Taze ve donmuş Gastrointestinal örnekleri üzerinden hücre altı ayırma
Summary
Burada, insan taze ve donmuş bağırsak biyopsisi sitoplazmik ve nükleer proteinlerin hücre altı ayrılması için basit bir hücresel ayırma gerçekleştirmek için bir iletişim kuralı mevcut.
Abstract
Bu iletişim kuralının amacı insan bağırsak dokusu tarafından endoskopi yerelleştirme analizi için nükleer ve sitoplazmik bölmeleri spesifik proteinlerin veya protein kompleksleri (Yani, sağlıklı farklı doku Birleşik Devletleri içine elde edilen fractionate etmektir hastalığı) vs . Bu yöntem her iki taze ve donmuş bağırsak doku örneği ayırma için yararlıdır; Tüm laboratuarlar için kolayca erişilebilir ve zaman alıcı.
Introduction
Bir hücre içinde hemen hemen tüm biyolojik fonksiyonları proteinler katılmak ve herhangi bir varyasyon kendi yapısı, miktar veya konumu patojenik bir senaryo için neden olabilir. Doku örneği ayırma yöntemleri çoğu hastalık karmaşıklığını azaltmak için yararlı bir yaklaşım ile ilgili protein analizleri. Bazı çalışmalarda protein yerelleştirme bilgileri kullanın veya belirli bir hücresel bölme bir protein olduğu gibi proteinlerin tekrarlanabilir ayırma için bir protokol biyolojik bazı soruları cevaplamak yararlı bu yüzden zenginleştirmek. Proteinlerin hücre altı yerelleştirme belirleme ve kendi compartmental yeniden dağıtım veya etkileşimler, bazal izleme ve hastalık koşulları hastalığı tanımlamak yardımcı olacak ilgili işlevsel farklılıklar1,2. Bu nedenle, bu yöntem tekrarlanarak bağırsak doku biyopsisi, taze ve donmuş, sitoplazmik ve nükleer hücre altı bölmeleri içine fractionate amaçlamaktadır.
Bağırsak biyopsisi örnekleri rutin olarak endoskopi işlemleri3 sırasında (Şekil 1) elde edilen ve etkin bir şekilde protein miktar veya immunoprecipitation çalışmalar için kullanılabilir. Epitel doku örnekleri bağırsak üzerinden doğrudan hastalık patogenezinde4‘ te tutulabilir proteinler içerdiğinden, bağırsak biyopsisi bağırsak hastalığa özgü başarılı tanımlanması için çok değerli bir kaynak olduğu proteinler. Saklı donmuş, hasta doku örnekleri klinik bilgilerinin yanı sıra protein analizi için yararlı kaynak vardır ve bir basit ve tekrarlanabilir numune hazırlama sınırlayıcı miktarda kullanarak hücre compartmental bilgileri sağlamak için önemli bir konudur dondurulmuş doku5.
Hücresel kesirler ayrılması için birkaç piyasada kitleri vardır, ama bunlar daha pahalı ve genellikle daha fazla zaman alıcı burada sunulan protokolü daha. Birden fazla adımlı degrade Santrifüjü protokolleri temel ve sürekli degradeler da daha önce farklı dokuların6,7farklı hücresel kompartmanlarda ayırma için kullanılmıştır. Ancak, sürekli degradeler tutarlılığını sağlamak kez zor bir iştir. Membranlar sıralı lizis üzerinde dayalı benzer iletişim kuralları daha önce tarif var ama onlar genellikle ikiden fazla arabellekleri ve gerekir zaman ellerde uzun8 .
Doku örnekleri parçalanması zaman, o doku protein ayıklama için devam zaman kültürlü hücreleri mevcut hem önemli örnekleri mevcut hücre-hücre ve hücre-matris etkileşimleri unutmayın. Hücreleri ve hücre dışı matriks protein kalitesini etkilemeden arasında uygun arıza bağırsak dokusu protein yalıtım9kritik bir etken olacaktır. Bu protokol için hücre-hücre ve hücre-matris kişiler ilk kırık, hücreleri serbest ve tek tek hücreler ulaşmak için tampon izin vardır. Protein-yuvası ayırma önce karıştırma önlemek için kişileri dökümünü hücreleri veya nükleer membran bütünlüğü değiştirmeden bulunması gerekir.
Bağırsak mukoza10çeşitli proteaz zenginleştirme nedeniyle, protein yıkımı ayıklama sırasında kontrol etmek önemlidir. Potansiyel protein yıkımı en aza indirmek için birden çok proteaz inhibitörü protein ayıklama arabellekleri içinde dahil edilmesi gerekir. Ayrıca, özleri fonksiyonel deneyleri için kullanılmak üzere kullanacaksanız, bu protein etkinliği11kaybına neden olur gibi proteinler veya proteolizis denatürasyon önlemek önemlidir. Bu amaçla, protokol 4 ° C’de gerçekleştirilir ve taze phenylmethylsulfonyl florür (PMSF) 0.1 mM daha fazla proteolizis etkisizleştirmek için kullanmak için sadece önceki son bir konsantrasyon, arabellekleri eklenir.
İlk hücre ayırma doku bozulması ve hücre lizis adımıdır. Daha önce de belirtildiği gibi hücreler ve onları en az hasar ile açık kırıldığını disaggregate hedefidir. Bağırsak doku örnekleri homojenize gerekir ve hücreleri hücre zarı maksimum kırılma elde etmek için lysed. Bu protokol için saniye içinde yüksek hızlı vortexing eylem yoluyla homojenize bağırsak dokusu kırmak için bir motorlu havaneli karıştırıcı kullanın. Homojenizasyon sonra doku hücreleri hücre zarı patlama olacak ama çekirdeklerin olduğu gibi bir sigara denaturing deterjan (nonil phenoxypolyethoxylethanol) ve çekirdekleri ayırmak için kısa bir girdap eklenmesi tarafından takip devam edecek hipotonik, arabellek içinde inkübe sitoplazmik kesir. Sitoplazma kaldırıldıktan sonra sallayarak ile hipertonik bir arabellek içine hücre çekirdek zarı patladı.
