Hier, Wir präsentieren ein detailliertes Protokoll zur Untersuchung der neuronalen Synuclein-Akkumulation in primären Maus-Dopamin-Neuronen. Phosphorylierte-Synuclein-Aggregate in Neuronen werden mit vorgebildeten ,-Synuclein-Fibrillen induziert. Die automatisierte Bildgebung von immunfluorest markierten Zellen und die unvoreingenommene Bildanalyse machen dieses robuste Protokoll für das Screening von Medikamenten mit mittlerem bis hohem Durchsatz geeignet, die die Akkumulation von Synuclein hemmen.
Das Ziel dieses Protokolls ist es, ein robustes und reproduzierbares Modell der Akkumulation von Synuclein in primären Dopamin-Neuronen zu etablieren. In Kombination mit immunostainierender und unvoreingenommener automatisierter Bildanalyse ermöglicht dieses Modell die Analyse der Auswirkungen von Medikamenten und genetischen Manipulationen auf die Aggregation von Synuclein in neuronalen Kulturen. Primäre Midbrain-Kulturen bieten eine zuverlässige Quelle für gutgläubige embryonale Dopamin-Neuronen. In diesem Protokoll wird die charakteristische Histopathologie der Parkinson-Krankheit, Lewy-Körper (LB), durch die Zugabe von vorgebildeten Fibrillen (PFFs) direkt zu neuronalen Kulturmedien nachgeahmt. Die Akkumulation von endogenem Phosphoryliertem-Synuclein im Soma von Dopamin-Neuronen wird durch Immunfärbung bereits 7 Tage nach der PFF-Zugabe nachgewiesen. In-vitro-Zellkulturbedingungen eignen sich auch für die Anwendung und Bewertung von Behandlungen, die die Akkumulation von Synuclein verhindern, wie kleine Molekülmedikamente und neurotrophe Faktoren, sowie Lentivirus-Vektoren für die genetische Manipulation (z.B. mit CRISPR/Cas9). Das Kultivieren der Neuronen in 96 Brunnenplatten erhöht die Robustheit und Leistungsfähigkeit der Versuchseinrichtungen. Am Ende des Experiments werden die Zellen mit Paraformaldehyd für die Immunzytochemie und Fluoreszenzmikroskopie-Bildgebung fixiert. Multispektrale Fluoreszenzbilder werden durch automatisierte Mikroskopie von 96 Brunnenplatten gewonnen. Diese Daten werden quantifiziert (z.B. zählen die Anzahl der Phospho–Synuclein-haltigen Dopamin-Neuronen pro Brunnen) mit der Verwendung von freier Software, die eine Plattform für unvoreingenommene hochklassige Phänotypanalyse bietet. PFF-induzierte Modellierung der phosphorylierten Synuclein-Akkumulation in primären Dopamin-Neuronen bietet ein zuverlässiges Werkzeug, um die zugrunde liegenden Mechanismen zu untersuchen, die bildung und Eliminierung von Einschlüssen von Synuclein vermitteln, mit der Möglichkeit für hochdurchsatziges Arzneimittelscreening und zelluläre Phänotypanalyse.
Parkinson-Krankheit (PD) ist eine neurodegenerative Erkrankung, die durch den Tod der Midbrain Dopamin-Neuronen in der Substantia nigra (SN), den anschließenden Verlust von Dopamin-Ton in Basalganglien und daraus resultierende motorische Beeinträchtigungen1,2gekennzeichnet ist. Ein wichtiges histopathologisches Merkmal im Gehirn von PD-Patienten sind intrazelluläre Protein-Lipid-Aggregate, die in neuronatolen Soma, lewy Bodies (LB), oder in Neurriten, Lewy-Neuriten (LN), kollektiv bekannt als Lewy Pathologie3gefunden werden. Lewy Pathologie im Gehirn scheint mit fortschreitenden PD ähnlich der Ausbreitung von pathogenen Faktoren durch neuronale Verbindungen fortschritten. Reichlich Lewy Pathologie ist in Dopamin-Neuronen in der SN und Zellen in anderen Bereichen von Neurodegeneration4betroffen gefunden. Jedoch, während der Krankheitsprogression, Ausbreitung und Beginn der Proteinaggregation nicht immer mit neuronalen Tod korrelieren und der genaue Beitrag der Lewy Pathologie zum neuronalen Tod ist immer noch unklar5.
