Summary

Construindo Mutantes na Cepa 519/43 do Streptococcus pneumoniae do Serotipo 1

Published: September 11, 2020
doi:

Summary

Aqui, descrevemos uma cepa 519/43 do sorotipo 1 de S. pneumoniae que pode ser geneticamente modificada usando sua capacidade de adquirir naturalmente DNA e um plasmídeo suicida. Como prova de princípio, um mutante isogênico no gene da pneumolisina (plys) foi feito.

Abstract

O sorotipo 1 do Streptococcus pneumoniae continua sendo um enorme problema em países de baixa e média renda, particularmente na África Subsaariana. Apesar de sua importância, os estudos nesse sorotipo têm sido dificultados pela falta de ferramentas genéticas para modificá-lo. Neste estudo, descrevemos um método para modificar geneticamente um isolado clínico do sorotipo 1 (cepa 519/43). Curiosamente, isso foi conseguido explorando a capacidade do pneumococo de adquirir DNA naturalmente. No entanto, ao contrário da maioria dos pneumococos, o uso de DNA linear não foi bem sucedido; para mutar essa importante cepa, um plasmídeo suicida teve que ser usado. Essa metodologia forneceu os meios para uma compreensão mais profunda desse sorotipo indescritível, tanto em termos de biologia quanto de patogenicidade. Para validar o método, a principal toxina pneumocócica conhecida, a pneumolisina, sofreu mutação por ter um fenótipo bem conhecido e fácil de seguir. Mostramos que o mutante, como esperado, perdeu sua capacidade de lisar glóbulos vermelhos. Ao sermos capazes de mutar um gene importante no sorotipo de interesse, pudemos observar fenótipos diferentes para a perda de função mutantes em infecções intraperitoneais e intranasais daqueles observados para outros sorotipos. Em resumo, este estudo prova que a estirpe 519/43 (serotipo 1) pode ser geneticamente modificada.

Introduction

Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae, o pneumococo) é uma das principais causas de morbidade e mortalidade em todo o mundo. Até recentemente, cerca de 100 sorotipos de S. pneumoniae foram descobertos 1,2,3,4,5,6,7. Anualmente, a doença pneumocócica invasiva (DPI) reivindica cerca de 700.000 mortes, de crianças menores de 5 anos8. S. pneumoniae é a principal causa de pneumonia bacteriana, otite média, meningite e septicemia em todo o mundo9.

No cinturão africano de meningite, o sorotipo 1 é responsável por surtos de meningite, onde o tipo de sequência (ST) ST217, um tipo de sequência extremamente virulento, é dominante 10,11,12,13,14,15. Sua importância na patologia da meningite tem sido comparada à de Neisseria meningitidis no cinturão africano de meningite16. O sorotipo 1 é frequentemente a principal causa de DPI; no entanto, é muito raramente encontrado em carruagens. De fato, na Gâmbia, esse sorotipo é responsável por 20% de todas as doenças invasivas, mas só foi encontrado em 0,5% dos portadores saudáveis14,17,18,19. A troca genética e a recombinação em pneumococos competentes ocorrem geralmente no transporte e não na doença invasiva20. Além disso, o sorotipo 1 demonstrou ter uma das taxas de transporte mais curtas descritas entre os pneumococos (apenas 9 dias). Portanto, tem sido proposto que esse sorotipo pode ter uma taxa de recombinação muito menor do que outros21.

Estudos aprofundados são necessários para entender a razão por trás da baixa taxa de transporte das cepas do sorotipo 1 e sua importância na doença invasiva na África Subsaariana.

