Présenté ici est un protocole pour utiliser le système CRISPR-Cas9 pour réduire la production d’une protéine dans le cerveau adulte d’abeille de miel pour tester la spécificité d’anticorps.
Cluster Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)/CRISPR-associated protein 9 (Cas9) est une technique d’édition génétique largement utilisée dans les études de la fonction génique. Nous utilisons cette méthode dans cette étude pour vérifier la spécificité des anticorps développés contre l’insecte GABAA récepteur sous-unité Résistance à la Dieldrin (RDL) et un récepteur du glutamate métabotropique mGlutR1 (mGluRA). Les anticorps ont été générés chez les lapins contre les peptides conjugués spécifiques aux mouches des fruits (Drosophila melanogaster) ainsi qu’aux abeilles domestiques (Apis mellifera). Nous avons utilisé ces anticorps dans les sections du cerveau des abeilles mellifères pour étudier la distribution des récepteurs dans le cerveau des abeilles mellifères. Les anticorps ont été purifiés d’affinité contre le peptide et examinés avec l’immunoblotting et la méthode classique de preadsorption avec des conjugués de peptide pour montrer que les anticorps sont spécifiques aux conjugués correspondants de peptide contre lesquels ils ont été soulevés. Ici, nous avons développé la technique CRISPR-Cas9 pour tester la réduction des cibles protéiques dans le cerveau 48 h après l’injection CRISPR-Cas9 avec guide ARN conçus pour le récepteur correspondant. La méthode CRISPR-Cas9 peut également être utilisée dans les analyses comportementales chez les abeilles adultes lorsqu’un ou plusieurs gènes doivent être modifiés.
Le système CRISPR/Cas9 récemment découvert est un outil puissant qui a été utilisé pour modifier l’ADN génomique dans divers systèmes modèles et organismes. Il a accéléré la recherche biomédicale et les percées technologiques majeures en rendant la modification du génome plus efficace et robuste que les méthodes précédentes1. Originaire des bactéries S. pyogenes, le système repose sur une endodoucane Cas9, dont l’activité conduit à des ruptures à double brin (DSB) dans l’ADN, et un ARN guide (gRNA) qui dirige la protéine Cas9 à un endroit spécifique, dépendant de la séquence2. Les pauses à double brin générées par CRISPR/Cas9 peuvent être réparées par l’intermédiaire d’une jointure finale non homologue (NHEJ), un processus sujet aux erreurs qui peut conduire à des changements de cadre, ou à une réparation directe de l’homologie lorsqu’un modèle de donneur est présent. Le gRNA lui-même se compose d’un ARN CRISPR spécifique à la cible (crRNA) et d’un crRNA trans-activant universel (tracrRNA) qui peut être synthétisé chimiquement et livré avec la nucléase Purifiée De Cas9 comme complexe de ribonucléoprotein (RNP)2,3. L’étiquetage fluorescent de la nucléase gRNA ou Cas9 peut permettre la détection et la visualisation intracellulaire des composants moléculaires par microscopie fluorescente4.
Dans notre travail actuel, nous profitons du système CRISPR-Cas9 pour réduire les niveaux de protéines dans les cerveaux adultes d’abeilles domestiques. Nous avons étudié le récepteur du glutamate métabotropique (mGluR) et les anticorps récepteurs anti-mGlutR1 et les anticorps sous-unit DE récepteur sabre RON lett.A. et les anticorps anti-RDL. Nous avons développé une méthode simple pour réduire la quantité de protéines dans le cerveau de l’abeille domestique adulte et l’avons utilisée pour conduire des tests supplémentaires des anticorps développés contre les protéines correspondantes. La surveillance de la fluorescence de CRISPR-Cas9 nous a permis d’estimer les zones et les cellules impliquées dans la réduction de la protéine.
En utilisant cette méthode, nous avons également caractérisé les anticorps anti-mGlutR1 qui ont été fabriqués chez les lapins contre le peptide conjugué. Le génome de l’abeille mellifère code un AmGluRA très conservé (nommé mGlutR1 selon la nomenclature NCBI) récepteur du glutamate métabotropique5. Le gène mGlutR1 d’abeille de miel a quatre variantes prévues d’épissage selon la base de données de NCBI. Il a été rapporté qu’il est exprimé dans le système nerveux central (SNC) des stades d’abeille pupal et adulte et il est impliqué dans la formation de mémoire à long terme5. Les anticorps développés contre le mGlutR1 peuvent être un outil essentiel pour l’étude du système glutamatergique dans le processus d’apprentissage et de mémoire chez les abeilles.
