Ici, nous présentons des protocoles faciles à utiliser pour produire et purifier les métabolites diterpénoïdes grâce à l’expression combinatoire des enzymes biosynthétiques dans Escherichia coli ou Nicotiana benthamiana, suivie par le produit chromatographique purification. Les métabolites qui en résultent conviennent à diverses études, y compris la caractérisation de la structure moléculaire, les études fonctionnelles enzymatiques et les essais de bioactivité.
Les diterpénoïdes forment une classe variée de produits naturels à petites molécules qui sont largement distribués à travers les royaumes de la vie et ont des fonctions biologiques critiques dans les processus de développement, les interactions interorganismales et l’adaptation environnementale. En raison de ces diverses bioactivités, de nombreux diterpénoïdes sont également d’importance économique comme les produits pharmaceutiques, les additifs alimentaires, les biocarburants et d’autres bioproduits. La génomique avancée et les approches biochimiques ont permis une augmentation rapide de la connaissance des gènes, des enzymes et des voies diterpéoïdes-métaboliques. Cependant, la complexité structurelle des diterpénoïdes et la répartition taxonomique étroite des composés individuels chez souvent une seule espèce demeurent des facteurs contraignants pour leur production efficace. La disponibilité d’un plus large éventail d’enzymes métaboliques fournit maintenant des ressources pour produire des diterpénoïdes dans des titres et une pureté suffisantes pour faciliter une étude plus approfondie de cet important groupe de métabolites. S’appuyant sur des outils établis pour la coexpression des enzymes microbiennes et végétales, nous présentons un protocole facile à actionnaliser et personnalisable pour la production enzymatique de diterpénoïdes dans Escherichia coli ou Nicotiana benthamiana, et la purification des produits désirés par chromatographie de silice et HPLC semi-préparatif. En utilisant le groupe de maïs (Zea mays) diterpénoïdes de dolabralexine comme exemple, nous soulignons comment des combinaisons modulaires d’enzymes de synthase diterpene (diTPS) et de cytochrome P450 monooxyase (P450) peuvent être utilisées pour générer différents échafaudages diterpénoïdes. Les composés purifiés peuvent être utilisés dans diverses applications en aval, telles que des analyses structurelles métabolites, des études de structure-fonction enzymatique, et des expériences de bioactivité in vitro et dans des expériences de bioactivité planta.
Les diterpénoïdes constituent un groupe chimiquement diversifié de plus de 12 000 produits naturels polycycliques à 20 carbonequis sont essentiels dans de nombreux organismes1. Les champignons et les plantes produisent la plus grande diversité de diterpénoïdes, mais il a également été démontré que les bactéries forment des diterpénoïdes bioactifs (voir les avis2,3,4,5). Enracinés dans leur grande diversité structurelle, les diterpénoïdes remplissent une multitude de fonctions biologiques. Quelques diterpénoïdes, tels que les hormones de croissance gibberellin, ont des fonctions essentielles dans les processus de développement5. Cependant, la majorité des diterpénoïdes servent de médiateurs de la défense chimique et des interactions interorganismales. Parmi ceux-ci, les acides de résine de diterpene dans la défense de parasites et d’agents pathogènes des arbres de conifères et des mélanges spécifiques d’espèces des diterpénoïdes antimicrobiens dans les principales cultures vivrières telles que le maïs (Zea mays) et le riz (Oryza sativa) ont été le plus largement étudié6,7. Ces bioactivities fournissent un riche dépôt chimique pour des applications commerciales, et certains diterpénoïdes sont utilisés comme produits pharmaceutiques importants, additifs alimentaires, adhésifs, et d’autres bioproduits de la vie quotidienne moderne8,9 ,10. Pour faire avancer la recherche sur la diversité naturelle et les fonctions biologiques des diterpénoïdes et, en fin de compte, promouvoir des applications commerciales plus larges, des outils pour la préparation rentable de composés purs sont nécessaires. L’isolement à grande échelle des matières végétales a été établi pour quelques bioproduits diterpénoïdes, tels que les acides de résine de diterpene qui sont produits comme sous-produit de l’industrie des pâtes et papiers8. Cependant, l’accumulation de diterpénoïdes dans seulement des tissus spécifiques et sous une réglementation stricte par des stimuli environnementaux limite souvent l’isolement des quantités suffisantes de produits du producteur naturel2. En outre, la complexité structurelle des diterpénoïdes entrave leur production par la synthèse chimique, bien que de telles approches aient été couronnées de succès dans plusieurs cas11,12. Avec la disponibilité des technologies génomiques et biochimiques avancées, les plates-formes de production enzymatiques ont gagné l’attention croissante pour produire une gamme de composés diterpénoïdes (voir les revues13,14, 15,16,17,18).
