Aquí, presentamos instrucciones detalladas sobre cómo construir y calibrar los ceptómetros de calidad de la investigación (sensores de luz que integran la intensidad de la luz a través de muchos sensores dispuestos linealmente a lo largo de una barra horizontal).
La ceptometría es una técnica utilizada para medir la transmitancia de la radiación fotosintéticamente activa a través de una cubierta vegetal utilizando múltiples sensores de luz conectados en paralelo en una barra larga. La ceptometría se utiliza a menudo para inferir propiedades de la estructura del dosel y la interceptación de la luz, notablemente el índice de área foliar (LAI) y el índice efectivo del área vegetal (PAIEFF). Debido al alto costo de los ceptómetros comercialmente disponibles, el número de mediciones que se pueden tomar a menudo se limita en el espacio y el tiempo. Esto limita la utilidad de la ceftometría para estudiar la variabilidad genética en la interceptación de la luz, e impide un análisis exhaustivo de los sesgos que pueden sesgar las mediciones dependiendo de la hora del día. Desarrollamos los ceptómetros de registro continuo (denominados PARbars) que se pueden producir por USD $75 cada uno y producen datos de alta calidad comparables a las alternativas disponibles comercialmente. Aquí proporcionamos instrucciones detalladas sobre cómo construir y calibrar PARbars, cómo implementarlos en el campo y cómo estimar PAI a partir de datos de transmitancia recopilados. Proporcionamos resultados representativos de las marquesinas de trigo y discutimos otras consideraciones que deben hacerse al usar PARbars.
Los ceptómetros (matrices lineales de sensores de luz) se utilizan para medir la proporción de radiación fotosintéticamente activa (PAR) interceptada por los toldos de las plantas. Los ceptómetros se utilizan ampliamente para la investigación de cultivos agrícolas debido a la naturaleza relativamente directa de las mediciones y la simplicidad de la interpretación de datos. El principio básico de la ceftometría es que la transmitancia de la luz a la base de un dosel vegetal (τ) depende del área proyectada de los materiales de absorción de luz de arriba. Las mediciones de par por encima y por debajo del dosel pueden, por lo tanto, utilizarse para estimar rasgos de dosel como el índice de área de la hoja (Lai) y el índice de área de la planta efectiva (PAIEFF) (que incluye tallos, Cañas y estructuras reproductivas además de las hojas)1 ,2,3. La confiabilidad de las estimaciones de PAIEFF deducidas de τ se mejora modelando los efectos de la fracción de haz de la par entrante (fb), la absorbencia de la hoja (a) y el coeficiente de extinción efectivo del dosel (K ); K, a su vez, depende tanto del ángulo cenital solar(θ) como de la distribución del ángulo de la hoja (χ)1,4,5,6. Es una práctica común para corregir estos efectos. Sin embargo, hay otros sesgos que no han recibido la debida consideración en el pasado debido a las limitaciones metodológicas y de costos.
Recientemente identificamos un sesgo significativo dependiente del tiempo en las mediciones de ceptometría instantánea de cultivos de hileras, como el trigo y la cebada7. Este sesgo es causado por una interacción entre la orientación de la plantación de filas y el ángulo cenital solar. Para superar este sesgo, el registro continuo de los ceptómetros se puede montar en el campo para monitorear los ciclos diurnos de la interceptación de la luz del dosel y luego se pueden calcular los promedios diarios de τ y PAIEFF . Sin embargo, las mediciones continuas son a menudo inviables debido al costo prohibitivamente alto de los ceftómetros disponibles comercialmente – a menudo varios miles de dólares estadounidenses para un solo instrumento – y el requisito de mediciones de muchas parcelas de campo. Este último es particularmente evidente en la era-omics en la que se requieren muchos centenares de genotipos para los análisis genómicos, como los estudios de Asociación de todo el genoma (GWAS) y la selección genómica (GS) (para su revisión, véase Huang & han, 20148). Reconocimos que había una necesidad de ceftómetros rentables que podían ser producidos en grandes cantidades y ser utilizados para mediciones continuas a través de muchos genotipos.
