Создание и обслуживание живого биобанка - Как мы это делаем
Summary
В следующей работе мы описываем последовательные шаги, необходимые для создания большого биобанка колоректального и поджелудочного рака.
Abstract
В свете растущих знаний о межиндийных свойствах и неоднородности раковых заболеваний, формирующаяся область персонализированной медицины требует платформы для доклиникологических исследований. За последние годы мы создали биобанк колорект колоректального и поджелудочного рака, состоящий из первичной опухолевой ткани, нормальной ткани, сыворотки, изолированных периферических лимфоцитов крови (PBL), ксенотрансплантатов пациентов (PDX), а также первичных и вторичных линий раковых клеток. Поскольку первоначальная опухолевая ткань ограничена, а скорость установления первичных линий раковых клеток по-прежнему относительно низка, PDX позволяет не только сохранить и продлить биобанк, но и генерацию вторичных линий раковых клеток. Кроме того, было доказано, что модели PDX являются идеальной моделью in vivo для доклинкического тестирования на наркотики. Тем не менее, биобанкинг требует тщательной подготовки, строгих руководящих принципов и хорошо настроенной инфраструктуры. Colectomy, duodenopancreatectomy или resected образцы метастазов собираются сразу после ресекции и передаются в отделение патологии. Уважая приоритет беспристрастного гистопатологического отчета, по усмотрению лечащий патологоанатом, который проводит вскрытия, собирают мелкие опухолевые кусочки и неохуморную ткань.
Некротические части отбрасываются, а оставшаяся опухолевая ткань разрезается на мелкие, идентичные кубики и криоконсервирована для более длительного использования. Кроме того, небольшая часть опухоли фарш и напряженной для первичной культуры раковых клеток. Кроме того, образцы крови, взятые у пациента до и послеоперационно, обрабатываются для получения сыворотки и ПБЛ. Для PDX engraftment криоконсервированные образцы размораживаются и имплантируются подкожно в фланги иммунодефицитных мышей. В результате PDX тесно повторить гистологии “донорских” опухолей и может быть использован для последующего ксенотрансплантации или криоконсервированных для последующего использования. В следующей работе мы описываем индивидуальные этапы создания, обслуживания и администрирования большого биобанка колоректального и поджелудочного рака. Кроме того, мы подчеркиваем важные детали и предостережения, связанные с биобанкингом.
Introduction
В последние годы накопленные знания о морфологических, клинических и генетических свойствах рака привели к зачатию рака как неоднородного, индивидуального заболевания. Следовательно, мутационная характеристика неоплазм, помимо клинических и патологических особенностей, приобрела важное значение для принятия клинических решений, и многие целевые методы лечения были разработаны для различных молекулярных изменений. Например, эффективность cetuximab в лечении колоректального рака можно предсказать путем анализа KRAS и PIK3CA мутационного статуса1. Точность медицины направлена на индивидуальный подход, чтобы обеспечить самый высокий ответ лечения в каждом пациенте и избежать токсичности неэффективной терапии2. Биобанки содержат ткани, кровь и другие биологические материалы онкологических больных, которые связаны с клиническими данными, и, таким образом, являются отличным инструментом для трансляционных исследований рака. Из-за большого количества клинических образцов, биобанки позволяют обнаруживать редкие, но потенциально наркотические мутации, что предоставляет новые возможности лечения для отдельного пациента3.
