Dit protocol beschrijft een procedure om uitpakken en verrijken van phosphopeptides van prostaatkanker cellijnen of weefsels voor een analyse van de phosphoproteome via massa spectrometrie gebaseerde proteomics.
Fosfoproteomics omvat de grootschalige studie van gefosforyleerd eiwitten. Proteïne Fosforylatie is een cruciale stap in de vele signaaltransductie wegen en is strak gereguleerd door kinases and fosfatasen genaamd. Daarom kan karakterisering van de phosphoproteome inzicht verwerven in het identificeren van nieuwe doelstellingen en biomarkers voor oncologische therapie. Massaspectrometrie biedt een manier om wereldwijd detecteren en kwantificeren van duizenden unieke fosforylatie evenementen. Phosphopeptides zijn echter veel minder overvloedig dan niet-phosphopeptides, maken van biochemische analyse uitdagender. Om deze beperking ondervangen zijn methoden te verrijken van phosphopeptides vóór de massaspectrometrie analyse vereist. We beschrijven een procedure om te halen en verteren van eiwitten uit weefsel aan opbrengst peptides, gevolgd door een verrijking voor phosphotyrosine (pY) en phosphoserine/threonine (pST) peptiden met behulp van een antilichaam-gebaseerd en/of titaniumdioxide (TiO2)-gebaseerd verrijking methode. Na de bereiding van de monsters en massaspectrometrie, we vervolgens identificeren en kwantificeren van phosphopeptides met vloeibare chromatografie-massa spectrometrie en analysesoftware.
Er treedt een geschatte 165.000 nieuwe gevallen en ongeveer 29.000 sterfgevallen in 2018 te wijten aan prostaatkanker, vertegenwoordigen de meest voorkomende kanker en de tweede belangrijkste oorzaak van kanker sterfgevallen bij mannen in de Verenigde Staten1. Vroege stadia van prostaatkanker zijn behandelbaar met resectie of straling therapie van orgel-begrensde ziekte, waar het tien jaar herhaling tarief is tussen 20% en 40% voor patiënten die ondergaan prostatectomie en tussen 30% en 50% voor patiënten die straling ontvangen therapie2. Omdat prostaatkanker afhankelijk van androgeen signalering voor groei is, zijn chirurgische en chemische castratie therapieën ook werkzaam voor met een hoog risico patiënten. Echter, Herval gebeurt wanneer de kanker niet langer op androgeen ontbering therapie, reageert zoals blijkt uit de biochemische herhaling, waar de prostaat-specifiek antigen in serum weer opkomt. Op dit punt in de progressie, worden metastasen vaak gedetecteerd als goed. Deze geavanceerde fase, genaamd metastatische castratie-resistente prostaatkanker, vertegenwoordigt de dodelijke vorm van de ziekte waar de prognose een gemiddelde overlevingstijd van minder dan twee jaar3 is. Enkele behandelingsopties zijn beschikbaar in laat-stadium ziekte, met inbegrip van de tweede generatie antiandrogens zoals enzalutamide en abiraterone, evenals chemotherapie op basis van taxane zoals docetaxel. Ondanks de beschikbare behandelingen verloopt de ziekte vaak. Daarom, de ontdekking en ontwikkeling van nieuwe behandelmodaliteiten zijn noodzakelijk voor het verbeteren van de zorg van prostaatkanker patiënten met gevorderde ziekte.
