Капельные анализы «вода в масле» полезны для аналитической химии, эволюции ферментов и анализа одиночных клеток, но обычно требуют микрофлюидики для образования капель. Здесь мы описываем шаблонную эмульгацию частиц, безфлюидный подход к выполнению капельных анализов.
Реакции, выполняемые в монодисперсных каплях, обеспечивают повышенную точность и чувствительность по сравнению с аналогичными реакциями, выполняемыми оптом. Однако требование микрофлюидики к образованию контролируемых капель накладывает барьер для неспециалистов, ограничивая их использование. Здесь мы описываем шаблонную эмульгацию частиц, подход к генерации монодисперсных капель без микрофлюидики. Используя шаблонные гидрогелевые сферы, мы инкапсулируем образцы в монодисперсные капли простым вихрем. Мы демонстрируем этот подход, используя его для выполнения цифровой ПЦР без микрофлюидности.
Микрофлюидика капель использует компартментализацию в пиколитрных каплях для повышения чувствительности и точности анализов по сравнению с объемными реакциями и имеет многочисленные применения в химическом скрининге, белковой инженерии и секвенировании следующего поколения1,2,3. Например, цифровая капельно-полимеразная цепная реакция (ddPCR) обеспечивает повышенную точность по сравнению с объемной количественной полимеразной цепной реакцией (qPCR), с приложениями для генетических вариаций при раке, обнаружения мутаций, вызывающих заболевание, и пренатальной диагностики4,5,6. Однако одной из проблем, связанных с микрофлюидикой капель, является требование к микрофлюидным устройствам разделять образцы; в то время как микрофлюидика обеспечивает превосходный контроль над свойствами капель, они требуют специализированных знаний для создания и эксплуатации7,8. Следовательно, методы на основе капель в значительной степени ограничены экспертными лабораториями или, в редких случаях, приложениями, в которых доступен коммерческий инструмент9,10. Для расширения использования капельных анализов потребность в специализированных микрофлюидных приборах является препятствием, которое необходимо преодолеть.
В этой статье мы опишем эмульгирование частиц (PTE), метод без микрофлюидности для выполнения реакций в монодисперсных каплях. В PTE частицы шаблона поглощают образец в капли в масле-носителе простым вихрем (рисунок 1). По мере смешивания системы водная часть распадается на капли уменьшающегося размера, пока капли не содержат одиночные частицы, и в этот момент дальнейшая фрагментация невозможна, поскольку это требует разрушения частиц. Поглощенный образец окружает частицы как оболочку в каплях, тем самым инкапсулируя любые дисперсные клетки, реагенты или функциональные фрагменты (рисунок 1D). Таким образом, PTE не требует никакого оборудования или опыта для выполнения капельных реакций за пределами общего вихря. Кроме того, генерация капель занимает секунды по сравнению с минутами или часами с микрофлюидикой, а производимое количество пропорционально объему контейнера, а не времени работы устройства, что делает его в высшей степени масштабируемым. Эти преимущества делают PTE идеальным для проведения капельных анализов в различных обстоятельствах, в которых микрофлюидика непрактична. Здесь мы демонстрируем PTE и используем его для проведения ddPCR.
Рисунок 1. Обзор процесса эмульгирования по шаблонам частиц. (А) Частицы шаблона смешиваются с реагентами. (B) Избыточные реагенты удаляются после центрифугирования. (C) Добавление шаблонных молекул происходит до добавления масла. (D) Вихрь производит капли, содержащие одну молекулу шаблона. (E) Последующая термоциклировка и визуализация позволяют проводить цифровой капельный анализ целевого шаблона. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
PTE использует частицы для инкапсуляции образцов в монодисперсные капли путем вихря. В дополнение к своей простоте и доступности, PTE обеспечивает несколько дополнительных преимуществ, в том числе позволяет мгновенно генерировать большие объемы капель. Кроме того, процесс может проводиться в изолированной пробирке, устраняя необходимость передачи образцов в микрофлюидные устройства, оптимизируя общий рабочий процесс и ограничивая возможности для загрязнения или потери образцов. Частицы шаблона также обеспечивают средство, с помощью которого можно спроектировать содержание результирующих капельных реакций. Например, размер частиц, химический состав и смачиваемость могут быть спроектированы для целенаправленного захвата биомолекул или клеток, в то время как функциональные фрагменты, такие как ферменты, активные вещества или нуклеиновые кислоты, могут отображаться на частицах для облегчения реакций, таких как секвенирование отдельных клеток или функциональная характеристика. Хотя этот подход является гибким, тем не менее существуют серьезные ограничения на его использование. Например, в настоящее время невозможно выполнять капельные добавления, как это часто проводится с микрофлюидикой, требуя, чтобы все компоненты реакции были введены перед инкапсуляцией; это требует, чтобы реагенты были совместимыми и стабильными до тех пор, пока не будут образовываться капли, а в случае неприятных комбинаций часто могут быть устранены путем быстрого смешивания и эмульгирования образца на льду. Альтернативно, могут быть использованы реакционноспособные компоненты, которые могут быть вызваны внешним воздействием света или тепла13. Таким образом, PTE обеспечивает гибкий и масштабируемый метод проведения капельных анализов, доступный для неспециалистов. Это, в сочетании с присущей ему простотой и гибкостью, делает PTE идеальным для выполнения и разработки многочисленных капельных приложений.