Чтобы охватить как можно более широкий спектр онкологических исследований, мы не сдерживали нашу активность только по сбору образцов, а сосредоточились на создании линий раковых клеток, полученных пациентом, и ксенотрансплантатов (PDX). Традиционные 2D клеточные линии остаются угловым камнем исследований in vitro и являются главным выбором для крупномасштабныхскринингов наркотиков 4,5. Кроме того, анализ клеточной линии часто проще, дешевле и доступнее. Дополнительно, в виду того что пациент-производные периферические лимфоциты крови (PBL) имеющиеся, также иммунология тумора можно изучить in vitro6. Тем не менее, большинство недавно разработанных препаратов с перспективными доклинической эффективностью в клеточной основе in vitro или in vivo эксперименты, показали неутешительные результаты в клиническихиспытаниях 7. В отличие от этого, доклинические исследования, основанные на PDX in vivo исследования отражают клиническую активность антинеопластических агентов гораздо более точно8. Поскольку ткань PDX тесно отражает гистологические и молекулярные свойства донорской опухоли, модели PDX являются хорошим способом распространения часто очень ограниченного количества жизнеспособных опухолевых тканей для поддержания целостности биобанка и обеспечения обмена образцами между исследовательскими группами и учреждениями. Кроме того, линии раковых клеток, полученные из ткани PDX могут быть установлены значительно проще, чем первичные линии раковыхклеток 9. В последние годы наша рабочая группа создала всеобъемлющий комплексный биобанк колоректального и поджелудочного рака путем пошаговой стандартизации и оптимизации рабочего потока для всех биологических образцов, о которомидет речь (рисунок 1).
Рисунок 1: Рабочий процесс и организация биобанка Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.
Protocol
Representative Results
Discussion
Поколение живого биобанка предполагает, помимо соблюдения правовых норм конфиденциальности, медицинского права и благополучия животных, хорошую инфраструктуру и хорошо скоординированную команду. Оказалось выгодным непосредственно привлекать часть хирургического персонала к исследовательским процедурам, так как они вполне могут оценить пригодность отдельного пациента для донорства тканей. Кроме того, пациенты, как правило, соглашаются с биобанкингом чаще, когда их письменное одобрение получено в ходе обсуждения хирургического информированного согласия. Чтобы сэкономить время и ресурсы, случаи, которые, предположительно, принести недостаточное количество опухолевой ткани не должны быть выбраны для биобанкинга. Когда дело доходит до приобретения образцов, максима “коммуникация является ключевым” является простым, но часто упускается из виду правда. Требуется всего одна неосведомленная театральная медсестра или коллега-хирург, чтобы разрушить образец с самого начала, продолжая, как обычно, и добавляя формальдегид к образцу ресекции. Поэтому крайне важно, чтобы каждый сотрудник, участвовавший в этом, знакомился с SOP для биобанкинга. Хирурги должны быть замечены накануне и в начале процедуры о запланированном сборе тканей. Кроме того, случаи, отобранные для биобанкинга, должны быть выделены в электронном плане ОР. Сбор тканей из хирургического образца должен проводиться патологоанатомом. Во-первых, это гарантирует, что сбор тканей не мешает окончательному патологическому отчету. Во-вторых, это увеличивает вероятность получения тканей с достаточным количеством жизнеспособных раковых тканей. Особенно при раке поджелудочной железы с выраженной десмопластической реакцией и частыми некротическими областями, жизнеспособные части трудно определить макроскопически для неопытного глаза. В качестве исключения из этого правила, блоки тканей из крупных печеночным или легочных метастазов, иногда могут быть вырезаны “за столом” хирургом, если хирургические поля могут быть определены макроскопически. Ректальный рак, ресектированный общим мезоректальным иссечением (TME), может быть не подходит для биобанкинга, так как сбор тканей из ресектированного образца до встраивания парафина может помешать оценке качества TME. Кроме того, ткани для биобанкинга могут быть приобретены путем трансанальной биопсии рака прямой кишки.
Показатели установки для первичных клеточных культур, полученных из первоначальной опухоли, как правило, низки. КУЛЬТУРы вторичных клеток, полученные pdX, скорее всего, могут быть успешно установлены. Мы рекомендуем тестирование различных средств массовой информации для каждого случая и использование антибиотиков добавки для первых проходов, чтобы уменьшить загрязнение до минимума, так как собранные ткани редко стерильны. После успешного распространения, каждая индивидуальная линия клеток должна быть подтверждена в качестве линии раковых клеток путем анализа FACS и регулярно проверяется на загрязнение микоплазмы. Чтобы исключить перекрестное загрязнение, рекомендуется регулярный анализ STR. Следует отметить, что протокол создания первичных и вторичных клеточных линий постоянно подвергается оптимизации. Подробная информация о составе и успехах отдельных средств массовой информации явно выходит за рамки этой работы и будет опубликована отдельно.
