Drosophila cellijnen zijn belangrijke reagentia voor zowel fundamenteel als biomedisch onderzoek. Dit artikel bevat de protocollen voor ontdooien, subcultuur en cryopreservatie van veelgebruikte Drosophila cellijnen aan onderzoekers helpen om het gebruik van deze reagentia in hun onderzoek op te nemen.
Er zijn momenteel meer dan 160 verschillende Drosophila cellijnen, verspreid door de Drosophila Genomics Resource Center (DGRC). Met genoom engineering, het aantal nieuwe cellijnen naar verwachting toenemen. De DGRC is gericht op onderzoekers vertrouwd met het gebruik van Drosophila cellijnen als een experimentele rol aan te vullen en rijden hun onderzoeksagenda. Procedures voor het werken met een verscheidenheid van Drosophila cellijnen met verschillende kenmerken zijn bestemd, met inbegrip van de protocollen voor ontdooien, kweken en cryopreserving van de cellijnen. Deze publicatie toont nog belangrijker is, de beste praktijken vereist om te werken met Drosophila cellijnen om te minimaliseren van het risico van verontreinigingen uit onvoorziene micro-organismen of uit andere cellijnen. Onderzoekers die vertrouwd te met deze procedures raken zullen kunnen ingaan op de vele toepassingen die gebruikmaken van Drosophila gekweekte cellen, met inbegrip van de biochemie, celbiologie en functionele genomica.
Het gebruik van Drosophila gekweekte cellen aanvulling in vivo vliegen genetische analyse en dient als een primaire onderzoek instrument voor de aanpak van de vele biologische basisvragen1,–2,3. Drosophila cellijnen bieden unieke homogene populaties van cellen afkomstig van verschillende weefsel bronnen met verschillende genetische achtergronden. Cellijnen zijn geschikt voor vele toepassingen, met inbegrip van transgene genexpressie, genomics, transcriptomics, proteomica, metabolomica, hoge doorvoer RNA interferentie (RNAi) schermen, celbiologie en microscopie. Nog belangrijker is, vergemakkelijkt het gebruik van de cultuur van de cel van de Drosophila de karakterisatie van de onmiddellijke stoffelijke antwoorden op bekende stimuli. Bovendien, de cultuur van de cel van de Drosophila is vatbaar voor CRISPR-Cas9 genoom editing, waardoor het relatief gemakkelijk te maken van nieuwe cellijnen met specifieke genoom wijzigingen4,5,6, 7.
De Drosophila Genomics Resource Center (DGRC) fungeert als een repository en distributie centrum voor Drosophila cellijnen. Een van de doelstellingen van de DGRC is bij leden van de onderzoeksgemeenschap in Drosophila cel cultuur bronnen gebruiken. Dit artikel presenteert fundamentele protocollen voor het hanteren van Drosophila cellijnen. Het is een aanvulling op bestaande middelen om te helpen de onderzoekers zich comfortabel met de behandeling van Drosophila celculturen en het bereiken van een mate van onafhankelijkheid in hun experimenten1,2,,8,9 ,10.
De meest gebruikte Drosophila cellijnen zijn: Schneider lijnen11, Kc16712, Mitsubishi/Miyake imaginaire disc en het centrale zenuwstelsel (CNS) lijnen13,14, Milner laboratorium imaginaire schijf lijnen 15, de volwassen ovariële cel lijnen16,17, en het Ras lijnen18 (tabel 1). De Schneider en Kc167 lijnen zijn algemene all-purpose cellijnen voor gebruik in de biochemie, recombinante transgene genexpressie en omgekeerde genetische schermen. De Mitsubishi/Miyake laboratorium (ML) regels zijn afgeleid uit de larvale imaginaire schijven of het centrale zenuwstelsel (CNS) en ze zijn nuttig voor studies met betrekking tot neurosecretion, transcriptieregulatie en RNA verwerking. De regels van de schijf Milner (CME) is belangrijk voor de studie van signaaltransductie geweest. De fGS/OSS cellijnen afgeleid van mutant volwassen eierstokken blijven belangrijke reagentia te bestuderen van de gevolgen van niet-coderende kleine RNA biologie in geslachtscellen onderhoud en differentiatie17,19. Tot slot, de lijnen van het Ras zijn uniek omdat deze cellijnen afgeleid van embryo’s ectopically het uitdrukken van de Ras-oncogen. Ze hebben de transcriptionele ondertekening van spiercellen voorloper en actieve piRNA machines20spreekt. Recente review artikelen en boek hoofdstukken dekken de toepassingen van deze populaire cellijnen met meer details2,–3,9.
