Summary

Um protocolo aprimorado para purificar e diretamente mono-biocombinado recombinante BDNF em um tubo para estudos de tráfico celular em neurônios

Published: July 11, 2020
doi:

Summary

BDNF recombinante contendo uma sequência de Avi (BDNFAvi) é produzido em células HEK293 de forma econômica e é purificado por cromatografia de afinidade. BDNFavi é então diretamente mono-biotiningado com a enzima BirA em um tubo. BDNFavi e BDNFavi mono-biotiniladas mantêm sua atividade biológica quando comparadas com bdnf disponíveis comercialmente.

Abstract

BDNF recombinante contendo uma sequência de Avi (BDNFAvi) é produzido em células HEK293 e, em seguida, purificado por cromatografia de afinidade. Um protocolo reprodutível foi desenvolvido para mono-biotinilato BDNFAvi com a enzima BirA em um tubo. Nesta reação, o BDNFAvi mono-biotinilado mantém sua atividade biológica.

Neurotrophins são fatores de crescimento derivados da meta que desempenham um papel no desenvolvimento e manutenção neuronal. Eles requerem mecanismos de transporte rápido ao longo da via endocítica para permitir a sinalização de longa distância entre diferentes compartimentos neuronais. O desenvolvimento de ferramentas moleculares para estudar o tráfico de neurotrophins permitiu o rastreamento preciso dessas proteínas na célula usando o registro in vivo. Neste protocolo, desenvolvemos um procedimento otimizado e econômico para a produção de BDNF mono-biotinilado. Uma variante BDNF recombinante contendo uma sequência avi biotinítil (BDNFAvi) é produzida em células HEK293 na faixa de microgramas e, em seguida, purificada em um procedimento facilmente escalável usando cromatografia de afinidade. O BDNF purificado pode então ser homogêneo mono-biotiningado por uma reação in vitro direta com a enzima BirA em um tubo. A atividade biológica do BDNF mono-biotinilato (mbtBDNF) pode ser conjugada a extenuante conjugados a diferentes fluoroforos. BDNFAvi e mbtBDNF mantêm sua atividade biológica demonstrada através da detecção de alvos fosfoilados a jusante usando mancha ocidental e ativação do fator de transcrição CREB, respectivamente. Usando pontos streptavidin-quânticos, pudemos visualizar a internalização mbtBDNF concomitante com ativação do CREB, que foi detectado com um anticorpo específico fosfo-CREB. Além disso, mbtBDNF conjugado a pontos streptavidin-quânticos foi adequado para análise de transporte retrógrado em neurônios corticais cultivados em câmaras microfluidas. Assim, no tubo produzido mbtBDNF é uma ferramenta confiável para estudar a sinalização fisiológica e o tráfico de neurônios.

Introduction

Os neurônios são as unidades funcionais do sistema nervoso que possuem uma morfologia complexa e especializada que permite a comunicação sináptica e, portanto, a geração de comportamento coordenado e complexo em resposta a diversos estímulos. Projeções neuronais como dendritos e axônios são características estruturais críticas envolvidas na comunicação neuronal, e neurotrophins são atores cruciais na determinação de sua morfologia e função1. Neurotrophins são uma família de fatores de crescimento secretos que incluem NGF, NT-3, NT-4 e fator neurotrófico derivado do cérebro (BDNF)2. No sistema nervoso central (SNC), o BDNF participa de diversos processos biológicos, incluindo neurotransmissão, arborização dendrítica, maturação de colunas dendríticas, potencialização a longo prazo, entre outros3,,4. Portanto, o BDNF desempenha um papel crítico na regulação da função neuronal.

Diversos processos celulares regulam a dinâmica e a função do BDNF. Na superfície neuronal, o BDNF liga o receptor de tropomyosina quinase B (TrkB) e/ou o receptor de neurotropfina p75 (p75). Os complexos BDNF-TrkB e BDNF-p75 são endocitados e classificados em diferentes organelas endocíticas5,,6,,7,,8. O correto tráfico intracelular do complexo BDNF/TrkB é necessário para sinalização BDNF adequada em diferentes circuitos neuronais9,,10,,11. Por essa razão, uma compreensão profunda da dinâmica do tráfico de BDNF e suas alterações encontradas nos processos fisiofisiológicos é essencial para compreender a sinalização de BDNF em saúde e doença. O desenvolvimento de novas e específicas ferramentas moleculares para monitorar esse processo ajudará a impulsionar este campo e permitirá uma melhor compreensão dos mecanismos regulatórios envolvidos.