Aqui relatamos um protocolo que permite a mutagênese em todo o genoma de uma cepa específica do sorotipo 1, 519/43. Esta estirpe pode facilmente adquirir e recombinar novo ADN no seu genoma. Este método ainda não é inter-tensão, mas é muito eficiente quando feito em fundo 519/43 (outros alvos foram mutados, manuscritos em preparação). Simplesmente usando a cepa 519/43 e explorando sua competência natural, bem como substituindo a maneira como o DNA exógeno é fornecido, fomos capazes de mutar o gene da pneumolisina (ply) nesta cepa do sorotipo 1. Esse método representa uma melhoria em relação ao apresentado por Harvey et al.22 , pois é feito em uma única etapa, sem a necessidade de passar o DNA por um sorotipo diferente. No entanto, e devido à variabilidade entre as cepas, nenhum método foi padronizado para todas as cepas. A capacidade de mutar genes específicos e observar seus efeitos permitirá uma compreensão profunda das cepas de S. pneumoniae do sorotipo 1 e fornecerá respostas para o papel dessas cepas na meningite na África Subsaariana.

Protocol

1. Geração do amplificador mutante por SOE-PCR23 e amplificação do de espectinomicina Comece realizando a PCR para a amplificação dos braços de homologia (ply 5′ (488 pb) e ply3′ (715 bp) respectivamente) das regiões de flanco do gene da camada da cepa 519/43. Use primers plyFw1_NOTI (TTT GCGGCCGCCAGTAAATGACTTTATACTAGCTATG), ply5’R1_BamHI (CGAAATATAGACCAAAGGACCC GGATCC AGAACCAAACTTGACCTTGA), ply3’F1_BamHI (TCAAGGTCAAGTTTGGTTCTCTGGATCC GCGTCCTTTGGTCTATATTTCG) e p…

Representative Results

O protocolo descrito aqui começa usando a PCR para amplificar os braços de homologia esquerdo e direito, enquanto simultaneamente exclui 191 pb da região média do gene da dobra . Durante a realização da PCR, um sítio BamHI é introduzido no 3′ do braço de homologia esquerdo e no final de 5′ do braço de homologia direito (Figura 1A). Segue-se a PCR-SOE, onde os braços de homologia esquerdo e direito são fundidos em um amplicon (Figura 1B). Est…

Discussion

O Streptococcus pneumoniae, em particular o sorotipo 1, continua a ser uma ameaça global que causa doença pneumocócica invasiva e meningite. Apesar da introdução de várias vacinas que deveriam ser protetoras contra o sorotipo 1, na África, esse sorotipo ainda é capaz de causar surtos que levam a alta morbidade e mortalidade13. A capacidade de manipular geneticamente este sorotipo é de importância crítica devido à sua relevância clínica. O método descrito neste estudo permit…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Gostaríamos de agradecer ao Meningitis Trust e ao MRC por fornecerem financiamento para este trabalho.

Materials

AccuPrime Pfx DNA polymerase Invitrogen 12344024 Used for amplification of the fragments
Ampicillin sodium salt Sigma Aldrich A9518 Used for bacterial selection on stage 1(pSD1)
Blood Agar Base Oxoid CM0055 Used to plate S. pneumoniae transformants
Bovine Serum Albumine sigma 55470 used for S. pneumoniae Transformation
Brain Heart Infusion Oxoid CM1135 used to grow S. pneumoniae cells
Calcium Chloride Cacl2 Sigma 449709 used for S. pneumoniae Transformation
Competence stimulating peptide 1 AnaSpec AS-63779 used for S. pneumoniae Transformation
Luria Broth Agar Gibco 22700025 used for plating and selection of pSD1 and pSD2
Luria Broth Base (Miller's formulation) Gibco 12795027 used for plating and selection of pSD1 and pSD2
Monarch Gel Extraction Kit NEB T1020S Used to extract the bands from the DNA gel
Monarch Plasmid Miniprep Kit NEB T1010S Used to extract plasmid from the cells
pGEM T-easy Promega A1360 used as suicide plasmid
S.O.C. Invitrogen 15544034 used for recovery of cells after transformation
Sodium Hydroxide (NaOH) Sigma S0899 used for S.pneumoniae Transformation
Spectinomycin Hydrochloride SigmaAldrich PHR1426 Used for bacterial selection
Subcloning Efficiency DH5α Competent Cells Invitrogen 18265017 used for the creation of pSD1 and pSD2

