Summary

Een fluorescentie schommelingen spectroscopie Assay voor eiwit-eiwitinteractie op cel contacten

Published: December 01, 2018
doi:

Summary

Dit protocol beschrijft een fluorescentie schommelingen spectroscopie gebaseerde aanpak om te onderzoeken van interacties tussen eiwitten bemiddelen cel interacties, d.w.z. eiwitten gelokaliseerd in cel kruispunten, rechtstreeks in levende cellen. Wij bieden gedetailleerde richtsnoeren op kalibreren van het instrument, data-acquisitie en analysemethoden, inclusief correcties mogelijk artefact bronnen.

Abstract

Een scala aan biologische processen omvat cel interacties, meestal gemedieerd door eiwitten die op het raakvlak tussen naburige cellen samenwerken. Van belang zijn slechts weinig testen staat specifiek indringende dergelijke interacties rechtstreeks in levende cellen. Hier presenteren we een test voor het meten van de binding van eiwitten geeft uiting aan de oppervlakken van naburige cellen, op cel contacten. Deze test bestaat uit twee stappen: vermenging van cellen uiten van de proteïnen van belang gesmolten aan verschillende fluorescente proteïnen, gevolgd door fluorescentie schommelingen spectroscopie metingen op cel-cel contacten met behulp van een confocale laser scanning microscoop. We aantonen de haalbaarheid van deze test in een biologisch relevante context door het meten van de interacties van de amyloïde precursor-achtige eiwitten 1 (APLP1) over de cel-cel kruispunten. Wij bieden gedetailleerde protocollen op de data-acquisitie met behulp van fluorescentie gebaseerde technieken (scannen van fluorescentie cross-correlatie spectroscopie, cross-correlatie nummer en helderheid analyse) en het vereiste instrument kalibraties. Verder bespreken we kritische stappen in de data-analyse en hoe te identificeren en corrigeren van externe, vals signaal variaties, zoals die als gevolg van photobleaching of cel verkeer.

In het algemeen, de voorgestelde bepaling is van toepassing op elke homo- of heterotypic eiwit-eiwit interactie op cel contacten, tussen de cellen van de dezelfde of verschillende typen en op een commerciële confocale laser scanning microscoop kan worden uitgevoerd. Een belangrijke voorwaarde is de stabiliteit van het systeem, dat volstaan moet om de sonde diffusive dynamiek van de proteïnen van belang over enkele minuten.

Introduction

Veel biologische processen zich voordoen op de sites van cel-cel interacties, bijvoorbeeld cel-cel adhesie1,2,3, cel-cel fusion4 en cellulaire erkenning5. Dergelijke gebeurtenissen zijn vooral belangrijk bij de ontwikkeling van meercellige organismen en voor cel-cel communicatie, bijvoorbeeld tijdens de immuunrespons. Deze processen zijn meestal gemedieerd door eiwitten die zijn gelokaliseerd aan het oppervlak, dat wil zeggen, op het plasma-membraan (PM) van naburige cellen en specifieke interacties op de cel-cel-contactpersoon die precies geregeld in ruimte en tijd te ondergaan. In veel gevallen deze interacties zijn directe homo- of heterotypic eiwit-eiwitinteractie trans interacties, maar mogelijk ook ionen of liganden hoedanigheid van extracellulaire linkers1. Hoewel het van fundamenteel belang, is er een gebrek assays indringende deze specifieke eiwit-eiwitinteractie rechtstreeks in de eigen omgeving van levende cellen. Veel methoden vereisen of verstoring van de cel (bijvoorbeeld biochemische tests zoals co-immunoprecipitation6), fixatie (bijvoorbeeld aantal super resolutie optische microscopie technieken en elektronenmicroscopie van cel-cel contact op met7), of zijn niet-specifieke, bijvoorbeeld aggregatie / hechting testen8,9. Om dit probleem te overwinnen, zijn fluorescentie technieken doorgevoerd op basis van fluorescentie resonance energy transfer (FRET)10 of fluorescentie complementatie11. Deze methoden vereisen echter om voldoende kleine afstanden tussen fluorophores, fluorescerende etiketten aan de extracellulaire kant van de eiwitten10, mogelijk verstoren trans interacties.

