Deze methode voor het eerst beschrijft betrouwbare experimentele procedures voor efficiënte afleidbare methanol-vrije recombinante eiwitproductie in Pichia pastoris (Komagataella phaffii), met de koolstof bron geregeld initiatiefnemers P DCen PDF in kleine schaal experimenten terwijl teelt parameters kunnen online worden gecontroleerd, en een constante glycerol feed wordt toegepast.
Methanol is een gevestigde koolstofbron inductor voor efficiënte eiwitproductie, Pichia pastoris (P. pastoris) in dienst als een host op micro-, lab en industriële schaal. Echter, vanwege de giftigheid en brandbaarheid is er een verlangen om te voorkomen dat methanol met behoud van de hoge productiviteit van P. pastoris. Kleinschalige bioreactor teelten (0.5-5 L werken volume) worden vaak gebruikt om te evalueren van een stam en de eiwit productie kenmerken omdat microscale teelt in diep goed platen nauwelijks kan worden gecontroleerd of afhankelijk van dure apparatuur. Bovendien, traditionele protocollen voor de teelt en de inductie van P. pastoris werden opgericht voor de constituerende expressie of methanol inductie en tot nu toe dat geen betrouwbare protocollen werden beschreven op scherm P. pastoris expressie stammen met derepressible initiatiefnemers in (gecontroleerde en bewaakte) parallelle teelten. Ter vereenvoudiging van deze eerste teelten te karakteriseren en vergelijken van nieuwe eiwit productie stammen, opgericht wij een eenvoudige schudden kolf Cultuurstelsel voor methanol vrije meningsuiting die simuleert bioreactor voorwaarden met inbegrip van een constante traag glycerol feed en online monitoring, daardoor komt dichter bij de werkelijke voorwaarden in bioreactoren in vergelijking met meestal toegepaste kleinschalige batch teelten. Onderdrukt de initiatiefnemers PDC en PDF werden toegepast om recombinant eiwit expressie in P. pastoris, de koolstofbron. Polymeer schijven met ingesloten koolstofbron, het vrijgeven van een constante hoeveelheid glycerol, verzekerd van een verwerkingsdebiet leveren de nodige energie voor het behoud van de initiatiefnemers actief terwijl de generatie biomassa laag.
Verbetering van de opbrengst en betrouwbare teelt voorwaarden op grote schaal de productie van recombinante eiwitten door micro-organismen zoals bacteriën of de gist is één van de belangrijkste behoeften van de hedendaagse biotechnologie1 en het commerciële succes van industriële toepassingen. Dueto eenvoudige teelt procedures en media, hoge opbrengsten en goed gekarakteriseerd tools2 Pichia pastoris (Komagataella phaffii) is een veel gebruikte niet-conventionele gist voor productie van recombinante eiwitten. Extra innovatieve hulpmiddelen worden voortdurend ontwikkeld voor deze soorten, zoals de nieuwe expressievectoren, met inbegrip van nieuwe initiatiefnemers als alternatieven voor de meest gebruikte PAOX1, de regio van de promotor van de alcohol oxidase 1 gen3, 4,5. Een 500 bp lange DNA-sequentie stroomopwaarts van het gen CAT1 (CTA1) werd aangeduid als de promotor regio, waarmee een nieuwe strategie van de methanol-vrij en veelzijdige expressie in P. pastoris. Het gen CAT1 is het enige katalase-gen van P. pastoris en het eiwit ligt in de peroxisomen. De katalase speelt een belangrijke rol in de ontgifting van reactieve zuurstof soorten, die zijn ontstaan, bijv., van methanol oxidatie in de peroxisomal MUT traject of tijdens Bèta-oxidatie van vetzuren6,7. De uitdrukking van het gen CAT1 is onderdrukt in de prescence van glucose of glycerol in het teelt-medium en derepressed op de uitputting van deze koolstof bronnen8. Bovendien, de expressie van het katalase-gen kan worden opgewekt met methanol en remarkebly ook met oliezuur, schijnbaar wordt het enige gen van de P. pastoris MUT traject dat kan worden opgewekt met oliezuur zelfs bereiken van vergelijkbare niveaus van de expressie als met methanol inductie9.
