El genoma mitocondrial de levadura de Baker codifica ocho polipéptidos. El objetivo del protocolo actual es etiquetarlos todos ellos y posteriormente visualizarlos como bandas separadas.
Las mitocondrias son orgánulos esenciales de células eucariotas capaces de respirar aeróbicos. Contienen genoma circular y aparatos de expresión génica. Un genoma mitocondrial de la levadura de panadero codifica ocho proteínas: tres subunidades del citocromo c oxidasa (Cox1p, Cox2p y Cox3p), tres subunidades de la sintasa ATP (Atp6p, Atp8p y Atp9p), una subunidad de la enzima oxidorreductasa ubiquinol-citocromo c, citocromo b (Cytb) y la proteína ribosomal mitocondrial Var1p. El propósito del método descrito aquí es etiquetar específicamente estas proteínas con metionina 35S, separarlas por electroforesis y visualizar las señales como bandas discretas en la pantalla. El procedimiento implica varios pasos. En primer lugar, las células de levadura se cultivan en un medio que contiene galactosa hasta que llegan a la etapa de crecimiento logarítmico tardío. A continuación, el tratamiento con cicloheximida bloquea la traducción citoplasmática y permite la incorporación de metionina 35S solo en productos de traducción mitocondrial. Luego, todas las proteínas se extraen de las células de levadura y se separan por electroforesis de gel de poliacrilamida. Finalmente, el gel se seca e incuba con la pantalla de fósforo de almacenamiento. La pantalla se escanea en un fosforimagen que revela las bandas. El método se puede aplicar para comparar la tasa de biosíntesis de un solo polipéptido en las mitocondrias de una cepa de levadura mutante en comparación con el tipo salvaje, que es útil para estudiar defectos de expresión génica mitocondrial. Este protocolo proporciona información valiosa sobre la tasa de traducción de todos los mRNAs mitocondriales de levadura. Sin embargo, requiere varios controles y experimentos adicionales para sacar conclusiones apropiadas.
Las mitocondrias son los orgánulos profundamente involucrados en el metabolismo de una célula eucariota. Su cadena de transferencia de electrones suministra a la célula ATP, la principal moneda energética utilizada en múltiples vías bioquímicas. Además, están involucrados en apoptosis, síntesis de ácidos grasos y hemo, y otros procesos. La disfunción de las mitocondrias es una fuente bien conocida de la enfermedad humana1. Puede ser el resultado de mutaciones en genes nucleares o mitocondriales que codifican componentes estructurales o reglamentarios de los orgánulos2. La levadura saccharomyces cerevisiae de Baker es un excelente organismo modelo para estudiar la expresión génica mitocondrial debido a varias razones. En primer lugar, su genoma está completamente secuenciado3,bien anotado, y una gran suma de datos ya está disponible en la literatura gracias a la larga historia de investigaciones llevadas a cabo con este organismo. En segundo lugar, las manipulaciones con su genoma nuclear son relativamente rápidas y fáciles debido a su rápida tasa de crecimiento y su sistema de recombinación homóloga altamente eficiente. En tercer lugar, la levadura de panadero S. cerevisiae es uno de los pocos organismos para los que se desarrollan las manipulaciones con genomas mitocondriales. Por último, la levadura de panadero es un organismo facultativo aerobe-anaerobe, que permite el aislamiento y estudio de mutantes respiratorios defectuosos, ya que pueden crecer en medios que contienen fuentes de carbono fermentables.