Tous les ténuodes, y compris les diterpénoïdes, sont dérivés de deux précurseurs isopréoïdes isomeriques, d’isopentenyl diphosphate (IPP) et de diméthylallyl diphosphate (DMAPP)19 qui, à leur tour, sont formés par le mévalonate (MVA) ou le méthylerythritol-5-phosphate (MEP) voie. La biosynthèse terpénoïde se poursuit à travers la voie mep dans les bactéries et la voie MVA chez les champignons, tandis que les plantes possèdent un MVA cytosolique et une voie plastique MEP, avec ce dernier étant la voie principale vers la formation diterpénoïde20. La condensation de l’IPP et du DMAPP par prenyl transferases donne le précurseur central de 20 carbone à tous les diterpénoïdes, le diphosphate geranylgeranyl (GGPP)20. En aval de la formation GGPP, deux familles d’enzymes, les synthases terpènes (TPS) et les monooxygénases cytochromes P450 (P450) contrôlent en grande partie la formation de la vaste diversité chimique du métabolisme terpénoïde21,22. Les synthases de Diterpene (diTPsS) catalysent la cyclisation et le réarrangement commis de la carbocation-conduite de GGPP pour former divers bi-, poly-, ou macro-cycliques d’échafaudage de diterpene de carbocation commis pour former divers échafaudages de diterpène stéréospécifiques de bi-, poly-, ou macro-cycliques1,3,23, 24. L’oxygénation et la décoration fonctionnelle de ces échafaudages sont ensuite facilitées par les enzymes P450 et sélectionnez d’autres familles d’enzymes22,25. Les TPS et les P450 existent généralement en tant que familles multigènes spécifiques aux espèces qui peuvent former des réseaux biosynthétiques modulaires, où la combinaison de différents modules d’enzymes le long d’un plan commun permet la formation d’un large éventail de composés2, 26. La découverte rapide d’enzymes fonctionnellement distinctes opérant dans des voies terpénoïdes modulaires au cours des dernières années a fourni des possibilités d’expansion pour leur utilisation comme une liste de pièces polyvalentes pour l’ingénierie métabolique des voies partielles ou complètes dans plates-formes de production microbiennes et végétales. Par exemple, la levure (Saccharomyces cerevisiae) a été appliquée avec succès à l’ingénierie des voies multi-enzymes pour la fabrication de bioproduits terpénoïdes, tels que le médicament antipaludique artémisinine27, les biocarburants sesquiterpenoid bisabolene et farnesene28, mais aussi sélectionner les diterpénoïdes29,30,31. De même, des plates-formes Escherichia coli conçues pour la fabrication à l’échelle industrielle ont été créées pour quelques métabolites diterpénoïdes, y compris le taxol précurseur taxadène taxadène utilisé comme médicament anticancéreux et l’alcool diterpene, sclareol , utilisé dans l’industrie des parfums13,32,33,34. Les progrès dans les technologies de génie génétique et de transformation ont également rendu les systèmes d’hôtes végétaux de plus en plus viables pour la production de produits naturels végétaux9,14,35,36. En particulier, le proche parent du tabac, Nicotiana benthamiana, est devenu un châssis largement utilisé pour l’analyse des voies terpénoïdes et l’ingénierie, en raison de la facilité de la transformation Agrobacterium-négociéde multiples combinaisons de gènes , biosynthèse efficace des précurseurs endogènes, et biomasse élevée14,35,36.