Hier presenteren we een alternatieve fluorescentie gebaseerde assay voor eiwit-eiwitinteractie op cel contacten. Deze aanpak combineert fluorescentie cross-correlatie benaderingen (scannen fluorescentie cross-correlatie spectroscopie (sFCCS), cross-correlatie nummer en helderheid (ccN & B)) en het mengen van cellen uiten van een constructie van de fusie voor het eiwit van belang, bijvoorbeeld een hechting-receptor. De onderzochte receptoren in de twee interagerende cellen worden aangeduid met twee spectraal gescheiden fluorescente proteïnen (FPs), van de intracellulaire kant (Zie figuur 1A).

De werknemer methoden zijn gebaseerd op de statistische analyse van de fluorescentie schommelingen veroorzaakt door de diffusive motie van fluorescerende fusion eiwitten door het focal volume van een confocale laser scanning microscoop. Meer in detail sondes de bepaling de co verspreiding van de proteïnen van belang in beide naburige PMs op cel contacten. Als de eiwitten ondergaan trans interacties, zal deze trans -complexen fluorescente proteïnen uitstoten in beide spectrale kanalen, waardoor gecorreleerde fluorescentie schommelingen van beide vervuilers dragen. Aan de andere kant, als geen binding treedt op, zal het aantal schommelingen van eiwitten bij het omgaan met PMs onafhankelijk zijn, waardoor geen gecorreleerde schommelingen. De overname kan op twee manieren worden uitgevoerd: 1) sFCCS is gebaseerd op een lijn-vormige scan door de contactpersoon van de cel-cel en effectief onderzoekt de interacties in een plek gelegen in de regio contact. Door middel van een temporele analyse van fluorescentie schommelingen biedt sFCCS ook dynamica informatie, dat wil zeggen, de coëfficiënten van de diffusie van eiwitcomplexen; 2) ccN & B is gebaseerd op een pixel-wise analyse van een reeks beelden die zijn verworven op de cel contact regio’s. Het heeft de mogelijkheid om te sonderen en kaart interacties langs de hele Neem contact op met de regio (in één brandvlak), maar levert geen informatie over dynamiek. Beide methoden kunnen worden gecombineerd met een analyse van de moleculaire helderheid, dat wil zeggen, de gemiddelde fluorescentie-signaal in de tijdseenheid uitgestoten door één verspreiden van eiwitcomplexen en schattingen van de stoichiometrie van eiwitcomplexen op dus op te leveren de contactpersonen van de cel.

In dit artikel geven wij gedetailleerde protocollen voor monstervoorbereiding, kalibreren van het instrument, data-acquisitie en analyse uit te voeren van de voorgestelde bepaling over een commerciële confocale laser scanning microscoop. De experimenten kunnen worden uitgevoerd op elk instrument voorzien van foton tellen of analoge detectoren en een doelstelling met hoge numerieke diafragma. We verder bespreken kritische stappen van het protocol en correctie regelingen voorzien in verschillende processen veroorzaken artefactual signaal schommelingen, bijvoorbeeld detector geluidshinder, photobleaching of cel verkeer. Oorspronkelijk ontwikkeld om sonde interacties tussen Adherente cellen, de bepaling voor schorsing cellen kunnen worden gewijzigd of aangepast aan membraan modelsystemen, bijvoorbeeld gigantische unilamellar blaasjes (GUVs) of gigantische plasma membraan blaasjes (GPMVs), waardoor de kwantificering van interacties in verschillende lipide omgevingen of bij gebreke van een georganiseerde cytoskelet12,13.

