Burada DNA programlı yapıştırma kullanarak mikropattern hücrelere tek hücreli çözünürlükte bir protokol sunuyoruz. Bu protokol, cam bir slaytta DNA oligonükleotid desenleri oluşturmak için bir tezgah üstü fotolithografi platformu kullanır ve daha sonra hücre zarlarını ticari olarak mevcut tamamlayıcı oligonükleotidlerle etiketler. Oligoların hibridizasyonu programlanmış hücre yapıştırılması ilesonuçlanır.
Hücrelerin göreli konumlandırılması, hücre-hücre etkileşimlerini düzenleyen mikroçevrinin önemli bir özelliğidir. Aynı veya farklı tipteki hücreler arasındaki etkileşimleri incelemek için mikropatterning teknikleri yararlı olmuştur. DNA Programlı Hücre Montajı (DPAC), DNA melezleme kullanarak hücrelerin bir substrata veya diğer hücrelere yapışıklıklarını hedefleyen bir mikropatterning tekniğidir. DPAC’taki en temel işlemler, hücre zarlarını lipid modifiye oligonükleotidlerle süslemek, daha sonra tamamlayıcı DNA dizileri ile desenlenmiş bir substrat üzerinden akması ile başlar. Hücreler sadece tamamlayıcı bir DNA dizisi buldukları alt tabakaya seçici olarak yapışırlar. Yapışmayan hücreler yıkanır ve yapışan hücrelerin bir deseni ortaya çıkar. Ek işlemler arasında hücre-substrat veya hücre hücre yapışıklıklarının daha fazla turu ve DPAC tarafından oluşturulan desenlerin uzun vadeli kültür için gömme bir hidrojel’e aktarılması yer alır. Daha önce, yüzeylerde oligonükleotidleri desenleme ve hücreleri DNA dizileriyle süsleme yöntemleri sırasıyla özel ekipman ve özel DNA sentezi gerektiriyordu. Modüler bir format kullanılarak dağıtılan ucuz bir tezgah üstü fotolithografi kurulumu ve piyasada bulunan kolesterol modifiye oligonükleotidler (CMO’lar) kullanılarak protokolün güncellenmiş bir sürümünü rapor ediyoruz. CMO etiketli hücreler DNA desenli yüzeylere yüksek verimlilikle yapışır. Bu yaklaşım, aynı anda birden fazla hücre tipini yüksek hassasiyetle desenlendirmek ve hücre dışı bir matris içine gömülü mikrotissues dizileri oluşturmak için kullanılabilir. Bu yöntemin avantajları arasında yüksek çözünürlüğü, hücreleri mikropattern’i bozmadan üç boyutlu bir mikroçevreğe gömme yeteneği ve herhangi bir hücre tipini desenleme esnekliği bulunur.
Hücrelerin bir dokuda birbirine göre konumlandırılması, mikroçevrici1 , 2,3,4’ünönemli bir özelliğidir. Canlı hücreleri mekansal kontrollü düzenlemelere örüntülemek için kullanılan teknikler, farklılaşma 4 , 5,6,7,8,hücre hareketliliği9, morfogenez10 , 11 , 12, metabolizma13ve hücre-hücre etkileşimleri 7 ,14 ‘ü incelemek için değerli deneyselaraçlardır. . Her biri kendi avantajları ve dezavantajları olan hücrelerin desenleme için çeşitli yöntemlervardır 3,4. Mikrokontact baskı ve lazer kesim kalıplar gibi hücre dışı matris (ECM) proteinlerinin yapışkan adalarını oluşturan yöntemler basit ve ölçeklenebilirdir. Bununla birlikte, aynı anda birden fazla veya iki hücre tipini desenlamak zordur, çünkü farklı hücre tiplerinin farklı ECM moleküllerine yapışkan özellikleri genelliklebenzerdir 15,16,17. PEG kaplı bölgeleri alevlendirmek ve sonraki protein adsorpsiyonuna izin