Aquí se presenta un protocolo para utilizar el sistema CRISPR-Cas9 para reducir la producción de una proteína en el cerebro adulto de abeja sellos para probar la especificidad de anticuerpos.
Cluster Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)/CRISPR-associated protein 9 (Cas9) es una técnica de edición genética ampliamente utilizada en estudios de la función génica. Utilizamos este método en este estudio para comprobar la especificidad de los anticuerpos desarrollados contra el insecto GABAA subunidad receptor Resistencia a la dieldrina (RDL) y un receptor de glutamato metabotrópico mGlutR1 (mGluRA). Los anticuerpos se generaron en conejos contra los péptidos conjugados específicos de las moscas de la fruta (Drosophila melanogaster) así como a las abejas melíferas (Apis mellifera). Usamos estos anticuerpos en secciones del cerebro de abeja sellos para estudiar la distribución de los receptores en cerebros de abejas. Los anticuerpos fueron purificados con afinidad contra el péptido y probados con inmunoblotting y el método clásico de preadsorción con conjugados de péptidos para mostrar que los anticuerpos son específicos de los conjugados de péptidos correspondientes contra los que fueron criados. Aquí desarrollamos la técnica CRISPR-Cas9 para probar la reducción de dianas proteicas en el cerebro 48 h después de la inyección CRISPR-Cas9 con ARN guía diseñados para el receptor correspondiente. El método CRISPR-Cas9 también se puede utilizar en análisis de comportamiento en las abejas adultas cuando uno o varios genes necesitan ser modificados.
El sistema CRISPR/Cas9 recientemente descubierto es una poderosa herramienta que se ha utilizado para alterar el ADN genómico en varios sistemas y organismos modelo. Ha acelerado la investigación biomédica y los grandes avances tecnológicos al hacer que la modificación del genoma sea más eficiente y robusta que los métodos anteriores1. Nativo de las bacterias S. pyogenes, el sistema se basa en una endonucleasa Cas9, cuya actividad conduce a roturas de doble cadena (DSB) en el ADN, y un ARN guía (gRNA) que dirige la proteína Cas9 a una ubicación específica, dependiente de la secuencia2. Los descansos de doble cadena generados por CRISPR/Cas9 se pueden reparar a través de unión final no homóloga (NHEJ), un proceso propenso a errores que puede conducir a cambios de marcos o reparación directa de homología cuando hay una plantilla de donante presente. El propio ARNm consiste en un ARN CRISPR (CRRNA) específico de cada objetivo y un crRNA universal transactivador (tracrRNA) que puede sintetizarse químicamente y administrarse con nucleasa Cas9 purificada como complejo ribonucleoico (RNP)2,3. El etiquetado fluorescente del ARNm o de la nucleasa Cas9 puede permitir la detección y visualización intracelular de componentes moleculares mediante microscopía fluorescente4.
En nuestro trabajo actual, aprovechamos el sistema CRISPR-Cas9 para reducir los niveles de proteínas en cerebros adultos de abejas. Estudiamos los anticuerpos receptores metabotrópicos (mGluR) y anti-mGlutR1 y la subunidadreceptora GABA A RDL y anticuerpos anti-RDL. Desarrollamos un método sencillo para reducir la cantidad de proteína en el cerebro de la abeja adulta y la utilizamos para impulsar pruebas adicionales de los anticuerpos desarrollados contra las proteínas correspondientes. El seguimiento de la fluorescencia de CRISPR-Cas9 nos permitió estimar las áreas y células implicadas en la reducción de la proteína.
Usando este método, también caracterizamos los anticuerpos anti-mGlutR1 que se hicieron en conejos contra el péptido conjugado. El genoma de abejas codifica un AmGluRA altamente conservado (llamado mGlutR1 según la nomenclatura NCBI) receptor de glutamato metabotrópico5. El gen mGlutR1 de abeja tiene cuatro variantes de empalme predichas según la base de datos NCBI. Se ha informado que se expresa en el sistema nervioso central (SNC) de las etapas de abejas pupal y adulto y está involucrado en la formación de la memoria a largo plazo5. Los anticuerpos desarrollados contra mGlutR1 pueden ser una herramienta esencial para el estudio del sistema glutamatérgico en el proceso de aprendizaje y memoria en las abejas melíferas.
