Viene presentato un protocollo per studiare il tessuto biologico ad alta risoluzione spaziale utilizzando la microscopia a risonanza magnetica ad altissimo campo (MRM) utilizzando micrococchi. Vengono fornite istruzioni dettagliate per caratterizzare i microcoil. Infine, l’ottimizzazione dell’imaging è dimostrata sulle radici delle piante.
Questo protocollo descrive un metodo di calibrazione del rapporto segnale/rumore (SNR) e preparazione del campione per i microcoil solenoidali combinato con campioni biologici, progettato per la risonanza magnetica ad alta risoluzione (MRI), noto anche come microscopia MR (MRM). Può essere utilizzato a spettrometri precli clinici di risonanza prima della risonanza, dimostrato su campioni di radice di tronca di tunica Medicago . I microcoil aumentano la sensibilità abbinando le dimensioni del risuonatore RF alle dimensioni del campione di interesse, consentendo così risoluzioni dell’immagine più elevate in un determinato tempo di acquisizione dei dati. Grazie al design relativamente semplice, i microcoil solenoidali sono semplici ed economici da costruire e possono essere facilmente adattati alle esigenze del campione. Sistematicamente, spieghiamo come calibrare microcoil nuovi o costruiti in casa, utilizzando una soluzione di riferimento. Le fasi di calibrazione includono: determinazione della potenza dell’impulso utilizzando una curva di nutazione; stima dell’omogeneità rf-campo; e calcolare un rapporto segnale-rumore normalizzato in volume (SNR) utilizzando sequenze di impulsi standard. Vengono discussi passaggi importanti nella preparazione del campione per piccoli campioni biologici, nonché possibili fattori attenuanti come le differenze di suscettibilità magnetica. Le applicazioni di una bobina solenoide ottimizzata sono dimostrate dall’imaging 3D ad alta risoluzione (13 x 13 x 13 μm3, 2,2 pL) di un campione di radice.
La risonanza magnetica è uno strumento versatile per immaginare in modo non invasivo un’ampia varietà di campioni biologici, che vanno dall’uomo allesingole cellule 1,2,3. Mentre gli scanner MRI per applicazioni di imaging medicale in genere utilizzano magneti con una forza di campo da 1,5 T a 3 T, le applicazioni a cella singola sono immagini con punti diforza di campo molto più elevati 1,3,4. Lo studio dei campioni a risoluzioni inferiori a cento micrometri è indicato come microscopia a risonanza magnetica (MRM)5. Tuttavia, la MRM soffre di un basso rapporto segnale-rumore (SNR) rispetto ad altre tecniche di microscopia o imaging disponibili (ad esempio, microscopia ottica o TC). Diversi approcci possono essere perseguiti per ottimizzare SNR6. Un approccio è quello di utilizzare una maggiore intensità del campo magnetico, mentre un approccio complementare è quello di ottimizzare il rilevatore di segnale per i singoli campioni. Per quest’ultimo, le dimensioni del rivelatore devono essere regolate in base alle dimensioni del campione di interesse. Per piccoli campioni di diametro di ≈0,5-2 mm (ad esempio, tessuti di radice), i microcoil sono utili in quanto l’SNR è inversamente proporzionale al diametro della bobina6,7. Risoluzioni fino a 7,8 x 7,8 x 15 μm3 sono state raggiunte su cellule animali utilizzando microcoil dedicati8. Esistono una varietà di tipi di microcoil, con bobine planari e solenoidi più comunemente utilizzate a seconda dell’applicazione e della geometriatissutale 9. Le bobine planari hanno un’alta sensibilità vicino alla loro superficie, il che è utile per applicazioni su fette sottili. Ad esempio, è stato descritto un metodo progettato specificamente per l’imaging di tessuti perfusi per microcoil planari10. Tuttavia, le bobine planari hanno un’elevata caduta di sensibilità e nessuna potenza di impulso di riferimento ben definita. Le bobine solenoidi, essendo cilindriche, hanno un’area di applicazione più ampia e sono più favorite per campioni più spessi. Qui descriviamo le caratteristiche della bobina solenoide, un protocollo per preparare i campioni per la risonanza magnetica del microcoil, nonché la taratura di un microcoil solenoide(Figura 1A).
