Bu yöntem ilk kez karbon düzenlenir Kaynak Rehberleri P istihdam Pichia pastoris (Komagataella phaffii), verimli indüklenebilir metanol-Alerjik Rekombinant protein üretimi için güvenilir deneysel yordamlar açıklanır DCve PDF küçük ölçekli deneylerde ekimi sırasında parametreleri online izlenebilir ve sürekli gliserol besleme uygulanır.
Metanol bir iyi kurulmuş karbon kaynağı ve mikro-, laboratuvar ve endüstriyel ölçekte bir ev sahibi gibi Pichia pastoris (P. pastoris) istihdam verimli protein üretimi için uyarıcı olduğunu. Ancak, onun toksisite ve yanma nedeniyle, P. pastorisyüksek verimliliği korunarak metanol önlemek için bir arzusu yoktur. Küçük ölçekli biyoreaktör arazisi (0,5-5 M çalışma birimi) yaygın olarak derin kuyu plakaları microscale ekimi çok az kontrol edilebilir veya pahalı ekipman kullanır beri büyük bir yük ve protein üretim özellikleri değerlendirmek için kullanılır. Kurucu ifade veya metanol indüksiyon ve şimdiye kadar geleneksel iletişim kuralları yetiştirme ve P. pastoris indüksiyon için kurulmuştur Ayrıca, güvenilir iletişim kuralı yok ekran P. pastoris ifade için tarif edildi (kontrollü ve izlenen) paralel arazisi içinde derepressible rehberleri ile suşları. Yem sürekli yavaş gliserol de dahil olmak üzere biyoreaktör koşulları simüle metanol özgür ifade için bir basit sallamak şişesi yetiştirme sistemi kurduk karakterize ve yeni protein üretim suşları karşılaştırmak için ilk böyle arazisi basitleştirmek için ve böylece online izleme çoğunlukla uygulamalı küçük ölçekli toplu arazisi karşılaştırıldığında Biyoreaktörler gerçek koşullarda daha yakın geliyor. Karbon kaynağı P. pastoris, ifadesinde Rekombinant protein sürmeyi PDC ve PDF uygulanmış olan Organizatör bastırılmış. Katıştırılmış karbon kaynağı, gliserol bir ilerleme hızı biyokütle üretimi düşük tutarken Rehberleri etkin korumak için gerekli enerji teslim güvence verdi, sabit bir miktarda serbest ile polimer diskler.
Verim ve güvenilir yetiştirme koşulları bakteri ve Maya gibi mikroorganizmalar tarafından Rekombinant protein üretimi için büyük ölçekte iyileşme Binbaşı biridir bugünün biyoteknoloji1 ve Sanayi ticari başarısı ihtiyaçlarını uygulamaları. Karşılaşma basit yetiştirme yordamlar ve medya, yüksek verim ve de karakterize araçları2 Pichia pastoris (Komagataella phaffii) Rekombinant protein üretimi için yaygın olarak kullanılan bir sigara geleneksel Maya. Ek yenilikçi araçlar sürekli yaygın olarak kullanılan PAOX1, organizatörü bölge alkol oksidaz 1 gen3, alternatif olarak yeni rehberleri de dahil olmak üzere yeni ifade vektörel çizimler gibi bu tür için geliştirilen 4,5. 500 bp uzun DNA dizisi akıntıya karşı CAT1 (CTA1) gen P. pastorisyeni metanol-alerjik ve çok yönlü ifade stratejisinde sağlar organizatörü bölge olarak tespit edilmiştir. CAT1 gen P. pastoris tek katalaz gen ve protein peroksizomların içinde yer almaktadır. Katalaz, e.gkaynaklanan reaktif oksijen türleri, detoksifikasyon içinde önemli bir rol oynar., metanol oksidasyon peroksizomal MUT yolu veya yağ asitleri6,7‘ nin beta oksidasyon sırasında üzerinden. CAT1 Gen ifadesinin glikoz veya gliserol ekimi orta prescence bastırılmış ve bu karbon kaynakları8tükenmesi derepressed. Ayrıca, katalaz Gen ifadesinin metanol ve oleik asit, oleik asit bile olarak benzer ifade düzeyleriyle ulaşan ile indüklenen P. pastoris MUT yolun tek gen görünüşte olmak ile de remarkebly ile indüklenen Metanol indüksiyon9.
