Introducimos un protocolo semiautomático para el análisis de formas en estructuras cerebrales, incluida la segmentación de imágenes mediante software abierto, y más análisis de formas en grupo mediante un paquete de modelado automatizado. Aquí, demostramos cada paso del protocolo de análisis de forma 3D con segmentación hipocampal a partir de imágenes de RM cerebral.
El análisis estadístico de la forma de las estructuras cerebrales se ha utilizado para investigar la asociación entre sus cambios estructurales y procesos patológicos. Hemos desarrollado un paquete de software para el modelado de formas preciso y robusto y el análisis en grupo. Aquí, presentamos una canalización para el análisis de formas, desde el modelado de forma 3D individual hasta el análisis cuantitativo de formas de grupo. También describimos los pasos de preprocesamiento y segmentación mediante paquetes de software abiertos. Esta guía práctica ayudaría a los investigadores a ahorrar tiempo y esfuerzo en el análisis de formas 3D en estructuras cerebrales.
El análisis de formas de las estructuras cerebrales ha surgido como la herramienta preferida para investigar sus cambios morfológicos en procesos patológicos, como las enfermedades neurodegenerativas y el envejecimiento1. Se requieren varios métodos computacionales para 1) delinear con precisión los límites de las estructuras objetivo a partir de imágenes médicas, 2) reconstruir la forma objetivo en forma de malla de superficie 3D, 3) construir correspondencia entre sujetos a través de los modelos de forma individuales a través de la parametrización de la forma o el registro de superficie, y 4) evaluar cuantitativamente las diferencias de forma regional es entre individuos o grupos. En los últimos años, se han introducido muchos métodos en estudios de neuroimagen para cada uno de estos pasos. Sin embargo, a pesar de los notables avances en el campo, no hay muchos marcos inmediatamente aplicables a la investigación. En este artículo, describimos cada paso del análisis de formas de las estructuras cerebrales utilizando nuestras herramientas de modelado de formas personalizadas y herramientas de segmentación de imágenes disponibles públicamente.
Aquí, demostramos el marco de análisis de forma para las estructuras cerebrales a través del análisis de la forma del hipocampo izquierdo y derecho utilizando un conjunto de datos de controles adultos y pacientes con enfermedad de Alzheimer. La atrofia del hipopótamo es reconocida como un biomarcador de imágenes crítico en enfermedades neurodegenerativas2,3,4. En nuestro marco de análisis de formas, empleamos el modelo de plantilla de la estructura de destino y el registro deformable de plantilla a imagen en el proceso de modelado de formas. El modelo de plantilla codifica las características generales de la forma de la estructura de destino en una población y también proporciona una línea base para cuantificar las diferencias de forma entre los modelos individuales a través de su relación transitiva con el modelo de plantilla. En el registro de plantilla a imagen, hemos desarrollado un método de deformación de superficie laplaciana para ajustar el modelo de plantilla a la estructura de destino en imágenes individuales, minimizando al mismo tiempo la distorsión de la distribución de puntos en el modelo de plantilla5,6,7. La viabilidad y robustez del marco propuesto han sido validadas en estudios recientes de neuroimagen del envejecimiento cognitivo8,detección temprana de deterioro cognitivo leve9,y para explorar las asociaciones entre los cambios estructurales del cerebro y los niveles de cortisol10. Este enfoque facilitaría el uso de los métodos de modelado y análisis de formas en estudios de neuroimagen posteriores.
En resumen, hemos descrito la canalización de software para el análisis de formas en estructuras cerebrales, incluyendo (1) segmentación de imágenes MR utilizando herramientas abiertas (2) reconstrucción de formas individuales utilizando un modelo de plantilla deformable, y (3) diferencia de forma cuantitativa medición a través de correspondencia de forma transitiva con el modelo de plantilla. El análisis estadístico bajo la corrección de la tasa de detección falsa (FDR) se realiza con la deformidad de la form…
The authors have nothing to disclose.
El trabajo fue financiado por la National Research Foundation of Korea (JP como PI). JK está financiado por el Fondo de Investigación de la Universidad Nacional Kyungpook; y MCVH está financiado por Row Fogo Charitable Trust y la Royal Society de Edimburgo. La segmentación del hipocampo fue adaptada de las directrices propias escritas por la Dra. Karen Ferguson, en el Centro de Ciencias Clínicas del Cerebro, Edimburgo, Reino Unido.