Bu iletişim kuralı ayıklamak ve prostat kanseri hücre hatlarından veya doku phosphoproteome ile kütle spektrometresi tabanlı proteomik analizi için phosphopeptides zenginleştirmek için bir yordam açıklanır.
Phosphoproteomics fosforile proteinlerin büyük ölçekli çalışma gerektirir. Protein fosforilasyon birçok sinyal iletim yollarının kritik bir adımdır ve kinaz ve fosfatazlar tarafından sıkı bir şekilde düzenlenmiştir. Bu nedenle, phosphoproteome karakterize içine yeni hedefler ve biyolojik onkolojik tedavi için tanımlama bilgileri sağlayabilir. Kütle spektrometresi genel olarak algılamak ve benzersiz fosforilasyon olaylar binlerce ölçmek için bir yol sağlar. Ancak, phosphopeptides daha az sigara-daha zor biyokimyasal analiz yapma phosphopeptides, bol miktarda bulunmaktadır. Bu sınırlamayı aşmak için yöntemleri phosphopeptides kütle spektrometresi analiz önce zenginleştirmek için gereklidir. Ayıklamak ve peptidler, bir zenginlik phosphotyrosine (pY) ve antikor tabanlı kullanarak phosphoserine/treonin (pST) peptidler ve/veya titanyum dioksit (TiO2) ardından verim dokusundan proteinleri sindirmek için açıklayınız-dayalı zenginleştirme yöntemi. Numune hazırlama ve kütle spektrometresi sonra biz daha sonra tanımlamak ve ölçmek sıvı kromatografi-kütle spektrometresi ve analiz yazılımı kullanarak phosphopeptides.
Bir tahmini 165,000 Yeni olgu ve yaklaşık 29.000 ölümler 2018 en yaygın kanser ve kanser ile ilgili Amerika Birleşik Devletleri1erkeklerde ölüm ikinci önde gelen nedenidir temsil eden prostat kanseri nedeniyle ortaya çıkar. Prostat kanserinin erken aşamalarında on yıllık yineleme oranı % 20 ve % 40 prostatektomi geçmesi hastalar için ve % 30 ve radyasyon alan hastalar için % 50 arasında arasında nerede hastalığı, organ sınırlı rezeksiyon veya radyasyon terapisi ile tedavi edilebilir tedavi2. Prostat kanserinin büyümesi için sinyal androjen kullandığından, cerrahi ve kimyasal hadım terapiler Ayrıca yüksek riskli hastalar için istihdam edilmektedir. Ancak, kanser artık biyokimyasal yineleme kanıtladığı gibi androjen yoksunluk terapiye yanıt verdiğinde nüks nerede serum prostat spesifik antijen tekrar yükselir oluşur. Bu noktada ilerlemesinde Metastazlari genellikle de tespit edilir. Bu ileri evre metastatik kastrasyon dayanıklı prostat kanseri olarak adlandırılan, prognoz medyan sağkalım süresi iki yıl3az nerede hastalığının ölümcül formu temsil eder. Son aşama hastalığı, taxane tabanlı kemoterapi gibi docetaxel yanı sıra enzalutamide ve abiraterone gibi ikinci nesil antiandrogens de dahil olmak üzere birkaç tedavi seçenekleri kullanılabilir. Mevcut tedaviler rağmen sık sık hastalık ilerler. Bu nedenle, keşif ve yeni tedavi yaklaşımları gelişimi gelişmiş hastalığı prostat kanseri hastalarının bakım geliştirmek gereklidir.