vermek için UV ışığını kullanan bir teknik olan ışık kaynaklı moleküler adsorpsiyon (LIMAP) ile daha karmaşık mikropatternler oluşturulabilir18,19. Bu işlem, birden fazla hücre tipine sahip yüksek çözünürlüklü mikropatternler oluşturmak için tekrarlanabilir. Bununla birlikte, hücrelerin farklı protein yamalarına çapraz bağlanması meydana gelebilir, bu da zayıf desen özgüllüğüne neden olabilir19. Hücrelerin mikromekanik olarak yeniden yapılandırılabilir kültür cihazlarına tohumlandırılması gibi fiziksel yöntemler, dinamik kontrole sahip yapılandırılmış ortak kültürler oluşturabilir, ancak mikrokontact baskının veya LIMAP14,8’indesen tasarımında esneklik olmadan. Diğer tekniklerden farklı olarak, biyobaskı hidrojeller20,21içindeki hücrelerin üç boyutlu düzenlemelerini oluşturabilir. Bununla birlikte, biyobaskıda yapılar diğer mikropatterning tekniklerinden çok daha düşük çözünürlüğe sahiptir, yüzlerce mikron sırasına göre ortalama özellik boyutu22. İdeal bir hücre desenleme yöntemi yüksek çözünürlüğe, desen birden fazla hücre tipine sahip olur, kolayca erişilebilen ekipman ve reaktifleri kullanır ve üç boyutlu (3D) hücre kültürü için başarılı desenleri bir hidrojel içine gömme yeteneğine sahiptir. Bu makalede, hücre yapışıklıklarını bir substrata hedeflemek için DNA hibridizasyonunun esnekliğini ve hızını kullanan bir hücre mikropatterning tekniği olan CMO-DPAC’ı sunuyoruz. Bu yöntem, daha uygun fiyatlı, modüler ve erişilebilir hale getirmek için önceki protokollerimiz23,24’ten uyarlanmıştır. Mevcut protokolü kullanarak, herhangi bir laboratuvar herhangi bir özel ekipman veya uzmanlık olmadan tamamen işlevsel bir sistem kurabilmelidir.
DNA Programlı Hücre Montajı (DPAC), hücre-hücre aralığı ve doku geometrisi üzerinde hassas kontrol ile hücreleri tek hücre çözünürlüğünde desenleyen güçlü bir doku mühendisliği tekniğidir. DPAC’ta hücre zarları, hücre zarında melezlemek için tasarlanmış iki lipid modifiye oligo kullanılarak DNA oligonükleotidleri (oligos) ile dekore edilmiştir. Oligolar hidrofobik lipitlere eşlendiği için, melezleme yaptıkları hücre zarı25’e hızla bölünürler, yaygın olarak bağlı olmayan moleküllerin net hidrofobikliğini artırırlar ve böylece hücre yüzeyinde yaşam sürelerini artırırlar26. Oligolar hücre yüzeyinde, reçete edilen bileşim, hücre hücresi aralığı ve geometri23,24ile tanımlanmış 2D veya 3D hücre desenleri oluşturmak için diğer hücrelerde tamamlayıcı oligolar veya DNA işlevli cam slaytlar ile melezlenebilecekleri şekilde sunulur. Desenli mikrotissular yüzeyden enzmatik olarak bölünebilir ve uzun süreli 3D kültürü için bir hidrojel içine gömülebilir. Birincil hücreler veya kök hücreler ile birlikte kullanıldığında, ortaya çıkan hücre koleksiyonları morfogenezden geçirilebilir ve organoidler23 , 27,28olarak oluşabilir. DPAC, rakip sinyallere yanıt olarak yetişkin nöral kök hücre kaderinin dinamiklerini araştırmak için uygulanmıştır6,29, meme epitel hücrelerinin kendi kendine organizasyonunu incelemek için 23,28ve mezenkimal yoğuşma yoluyla “doku origami” oluşturmak için27.