LB und LN hatten gezeigt, dass sie aus membranösen und proteinhaltigen Komponentenbestehen 3. Erstere sind Membranfragmente, vesikuläre Strukturen (möglicherweise Lysosomen und Autophagosomen) und Mitochondrien3. Letzteres besteht aus mindestens 300 verschiedenen Proteinen6. Eine markante Studie von Spillantini et al.7 zeigte, dass die Hauptproteinkomponente der Lewy-Pathologie das Synuclein ist. Hoch exprimiert in Neuronen, und verbunden mit Membranfusion und Neurotransmitter-Freisetzung, ist die -Synuclein in der Lewy-Pathologie meist in falsch gefalteter, Amyloidfibrillenform vorhanden, deren Großteil bei Ser129 (pS129-syn)4,8phosphoryliert ist.
Wichtig ist, dass auch gezeigt wurde, dass aufgrund seiner prionähnlichen Eigenschaften, falsch gefaltete ‘-Synuclein könnte eine ursächliche Rolle in Lewy Pathologie Bildung4. Die prionähnlichen Eigenschaften von falsch gefaltetem Synuclein wurden sowohl mit Midbrain-Extrakten von Patienten als auch mit exogen vorbereiteten präformierten Fibrillen (PFFs) gezeigt, um in Neuronen in Kultur und in vivo9,10. PFFs präsentieren ein zuverlässiges und robustes Modell, um das Fortschreiten der Pathologie von Synuclein in Dopamin-Neuronen zu untersuchen. Wenn PFFs auf kultivierte primärneuronen angewendet oder in das tierische Gehirn injiziert werden, führen sie zur Bildung von ,Synuclein-haltigen Einschlüssen in Neuriten und Zellsoma11, die viele Merkmale in der Lewy-Pathologie rekapitulieren. Beobachtete Einschlüsse sind in Triton X waschmittelunlöslich, ubiquitiniert, mit dem Amyloid-spezifischen Farbstoff Thioflavin S gefärbt und enthalten bei Ser12911,12. Wichtig ist, dass sich diese Einschlüsse nicht in den Knockout-Tieren11bilden, was auf die Abhängigkeit ihrer Bildung von endogenem N-Synuclein hindeutet.
Dennoch ist es schwierig, PFF-induzierte Einschlüsse und Lewy-Pathologie bei PD-Patienten direkt zu vergleichen, da menschliche LBs und LNs sehr heterogen sind3. Die beobachtete Heterogenität der Lewy-Pathologie könnte durch verschiedene Stadien der Bildung, unterschiedliche anatomische Lage oder Unterschiede in der Konformation von falsch gefaltetem Synuclein verursacht werden, die den Aggregationsprozess einführen. Dieselben Faktoren können PFF-induzierte pS129-Syn-positive Einschlüsse beeinflussen. In der Tat, vor kurzem wurde gezeigt, dass PFF-induzierte pS129-Syn positive Einschlüsse in primären neuronalen Kulturen sehr frühe Stadien der Pathologie darstellen, die zu Strukturen reifen können, die nach längerer Inkubationszeit12,13ähnlich sind.
Die Modellierung der frühzeitigen Ausbreitung und Anhäufung von falsch gefaltetem Synuclein mit PFFs ist wertvoll für die Arzneimittelentwicklung, da die Ausbreitung der Lewy-Pathologie als einer der Frühstadium-Krankheitsmarker gilt. Daher können Aggregations-präventive Behandlungen vielversprechend sein, um das Fortschreiten der PD in sehr frühen Stadien zu stoppen oder zu verlangsamen. Mehrere klinische Studien zur Verlangsamung oder Beendigung der Akkumulierung von Synuclein sind im Gange14. Für Patienten im späteren Stadium kann die Transplantation von Dopamin-Neuronenvorläufern eine bessere Behandlungsalternative sein15. Jedoch, Lewy Pathologie wurde in transplantierten embryonalen Neuronen während der post-mortem Analyse der PD-PatientenGehirne dokumentiert 16,17, was auch auf die Notwendigkeit des Schutzes gegen die Akkumulation von Synuclein.
