Une méthode détaillée est fournie ici décrivant la purification, le repliement et la caractérisation des nanoparticules de protéines auto-assemblantes (SAPN) pour le développement de vaccins.
Les nanoparticules de protéines auto-assemblantes (SAPN) fonctionnent comme des écrans d’antigènes répétitifs et peuvent être utilisées pour développer un large éventail de vaccins pour différentes maladies infectieuses. Dans cet article nous démontrons une méthode pour produire un noyau de SAPN contenant un ensemble de faisceau de six-helix (SHB) qui est capable de présenter des antigènes dans une conformation trimeric. Nous décrivons l’expression du SHB-SAPN dans un système d’E. coli, ainsi que les étapes nécessaires de purification de protéine. Nous avons inclus une étape de lavage d’isopropanol pour réduire le lipopolysaccharide bactérien résiduel. Comme indication de l’identité et de la pureté de protéine, la protéine a réagi avec les anticorps monoclonaux connus dans les analyses occidentales de tache. Après le repli, la taille des particules est tombée dans la plage prévue (20 à 100 nm), ce qui a été confirmé par la diffusion dynamique de la lumière, l’analyse du suivi des nanoparticules et la microscopie électronique de transmission. La méthodologie décrite ici est optimisée pour le SHB-SAPN, cependant, avec seulement de légères modifications, il peut être appliqué à d’autres constructions SAPN. Cette méthode est également facilement transférable à la production à grande échelle pour la fabrication de GMP pour les vaccins humains.
Alors que le développement traditionnel des vaccins s’est concentré sur les agents pathogènes inactivés ou atténués, l’accent des vaccins modernes s’est déplacé vers les vaccins sous-unis1. Cette approche peut mener à une réponse plus ciblée et à des candidats vaccins potentiellement plus efficaces. Cependant, l’un des principaux inconvénients est que les vaccins sous-unis ne sont pas des particules comme des organismes entiers qui peuvent entraîner une immunogénicité réduite2. Une nanoparticule comme système répétitif d’affichage d’antigène peut avoir les avantages de l’approche ciblée de vaccin de sous-unité aussi bien que la nature particulaire de l’organisme entier1,3.
Parmi les types existants de nanovaccins, les assemblages de protéines conçus rationnellement permettent la conception et le développement de vaccins candidats qui peuvent présenter plusieurs copies de l’antigène potentiellement dans une conformation indigène1,4 ,5,6. Un exemple de ces assemblages de protéines sont les nanoparticules de protéines auto-assemblantes (SAPNs)7. Les SAPN sont basés sur des domaines enroulés et sont traditionnellement exprimés en Escherichia coli8. Les vaccins SAPN candidats ont été développés pour une variété de maladies telles que le paludisme, le SRAS, la grippe, la toxoplasmose, et le VIH-19,10,11,12,13 , 14 (en) , 15 Annonces , 16 Annonces , 17 Annonces , 18 ans, états-unis qui , 19. La conception de chaque candidat SAPN est spécifique à l’agent pathogène d’intérêt, cependant, les techniques de production, de purification et de repliement sont généralement largement applicables.
L’un de nos intérêts actuels est un vaccin efficace contre le VIH-1. Dans RV144, le seul essai clinique de phase III d’un vaccin contre le VIH-1 qui a démontré une efficacité modeste, le risque réduit d’infection a été corrélé avec les anticorps IgG à la boucle V1V2 de la protéine enveloppe20,21. La présentation trimeric indigène-comme de cette région est pensée pour être importante pour l’immunogénicité protectrice22. Pour présenter la boucle V1V2 dans la conformation native aussi proche que possible, nous avons développé une preuve de principe du vaccin SAPN candidat qui contenait l’enveloppe VIH-1 paquet de six hélices (SHB) pour présenter la boucle V1V2 dans la conformation correcte9 . Ce candidat a été identifié par les anticorps monoclonaux connus à la protéine d’enveloppe de HIV-1. Les souris immunisées avec V1V2-SHB-SAPN ont soulevé des anticorps spécifiques V1V2, qui, plus important encore, liés au gp70 V1V2, l’épitopes conformationnelle correcte9. Le noyau SHB-SAPN pourrait avoir d’autres fonctions au-delà du rôle de porteur de la boucle V1V2 VIH-1. Nous décrivons ici une méthodologie détaillée pour l’expression, la purification, le repliement et la validation du noyau SHB-SAPN. La sélection de la séquence, la conception des nanoparticules, le clonage moléculaire et la transformation d’E. coli ont déjà été décrits9.
