Hier presenteren we een protocol voor het effectief en specifiek afbreken van een eiwit van belangstelling voor de gist Saccharomyces cerevisiae met behulp van het β-est hulpsysteem.
De plant auxine binding receptor, TIR1, herkent eiwitten die een specifiek auxineontbrandbaar degron (hulp) motief in aanwezigheid van auxine bevatten, gericht op afbraak. Dit systeem wordt geëxploiteerd in veel niet-plantaardige eukaryoten, zodat een doelwit eiwit, getagd met het hulp motief, wordt afgebroken op auxin Surgery-aanvulling. Het niveau van TIR1 expressie is essentieel; overmatige expressie leidt tot afbraak van het met hulp gelabelde eiwit, zelfs bij afwezigheid van auxine, terwijl lage expressie leidt tot langzame uitputting. Een β-Estradiol-indugbaar hulpsysteem werd gecreëerd, met een expressie van TIR1 onder de controle van een β-Estradiol-induceerbaar promotor. Het niveau van TIR1 is instelbaar door het tijdstip van incubatie met β-Estradiol voor auxin Surgery te veranderen. Dit protocol beschrijft hoe snel een doel proteïne uit te putten met behulp van het hulpsysteem. De juiste incubatietijd van β-Estradiol is afhankelijk van de overvloed van het doeleiwit. Daarom is een efficiënte uitputting afhankelijk van een optimale timing die ook auxin-onafhankelijke depletie minimaliseert.
Voorwaardelijke mutaties, zoals temperatuurgevoelige mutanten, zijn een krachtig hulpmiddel voor de studie van essentiële eiwitten, waardoor celgroei onder de permissieve toestand mogelijk is, maar het verlies van functie onder niet-permissieve omstandigheden veroorzaakt. Echter, celmetabolisme kan ernstig worden verstoord door de verandering in de groeiomstandigheden die nodig zijn om het defect te induceren en kan ook het creëren van off-target effecten. Verschillende methoden zijn ontwikkeld, waarin het eiwit van belang is voorwaardelijk afgezonderd1 of de uitdrukking wordt gecontroleerd2,3 door toevoeging van een kleine molecule. Dit protocol gebruikt auxine en het auxin Surgery-inducible degron (hulp) systeem om een doeleiwit efficiënt af te putten.
Het steunstelsel heeft zijn oorsprong in planten, waar een auxine (in dit Protocol van indool-3-azijnzuur (IAA) wordt gebruikt), stimuleert de interactie van het aux/IAA-eiwit met TIR1, een lid van het SCF U3 ubiquitine ligase complex4. SCF complex interactie veroorzaakt polyubiquitination van aux/IAA familie eiwitten, wat resulteert in hun afbraak door het proteasoom5,6.
Dit systeem werd eerder aangepast voor gebruik in de gist Saccharomyces cerevisiae7,8 door het uitdrukken van het TIR1 eiwit van oriza Sativa (ostir) in gistcellen, waar het in staat is om te communiceren met de endogene gist SCF complex. Het eiwit van belang werd getagd met een motief uit de aux/IAA proteïne IAA17 om het te richten op afbraak. Functionele truncaties van IAA17 werden later ontwikkeld, zoals hulp *8,9,10, met het 43 aminozuur auxinegevoelig motief uit Arabidopsis thaliana IAA17, samen met een epitoop tag om in staat te stellen Detectie.
