Summary

Параллельный допрос по набору в лигунд-2 для скрининга в Лиганде по шкале GPCR с использованием PRESTO-Tango Assay

Published: March 10, 2020
doi:

Summary

С учетом того, что GPCRs являются привлекательными целевыми показателями, пригодными для наркотиков, скрининг лиганда GPCR, таким образом, необходим для идентификации свинцовых соединений и для проведения исследований по дефанфанизации. К этим усилиям мы описываем PRESTO-Tango, ресурсную платформу с открытым исходным кодом, используемую для одновременного профилирования переходного набора на работу в формате приблизительно 300 GPCRs с использованием речевого агентства TEV.

Abstract

Как крупнейшая и наиболее универсальная генная суперсемейство и посредники гаммы клеточных сигнальных путей, G-белковые рецепторы (GPCRs) представляют собой одну из наиболее перспективных целей для фармацевтической промышленности. Ergo, дизайн, реализация и оптимизация GPCR лиганд скрининга анализы имеет решающее значение, так как они представляют собой дистанционного управления инструментами для обнаружения наркотиков и для манипулирования GPCR фармакологии и результатов. В прошлом, G-белковых ипотеческих анализов типифицировали эту область исследований, обнаружения лиганд-индуцированных событий и количественного поколения вторичных посланников. Однако, с появлением функциональной избирательности, а также повышение осведомленности о нескольких других G белка независимых путей и ограничения, связанные с G-белок зависимых анализов, есть больший толчок к созданию альтернативных GpCR лиганд скрининга анализы. Для этого мы описываем применение одного такого ресурса, платформы PRESTO-Tango, системы на основе репортеров, которая позволяет параллельно и одновременно проводить допрос человека GPCR-ome, подвиг, который ранее считался технически и экономически неосуществимым. Основываясь на независимом исследовании вербовки G-protein, при посредничестве группы по борьбе с торговлей людьми и сигнализации в GPCRs делает PRESTO-TANGO подходящим инструментом для изучения примерно 300 необоняемых ГПКР, в том числе около 100 сиротских рецепторов. Чувствительность и надежность PRESTO-Tango делают его пригодным для первичных высокопроизводительных экранов с использованием сложных библиотек, используемых для выявления новых целей GPCR для известных препаратов или для открытия новых лиганд для рецепторов сирот.

Introduction

G-белковые рецепторы (GPCRs) представляют собой самое большое и разнообразное семейство трансмембранных белков, работающих в качестве связующих интерфейсов между клеткой и ее окружающей средой1. Универсальность GPCRs подчеркивается их способность обнаруживать разнообразный спектр лигандов от нейротрансмиттеров до нуклеотидов, пептидов до фотонов, и многое другое, а также их способность регулировать многочисленные вниз по течению сигнальных каскадов, участвующих в клеточном росте, миграции, дифференциации, апоптоза, стрельбы клеток и т.д.2,3. Учитывая их повсеместность и участие во множестве физиологических процессов, это семейство рецепторов имеет первостепенное терапевтическое значение, продемонстрированное тем фактом, что более трети имеющихся в настоящее время предписанных лекарств нацелены на GPCRs4. Тем не менее, эти существующие терапевтические только целевой небольшой подмножество суперсемьи (по оценкам, 10%), и фармакология многих GPCRs остается необезвеченной. Кроме того, более 100 GPCRs существуют как сиротские рецепторы, так как они не были сопоставлены с эндогеннымлигандом 5. Таким образом, скрининг GPCR ligand имеет решающее значение в дефанфанизации и разработке лекарств, поскольку он прокладывает путь к открытию и оптимизации свинца, и, возможно, к стадии клинических испытаний.