De 500 bp fragment van de promotor van dit P. pastoris CAT1 , die heet PDC (soms ook afgekort PCAT1-500), is voor de productie van intracellulair uitgedrukt en secreted eiwitten reeds getest en bleek een aantrekkelijk alternatief voor de twee klassieke P. pastoris initiatiefnemers – de sterke constitutieve Pkloof en de methanol afleidbare PAOX1, die meer dan 20 jaar geleden werden ontwikkeld. De P-DC kon bereiken 21 (CalB) tot 35% (HRP) van de volumetrische activiteiten ten opzichte van de P-GAP in suiker rijk medium. Methanol inductie, de P-DC niet alleen sneller dan de PAOX1hebben gereageerd, maar kon ook duidelijk beter te presteren dan het door een hogere definitieve titer 2.8 vouwen van CalB9.
Naast de PDC, had de promotor van een orthologous (PDF) geïdentificeerd tentoonstellen van een soortgelijke verordening profiel. Het is echter aanzienlijk sterker dan de PDC onder derepressed, evenals onder het methanol-induced voorwaarden (manuscript in voorbereiding)3.
In gevallen waar de sterke constitutieve Pkloof is mislukt vanwege fysiologisch problematisch of cytotoxische eiwitten10,11, vormen de P-DC en de P-DF een ideaal alternatief. In micro schaal experimenten, de expressie gedreven door deze initiatiefnemers begint na de uitputting van de initiële koolstofbron (bv., glucose of glycerol), die de productie van biomassa zonder te belasten de cellen met de overexpressie van vergemakkelijkt de recombinant eiwit vanaf het begin. Terwijl deze initiatiefnemers allebei nog afleidbare door methanol, de activering door derepression maakt extra gebruik van de preinduction fase in vergelijking met de uitdrukkingen met PAOX1. Bovendien, de PDC en PDF kan worden gebruikt voor methanol-vrije eiwitproductie, dat een wenselijk doel voor grote industriële processen12 is.
Voor de ontwikkeling van de toepasselijke productie spanningen en expressie constructies hebben verschillende stappen in de ontwikkeling worden doorgegeven om gerichter van grote aantallen transformants aan de voorkeurskandidaat voor schaal-up. Vertoningen worden meestal uitgevoerd in hoge doorvoersnelheid in multi goed platen (micro schaal: minder dan 0,5 mL) om te vangen een aantal klonen zo groot mogelijk. Latere opnieuw screening en re-re-screening is de volgende stap, gevolgd door schudden kolf (kleine schaal: 50-250 mL) of (micro-) bioreactor screenings12. Het is echter wenselijk dat een methode, die best te vergelijken tussen de verschillende schalen uit honderden antigeendosis in diepe-Wells-platen tot enkele milliliter in shake kolven tot later schaal-up van de methanol-vrije productie in goed gecontroleerde is bioreactoren. Hoewel shake kolven al soortgelijke volumes als kleine bioreactoren bieden kunnen, er zijn verschillende beperkingen, die zeer relevant voor grootschalige productie van eiwitten zoals constante voeding, beluchting en online-monitoring13 van groei zijn en zuurstoftoevoer. Optische controle dienst aangepast shake kolven en schudden apparaten een kosteneffectief alternatief bieden voor meer geavanceerde apparatuur voor parallelle teelt terwijl nog steeds constant online informatie over belangrijke cultuur parameters zoals biomassa en gehalte aan opgeloste zuurstof. Langzaamwerkend van koolstofbron van polymeer dragers kan worden toegepast om een constante en gecontroleerde feed zonder te hoeven vertrouwen op complexe technische oplossingen en apparaten, meer gelijke concurrentievoorwaarden bioreactoren dan de eerder toegepaste eenvoudige volledige simuleren uitputting van koolstof bron9,10, waar energie voor lopende eiwit expressie wordt beperkt.