En nuestros estudios, también caracterizamos anticuerpos anti-RDL desarrollados en conejos inmunizados con péptidos conjugados de la subunidad receptora Aps mellifera RDL. El gen Honeybee Rdl, AmRdl (XM_006565102.3, base de datos NCBI), tiene 14 variantes de empalme pronosticadas. Se ha notificado un fragmento parcialmente clonado en la base de datos NCBI AF094822.1. La función receptora RDL y su fisiología está bien estudiada en insectos6,7,8,incluyendo abejas melísas9,10,11. Los anticuerpos desarrollados contra el anti-RDL pueden ser una herramienta esencial para estudiar el sistema GABAérgico en el proceso de aprendizaje y memoria en las abejas melíferas.
Un estudio anterior sobre el papel de los receptores de octopamina y tiramina utilizado RNAi inyectado en el cerebro con una prueba posterior de la cantidad de proteína por Western blot12,13. Sin embargo, el ARNI tiene algunas limitaciones significativas. Sólo hay una breve ventana de tiempo después de la inyección de ARNi dentro de la cual se produce una reducción de la proteína13. CRISPR-Cas9 se utilizó muy recientemente en embriones de abeja sellos para eliminar o modificar genes en todo el animal14,15,16. Informamos del uso de CRISPR-Cas9 para reducir la cantidad de proteína en la abeja adulta. Desarrollamos este enfoque para las abejas melíferas debido a la capacidad de acoplarlo a estudios conductuales de aprendizaje y memoria bajo condiciones de laboratorio controladas17.
En el presente trabajo, desarrollamos anticuerpos contra dos receptores y los probamos en las secciones adultas del cerebro de abeja después de que la proteína se redujera mediante la inyección CRISPR-Cas9. Al mismo tiempo, establecimos un diseño experimental que permite el uso del método para experimentos conductuales.
Caracterización del anti-RDL y anti-mGlutR1
En primer lugar, caracterizamos los anticuerpos anti-RDL y anti-mGlutR1 por inmunoblot y pre-adsorción en las rebanadas de cerebros fijos de abejas. Cada anticuerpo fue hecho para reconocer todas sus isoformas conocidas, y el análisis occidental muestra que reconocen las bandas que corresponden a sus pesos moleculares predichos. A continuación, ambos anticuerpos fueron bloqueados por el péptido conjugado contra el cual se produjeron en secciones del cerebro de abeja.
Uno de los primeros objetivos de nuestro estudio fue establecer que los anticuerpos producidos contra el péptido conjugado específico son específicos de su proteína en el tejido cerebral fijo. Para ello, aprovechamos el sistema CRISPR-Cas9. Diseñamos guías específicas para las abejas melísetas RDL y mGlutR1 y las utilizamos para hacer CRISPR-Cas9 etiquetado con la sonda fluorescente ATTO550. Para cada receptor, inyectamos una mezcla de tres ribonucleoproteínas CRISPR-Cas9 diferentes en el ocelli para reducir la cantidad de proteína dirigida en el cerebro adulto de abejas al eliminar el gen correspondiente en las células que tomaron nuestro sistema Cas9 diseñado. En nuestro estudio, logramos este paso.
Uno de los primeros pasos cruciales para el éxito de estos experimentos es diseñar los ARN de guía adecuados. Recomendamos diseñar hasta cinco ARN guía, ubicados al principio, al medio y al final de la secuencia genética. En nuestro trabajo preliminar, los probamos en varias combinaciones en tres a cinco abejas. También probamos diferentes concentraciones de inyecciones, así como tiempos después de la inyección, y varias mezclas de RNP en las inyecciones. Diseccionamos cerebros y los procesamos usando anticuerpos anti-RDL y anti-mGlutR1. En estas pruebas iniciales, establecimos la combinación adecuada, tiempo post-inyección, así como la concentración y la cantidad de CRISPR-Cas9 para inyección. Estas pruebas iniciales fueron la base para configurar los experimentos que describimos en detalle aquí.
El objetivo era doble: 1) demostrar en una abeja que nuestra tinción de anticuerpos se redujo después del tratamiento con CRISPR-Cas9 y 2) para trabajar a través de las mejores condiciones experimentales para estudios conductuales. Por lo tanto, mostramos que si muchos núcleos celulares contienen CRISPR-Cas9 48 h después de la inyección, la reducción de la tinción anti-RDL y anti-mGlutR1 es significativa. Además, eso demuestra que los anticuerpos probados reconocen específicamente la proteína mGlut1 y RDL en la preparación del cerebro de abeja y que se pueden utilizar para estudios de localización en el cerebro de abeja.