Het scannen van fluorescentie cross-correlatie spectroscopie is een gewijzigde versie van fluorescentie cross-correlatie spectroscopie14 en werd specifiek ontworpen om de sonde langzaam diffusive dynamiek in lipide membranen15. Het is gebaseerd op een lijn-scan overname loodrecht op de PM met de fluorescente proteïnen van belang. Om de sonde twee anders gelabelde eiwit soorten interacties, wordt de verwerving uitgevoerd in twee spectrale kanalen met behulp van twee laserlijnen en twee detectie Vensters voor spectraal gescheiden fluorophores. Vanwege de dynamiek van de trage verspreiding van eiwitten in de PM (D≤ ~ 1 µm2/s), een cross-talk-gratis meting kan worden uitgevoerd door afwisselend de regeling van de excitatie van lijn tot lijn15. De analyse begint met: 1) een uitlijning algoritme corrigeren voor laterale cel verkeer op basis van block-wise gemiddeld van ~ 1000 lijnen, 2) bepaling van de positie met maximale fluorescentie signaaldat wil zeggen, de PM positie, in elk blok en 3) verschuiven van alle blokken te een gemeenschappelijke oorsprong12,15, afzonderlijk in elk kanaal. Vervolgens wordt een automatische selectie van pixels die overeenkomen met de PM uitgevoerd door het selecteren van de regio in het midden van een Gaussiaanse pasvorm van de som van alle uitgelijnde lijnen (d.w.z., centrum ± 2.5σ). Integratie van het signaal in elke regel levert de membraan fluorescentie tijdreeksen F(t) in elk kanaal (g = groen kanaal, r = rode kanaal). Opmerking dat de pixelgrootte moet klein genoeg, bijvoorbeeld < 200 nm, te reconstrueren van de vorm van het punt verspreiden op functie en vindt haar center, overeenkomt met de positie van de PM. In de aanwezigheid van aanzienlijke photobleaching, de fluorescentie tijdreeksen in elk kanaal kan worden gemodelleerd met een dubbel-exponentiële functie en vervolgens gecorrigeerd met behulp van de volgende formule:16

Equation 1.    (1)

Het is belangrijk op te merken dat deze formule effectief corrigeert zowel de amplitudes en de diffusie tijden verkregen correlatie analyse van F(t)c, vergeleken met de ramingen van de parameter die uit de niet-gecorrigeerde F(t)zou worden verkregen. Vervolgens, de auto – en cross-correlatie functies (ACFs / CCFs) van de fluorescentie signalen worden berekend:

Equation 2, (2).

Equation 3, (3).

waar δFik = Fik(t) – Image 1 Fik(t)Image 2 en ik = g, r.

Het model van een twee-dimensionale diffusie is dan voorzien tot alle functies van de correlatie (CFs):

Equation 4.   (4)

Hier, geeft N het aantal fluorescente proteïnen in de omvang van de observatie en τd de diffusie-tijd voor elk kanaal. Dit model houdt rekening dat in de beschreven experimentele setting, verspreiding van eiwitten in de PM treedt op in het x-z vlak, in tegenstelling tot de veel gebruikte configuratie voor fluorescentie correlatie spectroscopie (FCS) experimenten op membranen sonderen verspreiding in de x-y-vlak van de confocal volume17. De taille w0 en de structuur factor S, met een beschrijving van de rek wz van het focal volume in z, S = wz/w0, een punt FCS kalibratie meting uitgevoerd met spectraal soortgelijke kleurstoffen en dezelfde optische instellingen worden verkregen met behulp van reeds beschikbare waarden voor de diffusie-coëfficiënt Dkleurstof:

Equation 5, (5).

waar τd, kleurstof de tijd gemeten gemiddelde verspreiding van de kleurstof moleculen is, verkregen uit de montage van een model voor driedimensionale verspreiding op gegevens, rekening houdend rekening overgangen van een breuk T van alle N -moleculen aan een triplet staat met een tijdconstante ττ:

Equation 6.   (6)

Tot slot zijn diffusie coëfficiënten (D), moleculaire helderheidswaarden (ε) en de relatieve cross-correlatie van sFCCS gegevens (rel.cc.) als volgt berekend:

Equation 7, (7).

Equation 8, (8).

Equation 9, (9).

waar GKruis(0) is de amplitude van de functie cross-correlatie en Equation 14 is de amplitude van de autocorrelatiefunctie in het ik-th kanaal.