De Spectrometrie van de massa (MS)-gebaseerde benaderingen bieden een globale analyse van de Proteoom via de detectie van honderden tot duizenden peptide analyten4. In het bijzonder kan de ontdekking proteomics, ook bekend als gegevens-afhankelijke acquisition (DDA), de identificatie en kwantificatie van duizenden peptiden4,5opleveren. Op basis van MS ontdekking proteomics kan verder worden afgebakend in de top-down proteomics, waar intact eiwitten worden gekenmerkt, en onderop (ook bekend als shotgun) proteomics, waar peptides worden geanalyseerd om te karakteriseren eiwitten5. Dus, in shotgun proteomics, een proteolyse stap vindt plaats in de bereiding van de monsters voorafgaande aan de MS-analyse te klieven van eiwitten in peptiden. Aan het eind, een database opzoeking uitgevoerd om de peptiden kaart terug naar de eiwitten voor identificatie. Label-vrije evenals zo verschillende isotopen-labeling [bijvoorbeeld, stabiele isotoop labelen door aminozuren in de cultuur van de cel (SILAC)] kunnen methoden worden gebruikt kwantitatief vergelijken peptiden tussen monsters6,7. Terwijl isotoop labeling technieken de gouden standaard zijn, label-vrije methoden hebben aangetoond vergelijkbare kwantificering nauwkeurigheden8,9 en vergelijkbare compromissen tussen de gevoeligheid en specificiteit10hebben. Label-vrije kwantificatie biedt grotere dekking en vergunningen van vergelijkingen tussen de vele meer monsters, overwegende dat etiket gebaseerde methoden worden begrensd door kosten en multiplexing capaciteiten6,–7,8.
Bovendien, shotgun MS kan ook worden gebruikt om te ondervragen posttranslationele modificaties (PTMs) zoals fosforylatie11. Als gevolg van de lagere stoichiometrische aard van phosphopeptides in vergelijking met de totale peptiden, zijn verschillende methoden tewerkgesteld te verrijken voor phosphopeptides, met inbegrip van antilichaam gebaseerde immunoprecipitation van phosphotyrosine (pY) peptiden, titaandioxide (TiO2 ), en metal affinity chromatografie (IMAC)5,12geïmmobiliseerd. Omdat proteïne fosforylatie een belangrijke stap in vele cel signaling pathways is, shotgun Fosfoproteomics kan onderzoekers te onderzoeken van de cel die veranderingen in verschillende soorten kanker, waaronder borstkanker13prostaat14, renale15, signalering en ovariële,16,17 Kankerbiologie beter te begrijpen en identificeren van potentiële nieuwe streefcijfers voor therapie.
Deze label-vrije shotgun phosphoproteomic methode werd gebouwd en verfijnd op basis van eerdere werkzaamheden door de Graeber groep18,19,20. Dit protocol begint met een beschrijving van de winning en de vertering van eiwitten en phosphoproteins van weefsel in peptiden. We dan detail de verrijking van pY peptiden met behulp van specifieke phosphotyrosine antilichamen en TiO2. Ook beschrijven we de verrijking van phosphoserine/threonine (pST) peptiden met sterke cation exchange (SCX) gevolgd door TiO2. Dit protocol wordt afgesloten met de indiening van de monsters naar een MS-faciliteit en het gebruik van de software van de analyse van de MS te identificeren en kwantificeren van de phosphopeptides en hun overeenkomstige phosphoproteins. De toepassing van dit protocol kan verder reiken dan prostaatkanker in de velden buiten oncologie en andere kankers.
Vóór gebruik makend van dit protocol te verrijken voor phosphopeptides, is een zorgvuldige afweging van de proefopzet kritisch. Het gebruik van biologische replicatieonderzoeken is een rendabeler gebruik van massaspectrometrie hulpbronnen dan technische wordt gerepliceerd. Het aantal replicatieonderzoeken die nodig zijn zal gedeeltelijk afhangen van de variabiliteit van de gegevens. Een recente studie aangetoond dat, terwijl het aantal replicatieonderzoeken voorbij drie slechts marginaal het aantal identificaties verhoogt, het aantal belangrijke identificaties tussen groepen stijgt met meer10repliceert.
Wegens de lagere overvloed van phosphoproteins in de cel zijn voldoende startende eiwit bedragen nodig zijn om een wereldwijde phosphoproteome van prostaatkanker monsters in de detectiemodus. In deze experimenten, werd 5 mg eiwit gebruikt. Ongeveer vijf bijna confluente 15 cm schotels van cellen bieden voldoende eiwit als input voor dit protocol, hoewel dit zal lijn-afhankelijke cel. Wat betreft de tumor weefsel is de verwachte opbrengst van eiwit ongeveer 6-8% van weefsel gewicht. In de in vitro -instelling is een positieve controlemonster te overwegen de toevoeging van 1 mM vanadate gedurende 30 minuten vóór het oogsten van de cellen. Vanadate, een concurrerende eiwit phosphotyrosyl fosfatase inhibitor, behouden de tyrosine fosforylering, waardoor het aantal pY peptide identificaties29.