Методы скрининга GPCR ligand традиционно упали в одной из двух категорий, G-белковая зависимость или G-белок независимых функциональных анализов6. Сигнализация GPCR регулируется гетеротримыми G-белками (ГЗЗ), которые активируются в виде обмена GTP на ВВП, связанных на субъединице7. Сигналы от активированного рецептора передаются G-белками через вторичные посланники, такие как cAMP, Кальций, DAG и IP3, чтобы посредничать вниз по течению сигнализации на вниз по течению эффекторов8. Характер функциональных последствий G-белковой сигнализации был использован для создания клеточных анализов, которые отражают активацию рецепторов. Эти методы, которые измеряют проксимальные (прямые) или дистальные (косвенные) события в G-белковой сигнализации, наиболее часто используются для скрининга лиганд GPCR и в основном используются в исследованиях десиротенизации6. Примеры анализов, которые непосредственно измеряют активацию G-белка при посредничестве GPCR, включают в себя связывающую асссид «35S»GTP-S, которая измеряет связывание радиомаркированных и негидроизируемых аналогов GTP с субъединицей ГЗ, и Фюрстер/биолюминесценционный резонансный рецензионный перенос энергии (FRET/BRET, соответственно) зонды для мониторинга GPCR-G и ГЗ /ГЗ взаимодействий, которые набирают больше тяги на протяжении9лет,10. Анализы, которые отслеживают дистальные события, являются наиболее часто используемыми инструментами для профилирования GPCR; например, анализы cAMP и IP1/3 измеряют внутриклеточное накопление G-белковых зависимых вторичных посланников, в то время как «Ca– поток и репортирующие анализы, связанные с конкретными элементами реакции, вовлеченными в активацию G-белка (CRE, NFAT-RE, SRE, SRF-RE), изучают события, далее вниз по течению сигнального каскада11. В то время как большинство вышеупомянутых анализов могут быть выполнены на высоком уровне пропускной записи, являются довольно чувствительными, и похвастаться определенными ассаем-специфических преимуществ (например, дискриминация между полными / частичными агонистов, нейтральных антагонистов и обратных агонистов в случае связывания GTP, или анализ функциональности на живых клетках, таких как “Ca2″и IP1/3)6, Есть, к сожалению, нет существующих G белково-зависимых методов быть подходящим допроса всего druggable GPCR.ru. Это в значительной степени связано с родной связи нескольких G-белковых подсемейств с GPCRs, в результате чего сигнализации на нескольких каскадах и неизвестных G-белков ойс на сиротах GPCRs. Чтобы смягчить эту проблему, анализы были разработаны, чтобы заставить беспорядочную G-белок связи через один общий сигнализации считывания, такие как cAMP, и Ca2 “,хотя большинство из них имеют низкую пропускную силу12.

Важным аспектом жизненного цикла GPCR является прекращение G-белково-зависимой сигнализации, которая происходит в значительной степени за счет набора q-arrestins, который вызывает диссоциацию G-белка, и в конечном итоге десенсибилизации рецептора, который предназначен для клатрин покрытием интернализации13. Наиболее повсеместно выраженными изоформами з-арестина являются невизуальные q-arrestin1 и q-arrestin2, также обозначенные как arrestin-2 и arrestin-3, соответственно14. Введите G-протеиновые независимые анализы на основе клеток, которые добавляют новое измерение скринингу лиганда GPCR; торговля рецепторами, без этикетки целые ячейки, и к-арестин вербовки анализы все примечательные примеры. GPCR торговли анализы использовать флюорофор помечены лиганды или совместно интернализированных антител, направленных на рецептор15, в то время как этикетка свободных целых клеток анализы использовать биосенсоры, которые переводят клеточные изменения, вызванные лиганд связывания в количественных выходов, таких как электрические или оптические сигналы16. Примечательно, что квинтэссенцией GPCR– – арестин взаимодействий моды на набор анализ q-arrestin как привлекательный инструмент в репертуаре функциональных анализов17. Система танго, впервые разработанная Барнеа и др. всего десять лет назад, включает в себя введение трех экзогенных генетических элементов: синтез белка, состоящий из q-arrestin2 с протеазой вируса табачного etch (TEVp), тетрациклинового трансактиватора (tTA), который привязан к GPCR через табак etch вирус протеаза расщепления сайта (TEVcs) и предшествует последовательность из C-терминус V2 вазопрессин рецептор (V2 хвост) для содействия арестин вербовки, и репортер luciferase гена, транскрипция которого вызвана tTA транскрипции фактор транскрипции транскрипции транслокации в ядро, которое освобождается от мембраны якорь после q-arrestin2 вербовки (Рисунок 1)18. Количественные показания активации GPCR и набора q-arrestin2 могут быть впоследствии определены путем чтения для люминесценции. Заметным отличием является то, что в то время как торговля рецепторами и этикетки свободных целых клеточных методов являются относительно низкой пропускной способом, танго имеет ряд преимуществ, в том числе селективного чтения, что характерно для целевого рецептора и чувствительность из-за интеграции сигнала, которые делают его подходящим кандидатом для лиганда скрининга в большей шкале18.

