Hier presenteren we protocollen om te ontdekken van verbindingen actief bij GABAA -receptoren, van de binding aan de Fysiologie en farmacologie.
Dit manuscript presenteert een stapsgewijze protocol voor screening verbindingen op gamma-aminobutyric acid Typ een (GABAA)-receptoren en het gebruik ervan naar de identificatie van nieuwe moleculen actief in preklinische testen van een in vitro recombinant receptor de farmacologische effecten op inheemse receptoren in knaagdier hersenen plakjes. De eerste stap is voor verbindingen inbinden op de benzodiazepine-site van de receptor, een primaire scherm dat bestaat uit het ontwikkelen van radioligand binding testen op celmembranen uiting geven aan de belangrijkste subtypen van GABAA instellen. Dan profiteren van de heterologe uitdrukking van knaagdieren en menselijke GABAA -receptoren in Xenopus eicellen of HEK 293 cellen, is het mogelijk om te verkennen, in elektrofysiologische testen, de fysiologische eigenschappen van de verschillende receptoren subtypen en de farmacologische eigenschappen van de geïdentificeerde verbindingen. Het systeem van de oöcyt Xenopus krijgt hier, beginnend met het isolement van de eicellen en hun protocollen met verschillende mRNAs, tot de farmacologische karakterisering met behulp van twee-electrode spanning klemmen. Ten slotte worden opnamen uitgevoerd in knaagdier hersenen plakjes beschreven die worden gebruikt als een secundaire fysiologische test om de activiteiten beoordelen van moleculen op hun inheemse receptoren in een welomschreven neuronale circuit. Extracellulaire opnamen met behulp van bevolking reacties van meerdere neuronen worden gedemonstreerd samen met de toepassing van de drug.
Hier presenteren we protocollen voor de ontdekking van actieve verbindingen op GABAA -receptoren, van de binding aan de Fysiologie en farmacologie. In de zoektocht naar nieuwe moleculen specifiek voor GABAA -receptoren, is het cruciaal om te definiëren, zo nauwkeurig mogelijk, het subtype van het belang en de beoordeling van de specificiteit van de onlangs geïdentificeerde stoffen (bijvoorbeeld, voor een overzicht, zie Rudolph en Knoflach1of Sieghart2). Een typische pad drugontdekking en de stappen die moeten worden verwezenlijkt worden geïllustreerd in Figuur 1.
Bindende analyses geweest en zijn nog steeds grotendeels gebruikt als de eerste stap in de Geneesmiddelenontwikkeling. In het geval van GABAA -receptoren, zijn ze geoptimaliseerd voor het identificeren van stoffen die zich binden aan de benzodiazepine bindende site van de receptoren waar therapeutische nuttige en veilige drugs binden. Andere technieken, met behulp van fluorimetrische imaging plaat lezer (FLIPR) membraan potentiële rode kleurstof gebaseerde testen3, detecteert verbindingen zoals barbituraten die zich binden aan extra sites die minder wenselijk vanwege hun ongewenste neveneffect profiel zijn. Daarnaast kunnen de gebruikte kleurstoffen direct GABAA -receptoren, dus vraagtekens bij het nut van deze tests voor drug discovery4activeren. Bindende testen kan alleen bieden het bewijs dat een bepaalde stof aan een specifieke receptor klassebinden kunt. In vitro testen met celmembranen worden gebruikt als aanduiding van selectieve menselijke GABAA α5β3γ2 receptor liganden. Transient transfected HEK293 cellen, uiting geven aan de mens GABAA α5β3γ2, α1β3γ2, α2β3γ2 en α3β3γ2-receptoren worden gebruikt voor het bereiden van membranen voor deze tests. Het effect van de liganden wordt gedetecteerd door het meten van de Scintillatie van [3H] flumazenil gebonden aan het membraan receptoren (een remming van [3H] flumazenil binding). Het belangrijkste voordeel van deze techniek is dat een snelle en efficiënte bepaling van de affiniteit van de compound-binding aan de receptor van belang wordt verstrekt op de receptor van belang.
Functionele studies zijn essentieel om te evalueren van de functionele activiteit van de verbindingen en voor te stellen een fysiologische en farmacologische uitleg van de mechanismen die zijn veroorzaakt door de binding van de stoffen aan de receptoren. Vandaag, is het goed erkende dat functioneleA GABA receptoren uit de vergadering van vijf subeenheden rond een as van pseudosymmetry gevormd door de Ionische porie en het resultaat van de vergadering van vijf identieke subeenheden voortvloeien. Allermeest naar de GABAA -receptoren zijn samengesteld uit twee of meer verschillende subeenheden. De grote hersenen GABAA receptor, bijvoorbeeld, bestaat uit de subeenheden van het β2, alpha1 en γ2 in een stoichiometrie van 1, 2 en 2 respectievelijk5,6. Een reconstructie in een hostsysteem zoals de Xenopus eicellen of HEK293 cellen biedt de mogelijkheid om snel het verkennen van de farmacologische eigenschappen van de receptoren.