Ajuste experimental CRISPR-Cas9 para el estudio del comportamiento
A continuación, creamos los experimentos para que CRISPR-Cas9 pudiera utilizarse en estudios de comportamiento. Se recogieron ocho o nueve abejas para el control y los tratamientos experimentales. Se probaron de forma conductual antes y después de la inyección, y luego sus cerebros fueron procesados para ATTO550 y/o inmunocitoquímica para determinar las regiones cerebrales que mostraron la reducción de la proteína diana. Aquí es esencial tener en cuenta que el número de abejas tomadas para un conjunto de experimentos se limitó a no más de 8-9 abejas para el control y las condiciones experimentales. De esta manera ambas condiciones podrían ser probadas en el mismo día. Además, una vez que preparamos las mezclas CRISPR-Cas9 para inyección, nunca las congelamos. La mezcla CRISPR-Cas9 no cambió de potencia cuando se usaba 3 días seguidos y se mantenía a 4-8 oC. Sin embargo, no lo probamos después de 3 días.
Como describimos en la sección Resultados para ambos conjuntos de inyecciones experimentales y para ambos anticuerpos, sólo tres abejas de 16 probados mostraron una gran distribución ATTO550 en el cuerpo del hongo, protocerebrum, y lóbulos antenales. En todas las demás abejas, la distribución de CRISPR-Cas9 se limitó al cuerpo del hongo, complejo central, y / o protocerebrum posterior. Es esencial entender para cualquier estudio de comportamiento que el uso de este método de inyección la reducción de la proteína diana se limitará sólo al cuerpo de la seta en la mayoría de las abejas. No se extenderá al lóbulo antenal o al ganglio subesofágico. Por lo tanto, la técnica de inyección que utilizamos es adecuada para estudiar el efecto de la reducción de receptores en el cuerpo de la seta y complejo central en experimentos conductuales, mientras que un método diferente de introducción de CRISPR-Cas9 será más adecuado para el estudio de otras regiones cerebrales.
En conclusión, nuestro estudio demostró la aplicación exitosa de CRISPR-Cas9 como un control para la tinción de anticuerpos en el cerebro. Tanto para los anticuerpos (anti-RDL como anti-mGlutR1), cuando la ingesta de mGlutR1-CRISPR-Cas9 o RDL-CRISPR-Cas9 fue exitosa, el nivel de tinción de anticuerpos correspondiente también se redujo significativamente. Además, es esencial tener en cuenta que la inyección en el ocelli condujo a una distribución de CRISPR-Cas9 en el cerebro que no era homogénea. La distribución varió desde un área mínima que rodea el cuerpo de ocelli y setas a muchas células en todo el cerebro. La variabilidad de la ingesta de mGlutR1-o RDL-CRISPR-Cas9 por las células probablemente se debió a la variación en las inyecciones. Nuestros datos muestran que el sistema CRISPR-Cas9 funciona en abejas, pero el método de inyección debe mejorarse para reducir la variabilidad de la ingesta de CRISPR-Cas9 a través de cerebros de abejas individuales. Dentro de estas restricciones, ahora es posible emplear esta técnica para manipular genes en abejas adultas para experimentos conductuales.
The authors have nothing to disclose.
Este trabajo fue apoyado por los siguientes premios a BHS: Human Frontiers Science Program; NIH NIGMS (R01 GM113967); NSF Ideas Lab (1556337). El péptido y los anticuerpos para DmGluRA fueron diseñados en el laboratorio Dr. Serge Birman (Marseille, Luminy, Francia) cuando IS fue apoyado por el Programa d’Urgence FRM/Postdocs UFP20060306548 de la Fondation pour la Recherche Medicale. Agradecemos a Daniela Junqueira Marosi y Alex Hanter de Integrated DNA Technology (IDT) por la ayuda con el diseño de guías RDL y ensayos de entrega qPCR.