DPAC, birden fazla hücre popülasyonunun hassas bir şekilde yerleştirilmesine izin verir ve ekstrüzyon bazlı biyobaskılardan (mikron sırasına göre)22,23‘ten önemli ölçüde daha iyi çözünürlüğe sahiptir. Ek olarak, mikrokontact baskı gibi ECM tabanlı desenleme yöntemlerinin aksine, DPAC farklı hücre tiplerinin ECM kaplı bir yüzeye diferansiyel yapışmasını gerektirmez15,23. Bir dokunun bileşiminin davranışını nasıl etkilediği, hücrelerinkararverirken birden fazla hücresel ve mikroçevronemental ipucunu nasıl entegre ettiği ve hücre çiftlerinin birbirleriyle nasıl etkileşime girdiği hakkındaki sorularıyanıtlamakiçin idealdir. Bu yöntemin diğer mikropatterning yöntemlerine göre bir avantajı, tek bir görüntüleme düzleminde 3D hücre kültürü için kullanılabilmesi, doku öz organizasyonu ve organoid morfogenez 23,27,30’unhızlandırılmış çalışmalarını kolaylaştırmasıdır.
Bu avantajlara rağmen, DPAC’ın başarılı bir şekilde uygulanması, özel oligonükleotid reaktiflerin sentezini ve DNA deseni23,24için özel ekipmanlara erişimi gerektirmiştir. Örneğin, orijinal protokolde kullanılan en uygun lipid modifiye oligolar (LMO’lar) özel sentezlenmeli, lignoserik asit veya palmitik asit ile değiştirilmeli ve saflaştırılmalıdır26. Bu işlem, bir DNA sentezleyici ve yüksek performanslı bir sıvı kromatografi aletinin kullanılmasının yanı sıra, hem kurumsal hem de federal düzenlemelere tabi olan kontrollü bir madde olan metilamin gibi ilişkili reaktiflerin satın yapılmasını gerektirir. Alternatif olarak, LMO’lar toplu olarak özel olarak satın alınabilir, ancak bu teknolojiye önemli bir ön yatırım gerektirir.
Bu sınırlamaların üstesinden gelmek için, özel olarak sentezlenen LMO’ların yerine piyasada bulunan kolesterol modifiye oligoları (CMO’lar) kullanan revize edilmiş bir DPAC sürümü geliştirdik. Maliyetleri daha da azaltmak ve platformun esnekliğini artırmak için modüler, üç oligolu bir sisteme dönüştük. Her benzersiz hücre popülasyonu için yeni bir kolesterol modifiye oligo sipariş etmek yerine, Bu protokolün bir kullanıcısı bunun yerine her hücre popülasyonu için aynı kolesterol modifiye oligoları (“Evrensel Bağlantı” ve “Evrensel Bağlantı”) kullanabilir ve daha sonra hem Evrensel Çapa hem de yüzeydeki amin fonksiyonelleştirilmiş DNA veya başka bir hücre türünün Adaptör Teliosu ile melezlenen ucuz, değiştirilmemiş bir oligo (“Adapter Strand”) kullanabilir.
Orijinal DPAC protokolünün bir başka sınırlaması, DNA desenli slaytları yüksek çözünürlüklü bir sıvı yazıcı (örneğin, Nano eNabler, BioForce Nanosciences)23,24kullanarakyaratmasıydı. Bu cihaz olağanüstü çözünürlük ve düşük reaktif gereksinimlerine sahip olsa da, çoğu kurum için mevcut değildir ve nispeten düşük bir baskı oranına sahiptir (saniyede yaklaşık 1 özellik desenli). Son zamanlarda, DNA özelliklerini yüzeylere desenlamak için iki fotolitografik yöntem geliştirilmiştir. Viola ve meslektaşları,UV ışığınamaruz kaldıktan sonra tek iplikli DNA oligolarını aktif olarak bağlayan bir poliakrilamid ve benzofenon kaplama kullandılar 30 . Bu yöntemi kullanarak, hücre kontrititesi ve kendi kendini örgütleme sonucu büyük ölçekli, programlanmış şekil değişiklikleri geçiren doku iskeleleri oluşturabildiler. Scheideler ve arkadaşları, amin modifiye DNA oligolarını aldehit fonksiyonelleştirilmiş bir slayta seçici olarak maruz bırakmak için pozitif bir fotoresistin UV maruziyetini kullanan bir yöntem geliştirdi29. Pişirme ve indirgeyici aminasyondan sonra, amin modifiye DNA kovalent olarak yüzeye bağlanır. Bu yöntem, erişkin nöral kök hücrelerin mekansal olarak sunulan kendini yenileme ve farklılaşma ipuçlarına verdiği yanıtı araştırmak için kullanılmıştır. Bu makale, Scheideler ve arkadaşlarının protokolünü CMO etiketli hücreleri yakalayacak DNA desenlerini oluşturmak için uyarlar. Bu fotopatterning protokolü temiz bir oda kullanmadan gerçekleştirilebilir. Tezgah üstü veya duman kaputuna kolayca yerebilen ucuz ve piyasada bulunan ekipmanlar kullanır. Ucuz veya KENDIN YAP (kendin yap) fotolithografi ekipmanının kullanımı, temiz oda olanaklarına erişimi olmayan araştırmacılara erişilebilirliği arttırır ve araştırmacıların büyük bir zaman veya kaynak yatırımı yapmadan tekniği denemelerini sağlar31,32. Bununla birlikte, daha iyi çözünürlük ve birden fazla DNA özelliklerinin hizalanması, temiz oda tesislerinde yaygın olarak bulunan ticari spin kaplayıcı ve maske hizalayıcı kullanılarak elde edilebilir.