References

  1. Bentley, S. D., et al. Genetic Analysis of the Capsular Biosynthetic Locus from All 90 Pneumococcal Serotypes. PLoS Genetics. 2 (3), 31 (2006).
  2. Calix, J. J., Nahm, M. H. A new pneumococcal serotype, 11E, has a variably inactivated wcjE gene. The Journal of Infectious Diseases. 202 (1), 29-38 (2010).
  3. Park, I. H., Pritchard, D. G., Cartee, R., Brandao, A., Brandileone, M. C. C., Nahm, M. H. Discovery of a New Capsular Serotype (6C) within Serogroup 6 of Streptococcus pneumoniae. Journal of Clinical Microbiology. 45 (4), 1225-1233 (2007).
  4. Jin, P., et al. First Report of Putative Streptococcus pneumoniae Serotype 6D among Nasopharyngeal Isolates from Fijian Children. The Journal of Infectious Diseases. 200 (9), 1375-1380 (2009).
  5. Oliver, M. B., vander Linden, M. P. G., Küntzel, S. A., Saad, J. S., Nahm, M. H. Discovery of Streptococcus pneumoniae Serotype 6 Variants with Glycosyltransferases Synthesizing Two Differing Repeating Units. Journal of Biological Chemistry. 288 (36), 25976-25985 (2013).
  6. Calix, J. J., et al. Serological Characterization of Two Capsule Subtypes among Streptococcus pneumoniae Serotype 20 Strains. Journal of Biological Chemistry. 287 (33), 27885-27894 (2012).
  7. Park, I. H., et al. and Serological Characterization of a New Pneumococcal Serotype, 6H, and Generation of a Pneumococcal Strain Producing Three Different Capsular Repeat Units. Clinical and Vaccine Immunology. 22 (3), 313-318 (2015).
  8. O’Brien, K. L., et al. Burden of disease caused by Streptococcus pneumoniae in children younger than 5 years: global estimates. The Lancet. 374 (9693), 893-902 (2009).
  9. Henriques-Normark, B., Tuomanen, E. I. The Pneumococcus: Epidemiology, Microbiology, and Pathogenesis. Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine. 3 (7), 010215 (2013).
  10. Leimkugel, J., et al. An Outbreak of Serotype 1 Streptococcus pneumoniae Meningitis in Northern Ghana with Features That Are Characteristic of Neisseria meningitidis Meningitis Epidemics. The Journal of Infectious Diseases. 192 (2), 192-199 (2005).
  11. Yaro, S., et al. Epidemiological and Molecular Characteristics of a Highly Lethal Pneumococcal Meningitis Epidemic in Burkina Faso. Clinical Infectious Diseases. 43 (6), 693-700 (2006).
  12. Antonio, M., et al. Molecular epidemiology of pneumococci obtained from Gambian children aged 2-29 months with invasive pneumococcal disease during a trial of a 9-valent pneumococcal conjugate vaccine. BMC Infectious Diseases. 8 (1), 81 (2008).
  13. Kwambana-Adams, B. A., et al. An outbreak of pneumococcal meningitis among older children (≥5 years) and adults after the implementation of an infant vaccination programme with the 13-valent pneumococcal conjugate vaccine in Ghana. BMC Infectious Diseases. 16 (1), 575 (2016).
  14. Antonio, M., et al. Seasonality and outbreak of a predominant Streptococcus pneumoniae serotype 1 clone from The Gambia: Expansion of ST217 hypervirulent clonal complex in West Africa. BMC Microbiology. 8 (1), 198 (2008).
  15. Staples, M., et al. Molecular characterization of an Australian serotype 1 Streptococcus pneumoniae outbreak. Epidemiology and Infection. 143 (2), 325-333 (2015).
