We beschrijven een protocol om menselijke huid-afgeleide fibroblasten te herprogrammeren in geïnduceerde Neuronal Progenitor Cells (iNPC’s), en hun daaropvolgende differentiatie in geïnduceerde Astrocyten (iA’s). Deze methode leidt tot een snelle en reproduceerbare generatie van iNPC’s en iA’s in grote hoeveelheden.
Onderzoek naar neurologische aandoeningen richt zich vooral op de impact van neuronen op ziektemechanismen. Beperkte beschikbaarheid van diermodellen heeft ernstige gevolgen voor de studie van celtypespecifieke bijdragen aan ziekten. Bovendien weerspiegelen diermodellen meestal geen variabiliteit in mutaties en ziektecursussen die bij menselijke patiënten worden waargenomen. Herprogrammeringsmethoden voor het genereren van geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSC’s) hebben een revolutie teweeggebracht in patiëntspecifiek onderzoek en waardevolle instrumenten gecreëerd voor het bestuderen van ziektemechanismen. IPSC-technologie heeft echter nadelen zoals tijd, arbeidsbetrokkenheid, clonal selectiviteit en verlies van epigenetische markers. Recente wijzigingen van deze methoden maken het mogelijk om directer cellijnen of specifieke celtypen te genereren, waarbij klonale isolatie of een pluripotente stamceltoestand worden omzeild. We hebben een snelle directe conversiemethode ontwikkeld om geïnduceerde neuronale voorlopercellen (iNPC’s) te genereren uit huidfibroblasten met behulp van retrovirale vectoren in combinatie met neuraliserende media. De iNPC’s kunnen worden onderscheiden in neuronen (iN’s) oligodendrocyten (iOs) en astrocyten (iA’s). IAs-productie vergemakkelijkt snelle testen van geneesmiddelen en ziektemechanismen, omdat differentiatie van iNPC’s slechts 5 dagen duurt. Bovendien zijn iA’s gemakkelijk om mee te werken en worden ze in grote aantallen gegenereerd in zuivere populaties. We ontwikkelden een zeer reproduceerbare co-cultuurtest met behulp van muis GFP + neuronen en patiënt afgeleide iA’s om potentiële therapeutische strategieën voor tal van neurologische en neurodegeneratieve aandoeningen te evalueren. Belangrijk is dat de iA-assays schaalbaar zijn tot 384-well formaat, wat de evaluatie van meerdere kleine moleculen in één plaat vergemakkelijkt. Deze aanpak maakt gelijktijdige therapeutische evaluatie van meerdere patiëntcellijnen met verschillende genetische achtergrond mogelijk. Eenvoudige productie en opslag van iA’s en capaciteit om meerdere verbindingen in één test te screenen, maakt deze methodologie aanpasbaar voor gepersonaliseerde geneeskunde.
Het begrijpen van onderliggende ziektemechanismen is van cruciaal belang voor neurologische ziekten, omdat het helpt bij de ontwikkeling van potentiële therapeutische strategieën. Hoewel diermodellen van oudsher de gouden standaard zijn voor het onderzoeken van ziekten van het zenuwstelsel , toont de directe vertaling van potentiële therapieën naar een klinische setting vaak beperkt succes1,2,3. Redenen voor het gebrek aan vertaling zijn gebrek aan variabiliteit van genetische achtergrond en mutaties bij muizen, onvolledige weergave van ziektefenotypes en variatie in medicijngevoeligheid of dosering bij menselijke patiënten die niet goed worden afgebeeld in ingeteelde muisstammen. Bovendien zijn er voor veel zeldzame neurologische aandoeningen geen of weinig diermodellen beschikbaar. Het direct bestuderen van ziektemechanismen in relevante menselijke celtypen kan onderzoek vergemakkelijken en de vertaling naar de kliniek verbeteren. Voor CZS-aandoeningen zijn primaire menselijke cellen moeilijk op te halen en vertegenwoordigen ze een zeer beperkte bron, omdat biopsieën invasief zijn of alleen postmortem kunnen worden opgehaald in het eindstadium van de ziekte. In de afgelopen 15 jaar heeft de ontwikkeling van cellulaire herprogrammeringstechnologie het vermogen om menselijke neurologische en neurodegeneratieve ziekten in vitro te modelleren snel uitgebreid.