В связи с этими стратегическими особенностями, Kroeze et al. разработаны PRESTO-Tango (Параллельное выражение и скрининг рецепторов и скрининг атлетизм через транскрипционный выход-Танго), высокопроизводительная платформа с открытым исходным кодом, которая использует подход Tango для профиля наркотического GPCR-ome в параллельной и одновременной манере19. Используя «неразборчивый» набор q-arrestin2 почти для всех GPCRs, PRESTO-Tango является первым в своем роде с точки зрения функциональных анализов на основе клеток, что позволяет быстро “первый раунд” скрининга малых молекулных соединений почти на всех необонятельных GPCRs, в том числе сирот, независимо от G-белка подсемейства.

Protocol

1. Первичный скрининг: культура клеток и посев пластин Для приготовления поли-L-лизин (PLL) покрытием пластин, обойтись 20 л /хорошо 25 мкг/мл бульона раствор PLL в белом или черном 384-пуговый оптический нижний пластины с помощью электронного многоканального пипетка или реагента дозатор. ?…

Representative Results

Используя протокол PRESTO-Tango, представленный в настоящем, экстракт гранулы хромаффина (CG) был проверен против 168 необонворных целей GPCR, при этом большинство из них являются сиротскими рецепторами. Профилирование указанного экстракта было выполнено путем изучения мобилизации на выбранны?…

Discussion

Конформно динамические GPCRs являются электростанциями трансдукции сигналов. Физиохимические свойства связывающих карманов этих гептахелевых рецепторов, а также их физиологическая актуальность подчеркивают необходимость инструментов скрининга лиганда GPCR. Как указано выше, престо-Та…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Эта работа была поддержана Канадскими институтами исследований в области здравоохранения (CIHR грант #MOP142219).

Materials

384 Well Optical Bottom Plates, Polystyrene Polymer Base, Cell Culture Treated, BLACK, with lid, Sterile NUNC 12-566
384 Well Optical Bottom Plates, Polystyrene Polymer Base, Cell Culture Treated, White, with lid, Sterile NUNC 12-566-1
384 Well Round Bottom, Polypropylene, Non-Treated, Blue, non-sterile, without lid ThermoFisher 12-565-390
Antibiotic-Antimycotic Wisent 450-115-EL
D-Luciferin, sodium salt GoldBio LUCNA
DMEM with L-Glutamine, 4.5g/L Glucose and Sodium Pyruvate Corning 10-013-CV
Eppendorf Xplorer, 12-channel, variable, 15–300 µL Eppendorf 4861000155
Eppendorf Xplorer, 12-channel, variable, 5–100 µL Eppendorf 4861000139
Matrix Platemate 2×3 ThermoFisher 801-10001
MicroBeta 1450 Wallac Perkin Elmer
Penicilin-Streptomycin Wisent 450-201-EL
Poly-L-Lysine hydrobromide Millipore-Sigma P2636-500MG
Roth Lab PRESTO-Tango GPCR Kit Addgene Kit #1000000068