Dans nos études, nous avons également caractérisé les anticorps anti-RDL développés chez les lapins immunisés avec des peptides conjugués de la sous-unité de récepteur apis mellifera RDL. Le gène Del d’abeille, AmRdl (XM_006565102.3, base de données NCBI), a 14 variantes d’épissage prévues. Un fragment partiellement cloné a été signalé dans la base de données NCBI AF094822.1. La fonction des récepteurs RDL et sa physiologie est bien étudiée chez les insectes6,7,8, y compris les abeilles9,10,11. Les anticorps développés contre l’anti-RDL peuvent être un outil essentiel pour étudier le système GABAergic dans le processus d’apprentissage et de mémoire chez les abeilles.
Une étude antérieure sur le rôle des récepteurs d’octopamine et de tyramine a utilisé l’ARNi injecté dans le cerveau avec un test ultérieur de la quantité de protéines par Western blot12,13. Cependant, l’ARNi a des limites importantes. Il n’y a qu’une courte fenêtre de temps après l’injection d’ARNI dans laquelle une réduction de la protéine se produit13. CRISPR-Cas9 a été utilisé très récemment dans les embryons d’abeilles mellifères pour supprimer ou modifier les gènes de l’ensemble de l’animal14,15,16. Nous avons signalé l’utilisation de CRISPR-Cas9 pour réduire la quantité de protéines dans l’abeille domestique adulte. Nous avons développé cette approche pour les abeilles en raison de la capacité de le coupler à des études comportementales de l’apprentissage et la mémoire dans des conditions de laboratoirecontrôlées 17.
Dans le présent travail, nous avons développé des anticorps contre deux récepteurs et les avons testés sur les sections adultes du cerveau des abeilles domestiques après que la protéine a été réduite par injection CRISPR-Cas9. Dans le même temps, nous avons établi une conception expérimentale qui permet l’utilisation de la méthode pour des expériences comportementales.
Caractérisation de l’anti-RDL et anti-mGlutR1
Tout d’abord, nous avons caractérisé les anticorps anti-RDL et anti-mGlutR1 par immunoblot et pré-adsorption sur les tranches des cerveaux fixes d’abeille de miel. Chaque anticorps a été fait pour reconnaître tous ses isoformes connus, et l’analyse occidentale montrent qu’ils reconnaissent les bandes qui correspondent à leur poids moléculaire prévu. Ensuite, les deux anticorps ont été bloqués par le peptide conjugué contre lequel ils ont été produits sur des sections de cerveau d’abeille de miel.
L’un des premiers objectifs de notre étude était d’établir que les anticorps produits contre le peptide conjugué spécifique sont spécifiques à sa protéine dans le tissu cérébral fixe. À cette fin, nous avons profité du système CRISPR-Cas9. Nous avons conçu des guides spécifiques pour l’abeille domestique RDL et mGlutR1 et utilisé chacun d’eux pour faire CRISPR-Cas9 étiqueté avec la sonde fluorescente ATTO550. Pour chaque récepteur, nous avons injecté un mélange de trois ribonucléoprotéines CRISPR-Cas9 différentes dans l’ocelli pour réduire la quantité de protéine ciblée dans le cerveau adulte d’abeille domestique en éliminant le gène correspondant dans les cellules qui ont pris notre système Conçu Cas9. Dans notre étude, nous avons accompli cette étape.
L’une des premières étapes cruciales pour le succès de ces expériences est la conception du guide approprié ARN. Nous vous recommandons de concevoir jusqu’à cinq ARN guides, situés au début, au milieu et à la fin de la séquence génétique. Dans le le résultat de nos travaux préliminaires, nous les avons testés dans diverses combinaisons sur trois à cinq abeilles. Nous avons également essayé différentes concentrations d’injections, ainsi que des temps après l’injection, et divers mélanges de RNP dans les injections. Nous avons disséqué les cerveaux et les avons traités à l’aide d’anticorps anti-RDL et anti-mGlutR1. Dans ces premiers tests, nous avons établi la combinaison appropriée, le temps post-injection, ainsi que la concentration et la quantité de CRISPR-Cas9 pour l’injection. Ces premiers tests ont servi de base à la mise en place des expériences que nous avons décrites en détail ici.
L’objectif était double : 1) de démontrer chez une abeille que notre coloration d’anticorps a été réduite après traitement avec CRISPR-Cas9 et 2) pour travailler par les meilleures conditions expérimentales pour des études comportementales. Ainsi, nous montrons que si de nombreux noyaux cellulaires contiennent CRISPR-Cas9 48 h après injection, la réduction de la coloration anti-RDL et anti-mGlutR1 est significative. En outre, cela démontre que les anticorps testés reconnaissent spécifiquement la protéine mGlut1 et RDL dans la préparation du cerveau des abeilles mellifères et qu’ils peuvent être utilisés pour des études de localisation dans le cerveau des abeilles.