Traditionele methoden voor celherprogrammering omvatten het herprogrammeren van fibroblasten of andere celtypen in geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSC’s) die zich kunnen onderscheiden in celtypen uit alle drie de kiemlagen4. Takahashi en Yamanaka waren de eersten die aantoonden dat reexpressie van vier stamceltranscriptiefactoren voldoende is om somatische cellen om te leiden tot iPSC’s5. iPSC’s kunnen vervolgens verder worden gedifferentieerd in specifieke celtypen. Het nadeel van dit proces is echter dat het arbeidsintensief en tijdrovend is om stabiele stamcelklonen te genereren en te isoleren. Somatische mutaties of specifieke afwijkingen van de moedercel worden ook gehandhaafd in de stamcelkloon en kunnen de resultaten van het onderzoekbeïnvloeden 6. Bovendien suggereert toenemend bewijs dat het herprogrammeringsproces naar stamcellen waardevolle epigenetische veranderingen wist die de mechanismen voor cellulaire ziekten kunnen beïnvloeden4,7,8. In de afgelopen jaren richtten onderzoekers zich op aangepaste herprogrammeringsmethoden die een directere generatie van verschillende celtypen mogelijk maakten en tegelijkertijd de pluripotente stamceltoestand9,10,11,12 (beoordeeld in 13,14) omzeilden. Eerste doorbraken onthulden in vitro combinatorische herprogrammering van fibroblasten naar cardiomyocyten15, neuronen16 en hepatocyten17 door ectopische expressie van meervoudige afstammingsspecifieke transcriptiefactoren of microRNAs18. Dit werd gevolgd door studies die cellen direct herprogrammeren om neurologische aandoeningen te modelleren19,20. Zoals hierboven vermeld, hebben dergelijke directe herprogrammerings- of conversieprotocollen potentiële voordelen ten opzichte van klassieke iPSC-protocollen, waaronder snelheid en de ablatie van de klonale isolatiestap. Bovendien wijst het bewijs erop dat deze protocollen het mogelijk maken een grotere hoeveelheid epigenetische informatie met betrekking tot de leeftijd van de patiënt te behouden en waarschijnlijk geldt hetzelfde voor ziekterelevante markers7,8.
Tot op heden is het meeste in vitro onderzoek naar neurologische aandoeningen voornamelijk gericht op neuronen. Het is echter bekend dat andere celtypen zoals astrocyten, microglia en oligodendrocyten een cruciale rol spelen bij ziektepathologie en progressie van neurodegeneratieve aandoeningen zoals de ziekte van Alzheimer (AD), Amyotrofische Laterale Sclerose (ALS), de ziekte van Parkinson (PD), de ziekte van Huntington (HD), Multiple Sclerose (MS) en andere neurologische pathologieën zoals rettsyndroom (RTT), slaapstoornissen,verslaving,epilepsie, lysosomaleaandoeningen Astrocyten zijn het meest voorkomende celtype in het centrale zenuwstelsel (CZS) en tot voor kort werden ze in grote lijnen verwaarloosd vanuit een pathologisch oogpunt7. Het is nu bekend dat ze een cruciale rol spelen bij het ondersteunen van bijna alle homeostatische functies van het gezonde CZS. Bovendien is het duidelijk dat ze een belangrijke pathologische impact hebben en zeer waardevol zijn bij het begrijpen van het ziektemechanisme en het evalueren van therapeutische strategieën19.