Kütle spektrometresi (MS)-tabanlı yaklaşımlar Proteom peptid analitler4binlerce yüzlerce algılanması aracılığıyla küresel bir analizini sağlar. Özellikle, keşif proteomik, olarak da bilinen veri bağımlı edinme (DDA), tanımlama ve Nefelometri peptidler4,5binlerce yol açabilir. MS tabanlı keşif proteomik daha yukarıdan aşağıya proteomik, nerede olduğu gibi proteinler ile karakterize ve aşağıdan yukarıya (olarak da bilinen shotgun) proteomik nerede peptidler proteinler5karakterize etmek için analiz edilir, tarif. Böylece, av tüfeği proteomik proteolizis adım proteinler peptidler ayırmak için MS Analizi önceki örnek hazırlık yer alır. Sonunda, peptidler geri proteinleri tanımlama için eşlemek için bir veritabanı arama gerçekleştirilir. Etiket içermeyen yanı sıra çok sayıda izotop-etiketleme [Örneğin, kararlı izotop amino asit hücre kültürü (SILAC) tarafından etiketleme] yöntemleri kantitatif peptidler örnekleri6,7arasında karşılaştırmak için kullanılabilir. İzotop etiketleme teknikleri altın standart olmakla birlikte, etiket içermeyen yöntemleri benzer miktar doğruluğu8,9 göstermiştir ve duyarlılık ve özgüllük10arasında karşılaştırılabilir bileşimleri var. Etiket içermeyen Nefelometri daha fazla kapsama alanı sağlar ve etiket tabanlı Yöntemler sınırlı maliyet ve çoğullama kapasiteleri6,7,8, ancak çok daha fazla örnekleri, arasındaki karşılaştırmaları izin verir.
Ayrıca, av tüfeği MS translasyonel modifikasyonlar (PTMs) fosforilasyon11gibi sorguya çekmek için de kullanılabilir. Phosphopeptides için toplam peptidler karşılaştırıldığında daha düşük stokiometrik yapısı nedeniyle, çeşitli yöntemler phosphopeptides için antikor tabanlı immunoprecipitation, phosphotyrosine (pY) peptidler, titanyum dioksit (TiO2 de dahil olmak üzere, zenginleştirmek için istihdam edilmektedir ) ve metal benzeşme Kromatografi (IMAC)5,12immobilize. Protein fosforilasyon av tüfeği phosphoproteomics araştırmacılar hücre değişiklikleri farklı kanser meme13, prostat14, böbrek15de dahil olmak üzere, sinyal araştırmak için izin verir yolları, sinyal birçok hücredeki önemli bir adımdır çünkü ve yumurtalık,16,17 kanser biyoloji daha iyi anlamak ve terapi için potansiyel yeni hedefler belirlemek için.
Bu etiket ücretsiz av tüfeği phosphoproteomic Yöntem inşa ve rafine temel alınarak önceki çalışma Graeber grup18,19,20oldu. Bu iletişim kuralı ayıklama ve içine peptidler, proteinler ve phosphoproteins dokusundan sindirim açıklayarak başlar. Biz o zaman detay belirli phosphotyrosine antikorlar ve TiO2kullanarak pY peptidler zenginleştirme. Ayrıca güçlü katyon TiO2tarafından takip exchange (SCX) kullanarak phosphoserine/treonin (pST) peptidler zenginleştirme açıklar. Bu iletişim kuralı örnekleri bir MS tesise sunulması ve MS analiz yazılımı tanımlamak ve phosphopeptides ve onların karşılık gelen phosphoproteins ölçmek için kullanımı ile bitirmek. Bu iletişim kuralının uygulanması prostat kanseri diğer kanserler ve onkoloji dışında alanları içine genişletebilirsiniz.
Phosphopeptides için zenginleştirmek için bu iletişim kurallarını kullanan önce deneysel tasarım dikkatli bir değerlendirme önemlidir. Daha düşük maliyetli bir kütle spektrometresi kaynakların kullanımı teknik çoğaltır daha biyolojik çoğaltır kullanmaktır. Gerekli olan çoğaltır sayısı kısmen verileri değişkenliği bağlı olacaktır. Yeni yapılan bir çalışmada sadece marjinal çoğaltır üç ötesinde artırıldığında kimliklerinin sayısını artırır iken, önemli kimlikleri arasında daha fazla gruplar artar sayısı10çoğaltır gösterdi.
Phosphoproteins hücre alt bolluğu nedeniyle, yeterli başlangıç protein miktarları genel phosphoproteome keşif modunda prostat kanseri örneklerinden elde etmek gereklidir. Bu deneyler protein 5 mg kullanıldı. Bu hücre satırı bağlı olacak, ancak yaklaşık beş neredeyse konfluent 15 cm yemekleri hücre içine bu iletişim kuralı, giriş olarak yeterli protein sağlar. Tümör gelince, protein beklenen verim doku ağırlığının yaklaşık % 6-8 dokudur. Vitro ortamda düşünün için olumlu denetim örneği hücreleri hasat önce 30 dk 1 mM vanadat eklenmesidir. Vanadat, rekabetçi protein phosphotyrosyl fosfataz inhibitörü, böylece pY peptid tanımlamaları29sayısını artırarak Tirozin fosforilasyon korur.