De farmacologische eigenschappen van de verbindingen worden vervolgens onderzocht met extracellulaire opnames in hersenen segmenten7. Deze methode maakt een verkenning van het effect van de verbindingen op transmissie en biedt een doeltreffende manier te bevestigen het functionele effecten van de stoffen bepaald in heterologe expressiesystemen op het niveau van inheemse receptoren in de totale neuronale milieu. GABAergic transmissie kan ook worden beoordeeld op het moleculaire niveau door het meten van de effecten van de stoffen op de remmende postsynaptisch stromingen (IPSCs)8. Maar het protocol hier gebruikt en gebaseerd op geheel-cel patch klem opnames in plakjes van de hersenen is uitgebreider en levert een lagere doorvoersnelheid.
Tot slot, de sterke en zwakke punten van de in vitro bevolkingsonderzoek cascade gebruikt voor de identificatie van α5β3γ2-selectieve liganden worden besproken in het perspectief van de verschillende technieken en hun intrinsieke beperkingen. Dit werk moet bieden en de niet-deskundigen op het gebied van GABAA -receptoren een nuttig overzicht van de combinatie van verschillende in vitro benaderingen gebruikt om aan te pakken van de ontdekking van nieuwe modulatoren van deze ligand-gated ionenkanalen.
De ontwikkeling van nieuwe verbindingen actief bij een ligand-gated ionkanaal zoals de GABAA -receptoren vereist het gebruik van meerdere benaderingen. Typisch, de eerste stap is vaak uitgevoerd met gebruikmaking van bindende analyses; deze metingen zijn echter onvoldoende om te karakteriseren de fysiologische activiteit van de stof of de precieze farmacologie. In het bijzonder, een verbinding die zich aan een receptor bindt kan verbeteren of remmen zijn functie of zelfs produceren geen functioneel effect (be silent) (d.w.z., binding aan de receptor zonder wijziging van zijn functie). Een functionele test is dus vereist voor een volledige samengestelde karakterisering.
Bindende testen:
Het belangrijkste voordeel van de bindende bepaling is dat ze efficiënt kan worden uitgevoerd op een groot aantal monsters variërend tot duizenden en bevat het bindende affiniteiten voor de actieve moleculen. Zoals hierin beschreven, bestaat de eerste stap uit het opzetten van een methode voor de beoordeling van de gewenste receptor subtypes. Namelijk, terwijl bindende kan worden uitgevoerd op inheemse receptoren van breuken of hele hersenen, deze methode voorkomt u dat de bepaling van de affiniteiten op specifieke receptor subtypes. Daarom is het noodzakelijk gebruik van recombinante systemen om scherm moleculen op de gewenste doelgroep. Tegenwoordig, biedt een voorbijgaande of stabiele transfectie van de gewenste receptor subeenheid cDNAs in cellijnen een efficiënte en betrouwbare methode om uit te drukken de receptor subtypes van belang (b.v., GABAA α5β3γ2). Traditionele binding testen maken gebruik van radioligands, maar tegenwoordig technieken zijn beschikbaar die voorkomen dat het ongemak van het verwerken van radioactiviteit (bv, kwantitatieve fluorescentie gebaseerde ligand-bindende).