In de huidige beschrijving beschrijven we een protocol voor directe omzetting van fibroblasten van menselijke patiënten in geïnduceerde neuronale voorlopercellen (iNPC’s) met behulp van retrovirale vectoren die de Yamanaka-herprogrammeringsfactoren uitdrukken (Klf4, Oct3/4, Sox2 en c-Myc) en daaropvolgende blootstelling aan neuraliserende media. Eerdere studies hebben verschillende combinaties van transcriptiefactoren gebruikt voor directe herprogrammering naar neurale cellen (herzien in 14), maar de factoren die in het beschreven protocol worden gebruikt, zijn algemeen beschikbaar als plasmiden voor de interne productie van virale vectoren, of als commercieel beschikbare kant-en-klare virale herprogrammeringskits. De resulterende iNPC’s kunnen verder worden gedifferentieerd in geïnduceerde neuronen (iN’s)27, oligodendrocyten (iOs)24 en astrocyten (iAS)19 om hun rol bij neurologische ziekten te bestuderen. Ons protocol omvat geen tijdrovende generatie iPSC’s die de meeste beschikbare protocollen gebruiken voor afleiding van menselijke astrocyten28. Ongeveer 98% tot 100% van de direct geherprogrammeerde iNPC’s kan differentiëren in GFAP-positieve astrocyten29 in vergelijking met slechts 2% met behulp van directe conversiemethode van fibroblasten naar astrocyten30. Onlangs heeft een vergelijkende transcriptomische studie met behulp van onze beschreven herprogrammeringsmethode aangetoond dat iNPC’s geherprogrammeerd uit donorfibroblasten verouderingskenmerken kunnen behouden op transcriptie- en functioneel niveau vergelijkbaar met leeftijdsgematchte postmortale astrocyten en primaire astrocyten29. Dit conversieprotocol is dus een krachtig hulpmiddel om ziektemechanismen te onderzoeken en nieuwe therapeutische benaderingen voor leeftijdsgebonden neurodegeneratieve en neurologische aandoeningen te evalueren.
Hier beschrijven we het protocol dat wordt gebruikt om iNPC’s te genereren en verdere differentiatie in iA’s, die het meest geschikt zijn voor kleinschalige kleinschalige moleculaire screeningstesten. Ziektemechanismen en medicijntests met iA’s kunnen worden gedaan met behulp van verschillende methodologieën, zoals coculturen met neuronen of metabole en biochemische analyse. Het voordeel van dit systeem is de snelheid en het gemak van onderhoud van deze cellijnen in vergelijking met iPSC’s. Bovendien kunnen iNPC’s in kleine porties worden ingevroren voor iAs-differentiatie, wat het testen van geneesmiddelen onder constante omstandigheden gedurende langere tijd vergemakkelijkt. Over het algemeen wordt vergelijking van grotere steekproefaantallen mogelijk op deze manier, wat de deur opent om het therapeutische potentieel van verbindingen in een grotere en representatievere patiëntenpopulatie te evalueren.
Kortom, de directe conversie is een snelle en eenvoudige methode om geïnduceerde neuronale voorlopercellen te genereren uit huidfibblasten van patiënten. Deze methode is voordelig vanwege de snelheid en het grote aantal gegenereerde cellen die gemakkelijk te onderhouden zijn. Bovendien suggereert toenemend bewijs dat directe herprogrammeringsmethoden minder epigenetische tekens verwijderen in vergelijking met klassieke iPSC-herprogrammeringstechnologie, waardoor het ziektemilieu intacter blijft4,7,8. De differentiatie van iNPC ‘s ten nadep aan astrocyten is zeer eenvoudig en zeer reproduceerbaar , zelfs tussen meerdere onafhankelijke laboratoria19,29,33. iNPC’s kunnen in kleine porties worden ingevroren en direct worden ontdooid voor differentiatiedoeleinden, wat helpt de variatie tussen experimenten te verminderen, omdat passagenummers vergelijkbaar kunnen worden gehouden. Astrocyten spelen een cruciale rol in de progressie van ziekten bij veel neurologische ziekten en zijn daarom een interessant celtype om mee te werken. De astrocyten kunnen worden gebruikt voor mechanistische studies, metabolische studies of drug testen assays en worden meestal gekweekt als monolagen. Bovendien kunnen astrocyten worden gecombineerd in co-kweeksystemen met muis- of menselijke neuronen om de impact van astrocyten op neuronale overleving en morfologie te beoordelen, die beide goede uitlezingen zijn voor het testen van geneesmiddelen34.