Burada, DNA tabanlı yapıştırma kullanarak hücreleri tek hücre çözünürlükte desenleme yöntemini açıklıyoruz. İlk olarak, pozitif bir fotoresist ile fotopatterning, aldehit modifiye cam substrat üzerine amin modifiye DNA’nın yüksek çözünürlüklü desenlerini oluşturmak için kullanılır. Daha sonra, slayt belirli olmayan hücre ekini azaltmak için eleilir ve hücreleri desenli bölgeler üzerinde sınırlamak için PDMS akış hücreleri oluşturulur. Hücreler daha sonra kolesterol ile işlevsel hale getirilen ve sonuç olarak hücre zarına yerleştirilen kısa DNA oligonükleotidleri ile etiketlenir. Hücreler daha sonra DNA mikropatternlerinin üzerinden akar. Hücre yüzeyi DNA’sı ile cam yüzeydeki DNA arasındaki melezleme, hücrelerin DNA desenine özgü olarak yapıştırılmasıyla sonuçlanır. Yapışmayan hücreler yıkanır ve yapışan hücre deseni ortaya çıkar. Bu işlem, birden çok hücre türünü desenlamak veya çok katmanlı yapılar oluşturmak için yinelenebilir. İstenirse, hücreler 3D hücre kültürü için bir ECM’ye tamamen gömülebilir.
Bu yazıda in vitro hücre kültürü deneyleri için hücrelerin 2D ve 3D olarak yüksek çözünürlüklü desenlemeleri için ayrıntılı bir protokol sunuyoruz. Bu yöntemin daha önce yayınlanan sürümlerinden farklı olarak, burada sunulan protokol kullanılabilirliğe odaklanır: son derece özel ekipman gerektirmez ve tüm reaktifler özel sentez gerektirmek yerine satıcılardan satın alınabilir. Diğer hücre mikropatterning yöntemlerinin aksine, bu yöntem hızlı ve hücre tipi agnostiktir: hücre dışı matris proteinlerine spesifik yapışıklık gerektirmez15. CMO-DPAC tarafından desenlenen hücreler Matrigel veya kollajen gibi hücre dışı bir matris içine gömülebilir, bu da ekstrüzyon baskı tabanlı yöntemlerle şu anda mümkün olandan çok daha yüksek uzamsal çözünürlüğe sahip 3D kültürlerle sonuçlanır22. CMO-DPAC, slayt başına yüzlerce ila binlerce mikroskobik özellik oluşturmak için kullanılabilir ve birçok çoğaltmanın aynı anda gerçekleştirilebilmesini sağlar.