En nous appuyant sur ces plates-formes établies pour la biosynthèse terpénoïde, nous décrivons ici des méthodes faciles à utiliser et rentables pour la production enzymatique de diterpénoïdes et la purification de composés uniques. Les protocoles présentés illustrent comment les plates-formes E. coli et N. benthamiana conçues pour la biosynthèse améliorée des précurseurs diterpénoïdes peuvent être utilisées pour l’expression combinatoire de différentes enzymes diTPS et P450 pour générer composés diterpénoïdes désirés. L’application de ce protocole pour produire et purifier les diterpénoïdes structurellement différents est montrée par exemple de diterpénoïdes spécialisés à partir de maïs (Zea mays), appelés dolabralexins, biosynthèse endogène dont recrute deux diTPS et un P450 Enzyme. La purification de différentes dolabralexines allant des olefins aux dérivés oxygénés est alors réalisée en combinant l’extraction d’entonnoir séparatif avec la chromatographie à grande échelle de colonne de silice et la chromatographie liquide à haute pression préparative (HPLC). Les protocoles décrits sont optimisés pour la production de diterpénoïdes, mais peuvent également être facilement adaptés pour les classes terpénoïdes connexes, ainsi que d’autres produits naturels pour lesquels des ressources enzymatiques sont disponibles. Les composés produits à l’aide de cette approche conviennent à diverses applications en aval, y compris, sans s’y limiter, la caractérisation structurelle par l’analyse de résonance magnétique nucléaire (RMN), l’utilisation comme substrats pour les études fonctionnelles enzymatiques, et une gamme de tests de bioactivité.
Une étude et une application plus larges des produits naturels diterpénoïdes nécessitent des protocoles simples et peu coûteux pour synthétiser et purifier des quantités suffisantes de composés désirés. L’augmentation rapide du nombre d’enzymes diterpénoïdes-métaboliques disponibles à partir d’un large éventail d’espèces fournit maintenant un inventaire expansif pour la production enzymatique de diterpénoïdes à l’aide de systèmes d’hôtes microbiens et à base de plantes. En outre, l’architecture modulaire de nombreuses voies diterpénoïdes permet l’utilisation d’enzymes de la même espèce ou différentes dans les approches d’ingénierie combinatoire ‘plug and play’ pour générer un éventail de naturels et de nouveaux diterpenoid naturels produits2,14,26,35.
E. coli est un hôte microbien privilégié pour la biosynthèse des produits naturels en raison de sa robustesse, de sa facilité d’évolutivité, de sa complexité chimique limitée pour la contamination par les sous-produits réduits et de la richesse des outils disponibles pour l’assemblage et l’expression de l’ADN. Optimisation. D’après notre expérience, la plate-forme décrite ici est bien adaptée pour produire des rendements de produits allant jusqu’à plusieurs centaines de mg d’olefines et d’alcools diterpènes, ce qui convient à de nombreuses applications en aval, y compris celles proposées ici. Bien que ne répondant pas à l’échelle industrielle, la plate-forme de production décrite ici peut servir de base pour l’optimisation de la voie, de l’hôte et de la fermentation, comme cela a été démontré avec succès pour les diterpénoïdes connexes tels que le taxadène et le sclareol33 ,34. La surexpression des gènes de voie MVA ou MEP limitant le taux a été établie avec succès pour surmonter les facteurs limitant le rendement de la biosynthèse diterpénoïde, tels que l’approvisionnement insuffisant en précurseurs et le flux de précurseurs dans des voies concurrentes13, 32,33,39. Bien que prouvé succès dans plusieurs études, une mauvaise expression et l’activité catalytique de l’eucaryotique eucaryotique terpénoïde-métabolique P450s et d’autres enzymes membranaires dans E. coli est un facteur limitant probable33,39 ,48,49,50,51,52. L’utilisation de séquences optimisées en codon et de modifications protéiques, telles que l’élimination du peptide du signal réticulum endoplasmique ou l’introduction d’un peptide de signal plastidial, se sont avérées utiles pour augmenter l’expression soluble P45014,38 ,49,50,53. De telles modifications ont également été utilisées pour la coexpression microbienne du maïs CYP71Z1839 utilisé comme voie d’exemple dans cette étude. Les protocoles décrits sont basés sur l’utilisation de plasmides porteurs d’un ou deux gènes par construction, tous sous le même promoteur inductible. Lorsque des combinaisons de gènes à plus grande échelle sont souhaitées, il est conseillé d’utiliser diverses cassettes multigènes ou systèmes d’empilement de gènes disponibles pour atténuer l’efficacité réduite de la transformation et la croissance de la culture en raison de l’utilisation de plasmides multiples et d’antibiotiques13 .