Het systeem dat in eerste instantie is aangepast voor gebruik bij ontluikende gist7, heeft het osTIR1 eiwit van een promotor van gist gal uitgedrukt. Expressie vereist verschuiving naar groeimedium met galactose als de enige koolstofbron, die, helaas, resulteert in een diauxische verschuiving met brede veranderingen in celmetabolisme11. Aan de andere kant is gemeld dat constitutieve uitdrukking van TIR1 kan leiden tot afbraak van het doeleiwit bij afwezigheid van auxine/IAA12 als het uitdrukkings niveau hoog is, terwijl een lage TIR1 expressie inefficiënte uitputting veroorzaakt. Een verbeterd hulpsysteem met de naam β-est AID werd ontwikkeld waarbij de osTIR onder de controle staat van een niet-induceerbaar promotor die geschikt is voor het doeleiwit, met een minimaal effect op het celmetabolisme. Om dit te bereiken, werd een kunstmatige transcriptiefactor (ATF) geconstrueerd waarin de VP16 virale transcriptie Activator wordt samengesmolten tot een oestrogeen receptor en een vier Zn vingers DNA binding Domain (DBD). Wanneer β-Estradiol (een oestrogeen) aanwezig is, kan de ATF de Nucleus binnengaan en ostir-transcriptie induceren door binding aan de promotor (Z4EVpr)13,12.
osTIR expressie is meestal detecteerbaar ongeveer 20 min na toevoeging van β-Estradiol12. Echter, de optimale duur van osTIR expressie om een efficiënte uitputting van het gelabelde eiwit met auxine te bereiken, terwijl het vermijden van uitputting vóór auxine bovendien, moet voor elk doeleiwit empirisch worden bepaald. Een geschatte tijd voor deze pre-incubatie kan worden geschat op basis van overvloed waarden in de database Saccharomyces Genoome (SGD https://www.yeastgenome.org/). Zoals te zien is in Figuur 1, vereist het overvloedige eiwit, Dcp1 (2880 tot 4189 moleculen/cel), 40 min pre-incubatie met β-estradiol, waarbij geen auxine-onafhankelijke depletie is waargenomen. De veel minder overvloedige eiwitten, Prp2 (172 tot 211 moleculen/cel), is sterk uitgeput na slechts 20 min van pre-incubatie. Het is raadzaam om twee extra pre-incubatie tijden te testen, 10 tot 20 minuten voor of na deze initiële geschatte tijd (20 min is de minimumtijd die wordt aanbevolen). De optimale pre-incubatietijd is het tijdstip waarop het doeleiwit niet is uitgeput voordat u auxine toevoegt en wanneer auxine wordt toegevoegd de uitputting is aanvaardbaar of de eiwit niveaus benaderen het mogelijke minimum. Dus, uit Figuur 1b, voor Prp22 met 30 min van pre-incubatie, de niveaus zijn niet veel gedaald 10 min na auxin Surgery aanvulling. Vergeleken met 40 min preincubatie en 15 minuten met IAA, waar er weinig extra uitputting is, is er geen voordeel bij het inbroeren van auxin Surgery langer dan 10 min of pre-incuberen langer dan 30 minuten, met name omdat er aanwijzingen zijn van niet-auxin Surgery afhankelijke uitputting bij 40 min. Voor Dcp1 met 40 min voor incubatie (het laatste punt waarop het eiwitgehalte ongeveer 100% voor auxine is), is 15 tot 20 minuten depletie met auxine aanvaardbaar. Het wordt aanbevolen om de depletie tijd zo kort mogelijk te houden om secundaire effecten op het celmetabolisme te verminderen14.
Dit artikel demonstreert het gebruik van het β-est hulpsysteem door het optimaliseren van de timing van β-Estradiol incubatie voor osTIR expressie om snelle eiwit depletie te bereiken op IAA toevoeging zonder uitputting alvorens auxine toe te voegen.
Een goed geoptimaliseerd protocol kan een snelle en efficiënte uitputting van het doeleiwit opleveren. Het bepalen van de geschatte pre-incubatietijd met β-Estradiol is belangrijk, omdat dit de reproduceerbaarheid van de uitputting verhoogt, maar kleine variaties in de pre-incubatietijd kunnen worden getolereerd. Aan de andere kant, moet voorzichtigheid worden ingenomen met timing na auxine bovendien, als het eiwit niveau daalt zeer snel.
