固相担、タンパク質-無料、ダブル リン脂質二重膜 (DLBM) 複雑で動的な脂質ナノチューブ ネットワークに変換することができます、小胞体の 2 D のボトムアップ モデルとして使用できます。
小胞体 (ER) のボトムアップ構造オルガネラ モデルを形成するための便利な方法を提案します。モデルは、高密度の脂質ナノチューブの形態とダイナミクス、ER を連想させる観点からで。ネットワークは、透明な Al2O3基板に付着したリン脂質二重層膜パッチから派生します。接着は、Ca2 +の周囲のバッファーによって媒介されます。その後枯渇 Ca2 +これら/EDTA による自発的な脂質ナノチューブ ネットワーク形成の結果、膜の収縮が発生します。メソッドはのみリン脂質と ER モデルの簡単な形成のための表面を微細加工し、タンパク質や化学エネルギー (例えば、 GTP または ATP) の添加を必要としません。細胞の小胞体の 3次元形態と対照をなしてモデルは二次元 (とはいえ、カーボンナノ チューブの寸法、形状、構造、およびダイナミクスは維持されます)。このユニークな体外ER モデルのみいくつかのコンポーネントで構成されています、簡単には作成し、光学顕微鏡下で観察することができます。結果として得られる構造は小胞体関連タンパク質またはチューブの間での輸送現象を研究する粒子の追加などの追加機能のためさらに飾ることができます。ここで説明した人工のネットワークは、適切な構造のモデルに対し、その生物学的機能に関連することがユニークな特徴的な形態を示されている小胞体の管状のドメインの形成に関する詳細携帯と内再編成はまだ完全には理解されています。我々 は、このメソッドが市販されているが、特別な命令を必要とする Al2O3薄い皮膜顕微鏡 coverslips を使用して注意してください。したがって、準備のため微細加工施設にアクセスすることをお勧めします。
小胞体は、タンパク質の折り畳み、脂質合成、カルシウム調節1,2など生物の細胞の重要なタスクを実行します。ER 形態はそれを実行する機能に固有です。平面のスタックと継続的に細胞骨格と相互作用し、一定の動きや転位を受ける高密度ダイナミック鋼管ドメインを兼ね備えています。小胞体の構造を経ること改造の平面シート、管から小胞形成や小胞体内腔、既存管、管収縮、融合、および破損3の伸長に融合の間の連続的な変形が含まれます。管状のネットワークの独特な構造は精力的に好ましくないです。経路・ メカニズム、ER を生成および保持この組織もこれその機能に関連する方法ではありませんまだ4,5を十分に理解しています。
それは、小胞体誤動作の恒常性の状態を失うと小胞体ストレス、タンパク質合成、誤って折りたたまれたタンパク質の蓄積の増加や Ca2 +と酸化のバランスの変化によって引き起こされる条件の結果知られています。小胞体ストレスになります、細胞小器官の自然形態の変形ネットワーク組織6,7を乱すことによって具体的には。対応として、セルは恒常性の状態に戻す修復メカニズムをアクティブにします。修理に失敗,7などアルツハイマー病、2 型糖尿病、パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症、およびいくつかの他のいくつか代謝・変性疾患に寄与する小胞体誘発アポトーシスをもたらす 8。現在の研究対象の管状の小胞体ネットワーク組織と体外ER2を再構成することに焦点を当て、いくつかの研究。いくつかの既存モデル2,9,10開始と膜曲率3,11を維持しその形状に達する細胞小器官を助ける蛋白質を必要とします。明らかに、小胞体の構造および組織の特徴のいくつかを映すし、高度な実験的研究へのアクセスを提供するモデル システムは引っ張りだこであります。
ここでは小胞体の形態と関連付けられている関数4を勉強する基本的なプラットフォームを提供する小胞体、安易なタンパク質・化学エネルギー無料、動的の in vitroモデルの準備のための手順を提示します。このメソッドの複雑さを追加することができます、興味の分子を統合するだけいくつかの要素を使用してボトムアップ ・ アプローチと ER モデルを作製しました。ネットワークは、小胞体の構造とダイナミクスを表します。さらに、平面膜とチューブの間の可逆的な変換は、管、管の融合、スライディング、取り消しから小胞形成すべてを観察できます。不完全な理解細胞小胞体のボトムアップ型モデルとしてサービング、に加えてこのプロトコルで記述されているカーボンナノ チューブ ネットワークに脂質ルートは組み立て式、流体素子、単一分子とコロイドを勉強して研究者に対応できます。輸送現象、マランゴニ フロー、およびその他の関連分野。私たちのメソッドで使用される唯一の分子のビルディング ブロックは、リン脂質です。プロトコルは少し実験および基本的な装置を必要とする、追加要素の組み込みアクセスできます。