Alle deze cellijnen worden overgeënt en bevroren. Er zijn lichte, maar belangrijk verschillende eisen voor hoe elke cellenvariëteit wordt onderhouden en cryopreservatie voorbereid. Bijvoorbeeld, vereisen verschillende cellijnen verschillende media en supplementen (tabel 1). De regels verschillen ook de naleving van de oppervlakte-eigenschappen, morphologies (Figuur 1 en Figuur 2), genotype en verdubbeling tijd (tabel 2). Wij presenteren fundamentele protocollen en markeer de unieke verschillen voor de behandeling van de verschillende gebruikte Drosophila cellijnen.
Drosophila celculturen zijn primaire reagentia voor hoge doorvoer cel-gebaseerde schermen. Hun gebruik vult ook in vivo genetisch onderzoek door middel van een homogene bevolking van cellen geschikt voor Biochemie, snelle van transgene constructies vóór het injecteren in vliegen, celbiologie, microscopie en meer recentelijk somatische cel genetische testen manipulaties door genoom1,2,3,8,9,10te bewerken.
De levensvatbaarheid en de invordering van bevroren Drosophila cellen is kwetsbaar voor schommelingen van de drastische zelfs bij lage temperaturen. De DGRC vervoert ze in droog ijs (-78.5 ° C) en bevroren cellijnen worden opgeslagen in de vloeibare fase van N2 (196 ° c.). Bevroren stimulatiedosis die in droog ijs zijn vervoerd moeten niet worden overgedragen terug in vloeistof N2 of een vriezer-80 ° C voor opslag. In plaats daarvan moeten de bevroren cellen ontdooid, reseeded op een hoge celdichtheid zo spoedig mogelijk bij aankomst (protocol sectie 1) en gekweekte voor hun beoogde doeleinden (protocol sectie 3). Als de cellijnen zijn niet onmiddellijk wordt gebruikt voor experimenten, de cel lijnen moeten worden cryopreserved (protocol sectie 6) totdat ze klaar voor gebruik zijn.
Sommige cellijnen, zoals de ML-BG2-c2 en Ras moeten enkele dagen om te herstellen van de gevolgen van het uit de cryopreserved staat nieuw leven wordt ingeblazen. Een aanzienlijke hoeveelheid cellulaire puin begeleidt deze cellijnen de eerste paar dagen na het ontdooien. Ongemoeid gelaten, zal de cellen herstellen en vermenigvuldigen. Vele Drosophila cellijnen op de DGRC zijn aangepast om te groeien in M3 gebaseerd media22. Voor cellijnen die traag om te herstellen van de gevolgen zijn van het ontdooien, kan het gebruik van geconditioneerde media nuttig zijn. Geconditioneerde media waarschijnlijk bevatten groeifactoren uitgescheiden door de cellen in de media die het herstel en de proliferatie van de cellen na het ontdooien stimuleren kan.
Cellijnen in het algemeen volgen een stereotiepe groeicurve, bestaande uit een fase lag, exponentiële fase, plateau fase en een verslechtering van de fase. Vele Drosophila cellijnen vermenigvuldigen in de log-fase van groei wanneer ze worden gekweekt op een dichtheid tussen 1 x 106 en 1 x 107 cellen/mL bij 25 ° C. Het is essentieel dat cellijnen zijn gepasseerd, zodanig dat zij altijd in de exponentiële groeifase zijn.
De samenvloeiing van een cultuur, uitgedrukt als een percentage, beschrijving van de oppervlakte van de groei die wordt gedekt door cellen. Samenvloeiing van de cel voor een cellijn hangt af van de cel vorm en grootte. Verschillende cellijnen beschikken over verschillende morphologies en naleving van eigenschappen. Dientengevolge, wellicht verschillende cellijnen aan ongeveer vergelijkbaar samenvloeiing enorm verschillende celdichtheid (Figuur 1). Cultuur samenvloeiing kan niet worden een ideale indicator voor passaging van Drosophila celculturen omdat Drosophila cellijnen vermenigvuldigen blijven hetzij door stapelen op de top van elkaar als foci of in suspensie, zelfs nadat het oppervlak van de groei is geweest overdekte (Figuur 1). Echter, gebruikers ervaren met specifieke cellijnen kunnen gebruiken vaak samenvloeiing als een snelle visuele gids voor wanneer naar de subcultuur.