La nanotechnologie offre de nombreux avantages et solutions pour le développement de vaccins sous-unis. Les nanovaccins peuvent présenter à plusieurs reprises des antigènes comme particules au système immunitaire hôte augmentant l’immunogénicité26. Bien qu’il existe de nombreux types différents de nanovaccins, nous croyons que ceux composés de protéines de novo conçu semblent être l’approche la plus forte pour le développement de vaccins1. Ils peuvent être conçus sans aucune homologie de séquence aux protéines hôtes et présenter l’antigène d’intérêt dans près de conformation indigène-comme tout en fournissant le coût de production bas et les rendements élevés de produit. Un excellent exemple de cette approche est la technologie SAPN, que nous avons appliquée aux vaccins contre de multiples maladies infectieuses7. En abordant les difficultés dans le développement du vaccin CONTRE le VIH-1, nous avons conçu un noyau SHB-SAPN unique pour présenter efficacement l’antigène V1V2 dans une conformation trimérique indigène9. De nombreuses cibles vaccinales, en particulier pour les maladies virales, sont présentes en tant que trimestres27. Ce phénomène indique que notre conception SAPN a de vastes implications pour le développement de vaccins sous-unitaires.
Dans cette méthode, nous démontrons comment produire des SHB-SAPNs dans un système d’expression E. coli. Nous avons exprimé des rendements élevés de protéines (environ 6 mg/100 ml de culture). La protéine contenait 10 histidines et a été facilement purifiée à l’aide d’une chromatographie d’affinité métallique immobilisée avec la colonne Ni2. Cette longueur du His-Tag s’est avérée optimale pour le rendement protéique le plus élevé. La protéine purifiée contenait la pleine longueur de la protéine conçue comme indiqué par la présence du HisTag N-terminal et de la répétition de l’heptade terminal C. Nous avons utilisé des techniques largement acceptées et les avons optimisées pour l’expression, la production et la caractérisation du noyau SHB-SAPN. L’absence de la production de la protéine pleine longueur pendant le développement d’un SAPN contenant un nouvel épitope de protéine pourrait indiquer un problème d’expression du gène dans la cellule hôte. Si cela se produit, le gène et le système d’expression doivent être repensés et adaptés au protocole décrit. La modification du temps ou de l’intensité de la sonication peut également augmenter la concentration de la protéine pleine longueur prévue.
Les particules repliées se trouvaient dans la plage de taille prévue (20 à 100 nm)8,24,25 selon l’analyse du DLS et du suivi des nanoparticules. Ces résultats ont été confirmés par l’utilisation de TEM. S’il y a des problèmes dans cette étape, c’est normalement dû à un problème avec le pH ou la force ionique du tampon repliant. Lorsque des particules de grande taille sont détectées sur les techniques de dimensionnement des particules, il indique l’agrégation, qui peut être évitée en augmentant le pH du tampon de repliage. Si les particules ne sont pas détectées par DLS, vérifiez la concentration de la protéine et vérifiez le pH du tampon. La concentration finale de protéines pour le DLS devrait être d’au moins 100 g/mL. Si la concentration n’est pas le problème, elle indique l’abondance de petites particules incomplètement formées, dont la concentration peut être réduite en diminuant le pH. Alternativement, la concentration de chlorure de sodium peut être ajustée à la plage optimale pour minimiser la présence de particules de taille non désirée.