In vitro, Die PFFs von Synuclein sind dafür bekannt, aggregationiert in verewigten Zelllinien oder häufiger in primären Hippocampus- oder kortikalen Neuronen des Nagetiers zu induzieren. Keiner von ihnen sind in der Nähe der Rekapitulation Dopamin-Neuronen10. Das Kultivieren dieser Neuronen erfordert eine dichte Beschichtung einer bestimmten Anzahl von Neuronen in vitro18. Um eine hohe Beschichtungsdichte mit begrenztem Material (z. B. primäre Dopamin-Neuronen) zu erreichen, wird die Mikroinsel-Kultivierungsmethode häufig verwendet. In der Mikroinselkultivierung werden die Zellen zunächst in einem kleinen Tropfen Medium (in der Regel ein paar Mikroliter) zusammengehalten durch Oberflächenspannung in der Mitte eines großenBrunnens 18. Nachdem sich die Neuronen anheften, wird der gesamte Brunnen mit dem Medium gefüllt, während die Zellen bei hoher Dichte im kleinen Beschichtungsbereich verbleiben. Neben der Erreichung einer hohen Beschichtungsdichte verhindern Mikroinseln auch die Beschichtung in der Nähe der Brunnenränder, wo Schwankungen in der Zelldichte und dem Überleben häufig auftreten. Mikroinseln werden oft in relativ großen Brunnen oder Gerichten genutzt; jedoch ermöglicht die Etablierung von neuronalen Midbrain-Kulturen in Mikroinseln im 96-Well-Plattenformat die Untersuchung der Lewy-Pathologie in gutgläubigen Dopamin-Neuronen mit mittlerer bis hoher Durchsatzleistung. In-vitro-Experimente mit diesen Neuronen ermöglichten es uns, den glialzellzelligen neurotrophen Faktor (GDNF) zu entdecken, der das Überleben von reifen Dopamin-Neuronen in vitro und in vivo19,20,21,22 fördert und auch die Bildung von Synuclein-Aggregaten in Dopamin-Neuronen23verhindert. Menschliche Patienten-induzierte pluripotente Stammzell-abgeleitete Dopamin-Neuronen stellen aufgrund ihrer menschlichen Herkunft und längerer Überlebenszeit in vitro ein genaueres Modell dar. Jedoch, Induktion der -Synuclein-Pathologie in menschlichen Neuronen wird nach mehreren Monaten beobachtet, im Vergleich zu einer Woche in Maus embryonalen Neuronen, und/oder mit mehreren Stressoren (z.B. Kombination von -Synuclein-Überexpression und PFFs)24,25. Darüber hinaus ist die Aufrechterhaltung der menschlichen Dopamin-Neuronen teurer und mühsamer im Vergleich zu primären embryonalen Neuronen, im Wesentlichen ihre Verwendung in Hochdurchsatzanwendungen zu begrenzen.