Hoewel het is mogelijk om te groeien van Drosophila lijnen op ambient RT tussen 19−25 ° C, is het niet aanbevolen omdat schommelingen van de omgevingstemperatuur van invloed kunnen zijn op de proliferatie tarief. Het gebruik van een speciale 25 ° C incubator is aanbevolen. De incubator voor Drosophila celculturen hoeft niet te vergemakkelijken van CO2 gasuitwisseling omdat Drosophila cel voedingsbodems gebruik geen CO2 voor het bufferen. De vochtigheid in de incubator voor het kweken van cellijnen is een belangrijke factor niet te vergeten bij het kweken van cellen in platen. Afhankelijk van het type op incubator en het arbeidsmilieu te bevorderen, het mogelijk moet plaats een bekerglas steriel water binnen de incubator. U wilt minimaliseren media verdamping, gesloten T-kolf of bewaar cultuur platen in een strak verzegelde plastic container terwijl hij in de incubator.
Het is belangrijk om een tijdschema voor de subcultivering van Drosophila cellijnen. Als u wilt schatten de groei tarief en monitor consistentie, is het handig om een subcultuur op een zelfs geometrische verhouding (split verhouding 1:2, 1:4, 1:8). Bijvoorbeeld, kan een plaat 10 mL confluente Kc167 cellen op 8 x 106 cellen/mL op 1:8 in verhouding tot het bereiken van een seeding dichtheid van 1 x 106 cellen/mL (1,25 mL celsuspensie verdund in 8.75 mL verse media) worden gesplitst. In 72 h verwachting Kc167 culturen te verspreiden met een dichtheid van 8 x 106 cellen/mL, gezien de verdubbeling tijd van 24 uur. De splitsingsverhouding wordt daarom bepaald ter vergemakkelijking van een handige subcultuur routine van maximaal twee keer per week, ervoor te zorgen dat de cellen altijd in hun exponentiële log fase van groei gekweekt worden. Dit zorgt voor een regelmatig schema voor de subcultivering van de cellen, zodat de tijd tot samenkomst niet te kort of te lang is. Als de tijd tot samenkomst te kort is, worden de cellen overgeënt op een lagere celdichtheid (hogere splitsingsverhouding). Evenzo, als de tijd om het bereiken van de samenvloeiing te lang is, de cellen worden overgeënt op een hogere celdichtheid (lagere splitsingsverhouding). Het is belangrijk op te merken dat de meeste Drosophila cellijnen zeer gevoelig voor lage cel dichtheden zijn (< 1 x 105 cellen/mL), in welke cellen nauwelijks vermenigvuldigen en kunnen uiteindelijk sterven.
Drosophila cellijnen verschillen in groei kenmerken en morfologie. Dientengevolge, cellijnen met verschillende eigenschappen mogelijk moet anders worden behandeld. Meeste Drosophila cellijnen zijn semi-aanhangend. Bij lagere celdichtheid; zij zich sterker aan de oppervlakte groei en naarmate de cultuur confluente, de cellen worden minder aanhangend en gemakkelijk losmaken. Deze geleidelijke verandering in de naleving van de cel bevordert gemakkelijk subcultuur van de wijdst gebruikte Drosophila cellijnen (Schneider, Kc lijnen, imaginaire remschijf en CNS lijnen) zoals het maakt de exploitant aan gewoon afzien media over de cel enkelgelaagde te verjagen ze van het oppervlak van de groei wanneer de cultuur dicht is. Voor lijnen die oppervlakte aanhanger zoals zijn de vrouwelijke germinale stam/ovariële somatische schede (fGS/OSS) en de Ras-lijnen, het is essentieel voor Incubeer de cellen in trypsine voor een korte duur om te helpen bij het losmaken van de cellen van het oppervlak van de groei.
Media toevoegingen voor meeste Drosophila cellijnen zijn foetaal kalfsserum (FCS) zijn. Insuline en volwassen vliegen extract (FEX) zijn vereist voor sommige specifieke lijnen. FEX bevat niet-gedefinieerde componenten essentieel voor de groei van specifieke larvale imaginaire schijf lijnen en de volwassen ovariële cellijnen. De DGRC bereidt en maakt beschikbaar volwassen FEX afgeleid van 1 week oud Oregon-R-modENCODE vliegen (RRID: BDSC_25211) in 2,5 mL en 10 mL aliquots. De DGRC bevat ook instructies voor kleinschalige FEX voorbereiding op haar website . FEX voorbereiding, echter is tijdrovend en vereist een grote hoeveelheid volwassen vliegen.