Schone spijsvertering is een belangrijke stap om te maximaliseren phosphopeptide identificatie. Naast de Coomassie vlek test, kan het percentage van gemiste breuklijnen in de gegevens worden gebruikt om te evalueren van de efficiëntie van de vertering (Figuur 2). Kwaliteitscontrole software beschikbaar is die analyseert gemiste breuklijnen en andere statistieken te beoordelen kwaliteit30van de gegevens van de MS. Terwijl trypsine is dat de meest voorkomende, alternatieve proteasen zijn beschikbaar5 adres dekking hiaten in het proteoom waar optimale al peptiden kunnen niet worden gegenereerd31. De instellingen van de software van de analyse van de MS zou dan moeten worden aangepast om aan te passen voor wijzigingen in proteasen.
Het protocol maakt gebruik van immunoprecipitation (voor pY verrijking) evenals titaandioxide (TiO2) te verrijken voor phosphopeptides. Alternatieve benaderingen te verrijken voor peptides omvatten geïmmobiliseerdet metal affiniteitchromatografie (IMAC), andere metaaloxiden voor metaaloxide affiniteitchromatografie (Ignatandrei) zoals aluminium hydroxide en metaal-ion-polymeer gebaseerde affiniteit vastleggen (PolyMAC) 5,12. Eerdere studies hebben aangetoond dat verschillende verrijking methoden voor de verschillende populaties van phosphopeptides32verrijken. Bijvoorbeeld, verrijkt IMAC meer multi-phosphorylated peptiden terwijl Ignatandrei bij voorkeur voor mono-phosphorylated peptiden33 verrijkt. De Resultaten van de vertegenwoordiger van dit protocol weerspiegelen deze observatie (figuur 4B). Een recente publicatie aangetoond dat het combineren van IMAC en Ignatandrei met behulp van een hybride materiaal potentieel grotere dekking van phosphopeptide soorten34 bieden kan. Dus, dit protocol kan worden gewijzigd voor het gebruik van andere methoden van verrijking in parallel te maken voor nog meer uitgebreide analyses van de phosphoproteomic.
De MaxQuant26 softwaresuite wordt gebruikt voor het analyseren van de gegevens van de MS in dit protocol, maar i.c.m.35 zijn ook beschikbaar voor phosphopeptide identificatie en kwantificering. Voor de identificatie van de phosphopeptide, wordt een localisatie waarschijnlijkheid cutoff toegepast. Dit filter wordt uitgevoerd om voor phosphopeptides met een hoge betrouwbaarheid (dat wil zeggen, groter is dan 0.75) in10,28van de identificatie van de phosphoresidue te selecteren. Met andere woorden, is de opgeteld kans van alle andere residuen die potentieel de phospho-groep bevatten kunnen minder dan 0,25. Deze cutoff kan worden verhoogd om de striktheid van de selectie van de phosphopeptide. Met betrekking tot het aantal identificaties is het verwachte aantal pY peptiden in honderden, terwijl het verwachte aantal pST peptiden in de hoge duizenden. Deze waarden geven eerder waargenomen phosphoproteome distributie waar ongeveer 2%, 12% en 86% van de phosphosites pY, pT en pS, respectievelijk28 zijn.
Als de pY en pST verrijking stappen parallel worden uitgevoerd, kunnen de sample voorbereiding stappen in het protocol worden uitgevoerd in zes dagen. Door het in paren rangschikken met de krachtige tool van MS, bieden phosphopeptide verrijking protocollen zoals deze een totaalconcept voor wetenschappers voor het verzamelen van gegevens voor het analyseren van de phosphoproteome in hun respectievelijke onderzoeksgebieden.
The authors have nothing to disclose.
