Bu protokol, mRNA sentezi ve bozulmasının in vivo kinetiklerini ölçmek için yerinde hibridizasyonda (smFISH) tek moleküllü floresan uygulamasını açıklar.
Yerinde hibridizasyonda tek moleküllü floresan (smFISH) tek tek hücrelerdeki mutlak mRNA sayısını saymaya olanak sağlar. Burada, Escherichia colitranskripsiyon ve mRNA bozulma oranlarını ölçmek için smFISH bir uygulama açıklar. smFISH sabit hücrelere dayandığı için, bir zaman dersi deneyi sırasında, yani hücrelerin gen ekspresyonunun indüksiyonu veya baskısı üzerine senkronize değişiklikler emildiğinde birden fazla zaman noktasında smFISH gerçekleştiriyoruz. Her zaman noktasında, bir mRNA’nın alt bölgeleri transkripsiyon uzamasını ve erken sonlandırmayı araştırmak için ayırt edilir. Bu protokolün sonucu aynı zamanda hücreler arasında mRNA kopya sayılarında mRNA’ların hücre içi lokalizasyonu ve heterojeniteanalizine de olanak sağlar. Bu protokol kullanılarak birçok örnek (~50) sadece birkaç örnek için gereken süre gibi 8 saat içinde işlenebilir. Bakteri hücrelerindeki farklı mRNA’ların transkripsiyon ve bozunma kinetiğini incelemek için bu protokolün nasıl uygulanacağı tartışılmaktadır.
DNA’dan mRNA ve proteine genetik bilgi akışı, regülasyonu hücresel fitness1için önemli olan en temel hücresel süreçlerden biridir. Hücredeki mRNA sayısı transkripsiyon ve mRNA bozulması olmak üzere iki dinamik süreçle belirlenir. Ancak, transkripsiyon ve mRNA bozulmasının tek bir hücrenin zaman ve uzayda nasıl düzenlendiği, büyük ölçüde in vivo daki kinetiklerini nicel olarak ölçmek için deneysel yöntemlerin yetersizliğinden dolayı tam olarak anlaşılamamıştır.
Kuzey leke, RT-PCR, RNA dizilemesi ve gen ekspresyonu mikrodizileri gibi bir hücre popülasyonundan elde edilen toplam mRNA’lara dayalı yöntemler, mRNA düzeylerindeki bağıl farkı ölçebilir ve transkripsiyonuzamaoranını 2,3,4,5 veya mRNA bozulma oranı6,7olarak analiz etmek için yaygın olarak kullanılmıştır. Ancak, hücre başına mRNA mutlak sayısını sağlamaz ve bu nedenle, transkripsiyon başlatma oranını araştırmak için uygun değildir8. Ayrıca, mRNA’lar bir hücre popülasyonundan çıkarıldığı için, mRNA’ların tek bir hücre içindeki mekansal dağılımı ve mRNA kopya numaralarının hücreler arasındaki değişkenliği ölçülemememaktadır.
Tek tek hücrelerde yeni nesil RNA dizilimi (scRNAseq) genomik ölçekte hücre başına mRNA sayısını ölçebilir9. Ancak, örnek hazırlama ve yüksek maliyet ile ilgili zorluklar nedeniyle transkripsiyon kinetik ölçmek için bu tekniği kullanmak zor olmaya devam etmektedir. Özellikle, bakterilere scRNaAseq uygulaması düşük mRNA bolluğu nedeniyle teknik olarak zor olmuştur10,11.
Yerinde hibridizasyonda tek moleküllü floresan (smFISH) floresan etiketli tek iplikli probların melezleştirilmesine dayanır ve dizileri ilgialanının hedef mRNA’sına tamamlayıcıdır12,13. Diziye özgü hibridizasyon kavramı Kuzey blot veya RT-PCR kullanılan benzer, ancak melezleme sabit hücreler içinde yerinde yapılır, mRNA’ların yerel yerelleştirme korumak için. Tek bir mRNA’nın sinyali, bir mRNA’nın farklı kısımlarına hibridize edilebilen, ~20 nükleotit (nt) uzunluğunda birçok prob kullanılarak yükseltilir (Şekil 1A)13. Bu “döşeme” sondası yaklaşımında, tek bir mRNA’yı algılamak için gereken prob sayısı, tazyiklebilen mRNA uzunluğuna daha düşük bir sınır belirler. Alternatif olarak, ilgi mRNA transkripsiyonel tandem Lac operatör dizileri olmayan bir kodlama dizi erimiş olabilir, bir floresan etiketli lacO prob birden fazla kopya tek bir mRNA hibridize gibi (Şekil 1B)14.
