Bu protokol, buğday hücresiz sistem ve lipozomlar kullanılarak çift katmanlı diyaliz yöntemiyle yüksek kaliteli proteolipozom üretimi için etkili bir hücresiz yöntemi tanımlamaktadır. Bu yöntem, membran proteinlerinin fonksiyonel analizi, ilaç hedeflerinin taranması ve antikor gelişimi için uygun araçlar sağlar.
Membran proteinleri çeşitli hücresel süreçlerde önemli roller oynar ve hayati işlevleri yerine getirir. Membran proteinleri, ilaç keşfinde tıbbi olarak önemlidir, çünkü tüm ilaçların yarısından fazlasının hedefidirler. Membran proteinlerinin biyokimyasal, biyofiziksel ve yapısal çalışmalarının yanı sıra antikor gelişiminin önündeki bir engel, doğru konformasyon ve aktiviteye sahip büyük miktarlarda yüksek kaliteli membran proteini üretmenin zorluğu olmuştur. Burada, membran proteinlerini verimli bir şekilde sentezlemek ve saflaştırılmış proteolipozomları kısa sürede yüksek bir başarı oranıyla hazırlamak için buğday tohumu hücresiz bir sistem, lipozomlar ve diyaliz kapları kullanan bir “çift katmanlı diyaliz yöntemi” ni tanımlamaktayız. Membran proteinleri, GPCR’ler, iyon kanalları, taşıyıcılar ve tetraspaninler gibi birkaç miligramda olduğu kadar üretilebilir. Bu hücresiz yöntem, yüksek kaliteli proteolipozomların hazırlanması için zamanın, maliyetin ve çabanın azaltılmasına katkıda bulunur ve membran proteinlerinin fonksiyonel analizi, ilaç hedeflerinin taranması ve antikor gelişimi için uygun araçlar sağlar.
Membran proteinleri tanı ve terapötiklerde en önemli ilaç hedeflerinden biridir. Gerçekten de, küçük bileşik ilaçların yarısı, G-proteinine bağlı reseptörler (GPCR’ler) ve iyon kanalları1 gibi membran proteinleridir. Yıllar geçtikçe, araştırmacılar membran proteinlerinin yapılarını ve işlevlerini aydınlatmak için biyokimyasal, biyofiziksel ve yapısal çalışmalar üzerinde çalışıyorlar 2,3. Membran proteinlerine karşı monoklonal antikorların geliştirilmesi, fonksiyonel ve yapısal çalışmaların hızlandırılması, tedavi ve tanısal uygulamaların geliştirilmesi amacıyla da aktif olarak yapılmaktadır 4,5,6,7,8,9. Tüm bu çalışmalar çok miktarda yüksek kaliteli membran proteini gerektirir10. Örneğin, antikor gelişimi için doğal konformasyona sahip birkaç miligram saflaştırılmış membran proteinine ihtiyaç vardır. X-ışını kristalografisi için çok daha fazla miktarda yüksek saflaştırılmış membran proteini gereklidir. Bununla birlikte, membran proteinlerinin seri üretimi, membran proteini araştırmasında bir darboğaz olmaya devam etmektedir11. Membran proteinleri bir veya daha fazla transmembran helis ile karmaşık yapılara sahiptir ve hücre homeostazında önemli roller oynarlar. Membran proteinlerinin heterolog aşırı ekspresyonu, yüksek lokal konsantrasyonlarda biriken membran proteinlerinin toplanması veya hücresel sinyal yollarının bozulması gibi çoklu engellere yol açar. İfade başarılı olsa bile, numune hazırlamanın sonraki adımları da zorlukla karşı karşıyadır. Örneğin, proteolipozomun hazırlanması, membran proteinlerinin çözündürülmesi, saflaştırılması ve stabilizasyonunda üst düzey beceriler ve mesleki deneyimler gerektirir ve ayrıca çok fazla çaba ve zamana mal olur12,13.
Öte yandan, son yıllarda canlı hücreler kullanılmadan protein üretmek için bazı ileri teknolojiler ortaya çıkmıştır 14,15,16,17,18. Hücresiz protein sentez teknolojisi, bir test tüpünde translasyon reaksiyonunu yeniden oluşturur. Hücresel ekspresyon sisteminin sahip olduğu herhangi bir sınırlama olmadığından, hücresiz sistemler, hücrelerde toksisiteyi ifade etmesi veya göstermesi zor olan çeşitli proteinleri sentezleme potansiyeline sahiptir. Saflaştırılmış hücre ekstresi veya yeniden yapılandırılmış translasyonel makine, şablon mRNA’lar, amino asitler ve enerji kaynakları ile karıştırılır ve rekombinant proteinler kısa sürede sentezlenir. Membran protein sentezi ile ilgili olarak, lipozomlar, biseller, nanodiskler veya kopolimerler gibi lipitlerden veya amfifillerden oluşan bazı iskeleler hücresiz reaksiyonaeklenir 19,20,21,22,23,24. Sentezlenmiş membran proteinleri iskelelerle etkileşime girer ve suda stabilize edilebilir. Hücresiz sentezlenmiş membran proteinleri fonksiyonel çalışmalarda ve antikor üretiminde yaygın olarak kullanılmaktadır 25,26,27,28,29,30,31.