Bu protokolün başarısındaki en önemli parametrelerden biri, desenli slaydın üstündeki akış hücrelerine eklenen hücrelerin yoğunluğudur. İdeal olarak, yoğunluk en az 25 milyon hücre / mL olmalıdır. Akış hücrelerine yüklendiğinde, hücrelerin bu yoğunluğu, desenin üzerindeki hücrelerin neredeyse yakın paketlenmiş bir monolayer ile sonuçlanır(Ek Şekil 2B). Bu yüksek hücre yoğunlukları, bir hücrenin doğrudan bir DNA noktasının üzerine yerleşme ve yapışma olasılığını en üst düzeye çıkarır. Hücre yoğunluğunu azaltmak genel desen verimliliğini azaltacaktır. Bu protokoldeki bir diğer kritik adım, CMO çözümünü eklemeden önce PBS veya serum içermeyen ortamdaki hücreleri iyice yeniden askıya almaktır. CMO’lar hücre zarlarına çok hızlı bir şekilde bölünr ve CMO çözeltisini doğrudan bir hücre peletine eklemek hücrelerin heterojen olarak etiketlenmesine neden olur. CMO çözeltisini hücre süspansiyonu ekledikten sonra, hücrelerin CMO’larla eşit şekilde etiketlenebilmesi için pipetleme ile iyice karıştırılması önemlidir. Kuluçkalardan sonra, fazla CMO’ları çoklu santrifüjleme ve yıkama adımlarıyla iyice yıkamak gerekir. Hücre süspansiyonunda bulunan aşırı serbest CMO, cam slayttaki desenli amin modifiye DNA’ya bağlanarak, süspansiyondaki CMO modifiye hücrelerin hibridizasyonunu ve yapıştırılmasını engeller. Zaman da bu protokol için önemli bir husustur. CMO’ları kullanırken mümkün olduğunca hızlı çalışmak ve CMO’ların içselleştirilmesini en aza indirmek ve hücre canlılığını en üst düzeye çıkarmak için hücreleri buzda tutmak önemlidir. Akış sitometrisi deneyleri, CMO’ların hücre yüzeyinde LMO’lar kadar uzun süre devam etmediğini ve buz üzerinde iki saatlik inkübasyonda% 25 CMO komplekslerinin kaybıile 36. Ayrıca, hücre taşıma süresi arttıkça hücrelerin canlılığı azalacaktır. Hızlı bir şekilde çalışarak, hücreleri buzda tutarak, buz gibi reaktifler kullanarak ve bazı besinleri sağlamak için serumsuz ortam kullanılarak canlılık en üst düzeye çıkarılabilir.
CMO-DPAC, hücreleri yüksek hassasiyetle desenlendirerek hücre biyolojisini incelemenin güçlü bir yolu olsa da, sınırlamaları vardır. CMO-DPAC deneyleri, özellikle deneysel karmaşıklık birden fazla hücre türü, katman veya 3B hücre kültürü ile eklenmiş olarak zor olabilir (Ek Dosya 1). Deneysel hatalar, Tablo 1‘de açıklandığı gibi, bu iletişim kuralını başlatırken yaygın olabilir. Bu nedenle, denemenin başarılı olduğundan emin olmak ve daha fazla optimizasyon gerektirebilecek adımları belirlemek için kullanıcıların kalite kontrol kontrollerini (slaytta DNA’nın bulunduğunu doğrulayarak, hücrelerin DNA ile yeterince etiketlendiğini doğrulayarak (Adım 8), fazla hücrelerin iyice yıkandığını onaylamalarını vb.) öneririz. Bu yazıda ve ek dosyalarında verilen bilgilerin gerekli sorun gidermeyi kolaylaştıracağını umuyoruz.
Kolesterol, içselleştirmesi hücre metabolizması, gen ekspresyasyonu ve membran akışkanlığını etkileyebilecek biyoaktif bir moleküldür37,38. Daha önceki bir çalışmada, tek hücreli RNA dizilimi kullanılarak CMO ve LMO etiketli hücrelerin gen ekspresyözü üzerindeki etkileri karşılaştırıldı. CMO etiketli HEK hücreleri, etiketlenmemiş ve LMO etiketli hücrelere kıyasla gen ekspresyonlarınıdeğiştirmiştir 36. CMO’larla hücrelerin etiketlenmesi, kolesterol ve sphingolipid transport (GeneCards) ile bağlantılı olan AP2B1 ve kolesterol birikimini düzenleyen uzun bir kodlamayan RNA olan MALAT1 dahil olmak üzere etiketlenmemiş kontrollere göre sekiz genin diferansiyel ekspresyosu (> 1,5 kat) ile sonuçlandı39. Küçük olsa da, söz konusu deney metabolizma, membran dinamikleri veya hücrelerdeki diğer kolesterol ilişkili yolları inceliyorsa, bu transkripsiyonel yanıtlar yine de endişe verici olabilir.
