水生生態系における有機炭素流の新しい経路を明らかにするトレーサーとしての蛍光標識細菌

ヘテロ栄養原核生物は、水生系における重要な生物学的成分であり、プランクトンバイオ^{マス1、2、3}のかなりの部分を占める。その豊富さ、多様性、および活動を制御する要因は、生物地球化学的サイクリング(すなわち、有機炭素およびその他の栄養素の運命と原核生物から高い栄養レベルへのエネルギーの流れ)におけるその役割を理解するために重要です。原生動物の放牧は、これらの重要な要因の一つです。異種栄養性ナノフラグラテスおよび毛様体の細菌学は、原核生物の豊富さ、コミュニティ機能、構造、多様性、さらには特定の細菌群の細胞形態および増殖速度に対して強力なトップダウン制御を課^{す4、 5,6}.いくつかのシステムでは、プロティストは細菌^{死亡率6、7}の主な原因として機能します。

現在しばらく使用されている原生菌を評価するために使用される標準的なアプローチは、蛍光標識細菌(FLB)を獲物類似体および上蛍光顕微鏡として使用することを含む。細胞特異的取り込み速度は、選択した^{時間経過8}にわたってプロテチスタン食品真空中の標識された獲物粒子の数を定量化することによって決定することができる。この方法にはいくつかの利点があります。トレーサーは、自然の捕食者と獲物の組み立てと自然なサンプルに追加されます。インキュベーションの前に最小サンプル操作、追加されたFLBトレーサーによる最小サンプル改変、およびインキュベーション時間は、その中で近い条件下で得られる音の結果を確実にするために短いです。あるいは、細菌性プロティストや動物プランクトンの数が少ない環境(例えば、沖合の海洋システム)では、低量(2%-3%トレーサー)でサンプルに添加されたFLBの消失率は、長期(12-24時間)のフローサイトメトリーを介して検出することができる。インキュベーション実験。次に、始点と終点におけるFLBの数(すべての細菌の影響を統合する)は、フローサイトメトリーによって定量される(詳細については、前の^出版物9を参照)。しかし、このようなパラメータは、特定のプロチスタンおよび動物プランクトン放牧者群または種に直接起因することができない総集約細菌学率のみを表す。

全体的に、水生環境におけるプロテスタン種または形態型特異的細菌死亡率を正確かつ生態学的意味で定量化することは困難であり得る。一部のプロティストは選択的な放牧者であり、追加されたFLBトレーサーの大きさおよび細胞形状は、獲物摂取の自然な速度を歪める可能性^{がある10、11。}さらに、プロティスタン活性と代謝は非常に温度^感受性12である。したがって、追加されたFLBトレーサーの量は、個々のサンプルタイプごとに慎重に操作する必要があります(細菌の自然な豊富さ、大きさ、形態、細菌の種類だけでなく、温度にも基づいて)。ほとんどの研究は、バルクプロテスタン放牧活性に焦点を当てています。しかしながら、特定のプロテスタン種の細菌学は、多くの場合、はるかに高い情報値を保持し、好ましい場合があります。この場合、サンプル中に存在するプロチスト種の分類知識と、その挙動を理解する必要がある。したがって、特定のプロテスタン属または種に起因する細菌類の細菌学的割合に関する健全な結果を得るためには、かなりの時間と労力が必要である。

これらの困難にもかかわらず、このアプローチは、自然な設定で前腺細菌を評価するために現在利用可能な最も適切なツールのままです。ここでは、水生微生物生態学研究のトレーサーとしてFLBを使用するための包括的で簡単に従う方法です。アプローチの前述の問題のある側面のすべてを説明し、改善されたワークフローが説明され、対照的な環境からの2つの実験だけでなく、対照的なシリアート種を例として説明する。

最初のケーススタディは、チェコ共和国のメソトロフィック・ジモフ水溜所からエピリムネティック環境で行われ、ほとんどの表面淡水体に匹敵する放牧者と細菌の豊富さを示した(cf.^5,7)。第2のケーススタディは、両方の放牧ミキシック性毛様の非常に高い数を有する水生肉食植物ウトリピア反射のトラップ内の非常に特異的な環境で行われた(テトラヒメナutriculariae)と細菌細胞。両方のサンプルタイプの細胞特異的放牧率と細菌スタンディングストックの計算が示されています。その後、結果の生態学的解釈の範囲が議論され、可能なフォローアップ研究の例が最終的に提案されます。