Hier wird ein Protokoll zur Zellkultur auf Siliziumnitridmembranen und zum Einfrieren vor der Röntgenfluoreszenz-Bildgebung mit einer synchromtronen kryogenen Röntgensonde vorgestellt. Wenn nur raumtemperaturnano-analyse zur Verfügung gestellt wird, können die gefrorenen Proben weiter gefriergetrocknet werden. Dies sind wichtige Schritte, um Informationen über die intrazelluläre elementare Zusammensetzung zu erhalten.
Über die Verteilung von Metallionen auf subzellulärer Ebene ist nur sehr wenig bekannt. Diese chemischen Elemente haben jedoch wesentliche regulatorische Funktionen und ihre gestörte Homöostase ist an verschiedenen Krankheiten beteiligt. Modernste Synchrotron-Röntgenfluoreszenz-Nanosonden bieten die erforderliche Empfindlichkeit und räumliche Auflösung, um die zweidimensionale (2D) und dreidimensionale (3D) Verteilung und Konzentration von Metallen in ganzen Zellen an der Organelle-Ebene. Dies eröffnet neue spannende wissenschaftliche Forschungsfelder zur Rolle von Metallen in der Physiopathologie der Zelle. Die zelluläre Vorbereitung ist ein schlüsseleines und oft komplexes Verfahren, insbesondere für die Basisanalyse. Obwohl Röntgenfluoreszenztechniken inzwischen weit verbreitet sind und verschiedene Präparationsmethoden verwendet wurden, haben nur sehr wenige Studien die Erhaltung des Elementargehalts von Zellen bestenfalls untersucht, und kein schrittweises detailliertes Protokoll für die Kryovorbereitung von anhaftende Zellen für Röntgenfluoreszenz-Nanosonden wurden bisher freigesetzt. Dies ist eine Beschreibung eines Protokolls, das die schrittweise zelluläre Vorbereitung für eine schnelle Kryofixierung bereitstellt, um die Synchrotron-Röntgenfluoreszenz-Nanoanalyse von Zellen in einem gefrorenen hydratisierten Zustand zu ermöglichen, wenn eine kryogene Umgebung und Übertragung verfügbar ist. Für den Fall, dass eine Nanoanalyse bei Raumtemperatur durchgeführt werden muss, wird ein zusätzliches Verfahren zur Gefriertrocknung der kryofixierten zellulären Präparation vorgesehen. Die vorgeschlagenen Protokolle wurden in früheren Arbeiten erfolgreich eingesetzt, zuletzt bei der Untersuchung der 2D- und 3D-intrazellulären Verteilung einer organometallischen Verbindung in Brustkrebszellen.
Neu entwickelte Synchrotron-Röntgenfluoreszenz-Nanosonden (SR-XRF) ermöglichen eine vollständig quantitative Visualisierung der subzellulären Verteilung von Elementen. Diese analytische Fähigkeit ermöglicht beispielsweise die Untersuchung der Aufnahme von Nanopartikeln1 oder organometallischen Molekülen wie Osmium-basierten Komplexen2, die Einen Einblick in die intrazelluläre Aufnahme von metallbasierten Molekülen mit potenten Krebseigenschaften geben. Als Multielement-Technik bietet SR-XRF3 mit Nanosonde eine Möglichkeit, intrazellulär die biologisch wichtigsten Elemente wie Phosphor, Schwefel, Kalium, Kalzium, Eisen, Kupfer und Zink zu quantifizieren und zu lokalisieren. Tatsächlich bietet die Verwendung von harten Röntgenstrahlen eine große Eindringtiefe, um ganze tiefgefrorene Zellen etikettenfrei abzubilden. Darüber hinaus wird die Röntgenfluoreszenz, die den Zugriff auf die K-Kante der meisten Elemente von Interesse bietet, am effizientesten angeregt. Der Einsatz kryogener Ansätze ermöglicht die Reduzierung von Strahlungsschäden und die Optimierung der Erhaltung der Zellstruktur und der Elementarverteilung.