Cryopreservatie van Drosophila cellijnen bespaart tijd en reagentia voor het onderhoud van de cellijnen niet in onmiddellijk gebruik. Cryopreservatie wordt bereikt door langzaam de bevriezing van de cellen (-1 ° C/min) tot-80 ° C in een medium met DMSO, een agent cryoprotective. De langzame afkoeling stap is cruciaal voor succesvolle cryopreservatie. In een diepvriezer-80 ° C, wordt de ampul van cellen afgekoeld met een snelheid van-1 ° C/min wanneer geplaatst in een bevriezing container gevuld met isopropanol. Beginnend bij 25 ° C omgevingstemperatuur, duurt maximaal 2 uur voor de temperatuur in de stimulatiedosis te bereiken-80 ° C. Het is aanbevolen om de stimulatiedosis te bevriezen ‘s nachts verlaten.
Bevroren stimulatiedosis moeten vervolgens snel worden overgebracht naar de vloeibare fase van stikstof voor langdurige opslag. Bij omgevingstemperatuur, de cryovial zal snel opwarmen op ongeveer 10 ° C/min en de levensvatbaarheid zal worden aangetast bij boven-50 ° C23. Om de overdracht snelle, omgaan met stimulatiedosis in kleine batches te minimaliseren van de blootstelling aan omgevingstemperatuur. Als alternatief, de bevroren cryovials plaats op droog ijs terwijl de voorbereiding van de overdracht daarvan in vloeibare N2. Als vloeibare stikstof niet beschikbaar is, kunnen de cellen worden bewaard in een diepvriezer-80 ° C, hoewel met een risico van significante verslechtering na verloop van tijd.
Celdichtheid is essentieel voor succesvolle cryopreservatie en de latere herleving van cellijnen. In het algemeen, nieuwe cel lijnen moeten worden bevroren tot de eerste bevriezen (1−3 stimulatiedosis), zodra een overmaat van cellen beschikbaar. Zodra de cellijn is stabiel verder is gekweekte, moet een bevroren voorraad van 10−20 stimulatiedosis worden gemaakt. Deze voorraad is dan om te controleren voor zijn herstel na bevriezing cel en levensvatbaarheid, waarna het wordt doorgegeven voor experimenten of ter vervanging van de voorraad wanneer het aantal bevroren voorraad stimulatiedosis hieronder vijf valt ontdooid. Tot slot is het belangrijk om te valideren dat de ontdooide cellen de eigenschappen van haar ouderlijke materieel behouden zoals cellijnen zijn gekend om te evolueren van3,24.
Kortom, presenteert dit artikel een primer voor het werken met Drosophila celculturen door het verstrekken van de fundamentele informatie over de verschillende lijnen, beste praktijken en audiovisuele protocollen voor de elementaire behandeling van Drosophila cellijnen. Deze toegankelijke bron is bedoeld om te soepel verminderen de inleiding tot het werken met gekweekte Drosophila cellen en als aanvulling op bestaande Trainingshandleidingen bij elke research laboratory.
The authors have nothing to disclose.
We bedanken de National Institutes of Health (Award NIH P40OD010949) en de onderzoekswereld voor het gebruik van de verschillende soorten D. melanogaster DNA/vector/cel middelen samengesteld op de DGRC.
100 mm tissue culture plates | Corning | 430167 | Subculturing |
25 cm2 T-flask | Corning | 430168 | Subculturing |
35HC Liquid Nitrogen Storage Tank | Taylor-Wharton | 35HCB-11M | Cryopreservation |
Automated Cell counter | BIO-RAD | TC20 | Counting |
Bactopeptone | BD BioSciences | 211677 | Medium additions |
Counting Slides | BIO-RAD | 145-0011 | Counting |
Cryovial 1 mL | Greiner | 123263 | Cryopreservation |
DMSO | Sigma Aldrich | D5879 | Cryopreservation |
Freezing Box | Nalgene | 5029-0909 | Cryopreservation |
Freezing Container | Fisher Scientific | 15-350-50 | Cryopreservation |
Hematocytometer | Fisher Scientific | #0267110 | Counting |
Human Insulin | Millipore Sigma | I9278 | Medium additions |
Hyclone CCM3 media | GE Healthcare Life Sciences | SH30061.03 | Medium |
Hyclone Fetal Bovine Serum | GE Healthcare Life Sciences | SH30070.03 | Medium additions |
L-Glutamic acid potassium salt monohydrate | Millipore Sigma | G1149 | Medium additions |
L-Glutathione reduced | Millipore Sigma | G6013 | Medium additions |
Potassium Bicarbonate | Millipore Sigma | 237205 | Medium additions |
Select Yeast Extract | Millipore Sigma | Y1000 | Medium additions |
Shields and Sang's M3 Insect medium | Millipore Sigma | S8398 | Medium |
Trpsin-EDTA (0.05 %), phenol red | ThermoFisher Scientific | 25300054 | Subculturing |
Trypan Blue (0.4%) | BIO-RAD | 145-0013 | Counting |