Functionele expressie in een hostsysteem:
Om uit te drukken genen in een hostsysteem, moet de codering opeenvolging van belang worden ingevoegd in een plasmide waarin de voldoende promotoren. Meestal voor in vitro mRNA-synthese, worden de bacteriële T7 of T6 promotors gebruikt. Voor een cDNA expressie, moet de transcriptie van het gen van belang door de promotor van een eukaryote zoals CMV (cytomegalovirus) of gelijkwaardig worden geregeld. Verschillende plasmiden, met inbegrip van de twee promotoren (dat wil zeggen, pUNIV, pCMV-6AC, psf-CMV/T7, pCI-neo, pcDNA), zijn tegenwoordig beschikbaar waardoor een in vitro -synthese van mRNA of een cDNA expressie zoals weergegeven in Figuur 15. Een uitdrukking van de GABAA -receptoren kan getrouw worden verkregen cellijnen of in Xenopus eicellen. De belangrijkste voordelen van de laatste zijn het ontbreken van een endogene receptor expressie, de eenvoud van de manipulaties en de beschikbaarheid van een geautomatiseerd systeem voor micro-injecties en opnames. De in dit protocol beschreven procedures illustreren de efficiëntie van het geautomatiseerde systeem waardoor de injectie van 96 eicellen in ongeveer 7 minuten en vereist geen micromanipulation vaardigheden. Herinneren dat een één eierstok uit een Xenopus tussen de 10.000 tot 30.000 eicellen bevat, is het duidelijk dat een groot aantal metingen van de cel kan worden uitgevoerd op een enkele voorbereiding. Bovendien, als een expressie kan worden uitgevoerd met gebruikmaking van cDNA injecties, de dezelfde plasmiden met de genen van belang die zijn ontwikkeld voor de bindende experimenten kunnen worden gebruikt voor een functionele karakterisering zonder de behoefte aan verdere moleculaire biologie manipulaties.
Gezien de grote omvang en hoge oppervlakte expressie, levert een enkele oöcyt een aantal receptoren die ongeveer gelijk is aan de confluente cellen in een 35 mm petrischaal. Echter vertegenwoordigt een eicellen voorbereiding en injectie een fractie van de kosten van een cellijn, zoals de experimenten niet nodig een specifieke kweekmedium en steriele manipulaties. De activering van een enkellijns GABAA levert een paar picoamperes (10-12) en stromingen variërend tot tientallen microampere (10-6) zijn gemakkelijk opgenomen in een enkele oöcyt, die de gelijktijdige activiteit van miljoenen bevestigt receptoren tijdens één antwoord.
Een eerste stap in de karakterisering van ligand-gated ionenkanalen is vaak de bepaling van de schijnbare affiniteit voor de receptoren. De experimenten die behoeft te worden uitgevoerd bestaat uit het toepassen van een reeks van korte agonist test pulsen en uitzetten van de amplitude van de evoked huidige of, in bepaalde gevallen, het gebied onder de curve (AUC) als een functie van de logaritme van de concentratie van de agonist. Aangezien het gemakkelijk haalbaar is om te microinject verschillende plasmide concentratie en verhouding in dezelfde batch van eicellen, is dit systeem van meningsuiting met name geschikt voor een dergelijke karakterisering. Bovendien, een-charges-vergelijking toonde een hoge mate van stabiliteit voor verschillende EG50s. De invloed van de samenstelling van de subeenheid op de receptor van schijnbare affiniteit is gemakkelijk gevisualiseerd met behulp van een spin perceel, zoals in Figuur 10.
De resultaten van de klem van de twee-electrode spanning verkregen in Xenopus eicellen worden vaak vergeleken met opnames gemaakt met behulp van patch klem elektroden. Overwegende dat het zou gaan buiten het bestek van dit werk te gaan van een gedetailleerde vergelijking tussen deze twee systemen, kunnen een paar punten worden onderzocht. Terwijl een patch-clamp in cellen voordelen voor een biofysische karakterisering met een snelle drug toepassing biedt, zijn de eisen complexer dan die van de opnamen van de twee-elektrode in Xenopus eicellen. Een eerste en niet te verwaarlozen moeilijkheid is de uitdrukking van een bepaald eiwit met de noodzaak van een cultuur van de cel, een voorbijgaande of stabiele transfectie, en de identificatie van de cellen die de gewenste construct uiten. Daarnaast is het onmisbaar zijn voor het onderzoeken van de mogelijke bijdrage van de endogene expressie in de cel beschouwd. Bovendien vereist de opname van een patch klem een bekwaam persoon uit te voeren van de micromanipulation onder een Microscoop high-vergroting, terwijl die persoon ook een adequate analyse uitvoeren tijdens het experiment moet te beoordelen, bijvoorbeeld de kwaliteit van de zegel, de toegang weerstand etc. In contrast, een twee-electrode spanning klem opnemen, met name een met behulp van een geautomatiseerd elektrofysiologische systeem, vereist geen geen specifieke vaardigheden en kan worden uitgevoerd door laboranten.