Existem várias ferramentas disponíveis para o estudo do tráfico de BDNF em neurônios. Uma metodologia comumente utilizada envolve a transfecção de BDNF recombinante marcado com moléculas fluorescentes como proteína fluorescente verde (GFP) ou a variante monomérica fluorescente de mudança vermelha do GFP mCherry12,13. No entanto, uma grande deficiência da superexpressão do BDNF é que elimina a possibilidade de fornecer concentrações conhecidas dessa neurotropina. Além disso, pode resultar em toxicidade celular, obscurecendo a interpretação dos resultados14. Uma estratégia alternativa é a transfecção de um TrkB marcado por epitope, como Flag-TrkB. Essa metodologia permite o estudo da dinâmica de internalização TrkB15,mas também envolve transfecção, o que pode resultar em alteração da função TrkB e toxicidade celular. Para superar esses obstáculos metodológicos, foram desenvolvidas variantes recombinantes de NGF e BDNF contendo uma sequência avi (BDNFAvi), que pode ser mono-biointinalada pela enzima biotin-ligase BirA,16,,17. BDNF recombinante biotinína pode ser acoplado a diferentes ferramentas ligadas a streptavidin, que incluem fluoroforos, contas, nanopartículas paramagnéticas, entre outras para detecção. Em termos de imagem de células vivas, os pontos quânticos (QD) tornaram-se fluoroforos frequentemente utilizados, pois possuem características desejáveis para o rastreamento de partículas únicas, como aumento do brilho e resistência ao fotobleaching quando comparados com fluoroforos de molécula pequena18.

A produção de BDNF mono-biotinilado (mbtBDNF) usando BDNFAvi foi alcançada pela co-transfecção de plasmídeos que conduzem a expressão de BDNFAvi e BirA, seguido pela purificação da proteína recombinante por cromatografia de afinidade com um rendimento de 1-2 μg de BDNF por 20 mL de mídia cultural hek293-condicionada17. Aqui, propomos uma modificação deste protocolo que permite a purificação do BDNFAvi a partir de 500 mL de mídia hek293, que busca maximizar a recuperação de proteínas em um protocolo baseado em coluna cromatografia para facilitar a manipulação. O agente de transfecção usado, polietileneimina (PEI), garante um método econômico sem sacrificar o rendimento da transfecção. A etapa de mono-biotintilação foi adaptada a uma reação in vitro para evitar as complicações associadas às co-transfecções e garantir a rotulagem homogênea de BDNF. A atividade biológica do mbtBDNF foi demonstrada por experimentos de microscopia de bolhas ocidentais e fluorescência, incluindo ativação de pCREB e imagem de células vivas para estudar o transporte axonal retrógrado de BDNF em câmaras microfluidas. O uso deste protocolo permite uma produção otimizada e de alto rendimento de BDNF mono-biotinilado e biologicamente ativo.

Protocol

Todos os experimentos foram realizados de acordo com as diretrizes aprovadas da CONICYT (Comissão Nacional de Pesquisa Científica e Tecnológica do Chile). Os protocolos utilizados neste estudo foram aprovados pelas Comissões de Biossegurança e Bem-Estar Bioético e Animal da Pontificia Universidad Católica de Chile. Os experimentos envolvendo vertebrados foram aprovados pela Comissão de Bem-Estar Bioético e Animal da Pontifícia Universidad Católica de Chile. NOTA: O protocolo a segui…

Representative Results

O uso de um protocolo cromatográfico baseado em coluna permite o processamento de volumes significativos de mídia condicionada HEK293. Na Figura 1,são mostrados os resultados da purificação do BDNFAvi a partir de 500 mL de mídia condicionada. Eluções consecutivas de BDNFAvi do Ni-NTA produzem contas de diminuição das concentrações de BDNFAvi (Figura 1A). Após quatro eluções consecutivas (cada uma com duração de 15 min), a maioria do BDNF captura…

Discussion

Neste artigo, descreve-se uma metodologia otimizada para a produção e purificação do mbtBDNF em um procedimento baseado em cromatografia de afinidade, a partir do trabalho de Sung e colaboradores17. As otimizações incluem o uso de um reagente de transfecção econômico (PEI) mantendo a eficiência de métodos de transfecção mais caros, como a lipofectamina. Essa otimização se traduz em uma redução significativa de custos no protocolo, permitindo a escalabilidade, mantendo o alto custo…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Os autores agradecem o apoio financeiro da Fondecyt (1171137) (FCB), do Centro Basal de Excelência em Ciência e Tecnologia (AFB 170005) (FCB), do Millenium-Nucleus (FCB). P07/011-F) (FCB), o Wellcome Trust Senior Investigator Award (107116/Z/15/Z) (GS) e um prêmio da Uk Dementia Research Institute Foundation (GS). Este trabalho contou com o apoio da Unidad de Microscopía Avanzada UC (UMA UC).