Die meisten verfügbaren räumlich aufgelösten Analysetechniken zum Untersuchen von Metallen in Zellen sind Oberflächentechniken, die sehr dünne und flache Zellabschnitte erfordern. Dazu gehören vor allem die Rastertransmissionselektronenmikroskopie mit energiedispersiver Röntgenanalyse (STEM-EDX), die energiegefilterte Transmissionselektronenmikroskopie (EF-TEM) und die nanoskalige Sekundärionenmassenspektrometrie (nanoSIMS). Letzteres kann nicht an gefrorenen, hydratisierten Zellabschnitten durchgeführt werden, während die Kryoanalyse mit Elektronenmikroskopie mit unübertroffener räumlicher Auflösung, aber schlechter Elementarempfindlichkeit durchgeführt werden kann. Die partikelinduzierte Röntgenemission (PIXE) ermöglichte die Untersuchung von Elementarverteilungen in ganzen Zellen. Es hat den Vorteil, dass es vollständig quantitativ mit einer fairen Elementarempfindlichkeit auf der Mikronskala und sogar bei Submikron-Auflösung4ist, aber leidet unter Strahlenschäden und mangelnden kryogenen Fähigkeiten, gefrorene hydratisierte Zellen zu untersuchen. Alle diese Analysetechniken ergänzen sich in der elementaren Abbildung von Zellen, aber für alle Techniken ist das Probenvorbereitungsverfahren ein entscheidender Schritt. Es sollte einfach gehalten werden, mögliche Kontaminationen sowie elementare Umverteilung und/oder Leckage zu begrenzen, um aussagekräftige Ergebnisse zu erzielen. Wie in der Elektronenmikroskopie gezeigt, ermöglicht ein kryogener Arbeitsablauf, einschließlich Kryo-Immobilisierung der Zelle und Kryotransfer in ein Kryoscan-Stadium, eine optimale elementare Konservierung auf subzellulärer Ebene so nah wie möglich am nativen Zustand5,6,7,8,9,10. Dieses Verständnis wurde erfolgreich in die Entwicklung der Synchrotron-Kryo-Soft-Röntgenmikroskopie (z.B. Vollfeldmikroskope und Rastermikroskope) umgesetzt, um ultrastrukturelle Bildgebung ganzer gefrorenhydratisierter Zellen in 2D oder 3D zu erzeugen. Verschiedene kryogene Arbeitsabläufe wurden11 für weiche Röntgenmikroskope bei Beamline 2.1 (XM-2) der Advanced Light Source am Lawrence Berkeley National Laboratory12entwickelt, Beamline U41-XM am Elektronenspeicherring BESSY II (Deutschland)13, Beamline MISTRAL der ALBA Lichtquelle (Spanien)14, und bei Beamline B24 der Diamantlichtquelle15, unter anderem. Ein ähnlicher Workflow erwies sich kürzlich als die zuverlässigste Methode zur Herstellung und Konservierung der intrazellulären Elementaranalyse mit Röntgenmikrosonden16,17.
Obwohl Röntgen-Nanosonden-Techniken beginnen, weit verbreitet für zelluläre Elementaranalyse verwendet werden, vor allem mit dem Aufkommen von kryogenen SR-XRF-Fähigkeiten, wurde bisher kein stufenweisen Protokoll an die Forschungsgemeinschaft verbreitet. Hier beieinem detaillierten Verfahren wird ein detailliertes Verfahren zur Herstellung kryofixierter haftierter, als Monolayer auf Siliziumnitridmembranen kultivierten, die unter kryogenen Bedingungen analysiert werden sollen. Ein Gefriertrocknungsschritt, der nach dem Protokoll angewendet werden muss, falls die Röntgenanalyse bei Raumtemperatur durchgeführt werden muss, ist ebenfalls vorgesehen. Während das vorgeschlagene Protokoll erfolgreich mit menschlichen Brustkrebszellen MD-MB-2312 verwendet wurde und die Gefriertrocknung unter anderem an Den Mausneuronen18,20,21gezeigt wurde, kann es leicht auf verschiedene Arten von menschlichen oder tierischen Zellen ausgedehnt werden.
Die Kryo-Elektronenmikroskopie (Cryo-EM) erhielt 2017 den Nobelpreis für Chemie und damit die von J. Dubochet durchgeführte Entwicklung zur Verglasung von biologischem Material zur hochauflösenden Strukturbestimmung von Biomolekülen in Lösung25. Wie Dubochet in seinem Nobelvortrag “Wissen, wie man ein Tröpfchen Wasser vitrifyn, ist eine Sache, die Vorbereitung einer biologischen Probe für die biologische Beobachtung ist eine andere”25. Kryovorbereitungsschritte gelten heute als Standardtechnik zur Minderung von Strahlendosisschäden und zur Untersuchung von Zellen in der Nähe ihres Mutterlandes. Die Vorbereitung bleibt jedoch mühsam. Dies liegt daran, dass die Elektronenmikroskopie aufgrund ihrer unübertroffenen räumlichen Auflösung empfindlich auf ultrastrukturelle Artefakte reagiert, die während der Probenvorbereitung auftreten. Die Synchrotron-Kryonanosonden nähern sich nun ähnlichen Schwierigkeiten, die auf räumliche Auflösungen von bis zu 13 nm im Hochenergie-Röntgenbereich26sinken. Die harte Röntgenmikroskopie kann ganze Zellen analysieren, während die Elektronenmikroskopie unter der schlechten Eindringtiefe von Elektronen leidet, die es ermöglicht, nur sehr dünne Zellscheiben zu beobachten.
