マウスの神経幹細胞と脳における5-ヒドロキシメチルシトシンの検出

DNA修飾、ヒストン修飾およびRNA修飾を含むエピジェネティック修飾は、多様な生物学的プロセスおよび疾患1、2、3において重要な機能を果たすることが示されている。^4,5,6,7.長い間、DNAメチル化(すなわち、5-メチルサイトシン(5-mC))は、非常に安定なエピジェネティックマーカーと見なされており、ゲノム内で更に改変することはできません。最近では、TET1、TET2、TET3^8、9を含むTET(11-11転座)ファミリータンパク質により、5-ヒドロキシメチルシトシン(5-hmC)に5-mCを酸化することができることが分かっています。さらなる研究は、5-hmCが安定したマーカーとして機能し、遺伝子発^{現4、10、11、12}を調節することにより生物学的役割を果たすことができることを示しています。

本示の証拠は、5-hmCが哺乳動物の他のタイプの組織に対して神経組織/細胞において非常に濃縮され、神経^{発達13、14}の間に動的特徴を示すことを示している。神経系では、5hmC媒介エピジェネティック修飾は、神経幹細胞、神経活動、学習および記憶を調節する上で重要な役割を果たし、レット症候群、自閉症、アルツハイマー病を含む複数の神経疾患に関与している。病気、ハンチントン病等 2^,13^{,15,16,17,18,19,20}.

細胞および組織の5-hmCを検出するためのいくつかのアプローチがあります^14,21,22^,23,24.ここでは、5hmCの存在を検出し、5-hmCのグローバルレベルを定量化する2つの方法について述べています:免疫蛍光染色とDNAドットブロット。これらの2つの方法は便利で敏感であり、以前の研究25、26、27、28、29、30で正常に使用されている。これら2つの方法の重要なステップは、DNAの脱彩化です。5-hmCの免疫蛍光染色のためには、1M HClを有する試料の前処理が必要である。5hmCドットブロットの場合、DNAの退化はNaOH溶液で行われます。これらの2つの方法と次世代シーケンシングは、5-hmCの機能を調るための非常に有用なツールです。