The authors have nothing to disclose.
Эта работа по разработке этого протокола была поддержана Национальными институтами здравоохранения (R01-EB019453-02), Управлением директора Национальной разведки, деятельностью по перспективным исследовательским проектам разведки через Raytheon BBN Technologies Corp (N66001-18-C-4507), Программой исследователей биохабов Чан-Цукерберга, Агентством перспективных исследовательских проектов министерства обороны через Техасский университет A & M (W911NF1920013) и Центрами по контролю и профилактике заболеваний через Университет Джона Хопкинса Applied Лаборатория физики (75D30-11-9C-06818 (CDC3)). Мнения и выводы, содержащиеся в настоящем документе, являются мнениями и выводами авторов и не должны толковаться как обязательно представляющие официальную политику, выраженную или подразумеваемую, вышеуказанных организаций или правительства США. Правительство США уполномочено воспроизводить и распространять перепечатки для правительственных целей, несмотря на любые аннотации, содержащиеся в авторских правах.
0.22 um syringe filter | Milipore Sigma | SLGP033RS | |
0.5M EDTA, pH 8.0 | Thermo-Fisher | 15575020 | |
0.75 mm biopsy punch | World Precision Instruments | 504529 | |
1 mL syringes | BD | 309628 | |
1H,1H,2H-Perfluoro-1-Octanol (PFO) | Sigma-Aldrich | 370533 | |
1M Tris-HCI, pH 8.0 | Thermo-Fisher | 15568025 | |
27 gauge needles | BD | 305109 | |
3" silicon wafers, P type, virgin test grade | University Wafers | 447 | |
3D-printed centrifuge syringe holder | (custom) | (custom) | |
Acrylamide solution,40%, for electrophoresis, sterile-filtered | Sigma-Aldrich | A4058-100ML | |
Ammonium persulfate | Sigma-Aldrich | A3678-25G | |
Aquapel (fluorinated surface treatment) | Pittsburgh Glass Works | 47100 | |
Hexane | Sigma-Aldrich | 139386 | |
FC-40 fluorinated oil | Sigma-Aldrich | F9755 | |
Isopropanol | Sigma-Aldrich | 109827 | |
N,N′-Methylenebis(acrylamide) | Sigma-Aldrich | 146072-100G | |
NaCl | Sigma-Aldrich | S9888 | |
Novec-7500 Engineering Fluid (HFE oil) | 3M | 98-0212-2928-5 | |
polyethylene tubing | Scientific Commodities | B31695-PE/2 | |
fluorosurfactant | Ran Biotechnologies | 008-FluoroSurfactant | |
PGMEA developer | Sigma-Aldrich | 484431 | |
Photomasks | CadArt Servcies | (custom) | |
Platinum Multiplex PCR Master Mix (Taq Master Mix) | Applied Biosystems | 4464263 | |
Spin coater | Specialty Coating Systems | G3P-8 | |
Span 80 (sorbitane monooleate) | Sigma-Aldrich | s6760 | |
SU-8 3025 photoresist | Kayaku | 17030192 | |
Triton X-100 (octylphenol ethoxylate) | Sigma-Aldrich | t8787 | |
Tween 20 (polysorbate 20) | Sigma-Aldrich | p2287 | |
Platinum Multiplex PCR Master Mix (Taq Master Mix) | Applied Biosystems | 4464263 | |
Yeast FWD | IDT | 5′-GCAGACCAGACCAGAACAAA-3′ | |
Yeast REV | IDT | 5′-ACACGTATGTATCTAGCCGAATA AC-3 |
|
Yeast Probe | IDT | 5′-/56-FAM/ATATGTTGT/ZEN/TCACTCGCGCCTGGG/3IABk FQ/-3′ |
|
EVOS FL AUTO | Life Technologies | ||
EVOS LED Cube, GFP | Life Technologies | AMEP4651 | |
SYLGARD 184 KIT 1.1 LB (PDMS base and curing reagents) | Dow Corning | DC4019862 | |
TEMED | Thermo Fisher | 17919 | |
Saccharomyces cerevisiae genomic DNA | Milipore | 69240-3 | |
Expanded plasma cleaner (plasma bonder) | Harrick Plasma | PDC-002 (230V) |