Réglage expérimental CRISPR-Cas9 pour l’étude comportementale
Ensuite, nous avons mis en place les expériences afin que CRISPR-Cas9 puisse être utilisé dans des études comportementales. Huit ou neuf abeilles ont été recueillies pour des traitements de contrôle et expérimentaux. Ils ont été examinés comportementalement avant et après l’injection, puis leurs cerveaux ont été traités pour ATTO550 et/ou immunocytochemistry pour déterminer les régions de cerveau qui ont montré la réduction de la protéine cible. Ici, il est essentiel de noter que le nombre d’abeilles prises pour une série d’expériences a été limité à pas plus de 8-9 abeilles pour le contrôle et les conditions expérimentales. De cette façon, les deux conditions pourraient être testées le même jour. Aussi, une fois que nous avons préparé les mélanges CRISPR-Cas9 pour l’injection, nous ne les avons jamais gelés. Le mélange CRISPR-Cas9 n’a pas changé de puissance lorsqu’il est utilisé 3 jours d’affilée et maintenu à 4-8 oC. Cependant, nous ne l’avons pas testé après 3 jours.
Comme nous l’avons décrit dans la section Résultats pour les deux séries d’injections expérimentales et pour les deux anticorps, seulement trois abeilles de 16 testées ont montré une grande distribution ATTO550 dans le corps de champignon, protocerebrum, et lobes d’antenne. Dans toutes les autres abeilles, la distribution de CRISPR-Cas9 était limitée au corps des champignons, au complexe central et/ou au protocerebrum postérieur. Il est essentiel de comprendre pour toutes les études comportementales que l’utilisation de cette méthode d’injection de la réduction de la protéine cible sera limitée uniquement au corps des champignons dans la plupart des abeilles. Il ne s’étendra pas au lobe d’antenne ou au ganglion subesophageal. Ainsi, la technique d’injection que nous utilisons est appropriée pour étudier l’effet de la réduction des récepteurs dans le corps des champignons et le complexe central dans les expériences comportementales, tandis qu’une méthode différente d’introduction CRISPR-Cas9 sera plus approprié pour l’étude d’autres régions du cerveau.
En conclusion, notre étude a démontré l’application réussie de CRISPR-Cas9 comme commande pour la coloration d’anticorps dans le cerveau. Pour les deux anticorps (anti-RDL et anti-mGlutR1), lorsque l’entrée en mGlutR1-CRISPR-Cas9 ou RDL-CRISPR-Cas9 a été couronnée de succès, le niveau de coloration correspondante des anticorps a également été réduit de manière significative. En outre, il est essentiel de noter que l’injection dans l’ocelli a conduit à une distribution de CRISPR-Cas9 dans le cerveau qui n’était pas homogène. La distribution variait d’une zone minimale entourant l’ocelli et le corps des champignons à de nombreuses cellules dans l’ensemble du cerveau. La variabilité de l’apport de mGlutR1-ou de RDL-CRISPR-Cas9 par les cellules était probablement due à la variation des injections. Nos données montrent que le système CRISPR-Cas9 fonctionne chez les abeilles mellifères, mais la méthode d’injection doit être améliorée pour réduire la variabilité de l’apport de CRISPR-Cas9 dans les différents cerveaux d’abeilles. Dans le cadre de ces restrictions, il est maintenant possible d’utiliser cette technique pour manipuler des gènes chez les abeilles adultes pour des expériences comportementales.
The authors have nothing to disclose.
Ce travail a été appuyé par les prix suivants à BHS: Human Frontiers Science Program; NIH NIGMS (R01 GM113967); NSF Ideas Lab (1556337). Le peptide et les anticorps de DmGluRA ont été conçus dans le laboratoire Dr Serge Birman (Marseille, Luminy, France) lorsque l’IS a été soutenu par le Programme d’Urgence FRM/Postdocs UFP20060306548 de la Fondation pour la Recherche Médicale. Nous sommes reconnaissants à Daniela Junqueira Marosi et Alex Hanter de Integrated DNA Technology (IDT) pour l’aide à la conception des guides RDL et qPCR essais de dépôt.