PDC (bazen de kısaltılmış PCAT1-500) denir, bu P. pastoris CAT1 organizatörü 500 bp parçası önce intracellularly ifade ve salgılanan proteinler üretimi için sınanmış ve olduğu ortaya çıktı bir iki klasik cazip alternatif P. pastoris Rehberleri-güçlü kurucu PGAP ve metanol daha 20 yıl önce geliştirilen indüklenebilir PAOX1,. PDC % 21 (CalB) ve şeker zengin Orta PGAP göre hacimsel faaliyetlerin (HRP) % 35 ulaşmayı başardı. Metanol indüksiyon, üzerine PDC sadece PAOX1daha hızlı yanıt vermedi, ama aynı zamanda açıkça bu bir 2,8 kat daha yüksek son titresi CalB9tarafından topundan daha iyi.
Yanı sıra PDC, bir orthologous organizatörü (PDF) benzer bir düzenleme profil sergileyen tespit edilmedi. Ancak, PDC küçük derepressed yanı sıra daha metanol kaynaklı altında (hazırlık el yazması)3koşullar önemli ölçüde güçlü.
Güçlü kurucu PGAP fizyolojik açıdan sorunlu ya da sitotoksik proteinler10,11nedeniyle başarısız olduğu durumlarda,DC P ve PDF ideal bir alternatif temsil eder. Mikro ölçekli deneyler, bu Organizatör tarafından tahrik ifade başlar ilk karbon kaynak tükenmesi sonra (Örn., glikoz veya gliserol), hangi kolaylaştırır biyokütle üretimi overexpression hücrelerle akneden olmadan Rekombinant protein en başından. Her ikisi de bu Organizatör tarafından metanol hala indüklenebilir olmakla birlikte, belgili tanımlık harekete geçirmek derepression tarafından ek P istihdam ifadeler karşılaştırıldığında preinduction faz kullanırAOX1. Ayrıca, PDC ve PDF büyük endüstriyel proseslerin12için arzu edilen bir hedeftir metanol-Alerjik protein üretimi için kullanılabilir.
Geçerli üretim suşları ve ifade yapıları gelişimi için ölçek-up için tercih edilen aday için transformants çok sayıda daraltmak için geçirilecek geliştirme birkaç adım var. Gösterimleri genellikle çok iyi tabak içinde yüksek işlem hacmi içinde gerçekleştirilir (mikro ölçekli: az 0.5 mL) klonlar mümkün olduğunca büyük bir dizi yakalamak için. Sonraki yeniden tarama ve re-re-screening olduğunu sallamak şişesi tarafından takip sonraki adım (küçük ölçekli: 50-250 mL) veya (mikro-) biyoreaktör gösterimleri12. Ancak, microlitres sallamak şişeler sonraki ölçek-up iyi kontrollü metanol-Alerjik üretim kadar birkaç mililitre kadar derin-şey tabak içinde yüzlerce farklı ölçekler arasında en benzer bir yöntem için katlanmak Biyoreaktörler. Shake şişeler zaten benzer birimler olarak küçük Biyoreaktörler sağlamasına karşın, sürekli besleme, havalandırma ve online izleme13 büyüme gibi büyük ölçekli protein üretim için son derece uygun birçok sınırlamalar vardır ve oksijen kaynağı. Optik izleme istihdam sallamak şişeler uyarlanmış ve sarsma cihazları gibi büyük kültür parametreleri hakkında sürekli online bilgi sağlamaya devam ederken paralel işleme için daha gelişmiş ekipman için düşük maliyetli bir alternatif sağlamak biyokütle ve çözünmüş oksijen konsantrasyonu. Karbon kaynağı yavaş salınımlı polimer gemisi karmaşık teknik çözümler ve cihazlar, Biyoreaktörler daha benzer koşullar daha önce uygulanan basit tam taklit dayanarak olmadan sürekli ve kontrollü besleme güvenliğini sağlamak için uygulanabilir karbon kaynağı9,10, tükenmesi burada devam eden protein ifade için enerji olur sınırlama.