smFISH sabit durumda hücre başına mRNA sayısını ölçmek için kullanılmıştır (yani, sentez ve çürüme dengede olduğunda) ve bakteri hücreleri arasında mRNA ortalama ve değişkenlik analiz etmek için15,16,17. Son zamanlarda, smFISH sabit olmayan durumda mRNA numaraları ölçmek için uygulanmıştır, sağ e. coligen ekspresyonu indüksiyon veya baskı sonra18,19,20. Daha sonra mutlak mRNA kopya numaralarındaki zamansal değişiklikler transkripsiyon başlatma, uzama ve sonlandırma oranının yanı sıra mRNA bozulma oranını hesaplamak için kullanıldı. Bu uygulama için, geleneksel smFISH prosedürleri hantal olabilir, çünkü her biri bir zaman noktasını temsil eden, birden fazla arabellek değişim adımlarından geçmesi gereken (yani santrifüj ve yıkama) birçok örnek vardır. Burada, örnek işleme adımlarının, hücrelerin bir kapak kayması yüzeyine yapıştırılarak ve vakum filtrasyon sistemi 14,19ile sıvıları azarlayarak önemli ölçüde basitleştirildiği bir smFISHprotokolünütanımlıyoruz. E. coli’deki lacZ ifadesini örnek olarak kullanarak, transkripsiyon (inisiyasyon, uzama ve sonlandırma) in vivo kinetiği (inisiyasyon, uzama ve sonlandırma) ve mRNA bozunması, mRNA ekspresyonunda hücreden hücreye değişkenlik ve mRNA lokalizasyonu içeren görüntü analizi(Şekil 3)dahil olmak üzere, tam iş akışı(Şekil 2)gösterilmiştir. Protokolün, çeşitli bakteri türlerinde in vivo kinetik ve diğer mRNA’ların lokalizasyonu için yaygın olarak uygulanacağını tahmin ediyoruz.
Burada, E. colimRNA kinetik ölçmek için bir smFISH protokolü sundu. Daha önce yayınlanan bakteriler için smFISH protokollerinde23, hücreler protokolün sonuna kadar tüplerde tutuldu, yani görüntülemeye hazır olana kadar. Kapak yüzeyi23’tefloresan probların minimum spesifik olmayan bağlanması gibi birçok faydası olsa da, bir zaman kursu deneyinden çok sayıda örnek olduğunda bu protokolleri takip etmek zordur. İlk olarak, nispeten büyük miktarda hücre (>1 mL) saptanmadan önce örneklenmeli ve hatta hasat edilmelidir. İkinci olarak, hücre örneklerinin çözüm değişimi ve hibridizasyon adımından sonra yıkanması için birden çok kez santrifüj edilmesi gerekir. Protokolümüzde, küçük bir kültür hacmi (<1 mL) doğrudan 1,5 mL'lik bir tüpteki sabitleme çözeltisi ile karıştırılır ve örnekleme anında hücre durumunun hızla "dondurulmasına" yardımcı olur. Ayrıca, hücreler işlem boyunca yüzeye bağlı kalır ve farklı çözeltiler vakum filtrasyon sistemi ile sıvıların aspire edilmesi ve çok kanallı pipet ile aynı anda çözelti damlaları uygulanarak hızlı bir şekilde değiştirilebilir. Bu fark, çok sayıda numunenin aynı anda işlenmesi gerektiğinde protokolümüzü son derece avantajlı hale getirir. Protokolümüzü kullanarak, 12-48 numune aynı anda işlenebilir ve tüm FISH prosedürü ~8 saat içinde, yaklaşık birkaç örnek için gerekli olan benzer bir süre içinde tamamlanabilir(Şekil 2). E. coli’deki lacZ ifadesini örnek olarak kullanmamıza rağmen, protokol aşağıda tartışılan hususlar ile farklı genler ve bakteri türleri için yaygın olarak uygulanmaktadır.
