Introduzimos um protocolo semiautomático para análise de forma em estruturas cerebrais, incluindo segmentação de imagem usando software aberto e uma análise de forma mais em termos de grupo usando um pacote de modelagem automatizado. Aqui, demonstramos cada etapa do protocolo de análise de forma 3D com segmentação hipocampal a partir de imagens de MR cerebrais.
A análise estatística da forma de estruturas do cérebro foi usada para investigar a associação entre suas mudanças estruturais e processos patológicos. Desenvolvemos um pacote de software para modelagem de forma precisa e robusta e análise em termos de grupo. Aqui, introduzimos um pipeline para a análise de forma, desde modelagem de forma 3D individual até análise quantitativa de forma de grupo. Também descrevemos as etapas de pré-processamento e segmentação usando pacotes de software aberto. Este guia prático ajudaria os pesquisadores a economizar tempo e esforço na análise de forma 3D em estruturas cerebrais.
A análise da forma de estruturas cerebrais emergiu como a ferramenta preferida para investigar suas mudanças morfológicas em processos patológicos, como doenças neurodegenerativas e envelhecimento1. Vários métodos computacionais são necessários para 1) delineam com precisão os limites das estruturas alvo de imagens médicas, 2) reconstruir a forma de alvo na forma de malha de superfície 3D, 3) construir correspondência inter-sujeitos em todos os modelos de forma individual através de parametrização de forma ou registro de superfície, e 4) avaliar quantitativamente as diferenças de forma regional entre indivíduos ou grupos. Ao longo dos últimos anos, muitos métodos foram introduzidos em estudos de neuroimagem para cada uma dessas etapas. No entanto, apesar dos desenvolvimentos notáveis no campo, não há muitos quadros imediatamente aplicáveis à pesquisa. Neste artigo, descrevemos cada etapa da análise de forma das estruturas cerebrais usando nossas ferramentas de modelagem de forma personalizada e ferramentas de segmentação de imagem disponíveis publicamente.
Aqui, demonstramos a estrutura de análise de forma para estruturas cerebrais através da análise de forma dos hipocampi esquerdo e direito usando um conjunto de dados de controles adultos e pacientes com doença de Alzheimer. A atrofia do hipocampi é reconhecida como um biomarcador crítico de imagem em doenças neurodegenerativas2,3,4. Em nossa estrutura de análise de forma, empregamos o modelo modelo da estrutura alvo e o registro deformável modelo-a-imagem no processo de modelagem de forma. O modelo de modelo codifica características gerais de forma da estrutura alvo em uma população, e também fornece uma linha de base para quantificar as diferenças de forma entre os modelos individuais através de sua relação transitiva com o modelo modelo. No registro modelo-a-imagem, desenvolvemos um método de deformação da superfície laplácina para ajustar o modelo modelo à estrutura alvo em imagens individuais, minimizando a distorção da distribuição de pontos no modelomodelo modelo 5,6,7. A viabilidade e robustez do quadro proposto foram validados em estudos recentes de neuroimagem do envelhecimento cognitivo8, detecção precoce do comprometimento cognitivo leve9,e para explorar associações entre as alterações estruturais cerebrais e os níveis de cortisol10. Essa abordagem facilitaria o uso dos métodos de modelagem e análise de forma em estudos de neuroimagem adicionais.
Em resumo, descrevimos o pipeline de software para a análise de forma em estruturas cerebrais, incluindo (1) segmentação de imagem de RM usando ferramentas abertas (2) reconstrução de forma individual usando um modelo de modelo deformado e (3) diferença de forma quantitativa medição via correspondência de forma transitiva com o modelo modelo. A análise estatística a correção da falsa taxa de descoberta (FDR) é realizada com a deformidade da forma para investigar o significado das alterações morfológicas …
The authors have nothing to disclose.
O trabalho foi financiado pela National Research Foundation of Korea (JP as the PI). JK é financiado pelo Kyungpook National University Research Fund; e o MCVH é financiado pelo Row Fogo Charitable Trust e pela Royal Society of Edinburgh. A segmentação hipocampal foi adaptada das diretrizes in-house escritas pela Dra.