Temiz sindirim phosphopeptide kimlik en üst düzeye çıkarmak için önemli bir adımdır. Coomassie leke testi yanı sıra veri cevapsız kesim yüzde sindirim verimliliği (Şekil 2) değerlendirmek için kullanılabilir. Kalite kontrol yazılım kullanılabilir cevapsız nefrette ve MS veri kalite30değerlendirmek için diğer ölçümler analiz eder. Tripsin en yaygın, alternatif proteaz bulunur ise5 ‘ e nerede en iyi tryptic peptidler olamaz adresi kapsamı boşluklar Proteom31oluşturulan. MS analiz yazılımı ayarları sonra buna göre proteaz değişimler için ayarlamak için değiştirilmesi gerekir.
Protokol (pY zenginleştirme için) immunoprecipitation yanı sıra titanyum dioksit phosphopeptides için zenginleştirmek (TiO2) kullanır. Peptidler için zenginleştirmek için alternatif yaklaşımlar immobilize metal benzeşme Kromatografi (IMAC), Alüminyum hidroksit ve metal iyon polimer temel benzeşme yakalama (PolyMAC) gibi metal oksit benzeşme Kromatografi (MOAC) için diğer metal oksit içerir. 5,12. Önceki çalışmalarda farklı zenginleştirme yöntemleri phosphopeptides32farklı olasılığını için zenginleştirmek göstermiştir. Örneğin, MOAC tercihen mono fosforile peptidler33için zenginleştiren ise daha çok fosforile peptidler IMAC zenginleştiriyor. Bu iletişim kuralı Temsilcisi sonuçları bu gözlem (Şekil 4B) yansıtacak. Son Yayın IMAC ve bir melez malzeme kullanarak MOAC birleştirerek potansiyel olarak daha fazla kapsama phosphopeptide türler34sağlayabilir gösterdi. Böylece, bu iletişim kuralı daha kapsamlı phosphoproteomic analizleri için izin vermek için paralel olarak diğer zenginleştirme yöntemleri kullanmak için değiştirilmiş olabilir.
MaxQuant26 bilgisayar yazılımı maiyet bu protokolü MS verileri analiz etmek için kullanılır, ama ticari uygulamalar35 da phosphopeptide kimlik ve miktar için kullanılabilir. Phosphopeptide kimlik için bir yerelleştirme olasılık kesme uygulanır. Bu filtre için phosphopeptides phosphoresidue kimlik10,28(yani, 0,75 büyük) yüksek bir güven ile seçmek için gerçekleştirilir. Başka bir deyişle, potansiyel olarak Fosfo-grup içerebilir diğer kalıntıları toplam olasılık 0,25 azdır. Bu kesim phosphopeptide seçim sıkılık artırmak için kaldırdı olamazdı. PST peptidler beklenen sayısı yüksek binlerce tanımlamaları sayısı açısından, pY peptidler beklenen sayısı yüz içinde iken. Bu değerler yaklaşık % 2, % 12 ve % 86 ‘ phosphosites pY, pT ve pS, sırasıyla28nerede daha önce gözlemlenen phosphoproteome dağıtım yansıtır.
PY ve pST zenginleştirme adımları paralel olarak gerçekleştirilmesi durumunda örnek hazırlık adımları protokolündeki altı gün içinde tamamlanabilir. MS güçlü aracı ile eşleştirme olarak, bu gibi phosphopeptide zenginleştirme iletişim kuralları phosphoproteome ilgili araştırma alanlarında bulunan analiz için veri toplamak üzere bilim adamları için genel bir yaklaşım sağlar.
The authors have nothing to disclose.