Для PDX engraftment, опухолевая ткань может быть имплантирована непосредственно после ресекции или криоконсервирована в сыворотке матки плода с 10% DMSO или аналогичные средства замораживания для задержки имплантации. Имплантация сразу после сбора опухолевых тканей создает нагрузку на логистический и лабораторный персонал, а результаты ксенотрансплантации после криоконсервации совсем не уступают 10. Кроме того, инкубация тканей в Matrigel до имплантации опухоли, значительно увеличивает скорость резплантации12. Рекомендуем отложить присвечение после определенного патологического нахождения и немедленного удаления ошибочно собранных образцов тканей. Так как уровень успеха первичного engraftment увеличивается с иммунодефицитом мыши-реципиента, мы склонны использовать NSG мышей для самого первого прохода PDX. После первого успешного pdX engraftment, NMRInu/nu мыши могут и должны быть использованы для последующих проходов и расширения тканей. Этот штамм является более надежным, дешевле и легче размножаться по сравнению с NSG или аналогичных иммунодефицитных штаммов, но по-прежнему показывает разумные показатели резвятся. Кроме того, его обнажение облегчает имплантацию и мониторинг роста опухоли. Для увеличения скорости присвещания в последующих проходах, мы рекомендуем прямую передачу свежесобранных тканей PDX для размещения мышей, когда это возможно, особенно для медленно растущего PDX и случаев с низким уровнем успеха первичного engraftment. Коллинз и Ланг недавно рассмотрели 14 исследований колоректального PDX создания и сообщили, что уровень приразделения варьируются от 14 до 100% со средним показателем PDX создания 68%, последний в соответствии с нашимивыводами 13. В соответствии с литературой, мы наблюдали более низкие показатели создания поджелудочной железы по сравнению с колоректальным раком PDX14. Независимо от штамма мыши хозяина и опухоли лица, рост человека, Вирус Эпштейна-Барра (EBV)-ассоциированных В-клеточных лимфом и лимфомы мурина на стороне имплантации представляет собой важнуюловушку 15,16. Если непризнанные, такие опухоли могут “загрязнять” последующие проходы и тем самым путать последовательные результаты. Необычный быстрый рост PDX и отек шейки матки, аксиллара и паховой лимфатических узлов являются сильными показателями роста лимфомы мурина, но регулярное гистологическое обследование PDX, тем не менее, целесообразно. Кроме того, генетическое согласие между PDX и соответствующим донорским пациентом должно регулярно проходить тестирование с помощью STR-анализа. В идеале биобанк должен быть связан с клинической базой данных, включающей характеристики пациентов (общая информация, выживаемость, свободное от рецидивов выживание, терапия, вторичная неоплазия и т.д.). В связи с правовыми нормами защиты конфиденциальности и отсутствием такой анонимной базы данных, наш клинический набор данных регулярно управляется и обновляется вручную сотрудничающих врачей.
В то время как обычные биобанки ограничиваются исследованиями обсерватории, живой биобанк предоставляет возможность для вмешательства in vitro и in vivo. Клеточные линии, полученные пациентами, являются важным инструментом фундаментальных исследований, высокопроизводительных скринингов лекарственных средств и оценки новых фармацевтическихагентов 4. Соответствующие модели PDX, однако, имеют все большее значение, так как они тесно повторить гистологииоригинальной опухоли 17,18 и показать высокую генетическую стабильность в течениенескольких проходов 19,20. Наш биобанк PDX зарекомендовал себя как отличная платформа для доклинических и фундаментальныхисследований 6,21. Кроме того, поскольку большие коллекции PDX адекватно отражают межличностную неоднородность популяции пациентов, подход к клиническим испытаниям PDX (PCT) (одно животное на модель на лечение) приобрел важное значение для разработки лекарств, поскольку он позволяет точно прогнозировать клинические реакции на новые препараты и комбинаторныйрежим 8. В настоящее время мы также оцениваем новые экспериментальные препараты в небольших испытаниях РСТ.