Bu protokol esnektir ve her denemenin gereksinimlerini karşılayacak şekilde ayarlanabilir. CMO herhangi bir spesifik reseptör kullanmak yerine lipid zarına kendini yerleştirdiğinden, yöntem hücre tipi agnostiktir (HUVEC’ler, MCF10As, HEK’ler ve MDCK’ler burada gösterilmiştir). Kolesterol, daha önce yayınlanan LMO’larımızdan farklı bir hidrofobik çapa olmasına rağmen, şimdiye kadar benzer şekilde davrandıklarını gördük. Bu nedenle, CMO’ların daha önce LMO’larla yayınladığımız nöral kök hücreler, fibroblastlar, periferik kan mononükleer hücreleri, tümör hücreleri ve primer meme epitel hücreleri6, 23 , 27,29,36dahil ancak bunlarla sınırlı olmamak üzere çok çeşitli hücre türleriyle çalışmasını bekleriz. . CMO etiketlemeSI TLR9’u uyarmaz, bu da protokolün bağışıklık hücreleriyle uyumlu olduğunu gösterir. CMO’nun membran insksiyonu, toplam hücre boyutu ve hücre glikokaloksis35’tekinegatif yük derecesi bir işlevdir. Bu nedenle, hızlı optimizasyona uygun membran kuruluş kapsamını test etmek için bir protokol (Adım 8) dahil ettik. Her hücre deseninin özel özellikleri kaçınılmaz olarak deneysel tasarıma göre değişecektir (daha fazla rehberlik için Ek Dosya 1’e bakın). DNA’yı desenleme için yukarıda açıklanan fotopatterning protokolü önerilse de, yüksek çözünürlüklü damlacık yazıcılarının kullanımı gibi amin-DNA çözeltisinin damlacıklarını mekansal olarak hapsetme yöntemi işe yaramalıdır. Desen çözünürlüğü ve minimum özellik aralığı kullanılan yönteme göre değişir. Ayrıca, bu protokolün DNA fotopatterning bölümlerini, hücreleri DNA ile etiketlemek için kullanılan diğer yöntemlerle birleştirmek de mümkündür, örneğin membran ekspresyonlu çinko parmaklara melezlenmiş DNAile 40, NHS tarafından eşleştirilmiş DNA41kullanılarak ve hücre yüzeyindeki azido siyalik asit kalıntılarını fosfin konjuge DNA42 ile reaksiyona sokarak . CMO-DPAC, hücre çiftleri arasındaki etkileşimlerin incelenmesi, sinyallerin “gönderen” hücrelerden “alıcı” hücrelere aktarılmasına bakan ortak kültür deneyleri ve yakındaki hücre dışı ipuçlarının kök hücre farklılaşması üzerindeki etkisinin araştırılması da dahil olmak üzere hücre-hücre aralıkları üzerinde sıkı kontrol gerektiren çeşitli deneylere uygulanabilir6,29 . Yöntem ayrıca üç boyutlu hücre göçlerini incelemek için kullanılabilecek mikrotissular oluşturmak için de kullanılabilir, hücrelerin dokular halinde kendi kendine düzenlenmesi23,27ve hücreler ile ECM27arasındaki dinamik etkileşim . Bu protokolün araştırmacılara kendi laboratuvarlarında yüksek çözünürlüklü DNA tabanlı hücre desenlemenin yeni uygulamalarını keşfetmek için erişilebilir bir platform sunacağını umuyoruz.
The authors have nothing to disclose.