La bobina solenoide è costituita da un filo conduttore arrotolato, come un cavatappi, attorno a un capillare che tiene il campione (Figura 1B). I gruppi di microcoil possono essere costruiti utilizzando solo filo di rame smaltato, un assortimento di condensatori e una base adatta per saldare i componenti(Figura 1B). I principali vantaggi sono la semplicità e il basso costo, combinati con buone caratteristiche prestazionali in termini di SNR per unità di volume e omogeneitàdel campo B1. La facilità di costruzione consente una rapida iterazione dei progetti e delle geometrie delle bobine. I requisiti specifici della progettazione del microcoil solenoide e della caratterizzazione della sonda (adesempio, la teoria dell’elettronica, le misurazioni del forno da lavoro e le misurazioni dello spettrometro per una varietà di geometrie della bobina) sono stati ampiamente descrittialtrove 7,11,12,13,14.
Una bobina solenoide può essere costruita tenendo a mente le regole di progettazione per le dimensioni desiderate secondo le linee guida descritte altrove15,16. In questo caso specifico, è stata utilizzata una bobina con un diametro interno di 1,5 mm, realizzata in filo di rame smaltato, di 0,4 mm di diametro, avvolta attorno a un capillare di 1,5 mm di diametro esterno. Questo solenoide è tenuto su una piastra di base su cui è fatto un circuito, composto da un condensatore di sintonizzazione (2,5 pF), un condensatore di corrispondenza variabile (1,5-6 pF) e fili di collegamento in rame(Figura 1A, 1C). Il condensatore di sintonizzazione viene scelto per raggiungere la frequenza risonante desiderata di 950 MHz, mentre il condensatore corrispondente viene scelto per ottenere la massima trasmissione del segnale ad un’impedenza di 50 Ohm. Il condensatore più grande è variabile per consentire una regolazione più fine. Nel funzionamento regolare, l’accordatura e la corrispondenza vengono eseguite utilizzando condensatori nella base della sonda. Il microcoil assemblato deve essere montato su una sonda in modo che possa essere inserito nel magnete. Potrebbe essere necessario un supporto aggiuntivo, a seconda del sistema. Qui usiamo una combinazione di magneti da 22,3 T con una console Bruker Avance III HD in combinazione con una sonda Micro5. In questo caso, abbiamo utilizzato un inserto di supporto modificato dotato dei collegamenti necessari per collegarsi al canale 1H della sonda (Figura 1A).
Il design abbinato alla suscettibilità della bobina comprende un serbatoio con liquido perfluorurato per ridurre i disallineamenti di suscettibilità, derivanti dal fatto che la bobina di rame è in prossimità delcampione 17. Un serbatoio era fatto da una siringa di plastica per racchiudere la bobina e riempito con fomblin. Poiché il liquido perfluorurato deve racchiudere la bobina, il diametro disponibile per un campione viene ridotto a un diametro esterno di 1 mm. Per facilitare il cambio del campione, il campione è stato preparato in un capillare con un diametro esterno di 1 mm e un diametro interno di 700 μm. Gli strumenti necessari per la preparazione del campione sono riportati nella figura 2A.
I parametri MR sperimentali di base dipendono fortemente dall’hardware del sistema utilizzato, tra cui il sistema di gradiente, la forza del campo e la console. Diversi parametri possono essere utilizzati per descrivere le prestazioni del sistema, di cui lunghezza e potenza dell’impulso di 90°, B1-omogeneità e SNR per unità di volume (SNR/mm3),sono i più rilevanti dal punto di vista pratico. SNR/mm3 è utile per confrontare le prestazioni di bobine diverse sullo stesso sistema18. Sebbene possano esistere differenze hardware tra i sistemi, l’applicazione uniforme di un protocollo di benchmarking facilita anche il confronto delle prestazioni del sistema.