以下の議論で重要なステップ、可能な修正とプロトコルの制限事項を説明します。最初の重要なステップは、PDMS フレーム Al2O3表面への密着力が本質的に弱いことを考える、観察室の適切なアセンブリです。フレームが基板に正しく従っていない場合、内容は、観察室から水漏れして実験は停止に来る。適切なを妨げる要因は 1) (再利用) PDMS フレームの徹底的な洗浄が不足している、2) エアコン フレームと基板間に陥れた取得時折泡面とフレームのシールします。新しく準備されたまたは徹底的に掃除 PDMS フレームを使用する必要があります。イソプロパノール、DI 水ですすぎ、窒素で打撃は乾燥の順で各使用の前後に、フレームを洗浄する必要があります。クリーン ルーム環境で製造、使用まで密閉容器に保管するので、Al2O3表面を任意の前のクリーニングは不要です。Al2O3の両性性質のためそれはない、強く酸性又は塩基性の溶液にさらされる必要があります。個人設定のアクセシビリティによって、観測室の他の設計に用いることができます。この商工会議所の重要な機能は、オープン トップと枠材に関して使用されるソリューションとサンプルの不活性から液体サンプルに無料アクセスです。槽の寸法は、1 mL に 0.5 からボリュームを収容するべきで重要な要因でも。使用面は通常普通 coverslips (24 × 60 mm) なので、商工会議所のボリューム主フレームの幅によって決定されます。私たちの知る限りでは、サイズと通常このプロトコルで処理サンプル ボリュームを収容できる深さとスペーサーは市販されていません。我々 したがって製作の詳細とサンプル室フレームの組み立てにプロトコルのセクションを捧げています。
このプロトコルの他の重要なステップは、バッファー交換です。この手順での挑戦は、この交換を実行するために必要なタイミングです。インスタント、Al2O3基板との接触時に MLV の広がりは、DLBM の継続的な拡大は、実験 (図 2A、B) を終了その破裂につながります。したがって、広がりを常に監視する必要があります、タイムリーにバッファー交換を行う必要があります。交換をする必要があります最適なサイズ (直径 100-200 μ m) に達する膜パッチを可能にするため、拡散の初期化後余りにすぐに実行できません。その一方で、表面に連続的な接着は、破裂につながる高膜の緊張を引き起こします。したがって、拡散が中断されない場合、すべての膜パッチ最終的に破断。破裂のタイミングは、サイズと、MLV の内部構造および脂質のアクセシビリティそこに決まるので、パッチごとに異なります。したがって、交換の瞬間は、最適なサイズの非破裂のパッチが全体の人口の大半を表します timepoint に配置必要があります。バッファー交換の手順で別の挑戦は除去率とバッファーの追加です。最終的な膜構造 (図 2C E) に有害な影響を余りに急速にこの置換を実行します。基板上の液膜を離れることがなく Ca2 +-HEPES バッファーの過剰な抽出乾燥と不可逆変形膜パッチ (図 2C) で起因します。表面に液体の適切な量を維持すると、たとえ突然添加キレート剤 HEPES バッファーはまた膜構造物の摂動を発生します。図 2D、Eは力学中断膜パッチの一般的な外観を示します。全体的な形態の混乱では、(すなわち、残りエリアの管状の再構成が発生します) の最終的な構造の動的特性は必ずしも影響しません。ただし、変形構造物質的な変形を観察することは困難になります。たとえば、図 2DMLV、DLBM が引っ込む方向の方向を決定することは困難ででしょう。