Aşağıdaki yöntemi küçük açıklar orta ölçekli metanol ücretsiz kontrol edilebilir protein ifade için PDC ve PDF. P. pastoris sisteminde yeni Organizatör dayalı İndüksiyon derepression tarafından iki aşamadan oluşur. Protein üretimi olmadan biyokütle birikimi faiz, nerede bir karbon kaynağı küçük ama sabit konsantrasyonlarda sağlanan rehberleri ve hedef protein üretim, ikinci faz represses bir karbon kaynağı’nı ilk kısa aşaması derepressed organizatörü bakımı. Online en kritik ekimi parametreleri izleme tüm yetiştirme döneminde uygulanır. Metanol ücretsiz, güvenilir ve ölçeklenebilir yetiştirme sistemi P. pastorisiçin sağlamak için hedefi oldu.
Bu yöntem güvenilir bir protokolü için verimli metanol bağımsız indüklenebilir ifade tarafından P. pastoris PAOX112tarafından tahrik klasik metanol indüklenen protein ifade bir alternatif olarak sunar. De-repressible rehberleri,DCP, PDF veya yukarıda açıklanan mutasyona uğramış PAOX1 türevleri17, gibi bu yeni protein üretim kavramı moleküler temeli oluşturmak. Gösterilen temsilcisi sonuçları kullanışlılığı ve P. pastoris Rekombinant protein ifadesinde de-bastırılmış rehberleri ve basit online izleme ile küçük ölçekli tarama tarafından pratiklik altını çizin. Bir yandan AOX1 organizatörü indüksiyon için genellikle kullanılan zararlı ve zehirli metanol ekimi ortadan kaldırılabilir. Öte yandan, bünye protein ifade, Örneğinaksine edilişi9 büyüme ve protein üretim aşaması vardır., yaygın olarak kullanılan PGAPile. Bu özellikle yararlı olduğunda hücreleri bir yük gosterir toksik veya zararlı proteinler hızlı.
Arazisi farklı karbon kaynağı konsantrasyonları ile başlatmak için olasılığı bir protein üretim aşamasında daha önce kazanmak istiyorum ne kadar biyokütle başlama kararı sağlar. Öte yandan yüksek hücre yoğunluğu da daha yüksek protein titreleri neden olabilir süre bir düşük karbon kaynağı yoğunluklu toplu iş iş işlemde seçerken, oksijen transfer sınırlamaları çok yüksek hücre yoğunluğu nedeniyle azaltılabilir. Şekil 1‘ de gösterildiği biyokütle üretimi ve oksijen konsantrasyonları açısından kültür geliştirme izleyerek, beslenen-toplu iş başlangıç için en uygun zaman noktası kolayca belirlenebilir.
Online bu işleme parametrelerini izlemek için bir uygun ölçüm sistemi uygulanması gerekir. Ölçüm cihazı (Örneğin, SFR Vario) biyokütle basit ve ekonomik online ölçüm sistemi kültür izleme için sallamak şişeler. Opto-elektronik okuyucu yolu ile dağınık ışık algılama şişeye hücre büyüme belirler ve şişeye entegre oksijen sensörü sinyal dışarı okur. Biyokütle ölçüm için optik parçacıklar kültür suyu (hücreler) tarafından dağınık ve bir fotodiyot ile tespit bir ışık sinyali yayan bir LED oluşur. Optik sensörleri belirli bir dalga boyu ışıkla heyecanlı zaman floresans yayarlar. Analit molekülleri mevcut miktarına bağlı olarak, bu floresan sinyal, hangi okuyucu optik tarafından algılanır ve konsantrasyon değerleri değiştirir. Ancak, bir hücre yoğunluğu ölçüm kalibrasyon ölçüm sistemi gerçek OD600 değerleri ölçme değil beri önceden, kurulacak vardır. Oksijen alımını oranı üzerinden reader yazılımı ile oksijen eğrisi eğimi hesaplanabilir ve sıcaklık gibi rpm sürekli diğer parametreler ile birlikte kaydedilir. Bu sistem ile izlemeyi etkinleştir için sallamak şişeler daha önce istenen parametreler için uygun sensörleri ile donatılmış olması gerekir.