Darüber hinaus können primäre Dopamin-Neuronalkulturen genetisch verändert (z.B. mit CRISPR/Cas9) und/oder mit pharmakologischen Wirkstoffen behandelt werden23. Sie bilden eine schnelle und reproduzierbare Plattform für Anwendungen wie molekulare Pfadsektion und Arzneimittelbibliothekscreening. Auch wenn aus diesen Kulturen nur begrenztes Material gewonnen werden kann, ist es dennoch möglich, genomische/proteome Analysen in kleinem Umfang durchzuführen. Die Kultivierung primärer Neuronen im 96-Well-Format ist besser für Immunzytochemie- und Fluoreszenzmikroskopie-Techniken, gefolgt von einer hochgehaltigen Phänotypanalyse. Multispektrale Fluoreszenzbilder, die aus der automatisierten Bildgebung von 96 Wellplatten gewonnen wurden, können in quantitative Ergebnisse umgewandelt werden (z. B. die Anzahl der LB-haltigen Neuronen pro Brunnen). Solche Analysen können mit freier Software wie CellProfiler26,27durchgeführt werden. Insgesamt bieten primäre embryonale Midbrain-Kulturen, die in 96 Well-Platten plattiert sind, eine robuste und effiziente Plattform, um Dopamin-Neuronen und die Aggregation von Synuclein zu untersuchen, mit der Möglichkeit für ein Phänotyp-Screening mit hohem Durchsatz.
Die Verbreitung der Lewy-Pathologie, von der pS129-Synsyn ein wichtiger Bestandteil ist, ist ein histopathologisches Kennzeichen von PD. Das Stoppen oder Verlangsamen der Anhäufung von aggregierten pS129-Synsynas kann die Degeneration von Dopaminneuronen und das Fortschreiten der Alphasynukulanopathie verlangsamen. Allerdings muss noch ein mechanistisches Verständnis darüber hergestellt werden, wie die pS129-Syn-Aggregation zum Untergang von Dopamin-Neuronen beiträgt. Beweise aus humanen postmortalen Studien an Hirnproben von Patienten in verschiedenen Stadien der Krankheit sowie beobachtung der pS129-syn positive Einbeziehung in transplantierte fetale Neuronen stark legt die Ausbreitung der Lewy Pathologie zwischen den Zellen16,17,33. Folglich wurde die prionartige Ausbreitung von pS129-Syn vor kurzem mit Hilfe von ‘-Synuclein PFFs9,10rekapituliert. Die Etablierung eines robusten, kostengünstigen und relativ hohen oder mittleren Durchsatzmodells der PS129-Syn-Verbreitung und -Akkumulation, insbesondere in Dopamin-Neuronen, kann die Suche nach neuartigen Behandlungen und Verbindungen, die diesen Prozess modifizieren, erheblich beschleunigen.
Da der Verlust von Dopamin-Neuronen ist die Hauptursache für motorische Symptome in PD und diese Zellen besitzen viele einzigartige Eigenschaften2,34,35, Modellierung der Prion-ähnliche Verbreitung von pS129-Syn in Dopamin-Neuronen ist die relevanteste Art von Modell aus der translationalen Perspektive. Protokolle, die Mikroinselkulturen embryonaler Midbrain-Neuronen auf 4 Brunnenplatten und halbautomatische Quantifizierung verwenden, wurden zuvor18beschrieben. Das hier beschriebene Protokoll wurde an 96 Brunnenplatten angepasst und ermöglicht eine weniger mühsame Vorbereitung von Mikroinseln, so dass ein erfahrener Forscher an einem Werktag bis zu vier Platten mit jeweils 60 Brunnen vorbereitet. Die Kultivierung von Dopamin-Neuronen in 96 Brunnenplatten ermöglicht das Testen von Medikamenten in geringeren Mengen und ermöglicht hohe Transduktionsraten mit Lentivirus-Vektoren. Es ist auch möglich, verschiedene Behandlungen zu kombinieren, um komplexere Experimente durchzuführen.