Como solución, diseñamos ceftómetros (PARbars) fáciles de construir y de alta precisión a un costo de $75 USD por unidad y que requieren aproximadamente una hora de mano de obra para construir. PARbars se construyen utilizando 50 fotodiodos que son sensibles sólo en la banda de ondas PAR (longitudes de onda 390 – 700 nm), con muy poca sensibilidad fuera de este rango, obviando el uso de filtros costosos. Los fotodiodos están conectados en paralelo a través de una longitud de 1 m para producir una señal de tensión diferencial integrada que se puede grabar con un Datalogger. El circuito está encapsulado en epoxi para impermeabilización y los sensores operan sobre un amplio rango de temperatura (-40 a + 80 ° c), permitiendo que los PARbars se desplieguen en el campo durante largos periodos de tiempo. Con la excepción de los fotodiodos y una resistencia de bajo coeficiente de temperatura, todas las piezas necesarias para construir un PARbar se pueden comprar en una ferretería. En la tabla de materialesse proporciona una lista completa de las piezas y herramientas requeridas. Aquí presentamos instrucciones detalladas sobre cómo construir y utilizar PARbars para la estimación de PAIEFF y presentar los resultados representativos de los Canopies de trigo.
La implementación exitosa del protocolo delineado aquí para la construcción de ceftómetros (PARbars) depende con mayor sensibilidad en dos pasos: 1,5 (fotodiodos de pegado en su lugar) y 1,6 (fotodiodos de soldadura al alambre de cobre). El paso 1,5 es propenso a errores al alinear los fotodiodos de forma incorrecta con respecto a su polaridad intrínseca. Para los fotodiodos que hemos utilizado, y que recomendamos como elementos específicos esenciales, la polaridad se identifica en virtud de las dos lengüetas del conector eléctrico en el diodo que tiene tamaños claramente diferentes. Por lo tanto, antes de aplicar el pegamento de cianoacrilato y soldar los fotodiodos en su lugar, se recomienda encarecidamente que compruebe que todos los diodos se colocan con las grandes lengüetas del conector orientados en una dirección y las pequeñas pestañas orientadas en la otra dirección. El paso 1,6 es propenso a fallar debido a la mala técnica de soldadura y la formación de una unión soldada en frío. Esto se puede evitar aplicando un flujo de soldadura delgado usando un lápiz fundente inmediatamente antes de soldar y asegurando que tanto el alambre como la lengüeta del fotodiodo se calienten con la punta de soldadura (aproximadamente 350-400 oC) antes de que la soldadura se aplique a la Ensambladura. Los problemas con las conexiones eléctricas en un PARbar se manifiestan típicamente en forma de una pendiente de calibración distintivamente diferente de los de otros PARbars. Estos problemas pueden ser capturados temprano probando cada conexión eléctrica durante la construcción (como se describe en el paso 1,6), y de nuevo después de todas las conexiones han sido soldadas, pero antes de que hayan sido encerrados en epoxi (paso 1,9). Una tercera fuente potencial de error surge de la falta de uso de una resistencia de precisión de bajo coeficiente de temperatura, cuya resistencia es insensible a la temperatura; usando una resistencia ordinaria causará el error como la resistencia, y por lo tanto la salida de voltaje por unidad de luz absorbida por los diodos, cambia con la temperatura ambiente. La principal fuente de error no es exclusiva de PARbars, sino que se aplica a todas las mediciones de ceptometría: es decir, la inferencia del índice efectivo de área de la planta o el índice de área foliar de la captura de luz depende de las características de la estructura del dosel (notablemente la absorbencia de las hojas y distribución del ángulo de la hoja; a y c en eqns 1 y 2) que pueden variar durante el desarrollo de la planta y entre los genotipos.