Deze definitie van de relatieve cross-correlatie, dat wil zeggen met behulp van max in plaats van betekenen in vergelijking 9, houdt rekening dat het maximum aantal complexen van twee eiwit soorten waarvan de aanwezigheid in verschillende concentraties wordt beperkt door de soorten waarvan de aanwezigheid in een lager nummer.

Cross-correlatie nummer en helderheid is gebaseerd op een analyse van het moment van de intensiteit van de fluorescentie voor elke pixel van een afbeeldingsstapel verworven na verloop van tijd op een vaste positie in de steekproef, meestal bestaande uit ~ 100-200 frames, met twee spectrale kanalen () g = groen kanaal, r = rode kanaal). Ten opzichte van de temporele gemiddelde Image 1 ikImage 2ik en variantie Equation 16 , de moleculaire helderheid εi en nummer nik worden berekend in elke pixel en spectrale kanaal (Ik = g, r)18:

Equation 10, (10).

Equation 11. (11)

Het is belangrijk op te merken dat de gegeven vergelijkingen voor de ideale geval voor een ware foton-tellen detector gelden. Voor analoge detectiesystemen gelden de volgende vergelijkingen19,20:

Equation 12, (12).

Equation 13.   (13)

Hier, S is de omrekeningsfactor tussen gedetecteerde fotonen en de opgenomen digitale graven, Equation 24 is de uitlezing lawaai en offset verwijst naar de verschuiving van de intensiteit van de detector. In het algemeen, deze hoeveelheden moeten worden gekalibreerd, voor elk type van de detector, gebaseerd op de meting van de variatie van de detector als een functie van intensiteit voor constante verlichting19, bijvoorbeeld een reflecterend oppervlak van metalen of gedroogde kleurstof oplossing. De verschuiving kan worden bepaald door het meten van de graaf-tarief voor een monster zonder excitatie licht. Door het uitvoeren van een lineaire regressie van de afwijking van de detector-geassocieerde Equation 25 versus intensiteit (ik) perceel, S en Equation 24 kan worden bepaald19:

Equation 14.   (14)

Tot slot, de cross-correlatie helderheid in elke pixel wordt berekend en wordt gedefinieerd in het algemeen als21

Equation 15, (15).

waar Equation 29 is de Kruis-variantie Equation 30 .

Om het filteren van langlevende schommelingen, worden alle ccN & B berekeningen uitgevoerd na een boxcar filtering, onafhankelijk voor elke pixel22. Kort, ni, εik (Ik = g, r) en Bcc in glijden segmenten van bijvoorbeeld 8-15 frames worden berekend. De aldus verkregen waarden kunnen vervolgens om te verkrijgen van de laatste pixel aantal en helderheid waarden worden gemiddeld.

Stoichiometrie analyse
Om te kunnen inschatten van de stoichiometrie van eiwitcomplexen op cel contactpersonen, kan de moleculaire helderheid afzonderlijk worden geanalyseerd in elke spectrale kanaal voor de sFCCS of ccN & B gegevens. In sFCCS, wordt een helderheidswaarde verkregen per meting in elk kanaal. In ccN & B, een histogram van de helderheid van alle pixels die overeenkomen met de contactpersoon van de cel wordt verkregen en de waarde van de gemiddelde (of mediaan) kan worden gebruikt als vertegenwoordiger helderheid voor de meting. Door het uitvoeren van de dezelfde analyse op een monomeer verwijzing, kunnen alle helderheidswaarden rechtstreeks voor de gemiddelde oligomere staat van de gedetecteerde eiwitcomplexen worden genormaliseerd. Op dit punt, is het belangrijk om te corrigeren voor de aanwezigheid van niet-belichting fluorescerende FPs die leiden een onderschatting van de oligomere staat tot kan. Dit wordt meestal uitgevoerd door het meten van de helderheid van een homo-dimeric referentie eiwit23,24 met één kleur sFCS of nummer en de helderheid (N & B).