Describimos el método para estudiar la expresión génica mitocondrial de la levadura de panadero S. cerevisiae en el nivel traslacional4. Su principio principal proviene de varias observaciones. En primer lugar, el genoma mitocondrial de levadura codifica sólo ocho proteínas: tres subunidades del citocromo c oxidasa (Cox1p, Cox2p y Cox3p), tres subunidades de la sintasa ATP (Atp6p, Atp8p y Atp9p), una subunidad de la enzima ubiquinol-citocromo c oxidoreductasa, citocromo b (Cytb) y la proteína ribosomal mitocondrial Var1p5. Este número es pequeño, y todos ellos pueden ser separados por electroforesis en un solo gel en las condiciones adecuadas. En segundo lugar, los ribosomas mitocondriales pertenecen a la clase procariota en lugar de eucariota6,y por lo tanto, la sensibilidad a los antibióticos es diferente para los ribosomas citoplasmáticos y mitocondriales de levadura. Permite la inhibición de la traducción citoplasmática con cicloheximida, proporcionando las condiciones cuando el aminoácido etiquetado(35S-metionina) se incorpora sólo en productos de traducción mitocondrial. Como resultado, el experimento proporciona información sobre la tasa de incorporación de aminoácidos en proteínas mitocondriales sintetizadas de novo, reflejando la eficiencia general de la traducción mitocondrial para cada uno de los ocho productos
Las investigaciones sobre la expresión génica ocupan una parte central en las ciencias de la vida modernas. Se han desarrollado numerosos métodos que proporcionan información sobre este complejo proceso. Aquí, describimos el método que permite acceder a la biosíntesis proteica en la levadura de panadero S. cerevisiae mitocondrias. Por lo general, se aplica para comparar las eficiencias de traducción de los ARNM en las mitocondrias de la cepa de levadura mutante frente al tipo salvaje para acceder a las c…
The authors have nothing to disclose.
Esta investigación fue financiada por la Fundación Rusa para la Investigación Básica, concesión número 18-29-07002. P.K. fue apoyado por la Asignación Estatal del Ministerio de Ciencia y Educación Superior de la Federación de Rusia, número de subvención AAAA-A16-116021660073-5. M.V.P. fue apoyado por el Ministerio de Ciencia y Educación Superior de la Federación de Rusia, número de subvención 075-15-2019-1659 (Programa del Centro Kurchatov de Investigación del Genoma). El trabajo se realizó en parte en el equipo comprado en el marco del Programa de Desarrollo de la Universidad Estatal de Moscú. I.C., S.L., y M.V.B. recibieron además el apoyo de la beca de la Universidad Estatal de Moscú “Leading Scientific School Noah’s Ark”.
2-Mercaptoethanol | Sigma-Aldrich | M3148 | |
Acrylamide | Sigma-Aldrich | A9099 | |
Ammonium persulfate | Sigma-Aldrich | A3678 | |
Bacteriological agar | Sigma-Aldrich | A5306 | |
Biowave Cell Density Meter CO8000 | BIOCHROM US BE | 80-3000-45 | |
BRAND standard disposable cuvettes | Sigma-Aldrich | Z330361 | |
chloroform | Sigma-Aldrich | 288306 | |
cycloheximide | Sigma-Aldrich | C1988 | |
D-(+)-Galactose | Sigma-Aldrich | G5388 | |
D-(+)-Glucose | Sigma-Aldrich | G7021 | |
digital block heater | Thermo Scientific | 88870001 | |
EasyTag L-[35S]-Methionine, 500µCi (18.5MBq), Stabilized Aqueous Solution | Perkin Elmer | NEG709A500UC | |
Eppendorf Centrifuge 5425 | Thermo Scientific | 13-864-457 | |
GE Storage Phosphor Screens | Sigma-Aldrich | GE29-0171-33 | |
L-methionine | Sigma-Aldrich | M9625 | |
methanol | Sigma-Aldrich | 34860 | |
N,N,N′,N′-Tetramethylethylenediamine | Sigma-Aldrich | T9281 | |
N,N′-Methylenebisacrylamide | Sigma-Aldrich | M7279 | |
New Brunswick Innova 44/44R Shaker Incubator | New Brunswick Scientific | ||
Peptone from meat, bacteriological | Millipore | 91249 | |
Phenylmethanesulfonyl fluoride | Sigma-Aldrich | P7626 | |
Pierce 660nm Protein Assay Kit | Thermo Scientific | 22662 | |
PowerPac Basic Power Supply | Bio-Rad | 1645050 | |
Protean II xi cell | Bio-Rad | 1651802 | |
Puromycin dihydrochloride from Streptomyces alboniger | Sigma-Aldrich | P8833 | |
Sodium hydroxide | Sigma-Aldrich | 221465 | |
Storm 865 phosphor imager | GE Healthcare | ||
Trizma base | Sigma-Aldrich | 93352 | |
Vacuum Heated Gel Dryer | Cleaver Scientific | CSL-GDVH | |
Yeast extract | Sigma-Aldrich | Y1625 |