Vor der Anwendung von Behandlungen (einschließlich PFFs) sollte die Qualität der Kultivierung mit der Hellfeldmikroskopie überprüft werden. Wenn das Mikroskopiesystem keine CO2-Kammer mit Erhitzung nutzt, sollten die Zellen nicht mehr als ein paar Minuten außerhalb des Inkubators aufbewahrt werden, da primäre Maus-Dopamin-Neuronen empfindlich und leicht beansprucht sind. Aus dem gleichen Grund wird empfohlen, die erste Bildgebung nach 24 h Inkubation (zwischen DIV1-DIV3) zu machen. Die Zellen sollten mit den vorhandenen Zellkörpern am Leben zu sein und sich auf der Mikroinsel homogen ausbreiten. Primäre Neuronen hätten sich auf dem PO-beschichteten Boden niedergelassen und begonnen, neuronale Projektionen zu erstellen. Es ist möglich, kleine Zellklumpen (d. h. einen Durchmesser kleiner als 150–200 m) zu beobachten, die gebildet werden können, wenn der Triturierungsprozess nicht ordnungsgemäß durchgeführt wird oder die Beschichtungsdichte höher ist als empfohlen. Diese kleinen Klumpen würden das Experiment nicht beeinflussen, es sei denn, sie sind mehr als ein paar pro Brunnen und/oder größer. Verklumpte Zellen machen es sehr schwierig, immunhistochemische Marker und einzelne Zellen während der Bildanalyse zu identifizieren. Es ist wichtig, solche Klumpen durch sorgfältige Beschichtung, Trituierung und Kontrolle der Beschichtungsdichte zu vermeiden. Wenn die Homogenität dieser Bedingungen an bestimmten Brunnen nicht beobachtet werden kann, schließen Sie diese defekten Brunnen nicht in das Experiment ein. Ein solcher Ausschluss sollte vor der Durchführung von Behandlungen erfolgen.
Darüber hinaus ermöglicht der Einsatz von 96 Wellplatten den komfortablen Einsatz von Mehrkanalpipetten bei Färbevorgängen und eine direkte Visualisierung mit automatischen Plattenmikroskopen, wodurch der Durchsatz weiter erhöht wird. Der Einsatz der automatisierten Bildquantifizierung ist für die Analyse der Daten von contentreichen Bildverarbeitungsplattformen unerlässlich. Zusätzlich zu der Fähigkeit, Tausende von Bildern aus jedem Experiment zu verarbeiten, gewährleistet es eine unvoreingenommene, identische Quantifizierung aller Behandlungsgruppen. Der für die Bildanalyse vorgeschlagene Workflow basiert auf einfachen Prinzipien der Segmentierung von Dopamin-Neuronen, der Filterung korrekt segmentierter Zellen durch überwachtes maschinelles Lernen und anschließender Quantifizierung von Phänotypen (pS129-syn positiv und pS129-syn negativ), wiederum durch überwachtes maschinelles Lernen. Obwohl mehrere verschiedene Ansätze für diese Aufgabe vorgesehen werden können, haben wir festgestellt, dass die Kombination von Segmentierung mit maschinellem Lernen aufgrund der hohen Beschichtungsdichte, der unterschiedlichen Formen von Dopaminneuronen und des Vorhandenseins stark gefärbter Neuriten die robusteste für Dopaminkulturen ist. Der vorgeschlagene Bildanalysealgorithmus wurde in CellProfiler und CellProfiler Analyst, Open Source, frei verfügbarer High-Content-Bildanalysesoftware26,27implementiert. Der Algorithmus könnte auch mit anderer Bildanalyse-Software implementiert werden, entweder Open Source (z.B. ImageJ/FIJI, KNIME) oder proprietär. Unserer Erfahrung nach opfern diese jedoch häufig Anpassungsfunktionen für eine einfache Bedienung und funktionieren daher möglicherweise nicht gut in komplizierten Analysen. Wir haben festgestellt, dass die Softwarepakete CellProfiler und CellProfiler Analyst besonders zuverlässige Ergebnisse liefern, indem sie eine beträchtliche Anzahl implementierter Algorithmen, extreme Flexibilität bei der Gestaltung von Workflows und gleichzeitige Handhabung und effiziente Verarbeitung von Bilddaten mit hohem Inhalt kombinieren.