Protocol

1. monstervoorbereiding: Assay van het mengen van de cel Opmerking: Het volgende protocol beschrijft de mengen procedure voor Adherente cellen. Het kan worden gewijzigd voor de cellen gekweekt in suspensie. Zaad van een voldoende aantal cellen in een 6-well-plate, bijvoorbeeld 800.000 HEK 293T cellen (geteld met een Neubauer tellen kamer), een dag voor Transfectie. Het nummer kan worden aangepast afhankelijk van de tijd tussen zaaien en transfectie en aangepast voor andere c…

Representative Results

Een eerste test voor de eiwit-eiwit interactie assay, dat wil zeggen, mengen van cellen uiten spectraal verschillende fluorescente proteïnen, gevolgd door sFCCS/ccN & B metingen (Figuur 1), moet worden uitgevoerd op eiwitten die naar verwachting niet werken bij de cel contact (dat wil zeggen, een negatieve controle). Daarom HEK 293T cellen, uiting van myristoylated-palmitoylated-mEYFP (myr-palm-mEYFP) of -mCardinal waren gemengd en sFCCS we…

Discussion

De experimentele procedure die hier beschreven staat het onderzoek van eiwit-eiwitinteractie trans interacties bij cel contacten, fluorescentie schommelingen spectroscopie technieken, namelijk sFCCS en ccN & B. Deze methodes omvatten een statistische analyse van de schommelingen van de fluorescentie die wordt uitgestoten door twee spectraal gescheiden FPs gesmolten tot de expressie gebrachte eiwitten van belang bij een contact van twee naburige cellen, elk één of de andere fusieproteïne uitdrukken. De aanwezi…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Dit werk werd gedeeltelijk ondersteund door de Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) verlenen van 254850309. De auteurs bedanken Madlen Luckner voor kritische lezing van het manuscript.

Materials

DMEM growth medium PAN-Biotech P04-01548
DPBS w/o: Ca2+ and Mg2+ PAN-Biotech P04-36500
DPBS w: Ca2+ and Mg2+ PAN-Biotech P04-35500
Trypsin EDTA PAN-Biotech P10-023100
TurboFect Transfection Reagent Thermo Fisher Scientific R0531
HEK 293T cells DSMZ ACC 635
Alexa Fluor 488 NHS Ester Thermo Fisher Scientific A20000
Rhodamine B Sigma-Alderich 83689-1G
Plasmid DNA Addgene NA See reference 12 (Dunsing et. al., MBoC 2017),for a detailed description of all plasmids
6-well plate Starlab CC7672-7506
35-mm glass bottom dishes CellVis D35-14-1.5-N
Zeiss LSM780 confocal Carl Zeiss NA
MATLAB software package MathWorks  2015b 
Neubauer cell counting chamber Marienfeld 640110