De volgende methode beschrijft een kleine tot middelgrote schaal methanol-vrije controleerbaar eiwit expressie systeem in P. pastoris gebaseerd op de initiatiefnemers van de nieuwe PDC en PDF. Inductie door derepression bestaat uit twee fasen. Een eerste korte fase van accumulatie van de biomassa zonder de productie van de proteïne van belang, met behulp van een koolstofbron die onderdrukt de initiatiefnemers en een tweede fase van de productie van de eiwitten van de doelgroep, waar een koolstofbron wordt geleverd in een kleine, maar constante concentratie behoud van de promotor derepressed. Online bewaking van meest kritieke parameters van de teelt wordt toegepast tijdens de hele teeltperiode. Het doel was om een methanol vrij, betrouwbare en schaalbare Cultuurstelsel voor P. pastoris.
Deze methode geeft een betrouwbaar protocol voor efficiënte methanol onafhankelijke afleidbare expressie door P. pastoris als alternatief voor de klassieke methanol geïnduceerde eiwituitdrukking gedreven door PAOX112. -Repressible initiatiefnemers, zoals de P-DC, de PDF of eerder beschreven gemuteerde PAOX1 varianten17, bouwen de moleculaire basis voor dit nieuwe concept van eiwit productie. De getoonde representatieve resultaten benadrukken het nut en de haalbaarheid van recombinant eiwit expressie in P. pastoris door-onderdrukte initiatiefnemers en kleinschalige screening met eenvoudige online monitoring. Aan de ene kant, kan de schadelijke en giftige methanol, die meestal wordt gebruikt voor de inductie van de promotor van de AOX1 worden geëlimineerd uit de teelt. Aan de andere kant, de groei en de fase van de eiwit-productie worden afgekoppeld9 in tegenstelling tot de constitutieve eiwit expressie, bijv., met de meest gebruikte Pkloof. Dit is vooral nuttig wanneer de cellen moeten uitdrukken toxische of schadelijke eiwitten die een last voor hen weergegeven.
De mogelijkheid om te beginnen de teelten met verschillende koolstof bron concentraties kan het besluit van hoeveel biomassa die men zou willen krijgen voordat de eiwit-productie-fase begint. Bij het kiezen van een lagere concentratie van koolstof bron in de batch, kunnen zuurstof overdracht beperkingen als gevolg van te hoge cel dichtheden worden verminderd, terwijl aan de andere kant hogere dichtheden van de cel ook in hogere eiwit titers resulteren kunnen. Door het toezicht op de ontwikkeling van de cultuur in termen van biomassa generatie en zuurstofconcentraties, kan het optimale tijdstip voor het initiëren van de fed-batch gemakkelijk zoals is aangetoond in Figuur 1worden bepaald.
Voor de online bewaking van de parameters van deze teelt, moet een passende meetsysteem worden toegepast. De biomassa meettoestel (b.v., SFR Vario) is een eenvoudige en economische online meet-systeem voor het toezicht op cultuur shake kolven. De opto-elektronische lezer bepaalt celgroei in de kolf via verstrooide licht detectie en leest het signaal van de lambdasonde geïntegreerd in de kolf. De optica voor meting van de biomassa bestaan uit een LED dat een lichtsignaal, die is verspreid door deeltjes (cellen) in de cultuur-Bouillon en met een fotodiode ontdekt uitzendt. De optische sensoren uitstoten fluorescentie wanneer opgewonden met licht van een bepaalde golflengte. Afhankelijk van de hoeveelheid analyt moleculen aanwezig verandert dit signaal van de fluorescentie, die is gedetecteerd door de lezer optica en vertaald in concentraties. Een cel kalibratie voor de meting van de dichtheid heeft echter vooraf, worden vastgesteld, aangezien het meetsysteem is niet het werkelijke OD600 waarden meten. De zuurstof opname snelheid kan worden berekend uit de helling van de curve van het zuurstof met de software van de lezer, en de temperatuur, alsmede de rpm voortdurend samen met de andere parameters worden geregistreerd. Als u wilt controleren met dit systeem, moeten de shake kolven eerder worden uitgerust met het passende sensoren voor de gewenste parameters.