Farklı genler için göz önünde bulundurulması gereken ilk şey smFISH sondalarıdır. İlginin mRNA’sını çinileyen oligonükleotid problar tasarlanabilir (Şekil 1A)13. Bu “fayans” sonda yaklaşımında, her prob ~20 baz uzunluğundadır ve 5′ veya 3′ terminusta bir florofor ile etiketlenir. Hiçbir genetik manipülasyon gerekli olduğu gibi bu strateji uygundur. Alternatif olarak, genomik diziye yabancı olan ~20 bp dizisinin bir tandem tekrarı (örneğin, Caulobacter crescentus14’tekibir dizi lako dizisi), ilgi çekici bir genin çevrilmemiş bölgesine eklenebilir ve tekrar birimine tamamlayıcı tek bir prob mRNA (“dizi” yaklaşımı) etiketlemek için kullanılır; Şekil 1B). Her iki durumda da, birden fazla florofor bir mRNA süsler, kolayca bir hücre içinde özel olarak bağlı olmayan tek bir prob ayırt edilebilir amplifiye floresan sinyali veren.
“Döşeme” veya “dizi” yaklaşımlarının seçilip seçilemeyeceği negatif denetime bağlıdır, hedef mRNA’dan yoksun olduğu için probların spesifik olmayan bağlanmasının test edildiği bir örnek. Fayans probları için(Şekil 1A),genin yazılmaması (örneğin, lacZ’ninbastırılması) ilgi geni veya bir durum olmayan mutant bir tür, probların spesifik olmayan bağlanmasını test etmek için negatif bir kontrol görevi görebilir. Dizi tabanlı smFISH(Şekil 1B)için, diziden yoksun bir yabani tür, problar için bağlayıcı siteler içermediğinden negatif denetim olarak kullanılabilir.
Optimum hibridizasyon koşulları sonda dizilerine ve hatta florofor boyaseçimine bağlı olabilir. LacZ prob setleri için hibridizasyon koşulunu 37 °C’de tutarak ve hibridizasyon çözeltisinde farklı prob setleri ve formamid konsantrasyonlarını test ederek optimize ettik. Formamid yüksek konsantrasyonları hem nonspesifik hem de spesifik bağlayıcılığı azaltmak eğilimindedir26,35. Melezleme süresini ve sıcaklığını aynı tutarken, melezleşme ve yıkama koşullarını sistematik olarak değiştirmenizi öneririz. Durum daha sıkı hale geldikçe, hem spesifik hem de spesifik bağlama azalması(Şekil 6). Spesifik olmayan bağlamanın, belirli bağlamadan daha fazla ödün vermeden kabul edilebilir bir eşiğin altına vurmaya başladığı bir nokta bulmak önemlidir. Örneğin, herhangi bir sonda olmadan elde edilen sinyal düzeyini (“prob yok”) eşik olarak kullandık (Şekil 6).
Bir mRNA’nın iki ayrı bölgesini etiketleyen iki renkli smFISH yöntemi uzun genlerle sınırlıdır. Transkripsiyon uzama oranını ölçmek için, lacZ’ın uzun (3075 bp) olduğu ve ifadesinin IPTG tarafından indüklenebildiği gerçeğinden yararlandık. Bir gen kısa olduğunda, iki döşeme sondası seti (5′ ve 3′ uçlara yakın) tasarlamak ve 5′ ile 3′ mRNA bölgelerinin görünümleri arasındaki zaman gecikmesini çözmek zordur. Bu durumda, smFISH tarafından sürekli durumda yeni doğan mRNA’ları sayabilir ve transkripsiyon uzama oranı uygun bir parametre20olan analitik bir model ile dağılımlarını analiz edebilir. Ayrıca, ilgi bir gen indüklenebilir olmadığında, bir zaman sıfır rifampisin ile hücreleri tedavi edebilir ve 5’ve 3’mRNA alt bölgelerinde zamansal değişim ölçmek. 5′ mRNA sinyalinin düşürülmesinden 3′ mRNA sinyaline gecikme, daha önce31’deyapıldığı gibi transkripsiyon uzama oranını hesaplamak için kullanılabilir.
Son olarak, smFISH protokolü çok yönlüdür ve diğer etiketleme şemaları ile birleştirilebilir. Daha önce, DNA lokusu mRNA FISH ile DNA FISH14 veya floresan muhabir-operatör sistemi20ile birleştirilerek mRNA ile birlikte görselleştirildi. Protein ürünleri mRNA FISH14,36ile birlikte immünororesans gerçekleştirerek görselleştirilebilir. Ayrıca, üç boyutlu süper çözünürlüklü mikroskopi ile kombine edilebilir37 her üç boyutta mRNA görselleştirmek için38,39.
The authors have nothing to disclose.