Monolayer von Zellen sind dünn genug, so dass durch Eintauchen in flüssiges Ethan die erforderlichen Kühlraten für die Wasserverglasung erreicht werden. Theoretisch sind Kühlraten von bis zu 108 K/s mit Hochdruckgefrieren27 möglich, was die Verglasung von Proben ermöglicht, die zu dick für das Eintauchen sind. Eine Kühlleistung von 105 K/s, die erforderlich ist, um eine vollständige Verglasung der Probe bei Umgebungsdruck28zu ermöglichen, wird mit der hier vorgestellten automatischen Eintauchmaschine und den hier dargestellten Parametern reproduzierbar erreicht. Dies ermöglicht es einem Forscher, dünne biologische Proben (<10 m) wie eine Monoschicht der Zellen12,13,14,15,29,30 durch Eintauchen in flüssiges Ethan zu vitrifyn.
Eine wichtige Herausforderung bei diesem Protokoll besteht darin, auch die chemische Integrität des intrazellulären Inhalts so weit wie möglich zu erhalten, um zuverlässige Elementarverteilungen innerhalb der Zelle in 2D oder 3D zu gewährleisten. Wie an anderer Stelle veröffentlicht2,16,17,31, im Falle der elementaren Bildgebung auf subzellulärer Ebene sollte die Analyse von gefrorenen hydratisierten Zellen in Betracht gezogen werden. Ansonsten kann die Kombination aus Tauchfrost und Gefriertrocknung von Zellen für die Raumtemperaturanalyse verwendet werden. Für letztere wird das amorphe Eis durch den Prozess der Sublimation entfernt, während die gebundenen Wassermoleküle durch den Prozess der Desorption entfernt werden. Dieser Prozess kann im Vergleich zu gefrorenen hydratisierten Proben aufgrund der möglichen Veränderung der Zellmembranen und der Morphologie einiger subzellulärer Strukturen bei weitem nicht ideal sein32. Auch für Speziationsstudien kann die Wasserextraktion zu Metall-Speziationsartefakten führen. Dennoch war es erfolgreich und die beste Alternative zu gefrorenen hydratisierten Proben für elementare Bildgebung auf sub-100 nm Ebenen2,16,17,18,20,33,34,35,36.
Wie berichtet37, kann die Qualität der kryokonservierten zellulären Präparate durch das Kalium-Natrium-K/Na-Verhältnis bewertet werden. Leider kann sie mit der hier verwendeten harten Röntgen-Nanosonde aufgrund der geringen Energieabschaltung des Silizium-Driftdetektors, mit dem die Röntgenfluoreszenzphotonen der Elemente (E- 1,3 keV Magnesium) erkannt werden, noch nicht ermittelt werden. Tatsächlich ist ein hohes K/Na-Verhältnis (>10), das mit TOF-SIMS, EPMA oder Kernmikrosonde PIXE16gemessen werden kann,37 ein Hinweis auf die erhaltene chemische Integrität der Zelle im Vergleich zu der erwarteten K/Na von 25 in einer lebenden Zelle37. Dies kann durch ein gleichzeitig niedriges Cl/K-Verhältnis38unterstützt werden. Dennoch kann eine unvollkommene Verglasung, insbesondere wenn die Geschwindigkeit der Probenkühlung zu niedrig ist, zur Bildung großer Eiskristalle führen, die Zellmembranen und Organellen schädigen können, was die Verteilung chemischer Elemente verändern kann. Obwohl es kein routinemäßiges Verfahren zur Überwachung dieser potenziellen Schäden und Auswirkungen auf die intrazelluläre Verteilung gibt, können die oben genannten Elementarverhältnisse und die Möglichkeit, die Zelle mit hoher Auflösung mit Röntgenphasenkontrast oder kryoweicher Röntgenmikroskopie abzubilden, die besten Ansätze sein, um eine gute Erhaltung der intrazellulären Kompartimente mit gleichzeitiger Erhaltung der elementaren Integrität zu unterstützen. Die Kombination dieser Techniken und der Einsatz neu entwickelter kryokorrelativer Fluoreszenz-Optischen Mikroskope werden dabei helfen zu beurteilen, inwieweit diese Schädigung auftritt und sich auf die intrazelluläre Elementarverteilung auswirkt.