Materials

2 way stopcock BioRad 7328102 Chromatography apparatus component
2-mercaptoethanol Sigma M6250 BDNF elution buffer
Acrylamide/Bisacrylamide BioRad 1610154 SDS-PAGE gel preparation
Amicon Ultra-15 10K Millipore UFC901024 BDNF concentration
Ammonium Persulfate Sigma A9164 SDS-PAGE gel preparation
anti B-III-Tubulin antibody Sigma T8578 Western blot assays for BDNF biological activity detection
anti BDNF antibody Alomone AGP-021 Western blot assays for BDNF quantification
anti BDNF antibody Alomone ANT-010 Western blot assays for BDNF quantification
Anti ERK antibody Cell Signaling 9102 Western blot assays for BDNF biological activity detection
anti pCREB antibody (S133) Cell Signaling 9198 Western blot assays for BDNF biological activity detection
anti pERK antibody (T202, Y204) Cell Signaling 4370 Western blot assays for BDNF biological activity detection
anti pTrkB antibody (Y515) Abcam ab109684 Western blot assays for BDNF biological activity detection
Antibiotic/Antimycotic Gibco 15240-062 HEK293 maintenance
ATP Sigma A26209 BDNF monobiotinylation buffer
B-27 Supplement Gibco 17504-044 Neuron maintenance
Bicine Sigma B3876 BDNF monobiotinylation buffer
BirA-GST BPS Bioscience 70031 Enzyme for BDNF AviTag monobiotinylation
Bovine Fetal Serum HyClone HC.SH30396.02 HEK293 maintenance
Bovine Serum Albumin Jackson ImmunoResearch 001-000-162 BDNF buffer modification component, blocking buffer for western blot and immunofluorescence
D-Biotin Sigma B4639 BDNF monobiotinylation buffer
Dithiothreitol Invitrogen 15508-013
DMEM High Glucose Medium Gibco 11965-092 Neuron seeding
DMEM Medium Gibco 11995-081 HEK293 maintenance
Econo Column Funnel BioRad 7310003 Chromatography apparatus component
EDTA Merck 108418
EZ-ECL Kit Biological Industries 1633664 Protein detection by western blotting
Glutamax Gibco 35050-061 Neuron and HEK293 maintenance
Glycerol Merck 104094 BDNF elution buffer, lysis buffer for western blot assays
Hettich Rotina 46R Centrifuge Hettich Discontinued Centrifuge used for clearing the medium of debris
Hettich Universal 32R Centrifuge Hettich Discontinued Centrifuge used for protein concentrator centrifugation
Horse Serum Gibco 16050-122 Neuron seeding
ImageQuant LAS 500 GE Healthcare Life Sciences 29005063 Western blot image acquisition
Imidazole Sigma I55513 BDNF buffer modification component
KCl Winkler BM-1370 PBS component
KH2PO4 Merck 104873 PBS component
Laminin Invitrogen 23017-015 Cover coating for compartmentalized neurons
Luer Tubing Adaptor BioRad 7323245 Chromatography apparatus component
Luminata™ Forte Western HRP Substrate Millipore WBLUF0100 Protein detection by western blotting
Mg(CH3COO)2 Merck 105819 BDNF monobiotinylation buffer
Mowiol 4-88 Calbiochem 475904 Mounting reagent for immunofluorescence assays
MyOne C1 Streptavidin Magnetic Beads Invitrogen 65001 Biotinylation verification
Na2HPO4 Merck 106586 BDNF buffer modification component
NaCl Winkler BM-1630 PBS component, BDNF buffer modification component
NaH2PO4 Merck 106346 BDNF buffer modification component
Neurobasal Medium Gibco 21103-049 Neuron maintenance
Ni-NTA Agarose Beads Qiagen 30210 BDNF AviTag purification
Nikon Ti2-E Nikon Microscope for fluorescence imaging
Nitrocellulose Membrane BioRad 1620115 Protein transfer for western blotting
ORCA-Flash4.0 V3 Digital CMOS camera Hamamatsu C13440-20CU Camera for epifluorescence imaging
P8340 Protease Inhibitor Cocktail Sigma P8340 BDNF buffer modification component
Paraformaldehyde Merck 104005 Fixative for immunofluorescence assays
Penicillin/Streptomycin Gibco 15140-122 Neuron maintenance
Poli-D-Lysine Corning DLW354210 Cover coating for compartmentalized neurons
Poli-L-Lysine Millipore P2363 Cover coating for non-compartmentalized neurons
Poly-Prep Chromatography Column BioRad 7311550 Chromatography apparatus component
Polyethyleneimine 25K Polysciences Inc. PLY-0296 HEK293 transfection
Quantum Dots 655 streptavidin conjugate Invitrogen Q10121MP Monobiotinylated BDNF AviTag label for live and fixed cell experiments
Saponin Sigma S4521 Detergent for immunofluorescence assays
Sucrose Merck 107687
Syldgard 184 silicone elastomer base Poirot 4019862 Microfluidic chamber preparation
TEMED Sigma T9281 SDS-PAGE gel preparation
Tris Winkler BM-2000 Lysis buffer component
Triton X100 Merck 108603 Cell permeabilization in immunofluorescence and western blot assays
Trypsin-EDTA 0.5% Gibco 15400-054 HEK293 passaging