Questo protocollo si concentra sulla calibrazione e sulla preparazione del campione. Viene mostrata la caratterizzazione graduale delle prestazioni dei microcoil solenoidi: calibrazione della lunghezza o della potenza dell’impulso di 90°; valutare l’omogeneità rf-campo; e il calcolo dell’SNR per unità di volume (SNR/mm3). Una misurazione standardizzata spin-echo utilizzando un fantasma è descritta per facilitare un confronto dei progetti di bobine, che consente l’ottimizzazione di applicazioni distinte. Vengono descritti i preparati per campioni di campioni fantasma e biologici, specifici per i microcoil. Il protocollo può essere implementato su qualsiasi magnete verticale a foro stretto adatto (≤60 mm) dotato di un sistema di microimaging disponibile in commercio. Per altri sistemi, può fungere da linea guida e può essere utilizzato con alcune regolazioni.
La preparazione biologica del campione per le misurazioni della risonanza prima del trattamento non è di solito molto estesa poiché il campione è immaginato il più intatto possibile. Tuttavia, gli spazi dell’aria nel tessuto biologico possono causare artefatti dell’immagine a causa di differenze nella suscettibilitàmagnetica 19. L’effetto aumenta con l’aumentare dell’intensità del campomagnetico 20. Pertanto, gli spazi dell’aria dovrebbero essere evitati ad alti punti di forza del campo, e ciò potrebbe richiedere l’immersione del campione in un fluido per evitare l’aria intorno al tessuto e la rimozione degli spazi d’aria all’interno delle strutture tissutali. In particolare, quando si impiegano microcoil, potrebbe essere necessaria l’escissione del tessuto campione desiderato, seguita dall’immersione in un fluido adatto. Segue l’inserimento del campione in un capillare pretato, e infine sigillando il capillare con cera capillare. L’uso della cera come sigillante al posto della colla, della tenuta alla fiamma o di alternative significa che il campione può essere facilmente estratto. Questa procedura è dimostrata sulla radice di Medicago truncatula, una piccola pianta leguminosa. Un vantaggio di questo protocollo è il potenziale per la successiva co-registrazione dei dati mri con microscopia ottica, poiché il campione non viene distrutto durante la misurazione della risonanza prima.
Il protocollo presentato è adatto per misurazioni in situ ad alta risoluzione spaziale e progetti più elaborati potrebbero consentire l’imaging di campioni in vivo, in cui dovrebbero essere affrontate le sfide relative ai sistemi di supporto alla vita.
Questo protocollo è più adatto ai campioni biologici, poiché molti materiali e campioni geologici hanno tempi di rilassamento T2 significativamente più brevi, che non possono essere immagini dalle sequenze utilizzate qui. Anche alcuni tessuti biologici, che presentano un’elevata eterogeneità di suscettibilità magnetica del campione, possono essere difficili da immaginare a campo ultra-alto in quanto gli effetti sono correlati alla forza di campo24. Il protocollo non è utile solo per le nuove bobine, ma può anche aiutare nella risoluzione dei problemi e nella diagnosi dei potenziali problemi. Quando si testano campioni nuovi o sconosciuti, questo protocollo può essere eseguito in anticipo sulla soluzione di riferimento per verificare che la configurazione sperimentale funzioni secondo le specifiche. Ciò aiuta nella risoluzione dei problemi poiché lo spettrometro può essere escluso come fonte di artefatti e malfunzionamenti. Inoltre, questo imposta i condensatori di sintonizzazione e corrispondenza sulla sonda su valori tipici del microcoil.