Acetic Acid | Sigma-Aldrich | A6283_100 mL | western blotting |
Acrylamide-bis Acrylamide | Bio-Rad | 500 mL 1610156 | western blotting |
Agarose | Sigma-Aldrich | A0169-250g | used with distilled water to fix honey bee brain in blocks |
Alexa Fluor 488 AffiniPure F(ab')2 Fragment Donkey Anti-Rabbit IgG (H+L) | Jackson Research Laboratories | 711-546-152 | secondary antibody to reveal the primary antibodies from rabbit |
Alt-R CRISPR-cas9 tracrRNA-5'ATTO | IDT | 1075934 | with desinged guide RNA, it creates gRNA |
Alt-R S.p. Cas9 nuclease V3 | IDT | 1081058 | enzyme used to make ribonucleoprotein for CRISPR system |
Ammonium Persulfate | Bio-RAD | 10 g 1610700 | western blotting |
Anti-mGlutR1 antibodies | Covalab (FRANCE)/21st Century Biochemical | characterized by authors in present paper | Used for primary incubation of mGlut 1 in honey bees |
Anti-RDL antibodies | 21st Century Biochemical | characterized by authors in present paper | Used for primary incubation of RDL in honey bees |
Aprotinin | Sigma-Aldrich | Y0001154 | protease inhibitor |
Barraquer Iris Scissors 7mm Blade Sharp point | World Precision Instruments | 14128-G | used for dissection honey bee brain |
Benzamidine | Sigma-Aldrich | 12072 | protease inhibitor |
Blade (breakable) for blade holder | Fine Science Tool | 10050-00 | dissection for western blotting |
Blade holder and breaker | Fine Science Tool | 15309 | dissection for western blotting |
Borosilicate glass capillaries | World Precision Instruments | 1B100 F | for injection procedure |
Chemiluminescent western blot detection substrate | Bio-Rad | 1705062 | western blotting |
Chloroform | Sigma-Aldrich | 472476-50mL | RNA isolation |
Dithiothreitol | Bio-Rad | 1610611 | western blotting |
DNA easy kit | QIAGEN | 69504 | DNA extractionuj |
DNA-free kit | INVITROGEN | AM1907 | Used to remove DNA |
Eppendorf Research plus pipette, 3-pack | Sigma-Aldrich | Z683884 | |
Falcon 24 Well Polystyrene Multiwell | Falcon | 351147 | Multiwell |
Flat Bottom Embedding Capsules, Polyethylene | Electron Microscopy Science | 70021 | basket for brain sections |
Forceps Dumont #5 (pair) | Fine Science Tool | 11254-20 | for dissection of honey bee brain from the head |
Forceps Dumont #5S (pair) | Fine Science Tool | 11252-00 | to clean up the brain from trachea befor dissection |
Gene Expression Master Mix | Integrated DNA Technologies | 1055770 | qPCR drop off assay |
Glutaraldehyde | EMS | 16220 | used for preparation of peptide conjugates for control peabsorption |
Glycerol | Sigma-Aldrich | G5516-500 mL | western blotting, embedding media |
Glycine | Bio-Rad | 1610718 | western blotting |
Hydrophobic filtered nylonmesh | Spectrum Labs | 145910 | for bottom of basket for brain sections |
Isopropyl alcohol | Sigma-Aldrich | I9030-50mL | RNA isolation |
Keyhole limpet hemocyanin | Sigma-Aldrich | H7017 | used for preparation of conjugates for control |
LSM800 cofocal microscope | Zeiss | ||
mGlu_Guide 1 | IDT | designed guide RNA for CRISPR-Cas 9. Target mGlutR1 genome sequences | |
mGlu_Guide 2 | IDT | designed guide RNA for CRISPR-Cas 9. Target mGlutR1 genome sequences | |
mGlu_Guide 3 | IDT | designed guide RNA for CRISPR. Target mGlutR1 genome sequences | |
methanol | Sigma-Aldrich | 34860 | western blotting |
96-well PCR microplate | Applied biosystem | 4346907 | qPCR drop off assay and qRT-PCR |
384-well PCR microplate | Sigma-Aldrich | Z374911 | qRT-PCR |
Mineral oil | Sigma-Aldrich | M5904_500mL | for injection procedure |
Model p87 Flaming Brown Micropipette Puller | Sutter Instrument Co. | Capillary Preparation | |
Mowiol 4-88 | Sigma-Aldrich | 81381 | for embedding solution |
Nanoliter 2000 | World Precision Instruments Nanoliter | Injection Apparatus | |
Normal Donkey Serum | Jackson Research Laboratories | AB_2337258 | blocking agent for immunocytochemistry |
Non-immune Goat Serum | Invitrogen | 50-062Z 100 mL | blocking agent for immunoblotting |
Nuclease-free buffer | IDT | 1072570 | Nuclease-free buffer that is used in the preparation of CRISPR-Cas9 injection |
Nuclease-free water | IDT | AM9337 | nuclease -free water that is used in preparation of CRISPR-Cas 9 system |
OrbitalShaker Mp4 | Genemate | ||
Paraformaldehyde | Sigma-Aldrich | 158127-500 g | used with PBS to make fixative for bee brains |
Phenylmethylsulphonyl fluoride (PMSF) | Sigma-Aldrich | P7626-250 mg | protease inhibitor |
Phosphate Buffer Saline | Sigma-Aldrich | P4417-100TAB | Used with Paraformaldehyde as fixative; buffer for antibodies |