Een voordeel van deze aanpak is dat afgestemde depletie kan worden bereikt door wisselende combinaties van pre-incubatietijd met β-estradiol en IAA incubatietijd. Indien gewenst kan het doeleiwit bijvoorbeeld langzamer worden uitgeput door de pre-incubatietijd te verminderen.
Het β-est hulpsysteem biedt bepaalde voordelen ten opzichte van systemen waar OsTIR constitutioneel wordt uitgedrukt. Als het doeleiwit bijvoorbeeld essentieel is voor de levensvatbaarheid, kan gereguleerde expressie van osTIR voorkomen dat het doeleiwit vroegtijdig wordt uitgeput. Bovendien kan de expressie van osTIR worden afgestemd op de overvloed van het doeleiwit en de gevoeligheid voor afbraak, en de uitputting kan snel of traag zijn. De twee kleine molecuul Effectors, β-estradiol en auxine, niet perturb het gist metabolisme onder de hier gebruikte omstandigheden, in tegenstelling tot rapamycine, gebruikt in het anker-away systeem1.
Opgemerkt moet worden dat het taggen van sommige eiwitten hun functie verstoort, wat een probleem is met een gericht depletie systeem. In dit geval kan een N-Terminal-tag werken wanneer een C-Terminal-tag niet werkt. Ook zullen niet alle eiwitten efficiënt uitgeput raken; de AID-tag op het doeleiwit kan bijvoorbeeld ontoegankelijk zijn voor het osTIR-eiwit. Daarom moet, na het taggen van de hulp, elk doeleiwit worden getest op elk effect van de tag op de groei en om te bepalen of de depletie effectief is, voordat de tijden van de β-Estradiol pre-incubatie en de auxin Surgery-behandeling worden geoptimaliseerd.
Dit hulp * systeem is zeer eenvoudig en is compatibel met elke daaropvolgende experimentele procedure die geen verdere groei met zich meebrengt, zoals eiwit, DNA of RNA-analyse of microscopie. Daarnaast werkt het systeem goed in combinatie met thiolabelling om ontluikende RNA20te zuiveren.
Dit systeem biedt een snelle, specifieke en reproduceerbare manier om een eiwit uit te putten zonder anderszins het metabolisme van de gist cel te beïnvloeden.
The authors have nothing to disclose.
Met dank aan Jane Reid voor het initiëren van dit programma, Barbara Terlouw for Development, Vahid Aslanzadeh voor de “Ura Looper” constructies en Susana de Lucas voor veel nuttige discussies. Dit werk werd gesteund door een beurs voor GIMO van de Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, Mexico (CONACYT) en de Universiteit van Edinburgh school of Biological Sciences, een Wellcome PhD studentship aan IEM [105256] en door Wellcome funding [104648] naar JD Beggs . Het werk in het Wellcome Center for Cell Biology wordt ondersteund door Wellcome kernfinanciering [092076].
Adenine sulphate | Formedium | DOC0230 | |
Agar | Formedium | AGA03 | |
Β-estradiol | Sigma Aldrich | E2758-1G | 10mM solution in ethanol. Store at -20 oC |
DMSO | Alfa Aesar | 42780 | DMSO should be solid at 4 oC |
Glucose | Fisher Scientific | G/0500/60 | |
IAA 1H-Indole-3-acetic acid | Across Orgainics | 122150100 | Auxin analogue. 1.5 M in DMSO. The solution will be a russet colour and darken as time goes on; a deep red solution should be discarded and a new one made. Store at -20 oC. |
Methanol | Fisher Scientific | M/4000/PC17 | CAUTION Toxic and flammable |
Phusion High-Fidelity DNA Polymerase | NEB | M0530 | |
Peptone | Formedium | PEP03 | |
SCSM single drop-out –ura | Formedium | DSCS101 | |
Yeast Extract | Formedium | YEA03 | |
Yeast nitrogen base without amino acids with amonium sulphate | Formedium | CYN0410 |