Avec la plus grande disponibilité des ressources génétiques et génomiques, les systèmes d’hôtes végétaux deviennent également de plus en plus adaptés à la fabrication de produits naturels. Les avantages incluent la capacité des plantes à produire les précurseurs naturels requis alimentés par la photosynthèse, permettant ainsi la formation de produits sans avoir besoin de compléter les molécules précurseurs54,55. N. benthamiana est déjà largement utilisé pour la caractérisation fonctionnelle in vivo et l’expression combinatoire des voies terpénoïdes et autres produits naturels14,35,36,40 . Les avantages notables de l’utilisation de N. benthamiana comme système hôte comprennent la production endogène de précurseurs diterpénoïdes, l’utilisation de séquences génétiques indigènes, l’expression simplifiée des P450 eucaryotes, la facilité de la transformation des gènes combinatoires (comme antibiotiques distincts ne sont pas nécessaires pour la co-transformation transitoire), et l’extraction simple des produits cibles à partir de matière folique. Au besoin, la production de diterpénoïdes peut être améliorée par la co-expression des gènes clés de la voie des PEOAux pour augmenter l’offre de précurseurs36,41. Les contraintes pour la production évolutive de diterpénoïdes à N. benthamiana sont plus complexes par rapport aux cultures microbiennes liquides en raison de la nécessité de produire suffisamment de biomasse végétale, de purification de produits à forte intensité de main-d’œuvre à partir de produits chimiquement complexes. tissu végétal, et possible métabolisation indésirable des produits cibles par, par exemple, l’oxydation, la glycosylation ou la déphosphorylation par des enzymes endogènes36,43,44,45 ,46,47. Cependant, cette procédure peut être étendue jusqu’à mg quantités de produits en augmentant le nombre de plantes utilisées pour l’agroinfiltration56.
Les protocoles d’extraction et de purification des produits décrits ici sont compatibles avec E. coli et N. benthamiana, ainsi que S. cerevisiae et d’autres systèmes d’hôtes végétaux ou microbiens, et offrent une approche rentable et facile à dans les laboratoires de biologie et de chimie et ne nécessite pas d’équipement de purification coûteux. L’extraction de métabolite à l’aide d’un entonnoir séparatiste est bien adaptée pour une extraction efficace et une séparation de phase avant la purification chromatographique. Les tailles d’entonnoir peuvent être facilement ajustées pour permettre de plus grands volumes de culture et de réduire le temps expérimental nécessaire pour extraire de grandes cultures. Nous avons trouvé l’utilisation d’un gradient d’acétate d’hexane/éthyle idéal pour extraire des diterpénoïdes de polarité différente comme démontré ici pour le groupe de dolabralexins qui comprennent à la fois les hydrocarbures et les composés oxygénés (figure 3). Selon les propriétés des produits cibles, d’autres mélanges de solvants peuvent être avantageux. Cependant, les solvants ne doivent pas être miscibles avec de l’eau pour assurer une extraction réussie et la séparation de phase en utilisant la technique d’entonnoir séparateur. En outre, la perte de produit par évaporation doit être prise en compte lors de l’utilisation de cette approche pour la production de composés organiques volatils (COV), tels que les mono- et sesqui-terpénoïdes de poids moléculaire inférieur et d’autres COV. La séparation chromatographique des diterpénoïdes de différents niveaux d’oxygénation à l’aide d’une colonne de silice à plus grande échelle (no 2 L) a été avantageuse dans notre expérience, car elle offre une meilleure séparation des produits et minimise le besoin de purification itérative étapes lors de l’utilisation de plus petits volumes de colonnes. Les volumes de colonnes et les matrices peuvent être ajustés au besoin pour le volume de culture désiré et le type de produit naturel. La pureté des produits cibles qui peuvent être atteints à l’aide de ce protocole convient à de nombreuses applications en aval, telles que les essais de bioactivité ou pour une utilisation dans les analyses d’activité enzymatiques. Cependant, lorsque des niveaux de pureté plus élevés sont nécessaires, tels que des analyses structurelles via la RMN, la pureté du produit peut être efficacement améliorée par une purification supplémentaire à l’aide (semi)-préparative HPLC.