Das beschriebene Protokoll könnte auch für die Quantifizierung anderer zellulärer Phänotypen angepasst werden, die durch Immunfärbung mit verschiedenen Antikörpern gekennzeichnet sind, wie z. B. Marker anderer neuronaler Populationen (z. B. DAT, GAD67, 5-HT usw.) und Proteinaggregate (z. B. Phospo-Tau, Ubiquitin). Mehrere fluoreszierende Marker könnten auch kombiniert werden, um mehrere Phänotypen zu unterscheiden (z. B. Zellen mit Einschlüssen in verschiedenen Reifestadien). Die automatisierte Klassifizierung mehrerer Phänotypen sollte auch in den beschriebenen Bildanalyse-Pipelines einfach zu implementieren sein, indem lediglich ein Kanal mit immunfluoreszierenden Bildern zusätzlicher Marker zu Messschritten hinzugefügt und Zellen in mehrere Abschnitte sortiert werden. Die gleichzeitige Nutzung mehrerer Marker würde jedoch die Optimierung der Immunfärbungs- und Bildgebungsbedingungen erfordern. Zusätzlich wird für eine bessere Qualität der Immunfluoreszenz-Bildgebung die Verwendung spezieller schwarzwandigen 96-Wellplatten empfohlen, die explizit für das Fluoreszenzmikroskop entwickelt wurden. Diese können jedoch erheblich teurer sein als Standard-Zellkulturplatten, die für die in unserem Protokoll beschriebene Analyse ausreichen.
Art und Qualität der genutzten PFFs sind für das Ergebnis der Experimente entscheidend. PFFs können sowohl die Robustheit des Assays als auch die Interpretation der Ergebnisse beeinflussen. Die Vorbereitungsbedingungen könnten die Aussaateffizienz von PFF beeinträchtigen, und in der Tat wurden PFF-“Stämme” mit unterschiedlichen physiologischen Eigenschaften36berichtet. Nichtsdestotrotz geht die Vorbereitung und Validierung von PFFs über den Rahmen dieses Artikels hinaus und wurde in mehreren Publikationen11,28,29,30beschrieben. Zusätzlich zum Vorbereitungsprotokoll sollten je nach den besonderen Versuchsbedingungen die Ursprungsarten von ‘-Synuclein in PFFs (z. B. Maus, Mensch) und die Verwendung von Wild-Typ oder mutiertem Protein (z. B. humanes A53T-Synuclein) berücksichtigt werden. Die Induktion der pS129-Syn-Akkumulation durch PFFs war nachweislich vom Alter der Kultur (d. h. Tagen in vitro) abhängig, wobei reifere Kulturen eine ausgeprägtere Induktion zeigten11. Dies ist wahrscheinlich auf die erhöhte Anzahl von neuronalen Verbindungen in reiferen Kulturen, und erhöhte .-Synuclein-Protein-Spiegel. In unseren Händen lieferte die Behandlung mit PFFs bei DIV8 die robustesten Ergebnisse, mit ausgeprägter Anhäufung von pS129-Syn bei Dopamin-Neuronensoma, ohne das neuronale Überleben zu gefährden. Das beschriebene Protokoll eignet sich gut für die Untersuchung von Behandlungen, die frühe Ereignisse modifizieren, die zur Aggregation von endogenem Synuclein führen, da wir pS129-syn positive Einschlüsse zu einem relativ frühen Zeitpunkt, 7 Tage nach der Impfung mit PFFs, quantifizieren. Zu diesem Zeitpunkt sind intrasomale Einschlüsse in einem signifikanten Zellanteil vorhanden und können leicht durch Immunfärbung unterschieden werden, während kein PFF-induzierter Zelltod beobachtet wird, was die Interpretation der Ergebnisse vereinfacht. Da sich die Morphologie und Zusammensetzung von PFF-induzierten Einschlüssen im Laufe der Zeit ändern kann12,13, könnte das beschriebene Protokoll grundsätzlich geändert werden, um reifere Einschlüsse durch Fixierung und Immunfärbung zu späteren Zeitpunkten zu untersuchen. Jedoch, Dopamin-Neuronen in kultur für länger als 15 Tage zu halten erfordert extreme Pflege, und könnte zusätzliche Variation enden, weil Zellen nicht unabhängig von PFF-Impfung überleben. Darüber hinaus erschweren erweiterte Kulturen die Behandlungspläne für Medikamente. Viele Verbindungen haben begrenzte oder nicht schlecht charakterisierte Stabilität im Zellkulturmedium, und die Auffüllung eines Medikaments ist nicht trivial, weil der vollständige Austausch von Medium das Überleben der Dopaminkulturen beeinträchtigt.