プロトコルの 1 つの可能な変更は、使用される脂質です。主な焦点は哺乳類における小胞体組成を支配し、酵母の16リン脂質にされている (e.g.、ホスファチジルコリン (PC)、ホスファチジルエタノールアミン (PE) およびホスファチジルイノシトール (PI)。PC と PI の混合物の4を使用して元の実験を行った。示された結果、PC と麻薬の混合物および PE の派生物が使用されました。ただし、このプロトコルを使って得られる管状構造を作成するすべてではない任意の脂質組成を発見されています。その他の実験的調査の脂質混合物のいくつかを含む全心臓エキス、大豆豆抽出物極、極エシェリヒア属大腸菌の抽出、PC の様々 な比率で stearoyl-2-hydroxy-sn-glycero-3-phosphoinositol (Lyso-PI) との混合物および混合物様々 な比率で PC PE-PI Posphatidyl セリン (PS)。管状膜構造高い曲率を持つ個々 の脂質分子の特別な取り決めを必要とするので、観測された現象が脂質合成に固有であることが期待されます。
このプロトコルに適用されるもう一つの変更は、表面加工の方法です。ここでは、ALD は Al2O3コーティング coverslips を作製していました。これは、反応性スパッタ法4最初に報告された法によって異なります。これは代替表面工法が小胞体のようなするにつながることができますまだことを示します、表面素材の特異性に重要な制限の 1 つが表示されます。拡散のモードと接着の強さは静電相互作用、湿潤性、疎水性、表面粗さなどの要因に影響を及ぼす表面材料の特性に大きく依存。Al2O3表面が最適な接着強度を提供、脂質膜添付すること両方十分に強く二重の脂質二重膜として普及し、Ca2 +イオンの除去時に筒状のネットワークを形成をデタッチします。我々 は以前、SiO2、二重の脂質二重膜として、多重層膜ベシクルを広めるが、17のキレート剤の添加によって鋼管のネットワーク形成が認められずに同じ実験をテストしました。Al2O3だけデ-添付ファイルと管形成を観察またはプラズマ エッチング アル18。我々 の調査はこのような現象につながる貢献パラメーターがゼータの Al 及び Al2O3に近かったゼロ (mV)、表面の潜在的なおよび SiO2大幅マイナス。ホウケイ酸塩のゼータ電位は SiO219; に似てしたがって、ホウケイ酸塩の脂質膜の密着性は均等に強いかつ不可逆的です。実際、ホウケイ酸塩の表面に多重脂質貯留層の接触は通常即時破裂と単一脂質二重膜20の形成に します。このプロトコルに必要な Al2O3表面は容易にまたは商業的に利用できません。特注ガラス及び基板の専門メーカーからことができます、しかし、ように。薄膜製造装置、クリーン ルーム施設へアクセスすることを強くお勧めします。
ER のような管状ネットワーク2,10を作製する他の既存ボトムアップ メソッドを含むタンパク質だけでなく、化学エネルギーの入力 (例えば.、GTP と ATP)。七條と同僚2は、リン脂質と GTP 膜曲げタンパク質が小胞体に存在を混合することによってガラス coverslips体外に小胞体ネットワークの形成を報告しました。らによる作業10は、このような動的な管状ネットワークを分子モーターと ATP をエネルギー源として使用して作成する方法を示しています。示されるこのプロトコルは、エネルギーの膜タンパク質や有機物の加水分解は必要ありません。唯一の必要なコンポーネントは、固体基板やリン脂質です。精製とタンパク質の抽出は必要ではありません。このプロトコルは、構成分子の簡潔さについて、最も基本的なモデルを提供します。
この基本的な脂質ベース ER モデルを確立、ER 関連するコンポーネントを追加することによって複雑さを建物は興味のですシステムの個々 の影響の調査が可能になります。実際の小胞体ネットワークと同様に、モデルのチューブ、動的です。抱合とラベル付けされた膜蛋白質、または管状のネットワーク全体にわたって蛍光粒子の移行は、膜の動きの方向についての情報を与える可能性があります。カプセル化と変換と大町のコンテンツ転送の可能なマッピング中の DLBM と管の内側の蛍光液体のモニタリングは、別の焦点として役立つかもしれない。最後に、3 D 滑らかな ER モデルに向かってこのプロトコルに起因する 2D ER モデルからの移行は、カプセル化ハイドロゲルのアーキテクチャにおけるネットワークを通じて採用される可能性があります。
The authors have nothing to disclose.