Quando non viene registrato alcun segnale al primo esperimento, il campo visivo della scansione localizzatore può essere ingrandito per verificare se il campione è visto. Quindi, ricontrollare se la bobina è sintonizzata correttamente e tentare un’altra scansione localizzatore. È possibile che la bobina mostri ulteriori modalità risonanti involontarie, nel qual caso è necessario determinare quello corretto. Se ancora non è possibile ottenere alcuna immagine, rimuovere il campione per controllarne la posizione all’interno dell’assemblaggio del microcoil e verificare che il campione sia integro (cioè non sono presenti bolle d’aria o perdite nelle guarnizioni). Infine, un campione può essere preparato con acqua al posto della PFD. Nel caso in cui il campione dia poco segnale rilevabile nella scansione localizzatore, l’acqua circostante nel capillare può ancora essere rilevata.
Poiché i microcoil sono idealmente molto vicini al campione, le differenze di suscettibilità magnetica tra l’aria e il filo possono causare ulteriori perdite di segnale, come si vede nella figura 7B. I potenziali artefatti includono la modifica spaziale errata e la variazione dell’intensità del segnale anomalo. Soprattutto le sequenze di impulsi di tipo gradiente-eco sono influenzate da questa perdita di segnale non uniforme. Per questo motivo, abbiamo presentato una bobina abbinata alla suscettibilità, immergendo il filo in liquido fluorererte (Fomblin o FC-43). Il metodo di stima B1 incluso in questo protocollo può aiutare a determinare se le differenzedi suscettibilità B1 giustificano l’inclusione di strategie di corrispondenza della suscettibilità nella progettazione dell’assemblaggio della bobina. Un approccio alternativo per costruire una bobina abbinata alla suscettibilità consiste nell’utilizzare filo abbinato alla suscettibilità25. Inoltre, con questo approccio vengono affrontati solo i problemi di suscettibilità dovuti alla bobina. I disallineamenti di suscettibilità all’interno del campione (ad esempio, a causa degli spazi dell’aria) rimangono impegnativi.
Le sacche d’aria o le bolle rappresentano una sfida sperimentale che causa un’ampia perdita di segnale, causata da differenze di suscettibilità all’interfaccia dell’aria e delfluido o del campione 19 (Figura 5A). Un aspetto critico di una corretta preparazione del campione è l’immersione sia del campione che del capillare. Tuttavia, anche piccole bolle possono causare perdite di segnale, specialmente per le sequenze di tipo eco gradiente. Le bolle d’aria mobili possono migrare attraverso il capillare fino a quando non sono a contatto con il campione. Alcuni di questi effetti possono essere alleviati inclinando leggermente il capillare in modo che un’estremità sia più alta dell’altra. L’inclinazione garantisce che le potenziali bolle d’aria siano tenute in posizione all’estremità superiore, senza disturbare il campione. È anche importante verificare che la cera capillare formi un buon sigillo, poiché la disidratazione può causare la formazione di grandi bolle d’aria.
Per gli spazi d’aria all’interno del campione, pfd è stato utilizzato per riempire gli spazi dell’aria intercellulare senza penetrare le membranecellulari 26. Tuttavia, anche con questo approccio, non siamo stati in grado di rimuovere tutti gli spazi aerei. Inoltre, questo approccio significa che abbiamo bisogno di un agente aggiuntivo, che di solito non è preferito a causa del desiderio di studiare un sistema nel modo più non invasivo possibile.
La forma cilindrica dei capillari significa che le configurazioni di perfusione dovrebbero essere praticabili, specialmente per i tessuti vulnerabili al decadimento, come le biopsie o i processi di studio nel materiale delle radici viventi. Due passaggi potrebbero realizzare una configurazione perfusione. In primo luogo, il collegamento di un tubo di alimentazione medio e di un tubo di scarico su entrambi i lati del capillare sarebbe sufficiente per creare un chemiostato. In secondo luogo, l’aggiunta di un’indentazione nel capillare del campione potrebbe tenere il campione in posizione rispetto alla direzione del flusso. Ciò è analogo a un protocollo pubblicato per i microcoil planari10.
La natura non invasiva dell’imaging MR, combinata con il liquido inerte utilizzato in questo protocollo (PFD o Fomblin) significa che dopo il completamento degli esperimenti, i campioni possono essere rimossi dai loro capillari per ulteriori studi. Le combinazioni includono microscopia ottica o elettronica e altre tecniche di imaging distruttivo. Recentemente abbiamo dimostrato una combinazione con microscopia ottica su noduli radice di tronca di Medicago 27.