Die Phosphorylierung von Ser129 wird in PFF-basierten Modellen der Aggregation von Synuclein konsistent berichtet und kolokalisiert mit Markern von Fehlfaltung und Aggregation wie Thioflavin S, Ubiquitin oder konformen spezifischen Antikörpern11,12. In unseren Händen, Immunostaining für pS129-syn gibt auch das stärkste Signal mit dem niedrigsten Hintergrund und ist am einfachsten zu analysieren, so dass robuste Ergebnisse, wenn mehrere Behandlungen gescreent werden. Wichtig ist, dass die Immunfärbung mit pS129-Syn-Antikörpern keine PFFs erkennt, die außerhalb der Zellen verbleiben, was den Hintergrund signifikant reduziert. Es ist jedoch wichtig, sich daran zu erinnern, dass die Ser129-Phosphorylierung wahrscheinlich einer der frühesten Prozesse ist, die mit der Fehlfaltung von ‘-Synuclein verbunden sind und unter bestimmten Bedingungen unterschiedlich reguliert werden können. Daher sollten alle Befunde, die positive Auswirkungen auf pS129-Syn zeigen, durch andere Marker bestätigt werden.
Die statistische Analyse sollte entsprechend dem experimentellen Design erfolgen. Es ist wichtig, Experimente in mindestens drei unabhängigen biologischen Repliken durchzuführen (d. h. getrennte primäre neuronale Kulturen). Diese Repliken sollten auf verschiedenen Platten plattiert und unabhängig behandelt werden. Wir analysieren die Daten aus Replikationen auf verschiedenen Platten mit zufälligem Blockdesign ANOVA37, um die Kopplung von Daten für verschiedene experimentelle Platten zu berücksichtigen.
The authors have nothing to disclose.
Wir danken Prof. Kelvin Luk für seine großzügige Gabe von “Synuclein PFFs”, Conjung Zheng für die Einrichtung und Kultivierung neuronaler Zellen und der Lichtmikroskopie-Einheit am Institut für Biotechnologie, Universität Helsinki, für die Bildgebung immunobefleckter Zellen. Diese Arbeit wurde durch Stipendien von 3i-Regeneration von Business Finland (Finnische Innovationsagentur), Akademie Finnland#309489, #293392, #319195; Sigrid Juselius Stiftung und die gesetzlichen Kassen des Maj Institute of Pharmacology, PAS, Polen.
0.4% Trypan Blue stain | Gibco, Thermo Scientific, Waltham, Massachusetts, USA | 15250061 | |
15 ml CELLSTAR Polypropylene tube | Greiner Bio-One GmbH, Frickenhausen, Germany | 188261 | |
4’,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) | Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA | 10236276001 | |
5 M HCl | N/A | N/A | Media kitchen, Institute of Biotechnology, University of Helsinki |
5 M NaOH | N/A | N/A | Media kitchen, Institute of Biotechnology, University of Helsinki |
96-well ViewPlate (Black) | PerkinElmer, Waltham, Massachusetts, USA | 6005182 | |
99.5% Ethanol (EtOH) | Altia Oyj, Rajamäki, Finland | N/A | |
AquaSil Siliconizing Fluid | Thermo Scientific, Waltham, Massachusetts, USA | TS-42799 | |
Autoclaved 1.5 ml microcentrifuge tube | N/A | N/A | Media kitchen, Institute of Biotechnology, University of Helsinki |
Bioruptor sonication device | Diagenode, Liege, Belgium | B01020001 | |
Ca2+, Mg2+ free Hank’s Balanced Salt Solution (HBSS) | Gibco, Thermo Scientific, Waltham, Massachusetts, USA | 14175-053 | |
CellProfiler and CellAnalyst software packages | N/A | N/A | free open-source software |
