Bir örnek kullanarak biyolojik dokulardan lipidlerin, metabolitlerin ve proteinlerin kapsamlı şekilde ekstraksiyonu için bir protokol sunulmuştur.
Karmaşık biyolojik sistemlerin anlaşılması, genellikle transkriptomik, proteomik, metabolomik ve lipidomik ölçümlerle belirlenen, canlı hücrenin çoklu bileşik sınıflarının ölçülmesi, analizi ve entegrasyonunu gerektirir. Bu protokolde, metabolitlerin, lipidlerin ve proteinlerin biyolojik dokulardan, örnek başına tek bir alikot kullanılarak tekrarlanabilir şekilde ekstraksiyonu için basit bir yöntem sunuyoruz. Ekstraksiyon metodu sıvı için bir metil tert -butil eter: metanol: su sistemi üzerine kuruludur. Hidrofobik ve kutupsal metabolitlerin protein ve diğer macromoleküllerin katı bir pellet olarak çökeltilmesiyle birlikte karışmayan iki faza sıvı ile bölünmesi. Bu nedenle, bu yöntem, kütle spektrometreleriyle birleştirilen sıvı kromatografi (LC) veya gaz kromatografisi (GC) gibi ortak yüksek verimli 'omiks' teknolojileri ile tamamen uyumlu üç farklı fraksiyona özel moleküler kompozisyon sağlar. Yöntem init olmasına rağmenFarklı bitki doku örneklerinin analizi için geliştirilmiş olup yosunlar, böcekler ve memeli dokuları ve hücre kültürleri gibi çeşitli sistemlerden biyolojik numunelerin çıkarılması ve analizi için tamamen uyumlu olduğu kanıtlanmıştır.
Geçen yüzyılın ortalarında ortaya çıkan ve genomik ve transkriptomik veri setleri 2 , 3'ün geniş ölçekli analizi ile geliştirilen sistem biyolojisi, kompleks biyolojik sistemlerin analizi için yeni ve vazgeçilmez bir yaklaşım haline geldi 4 , 5 . Sistem biyolojisinin temel amacı, biyolojik sistemlerde bileşen etkileşimlerini ve bağımlılıklarını deşifre etmek ve genotipler arasındaki bağlantıyı, gerçekleşmelerini, moleküler dönüşümlerini ve elde edilen fenotipleri köprü kurmaktır. Buna göre, genomik, transkriptomik, metabolomik, lipidomik ve proteomik gibi çeşitli büyük ölçekli analitik yaklaşımlarla üretilen kapsamlı veri kümelerinin entegrasyonu ve hesaplama analizi, karmaşık biyolojik sistemlerin tanımlanması ve anlaşılması için bir ön şart haline gelmiştir.
Bas Büyük bir kimyasal çeşitlilik ve biyolojik bileşenlerin herhangi bir canlı sistemdeki karmaşıklığı üzerine, büyük ve kapsamlı 'omiks' veri setlerinin üretimi, uygulanan özütleme yönteminin kalitesi 9 üzerinde büyük bir oranda güvenir. Ayıklama yönteminin kalitesine ek olarak yöntemin ekonomisi de önemlidir; Bu, mümkün olduğunca az numune girişi kadar moleküler bilgi elde etmek için arzu edilir olduğu anlamına gelir. Genellikle numune miktarları sınırlayıcı olabilir ve bu nedenle verilen bir numunenin tek bir ekstraksiyonundan birçok moleküler sınıf elde edebilen bir ekstraksiyon yönteminden faydalanmak son derece arzu edilir. Bu, aynı numunenin farklı örnek alikotlarından farklı bileşik sınıflarının ekstraksiyonu için birkaç özel özütleme yöntemi kullanmak yerine, tek bir bölümün moleküler bileşenlerini farklı molekül fraksiyonlarına parçalayan ardışık bir özütleme yöntemi kullanılır.