Bu protokol S.K. tarafından Dr. Christine Jacobs-Wagner’in Howard Hughes Tıp Enstitüsü’ndeki laboratuvarında ve Yale Üniversitesi Mikrobiyal Bilimler Enstitüsü’ndeki doktora sonrası araştırması sırasında geliştirilmiştir. Dr. Jacobs-Wagner ve laboratuvar üyelerine yöntem geliştirme sırasında ki çeşitli girdiler için ve Laura Troyer’a makalenin eleştirel okuması için teşekkür ederiz. S.K. Searle Scholars Programı’nın desteğini kabul eder; K.V. Illinois Üniversitesi’nden James Scholar Preble Araştırma Ödülü’nün desteğini kabul eder.
Bacterial strain | |||
Escherichia coli MG1655 | |||
Chemicals, peptides, and others | |||
Acetonitrile | Sigma-Aldrich | 34851 | UPLC buffer B |
Ammonium chloride | Fisher Chemical | A661-500 | To make M9 medium |
Bovine serum albumin (BSA) | Sigma-Aldrich | B2518 | Probe hybridization |
Calcium chloride | Acros Organics | 349610250 | To make M9 medium |
Casamino acid | BD Difco | 223050 | To make M9 medium |
Cy3B NHS ester | GE Healthcare Life Sciences | PA63101 | Fluorophore for FISH probes |
Cy5 NHS ester | GE Healthcare Life Sciences | PA15101 | Fluorophore for FISH probes |
DEPC | Sigma-Aldrich | D5758 | |
Dextran sulfate | Millipore | S4030 | Probe hybridization |
Dextrose | Fisher Chemical | D16 | To repress the expression of lacZ |
Dimethyl sulfoxide (DMSO) | Sigma-Aldrich | D8418 | To dissolve fluorophores |
E. coli tRNA | Sigma-Aldrich | R1753 | Probe hybridization |
Ethanol | Decon Laboratories | 2701 | Used in DNA purification, lysis, and cleaning coverslips |
FISH probes | Biosearch Technologies | Sequences are published in ref#16 | |
Formaldehyde | Ladd Research Industries | 20295 | Fixation |
Formamide | American Bio | AB00600 | Probe hybridization, pre-hybridization, and wash |
Glycerol | Americanbio | AB00751-01000 | To make M9 medium |
Isopropylthio-β-galactoside (IPTG) | Invitrogen | 15529019 | lacZ induction |
Magnesium sulfate | Fisher Chemical | M65-500 | To make M9 medium |
2-Nitrophenyl β-D-fucopyranoside (ONPF) | Santa Cruz Biotechnology | sc-216258 | lacZ repression |
Picodent twinsil 22 | Picodent | 1300 1000 | Sealant |
Poly-L-lysine | Sigma-Aldrich | P8920 | To treat the coverslip surface |
Potassium chloride | Fisher BioReagents | BP366-500 | To make PBS |
Potassium phosphate monobasic | Fisher BioReagents | BP362-500 | To make PBS and M9 medium |
Rifampicin | Sigma-Aldrich | R3501 | To stop transcription initiation |
Saline-sodium citrate buffer (SSC) | Invitrogen | AM9763 | Probe hybridization, pre-hybridization, and wash |
sodium bicarbonate | Fisher BioReagents | BP328-500 | Fluorophore-probe conjugation |
Sodium chloride | Fisher BioReagents | BP358-1 | For DNA purification, PBS and M9 medium |
Sodium phosphate dibasic | Fisher BioReagents | BP332-500 | To make PBS and M9 medium |
Sodium phosphate monobasic | Fisher BioReagents | BP329-500 | To make a sodium phosphate buffer |
Super PAP Pen | Invitrogen | 8899 | Hydrophobic marker for coverslips |