Ce protocole décrit ici a été optimisé pour la production de produits naturels diterpénoïdes, mais peut également être facilement personnalisé aux mono-, sesqui- et tri-terpénoïdes connexes, aussi bien que d’autres classes de produits naturels simplement en générant l’enzyme désirée modules pour l’expression combinatoire14,57. Cependant, des modifications des procédures d’extraction et de purification des produits doivent être prises en considération pour les composés à plus forte volatilité, tels que les mono- et sesqui-terpénoïdes, ou une plus grande polarité et modification fonctionnelle comme l’illustre glycosylation de beaucoup de triterpénoïdes, phénylpropanoids, et d’autres classes naturelles de produit.
Bien que des plates-formes à l’échelle industrielle pour la fabrication de produits naturels soient disponibles, les protocoles décrits ici offrent un outil peu coûteux et personnalisable qui peut être facilement mis en place dans la plupart des laboratoires. Comme l’a démontré la production de dolabralexins de maïs ici et ailleurs39, les quantités de produits et la pureté qui peuvent être réalisées en utilisant cette approche sont généralement suffisantes pour faciliter diverses analyses et utilisations en aval, y compris, mais pas diverses études sur la bioactivité, l’analyse des interactions entre organismes, ainsi que l’utilisation comme substrat enzymatique ou comme matériau de départ pour les approches de semi-synthèse.
The authors have nothing to disclose.
Nous remercions le Dr Reuben Peters (Iowa State University, Usa) d’avoir fourni les constructions pIRS et pGGxZmAN2. Soutien financier pour ce travail par le NSF Plant-Biotic Interactions Program (subvention 1758976 à P.Z.), le Programme de recherche sur les carrières précoces du DOE (subvention DE-SC0019178 à P.Z.), le Programme conjoint de sciences communautaires de l’Institut du génome du DOE (subvention CSP2568 à P.Z.), le FNS Le Programme de bourses de recherche des diplômés (à K.M.M.) et la bourse de mentorat du doyen de l’UC Davis (à K.M.M.) sont reconnaissants.