Bij de aankoop van een elektrofysiologische set-up, is kosten overweging zeker een belangrijke factor die moet zorgvuldig worden geanalyseerd. Bijvoorbeeld, terwijl de kosten van een geautomatiseerd systeem relatief hoog is, blijkt een nauwere vergelijking dat de installatie van een volledige elektrofysiologische tuig omvat kopen apparatuur zoals goede micromanipulators, een verrekijker lens, een versterker, een perfusie systeem, en een anti-trillingen tafel, terwijl ook het verwerven van gegevens en het uitvoeren van een analyse. Een vergelijking van de kosten tussen een twee-electrode spanning klem set-up versus een patch klem set-up blijkt nog verschillen. Bovendien, het geautomatiseerde systeem biedt het voordeel van volledig geautomatiseerde apparatuur en dag en nacht zonder toezicht uitgevoerd.
De farmacologische eigenschappen van een stof worden bepaald door de wijze van optreden op de receptor. Bijvoorbeeld, zijn concurrerende remmers moleculen die kunnen worden ingevoerd de dezelfde bindende zak, of orthosteric de site, zoals de agonist zelf een competitie veroorzaakt. Niet-concurrerende remmers zijn stoffen die een remmende werking van de receptoren door interactie op een andere site en, in het geval van een ligand-gated ionkanaal, die kunnen worden ingevoerd en blokkeren de Ionische porie, bijvoorbeeld. Het zou gaan buiten het bestek van dit werk te onderzoeken van de verschillende mechanismen van interactie, maar verdere informatie kan worden verkregen uit een farmacologische leerboek en/of van ander werk zoals Bertrand en Bertrand van22.
In het geval van allosteric modulatoren wijzigt de samengestelde bindt op een site die verschilt van de orthosteric site, maar de aanwezigheid van het molecuul de energie barrière tussen de actieve en andere Staten. Positieve allosteric modulatoren (PAMs) zijn verbindingen die de energie barrière verminderen van de rust op de actieve status en daarom versterken het effect van de agonist. Mogelijke effecten van de PAM karakteriseren, daarom, nodig om te bepalen als een blootstelling aan de stof de reactie op de agonist vergroot en, zo ja, op welke concentratie. De experimenten die in Figuur 11 en Figuur 14 gepresenteerd illustreren protocollen die met succes kunnen worden gebruikt voor de karakterisering van PAMs op de GABAA -receptoren.
In sommige gevallen mogelijk de blootstelling aan de PAM alleen voldoende om te activeren van de receptoren. Zo’n activiteit kan worden bepaald door een lichte wijziging van de experimentele protocol hier gepresenteerd. Namelijk, in plaats van een co-toepassing van de modulator tijdens de blootstelling aan de GABA, het protocol kan worden gewijzigd voor de toepassing van de eerste de compound alleen en vervolgens in aanwezigheid van de GABA. Een karakterisering van de directe agonist-activiteit zal worden gemaakt door de bepaling van de amplitude van de reactie opgeroepen door de stof zelf en ten opzichte van de huidige GABA-opgeroepen.
Experimenten in plakjes van de hersenen, zoals geïllustreerd in Figuur 7, worden gebruikt voor het bevestigen van de samengestelde activiteit op inheemse receptoren in een duidelijke remmende circuit alvorens verder te gaan in diermodellen en langs het traject naar klinische proeven. De relatief eenvoudige data opname en analyse-protocol kunnen de rangorde van meerdere verbindingen met een evaluatie van hun differentiële f effect op PS amplitude. Non-specifieke gevolgen van verbindingen die niet zijn gerelateerd aan het GABA-systeem kunnen ook worden gedetecteerd (bv, wanneer veranderingen in de PS-vorm worden waargenomen). Direct, GABAergic transmissie kan worden beoordeeld in deze gevallen door het meten van de effecten van de stoffen op de remmende postsynaptisch stromingen (IPSCs) met behulp van de geheel-cel patch-clamp techniek8.
The authors have nothing to disclose.
De auteurs bedanken Judith Lengyel, Maria Karg, Grégoire Friz, Rachel Haab, en Marie Claire Pflimlin van Roche en Tifany Schaer en Deborah Paolucci van HiQScreen voor hun uitstekende technische bijstand.