Tavsiye ve giriş üzerinde el yazması sağlamak için Drake laboratuvar üyeleri teşekkür ediyoruz. Biz de biyolojik kütle spektrometresi tesis, Robert Wood Johnson Tıp Fakültesi ve Rutgers, University of New Jersey eyalet, üyeleri öneriler ve kütle spektrometresi örneklerimizi üzerinde gerçekleştirmek için teşekkür ederim. Larry C. Cheng tarafından ulusal genel tıbbi Bilimler Enstitüsü Ulusal Sağlık Enstitüleri Ödülü numarası T32 GM008339 altında desteklenir. Thomas G. Graeber ncı/NIH (prostat kanseri P50 CA092131; ın SPORE tarafından desteklenmektedir P01 CA168585) ve bir Amerikan Kanser Derneği araştırma bilim adamı Ödülü (RSG-12-257-01-TBE). Justin M. Drake bölümü savunma prostat kanseri araştırma programı W81XWH-15-1-0236, prostat kanseri Vakfı Genç Araştırmacı ödülü, New Jersey Sağlık Vakfı ve bir hassas tıp girişimi Pilot Ödülü Rutgers’tarafından desteklenmektedir Kanser Enstitüsü, New Jersey.
Ultra-Low Temperature Freezer | Panasonic | MDF-U76V | |
Freezer -20 °C | VWR | scpmf-2020 | |
Swing rotor bucket | ThermoFisher Scientific | 75004377 | |
Vacuum manifold | Restek | 26080 | |
Lyophilizer | Labconco | 7420020 | |
CentriVap Benchtop Vacuum Concentrator | Labconco | 7810010 | |
End-over-end rotator | ThermoFisher Scientific | 415110Q | |
Razor blade | Fisher Scientific | 620177 | |
Amicon Ultra-15 Centrifugal Filter Units | Millipore Sigma | UFC901024 | |
Glass culture tubes | Fisher Scientific | 14-961-26 | |
Parafilm | Fisher Scientific | 13-374-12 | |
20G needle | BD | B305175 | |
Kimwipes | Fisher Scientific | 06-666A | |
Screw cap cryotube | ThermoFisher Scientific | 379189 | |
Nunc 15 mL conical tubes | ThermoFisher Scientific | 12-565-268 | |
Gel loading tips | Fisher Scientific | 02-707-181 | |
Millipore 0.2 µm spin filter | Millipore Sigma | UFC30GVNB | |
Low protein-binding Eppendorf tubes | Eppendorf | 22431081 | |
anti-Phosphotyrosine, Agarose, Clone: 4G10 | Millipore Sigma | 16101 | |
27B10.4 antibody | Cytoskeleton | APY03-beads | |
Peptide assay kit | Thermo Scientific | 23275 | Step 7 |
TopTip | PolyLC Inc | TT200TIO.96 | Steps 5 and 9 |
SCX columns (PolySULFOETHYL A) | PolyLC Inc | SPESE1203 | |
3 mL syringe | BD | 309657 | |
Trifluoracetic Acid (TFA) | Fisher Scientific | PI-28904 | |
Acetonitrile (ACN) | Fisher Scientific | A21-1 | |
Lactic acid | Sigma-Aldrich | 69785-250ML | |
Ammonium Hydroxide | Fisher Scientific | A669S-500 | |
Potassium Phosphate Monobasic | Fisher Scientific | BP362-500 | |
Potassium Chloride | Fisher Scientific | BP366-500 | |
Calcium Chloride Dihydrate | Fisher Scientific | BP510-500 | |
Tris Base | Fisher Scientific | BP152-5 | |
Trypsin, TPCK Treated | Worthington Biochemicals | LS003740 | |
Lysyl Endopeptidase | Wako Pure Chemical Industries, Ltd. | 125-05061 | |
MonoTip | PolyLC Inc | TT200TIO.96 | Step 10 |
ZipTip | MilliporeSigma | ZTC18S096 | Step 6 |
nanoEase, MZ peptide BEH C18, 130A, 1.7 μm, 75 μm x 20 cm | Waters | 186008794 | Step 11: analytical column |
Acclaim PepMap 100 C18 LC Columns | ThermoFisher Scientific | 164535 | Step 11: trap column |
Ultimate 3000 RLSCnano System | Dionex | ULTIM3000RSLCNANO | Step 11 |
Q Exactive HF | ThermoFisher Scientific | IQLAAEGAAPFALGMBFZ | Step 11 |
MilliQ water | deionized water used to prepare all solutions and bufferes | ||
Sonic Dismembrator | Fisher Scientific | FB-120 | sonicator |
Polytron System PT | Kinematica AG | PT 10-35 GT | homogenizer |