Enfin, en utilisant une étape de lavage de l’isopropanol pendant la purification, nous avons pu réduire la contamination du LPS de l’hôte E. coli à 0,01 UE / G de SAPN qui est en dessous de la limite de la Food and Drug Administration (FDA) de 5 UE / kg de poids corporel pour les produits injectables 28. Ce niveau peut être encore réduit en utilisant une colonne d’échange d’anion également connue sous le nom de colonne Q. Si des niveaux élevés d’endotoxine sont encore présents, vérifiez tous les matériaux qui ont été utilisés pour la préparation tampon. N’oubliez pas d’utiliser uniquement de la verrerie depyrogenated et de la plasticware sans endotoxine dans cette méthode.
Ces résultats indiquent que nous avons mis au point avec succès une méthode pour produire le noyau SHB-SAPN qui peut être utilisé pour des études de vaccination préclinique. Cette méthode avec seulement de légères modifications, le cas échéant, peut être appliquée à la purification des SHB-SAPNs lorsqu’un antigène d’intérêt est ajouté. L’utilisation de cette méthode comme point de départ l’un des changements majeurs est dans l’étape d’élution. Différentes protéines s’élipent à différentes concentrations d’imidazoles qui doivent être déterminées expérimentalement. L’autre différence majeure pourrait être la composition du tampon repliant. L’optimisation nécessiterait de tester différentes conditions de pH ainsi que des forces ioniques.
En compte tenu des travaux futurs, seules deux légères modifications sont nécessaires pour permettre l’application humaine du SHB-SAPN. La première est que le vecteur d’expression doit être changé en un marqueur sélectionnable de résistance à la kanamycine en raison de l’allergie à l’ampicilline chez l’homme29. L’autre exigence majeure de la fabrication de protéines à usage humain est de produire le SHB-SAPN dans les médias sans produits animaux. Une étude à petite échelle a déjà indiqué un rendement raisonnable de protéines dans un média à base de plantes. Les travaux présentés ici sont facilement évolutifs pour la production finale de GMP comme l’a démontré un candidat vaccin contre le paludisme, FMP01416. Cette production FMP014-SAPN à grande échelle comprenait à la fois l’échange d’anion et les étapes d’échange de cation pour réduire davantage le contenu LPS et Ni2 du produit final. Ce SAPN à exprime bactérienne a déjà été mis à l’échelle pour un prochain essai clinique de phase 1/2a.
The authors have nothing to disclose.
Ce travail a été soutenu par un accord de coopération (W81XWH-11-2-0174) entre la Fondation Henry M Jackson pour l’avancement de la médecine militaire, Inc., et le ministère de la Défense des États-Unis. L’anticorps anti-VIH-1 gp41 mAb 167-D IV a été reçu de la Dre Susan Zolla-Pazner dans le cadre du Programme de réactifs du sida des NIH.
10x Tris/Glycine/SDS | BioRad | 1610732 | 1 L |
2-Mercaptoethanol | BioRad | 1610710 | 25 mL |
2-propanol | Fisher | BP26181 | 4 L |
2x Laemmli Sample Buffer | BioRad | 1610737 | 30 mL |
40ul Cuvette Pack of 100 with Stoppers | Malvern Panalytical | ZEN0040 | 100 pack |
4–20% Mini-PROTEAN TGX Precast Protein Gels, 10-well, 30 µl | BioRad | 4561093 | 10 pack |
Ampicillin | Fisher | BP1760-25 | 25 g |
Anti-6X His tag antibody [HIS.H8] | AbCam | ab18184 | 100 mg |
Anti-HIV-1 gp41 Monoclonal (167-D IV) | AIDS Reagent Repository | 11681 | 100 mg |