1020 Trays | Greenhouse Megastore | CN-FLHD | |
2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid | Sigma | M8250-500g | MES |
4" Tech Square Pot | McConkey Wholesale Grower's Supply | JMCTS4 | |
5977 Extractor XL MS | Agilent | – | |
7890B GC | Agilent | – | |
Acetonitrile | Sigma | 271004 | |
Agar | Fisher | BP1423-2 | |
Bacterial yeast extract | Fisher | BP9727-2 | |
Beaker | CTechGlass | BK-2001-015B | |
Cap, 9 mm blue screw, PFTE | Agilent | 5185-5820 | GC vial cap |
Carbenicillin | Genesee | 25-532 | Carb |
Chloramphenicol | Fisher | 50247423 | Chlor |
Chromatography column | CTechGlass | CL-0015-022 | |
Clear humidity dome | Greenhouse Megastore | CN-DOME | |
ColiRollers Plating Beads | Sigma | 71013 | Glass beads |
CoorsTek Porcelain Mortars | Fisher | 12-961A | mortar |
CoorsTek Porcelain Pestles | Fisher | 12-961-5A | pestle |
Delta-Aminolevulinic acid hydrochloride | Sigma | 50981039 | Aminoleuvolinic acid |
Ethanol | Fisher | A962-4 | EtOH |
Ethyl acetate | Fisher | E1454 | |
Falcon 50 mL Conical Centrifuge Tubes | Fisher | 14-432-22 | Falcon tubes |
Fisherbrand Disposable Cuvettes | Fisher | 14-955-127 | cuvette |
Fisherbrand Petri Dishes with Clear Lid | Fisher | FB0875713 | petri dish |
Fisherbrand Polypropylene Microtube Storage Racks | Fisher | 05-541 | microtube rack |
Glucose | Sigma | G7021 | |
Glycerol | Fisher | G33-500 | |
Hexanes | Fisher | H292-4 (CS) | |
HP-5MS | Agilent | 19091S-433 | GC column |
Inlet adapter | CTechGlass | AD-0006-003 | glass inlet adapter |
Isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside | Fisher | BP1755-100 | IPTG |
Kanamycin | Fisher | BP9065 | Kan |
KIM-KAP Caps, Disposable, Polypropylene, Kimble Chase | VWR | 60825-798 | breathable test tube lids |
Magnesium chloride | Acros | 223210010 | MgCl2 |
Magnesium sulfate | Sigma | M7506-500g | MgSO4 |
Miracle-Gro Water Soluble All Purpose Plant Food | Miracle-Gro | 2756810 | |
Mixer Mill MM 200 | Retsch | 20.746.0001 | tissue mill |
Nalgene Fernbach culture flask | Sigma | Z360236 | 2.8 L flask |
New Brunswick I26 | Eppendorf | M1324-0000 | Shaking incubator |
Nicotiana benthamiana seed | USDA Germplasm Repository | Accession TW16 | N. benthamiana |
OverExpress C41(DE3) Chemically Competent Cells | Lucigen | 60442 | C41-DE3 cells |
Parafilm M wrapping film | Fisher | S37440 | Parafilm |
Potassium chloride | Sigma | P-9541 | KCl |
Potassium phosphate dibasic anhydrous | Fisher | P288-3 | Dipotassium phosphate |
Potassium phosphate monobasic | Monopotassium phosphate | ||
Pyrex disposable culture tubes, rimless | Sigma | CLS9944516 | test tubes |
Pyruvate Acid Sodium Salt | Fisher | 501368477 | Sodium pyruvate |
Retort Ring Stands | CTechGlass | ST00 | ring stand |
Riboflavin | Amresco | 0744-250g | |
Rifampicin | Sigma | R7382 | Rif |
Rotovap | |||
Sand, 50-70 mesh particle size | Sigma | 274739-1KG | |
Silica | Fisher | AC241660010 | silica gel |
Sodium chloride | Fisher | 5271-3 | NaCl |
Sodum hydroxide | Fisher | SS266-1 | NaOH |
Spectinomycin | Fisher | 501368607 | Spec |
Squibb Separatory Funnel | CTechGlass | FN-1060-006 | Separatory funnel |
Sunshine Mix #1 | Sungro Horticulture | Potting soil | |
Thermo Scientific Snap Cap Low Retention Microcentrifuge Tubes | Fisher | 21-402-902 | microtube |
Triangle funnel | CTechGlass | FN-0035 | funnel |
Tryptone | Fisher | BP14212 | |
Vial, screw, 2 mL, amber, WrtOn | Agilent | 5182-0716 | GC vial |
visible spectrophotometer, V-1200 | VWR | 634-6000P | spectrophotometer |
ZORBAX Eclipse XDB-C18 | Agilent | 990967-202 | HPLC column |
ZORBAX Eclipse XDB-CN | Agilent | 990967-905 | HPLC column |