References

  1. Liapakis, G., et al. The G-protein coupled receptor family: actors with many faces. Current pharmaceutical design. 18 (2), 175-185 (2012).
  2. Pierce, K. L., Premont, R. T., Lefkowitz, R. J. Seven-transmembrane receptors. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 3 (9), 639-650 (2002).
  3. Kroeze, W. K., Sheffler, D. J., Roth, B. L. G-protein-coupled receptors at a glance. Journal of cell science. 116, 4867-4869 (2003).
  4. Rask-Andersen, M., Almén, M. S., Schiöth, H. B. Trends in the exploitation of novel drug targets. Nature Reviews Drug Discovery. 10 (8), 579-590 (2011).
  5. Ngo, T., et al. Identifying ligands at orphan GPCRs: current status using structure-based approaches. British journal of pharmacology. 173 (20), 2934-2951 (2016).
  6. Zhang, R., Xie, X. Tools for GPCR drug discovery. Acta pharmacologica Sinica. 33 (3), 372-384 (2012).
  7. Kimple, A. J., Bosch, D. E., Giguere, P. M., Siderovski, D. P. Regulators of G-Protein Signaling and Their G Substrates: Promises and Challenges in Their Use as Drug Discovery Targets. Pharmacological Reviews. 63 (3), 728-749 (2011).
  8. Wettschureck, N., Offermanns, S. Mammalian G Proteins and Their Cell Type Specific Functions. Physiological Reviews. 85 (4), 1159-1204 (2005).
  9. Denis, C., Saulière, A., Galandrin, S., Sénard, J. -. M., Galés, C. Probing heterotrimeric G protein activation: applications to biased ligands. Current Pharmaceutical Design. 18 (2), 128-144 (2012).
  10. Yin, H., et al. Lipid G protein-coupled receptor ligand identification using beta-arrestin PathHunter assay. The Journal of Biological Chemistry. 284 (18), 12328-12338 (2009).
  11. Cheng, Z., et al. Luciferase Reporter Assay System for Deciphering GPCR Pathways. Current Chemical Genomics. 4, 84-91 (2010).
  12. Roth, B. L., Kroeze, W. K. Integrated Approaches for Genome-wide Interrogation of the Druggable Non-olfactory G Protein-coupled Receptor Superfamily. The Journal of Biological Chemistry. 290 (32), 19471-19477 (2015).
  13. Jean-Charles, P. -. Y., Kaur, S., Shenoy, S. K. G Protein-Coupled Receptor Signaling Through β-Arrestin-Dependent Mechanisms. Journal of Cardiovascular Pharmacology. 70 (3), 142-158 (2017).
  14. Smith, J. S., Rajagopal, S. The β-Arrestins: Multifunctional Regulators of G Protein-coupled Receptors. The Journal of Biological Chemistry. 291 (17), 8969-8977 (2016).
  15. Böhme, I., Beck-Sickinger, A. G. Illuminating the life of GPCRs. Cell Communication and Signaling. 7 (1), 16 (2009).
  16. Fang, Y. Label-Free Receptor Assays. Drug discovery today. Technologies. 7 (1), 5-11 (2011).
  17. Wang, T., et al. Measurement of β-Arrestin Recruitment for GPCR Targets. Assay Guidance Manual. Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences. , (2004).
  18. Barnea, G., et al. The genetic design of signaling cascades to record receptor activation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105 (1), 64-69 (2008).
  19. Kroeze, W. K., et al. PRESTO-Tango as an open-source resource for interrogation of the druggable human GPCRome. Nature Structural & Molecular Biology. 22 (5), 362-369 (2015).
  20. Jordan, M., Schallhorn, A., Wurm, F. M. Transfecting Mammalian Cells: Optimization of Critical Parameters Affecting Calcium-Phosphate Precipitate Formation. Nucleic Acids Research. 24 (4), 596-601 (1996).
  21. Baker, J. M., Boyce, F. M. High-throughput functional screening using a homemade dual-glow luciferase assay. Journal of Visualized Experiments. (88), 50282 (2014).
  22. Li, H., Eishingdrelo, A., Kongsamut, S., Eishingdrelo, H. G-protein-coupled receptors mediate 14-3-3 signal transduction. Signal Transduction and Targeted Therapy. 1 (1), 16018 (2016).
  23. Walther, C., Ferguson, S. S. G. Minireview: Role of intracellular scaffolding proteins in the regulation of endocrine G protein-coupled receptor signaling. Molecular Endocrinology. 29 (6), 814-830 (2015).
  24. Gurevich, E. V., Benovic, J. L., Gurevich, V. V. Arrestin2 expression selectively increases during neural differentiation. Journal of Neurochemistry. 91 (6), 1404-1416 (2004).
  25. Shaikh, S., Nicholson, L. F. B. Optimization of the Tet-On system for inducible expression of RAGE. Journal of Biomolecular Techniques JBT. 17 (4), 283-292 (2006).
  26. Blau, H. M., Rossi, F. M. Tet B or not tet B: advances in tetracycline-inducible gene expression. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 96 (3), 797-799 (1999).
  27. Roche, O., et al. Development of a Virtual Screening Method for Identification of “Frequent Hitters” in Compound Libraries. Journal of Medicinal Chemistry. 45 (1), 137-142 (2002).

Play Video

Cite This Article
Zeghal, M., Laroche, G., Giguère, P. M. Parallel Interrogation of β-Arrestin2 Recruitment for Ligand Screening on a GPCR-Wide Scale using PRESTO-Tango Assay. J. Vis. Exp. (157), e60823, doi:10.3791/60823 (2020).

View Video