スウェーデン チャルマース工科大学から教授アルド ・ Jesorka は、原稿の彼の非常に貴重なコメントを感謝いたします。この作品は 274433、UiO 研究ノルウェー議会 (Forskningsrådet) プロジェクトから得られる財政的支援を可能ならしめた: 生命科学融合環境、スウェーデン研究評議会 (Vetenskapsrådet) プロジェクト助成 2015年-04561,同様にスタートアップ資金は数理学研究院分子医学ノルウェー ・ オスロ大学で自然科学センターによって提供されます。
Pear-shape flask 10 mL | Lenz Laborglasinstrumente | 3.0314.13 | In which the lipid mixture is prepared |
Hamilton 5 mL glass syringe (P/N) | Hamilton | P/N81520 | For transfer of the chloroform to beaker |
Custom large hub needle Gauge 22 S | Hamilton | 7748-18 | Removable needle for syringe specified in row 3 |
Hamilton 250 µL glass syringe | Hamilton | 7639-01 | Used for transfer of lipids in chloroform to the flask |
Large hub Gauge 22 S | Hamilton | 7780-03 | Removable needle for syringe specified in row 5 |
Hamilton 50 µL glass syringe | Hamilton | 7637-01 | Used for transfer of fluorophore-conjugated lipids to the flask |
Small hub Gauge 22 S | Hamilton | 7770-01 | Removable needle for syringe specified in row 7 |
Chloroform anhydrous (≥99%) | Sigma-Aldrich | 288306 | Used to complete the lipid mixture to a total of 300 µL |
Soy L-α Phosphatidyl choline lipid (Soy PC) | Avanti Polar Lipids Inc | 441601 | phospholipid species contributing to 69% of the total composition/mixture |
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine (DOPE) | Avanti Polar Lipids Inc | 850725 | phospholipid species contributing to 30% of the lipid composition/mixture |
L-α Phosphatidyl inositol lipid (Soy PI) | Avanti Polar Lipids Inc | 840044 | alterative phospholipid species contributing to 30% of the lipid composition/mixture (from the original article Bilal and Gözen, Biomaterials Science, 2017) |
Texas Red 1,2-dihexadecanoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine,triethylammonium salt (Texas Red DHPE) | Invitrogen (Thermo Fisher Scientific) | T1395MP | Fluorescent-lipid conjugate, 1% of the lipid composition/mixture |
Digital Dry Baths/Block Heaters | Thermo Fischer | 88870006 | To warm glycerol in order to decrease its viscosity |
Glycerol for molecular biology (≥99%) | Sigma Life Science | G5516 | For lipid preparation |
PBS buffer (pH=7.8); ingredients below in rows 17-21 | Used to prepare the lipid suspension | ||
TRIZMA base, primary standard and buffer (≥99%) | Sigma Life Science | T1503 | Used to prepare PBS buffer |
Potassium phosphate tribasic, reagent grade (≥98%) (K3PO4) | Sigma-Aldrich | P5629 | PBS buffer ingredient |
Magnesium sulfate heptahydrate, BioUltra (≥99,5%) KT (MgSO47H2O) | Sigma Life Science | 63138 | PBS buffer ingredient |
Potassium phosphate monobasic, anhydrous, free flowing, Redi-Dri, ACS (KH2PO4) | Sigma-Aldrich | 795488 | PBS buffer ingredient |
Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dihydrate ACS reagent, 99.0-101.0% (Na2EDTA) | Sigma-Aldrich | E4884 | PBS and Chelator-HEPES buffer ingredient |
Ultrasonic cleaner USC-TH | VWR | 142-0084 | Ultrasonication of rehydrated lipids |
Rotary evaporator - Büchi rotary evaporator Model R-200 | Sigma | Z626797 | For evaporation of chloroform |
Pressure meter – Vacuum regulator IRV-100 | SMC | IRV10/20 | For controlling the pressure value during lipid dehydration |