References

  1. Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., Walter, P. . Molecular biology of the cell. , (2002).
  2. Tepass, U., Truong, K., Godt, D., Ikura, M., Peifer, M. Cadherins in embryonic and neural morphogenesis. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 1 (2), 91-100 (2000).
  3. Harris, T. J. C., Tepass, U. Adherens junctions: from molecules to morphogenesis. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 11 (7), 502-514 (2010).
  4. Hernández, J. M., Podbilewicz, B. The hallmarks of cell-cell fusion. Development. 144 (24), 4481-4495 (2017).
  5. Huppa, J. B., Davis, M. M. T-cell-antigen recognition and the immunological synapse. Nature Reviews Immunology. 3 (12), 973-983 (2003).
  6. Kaden, D., Voigt, P., Munter, L. -. M., Bobowski, K. D., Schaefer, M., Multhaup, G. Subcellular localization and dimerization of APLP1 are strikingly different from APP and APLP2. Journal of cell science. 122, 368-377 (2009).
  7. Yap, A. S., Michael, M., Parton, R. G. Seeing and believing: recent advances in imaging cell-cell interactions. F1000Research. 4, 273 (2015).
  8. Kashef, J., Franz, C. M. Quantitative methods for analyzing cell-cell adhesion in development. Developmental Biology. 401 (1), 165-174 (2015).
  9. Soba, P., et al. Homo- and heterodimerization of APP family members promotes intercellular adhesion. The EMBO Journal. 24 (20), 3624-3634 (2005).
  10. Kim, S. A., Tai, C. -. Y., Mok, L. -. P., Mosser, E. A., Schuman, E. M. Calcium-dependent dynamics of cadherin interactions at cell-cell junctions. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (24), 9857-9862 (2011).
  11. Feinberg, E. H., et al. GFP Reconstitution Across Synaptic Partners (GRASP) Defines Cell Contacts and Synapses in Living Nervous Systems. Neuron. 57 (3), 353-363 (2008).
  12. Dunsing, V., Mayer, M., Liebsch, F., Multhaup, G., Chiantia, S. Direct evidence of amyloid precursor-like protein 1 trans interactions in cell-cell adhesion platforms investigated via fluorescence fluctuation spectroscopy. Molecular biology of the cell. 28 (25), 3609-3620 (2017).
  13. Schneider, F., et al. Diffusion of lipids and GPI-anchored proteins in actin-free plasma membrane vesicles measured by STED-FCS. Molecular Biology of the Cell. 28 (11), 1507-1518 (2017).
  14. Bacia, K., Kim, S. A., Schwille, P. Fluorescence cross-correlation spectroscopy in living cells. Nature methods. 3 (2), 83-89 (2006).
  15. Ries, J., Schwille, P. Studying Slow Membrane Dynamics with Continuous Wave Scanning Fluorescence Correlation Spectroscopy. Biophysical Journal. 91 (5), 1915-1924 (2006).
  16. Ries, J., Chiantia, S., Schwille, P. Accurate Determination of Membrane Dynamics with Line-Scan FCS. Biophysical Journal. 96 (5), 1999-2008 (2009).
  17. Chiantia, S., Ries, J., Schwille, P. Fluorescence correlation spectroscopy in membrane structure elucidation. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – Biomembranes. 1788 (1), 225-233 (2009).
  18. Digman, M. A., Dalal, R., Horwitz, A. F., Gratton, E. Mapping the number of molecules and brightness in the laser scanning microscope. Biophysical journal. 94 (6), 2320-2332 (2008).
  19. Dalal, R. B., Digman, M. A., Horwitz, A. F., Vetri, V., Gratton, E. Determination of particle number and brightness using a laser scanning confocal microscope operating in the analog mode. Microscopy research and technique. 71 (1), 69-81 (2008).
  20. Unruh, J. R., Gratton, E. Analysis of Molecular Concentration and Brightness from Fluorescence Fluctuation Data with an Electron Multiplied CCD Camera. Biophysical Journal. 95 (11), 5385-5398 (2008).
  21. Digman, M. A., Wiseman, P. W., Choi, C., Horwitz, A. R., Gratton, E. Stoichiometry of molecular complexes at adhesions in living cells. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106 (7), 2170-2175 (2009).
  22. Hellriegel, C., Caiolfa, V. R., Corti, V., Sidenius, N., Zamai, M. Number and brightness image analysis reveals ATF-induced dimerization kinetics of uPAR in the cell membrane. The FASEB journal official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology. 25 (9), 2883-2897 (2011).