Burada sunulan yöntemi endoskopik yordamlar ve Aralık içinde ağırlık 2 ve 10 mg arasında sırasında elde edilen taze ve donmuş bağırsak biyopsisi hücre altı ayırma için uygun bir yöntemdir. İletişim kuralı kolay ve tekrarlanabilir ve temel laboratuvar donatım ve bir saat içinde reaktifler kullanarak gerçekleştirilebilir.
Protocol
Representative Results
Discussion
Burada açıklanan protokolü bağırsak biyopsisi nükleer ve sitoplazmik ayırma için kullanılır. Saf protein denatüre değil ve sadece Şekil 2 ve 3 ‘ te ama aynı zamanda immunoprecipitation, elektroforetik hareketlilik üst karakter tahlil (Emsan) gibi yerli katlanmış proteinlerin gerektiren deneyleri içinde gösterildiği gibi Batı leke analiz kullanılabilir veya yerli polyacrylamide jel elektroforez (sayfa).
Açıklanan yöntemi il…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Yazarlar Ander Lopez ve Miren Telletxea yardım video kayıt ve düzenleme için kabul. ACR Ikerbasque arkadaş grubu ve bir araştırma projesi Asociación de Celiacos Madrid (ACM) tarafından finanse edilmektedir. JRB proje ISCIII-PI16/00258 tarafından finanse edilen ve Avrupa Birliği ERDF/ESF tarafından “Avrupa nın yolunu” ortak finanse. Bu bir araştırma projesi hibe Bask Sağlık Bakanlığı tarafından 2015111068 finanse edilmektedir. IRG ve AJM HGUGM bursu hibe UPV/EHU ve Bask Department of Education, sırasıyla destekler.
Materials
| HEPES | Sigma Aldrich | H4034-1kg | |
| KCl | Sigma Aldrich | P9333-1kg | |
| EDTA | Sigma Aldrich | E9884-100G | |
| NaCl | Sigma Aldrich | 5588886-1kg | |
| DTT | Sigma Aldrich | 10197777001 | |
| PMSF | Thermo Scientific | 36978 | |
| Proteinase and phosphatase inhibitors | Thermo Scientific | A32959 | |
| NP-40 | Sigma Aldrich | CA-630 | Detergent |
| BCA assay | Thermo Scientific | 23227 | Protein quantification kit |
| Disposable plastic pestles | Sigma Aldrich | Z359947-100EA | |
| Dounce homogeneizer | VWR | 431-0100 | |
| Microcentrifuge | Eppendorf | 5415-R | |
| Shacker | IKA | MS3 basic |
References
- Cox, B., Emili, A. Tissue subcellular fractionation and protein extraction for use in mass-spectrometry-based proteomics. Nature Protocols. 1 (4), 1872-1878 (2006).
- Itzhak, D. N., Tyanova, S., Cox, J., Borner, G. H. Global, quantitative and dynamic mapping of protein subcellular localization. eLife. 5, (2016).
- Preedy, V. R., Watson, R. R., Ronald, R. . Methods in disease investigating the gastrointestinal tract. , (1998).
- Alex, P., Gucek, M., Li, X. Applications of proteomics in the study of inflammatory bowel diseases: Current status and future directions with available technologies. Inflammatory bowel diseases. 15 (4), 616-629 (2009).
- Ericsson, C., Franzén, B., Nistér, M. Frozen tissue biobanks. Tissue handling, cryopreservation, extraction, and use for proteomic analysis. Acta oncologica (Stockholm, Sweden). 45 (6), 643-661 (2006).
- Hoffmann, K., et al. New application of a subcellular fractionation method to kidney and testis for the determination of conjugated linoleic acid in selected cell organelles of healthy and cancerous human tissues. Analytical and Bioanalytical Chemistry. 381 (6), 1138-1144 (2005).
- Foster, L. J., et al. A Mammalian Organelle Map by Protein Correlation Profiling. Cell. 125 (1), 187-199 (2006).
- Baghirova, S., Hughes, B. G., Hendzel, M. J., Schulz, R. Sequential fractionation and isolation of subcellular proteins from tissue or cultured cells. MethodsX. 2, e440-e445 (2015).
- Börner, A., et al. Subcellular protein extraction from human pancreatic cancer tissues. BioTechniques. 46 (4), 297-304 (2009).
- Antalis, T. M., Shea-Donohue, T., Vogel, S. N., Sears, C., Fasano, A. Mechanisms of disease: protease functions in intestinal mucosal pathobiology. Nature clinical practice. Gastroenterology. 4 (7), 393-402 (2007).
- Cutler, P. . Protein purification protocols. , (2004).
- Walker, J. M. The Bicinchoninic Acid (BCA) Assay for Protein Quantitation. The Protein Protocols Handbook. , 11-14 (1996).
- McLane, L. M., et al. Differential localization of T-bet and Eomes in CD8 T cell memory populations. Journal of immunology (Baltimore, Md.: 1950). 190 (7), 3207-3215 (2013).
- Nguyen, K. T., Holloway, M. P., Altura, R. A. The CRM1 nuclear export protein in normal development and disease. International journal of biochemistry and molecular biology. 3 (2), 137-151 (2012).