Abbiamo dimostrato un metodo per l’imaging di materiale vegetale utilizzando microcoil dedicati su uno spettrometro NMR ad altissimo campo. Volumi di campioni relativamente grandi possono essere studiati ad alta risoluzione con una buona omogeneità RF. Inoltre, l’imaging spettroscopico può essere eseguito a risoluzioni più elevate di quanto altrimenti fattibile. L’adattamento del design del microcoil ai campioni è facilitato da un metodo efficiente per determinare le caratteristiche prestazionali della bobina. L’approccio della bobina solenoide può anche essere facilmente applicato ad altri campioni diversi dalle piante, compreso il tessuto animale.
The authors have nothing to disclose.
Gli esperimenti presso lo strumento a 950 MHz sono stati sostenuti da uNMR-NL, uno strumento nazionale su larga scala per la tabella di marcia finanziato dall’NWO nei Paesi Bassi (progetto 184.032.207). R.S. è stata sostenuta dal progetto del consorzio BioSolarCells U2.3. J.R.K. è stato sostenuto dalla scuola di specializzazione della Scuola olandese di ricerca sulla risonanza magnetica (NMARRS) [022.005.029]. Ringraziamo Defeng Shen e Ton Bisseling per aver fornito i campioni di troncatura Medicago. Ringraziamo inoltre Klaartje Houben, Marie Renault e Johan van der Zwan per il supporto tecnico presso lo stabilimento uNMR-NL. Ringraziamo anche Volker Lehmann, Henny Janssen e Pieter de Waard per l’aiuto tecnico. Esprimiamo la nostra gratitudine a Frank Vergeldt, John Philippi e Karthick B. Sai Sankar Gupta per i loro consigli. Infine, ringraziamo Jessica de Ruiter per aver fornito la voce fuori campo al video.
Reference solution preparation | |||
CuSO4 | Sigma-aldrich | 469130 | Crystalline powder for creating reference solution |
D2O | Sigma-aldrich | 151882 | Liquid used to prepare reference sample |
Weigh Scale | Sartorius | PRACTUM513-1S | Scale for weighing compounds |
Sample preparation | |||
Capillary 1000 μm (Outer diameter) | Hilbenberg GmbH | 1408410 | Sample capillaries |
Capillary wax | Hampton Research | HR4-328 | Solid wax used to seal samples |
Disposable Scalpel | Swann-Morton | No. 11 | Used to excise samples |
Perfluorodecalin | Sigma-aldrich | P9900 | Liquid used for submerging sample |
Stereo Microscope | Olympus | SZ40 | Tabletop binocular microscope |
Syringe | Generic | – | Used to apply PFD and manipulate the sample |
Vacuum Pump | Vacuubrand | MZ2C | Two-stage membrane vacuumpump used for removing air pockets from samples. |
Wax pen | Hampton Research | HR4-342 | Handheld wax pen used to melt and apply capillary wax to samples |
Imaging Hardware | |||
22.3 T Magnet | Bruker GmbH | 950 US2 | Narrowbore superconducting magnet |
Air cooler | Bruker GmbH | – | Used to regulate probe temperature |
Console | Bruker GmbH | Avance III HD | Controls operation of the spectrometer |
Micro5 gradient coils | Bruker GmbH | Mic5 | Removable gradient coils mount on the Micro5 probe body |
Micro5 Probe body | Bruker GmbH | Mic5 | Holds microcoils and gradient coils |
RF microcoil | Home-built | – | contains Fomblin |
Vector Network Analyzer | Copper Mountain Technologies | TR1300/1 | Used to perform S11 reflectance test, frequency range 300kHz to 1.3 GHz |
Water cooler | Bruker GmbH | BCU-20 | Open loop watercooling to dissipate heat from gradient coil operation. |