Centrifuge 5702 | Eppendorf AG, Hamburg, Germany | 5702000019 | |
CO2 Incubator | HeraCell, Thermo Scientific, Waltham, Massachusetts, USA | N/A | |
Counting chamber | BioRad Inc., Hercules, California, USA | 1450015 | |
DeltaVision Ultra High Resolution Microscope with air table and cabinet | GE Healthcare Life Sciences, Boston, Massachusetts, USA | 29254706 | |
Deoxyribonuclease-I (Dnase I) | Roche, Basel, Switzerland | 22098700 | |
D-glucose | Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA | G8769 | |
DMEM/F12 | Gibco, Thermo Scientific, Waltham, Massachusetts, USA | 21331–020 | |
donkey anti-mouse AlexaFluor 488 | Thermo Scientific, Waltham, Massachusetts, USA | A21202 | |
donkey anti-rabbit AlexaFluor 647 | Thermo Scientific, Waltham, Massachusetts, USA | A31573 | |
donkey anti-sheep AlexaFluor 488 | Thermo Scientific, Waltham, Massachusetts, USA | A11015 | |
Dulbecco's buffer | N/A | N/A | Media kitchen, Institute of Biotechnology, University of Helsinki |
Fetal Bovine Serum (FBS) | Gibco, Thermo Scientific, Waltham, Massachusetts, USA | 10500056 | |
Fisherbrand Plain Economy PTFE Stir Bar | fisher scientific, Thermo Scientific, Waltham, Massachusetts, USA | 11507582 | |
ImageXpress Nano Automated Imaging System | Molecular Devices, San Jose, California, USA | N/A | |
L-glutamine | Gibco, Thermo Scientific, Waltham, Massachusetts, USA | 25030–032 | |
mouse monoclonal anti-tyrosine hydroxylase | Millipore, Merck KGaA, Darmstadt, German | MAB318 | |
N2 supplement | Gibco, Thermo Scientific, Waltham, Massachusetts, USA | 17502–048 | |
Normal Horse Serum | Vector Laboratories Inc., Burlingame, California, United States | S-2000 | |
paraformaldehyde (PFA) | Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA | 158127 | |
paraformaldehyde powder, 95% | Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA | 158127 | |
pH-Fix, color-fixed indicator strips | Macherey-Nagel, Düren, Germany | 92110 | |
Phospohate Buffer Saline (PBS) | N/A | N/A | Media kitchen, Institute of Biotechnology, University of Helsinki |
poly-L-ornithine | Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA | P4957 | |
Primocin | InvivoGen, San Diego, California, USA | ant-pm-1, ant-pm-2 | |
rabbit monoclonal anti-alpha-synuclein filament | Abcam, Cambridge, United Kingdom | ab209538 | |
rabbit monoclonal anti-phospha-serine129-alpha-synuclein | Abcam, Cambridge, United Kingdom | ab51253 | |
RCT Basic, IKA Magnetic Stirrer | IKA®-Werke GmbH, Staufen, Germany | 3810000 | |
recombinant human glia-derived neurotrophic factor (hGDNF) | PeproTech, Rocky Hill, NJ, USA or Prospec, Ness-Ziona, Israel | 450-10 (PeproTech), CYT-305 (Prospec) | |
recombinant mouse alpha synuclein Pre-Formed Fibrils (PFFs) | N/A | N/A | Gift from collaborator, Prof. Kelvin C Luk |
Research Stereomicroscope System | Olympus Corporation, Tokyo, Japan | SZX10 | |
sheep polyclonal anti-tyrosine hydroxylase | Millipore, Merck KGaA, Darmstadt, German | ab1542 | |
TC 20 Automated Cell Counter | BioRad Inc., Hercules, California, USA | 1450102 | |
Triton X-100 | Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA | 11332481001 | |
trypsin | MP Biomedicals, Valiant Co., Yantai, Shandong, China | 2199700 |