Hay dos áreas principales en las que el protocolo descrito aquí podría modificarse o adaptarse. En primer lugar, los PARbars que presentamos aquí fueron diseñados específicamente para su uso en cultivos de hileras, como el trigo y la cebada, pero el diseño podría modificarse fácilmente para otras aplicaciones. Por ejemplo, un resistor de derivación con mayor resistencia podría utilizarse para mejorar la ganancia (salida mV por unidad PAR) en rangos de PAR más bajos. Para mayor versatilidad, se podría utilizar un potenciómetro de precisión de coeficiente de baja temperatura (resistor variable) para modificar el rango de sensibilidad del PARbar según sea necesario o para realizar pequeños ajustes para que cada uno de los muchos PARbars tengan pendientes de calibración idénticos. En segundo lugar, los fotodiodos también se pueden utilizar individualmente como sensores cuánticos, lo que permite al usuario capturar variaciones espaciales y temporales dentro de las marquesinas individuales por un costo mucho menor que el posible utilizando sensores cuánticos disponibles comercialmente. Esto podría ser particularmente valioso dado el creciente interés en la fotosíntesis dinámica bajo condiciones de luz fluctuantes12. En tercer lugar, aunque utilizamos un datalogger convencional (y costoso) para los datos presentados en este estudio, hay margen para que los dataloggers sean construidos usando componentes listos para usar, permitiendo la creación de un sistema combinado de ceptometría y datalogger en un presupuesto limitado. La popularidad de las denominadas plataformas de fabricante, como Arduino y Raspberry PI, ofrecen una gran promesa en esta área; Sugerimos el proyecto de Open-Source Cave Pearl con base Arduino13 como arrancador para un mayor desarrollo. Los dataloggers Cave Pearl fueron diseñados para el monitoreo ambiental de los ecosistemas de cuevas, por lo que la robustez y la baja demanda de energía fueron consideraciones clave en su diseño. Consideraciones similares son relevantes para la implementación del trabajo de fenotipado vegetal. Los componentes del Datalogger Cave Pearl son baratos (menos de $50 USD por unidad) y pequeños, lo que podría permitirles incorporarlos directamente a PARbars.
La aplicación de los PARbars descritos aquí se enfrenta a tres limitaciones principales. En primer lugar, la inferencia del índice de área de planta o índice de área foliar de la captura de luz medida se ve obstaculizada por sesgos fuertes dependientes del tiempo, particularmente en cultivos de fila7. Esto se puede superar haciendo mediciones repetidas o continuas durante un día. En segundo lugar, los fotodiodos de bajo costo no tienen una salida espectral que es exactamente proporcional al flujo de Foon (la variable de mayor interés en la investigación de la fotosíntesis). Esto puede causar sesgo cuando la calidad de la luz cambia grandemente a través de un dosel, aunque las estimaciones anteriores del error resultante indican que está en el orden de unos pocos por ciento7. En tercer lugar, PARbars no puede distinguir entre la viga directa y los componentes difusos del PAR entrante por encima del dosel. A medida que la radiación difusa penetra más profundamente en el dosel que la luz solar directa14, la transmitancia aumentará y el PAIEFF será subestimado a medida que la fracción difusa de la irradiancia total aumente. Cuando toda la radiación es difusa, el PAIEFF es directamente proporcional al logaritmo de 1/τ en lugar de la relación mostrada en la ecuación 115. Cruse et al. (2015) 16 observó que los instrumentos comerciales actualmente disponibles que pueden medir el par directo y difuso son caros y requieren un mantenimiento regular, por lo que diseñaron un aparato sencillo y económico para abordar este problema. Su sistema consiste en un sensor cuántico que es rutinariamente sombreado por una banda de sombras motorizada y en movimiento y permite la medición continua del PAR total, directo y difuso. El sensor utilizado en el Cruse et al. 16 el sistema podría sustituirse por el mismo fotodiodo utilizado en parbars para reducir aún más el costo y puede incorporarse fácilmente a la configuración existente de parbar. Estas mediciones podrían integrarse en el proceso de procesamiento de datos y mejorar aún más la confiabilidad de las estimaciones de PAIEFF.
La principal ventaja de PARbars con respecto a los ceptómetros comerciales existentes es su bajo costo, lo que hace factible producirlos en grandes cantidades. Recientemente, ha habido un creciente interés en las nuevas tecnologías de fenotipos de plantas de alto rendimiento para la estimación de los rasgos de dosel (para revisión ver Yang et al., 201717). Mientras que estos métodos son prometedores en que producen grandes cantidades de datos que son típicamente muy indirectos y requieren validación contra las técnicas convencionales. PARbars podría servir como una herramienta de validación rentable y basada en tierra para estas nuevas técnicas.