Wij danken de leden van de lab Drake voor het verstrekken van advies en inbreng op het manuscript. Wij danken ook de leden van de biologische massaspectrometrie faciliteit of Robert Wood Johnson Medical School en Rutgers, The State University of New Jersey, voor het verstrekken van advies en het uitvoeren van massaspectrometrie op onze voorbeelden. Larry C. Cheng wordt ondersteund door de National Institute of General Medical Sciences van de National Institutes of Health onder award nummer T32 GM008339. Thomas G. Graeber wordt ondersteund door het NCI/NIH (SPORE in prostaat kanker P50 CA092131; P01 CA168585) en een Amerikaans kanker maatschappij Research Scholar Award (RSG-12-257-01-FSME). Justin M. Drake wordt ondersteund door het departement van defensie prostaat kanker onderzoek programma W81XWH-15-1-0236, prostaat kanker Stichting Young Investigator Award, de New Jersey Health Foundation en een precisie geneeskunde initiatief Pilot Award van de Rutgers Kanker Instituut voor New Jersey.
Ultra-Low Temperature Freezer | Panasonic | MDF-U76V | |
Freezer -20 °C | VWR | scpmf-2020 | |
Swing rotor bucket | ThermoFisher Scientific | 75004377 | |
Vacuum manifold | Restek | 26080 | |
Lyophilizer | Labconco | 7420020 | |
CentriVap Benchtop Vacuum Concentrator | Labconco | 7810010 | |
End-over-end rotator | ThermoFisher Scientific | 415110Q | |
Razor blade | Fisher Scientific | 620177 | |
Amicon Ultra-15 Centrifugal Filter Units | Millipore Sigma | UFC901024 | |
Glass culture tubes | Fisher Scientific | 14-961-26 | |
Parafilm | Fisher Scientific | 13-374-12 | |
20G needle | BD | B305175 | |
Kimwipes | Fisher Scientific | 06-666A | |
Screw cap cryotube | ThermoFisher Scientific | 379189 | |
Nunc 15 mL conical tubes | ThermoFisher Scientific | 12-565-268 | |
Gel loading tips | Fisher Scientific | 02-707-181 | |
Millipore 0.2 µm spin filter | Millipore Sigma | UFC30GVNB | |
Low protein-binding Eppendorf tubes | Eppendorf | 22431081 | |
anti-Phosphotyrosine, Agarose, Clone: 4G10 | Millipore Sigma | 16101 | |
27B10.4 antibody | Cytoskeleton | APY03-beads | |
Peptide assay kit | Thermo Scientific | 23275 | Step 7 |
TopTip | PolyLC Inc | TT200TIO.96 | Steps 5 and 9 |
SCX columns (PolySULFOETHYL A) | PolyLC Inc | SPESE1203 | |
3 mL syringe | BD | 309657 | |
Trifluoracetic Acid (TFA) | Fisher Scientific | PI-28904 | |
Acetonitrile (ACN) | Fisher Scientific | A21-1 | |
Lactic acid | Sigma-Aldrich | 69785-250ML | |
Ammonium Hydroxide | Fisher Scientific | A669S-500 | |
Potassium Phosphate Monobasic | Fisher Scientific | BP362-500 | |
Potassium Chloride | Fisher Scientific | BP366-500 | |
Calcium Chloride Dihydrate | Fisher Scientific | BP510-500 | |
Tris Base | Fisher Scientific | BP152-5 | |
Trypsin, TPCK Treated | Worthington Biochemicals | LS003740 | |
Lysyl Endopeptidase | Wako Pure Chemical Industries, Ltd. | 125-05061 | |
MonoTip | PolyLC Inc | TT200TIO.96 | Step 10 |
ZipTip | MilliporeSigma | ZTC18S096 | Step 6 |
nanoEase, MZ peptide BEH C18, 130A, 1.7 μm, 75 μm x 20 cm | Waters | 186008794 | Step 11: analytical column |
Acclaim PepMap 100 C18 LC Columns | ThermoFisher Scientific | 164535 | Step 11: trap column |
Ultimate 3000 RLSCnano System | Dionex | ULTIM3000RSLCNANO | Step 11 |
Q Exactive HF | ThermoFisher Scientific | IQLAAEGAAPFALGMBFZ | Step 11 |
MilliQ water | deionized water used to prepare all solutions and bufferes | ||
Sonic Dismembrator | Fisher Scientific | FB-120 | sonicator |
Polytron System PT | Kinematica AG | PT 10-35 GT | homogenizer |