Acetic Acid | Sigma-Aldrich | A6283_100 mL | western blotting |
Acrylamide-bis Acrylamide | Bio-Rad | 500 mL 1610156 | western blotting |
Agarose | Sigma-Aldrich | A0169-250g | used with distilled water to fix honey bee brain in blocks |
Alexa Fluor 488 AffiniPure F(ab')2 Fragment Donkey Anti-Rabbit IgG (H+L) | Jackson Research Laboratories | 711-546-152 | secondary antibody to reveal the primary antibodies from rabbit |
Alt-R CRISPR-cas9 tracrRNA-5'ATTO | IDT | 1075934 | with desinged guide RNA, it creates gRNA |
Alt-R S.p. Cas9 nuclease V3 | IDT | 1081058 | enzyme used to make ribonucleoprotein for CRISPR system |
Ammonium Persulfate | Bio-RAD | 10 g 1610700 | western blotting |
Anti-mGlutR1 antibodies | Covalab (FRANCE)/21st Century Biochemical | characterized by authors in present paper | Used for primary incubation of mGlut 1 in honey bees |
Anti-RDL antibodies | 21st Century Biochemical | characterized by authors in present paper | Used for primary incubation of RDL in honey bees |
Aprotinin | Sigma-Aldrich | Y0001154 | protease inhibitor |
Barraquer Iris Scissors 7mm Blade Sharp point | World Precision Instruments | 14128-G | used for dissection honey bee brain |
Benzamidine | Sigma-Aldrich | 12072 | protease inhibitor |
Blade (breakable) for blade holder | Fine Science Tool | 10050-00 | dissection for western blotting |
Blade holder and breaker | Fine Science Tool | 15309 | dissection for western blotting |
Borosilicate glass capillaries | World Precision Instruments | 1B100 F | for injection procedure |
Chemiluminescent western blot detection substrate | Bio-Rad | 1705062 | western blotting |
Chloroform | Sigma-Aldrich | 472476-50mL | RNA isolation |
Dithiothreitol | Bio-Rad | 1610611 | western blotting |
DNA easy kit | QIAGEN | 69504 | DNA extractionuj |
DNA-free kit | INVITROGEN | AM1907 | Used to remove DNA |
Eppendorf Research plus pipette, 3-pack | Sigma-Aldrich | Z683884 | |
Falcon 24 Well Polystyrene Multiwell | Falcon | 351147 | Multiwell |
Flat Bottom Embedding Capsules, Polyethylene | Electron Microscopy Science | 70021 | basket for brain sections |
Forceps Dumont #5 (pair) | Fine Science Tool | 11254-20 | for dissection of honey bee brain from the head |
Forceps Dumont #5S (pair) | Fine Science Tool | 11252-00 | to clean up the brain from trachea befor dissection |
Gene Expression Master Mix | Integrated DNA Technologies | 1055770 | qPCR drop off assay |
Glutaraldehyde | EMS | 16220 | used for preparation of peptide conjugates for control peabsorption |
Glycerol | Sigma-Aldrich | G5516-500 mL | western blotting, embedding media |
Glycine | Bio-Rad | 1610718 | western blotting |
Hydrophobic filtered nylonmesh | Spectrum Labs | 145910 | for bottom of basket for brain sections |
Isopropyl alcohol | Sigma-Aldrich | I9030-50mL | RNA isolation |
Keyhole limpet hemocyanin | Sigma-Aldrich | H7017 | used for preparation of conjugates for control |
LSM800 cofocal microscope | Zeiss | ||
mGlu_Guide 1 | IDT | designed guide RNA for CRISPR-Cas 9. Target mGlutR1 genome sequences | |
mGlu_Guide 2 | IDT | designed guide RNA for CRISPR-Cas 9. Target mGlutR1 genome sequences | |
mGlu_Guide 3 | IDT | designed guide RNA for CRISPR. Target mGlutR1 genome sequences | |
methanol | Sigma-Aldrich | 34860 | western blotting |
96-well PCR microplate | Applied biosystem | 4346907 | qPCR drop off assay and qRT-PCR |
384-well PCR microplate | Sigma-Aldrich | Z374911 | qRT-PCR |
Mineral oil | Sigma-Aldrich | M5904_500mL | for injection procedure |
Model p87 Flaming Brown Micropipette Puller | Sutter Instrument Co. | Capillary Preparation | |
Mowiol 4-88 | Sigma-Aldrich | 81381 | for embedding solution |
Nanoliter 2000 | World Precision Instruments Nanoliter | Injection Apparatus | |
Normal Donkey Serum | Jackson Research Laboratories | AB_2337258 | blocking agent for immunocytochemistry |
Non-immune Goat Serum | Invitrogen | 50-062Z 100 mL | blocking agent for immunoblotting |
Nuclease-free buffer | IDT | 1072570 | Nuclease-free buffer that is used in the preparation of CRISPR-Cas9 injection |
Nuclease-free water | IDT | AM9337 | nuclease -free water that is used in preparation of CRISPR-Cas 9 system |
OrbitalShaker Mp4 | Genemate | ||
Paraformaldehyde | Sigma-Aldrich | 158127-500 g | used with PBS to make fixative for bee brains |
Phenylmethylsulphonyl fluoride (PMSF) | Sigma-Aldrich | P7626-250 mg | protease inhibitor |
Phosphate Buffer Saline | Sigma-Aldrich | P4417-100TAB | Used with Paraformaldehyde as fixative; buffer for antibodies |