  16. Gessner, B. D., Mueller, J. E., Yaro, S. African meningitis belt pneumococcal disease epidemiology indicates a need for an effective serotype 1 containing vaccine, including for older children and adults. BMC Infectious Diseases. 10 (1), 22 (2010).
  17. Hill, P. C., et al. Nasopharyngeal carriage of Streptococcus pneumoniae in Gambian infants: a longitudinal study. Clinical Infectious Diseases. 46 (6), 807-814 (2008).
  18. Ebruke, C., et al. Temporal changes in nasopharyngeal carriage of Streptococcus pneumoniae serotype 1 genotypes in healthy Gambians before and after the 7-valent pneumococcal conjugate vaccine. PeerJ. 3, 90 (2015).
  19. Adegbola, R. A., et al. Serotype and antimicrobial susceptibility patterns of isolates of Streptococcus pneumoniae causing invasive disease in The Gambia 1996-2003. Tropical Medicine and International Health. 11 (7), 1128-1135 (2006).
  20. Marks, L. R., Reddinger, R. M., Hakansson, A. P. High Levels of Genetic Recombination during Nasopharyngeal Carriage and Biofilm Formation in Streptococcus pneumoniae. mBio. 3 (5), (2012).
  21. Ritchie, N. D., Mitchell, T. J., Evans, T. J. What is different about serotype 1 pneumococci. Future Microbiology. 7 (1), 33-46 (2012).
  22. Harvey, R. M., et al. The variable region of pneumococcal pathogenicity island 1 is responsible for unusually high virulence of a serotype 1 isolate. Infection and Immunity. 84 (3), 822-832 (2016).
  23. Horton, R. M., Cai, Z. L., Ho, S. N., Pease, L. R. Gene splicing by overlap extension: tailor-made genes using the polymerase chain reaction. BioTechniques. 8 (5), 528-535 (1990).
  24. Alioing, G., Granadel, C., Morrison, D. A., Claverys, J. P. Competence pheromone, oligopeptide permease, and induction of competence in Streptococcus pneumoniae. Molecular Microbiology. 21 (3), 471-478 (1996).
  25. Lund, E. . Enumeration and description of the strains belonging to the State Serum Institute, Copenhagen Denmark. , (1951).
  26. Barany, F., Tomasz, A. Genetic transformation of Streptococcus pneumoniae by heterologous plasmid deoxyribonucleic acid. Journal of Bacteriology. 144 (2), 698-709 (1980).
  27. Terra, V. S., Homer, K. A., Rao, S. G., Andrew, P. W., Yesilkaya, H. Characterization of novel β-galactosidase activity that contributes to glycoprotein degradation and virulence in Streptococcus pneumoniae. Infection and Immunity. 78 (1), (2010).
  28. Terra, V. S., Zhi, X., Kahya, H. F., Andrew, P. W., Yesilkaya, H. Pneumococcal 6-phospho-β-glucosidase (BglA3) is involved in virulence and nutrient metabolism. Infection and Immunity. 84 (1), (2015).
  29. Harvey, R. M., Ogunniyi, A. D., Chen, A. Y., Paton, J. C. Pneumolysin with Low Hemolytic Activity Confers an Early Growth Advantage to Streptococcus pneumoniae in the Blood. Infection and Immunity. 79 (10), 4122 (2011).
  30. Terra, V. S., Plumptre, C. D., Wall, E. C., Brown, J. S., Wren, B. W. Construction of a pneumolysin deficient mutant in Streptococcus pneumoniae serotype 1 strain 519/43 and phenotypic characterisation. Microbial Pathogenesis. 141, 103999 (2020).

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Terra, V. S., Plumptre, C. D., Wall, E. C., Brown, J. S., Wren, B. W. Constructing Mutants in Serotype 1 Streptococcus pneumoniae strain 519/43. J. Vis. Exp. (163), e61594, doi:10.3791/61594 (2020).

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