Bu protokolde, buğday hücresiz sistem ve lipozomlar kullanılarak etkili bir hücresiz proteolipozom üretim yöntemi tarif ediyoruz. Buğday hücresi içermeyen protein sentez sistemi, buğday tohumu15,32,33’ten ekstrakt kullanan güçlü bir in vitro çeviri sistemidir. Buğday tohumu çok miktarda translasyonel makine ve az sayıda çeviri inhibitörü içerir. Ökaryotların bir üyesi olan buğdaydaki translasyonel makine, ökaryotik proteinleri çevirmek için uygundur ve çeviri verimliliği, mRNA şablonunun kodon kullanımından pek etkilenmez. Buğday hücresiz sistemi kullanarak, protein kinazları 34,35, ubikitin ligazlar 36, transkripsiyon faktörleri37 ve membran proteinleri dahil olmak üzere yüksek başarı oranlarına sahip çeşitli proteinleri sentezledik. Membran protein üretimi için translasyon karışımına lipid vezikül lipozomu iskele19,38 olarak ekliyoruz. Membran proteininin hidrofobik alanları lipid çift katmanlı ile etkileşime girer ve kendiliğinden lipozom ile bütünleşir. Yoğunluk gradyanı santrifüjlemesi, proteolipozomun endojen buğday proteinlerinden kesinlikle ayrılması için kullanılır, ancak translasyon reaksiyonu karışımının ortak bir santrifüjlenmesi, proteolipozom20’nin basit bir saflaştırılması için yeterlidir. Birçok çeşit integral membran proteini buğday hücresiz sistem kullanılarak sentezlenmiş veçeşitli araştırma ve geliştirmeler için uygulanmıştır 25,38,39,40,41,42,43,44. Ayrıca, büyük ölçekli üretim45,46 için “çift katmanlı diyaliz yöntemini” geliştirdik. Bu yöntemde fincan tipi diyaliz cihazı substrat besleme tamponuna daldırılır ve fincan içerisinde Şekil 1’de gösterildiği gibi iki kat translasyon reaksiyonu karışımı ve substrat besleme tamponu oluşturulur. Substratların sürekli temini ve yan ürünün uzaklaştırılması, reaksiyon karışımının hem üstünde hem de altında uzun süre verimli bir şekilde gerçekleştirilebilir, bu da mükemmel çeviri etkinliğine yol açar (Şekil 2A ve Şekil 2B)45.
Sunulan protokol, membran proteinlerini yüksek başarı oranında üretmek için bir yöntem sağlar. Bu protokol basittir, yüksek oranda yeniden üretilebilir ve ölçeği artırılabilir. Ayrıca, büyük miktarda membran proteini tüketen deneylerin süresini ve maliyetini azaltma potansiyeline sahiptir. Çift katmanlı diyaliz yöntemi, iki katmanlı yönteme veya diyaliz yöntemine kıyasla üretkenliği 4-10 kat artırır (Şekil 2B)45. Aşırı bir durumda, b…
The authors have nothing to disclose.
Bu araştırma, AMED’den JP20am0101077 Hibe Numarası altında İlaç Keşfi ve Yaşam Bilimleri Araştırmalarını Destekleme Platform Projesi (Yenilikçi İlaç Keşfi ve Yaşam Bilimleri Araştırmalarını Destekleme Temeli (BINDS)) tarafından desteklenmiştir. Bu çalışma kısmen JSPS KAKENHI Hibe Numarası 20K05709 tarafından da desteklenmiştir.