Bu fraksiyonlu ekstraksiyon yöntemleri için kullanılan ortak yöntem, 1957'de geliştirilen Folch ve arkadaşlarının iki fazlı lipid özütleme yöntemine dayanmaktadır.10 Bu yöntem, polar ve hidrofobik metabolitlerin bir kloroform: metanol / su bölünmesine dayalıdır ve Yüksek kalitede lipid analizi için temizleme ve de-kompleks numuneleri tasarlamayı amaçlar.Folch yöntemi, çoklu omik sistem biyolojisinin gelişmesiyle birlikte, proteinlerin ve kutup metabolitlerinin ve lipidlerin numune bölümlemesi için kullanıldığı için aşamalı olarak geliştirildi. Sıvı ve sıvı kromatografi tabanlı metabolomik ve polar ve hidrofobik bileşiklerin lipidomikleri, sıvı kromatografi tabanlı proteomiklere 11 , 12 , 13 , 14 ek olarak . Ne yazık ki, bu yöntemlerin tümü kloroform esaslı bir özütleme yöntemine dayanmaktadır, bu yöntem sadece IstenmeyenProtein pelletinin polar ve lipid fazı arasındaki bir ara faz olarak bulunması, fakat aynı zamanda yeşil bir kimya perspektifinden istenmeyen bir solvent olan 15,16. Bununla birlikte, çözücü metil tert -butil eter (MTBE), yukarıda belirtilen bu problemlerin ikisini de üstesinden gelir ve kloroform için uygun bir yedektir. Bu gerekliliklere dayanarak, yukarıda bahsedilen özelliklerin tümünü yerine getiren ve dolayısıyla kapsamlı çoklu omik analiz için ideal bir başlangıç noktası olarak işlev gören bir MTBE: metanol: su bazlı özütleme yöntemi oluşturmaya karar verdik.Bu protokol, yaygın olarak gözlemlenen sorunların gidermek de dahil olmak üzere kullanıcıyı adım adım basit, hızlı ve tekrarlanabilir iş akışıyla adım adım yönlendirir. Ayrıca, ultra-performans sıvı kromatografısi-kütle spektrometresinden (UPLC-MS) örneklenmiş analitik verileri kısaca tanıtacağız -basLipidomik, metabolomik ve proteomik profilleme yöntemleri. Verilen örnekler, 50 mg bir Arabidopsis thaliana yaprak doku örneğinden türetilmiş olsa da, bu protokol algler 17 , 18 , böcekler 19 ve memeli hücreleri, organlar ve dokular 20 , 21 , 22 . Sunulan ekstraksiyon protokolünün kapsamı, ekstraksiyon öncesi numune alma işleminin ve ekstraksiyon işleminin kendisinin açık ve ayrıntılı bir tanımını sağlamaktır. Analitik uygulama için üç kısa örnek sunsak bile, analitik ve analitik olmayan veri işleme hakkında ayrıntılı bilgi, önceki yayınlarımız olan 16 , 23 , 24 , <supClass = "xref"> 25 , 26 .
Bu yazıda, tek bir 50 mg yaprak örneğinden kapsamlı lipidomik, metabolomik ve proteomik analiz için basit ve son derece uygulanabilir bir ekstraksiyon protokolü anlatılıyor ve gösteriliyoruz. Yöntem, çeşitli makalelerde 17 , 18 , 19 , 20 , 21 , 22 , 23 , 24 , 25 , 26 , 31 , 32 , 33 , 34 , 35 , 36 , 37'de yayınlanan çeşitli çalışmalarda daha önce kullanılmıştır Ve kanıtladı, düz ileri yanı sıraIş akışı ve yüksek uygulanabilirlik özelliklerinin sağlam ve tekrarlanabilir olması.
Burada verilen uygulamalar karmaşık biyolojik bir numunenin başlangıç taraması için bazı rutin yöntemler göstermektedir. Bu gösterilen büyük ölçekli metabolomik ve lipidomik veri setleri, analiz edilen biyolojik sistemin metabolizmasındaki geniş veya spesifik değişiklikler hakkında kapsamlı bilgi sağlayabilirken, proteinlerin analizinden elde edilen veriler, nicel (bolluk) ve nitel (modifikasyonlar ) Hücresel fonksiyonları ve makinaları kontrol eden enzimlerin, yapısal proteinlerin veya transkripsiyon faktörlerinin (TF'ler) değişimi. Buna göre, bütünleyici omik veri, spesifik metabolik yollar veya hücresel süreçlerle ilişkili çeşitli moleküllerin moleküler değişimlerini aydınlatarak, biyolojik bir sistemin genetik veya biyotik ve / veya abiyotik bozulmalarının yol açtığı olası değişiklikler hakkında ilk bilgileri ortaya koyma potansiyeline sahiptir.