Om dit protocol met succes te kunnen gebruiken, moeten een paar punten en mogelijke beperkingen in gedachten worden gehouden. De menselijke huidfibroblasten variëren bijvoorbeeld sterk in hun celdelingssnelheid en reactie op virale vectoren. Omdat dit geen gestandaardiseerde cellijnen zijn, zijn ze net zo variabel als de mensheid zelf, elke lijn is anders. Zoals voor veel herprogrammeringsmethoden, is het gemakkelijker om fibroblasten te herprogrammeren die een matige tot snelle celdelingssnelheid hebben ten opzichte van cellen die nauwelijks repliceren. De replicatiesnelheid kan worden beïnvloed door de kwaliteit van de huidbiopsie en de verwerking zelf, door het passagenummer van de fibroblasten en de behandeling. Bij het werken met primaire huidfibroblasten is het belangrijk om de cellen niet te dicht te laten worden om inductie van senescentie te voorkomen. Als de fibroblasten niet goed groeien, is het het beste om een nieuw bestand of een lagere passage te proberen, hoewel in sommige gevallen de ziekte zelf ook een rol kan spelen. Celdeling kan soms worden verbeterd door 15% of 20% FBS in de fibroblastmedia te gebruiken in vergelijking met de standaard 10%.
De kwaliteit van de herprogrammering van virale vectoren is van groot belang voor succes. In onze handen waren retrovirale vectoren efficiënter in vergelijking met lentivirale vectoren of andere niet-integrerende virussen; dit kan echter afhankelijk zijn van de virale vectorkwaliteit en zuiverheid. Commerciële retrovirale vectorkits specificeren meestal de virale vectorconcentratie en vaak ook een veelheid aan infecties voor een bepaalde cellijn. Het is belangrijk om in gedachten te houden dat primaire fibroblasten verschillen van de cellijn die door de bedrijven wordt gebruikt om de virale vectoropname te bepalen. Bovendien is, zelfs bij het bestellen van dezelfde commerciële kit, variatie tussen batches gebruikelijk. Bovendien varieert de opname van virale vectoren ook tussen fibroblastcellijnen. Sommige lijnen kunnen gevoeliger zijn en daarom kunnen getransduceerde cellen afsterven, terwijl andere cellijnen mogelijk beter bestand zijn tegen virale opname. Het bepalen van de transductie-efficiëntie voor een bepaalde cellijn kan dus belangrijk zijn, vooral als de cellijn langzaam groeit of eerdere conversiepogingen zijn mislukt. In onze handen is de beste manier om te evalueren hoeveel van een specifieke retrovirale vector nodig is voor conversie, het uitvoeren van een immunofluorescente kleuring met verschillende verdunningen van de virale vector. Het aantal cellen dat het transgene voor elke vector uitdrukt, kan vervolgens worden geteld, met als doel een transductie-efficiëntie van 70% of hoger. Onze ervaring is dat vergelijkbare MOIs voor de meeste cellijnen kunnen worden gebruikt, maar de MOI kan indien nodig worden aangepast.
Tijdens het conversieproces is het van cruciaal belang om de cellen niet te vroeg te splitsen. De tijd tot de cellen klaar zijn om te worden gesplitst, hangt af van meerdere factoren, waaronder de primaire cellijn en de kenmerken ervan, de kwaliteit van de gebruikte virale vector en de mediakwaliteit. Belangrijk is dat het slagingspercentage van de conversie veel hoger is wanneer de cellen op hoge dichtheid worden gehouden. Zelfs als de cellen de morfologie beginnen te veranderen, is het beter om de cellen in de eerste put langer te laten dan ze voortijdig te splitsen. Als de splitsing te vroeg plaatsvindt, kan de conversie stoppen in de voortgang en de cellen ertoe brengen om terug te differentiëren naar fibroblastachtige vorm en gedrag. Bovendien kan het te vroeg verdunnen ervan resulteren in meer langwerpige cellichamen in vergelijking met de kleine en compacte cellichamen van de EERDER waargenomen NPC’s. De eerste splitsingen moeten dus altijd conservatief zijn; het is beter om de cellen te dicht te houden met een 1:1 of 1:2 split in vergelijking met het te veel verdunnen. Enige celdood wordt verwacht na de eerste splitsing. Let op, de cellen zien er altijd slechter (vlakker) uit de eerste dag na het splitsen, wat normaal is. De beste oordelen over de celvorm moeten 2-3 dagen later worden gemaakt. Belangrijk is dat ook de kwaliteit van de groeifactoren en mediacomponenten cruciaal is. Het is belangrijk om kleine hoeveelheden media met groeifactoren voor te bereiden, zodat de volledig voorbereide media maximaal 5-7 dagen worden gebruikt. Bewaar het medium niet langer op kamertemperatuur of 37°C. Snel gebruiken en in de koelkast bewaren zodra de mediawissel is uitgevoerd. Bovendien kan het laag houden van het mediavolume bij 1 ml in plaats van 2 ml helpen, vooral voor cellijnen die beter bestand zijn tegen conversie. Als de cellen de media snel consumeren, wat kan worden waargenomen door een verandering in mediakleur van rood naar geel (verzuringssnelheid), past u het volume van de media aan tot 2 ml. Snelle mediaconsumptie is een positief teken en wordt vaak waargenomen in latere stadia van conversie naast een toegenomen proliferatie.