×3 SDS-PAGE sample buffer | Containing 10% 2-mercaptoethanol | ||
5-20% gradient SDS-PAGE gel | ATTO | E-D520L | |
70% ethanol | Diluted ethanol by ultrapure water. | ||
Agarose | Takara Bio | ||
Ammonium acetate | Nakalai tesque | 02406-95 | As this reagent is deliquescent, dissolve all of it in water once opened and store it at -30°C. |
Ampicillin Sodium | Nakalai tesque | 02739-74 | |
Asolectin Liposome, lyophilized | CellFree Sciences | CFS-PLE-ASL | A vial contains 10 mg of lyophilized liposomes. |
BSA standard | 1000 ng, 500 ng, 250 ng, 125 ng BSA / 10 µL ×1 SDS-PAGE sample buffer | ||
CBB gel stain | |||
cDNA clone of interest | Plasmid harboring cDNA clone or synthetic DNA fragment | ||
Chloroform | Nakalai tesque | 08402-84 | |
Cooled incubator | Temperature ranging from 0 to 40 °C or wider. | ||
Creatine kinase | Roche Diagnostics | 04524977190 | |
Dialysis cup (0.1 mL) | Thermo Fisher Scientific | 69570 | Slide-A-Lyzer MINI Dialysis Device, 10K MWCO, 0.1 mL |
Dialysis cup (2 mL) | Thermo Fisher Scientific | 88404 | Slide-A-Lyzer MINI Dialysis Device, 10K MWCO, 2 mL |
DNA ladder marker | Thermo Fisher Scientific | SM0311 | GeneRuler 1 kb DNA Ladder |
DpnI | Thermo Fisher Scientific | FD1703 | FastDigest DpnI |
E. coli strain JM109 | |||
Electrophoresis chamber | ATTO | ||
Ethanol (99.5%) | Nakalai tesque | 14713-95 | |
Ethidium bromide | |||
Evaporation flask, 100 mL | |||
Gel imager | |||
Gel scanner | We use document scanner and LED immuninator as a substitute. | ||
LB broth | |||
Lipids of interest | Avanti Polar Lipids | ||
Micro centrifuge | TOMY | MX-307 | |
NTP mix | CellFree Sciences | CFS-TSC-NTP | Mixture of ATP, GTP, CTP, UTP, at 25 mM each |
Nuclease-free 25 mL tube | IWAKI | 362-025-MYP | |
Nucrease-free plastic tubes | Watson bio labs | Do not autoclave. Use them separately from other experiments. | |
Nucrease-free tips | Watson bio labs | Do not autoclave. Use them separately from other experiments. | |
PBS buffer | |||
PCR purification kit | MACHEREY-NAGEL | 740609 | NucleoSpin Gel and PCR Clean-up |
pEU-E01-MCS vector | CellFree Sciences | CFS-11 | |
Phenol/chloroform/isoamyl alcohol (25:24:1) | Nippon Gene | 311-90151 | |
Plasmid prep Midi kit | MACHEREY-NAGEL | 740410 | NucleoBond Xtra Midi |
Primer 1 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5’-CCAAGATATCACTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-3’ Gene specific primer, forward. Upper case shows overlap sequence to be added for seamless cloning. Lower case nnnn…. (20-30 bp) shows gene specific sequence. |
Primer 2 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5'-CCATGGGACGTCGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-3’ Gene specific primer, reverse. Upper case shows overlap sequence to be added for seamless cloning. Lower case nnnn…. (20-30 bp) shows gene specific sequence. |
Primer 3 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5'-GTCGACGTCCCATGGTTTTGTATAGAAT-3' Forward primer for vector linearization. Underline works as overlap in seamless cloning. |
Primer 4 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5'-CTAGTGATATCTTGGTGATGTAGATAGGTG-3' Reverse primer for vector linearization. Underline works as overlap in seamless cloning. |
Primer 5 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5’-CAGTAAGCCAGATGCTACAC-3’ Sequencing primer, forward |
Primer 6 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5’- CCTGCGCTGGGAAGATAAAC-3’ Sequencing primer, reverse |
Protein size marker | Bio-Rad | 1610394 | Precision Plus Protein Standard |
Rotary evaporator | |||
seamless cloning enzyme mixture | New England BioLabs | E2611L | Gibson Assembly Master Mix Other seamless cloning reagents are also avairable. |
SP6 RNA Polymerase & RNase Inhibitor | CellFree Sciences | CFS-TSC-ENZ | |
Submarine Electrophoresis system | |||
TAE buffer | |||
Transcription Buffer LM | CellFree Sciences | CFS-TSC-5TB-LM | |
Translation buffer | CellFree Sciences | CFS-SUB-SGC | SUB-AMIX SGC (×40) stock solution (S1, S2, S3, S4). Prepare ×1 translation buffer before use by mixing stock S1, S2, S3, S4 stock and ultrapure water. |
Ultrapure water | We recommend to prepare ultrapure water by using ultrapure water production system every time you do experiment. Do not autoclave. We preparaed ultrapure water by using Milli-Q Reference and Elix10 system. Commercially available nuclease-free water (not DEPC-treated water) can be used as a substitute. Take care of contamination after open the bottle. |
||
Ultrasonic homogenizer | Branson | SONIFIER model 450D-Advanced | Ultrasonic cleaner can be used as a substitute. |
UV transilluminator | |||
Vacuum desiccator | |||
Wheat germ extract | CellFree Sciences | CFS-WGE-7240 | WEPRO7240 |