El bajo costo de producción de PARbars también los hace una opción viable para mediciones continuas en el campo. Esto podría ser útil por varias razones. Por ejemplo, las mediciones continuas se pueden utilizar para caracterizar sesgos de orientación de fila para desarrollar funciones de corrección específicas del tiempo para mediciones instantáneas (para obtener más información, consulte Salter et al. 20187). La ceptometría continua también puede captar fluctuaciones cortas en la captura de la luz del dosel a lo largo del tiempo (rayos solares y shadeflecks) causadas por nubes que pasan por encima, movimiento del dosel, etc. La fotosíntesis es conocida por ser altamente sensible a pequeños cambios en las condiciones ambientales y los cambios “dinámicos” en la fotosíntesis ahora se cree que son importantes en la conducción del rendimiento de los cultivos (para revisión ver Murchie et al., 201812). PARbars instalados en el campo con un intervalo de registro de corto adecuado podría ser utilizado para capturar estas fluctuaciones cortas y proporcionar una mejor comprensión de la naturaleza dinámica de los toldos de plantas.
The authors have nothing to disclose.
Los autores le agradecen al Dr. Richard Richards y al Dr. Shek Hossain en CSIRO, agricultura, y alimentos para el acceso y la gestión de las parcelas de campo utilizadas para esta investigación. Esta investigación fue apoyada por la Asociación Internacional del rendimiento del trigo, a través de una subvención proporcionada por la Corporación de investigación y desarrollo de granos (US00082). El TNB fue apoyado por el Consejo australiano de investigación (DP150103863 y LP130100183) y la Fundación Nacional de Ciencias (Premio #1557906). Este trabajo fue apoyado por el Instituto Nacional de alimentación y agricultura del USDA, proyectos de Hatch 1016439 y 1001480.
1.5 Ω low temperature coefficient precision resistor | TE Connectivity Ltd., Schaffhausen, Switzerland. | UPW25 series | Could be made using multiple larger resistors in parallel but they need to have low temperature coefficient (i.e. ± 3 ppm/°C). URL for commercial source: https://bit.ly/2DFuPpm |
Acrylic diffuser | Plastix Australia Pty. Ltd., Arncliffe, NSW, Australia. | 445 – Opal White | 1200 mm length x 30 mm width x 4.5 mm thick. URL for commercial source: https://bit.ly/2Bq0fyc |
Aluminum U-bar | Capral Ltd., Bundamba, QLD, Australia. | EK9160 | 1220 mm length x 35 mm width x 25 mm depth. URL for commercial source: https://bit.ly/2PPfJou |
Bare solid core copper wire | Non-specific part | ||
Bolts | Non-specific part | ||
Clamps | Non-specific part | ||
Clear epoxy potting resin | Solid Solutions, East Bentleigh, VIC, Australia. | 651 – Universal Epoxy Potting Resin | Clear epoxy resin for electrical applications. URL for commercial source: https://bit.ly/2qY0pHa |
Cyanoacrylate glue | Non-specific part | ||
Datalogger | Campbell Scientific, Logan, Utah, USA. | CR5000 | Other dataloggers that record differential voltages could be used. URL for commercial source: https://bit.ly/2U7Io5H |
Drill or drill press | Non-specific part | ||
Glue lined heat shrink | Non-specific part | ||
Heat gun | Non-specific part | ||
LED torch | Non-specific part | ||
Masking tape | Non-specific part | ||
Photodiodes (50) | Everlight Americas Inc., Carrollton, Texas, USA. | EAALSDSY6444A | It is important that this specific component is used due to spectral response. URL for commercial source: https://bit.ly/2FzVnuH |
Polyurethane foam filler | Non-specific part | ||
Quantum sensor | LI-COR, Lincoln, Nebraska, USA. | LI-190R | For calibration of PARbars only. URL for commercial source: https://bit.ly/2HEfKbh |
Screwdrivers | Non-specific part | ||
Silicone sealant | Non-specific part | ||
Solder | Non-specific part | ||
Solder flux pen | Non-specific part | ||
Soldering iron | Non-specific part | ||
Spirit/bubble level | Non-specific part | ||
Tap and die set | Non-specific part | ||
Two-core cable | Non-specific part | ||
Voltmeter | Non-specific part | ||
Waterproof connectors | Core Electronics, Adamstown, NSW, Australia. | ADA743 | 2 core waterproof connector. DC power connectors work well. URL for commercial source: https://bit.ly/2Brcrik |