ATAC Seq による主なヒト T リンパ球のゲノム広いアクセス可能なクロマチンをマッピング

ATAC seq^1,2は、ヌクレオソームの配置規制³クロマチン領域の同定を可能にする堅牢な方法です。この情報は、場所、id、および転写因子の活性を推定のために適用されます。クロマチン構造の定量的変化の測定法の感度では、クロマチンの remodelers 修飾子と RNA ポリメラーゼ II¹の転写活性を含むクロマチン因子の活性の検討をことができます。したがって ATAC seq は興味の任意のセル型の転写制御を支配するメカニズムを解読するため強力かつ公平なアプローチを提供します。ATAC seq の主なヒト th1 細胞や Th2 細胞への適応について述べる。

ATAC-seq に非常に活発の Tn5 トランスポザーゼはアダプター (すなわち、「tagmentation」プロセス)¹DNA のタグ付けされた次世代シーケンサー (NGS) カップル DNA 断片化アダプターを搭載。得られた DNA ライブラリー PCR 増幅、次次世代シーケンス (図 1) の準備ができました。アクセス可能なクロマチンの優遇の tagmentation は、ATAC seq 配列読み取りのローカル富の分析によって検出されます。

短い実験手順とクロマチン アクセシビリティと DNase seq⁴、放任 seq⁵、および MNase seq⁶などヌクレオソームの位置を測定するための他の方法を基準にして以下の原料のための要件は、します。人間の一次電池^1,7臨床サンプル⁸と同様と単細胞生物⁹植物¹⁰、ショウジョウバエ^{11 を含む複数の生物学的システムでは ATAC seq の使用を促進}と様々 な哺乳類¹²。

アクセスの軌跡にバインドされている要素は、バインド シーケンス モチーフの濃縮を分析または高スループット DNA シーケンス (続いてクロマチン免疫沈降 (チップ) と ATAC seq を組み合わせることで発見ことができます転写の idChIP-seq)。このアプローチは、マウス¹³での造血機構の重要な系統特異的転写因子の同定を有効にします。ATAC seq の公平かつグローバルな性質をチップ解析のための抗体などの試薬が利用できない有機体の遺伝子の規則を勉強することができます。Cis 諸国における進化バリエーションなど-初期マウス規制要素の発達的変動からヒトとチンパンジー¹⁴、頭部神経堤細胞の研究によって識別された規制地域胚¹⁵日は単細胞C. owzarzakiのライフ サイクル中に規制動向の変化⁹、およびプロモーターやエンハンサー¹²20 の哺乳類の種の間での進化。

ATAC seq はまた単一細胞におけるクロマチン アクセシビリティ通常ゲノム研究^7,16を忌避する細胞集団内でこのように明らか変動を測定するため尽力されています。さらに、サンプルはまれな病態での遺伝子制御領域で発生した変更を勉強する ATAC seq を使用できます。急性骨髄性白血病 (AML)¹⁷またはRasの発症時規制の風景の変化を研究する ATAC seq を使用できますたとえば、-発癌¹¹を駆動します。