在这里, 我们提出了一个协议, 台式固定化金属亲和层析纯化和随后重组的 polyhistidine 标签, 非血红素铁结合酶适合本科教学实验室。
台式固定化金属亲和层析 (IMAC), polyhistidine 标记蛋白易于掌握的本科生和已成为最广泛使用的蛋白质纯化方法在现代文学。但是, 亲和层析技术应用于金属结合蛋白, 特别是那些与氧化还原敏感金属 (如铁) 有关的实验室, 通常只限于进入手套箱的化验室–在本科生中通常不具备这种设备。实验室。在本文中, 我们展示了我们的台式方法的分离, IMAC 纯化和金属离子重组的多组氨酸标记, 氧化还原活性, 非血红素铁结合 extradiol 酶和分析酶的不同基质浓度和饱和氧。这些方法由本科生执行, 并在本科教学和研究实验室实施, 并在主要本科院校提供方便和负担得起的仪器。
第一个报告从寄主有机体提取物中纯化 polyhistidine 标记蛋白, 使用固定化金属螯合的组氨酸标记进入文献在 1988年1,2。从那时起, 在生化文献3、4中, 对重组蛋白添加 polyhistidine 标记, 并通过固定化的金属亲和层析 (IMAC) 进行纯化已成为几乎无处不在的. 5。IMAC 纯化方法可以在台式上实现, 使用自动色谱和自旋柱格式。亲和纯化方法, 特别是 IMAC, 在研究实验室中得到广泛应用, 在本科教学实验室中的应用较少。最广泛使用的实验室教科书为生物化学实验室不常规地教这些方法, 相反选择更加传统的离子交换或染料结合色谱6,7,8,9. 例如, 安德森10对乳酸脱氢酶的纯化使用了染料结合的亲和性, 而牛奶α-乳白蛋白7、11的纯化博耶使用镍 nitriloacetic酸基质, 但没有重组的聚组氨酸标签, 依靠而不是内在亲和力的蛋白质为树脂。一些现代本科生实验室教科书和出版物对聚组氨酸标记蛋白靶 (如绿色或红色荧光蛋白12,13) 实施固定化金属亲和层析, 14、15、抗体16, 并选择酶17、18、19、20, 甚至一些未知功能21。可以说, 在教学实验室中, 一种酶的纯化是可取的, 因为在以后的课程中, 目标能够被检测出来, 丰富了学生的 “真正科学” 的经验;事实上, 这些类型的实验室经验已经发表, 学生学习的有益结果报告了17,18,20,21。然而, 在生物化学教学实验室中, IMAC 在酶纯化中的应用仍然稀少, 而且公布的方法甚至可以推测出在课堂实验室中通常无法使用的色谱仪器。20. IMAC 在金属蛋白中的应用也有局限性, 特别是那些束缚氧化还原敏感的价金属对活动22至关重要的因素。通常, 金属离子在纯化过程中丢失或氧化, 产生一种不适合于本科生实验室的非活性酶。
一整1/3 的酶结合金属离子23, 尽管几乎普遍要求铁在所有形式的生命23, 铁可以说是最有问题的金属离子在酶学中。非血红素 Fe2 +结合酶特别容易在 IMAC 中的金属损耗和/或氧化;大概是由于缺乏一个专门的有机配体如血红素和容易与 Fe2 +可以离解从氨基酸配位24。此外, 由于负自由能的变化和铁3 +的相对稳定性, fe2 +对 fe3 +的氧依赖性氧化是自发的水溶液。通常, 这些挑战是通过使用厌氧大气和/或非 IMAC 色谱方法22来克服的。在本文中, 我们将演示使用台式 IMAC 净化 Fe2 +依赖金属酶 l-多巴酶使用简单, 廉价的色谱耗材, 然后重组的活动现场 Fe2 +, 并酶法测定。这些方法在我们自己的本科生生物化学实验室6-12 个学生小组是标准的, 并且可以被使用扩展酶调查的节目在本科生水平上。
虽然添加 polyhistidine 标签的重组蛋白和其纯化的 imac 已经成为几乎无处不在的生物化学文献3,4,5, IMAC 在酶纯化中的应用在生物化学教学实验室中仍然稀少, 并且出版的方法不总考虑教学实验室的资源限制20。此外, 在教学实验室中使用 imac 是最有效的, 当结合实验, 评估活动和纯度, 使 imac 纯化酶的一种理想的教学活动。为了将 IMAC 的应用推广到酶的纯化, 包括 metalloenzymes, 在教学实验室中, 需要可靠、廉价的方法。在本协议中, 我们展示了台式 imac 使用现成的和廉价的实验室用品, 同时也解决了在应用 IMAC 到金属蛋白22的限制, 通过重组铁 (II) 依赖金属酶, 左旋多巴酶, 后净化。使用所描述的试剂和材料, 我们估计八个学生群体的消耗品成本是每学期500-600 元, 以运行此协议, 包括图 1和图 2中概述的分析步骤。
由于 fe2 +可与氨基酸配体24分离, 铁2 + 2至 fe3 +的简便氧化, 重组金属酶非血红素、氨基酸螯合铁 (II.)酶纯化的典型成分。当使用经典色谱法时, 在某些情况下可以避免铁的总损失32, 但更常见的是, 铁 (II) 在还原剂33、34、35的存在下被加回,36经常在厌氧气氛37,38,39, 并且在某些情况下多余的铁不被去除33,34,36, 复杂化任何后续化验。经典色谱和厌氧气氛的连续步骤对于本科实验室来说并不现实, 促使了该协议的发展。
虽然 NTA 柱的手工制备和大量使用重力的样品的处理确实需要额外的时间和精力, 但与预包装的柱和自动色谱仪相比, 手动步骤允许动手由学生学习, 从而加深对过程背后的科学的理解。在这里概述的条件下添加铁 (II) 盐对过量的 dithiothreitol 特别敏感。如果学生误加过量的 dithiothreitol, 可能会发生降水事件。我们发现, 要求学生在到达实验室之前对试剂数量进行计算是有帮助的, 所以实验室时间可以在板凳上最有效地使用。整个台式 IMAC 纯化-从细胞裂解到蛋白洗脱-可以完成在一个4小时的实验室期间, 然后重建和化验在随后的实验室期间。
The authors have nothing to disclose.