Несмотря на эти многообещающие результаты, средняя продолжительность учреждения 12,2 месяца, препятствует клинической применимости моделей PDX как “аватар мышей” для тестирования противораковых вариантов лечения, по крайней мере для тех пациентов, нуждающихся в немедленном адъювантном или даже неоадъювантноголечения 22. Дополнительным недостатком стандартных моделей PDX является отсутствие возможности использования для иммунотерапевтических тестов из-за иммунодефицита мышей-хозяина. Для преодоления этих ограничений было разработано несколько «гуманизированных» штаммов мыши. Эти мыши в значительной степени ослаблены иммунитетом, но могут быть восстановлены с различными типами человеческих клеток костного мозга или CD34и гематопоэтических стволовых клеток после PDXвырастание 23, что позволяет оценки лимфоцитов опосредовано цитотоксичность и терапии ответ на иммунный контрольно-пропускнойпункт ингибитор лечения 24,25.
В последние годы органоиды, полученные пациентами (PDO), стали важными моделями рака, конкурирующими с PDX. Полученные из нетронутых опухолевых частей и обустроенные во внеклеточной матрице эшафот, эти трехмерные структуры тесно отражают гистологические и генетические свойства первоначальной опухоли. Возможность долгосрочного расширения и криоконсервации делает PDO идеальным дополнением живого биобанка26,27. В дополнение к относительно высокой скорости создания, надежный прогноз ответных мер на наркотики было сообщено для PDO нескольких опухолевыхобразований 28. Кроме того, PDOs даже были созданы из циркулирующих опухолевых клеток, а также одновременное создание органоидов из соответствующих здоровых тканей возможно, что позволяет оценки связанных с терапией токсичности на пациентаиндивидуальной основе 29,30. Однако, по сравнению с обычными 2D-клеточными культурами, органоидная культура является трудоемкой и ресурсосоемкими, а искусственные внеклеточные матричные соединения могут вмешиваться в определенныеаналитические процедуры 31. Кроме того, раковые органоиды подвержены разрастаться более быстрыми темпами роста, не злокачественные органоиды, полученные из здоровогоэпителия 30. Из-за отсутствия стромы, кровеносных сосудов и иммунных клеток, ППО в основном неприменимы для тестирования антиангиогенных иммунотерапевтических агентов. Тем не менее, новые методы культивирования позволяют моделирование микрооквидения опухоли в пробирке, что делает PDOs истинным претендентом на PDX модели32. В ближайшем будущем, пациент-индивидуальные модели опухоли, в сочетании с мощными генетическими инструментами, как следующего поколения секвенирования, мы надеемся проложить путь к истинной точной медицины и индивидуальные подходы к лечению.
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Мы любезно признаем Дженни Burmeister, наш графический помощник, для записи и редактирования видео. Кроме того, мы благодарим наших коллег из хирургического и патологического отделения за многолетний сотрудничество. Мы также хотели бы поблагодарить Маркуса Мюллера, менеджера по производству ИТ-центра и медиа-центра Ростокского университета, за поставку оборудования для аудиозаписи и уточнение качества звука.
ФИНАНСИРОВАНИЕ: Немецкий фонд помощи раку (DKH e.V.), номер дара 108446, и номер дара TBI-V-1-241-VBW-084 от положения Mecklenburg-Vorpommern отчасти профинансировали это исследование.