Dört yavaş salımlı polimer eklenmesiyle diskler, gliserol kültür suyu için sabit bir miktarını sağlama biyokütle birikimi neredeyse durdu ve Rekombinant protein üretim devam etmektedir. Besleme disk ek zaman noktası belirlenmesi önemli bir adım bu deneyde değil, ama ifade üzerine başlar üstel büyüme aşamasında önce erken bir besleme başlangıç organizatörü aktivasyon inhibe düşünülmelidir karbon kaynak tükenmesi. Ayrıca, oysa sonra hücreleri durağan faz ulaştınız yem geciktirmek için açlıktan neden olabilir ve bozulma zaten protein üretilen yemek zamanı polimer kapasite sınırlamaları nedeniyle toplam azalabilir. Besleme diskler bu protokol için kullanılan miktarı deneysel organizatörü biyokütle üretimi düşük (veri gösterilmez) tutarken de-baskı altında tutmak en iyi karbon kaynağı sürülmesi tespit edilmiştir. Bu şekilde, arazisi olabilir 160-180 h herhangi bir müdahale olmadan kolayca üzerinden gerçekleştirilen.
Bu yeni protokol ana uygulamalar eleme ifade klon, enzim evrim ve keşif, karakterizasyonu ve mühendislik yeni Rehberleri metanol-Alerjik ekimi Protokolü iyi izlenen koşullarında istihdam olacaktır. Prensip olarak, aynı iletişim kuralını metanol ve sınırlı fermantatif karbon kaynağı beslemeleri gibi Panula-Perälä ve arktarafından açıklanan istihdam karışık-besleme stratejileri için uygulanabilir olmalıdır. 2014 yılında18.
The authors have nothing to disclose.
ROBOX Avrupa Birliği (AB) proje ROBOX (Hibe Sözleşmesi n ° 635734) Avrupa Birliği’nin ufuk 2020 programı araştırma ve yenilik altında eylemler H2020-LEIT biyo-2014-1 fon aldı. Görüş ve ifade burada fikir yalnızca o yazar(lar) ve mutlaka bu Avrupa Birliği Araştırma Ajansı yansıtmamaktadır. Avrupa Birliği’nin burada yer alan bilgiler yapılan herhangi bir kullanım için sorumlu değildir.
Doktora tezi ile J. Fischer bir grant tarafından Avusturya finansman Kurumu’nun işe FFG “tez için Industrienahe” ortak finanse edilmektedir.
Biz yararlı tartışmalar ve el yazması taslak için değerli giriş Gernot John (PreSens GmbH) teşekkür ederim.
Bacto Yeast Extract | BD Biosciences | 212720 | |
Baffled Flask 250 mL | DWK Life Science | 212833655 | |
BBL Phytone Peptone | BD Biosciences | 298147 | |
BioPhotometer | Eppendorf AG | 5500-200-10 | |
Certoclav-EL | CertoClav GmbH | 9.842 014 | |
Difco Yeast nitrogen base w/o amino acids | BD Biosciences | 291920 | |
Feed discs glycerol | Adolf Kuhner AG | 315060 | |
Glucose-monohydrate | Carl Roth GmbH + Co. KG | 6887 | |
Glycerol ≥98 % | Carl Roth GmbH + Co. KG | 3783 | |
K2HPO4 | Carl Roth GmbH + Co. KG | 6875 | |
KH2PO4 | Carl Roth GmbH + Co. KG | 3904 | |
Multitron Standard | Infors AG | 444-4226 | |
SFR Vario v2 | PreSens GmbH | 200001689 |