Tabii ki, Başarılı bir sistem biyolojisi analizi için uzun vadede, analiz edilmiş ve açıklanan moleküler varlıkların sayısını en üst düzeye çıkarmak, hücresel işlevleri ve etkinlikleri mümkün olduğunca izlemek için oldukça şarttır. Bu amaçla, elde edilen fraksiyonlar, ilave bileşikleri veya bileşik sınıfları hedefleyen çeşitli analitik yöntemlere ilave olarak uygulanabilir ( Şekil 4 ).
Bunu söyleyince, elde edilen verilerin küresel analiz stratejisinin iki farklı stratejiyle takip edilebileceği belirtilmelidir: Bir yandan bilinen bileşimlerin nicelenmesi ile hücresel işlevlerin aydınlatılmasına vurgu yapıyoruz. Öte yandan, ölçülen metabolitlerin ve lipidlerin birçoğu henüz bilinmiyor veya ek açıklanmıyor. Bu henüz açıklanmayan bileşik ölçümler, aynı zamanda, istatistiksel yöntemlerle sınıflandırma veya ayrımcılık için kullanılabilen, bol miktarda anlamlı bilgi içermektedir. BEtween gruplar veya tedaviler 20 , 21 , 22 .
Yine de, bu bilinmeyen bileşikler, özellikle de grup sınıflamasıyla veya biyolojik belirteç olarak hizmet eden bileşikler tanımlanmalıdır. Bu tanımlama işlemi ne yazık ki oldukça sıkıcıdır ve ilave analitik ölçümler veya stratejiler olmadan başarılamaz.38 Şekil 4'te görüldüğü gibi, açıklanmayan bileşikler sayısı oldukça fazladır (aslında büyük çoğunluk). Bununla birlikte, yukarıda belirtildiği gibi, bu kromatografik tepeler veri analizi kapsamında ele alınabilir ve bu nedenle önemli ölçüde etkilenen varlıklar aydınlatılabilir ve başka tanımlama stratejilerine tabi tutulabilir.
Özetle, burada sunulan protokolün deneysel sistemler biyolojisinin yanı sıra klasik istatistiksel uygulama için birçok avantaj sağladığı sonucuna varabilirizations.
Birincisi, tüm fraksiyonlar tek bir numuneden çıkarıldığından, farklı deneysel veri setleri (lipidler, metabolitler, proteinler) arasındaki varyasyon, her veri seti aynı numune alikotundan türetildiğinden önemli ölçüde azaltılır. Bu açıkça, elde edilen sonuçların karşılaştırılabilirliğinin artmasına yol açmaktadır.
İkincisi, yöntem kolaylıkla ölçeklendirilebilir ve bu nedenle, küçükten büyük numune miktarlarıyla son derece uyumlu hale getiriyor. Düzenli olarak 10-100 mg doku örnekleri kullanıyoruz, ancak başarıyla gerçekleştirilen lipidomik çalışmalar, az 20 Arabidopsis tohumunda gerçekleştirildi 31 . Özellikle küçük numune miktarlarıyla uyumluluk, sınırlı miktarda biyolojik doku veya numune varsa bu yöntemi uygun kılar. Yine de, yeterli numune materyali mevcut olsa bile, burada sunulan metot, bu numuneleri, u yerine çok sayıda deneysel kopyada kullanmak için avantaj sağlamaktadırFarklı çıkarma prosedürleri için onları söyle. Bu, daha iyi ve rafine edilmiş istatistiksel veri analizine olanak tanır.
Üçüncüsü, bu yöntem kutupsal ve polar olmayan moleküllerin sıvı-sıvı fraksiyonlamaya dayandığı için, basit tek fazlı özütleme yöntemlerinin ( örn., Metanol ekstraksiyonları) aksine, prosedürde önemli bir de-kompleksleştirme basamağı sağlar. Bu etkin örnek de-komplike etme, kimyasal olarak birbirine karışan moleküllerin birbirlerinden ayrılmasından ötürü, ayrı fraksiyonların kısmen saflaştırılmasına yol açar. Buna göre, kimyasal ayırma işlemi, ayıklanan numunelerin sistematik olarak farklı kimyasal sınıflara ayrılması için pratik bir avantaj sağlamakla kalmayıp aynı zamanda, kirletici bileşikleri farklı fraksiyonlardan uzaklaştırdığı için bireysel analitik ölçümleri de geliştirir. Açıkçası, özellikle organik faza bölünmüş ve çoğunlukla olumsuz olarak etkileyen lipidlerinPolar bileşiklerin kromatografik analizi, polar fraksiyonda neredeyse tamamen yok olacaktır. Aynı şey kutupsal bileşiklerden yoksun olacak olan hidrofobik lipidlerin analizi için de geçerlidir. Polar ve nonpolar bileşiklerin birbirlerinden arındırılmasının yanı sıra protein, nişasta ve hücre duvar analizi için kullanılabilecek ayrı bir fraksiyon sağlamakla kalmayıp aynı zamanda protein ve diğer makro molekülleri de örnekten tüketiriz. Bireysel fraksiyonlarda daha temiz bir numuneye yol açar. Bilhassa, büyük makromoleküllerin varlığının, analitik kolonların hasar görmesine veya en azından daha kısa bir ömrüne neden olduğu biliniyorsa, bu özellikle önemlidir.