  23. Dunsing, V., Luckner, M., Zühlke, B., Petazzi, R. A., Herrmann, A., Chiantia, S. Optimal fluorescent protein tags for quantifying protein oligomerization in living cells. Scientific Reports. 8 (1), 10634 (2018).
  24. Chen, Y., Johnson, J., Macdonald, P., Wu, B., Mueller, J. D. Observing Protein Interactions and Their Stoichiometry in Living Cells by Brightness Analysis of Fluorescence Fluctuation Experiments. Methods in enzymology. 472, 345-363 (2010).
  25. . Absolute Diffusion Coefficients: Compilation of Reference Data for FCS Calibration Available from: https://www.picoquant.com/images/uploads/page/files/7353/appnote_diffusioncoeffients.pdf (2010)
  26. Foo, Y. H., Naredi-Rainer, N., Lamb, D. C., Ahmed, S., Wohland, T. Factors affecting the quantification of biomolecular interactions by fluorescence cross-correlation spectroscopy. Biophysical journal. 102 (5), 1174-1183 (2012).
  27. Baum, M., Erdel, F., Wachsmuth, M., Rippe, K. Retrieving the intracellular topology from multi-scale protein mobility mapping in living cells. Nature Communications. 5, 4494 (2014).
  28. Wohland, T., Rigler, R., Vogel, H. The standard deviation in fluorescence correlation spectroscopy. Biophysical journal. 80 (6), 2987-2999 (2001).
  29. Ries, J., et al. Automated suppression of sample-related artifacts in Fluorescence Correlation Spectroscopy. Optics Express. 18 (11), 11073 (2010).
  30. Ries, J., Schwille, P. New concepts for fluorescence correlation spectroscopy on membranes. Physical Chemistry Chemical Physics. 10 (24), 3487 (2008).
  31. Mayer, M. C., et al. Amyloid precursor-like protein 1 (APLP1) exhibits stronger zinc-dependent neuronal adhesion than amyloid precursor protein and APLP2. Journal of Neurochemistry. 137 (2), 266-276 (2016).
  32. Linkert, M., et al. Metadata matters: access to image data in the real world. The Journal of Cell Biology. 189 (5), 777-782 (2010).
  33. Trullo, A., Corti, V., Arza, E., Caiolfa, V. R., Zamai, M. Application limits and data correction in number of molecules and brightness analysis. Microscopy Research and Technique. 76 (11), 1135-1146 (2013).
  34. Nolan, R., et al. nandb-number and brightness in R with a novel automatic detrending algorithm. Bioinformatics. 33 (21), 3508-3510 (2017).
  35. Hammond, G. R. V., Sim, Y., Lagnado, L., Irvine, R. F. Reversible binding and rapid diffusion of proteins in complex with inositol lipids serves to coordinate free movement with spatial information. The Journal of cell biology. 184 (2), 297-308 (2009).
  36. Hendrix, J., Dekens, T., Schrimpf, W., Lamb, D. C. Arbitrary-Region Raster Image Correlation Spectroscopy. Biophysical journal. 111 (8), 1785-1796 (2016).
  37. Hendrix, J., et al. Live-cell observation of cytosolic HIV-1 assembly onset reveals RNA-interacting Gag oligomers. The Journal of cell biology. 210 (4), 629-646 (2015).
  38. Hendrix, J., Schrimpf, W., Höller, M., Lamb, D. C. Pulsed Interleaved Excitation Fluctuation Imaging. Biophysical Journal. 105 (4), 848-861 (2013).
  39. Honigmann, A., et al. Scanning STED-FCS reveals spatiotemporal heterogeneity of lipid interaction in the plasma membrane of living cells. Nature Communications. 5 (1), 5412 (2014).
  40. Chojnacki, J., et al. Envelope glycoprotein mobility on HIV-1 particles depends on the virus maturation state. Nature Communications. 8 (1), 545 (2017).
  41. Godin, A. G., et al. Revealing protein oligomerization and densities in situ using spatial intensity distribution analysis. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (17), 7010-7015 (2011).
  42. Müller, J. D., Chen, Y., Gratton, E. Resolving Heterogeneity on the Single Molecular Level with the Photon-Counting Histogram. Biophysical Journal. 78 (1), 474-486 (2000).
  43. Kim, S. A., Heinze, K. G., Bacia, K., Waxham, M. N., Schwille, P. Two-Photon Cross-Correlation Analysis of Intracellular Reactions with Variable Stoichiometry. Biophysical Journal. 88 (6), 4319-4336 (2005).
  44. Jenkins, E., et al. Reconstitution of immune cell interactions in free-standing membranes. Journal of cell science. 132 (4), (2018).

Play Video

Cite This Article
Dunsing, V., Chiantia, S. A Fluorescence Fluctuation Spectroscopy Assay of Protein-Protein Interactions at Cell-Cell Contacts. J. Vis. Exp. (142), e58582, doi:10.3791/58582 (2018).

View Video