Materials
| Bacillol® AF; 1L | Bode, Hartmann | REF 973380 | desinfection |
| PP centrifuge tube, 15ml; sterile | Greiner Bio One | GBO Cat. No.:188271 | centrifuge tube |
| PP centrifuge tube, 50ml, sterile | Sarstedt | Order number: 62.547.254 | centrifuge tube |
| BD DiscarditTM II Syringe 20ml | BD | REF 300296 | blood collection |
| Serum 7,5ml Sarstedt Monovette | Sarstedt | Item number: 01.1601 | blood collection |
| serological Pipette 10ml | Sarstedt | REF 86.1254.001 | liquid transfer |
| Pipetboy ratiolab® accupetta | Ratiolab | Item number: RL3200300 | liquid transfer |
| PIPETBOY acu 2 | Integra Biosciences | VWR Cat.No: 613-4438 | liquid transfer |
| DPBS; w/o Ca & Mg | Pan Biotech | Cat. No.: P04-36500 | washing |
| Pancoll human | Pan Biotech | Cat. No.: P04-60500 | density gradient centrifugation |
| DMEM/F12 (Dulbecco’s Modified Eagle Medium) | PAN Biotech | Cat. No.: P04-41500 | cell cultivation |
| FBS Good Forte (Filtrated Bovine Serum) | PAN Biotech | Cat. No.: P40-47500 | cell cultivation |
| L-Glutamine 200mM | PAN Biotech | Cat. No.: P04-80100 | cell cultivation |
| Trypsin / EDTA | PAN Biotech | Cat. No.: P10-023100 | cell cultivation |
| DMSO (Dimethyl Sulfoxid for cell culture) | PanReac AppliChem | VWR Cat.No: A3672.0250 | cell freezing |
| Freezer Medium (FCS with 10% DMSO) | selfmade | — | cell freezing |
| cryotube- CryoPure 2ml | Sarstedt | 72380 | cell freezing |
| 6-Well cell culture plate; steril; with lid | Greiner bio-one | Cat.-No.: 657 160 | cell cultivation |
| Petri dish 92 x 16 mm, PS, without cams | Sarstedt | Cat. No.: 82.1472.001 | tissue preparation |
| sterile surgical blades | B.Braun (Aesculap) | REF BB510 | tissue preparation |
| BD DiscarditTM II Syringe 10ml | BD | REF 309110 | tissue preparation |
| cell strainer; yellow; 100µm | Falcon | REF 352360 | tissue preparation |
| CoolCell | biocision | Item number: 210004 | cooling container with -1°C/min |
| Dewar transport vessel type 27 B, 2 l, 138 mm | KGW | Cat. No.: HT39.1 | transport system |
| Pipette tip 200µl | Sarstedt | REF 70.760.002 | liquid transfer |
| Filter tip 1000µl | Sarstedt | REF 70.762.411 | liquid transfer |
| Pipette 200µl, yellow | Eppendorf | Cat. No.: 3121 000.082 | liquid transfer |
| Pipette 1000µl, blue | Eppendorf | Cat. No.: 3121 000.120 | liquid transfer |
| incubator BB 6220 CU | Heraeus | Cat.-No.: 51012839 | cell cultivation |
| heating plate PRÄZITHERM | Harry Gestigkeit GmbH | — | heating |
| Microscope Zeiss Primo Vert | Carl Zeiss MicroImaging GmbH | Serial number. 3842000839 | imaging cell cultures |
| Sterile bench Safe flow 1.8 nunc | nunc GmbH & Co. KG | — | sterile working bench |
| freezer -80°C | Kryotec-Kryosafe GmbH | — | sample storage |
| Electronic balance MP-300 | Chyo | — | Scale |
| BD Micro-fine, U100 insulin syringe | BD | REF 324826 | injection anesthetic |
| Rompun 2%; 25ml | Bayer | approval number: 6293841.00.00 | anesthesia |
| Ketamin 100 mg/ml, 25ml | CP-Pharma GmbH | approval number: 401650.00.00 | anesthesia |
| GES3S Reader | Datamars | not available | RFID reader |
| ISO-Transponder FDX-B (1,4x8mm) | Peddymark | — | RFID chip |
| Cotrim-ratiopharm® Ampullen SF 480 mg/5 ml | Ratiopharm | PZN-03928197 | antibiotic drinking water |