Daha az tehlikeli ve daha elverişli olan kloroform replasman solventi 15'e dayanan tarif edilen MTBE ekstraksiyon yöntemi, grubumuzdan birkaç çalışma ile gösterilmiş olup, yaygın olarak applBitkiler 16 , algler 17 , 18 , sinekler 19'dan farklı biyolojik numuneler için buzlanabilirlik, aynı zamanda birkaç memeli doku, organ veya hücre 20 , 21 , 22 .
The authors have nothing to disclose.
MS, GERLS-DAAD programından tam bir doktora bursu ile desteklenmektedir. Makale üzerindeki kanıtı okumak ve yorumlamak için Dr. Andrew Wiszniewski'ye teşekkür etmek istiyoruz. Yardımları için Almanya'nın Golm şehrindeki Max-Planck Moleküler Bitki Fizyolojisi Enstitüsündeki Giavalisco laboratuvarının tüm üyelerine çok minnettarız.
Reagents and standards | |||
Ampicillin | Sigma Aldrich | A9393-5G | Internal standard for metabolites |
Corticosterone | Sigma Aldrich | 27840-500MG | Internal standard for metabolites, HPLC grade |
13C Sorbitol | Sigma Aldrich | 605514 | Internal standard for metabolites, ISOTEC® Stable Isotopes |
1,2-diheptadecanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (17:0 PC) | Avanti Polar Lipids | 850360P | Internal standard for lipids |
Methanol (MeOH) | Biosolve Chemicals | 13684102 | ULC-MS grade |
Water | Biosolve Chemicals | 23214102 | ULC-MS grade |
Methyl tert-butyl ether (MTBE) | Biosolve Chemicals | 13890602 | HPLC grade |
Trypsin/Lys-C mix | Promega | V5072 | Enzymatic digestion of proteins |
Equipment | |||
Balance | Sartorius Corporation | 14 557 572 | |
Tissue grinding mixer mill | Retsch, Mixer Mill MM 300 | 20.746.0001 | |
Mortar and pestle | Sigma Aldrich | Z247464-1EA | |
Vortex mixer | Vortex-Genie 2, Model G560 | SI-0236 | |
Vacuum concentrator | Scan Speed Maxi Vac Alpha Evaporators | 7.008.500.002 | |
2 ml Safe-lock microcentrifuge tubes | Eppendorf | 30120094 | Used for sample extarction |
1.5 ml Safe-lock microcentrifuge tubes | Eppendorf | 30120086 | Used for fractions |
Shaker | Eppendorf Thermomixer 5436 | 2050-100-05 | |
Sonicator | USC 300 TH | 142-0084 | |
Refrigerated microcentrifuge | Eppendorf, model 5427R | 22620701 | |
UPLC system | Waters Acquity UPLC system (Waters, Machester, UK) | ||
MS system | Exactive, Orbitrap-type, MS (Exactive, Thermo-Fisher, Bremen, Germany). | ||
Reversed Phase (RP) Bridged Ethyl Hybrid (BEH) C8 column (100 mm×2.1 mm containing 1.7 μm diameter particles) | Waters, Machester, UK | 186002878 | Analysis of lipids |
RP High Strength Silica (HSS) T3 column (100 mm×2.1 mm containing 1.8 μm diameter particles) | Waters, Machester, UK | 186003539 | Analysis of metabolites |
Q ExactivePlus high resolution mass spectrometer connected to an EASY-nLC 1000 system | Thermo-Fisher, Bremen, Germany | Analysis of peptides |