Door de toevoeging van vier slow release polymeer schijven bieden een constante hoeveelheid glycerol aan de cultuur-Bouillon, biomassa accumulatie is bijna gestopt, en productie van recombinante eiwitten wordt voortgezet. De bepaling van het tijdstip van diervoeders schijf toevoeging is niet een cruciale stap in dit experiment, maar dit moet worden beschouwd dat een voortijdige feed start voordat de exponentiële groeifase kon worden remming van de promotor-activering als de expressie begint op koolstof bron uitputting. Bovendien, kan het totaal voedertijd als gevolg van polymeer capaciteit beperkingen worden verminderd, terwijl de feed vertraagd nadat de cellen hebben bereikt de stationaire fase tot honger leiden kan en afbraak van reeds opgeleverd eiwit. Het bedrag van diervoeders schijven gebruikt in dit protocol werd experimenteel bepaald voor de optimale koolstof bron release te houden van de promotor-onderdrukt terwijl biomassa generatie laag (gegevens niet worden weergegeven). Op deze manier de teelten kunnen worden uitgevoerd zonder tussenkomst van gemakkelijk meer dan 160-180 h.
Belangrijkste toepassingen van dit nieuwe protocol zullen in expressie kloon screening, enzym evolutie en de ontdekking, de karakterisering en de engineering van de initiatiefnemers van de nieuwe dienst een protocol van de methanol-vrije teelt onder goed gecontroleerde omstandigheden. In principe moet hetzelfde protocol gelden voor gemengd-feed strategieën methanol en beperkte fermenterende koolstof bron feeds zoals beschreven door Panula-Perälä et al.in dienst. in 201418.
The authors have nothing to disclose.
ROBOX heeft financiering ontvangen van de Europese Unie (EU)-project ROBOX (subsidie overeenkomst n ° 635734) onder de Horizon 2020-programma onderzoek en de innovatie van EU acties H2020-LEIT BIO-2014-1. De standpunten en meningen hierin zijn alleen die van de auteur (s), en weerspiegelen niet noodzakelijk die van het Bureau van de Europese Unie-onderzoek. De Europese Unie is niet aansprakelijk voor enig gebruik dat kan worden gemaakt van de hierin opgenomen informatie.
De doctoraatsthesis van J. Fischer wordt mede gefinancierd door een subsidie voor “Industrienahe proefschrift” van de Oostenrijkse financiering agentschap FFG.
Wij danken Gernot John (PreSens GmbH) voor de nuttige discussies en waardevolle input voor het ontwerp van de manuscript.
Bacto Yeast Extract | BD Biosciences | 212720 | |
Baffled Flask 250 mL | DWK Life Science | 212833655 | |
BBL Phytone Peptone | BD Biosciences | 298147 | |
BioPhotometer | Eppendorf AG | 5500-200-10 | |
Certoclav-EL | CertoClav GmbH | 9.842 014 | |
Difco Yeast nitrogen base w/o amino acids | BD Biosciences | 291920 | |
Feed discs glycerol | Adolf Kuhner AG | 315060 | |
Glucose-monohydrate | Carl Roth GmbH + Co. KG | 6887 | |
Glycerol ≥98 % | Carl Roth GmbH + Co. KG | 3783 | |
K2HPO4 | Carl Roth GmbH + Co. KG | 6875 | |
KH2PO4 | Carl Roth GmbH + Co. KG | 3904 | |
Multitron Standard | Infors AG | 444-4226 | |
SFR Vario v2 | PreSens GmbH | 200001689 |