Bacteriële cellen zijn ruimtelijk zeer georganiseerd. Volg deze organisatie na verloop van tijd in traag groeiende Myxococcus xanthus cellen en werd een set-up voor fluorescentie live-cel beeldbewerking met hoge Spatio resolutie gedurende enkele generaties ontwikkeld. Met deze methode kon Spatio dynamiek van belangrijke eiwitten voor chromosoom segregatie en celdeling worden vastgesteld.
Fluorescentie live-cel beeldvorming van bacteriële cellen is een belangrijke methode bij de analyse van de ruimtelijke en temporele dynamiek van eiwitten en chromosomen ten grondslag liggen aan de centrale celcyclus gebeurtenissen. Echter, imaging van deze moleculen in de langzaam groeiende bacteriën vertegenwoordigt een uitdaging vanwege photobleaching van fluorophores en fototoxiciteit tijdens Beeldacquisitie. Hier beschrijven we een eenvoudig protocol om te omzeilen deze beperkingen in het geval van Myxococcus xanthus (die heeft een generatietijd van 4-6 h). Te dien einde, M. xanthus cellen worden gekweekt op een dikke nutriënt-bevattende agar pad in een temperatuurgevoelig vochtige omgeving. Onder deze omstandigheden bepalen we de verdubbeling tijd van afzonderlijke cellen door de groei van afzonderlijke cellen op te volgen. Bovendien processen belangrijke cellulaire zoals chromosoom segregatie en celdeling image kunnen worden gemaakt door fluorescentie live-cel beeldvorming van cellen met relevante fluorescently geëtiketteerde marker eiwitten zoals mCherry-PomX, ParB-YFP en FtsZ-GFP over meerdere cel cycli. Vervolgens worden de verworven beelden verwerkt voor het genereren van montages en/of films.
Bacteriële cellen zijn ruimtelijk zeer georganiseerd met veel eiwitten lokaliseren asymmetrisch binnen cellulaire compartimenten1,,2,,3,4. Deze lokalisatie is vaak zeer dynamisch en verandert na verloop van tijd in reactie op signalen van de celcyclus of externe signalen. Ook wordt het bacteriële chromosoom ruimtelijk zeer georganiseerd met individuele loci wordt gepositioneerd aan specifieke subcellular locaties vóór en tijdens de segregatie proces5. Deze dynamische ruimtelijke organisatie is belangrijk voor groei, divisie, celcyclus regelgeving, differentiatie, beweeglijkheid, signaaltransductie, alsmede chromosoom organisatie en segregatie; het beïnvloedt daarmee, in wezen alle aspecten van bacteriële functie.
De spatio dynamiek van deze cellulaire processen worden geanalyseerd in een verscheidenheid van verschillende bacteriesoorten met Escherichia coli, Bacillus subtilis, Vibrio choleraeen Caulobacter crescentus dienen zo belangrijk modelorganismen. Echter, deze vier soorten dekken slechts een klein spectrum van de enorme diversiteit van bacteriële en misschien niet verwonderlijk gezien de grote fylogenetische afstand tussen deze soorten, cellulaire mechanismen voor organisatie en polarisatie van de verschillen in deze bacteriën. Dit leidt tot de noodzaak voor het bestuderen van de extra bacteriesoorten om uiteindelijk uittreksel algemene beginselen ten grondslag liggen aan de spatio dynamiek van bacteriële cellen te kunnen.
De gram-negatieve delta-proteobacterium M. xanthus is een model-organisme in de studie van sociaal gedrag en samenwerking in bacteriën6. M. xanthus is een strikt aëroob en in aanwezigheid van voedingsstoffen, vormt het kolonies in die cellen naar buiten in een sterk gecoördineerde, woelen mode en prooien op andere micro-organismen7 verspreiden. In reactie op de voedingsstoffen honger, initiëren cellen een ontwikkelings programma dat resulteert in de vorming van vruchtlichamen dat uit duizenden cellen, en binnen die bestaat sporenvormende staafvormige cellen differentiëren tot sferische diploïde sporen8. Beide soorten gedrag, dat wil zeggen, zwermen en de vorming van de fruiting body, worden alleen uitgevoerd door cellen die worden geplaatst op een harde ondergrond. Bovendien onder beide nutriënten voorwaarden deelnemen cellen aan processen die betrekking hebben op directe cel contacten met inbegrip van de uitwisseling van lipoproteins van de buitenmembraan dat kan stimuleren van de beweeglijkheid of fungeren als toxines in de ontvangende9,10 , de uitwisseling van LPS11, stimulatie van de motiliteit door exopolysaccharides op naburige cellen12en intercellulaire signalering door een cel oppervlak-verankerd signalering eiwitten13,14.