References

  1. Huang, E., Reichardt, L. Neurotrophins: Roles in Neuronal Development and Function. Annual Review of Neuroscience. 24, 677-736 (2001).
  2. Skaper, S. D. The neurotrophin family of neurotrophic factors: an overview. Methods in Mollecular Biology. 846, 1-12 (2012).
  3. Gonzalez, A., Moya-Alvarado, G., Gonzalez-Billault, C., Bronfman, F. C. Cellular and molecular mechanism regulating neuronal growth by brain-derived neurotrophic factor. Cytoskeleton. 73 (10), 612-628 (2016).
  4. Cunha, C., Brambilla, R., Thomas, K. A simple role for BDNF in learning and memory. Frontiers in Mollecular Neuroscience. 3, 1 (2010).
  5. Bronfman, F. C., Lazo, O. M., Flores, C., Escudero, C. A., Lewin, G., Carter, B. Spatiotemporal intracelular dynamics of neurotrophin and its receptors. Implications for neurotrophin signaling and neuronal function. Neurotrophic Factor. Handbook of Experimental Pharmacology. 220, (2014).
  6. Ascano, M., Bodmer, D., Kuruvilla, R. Endocytic trafficking of neurotrophins in neural development. Trends in Cell Biology. 22 (5), 266-273 (2012).
  7. Deinhardt, K., Salinas, S., Verastegui, C., Watson, R., Worth, D., Hanrahan, S., Bucci, C., Schiavo, G. Rab5 and Rab7 control endocytic sorting along the axonal retrograde transport pathway. Neuron. 52 (2), 293 (2006).
  8. Escudero, C. A., et al. c-Jun N-terminal kinase (JNK)-dependent internalization and Rab5-dependent endocytic sorting medaited long-distance retrograde neuronal death induced by axonal BDNF-p75 signaling. Scientific Reports. 9, 6070 (2019).
  9. Vrabec, J. P., Levin, L. A. The neurobiology of cell death in glaucoma. Eye. 21, 11-14 (2007).
  10. Liot, G., Zala, D., Pla, P., Mottet, G., Piel, M., Saudou, F. Mutant huntingtin alters retrograde transport of TrkB receptors in striatal dendrites. Journal of Neuroscience. 33 (15), 6298-6309 (2013).
  11. Zhou, B., Cai, Q., Xie, Y., Sheng, Z. H. Snapin recruits dynein to BDNF-TrkB signaling endosomes for retrograde axonal transport and is essential for dendrite growth of cortical neurons. Cell Reports. 2 (1), 42-51 (2012).
  12. Haubensak, W., Narz, F., Heumann, R., Lessmann, V. BDNF-GFP containing secretory granules are localized in the vicinity of synaptic junctions of cultured cortical neurons. Journal of Cell Science. 111 (11), 1483-1493 (1998).
  13. Adachi, N., et al. Glucocorticoid affects dendritic transport of BDNF-containing vesicles. Scientific Reports. 5, 12684 (2015).
  14. Biocompare: The Buyer’s Guide for Life Scientists. Mirus Bio. Cellular Toxicity Caused by Transfection: Why is it important Available from: https://www.biocompare.com/Bench-Tips/121111-Cellular-Toxicity-Caused-by-Transfection-Why-is-it-important/ (2012)
  15. Zhao, L., et al. Mechanism underlying activity-dependent insertion of TrkB into the neuronal surface. Journal of Cell Science. 122 (17), 3123-3136 (2009).
  16. Zhao, X., Zhou, Y., Weissmiller, A., Pearn, M., Mobley, W., Wu, C. Real-time imaging of axonal transport of quantum dot-labeled BDNF in primary neurons. Journal of Visualized Experiments. 91, 51899 (2014).