NPC’s zijn ook erg gevoelig voor de aanwezigheid van accutase in de media en het is erg belangrijk om de incubatietijd van de accutase kort te houden. We raden een incubatietijd van 2-4 minuten aan, controleer cellen vaak onder de microscoop om te zien wanneer ze zijn losgeraakt. Het is essentieel om de cellen na het splitsen te centrifugeren om de enzymmix uit de media te verwijderen. Het is ook belangrijk om het passagenummer in gedachten te houden, omdat cellijnen kunnen veranderen bij uitgebreide cultivering, wat leidt tot wijziging van expressieprofielen. Het is dus belangrijk om veel celvoorraden in vroege passages te bevriezen. Cellen moeten worden ingevroren in 10% DMSO en 90% NPC-media en op lange termijn worden opgeslagen in vloeibare stikstof. Vanwege het gebrek aan serum in dit medium is het van cruciaal belang om te zorgen voor een langzame bevriezing met behulp van vrieskamers en eenmaal ‘s nachts bevroren, onmiddellijk over te brengen naar vloeibare stikstof. Hoewel er in dit protocol geen klonale selectie wordt uitgevoerd, is het mogelijk dat uitgebreide cultivering en passaging leidt tot natuurlijke selectie van een initiële celpopulatie met gunstige groei en overlevingskans. Daarom is het belangrijk om het passagenummer en de behandeling in gedachten te houden bij het uitvoeren van experimenten. We geven er de voorkeur aan om lagere passages te gebruiken voor experimenten, indien mogelijk overschrijden we de doorlaatlijn van de cellijnen niet meer dan 20 keer. Omdat NPC’s snel groeien, kunnen grote aantallen voorraden worden bevroren bij lagere passages voor experimenten. Cellijnen met bijzonder hoge groeisnelheden lopen een hoger risico op mediaverzuring. Naarmate cellijnen met verschillende snelheid groeien, moet de hoeveelheid media mogelijk worden aangepast op basis van proliferatie. Als de cellen continu in sterk verzuurde media worden achtergelaten, kan dit de gezondheid van zowel controle- als ziektecellijnen beïnvloeden. Dit zorgt ervoor dat zelfs gezonde astrocyten reactief worden, wat het gebruik ervan in verdere differentiatie en experimenten beïnvloedt.
Voor astrocytdifferentiatie is het belangrijk om de cellen op een lage dichtheid te houden, omdat een hoge dichtheid voorkomt dat de cellen differentiëren en ze zich met hogere snelheden blijven verspreiden. De zaaidichtheid moet dus worden aangepast voor elke cellijn, afhankelijk van hun proliferatiesnelheid. We raden aan om verschillende zaaidichtheden te proberen en kleuringen / RT-PCR uit te voeren met astrocytmarkers om een goede differentiatie te garanderen. De kwaliteit van de IAs kan worden beoordeeld naast gezonde controles met behulp van co-cultuurtesten met neuronen. Op voorwaarde dat ziektepathologie niet leidt tot een reactief fenotype, moeten neuronen gedurende meerdere dagen levensvatbaar blijven in contact met IA’s. Astrocytmorfologie kan sterk variëren tussen individuele cellijnen en kan ook worden beïnvloed door het ziektefenotype. Bovendien kunnen ze bij ziekten waarbij astrocyten zwaar worden beïnvloed, een reactief fenotype vertonen met grote, langwerpige extensies.