General equipment | |||
96 well cell harvester -(Filtermate 196) | Packard | To filter membranes with bound radioligand | |
Microtiter plate liquid scintillation counter (Top Count NXT) | Packard | Microplate Scintillation and Luminescence counter | |
Vial liquid scintillation counter (Beta-Couter 2500 TR) | Packard | Vial Scintillation and Luminescence counter | |
Liquid handler (Biomek 2000) | Beckman coulter | To prepare compound dilutions | |
Vortex (Vortex Genie 2) | Scientific industries Inc. | To mix compound stock solutions | |
Tissue homogenizer (Polytron PT1200E) | Kinematica AG | To resuspend the membrane preparations | |
XLfit5 software | Microsoft Excel add-on by IDBS |
Curve fitting software | |
Smart Pull | UniPix | – | Electrode Puller |
RoboInject | MultiChannel Systems | – | Automated Injection (Xenopus Oocytes) |
HiClamp | MultiChannel Systems | – | Automated Voltage Clamp (Xenopus Ooocytes) |
DataMining | MultiChannel Systems | – | Data Analysis Software |
DataMerger | MultiChannel Systems | – | Data Processing Software |
Digidata 1550 | Molecular Devices | Low noise data acquisition system | |
CyberAmp 380 or equivalent | Axon Instruments | Programmable Signal Conditioner | |
pClamp program suite | Molecular Devices | Software for data acquisition and analysis software | |
Antivibraton table | TMC | To avoid microelectrode vibrations | |
Patchstar Micromanipulators | Scientifica | To accurately position microelectrodes in brain slices | |
Faraday Cage | Sutter Instruments | To isolate recordings from noise | |
McIlwain Tissue Chopper | Campden Instruments LTD | To prepare brain slices | |
Borosilicate glass micropipette | Warner Instruments | GC150TF-10 | To record extracellular potentials in brain slices |
Twisted pair, platinum iridium wires stimulation electrode | World Precision Instruments | To stimulate the brain slices with current | |
Stimulus generator for current and voltage driven stimulation | MultiChannel Systems | STG4000 | Delivers the current to the stimulation electrode |
Plasticware | |||
Microtiter plate round bottom | Corning | #3365 | Used for the binding assay |
GF/C glassfibre filter-bottom 96-well microplate with 1.2µm poresize, for cell harvesting assays using a vacuum manifoldwell filter | Packard | #6005174 | used for the binding assay |
50 mL Tubes | Falcon | #352070 | used for the binding assay |
Safe-lock tubes 1.5 mL | Eppendorf | #0030 120086 | used for the binding assay |
Safe-lock tubes 2 mL | Eppendorf | #0030 120094 | used for the binding assay |
Shipping tubes 180ml | Semadeni Europe AG | #3722 | used for the binding assay |
Pony vial Polyethylene 6ml | Perkin Elmer | #6013329 | used for the binding assay |
Top Seal | Perkin Elmer | #60051859 | used for the binding assay |
Spinner Flask | Bellco | BELLCO # 1965-00100 | Spinner Flask |
96 Well Plate (Conical) | Thermo Scientific Milian | 56368 | Injection plate for the oocytes |
96 Well Plate (Flat bottom) | Corning (Vitaris Switzerland) | 3364-cor | Compound Plate for the HiClamp |
Glass capillary | Hilgenberg (Germany) | – | borosilicate glass 1.2 O.D. 0.76 I.D. with filament |
RNA preparation | |||
Ambion mMessage mMachine | Thermo Fisher Scientific | for the in vitro synthesis | |
Chemicals | |||
Assay buffer: KCl 5 mM; CaCl2 1.25 mM; MgCl2 1.25 mM; NaCl 120 mM; Tris 15 mM pH adjust with HCl to 7.4; store up to 3 months at 4°C. | Used for binding assay | ||
Washing buffer: Tris 50mM -HCl pH 7.4; store at 4°C. | Used for binding assay | ||
Stock solution of test compounds 10mM in DMSO | Used for binding assay | ||
Flumazenil (RO0151788) 10mM in DMSO | Used for binding assay | ||
Diazepam 4mM in DMSO | Used for binding assay | ||
[3H]-Flumazenil 60-85 Ci/mmol in Ethanol; store at -20°C | Used for binding assay | ||
Microscint 40 | Packard | #6013641 | Used for binding assay |
Ultima Gold | Perkin Elmer | #6013329 | Used for binding assay |
MS-222 | Sigma | Sigma # A5040 | MS-222 |
AB/AM | Sigma | Sigma # A5955 | antibiotics / antimycotics |
Collagenase | Sigma | Sigma # C1030 | Collagenase Type I |
Rnase | Sigma | Sigma # R2020-250 mL | RNaseZAP |
EndoFree Plasmid maxi Kit | Qiagen | Qiagen # 12362 | |
Salts for artificial cerebrospinal fluid (NaCl, KCl, etc.) | Sigma | ||
Membranes | |||
Frozen membrane preparations from transient or stably transfected HEK293 overexpressing different human GABAA receptor subtypes: α1β3γ2, α2β3γ2, α3β3γ2, α5β3γ2. See Ballard et al 2009 for detailed methods. | Used for binding assay |