| Heating plate #FM-20 42x28cm | Dragon | — | heating |
| Heating lamp | Electric Petra, Burgau | — | heating |
| Ointment for the eyes and nose (5% Dexpanthenol) Bepanthen | Bayer | PZN-01578675 | Eye protection |
| anatomical tweezer | B.Braun Aesculap | BD21 OR | surgical instruments |
| surgical tweezer | B.Braun Aesculap | BD50 1 R | surgical instruments |
| scissors | B.Braun Aesculap | BC05 6R | surgical instruments |
| needle holder | B.Braun Aesculap | BH1 1 OR | surgical instruments |
| Prolene 5-0 | Ethicon | XN8870.P32 | surgical suture material |
| Opsite moisture vapour permable spray dressing | Smith&Nephew | REF 66004978, PZN- 02063507 | surgical suture material |
| Adhesive aperture drape | Barrier | REF 904622 | sterile OP tissue |
| gauze swap Gazin®; steril; 10×10 cm | Lohmann&Rauscher | REF 18506 | sterile OP tissue |
| Raucotupf cotton tipped applicators | Lohmann&Rauscher | REF 11969 | applicator |
| Corning® Matrigel Basement Membrane Matrix | Corning | Cat.-No.: 354234 | Basement Membrane Matrix |
| iodine solution Braunol (7,5g povidone iodine) | B.Braun Melsungen AG | Item number: 18839 | desinfection |
| MACS® Tissue Storage Solution | Miltenyi Biotec GmbH | Order No.:130-100-008 | storage solution |
| Formafix 4% | Grimm med. Logistik GmbH | Item number: F10010G | fixation solution |
| Software FreezerworksBasic | Dataworks Development, Inc | — | sample organization |
| Zebra TLP 2844 printer | Zebra | — | label printer |
References
- Sartore-Bianchi, A., et al. PIK3CA mutations in colorectal cancer are associated with clinical resistance to EGFR-targeted monoclonal antibodies. Cancer research. 69 (5), 1851-1857 (2009).
- Pauli, C., et al. Personalized In Vitro and In Vivo Cancer Models to Guide Precision Medicine. Cancer discovery. 7 (5), 462-477 (2017).
- Lipson, D., et al. Identification of new ALK and RET gene fusions from colorectal and lung cancer biopsies. Nature medicine. 18 (3), 382-384 (2012).
- Wilding, J. L., Bodmer, W. F. Cancer cell lines for drug discovery and development. Cancer research. 74 (9), 2377-2384 (2014).
- Mouradov, D., et al. Colorectal cancer cell lines are representative models of the main molecular subtypes of primary cancer. Cancer research. 74 (12), 3238-3247 (2014).
- Klier, U., Maletzki, C., Kreikemeyer, B., Klar, E., Linnebacher, M. Combining bacterial-immunotherapy with therapeutic antibodies: a novel therapeutic concept. Vaccine. 30 (17), 2786-2794 (2012).
- DiMasi, J. A., Reichert, J. M., Feldman, L., Malins, A. Clinical approval success rates for investigational cancer drugs. Clinical pharmacology and therapeutics. 94 (3), 329-335 (2013).
- Gao, H., et al. High-throughput screening using patient-derived tumor xenografts to predict clinical trial drug response. Nature medicine. 21 (11), 1318-1325 (2015).
- Mullins, C. S., et al. Integrated Biobanking and Tumor Model Establishment of Human Colorectal Carcinoma Provides Excellent Tools for Preclinical Research. Cancers. 11 (10), (2019).
- Kuehn, F., et al. Establishment and characterization of HROC69 – a Crohn’s related colonic carcinoma cell line and its matched patient-derived xenograft. Scientific reports. 6, 24671 (2016).