The authors have nothing to disclose.
We danken alle patiënten en gezonde vrijwilligers voor het doneren van kritische monsters aan onderzoeken. Bovendien bedanken we Rochelle Rodrigo voor continue deskundige technische assistentie in weefselkweek en Laura Ferraiuolo voor het onafhankelijk bevestigen van de techniek in haar lab als medewerker. Dit werk ontving financiering van de Amerikaanse National Institutes of Health Grants R01 NS644912-4 en RC2 NS69476-01 (aan A.L.S.) en Packard Center for ALS Research Grant P2ALS en de Helping Link Foundation. K.M. ontving ook financiering van de Swiss National Science Foundation en de Young Investigator Development Award van de Muscular Dystrophy Association, The Rett Syndrome Research Trust en de Families of SCN2A-stichtingen.
100mm x 2mm Style dish, Cell culture treated, Nonpyrogenic | Corning | 430167 | Tissue culture |
15 ml conical screw cap centrifuge tubes, copolymer polypropylene | USA Scientific | 1475-1611 | Used for lifting and centrifuge cells |
50mL Conical Centrifuge Tubes | USA Scientific | 1500-1811 | Media preparation |
Antibiotic-Antimycotic (100X) | Gibco | 15240062 | Antibiotic with antifungal activity for media preparation |
B-27 Supplement (50X), serum free | Invitrogen | 17504044 | For NPC and base media |
Cryogenic vials 1.2ML | Corning | CLS430658-500EA | For freezing cell stocks |
DMEM, high glucose, GlutaMAX Supplement, pyruvate | Gibco | 10569010 | For fibroblast and Astrocyte media |
DMEM/F-12, GlutaMAX supplement | Gibco | 10565042 | For NPC and base media |
DMSO | Sigma | D2438-50ML | For freezing cell stocks |
Dulbecco’s Phosphate Buffered Saline (PBS) | Gibco | 14190136 | Referred in protocol as PBS. For fibronectin dilution and cell wash |
EZ Retrovirus iPSC Reprogramming Kit | ALSTEM | RF101 | Retrovirus containing the Yamanaka factors. Virus can also be made in-house. |
Fetal Bovine Serum, certified | Gibco | 16000-036 | Referred in protocol as FBS . For Fibroblast and Astrocyte media |
Fisherbrand Sterile Syringes for Single Use | Fisher | 14-955-461 | Filter media (50mL) |
Heparin sodium salt from porcine intestinal mucosa | Sigma | H3149-10KU | Referred in protocol as Heparin. Used in conversion media. Powder diluted in ultrapure water. Final stock concentration of 5000X |
Human Plasma Fibronectin Purified Protein | Millipore Sigma | FC010-10MG | Referred in protocol as Fibronectin, used in 1:200 dilution for coating. |
Isopropanol (technical grade) | Fisher Scientific | S25372A | For freezing cell stocks |
Mr. Frosty | Thermo Fisher | 5100-0001 | For freezing cell stocks |
N-2 Supplement (100X) | Gibco | 17502048 | For Astrocyte, NPC and base media |
Recombinant Human EGF | Preprotech | AF-100-15 | Referred in protocol as EGF, used in conversion media. Powder diluted in PBS, final concentration of 1mg/mL, stored in small frozen aliquots |
Recombinant Human FGF-basic | Preprotech | 100-18B | Referred in protocol as FGF, used in NPC and conversion media. Powder diluted in PBS, final concentration of 1mg/mL, stored in small frozen aliquots |
StemPro Accutase Cell Dissociation Reagent | Gibco | A1110501 | Referred in protocol as Accutase. Used for lifting during the conversion process and NPCs. |
Stericup Quick Release-GP Sterile Vacuum Filtration System | Millipore Sigma | S2GPU05RE | Media filtration |
Tissue culture plate, 6 well, Flat bottom with Low evaporation lid | Fisher | 08-772-1B | Tissue culture |
Trypsin-EDTA (0.05%), phenol red | Invitrogen | 25300062 | Lifting of Fibroblasts and Astrocytes |
Whatman Puradisc 25 syringe filters, 0.2 μm, PES sterile | Millipore Sigma | 80-2502 | Filter media (50mL) |