  17. Sung, K., Maloney, M., Yang, J., Wu, C. A novel method for producing mono-biotinylated, biologically active neurotrophic factors: an essential reagent for single molecule study of axonal transport. Journal of Neuroscience Methods. 200 (2), 121-128 (2011).
  18. Deerinck, T. The application of fluorescent quantum dots to confocal, multiphoton and electron microscopic imaging. Toxicologic Pathology. 36 (1), 112-116 (2008).
  19. Unsain, N., Nuñez, N., Anastasia, A., Mascó, D. H. Status epilepticus induces a TrkB to p75 neurotrophin receptor switch and increases brain-derived neurotrophic factor interaction with p75 neurotrophon receptor: an initial event in neuronal injury induction. Neuroscience. 154 (3), 978-993 (2008).
  20. Walker, J. M. The bicinchoninic acid (BCA) assay for protein quantitation. Methods Mol Biol. 32, 5-8 (1994).
  21. Moya-Alvarado, G., Gonzalez, A., Stuardo, N., Bronfman, F. C. Brain-derived neurotrophic factor (BDNF) regulates Rab5-positive early endosomes in hippocampal neurons to induce dendritic branching. Frontiers in Cellular Neuroscience. 12, 493 (2018).
  22. Sasi, M., Vignoli, B., Canossa, M., Blum, R. Neurobiology of local and intercellular BDNF signaling. Pflugers Archiv European Journal of Physiology. 469 (5), 593-610 (2017).
  23. . The Rab5-Rab11 endosomal pathway is required for BDNF-induced CREB transcriptional regulation in neurons Available from: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/844720v1 (2019)
  24. Mowla, , et al. Biosynthesis and post-translational processing of the precursor to brain-derived neurotrophic factor. Journal of Biological Chemistry. 276 (16), 12660-12666 (2001).
  25. Longo, P., Kavran, J., Kim, M. S., Leahy, D. Transient Mammalian Cell Transfection with Polyethyleneimine (PEI). Methods in Enzymology. 529, 227-240 (2013).
  26. Raymond, C., Tom, R., Perret, S., Moussouami, P., L’Abbé, D., St-Laurent, G., Durocher, Y. A simplified polyethyleneimine-mediated transfection process for large-scale and high-throughput applications. Methods. 55 (1), 44-51 (2011).
  27. Dalton, A., Barton, W. Over-expression of secreted proteins from mammalian cell lines. Protein Science. 23 (5), 517-525 (2014).
  28. Hunter, M., Yuan, P., Vavilala, D., Fox, M. Optimization of protein expression in mammalian cells. Current Protocols in Protein Science. 95 (1), 77 (2019).
  29. Stepanenko, A. A., Heng, H. H. Transient and stable vector transfection: Pitfalls, off-target effects, artifacts. Mutation Research. 773, 91-103 (2017).
  30. Guerzoni, L. P., Nicolas, V., Angelova, A. In vitro modulation of TrkB receptor signaling upon sequential delivery of curcumin-DHA loaded carriers towards promoting neuronal survival. Pharmaceutical Research. 34 (2), 492-505 (2017).
  31. Angelova, A., Angelov, B. Dual and multi-drug delivery nanoparticles towards neuronal survival and synaptic repair. Neural Regeneration Research. 12 (6), 886-889 (2017).

Play Video

Cite This Article
Stuardo, N., Moya-Alvarado, G., Ramírez, C., Schiavo, G., Bronfman, F. C. An Improved Protocol to Purify and Directly Mono-Biotinylate Recombinant BDNF in a Tube for Cellular Trafficking Studies in Neurons. J. Vis. Exp. (161), e61262, doi:10.3791/61262 (2020).

View Video