Onlangs, M. xanthus geworden ook een modelorganisme voor het bestuderen van de mechanismen die ten grondslag liggen aan de beweeglijkheid en de verordening15, celdeling16,17,18en chromosoom organisatie19 2120, ,. Kritische stappen in de M. xanthus celcyclus hebben in detail is geanalyseerd door fluorescentie microscopie gebruik van momentopname afbeeldingen of korte time-lapse opnames op spanningen uitvoering van relevante fluorescently geëtiketteerde eiwitten16, 17,18,19,20. Ideaal, veel cellen moeten worden gevolgd met eencellige resolutie door fluorescentie levende cel imaging voor ten minste één volledige celcyclus te verkrijgen van robuuste kwantitatieve gegevens over de celcyclus parameters. Dit is echter een uitdaging in het geval van M. xanthus vanwege de relatief lange generatietijd van 4-6 h onder standaard laboratoriumomstandigheden en vanwege photobleaching van fluorophores en fototoxiciteit tijdens Beeldacquisitie.
Hier beschrijven we een protocol te volgen M. xanthus cellen met eencellige resolutie door fluorescentie live-cel imaging gedurende ten minste 24 uur en die betrekking hebben op verschillende cel cycli. Nog belangrijker is, tijdens het gehele protocol, cellen worden bijgehouden op een agar-pad en in nauwe contact met de contact-afhankelijke activiteiten waardoor essentieel is voor de sociale leven stijl van M. xanthus. Het protocol tevens verstrekken verbruiker voor monitor vorm, grootte, divisies en fluorescerende sondes met een hoge temporele resolutie en met eencellige resolutie, en dus, in staat stelt de kwantificering van cel naar cel variabiliteit en correlaties van de celcyclus gebeurtenissen.
Fluorescentie live-cel imaging is een krachtig hulpmiddel voor het bestuderen van de spatio dynamiek van bacteriecellen geworden. Time-lapse fluorescentie microscopie van motile en traag groeiende bacteriën zoals M. xanthus, echter, is uitdagend en alleen voor korte tijdsduur werd uitgevoerd. Hier presenteren we een easy-to-use en robuuste methode voor beeldvorming van de bijzondere live-cel M. xanthus door time-lapse fluorescentie microscopie. Deze methode kan de gebruiker cellen en fluorescently geëtiketteerde eiwitten voor verschillende rondes van de celcyclus met eencellige resolutie te volgen.
Er zijn verschillende vereisten die invloed hebben op het succes van de live-cel beeldvorming van het langzaam groeiende M. xanthus cellen met inbegrip van: 1) een stevige ondergrond voor de bevestiging van de cel; 2) de beschikbaarheid van voedingsstoffen en zuurstof; 3) constante vochtigheid en temperatuur; en 4) het optimaliseren van de experimentele omstandigheden zoals blootstelling tijd en afbeelding overname frequentie.
We gebruiken in onze experimentele opstelling, dikke agarose pads aangevuld met voedingsstoffen. Het gebruik van dikke agarose pads in tegenstelling tot microfluidic apparaten te volgen van afzonderlijke cellen heeft enkele fundamentele voordelen maar ook enkele nadelen. Ten eerste, de agarose pad niet alleen voorziet in een oppervlak voor M. xanthus cel bijlage en beweging, maar ook voldoende voedingsstoffen voor groei gedurende ten minste 24 uur. Ten tweede, snap shot analyses gebruikt bij het bestuderen van intracellulaire lokalisatie van fluorescently geëtiketteerde eiwitten werd voorheen gedaan op het zelfde type van agarose pads16,17,29. Daarom kan gegevens uit module shot analyses rechtstreeks worden vergeleken met de gegevens die zijn verkregen met de hier beschreven methode. Ten derde, agarose pads kunnen gemakkelijk worden gewijzigd en aangevuld met antibiotica of andere supplementen zoals CuSO4 en vanillate die worden vaak gebruikt voor gen expressie inductie18,30. Ten slotte, omdat cellen formulier microcolonies in de loop van een experiment mogen, deze set-up maakt het ook mogelijk het bestuderen van het effect van directe cel interacties op de specifieke parameter wordt geanalyseerd. Dit aspect is met name belangrijk in het geval van M. xanthus omdat deze bacterie verschillende contact-afhankelijke interacties bevat. Het belangrijkste nadeel van deze methode is dat de experimentele omstandigheden zijn voorgeprogrammeerd voor de duur van een experiment. Microfluidic apparaten toestaan daarentegen over het algemeen de experimentele omstandigheden veranderen in de loop van een experiment door bijvoorbeeld antibiotica31toe te voegen.