Insgesamt wird ein detailliertes und umfassendes Protokoll zur Vorbereitung zellulärer Proben für die Synchrotron-Röntgenfluoreszenz-Nanoanalyse vorgestellt. Es ist ein guter Ausgangspunkt für die Forschungsgemeinschaft und hilft, die schwierige Frage zu lösen, wie geeignete zelluläre Proben für 2D- und 3D-Elementaraufnahmen bei (Kryo) harten Röntgen-Nanosonden vorbereitet werden können. Diese Ansätze können mit optischen Fluoreszenz- und Elektronenmikroskopie-Fähigkeiten für eine tiefgehende korrelative chemische und strukturelle Bildgebung von Zellen zusammengeführt werden.
The authors have nothing to disclose.
Die Experimente an der Nano-Imaging-Beamline ID16A wurden im Rahmen der ESRF-Vorschläge LS2430, LS2303 und LS2765 durchgeführt.
Ammonium Acetate solution, BioUltra, for molecular biology, ~5M in H2O | SIGMA | 09691-250mL | One can prepare the required solution from high-grade ammonium acetate powder and ultrapure water, pH and osmolarity needs to be adjusted anyway. |
B27 supplement, 50x | Life Technologies, Invitrogen | 17504-044 | for hippocampal neuron culture |
Dulbecco’s Phosphate Buffered Saline, DPBS, ([-] CaCl2, [-] MgCl2) | GIBCO | 14190-094 | cell culture |
DMEM with Phenol Red/Glutamax I (Medium ATCC modification) | GIBCO | 21885025 | cell culture |
Dulbecco’s modified Eagle medium (DMEM) | Life Technologies, Invitrogen | 31966-02 | for hippocampal neuron culture |
Dumont Tweezers #5, Straight Self-closing, 0.05×0.01mm Tips, Biology | World Precision Instrument | 501202 | |
Emitech K750X Peltier-Cooled EM Freeze Dryer | Quorum Technology | EK3147 | |
Ethane N45 | Air Liquid | p0505s05r0a001 | C2H6 > 99,995 % |
Fetal Bovine Serum, Performance Plus, certified One Shot format, US origin | GIBCO | A31604-02 | cell culture |
HBSS 10x | Life Technologies, Invitrogen | 14185-052 | for hippocampal neuron culture |
Leica GP quick-release forceps | Leica | 16706435 | |
MDA-MB-231 cell line, an epithelial, human adenocarcinoma breast cancer cell | ATCC | ATCC HTB-26 | cell culture |
Neurobasal medium | Life Technologies, Invitrogen | 21103-049 | for hippocampal neuron culture |
Nunc 4-Well Plate | Thermo Fisher | 176740 | cell culture |
Osmo1 Single-Sample Micro-Osmometer | Advanced Instruments | Osmo1 | Alternative can be found at Fisher scientific (Wescor Inc. VAPRO® Vapor Pressure Osmometer) |
Penicillin-Streptomycin | SIGMA | P4333 | cell culture |
poly-L-lysine | SIGMA | P4707 | Other type of coating can be used that is dependent of the cell type to be cultured on the membrane, other adhesion factors such as fibronectin, collagen, polyornithine can be tested accordingly. Cell can be cultured directly on silicon nitride membrane, but the latter are slightly hydrophobic and adhesion factors are recommended unless the membrane are processed to be hydrophilic (glow plasma discharged). |
Plunge freezing robot Leica EM GP main unit | Leica | 16706401 | Alternative for automated plunger are the Vitrobot Mark IV (FEI), CryoPlunge 3 (Gatan), MS-002 Rapid Immersion Freezer (EMS). Manual home-made system can be used but an environment-controlled chamber is an asset for plunge-freezing. |
Silicon nitride membrane (Si3N4) | Silson Ltd. | SiRN-5.0(o)-200-1.5-500-NoHCl | The proposed silicon nitride membrane type is optimised for analysis at ID16A ESRF X-ray nanoprobe, The 500 nm thickness of the membrane was chosen being more robust for cellular manipulation and cryofixation detailed within this protocol. Membrane with thickness of 200 nm or below can also be used although quite fragile, and other design of silicon nitride membrane can be purchased (for example TEM compatible membrane…) from Sislon or other company such as Norcada, SPI supplies, Ted Pella, EMS, LabTech, Neyco… |
Trypan blue solution 0.4% | GIBCO | 15250061 | cell culture |
Trypsin-EDTA, 0.05% | GIBCO | 25300-054 | cell culture |
Ultratrace Elemental Analysis Grade, Ultrapure Water | Fisher Chemicals | W9-1 | MilliQ water can be used but has to be tested for trace element level of contamination using for example ICP-MS analysis. |
Whatman No. 1 filter paper with precut hole | Leica | 16706440 | Alternative filter paper may be used and must have an outer diameter of 55 mm, the Punch for filter paper system from Leica (ref.16706443) can be used. |