TetraSpek microspheres | Invitrogen | T7280 | Controls for multi-channel registration |
Thiamine | Sigma-Aldrich | T1270 | To make M9 medium |
Triethylammonium acetate | Sigma-Aldrich | 90358 | UPLC buffer A |
Vanadyl ribonucleoside complex (VRC) | Sigma-Aldrich | 94742 | Probe hybridization and pre-hybridization |
Equipment | |||
C18 column | Waters | Acquity BEH C18 column | |
Countertop centrifuge | Eppendorf | 5425 | |
Countertop incubator | Eppendorf | Thermomixer F1.5 | |
Incubator (Oven) | Thermo Scientific | 51030514 | Gravity convection |
Water purification system | Millipore | Milli-Q Reference | |
Nanodrop | Thermo Scientific | 2000C | |
Nitrogen gas | Building | For blow-drying coverslips and glass slides | |
UPLC | Waters | Acquity UPLC system | |
Vacuum and aspirator | Building | Aspirator is made of a filtration flask with a side arm. | |
Vacuum concentrator | Labconco | 7810010 | Centrivap; to dry samples collected from UPLC. |
Vortexer | Scientific Industries | Genie-2 SI-0236 | |
Water bath shaker | New Brunswick | Innova 3100 | Critical for time-course experiments |
Water bath sonicator | VWR | 97043-960 | To clean coverslips and glass slides |
Tools | |||
1.5-mL tubes | Eppendorf | 22431021 | DNA lobind tubes |
1000-uL pipette tip box | Denville Scientific | P1126 | An empty box after using all the tips |
Coplin jar | SPI | 01240-AB | To clean coverslips and glass slides |
Coverslip | Fisher Scientific | 22-050-230 | 24×60 No1 |
Filtered pipette tips | Denville Scientific | P1121,P1122,P1126 | SHARP® Precision Barrier Tips |
Forceps | SPI | K35a | To handle clean coverslips and glass slides |
Glass slide | Fisher Scientific | 12-544-1 | |
Gloves | Microflex | MK-296-M | |
Multichannel pipetter | Eppendorf | 2231300045 | To use in the washing step (#7) |
Pipette | Gilson | P1000, P200, P20 | |
Reagent reservoir | MTC Bio | P8025-1S | To use in the washing step (#7) |
Syringe filter (0.22 um) | Millipore | SLGS033SS | |
Timer | VWR | 62344-641 | |
Software and algorithms | |||
MATLAB | Mathworks | R2013 and up | https://www.mathworks.com |
MicrobeTracker or Oufti | https://www.github.com/JacobsWagnerLab/MicrobeTracker | ||
https://oufti.org/ | |||
Stellaris Probe Designer | Biosearch Technologies | https://www.biosearchtech.com/support/tools/design-software/stellaris-probe-designer | |
Microscope | |||
CCD camera | Hamamatsu Photonics | Orca-II-ER | |
Cy3 filter set | Chroma | 49004 | |
Cy5 filter set | Chroma | 49006 | |
Epi-fluorescence microscope | Nikon | Eclipse Ti | For phase-contrast and epi fluorescence |
Fluorescence excitation source | Lumencor | SOLA-E | |
Nikon Elements software | Nikon | software that controls the microscope setup | |
Phase-contrast 100x objective | Nikon | Plan Apochromat (NA 1.45) | |
Probe sequence | |||
DNA oligos with C6 amino modification at the 5' end | Biosearch Technologies Inc | ||