本出版物是根据国家科学基金会资助的。 车1708237
consumables | |||
BeadBeater 0.1mm glass beads | BioSpec Products | 11079101 | 1 pound each |
50mL Conical Tubes with Screw Caps, sterile | VWR | 21008-178 | |
Sodium chloride | Fisher Bioreagents | BP358-1 | |
Potassium phosphate, monobasic | Acros (Fisher) | AC42420-5000 | |
Sodium Ascorbate | Acros (Fisher) | AC35268-1000 | |
DTT (Dithiothreitol) | Lab Scientific | D-115 | |
Iron(II) sulfate heptahydrate | Sigmaaldrich | 310077 | |
HisPur NiNTA Resin | Fisher (pierce) | PI88221 | |
Econo-Column Chromatography Columns – 1.5 x 20cm | Bio-Rad | 737-1522 | 1.5 x 20 cm, 35 ml, 2ea, |
Stopcock Valve, one way, female to male luer | Kimble | 420163-0000 | pack of 50 |
BD 10mL luer-loc syringe (non-sterile, without needle) | VWR | 301029 | |
Fitting for tubing: 1.6 mm Barb to Female Luer | Biorad | 7318222 | |
Fitting for tubing: 1.6 mm Barb to Male Luer | Biorad | 7318225 | |
Silicon Tubing (1.6 mm ID/0.8 mm wall, for 0.2-5 ml/min on Peristaltic Pump) | Bio-Rad | 7318211 | Pkg of 1, 1.6 mm ID/0.8 mm wall, 10 m, low-pressure tubing for liquid handling |
Glycerol | Fisher (Pierce) | 17904 | |
Coomassie Plus (Bradford) Protein Assay | Thermo Scientitic | 23236 | |
Microcentrifuge Tubes, snap cap, 1.5mL | VWR | 89000-028 | |
Fisherbrand polystyrene disposable serological pipets | Fisher | 13-676-10F | |
Fiserbrand universal pipet pump | Fisher | 14-955-110 | |
Fisherbrand Transfer Pipets | Fisher | 13-711-9AM | |
Econo-Pac 10DG desalting columns | Bio-Rad | 732-2010 | box of 30 |
ExpressPlus PAGE 5x sample buffer | Genscript | MB01015 | 5mL (Dilute 1:5 with sample) |
ExpressPlus PAGE Gel, 4-20%, 12 wells | Genscript | M42012 | 20 gels |
Fisherbrand Disposable Cuvettes, Methyacrylate | Fisher | 14-955-128 | case of 500 |
Cuvette Caps Square Disposable | Fisher | 14-385-999 | |
L-DOPA (3,4-dihydroxyphenylalanine) | Acros | D9628-5G | |
Permanent Equipment: | |||
BeadBeater 50mL chamber | BioSpec Products | 110803-50SS | 1 chamber |
BeadBeater | BioSpec Products | 1107900-101 | 350 ml polycarbonate chamber, rotor assembly, motor base, ice-water cooling jacket and one pound of glass beads. |
Centrifuge tubes, High-Speed PPCO, 50mL | Fisher | 3119-0050PK | |
Mini-PROTEAN Tetra Vertical Electrophoresis Cell for Mini Precast Gels, 4-gel | Bio-Rad | 1658004 | 4-gel vertical electrophoresis system, includes electrode assembly, companion running module, tank, lid with power cables, mini cell buffer dam |
PowerPac HC Power Supply | Bio-Rad | 1645052 | 100–120/220–240 V, power supply for high-current applications, includes power cord |
UV-1800 with UV-Probe Software | Shimadzu | UV-1800 | |
Kintek Global Kinetic Explorer | Kintek Corp | version 6 | https://www.kintekexplorer.com/downloads/ |