Yazarlar, bu protokolü test ettiği için Jeremy Garcia’ya ve UCSF Biyomedikal Mikro ve Nanoteknoloji Çekirdeği’ndeki ekipmanlar hakkında eğitim verdiği için Bhushan Kharbikar’a teşekkür ediyor. Bu araştırma kısmen Savunma Bakanlığı Meme Kanseri Araştırma Programı (W81XWH-10-1-1023 ve W81XWH-13-1-0221), NIH (U01CA199315, DP2 HD080351-01, 1R01CA190843-01, 1R21EB019181-01A ve 1R21CA182375-01A1), NSF (MCB1330864) ve UCSF Hücresel Yapı Merkezi (DBI-1548297), bir NSF Bilim ve Teknoloji Merkezi. O.J.S, NSF Lisansüstü Araştırma Bursu, Siebel bursu ve P.E.O. Bursu ile finanse edildi. Z.J.G ve A.R.A. Chan-Zuckerberg BioHub araştırmacıları.
2-well Chambered Coverglass w/ non-removable wells | Thermo Fisher Scientific | 155379 | |
Acetic Acid | Sigma-Aldrich | A6283 | |
Adapter with External SM1 Threads and Internal SM3 Thread | ThorLabs | SM3A1 | |
Aldehyde Functionalized Slides | Schott | Nexterion Slide AL | Store under dry conditions after opening. |
All Plastic Syringes, 1 mL | Fisher Scientific | 14-817-25 | |
Amine-Modified DNA Oligo | IDT | n/a | See Supplemental File 1 for suggested sequences. |
Aspheric Condenser Lens | ThorLabs | ACL7560 | |
Borosilicate Disc, 6in Diameter X 1/2in Thick | Chemglass | CG-1906-23 | |
Cell Culture Dishes 60×15 mm style | Corning | 353002 | |
Cholesterol-Modified Oligo | IDT | n/a | See Supplemental File 1 for suggested sequences. |
Diamond Scribe | Excelta | 475B | |
DNA Oligonucleotide | IDT | n/a | See Supplemental File 1 for suggested sequences. |
DPBS, no calcium, no magnesium | Thermo Fisher Scientific | 14190250 | |
Isopropyl Alcohol | Sigma-Aldrich | 278475 | |
Matrigel Matrix, Growth Factor Reduced | Corning | 354230 | |
Methylene Chloride (Stabilized/Certified ACS) | Fisher Scientific | D37-4 | |
MF-321 Developer | Kayaku Advanced Materials | n/a | |
Microposit S1813 Positive Photoresist | Kayaku Advanced Materials | n/a | |
Ø3" Adjustable Lens Tube, 0.81" Travel | ThorLabs | SM3V10 | |
Oven | Thermo Scientific | 51-028-112H | |
PE-50 Compact Benchtop Plasma Cleaning System | Plasma Etch | PE-50 | |
Photomask (custom) | CAD/Art Services | n/a | Minimum feature size guaranteed by CAD/Art Services is 10 microns. |
Razor Blades | Fisher Scientific | 12-640 | |
RCT Basic Hot Plate | IKA | 3810001 | |
Silicon Wafer (100 mm) | University Wafer | 590 | |
Sodium Borohydride, 98%, granules | Acros Organics | 419471000 | |
Spin Coater Kit | Instras | SCK-200 | This is a low cost option, but any spin coater that can maintain a speed of 3000 rpm will suffice. |
SU-8 2075 | Microchem | Y111074 0500L1GL | |
SU-8 Developer | Microchem | Y020100 4000L1PE | |
Sylgard 184 Silicone Elastomer Kit | Dow | 2646340 | |
Syringe Needles | Sigma-Aldrich | Z192341 | |
T-Cube LED Driver, 1200 mA Max Drive Current | ThorLabs | LEDD1B | |
Tridecafluoro-1,1,2,2-tetrahydrooctyl dimethylchlorosilane | Gelest | SIT8170.0 | |
Triethylamine | Sigma-Aldrich | 90335 | |
Turbo DNase | Thermo Fisher Scientific | AM2238 | |
Tweezers Style N7 | VWR | 100488-324 | The curved shape of these tweezers is essential for delicately picking up the PDMS flow cells containing patterned tissues. |
UV LED (365 nm, 190 mW (Min) Mounted LED, 700 mA) | ThorLabs | M365L2 | |
Wafer Tweezers | Agar Scientific | T5063 | |
WHEATON Dry-Seal vacuum desiccator | Millipore Sigma | W365885 |