- Dangles-Marie, V., et al. Establishment of human colon cancer cell lines from fresh tumors versus xenografts: comparison of success rate and cell line features. Cancer research. 67 (1), 398-407 (2007).
- Gock, M., et al. Tumor Take Rate Optimization for Colorectal Carcinoma Patient-Derived Xenograft Models. BioMed research international. 2016, 11715053 (2016).
- Collins, A. T., Lang, S. H. A systematic review of the validity of patient derived xenograft (PDX) models: the implications for translational research and personalised medicine. PeerJ. 6, 5981 (2018).
- Brown, K. M., et al. Patient-derived xenograft models of colorectal cancer in pre-clinical research: a systematic review. Oncotarget. 7 (40), 66212-66225 (2016).
- Zhang, L., et al. The extent of inflammatory infiltration in primary cancer tissues is associated with lymphomagenesis in immunodeficient mice. Scientific reports. 5, (2015).
- Moyer, A. M., et al. Spontaneous murine tumors in the development of patient-derived xenografts: a potential pitfall. Oncotarget. 10 (39), 3924-3930 (2019).
- Prall, F., Maletzki, C., Hühns, M., Krohn, M., Linnebacher, M. Colorectal carcinoma tumour budding and podia formation in the xenograft microenvironment. PloS one. 12 (10), 0186271 (2017).
- Guenot, D., et al. Primary tumour genetic alterations and intra-tumoral heterogeneity are maintained in xenografts of human colon cancers showing chromosome instability. The Journal of pathology. 208 (5), 643-652 (2006).
- Mattie, M., et al. Molecular characterization of patient-derived human pancreatic tumor xenograft models for preclinical and translational development of cancer therapeutics. Neoplasia. 15 (10), 1138-1150 (2013).
- Cho, Y. B., et al. Colorectal cancer patient-derived xenografted tumors maintain characteristic features of the original tumors. The Journal of surgical research. 187 (2), 502-509 (2014).
- Maletzki, C., et al. Functional Characterization and Drug Response of Freshly Established Patient-Derived Tumor Models with CpG Island Methylator Phenotype. PloS one. 10 (11), 0143194 (2015).
- Katsiampoura, A., et al. Modeling of Patient-Derived Xenografts in Colorectal Cancer. Molecular cancer therapeutics. 16 (7), 1435-1442 (2017).
- Wege, A. K., et al. Humanized tumor mice–a new model to study and manipulate the immune response in advanced cancer therapy. International journal of cancer. 129 (9), 2194-2206 (2011).
- Herndler-Brandstetter, D., et al. Humanized mouse model supports development, function, and tissue residency of human natural killer cells. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114 (45), 9626-9634 (2017).
- Capasso, A., et al. Characterization of immune responses to anti-PD-1 mono and combination immunotherapy in hematopoietic humanized mice implanted with tumor xenografts. Journal for immunotherapy of cancer. 7 (1), 37 (2019).
- Sato, T., et al. Long-term expansion of epithelial organoids from human colon, adenoma, adenocarcinoma, and Barrett’s epithelium. Gastroenterology. 141 (5), 1762-1772 (2011).
- Clevers, H. Modeling Development and Disease with Organoids. Cell. 165 (7), 1586-1597 (2016).
- Vlachogiannis, G., et al. Patient-derived organoids model treatment response of metastatic gastrointestinal cancers. Science. 359 (6378), 920-926 (2018).
- Gao, D., et al. Organoid cultures derived from patients with advanced prostate cancer. Cell. 159 (1), 176-187 (2014).
- Drost, J., Clevers, H. Organoids in cancer research. Nature reviews. Cancer. 18 (7), 407-418 (2018).
- Abe, Y., et al. Improved phosphoproteomic analysis for phosphosignaling and active-kinome profiling in Matrigel-embedded spheroids and patient-derived organoids. Scientific reports. 8 (1), 11401 (2018).
- Neal, J. T., et al. Organoid Modeling of the Tumor Immune Microenvironment. Cell. 175 (7), 1972-1988 (2018).