HEPES-buffer (pH=7.8); ingredients below in rows 26-27 | Used for rehydration of lipids. Content: 10 mM HEPES with 100 m NaCl diluted in ultrapure deionized water | ||
HEPES ≥99.5% (titration) | Sigma Life Science | H3375 | HEPES-buffer ingredient |
Sodium chloride for molecular biology, DNase, RNase, and protease, none detected, ≥98% (titration) (NaCl) | Sigma Life Science | S3014 | HEPES-buffer ingredient |
Calcium-HEPES buffer (pH=7.8); effective ingredient below in row 29 | Used for spreading of lipids. Content: 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 4 mM CaCl2 diluted in ultrapure deionized water | ||
Calcium chloride anhydrous, BioReagent, suitable for insect cell culture, suitable for plant cell culture, ≥96.0% (CaCl2) | Sigma Life Science | C5670 | To prepare Calcium-HEPES buffer |
Chelator-HEPES buffer (pH=7.8); effective ingredient below in row 31 | Used to promote the formation of tubular networks. Content: 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 10 mM EDTA and 7 mM BAPTA diluted in ultrapure deionized water | ||
1,2-Bis(2-aminophenoxy)ethane-N,N,N′,N′-tetraacetic acid tetrasodium salt ≥95% (HPLC) (BAPTA-Na4) | Sigma Life Science | 14513 | Chelator-HEPES buffer ingredient |
Sodium Hydroxide | Sigma | 30620 | Basic solution used to adjust the pH of the buffers |
pH meter accumet™ AE150 pH | Fisher Scientific | 1544693 | Used to measure the pH of all buffers |
Glass petri dish | VWR | HECH41042012 | 6 cm, used for making the PDMS sheet |
Potassium hydroxide ACS reagent, ≥85%, pellets (KOH) | Sigma-Aldrich | 221473 | To make the KOH solution for cleaning glass petri dish for the fabrication of the PDMS sheet |
Isopropanol prima ren 99.5% | Antibac AS | 600079 | KOH solution ingredient |
Heating and drying oven – venticell | MMM Medcenter Einrichtungen GmbH | MC000714 | For drying of the glass petri dish after silanization and to cure PDMS |
Dichlorodimethylsilane ≥99.5% | Sigma-Aldrich | 440272 | Used for silanization of glass petri dish in which PDMS sheet is prepared |
Vacuum pump | Cole-Parmer | EW-79202-05 | Connected to desiccator |
Sylgard 184 silicone elastomer curing agent | Dow corning | 24236-10 | Kit to make PDMS solution |
Sylgard 184 Silicone elastomer base | |||
Disposable scalpel | Swann-Morton | 11798343 | Used to cut the PDMS |
Cover slips | Menzel -Gläser | MEZ102460 | 24×60 mm. Used to deposit thin film of Al2O3 |
Atomic layer deposition system | Beneq | TFS200 (model number) | Atomic Layer deposition system used to deposit thin film of Al2O3 in microscope cover glass |
Ellipsometer | J.A. Woollan Co. | Alpha-SE (model name) | System used to charcaterize the thickness of the film deposited on glass surface |
Laser scanning confocal microscope | Leica Microsystems | Leica TCS SP8 X | Microscope used for visualization of the experiment |
Objective 40x, 1.3 NA | Leica Microsystems | 1550635 | Used for visualization of the experiment |
White light laser source | Leica Microsystems | Leica TCS SP8 X | For excitation of the membrane fluorophore |