BCIP/NBT Substrate, Solution | Southern Biotech | 0302-01 | 100 mL |
Corning Disposable Vacuum Filter/Storage Systems | Fisher | 09-761-108 | A variety of sizes |
Formvar/Carbon 400 mesh, Copper approx. grid hole size: 42µm | Ted Pella, Inc | 01754-F | 25 pack |
GE Healthcare 5 mL HisTrap HP Prepacked Columns | GE HealthCare | 45-000-325 | 5 pack |
Glycerol | Fisher | BP229-4 | 4 L |
Goat Anti-Mouse IgG H&L (Alkaline Phosphatase) | ABCam | ab97020 | 1 mg |
Imidazole | Fisher | O3196-500 | 500 g |
Instant NonFat Dry Milk | Quality Biological | A614-1003 | 10 pack |
Kinetic-QCL Kinetic Chormogenic LAL Assay | Lonza Walkersville | 50650U | 192 Test Kit |
LAL Reagent Grade Multi-well Plates | Lonza Walkersville | 25-340 | 1 plate |
Magic Media E. coli Expression Medium | ThermoFisher | K6803 | 1 L |
MilliporeSigma Millex Sterile Syringe 0.22 mm Filters | Millipore | SLGV033RB | 250 pack |
Mouse Anti-Human IgG Fc-AP | Southern Biotech | 9040-04 | 1.0 mL |
One Shot BL21 Star (DE3) Chemically Competent E. coli | ThermoFisher | C601003 | 20 vials |
Precision Plus Protein Unstained Protein Standards, Strep-tagged recombinant, | BioRad | 1610363 | 1 mL |
Slide-A-Lyzer Dialysis Cassettes, 10K MWCO, 12 mL | ThermoFisher | 66810 | 8 pack |
Sodium Chloride | Fisher | BP358-212 | 2.5 kg |
Sodium Phosphate Monobasic | Fisher | BP329-500 | 500 g |
Tris Base | Fisher | BP152-1 | 1 kg |
Tris-(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride | Biosynth International | C-1818 | 100 g |
Uranyl Acetate, Reagent, A.C.S | Electron Micoscopy Services | 541-09-3 | 25 g |
Urea | Fisher | BP169-500 | 2.5 kg |
Whatman qualitative filter paper | Sigma Aldrich | WHA10010155 | pack of 500 |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Equipment | |||
ChromLab Software ver 4 | BioRad | 12009390 | Software |
Epoch 2 Microplate Spectrophotometer | BioTek | EPOCH2 | Plate Reader |
Fiberlite F14-14 x 50cy Fixed-Angle Rotor | ThermoFisher | 096-145075 | Rotor |
Gel Doc EZ Gel Documentation System | BioRad | 1708270 | Gel Imager for Stain free Gels |
JEOL TEM | JEOL | 1400 | Transmission Electron Microscope |
Mini-PROTEAN Tetra Vertical Electrophoresis Cell for Mini Precast Gels | BioRad | 1658004 | To run gels |
NanoDrop One Microvolume UV-Vis Spectrophotometer | ThermoFisher | ND-ONE-W | For Protein Concentration |
NanoSight NS300 | Malvern Panalytical | Particle Sizing | |
NanoSight NTA software NTA | Malvern Panalytical | Particle Sizing | |
New Brunswick Innova 44/44R | Eppendorf | M1282-0000 | Incubator/Shaker |
NGC Quest 10 Chromatography System | BioRad | 7880001 | FPLC to aid in protein purification |
PELCO easiGlow Glow Discharge Cleaning System | Ted Pella, INC | 91000S | To clean grids |
PowerPac Universal Power Supply | BioRad | 1645070 | To run gels |
Rocker Shaker | Daigger | EF5536A | For Western |
Sonifer 450 | Branson | also known as 096-145075 | Sonicator |
Thermo Scientific Sorvall LYNX 4000 Superspeed Centrifuge | ThermoFisher | 75-006-580 | Centrifuge |
Trans-Blot Turbo Mini Nitrocellulose Transfer Packs | BioRad | 1704158 | For Western |
Trans-Blot Turbo Transfer System | BioRad | 1704150 | For Western |
Vortex-Genie 2 | Daigger | EF3030A | Vortex |
Zetasizer Nano ZS | Malvern Panalytical | Particle Sizing | |
Zetasizer Software | Malvern Panalytical | Particle Sizing |