Bimolecular tamamlayıcı benzeşme arıtma (BiCAP) tarafından parçalanmış çok protein sinyal kompleksleri

Protein kompleksi derleme birçok sinyal verme yolları^1,2kronolojik zamanmekansal özgüllük korumada önemli bir süreçtir. Bu düzenleyici rol kritik doğası tanınmış ise Deneysel teknikler bu komplekslerin ince eleyip sık dokumak kullanılabilir bir eksikliği. En interactomics çalışmaları bireysel proteinler veya karmaşık bileşenleri tek tek sıralı zenginleştirme ile etkileşimleri üzerine odaklanır. Burada bireysel moieties bileşen proteinler hem de konut projeleri hariç ortakları³bağlama rekabet ile oluşan iken bir teknik belirli protein dimer yalıtım için mevcut. Biz bu teknik çağrıda bulundular Bimolecular uluslara benzeşme arıtma (BiCAP), olduğu gibi bir arada bir önceden varolan protein parçası uluslara testin, Bimolecular floresan uluslara (BiFC), roman kullanımı ile bir GFP ve türevleri doğru biçimi özgü rekombinant nanobody (bkz: malzemeler tablo).

Luciferase⁴, β-galaktozidaz⁵veya yeşil flüoresan protein (GFP)⁶ ( gibi gazetecilere parçaları bölmek erimiş “yem” ve “av” proteinlerin ifade tipik protein-fragment uluslara tahlil dayanan Şekil 1A). Yem ve av protein etkileşimi, split muhabir etki alanları yem etkileşim sağlayan bir işlev yapısı içinde refold ve proteinler görüntülenir veya sayısal için av için teşvik edilir. BiCAP yapılan bu teknik bir sürümünden adapte GFP değişken Venüs parçaları kullanın. Floresan protein uluslara deneyleri canlı hücrede protein-protein etkileşimleri görselleştirmek için popüler bir yöntemdir, ancak şimdiye kadar bu bir işlev⁷‘ ye sınırlı olmuştur. Bu teknik sadece görselleştirme, ama aynı zamanda yalıtım ve sorgulama elde edilen protein-protein etkileşim sağlar gibi BiCAP bu bağlamda, önemli bir ilerleme temsil eder.

Şekil 1: BiCAP teknik arkasında yapısal müdür. (A) bimolecular floresan uluslara gösteren arkasında asıl özetleyen bir şematik ‘yem’ ve ‘av’ proteinler N-terminal V1 veya C-terminal V2 ile tam uzunlukta Venüs protein parçaları öğesini. (B) yapısal analizi GFP nanobody (yeşil) ve (gri) V1 ve V2 (turuncu) parçaları (PDB katılım 3OGO) konumunu gösteren recombined Venüs arasındaki etkileşim arayüzü (Camgöbeği). Bu rakam yayımlanamaz fromCroucher vd³ Reprinted AAAS izniyle olduğunu. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.

Füzyon eşleri arasında bir etkileşim oluşur sürece benzeşme düşük bir derece ile ilişkilendirmek iki floresan sigara parçaları (V1 ve V2 olarak adlandırılır) Venüs’ün Kullanım tekniği yapar BiCAP. Bu durumda, iki bölünmüş etki alanı fluorophore (Şekil 1B)⁶fonksiyonel β-varil yapısına refold. BiCAP anahtar yenilik β-sadece düzgün recombined ve katlanmış fluorophore ( üzerinde mevcut olan varil üzerinde GFP (ve Venüs gibi varyantların) üç boyutlu epitope tanır rekombinant GFP nanobody getirilmesi gelir Şekil 1B)⁸. En önemlisi, GFP nanobody ya bireysel Venüs parçaları bağlanmaz. Sadece iki protein o yapmak metotlarından alınan kimyasal kaynaklı, zorla etkileşim⁹/ kullanma daha fazla temsilcisi sonuç için önde gelen kendi iradesiyle bir kompleks oluşmuş sonra bu protein dimer yalıtım kolaylaştırır.

BiCAP özellikle potansiyel taneciklik’Bu komplekslerin sinyal iletimi içinde oynadıkları rolü anlayışımızı geliştirmek için aşağı akım uygulamaları bir dizi ile birlikte çok protein kompleksleri üzerinde duruluyor güçlü bir tekniktir . Ayrıca protein etkileşimler içinde in situgörselleştirme sağlayan önemli bir özelliği kapsar. Bugüne kadar BiCAP reseptör Tirozin kinaz (RTK) dimer³interactome analiz etkili bir yöntem gösterilmiştir, ama bu yöntemin uyum yeteneği hemen hemen her protein etkileşimi bağlamında kabul edilmesi anlamına gelir.