using light sheet fluorescence microscopy. eLife. 9, 49779 (2020).

Play Video

Cite This Article
Ing-Esteves, S., Lefebvre, J. L. Time-Lapse Imaging of Neuronal Arborization using Sparse Adeno-Associated Virus Labeling of Genetically Targeted Retinal Cell Populations. J. Vis. Exp. (169), e62308, doi:10.3791/62308 (2021).

View Video