Vrije Softwarepakketten (bijvoorbeeld, MicrobeJ, Oufti) zijn beschikbaar voor de groei van afzonderlijke cellen en eiwit localisatie binnen afzonderlijke cellen automatisch te analyseren. Deze software zijn echter alleen geschikt voor de analyse van afzonderlijke cellen of kleine groepen van cellen. Zo blijft het een uitdaging om automatisch het analyseren van de gegevens die zijn gegenereerd voor de opnames van de 24 h hier beschreven.
Kortom, we een easy-to-use en reproduceerbare protocol standaardinteracties live-cel beeldbewerking met traag groeiende beschreven M. xanthus bacteriën. We laten zien dat eenvoudige nutriënt-aangevuld agarose pads volstaan om groei gedurende ten minste 24 uur en observeren en analyseren van eiwitten lokalisatie en groei met eencellige resolutie gedurende enkele generaties mogelijk te maken.
The authors have nothing to disclose.
Dit werk werd gesteund door het Duits onderzoek Raad (DFG) in het kader van de Transregio 174 “Spatio dynamiek van bacteriële cellen” en de Max-Planck-Gesellschaft.
DMI6000B with AFC | Leica microsystems | 11888945 | Automated inverted widefield fluorescence microscope with adaptive focus control |
Universal mounting frame | Leica microsystems | 11532338 | Stage holder for different sample sizes |
HCX PL FLUOTAR 100x/1.30 oil PH3 | Leica microsystems | 11506197 | Phase contrast objective |
Orca Flash 4.0 camera | Hamamatsu | 11532952 | 4.0 megapixel sCMOS camera for picture aquisition |
Filter set TXR ET, k | Leica microsystems | 11504170 | Fluorescence filter set, Ex: 560/40 Em: 645/75 |
Filter set L5 ET, k | Leica microsystems | 11504166 | Fluorescence filter set, Ex: 480/40 Em: 527/30 |
Filter set YFP ET, k | Leica microsystems | 11504165 | Fluorescence filter set, Ex: 500/20 Em: 535/30 |
ProScan III | Prior | H117N1, V31XYZEF, PS3J100 | Microscope automation controller with interactive control center |
EL 6000 light source | Leica microsystems | 11504115 | External fluorescence light source |
Incubator BLX Black | Pecon | 11532830 | Black incubation chamber surrounding the microscope |
Tempcontrol 37-2 digital | Leica microsystems | 11521719 | Automated temperature control for incubation chamber |
Gentmycin sulphate | Carl Roth | 0233.4 | Gentamycin |
Oxytetracylin dihydrate | Sigma Aldrich | 201-212-8 | Oxytetracyclin |
Kanamycin sulphate | Carl Roth | T832.3 | Kanamycin |
Filtropur BT25 0.2 bottle top filter | Sarstedt | 831,822,101 | Bottle top filter for sterilization of buffers |
Deckgläser | VWR | 630-1592 | Glass cover slip (60 x 22 mm, thickness: 0.7 mm) |
Seakem LE agarose | Lonza | 50004 | Agarose for microscopy slides |
Leica Metamorph AF | Leica microsystems | 11640901 | Microscope control software and software for picture analysis |
Tetraspeck Microsperes, 0.5 µm | ThermoFisher | T7281 | Fluorescent microspheres |
petri dish | Greiner Bio-one | 688102 | 120 mm x 120 mm x 17 mm squared petri dish for agarose pads |
BD Bacto Casitone | Becton Dickinson | 225930 | Casitone |
Parafilm M | VWR | 291-1213 | Parafilm |
Tris(hydroxymethyl)-aminomethane | Carl Roth | AE15.2 | Tris |
Magnesium sulphate heptahydrate | Carl Roth | P027.2 | Magnesium sulphate |
Potassium dihydrogen phosphate p.a. | Carl Roth | 3904.1 | Potassium dihydrogen phosphate |
1% CTT medium: 1 % (w/v) BD Bacto™ casitone, 10 mM Tris-HCl ph 8.0, 1 mM potassium phosphate buffer pH 7.6, 8 mM MgSO4 | Cultivation medium for M.xanthus | ||
TPM buffer: 10 mM Tris-HCl ph 8.0, 1 mM potassium phosphate buffer pH 7.6, 8 mM MgSO4 | Buffer for preparation of microscopy slides for M.xanthus |