lacZ1 | GTGAATCCGTAATCATGGTC | 5' mRNA | |
lacZ2 | TCACGACGTTGTAAAACGAC | 5' mRNA | |
lacZ3 | ATTAAGTTGGGTAACGCCAG | 5' mRNA | |
lacZ4 | TATTACGCCAGCTGGCGAAA | 5' mRNA | |
lacZ5 | ATTCAGGCTGCGCAACTGTT | 5' mRNA | |
lacZ6 | AAACCAGGCAAAGCGCCATT | 5' mRNA | |
lacZ7 | AGTATCGGCCTCAGGAAGAT | 5' mRNA | |
lacZ8 | AACCGTGCATCTGCCAGTTT | 5' mRNA | |
lacZ9 | TAGGTCACGTTGGTGTAGAT | 5' mRNA | |
lacZ10 | AATGTGAGCGAGTAACAACC | 5' mRNA | |
lacZ11 | GTAGCCAGCTTTCATCAACA | 5' mRNA | |
lacZ12 | AATAATTCGCGTCTGGCCTT | 5' mRNA | |
lacZ13 | AGATGAAACGCCGAGTTAAC | 5' mRNA | |
lacZ14 | AATTCAGACGGCAAACGACT | 5' mRNA | |
lacZ15 | TTTCTCCGGCGCGTAAAAAT | 5' mRNA | |
lacZ16 | ATCTTCCAGATAACTGCCGT | 5' mRNA | |
lacZ17 | AACGAGACGTCACGGAAAAT | 5' mRNA | |
lacZ18 | GCTGATTTGTGTAGTCGGTT | 5' mRNA | |
lacZ19 | TTAAAGCGAGTGGCAACATG | 5' mRNA | |
lacZ20 | AACTGTTACCCGTAGGTAGT | 5' mRNA | |
lacZ21 | ATAATTTCACCGCCGAAAGG | 5' mRNA | |
lacZ22 | TTTCGACGTTCAGACGTAGT | 5' mRNA | |
lacZ23 | ATAGAGATTCGGGATTTCGG | 5' mRNA | |
lacZ24 | TTCTGCTTCAATCAGCGTGC | 5' mRNA | |
lacZ25 | ACCATTTTCAATCCGCACCT | ||
lacZ26 | TTAACGCCTCGAATCAGCAA | ||
lacZ27 | ATGCAGAGGATGATGCTCGT | ||
lacZ28 | TCTGCTCATCCATGACCTGA | ||
lacZ29 | TTCATCAGCAGGATATCCTG | ||
lacZ30 | CACGGCGTTAAAGTTGTTCT | ||
lacZ31 | TGGTTCGGATAATGCGAACA | ||
lacZ32 | TTCATCCACCACATACAGGC | ||
lacZ33 | TGCCGTGGGTTTCAATATTG | ||
lacZ34 | ATCGGTCAGACGATTCATTG | ||
lacZ35 | TGATCACACTCGGGTGATTA | ||
lacZ36 | ATACAGCGCGTCGTGATTAG | ||
lacZ37 | GATCGACAGATTTGATCCAG | ||
lacZ38 | AAATAATATCGGTGGCCGTG | ||
lacZ39 | TTTGATGGACCATTTCGGCA | ||
lacZ40 | TATTCGCAAAGGATCAGCGG | ||
lacZ41 | AAGACTGTTACCCATCGCGT | ||
lacZ42 | TGCCAGTATTTAGCGAAACC | ||
lacZ43 | AAACGGGGATACTGACGAAA | ||
lacZ44 | TAATCAGCGACTGATCCACC | ||
lacZ45 | GGGTTGCCGTTTTCATCATA | ||
lacZ46 | TCGGCGTATCGCCAAAATCA | ||
lacZ47 | TTCATACAGAACTGGCGATC | ||
lacZ48 | TGGTGTTTTGCTTCCGTCAG | ||
lacZ49 | ACGGAACTGGAAAAACTGCT | 3' mRNA | |
lacZ50 | TATTCGCTGGTCACTTCGAT | 3' mRNA | |
lacZ51 | GTTATCGCTATGACGGAACA | 3' mRNA | |
lacZ52 | TTTACCTTGTGGAGCGACAT | 3' mRNA | |
lacZ53 | GTTCAGGCAGTTCAATCAAC | 3' mRNA | |
lacZ54 | TTGCACTACGCGTACTGTGA | 3' mRNA | |
lacZ55 | AGCGTCACACTGAGGTTTTC | 3' mRNA | |
lacZ56 | ATTTCGCTGGTGGTCAGATG | 3' mRNA | |
lacZ57 | ACCCAGCTCGATGCAAAAAT | 3' mRNA | |
lacZ58 | CGGTTAAATTGCCAACGCTT | 3' mRNA | |
lacZ59 | CTGTGAAAGAAAGCCTGACT | 3' mRNA | |
lacZ60 | GGCGTCAGCAGTTGTTTTTT | 3' mRNA | |
lacZ61 | TACGCCAATGTCGTTATCCA | 3' mRNA | |
lacZ62 | TAAGGTTTTCCCCTGATGCT | 3' mRNA | |
lacZ63 | ATCAATCCGGTAGGTTTTCC | 3' mRNA | |
lacZ64 | GTAATCGCCATTTGACCACT | 3' mRNA | |
lacZ65 | AGTTTTCTTGCGGCCCTAAT | 3' mRNA | |
lacZ66 | ATGTCTGACAATGGCAGATC | 3' mRNA | |
lacZ67 | ATAATTCAATTCGCGCGTCC | 3' mRNA | |
lacZ68 | TGATGTTGAACTGGAAGTCG | 3' mRNA | |
lacZ69 | TCAGTTGCTGTTGACTGTAG | 3' mRNA | |
lacZ70 | ATTCAGCCATGTGCCTTCTT | 3' mRNA | |
lacZ71 | AATCCCCATATGGAAACCGT | 3' mRNA | |
lacZ72 | AGACCAACTGGTAATGGTAG | 3' mRNA |