האדם המושרה בתאי גזע pluripotent (hiPSCs) נחשבים כלי רב עוצמה עבור סריקה וכימיים ההקרנה ופיתוח של מודלים חדשים במבחנה לבדיקת רעילות, כולל נוירוטוקסיטי. הנה, פרוטוקול מפורט עבור ההבחנה של hiPSCs לתוך נוירונים וגליה מתואר.
האדם בתאי גזע pluripotent יכול להבדיל סוגים שונים של תאים שניתן ליישם את האדם מבוסס מבחני רעילות מבחנה . אחד היתרונות העיקריים הוא שתכנות מחדש של תאים סומטיים לייצר תאי גזע פלוריפוטנטיים המושרשים על ידי האדם (hiPSCs) נמנעים מהנושאים האתיים והחקיקתיים הנוגעים לשימוש בתאי גזע עובריים אנושיים (hESC). HiPSCs ניתן להרחיב ו הבדיל ביעילות לסוגים שונים של תאים עצביים ותאי גלייה, המשמשים מערכות בדיקה לבדיקת רעילות, בפרט, לצורך הערכת מסלולים שונים המעורבים neurotoxicity. עבודה זו מתארת פרוטוקול ההבחנה של hiPSCs לתוך תרבויות מעורבות של תאים עצביים ותאי גלייה. מסלולי האיתות המווסתים ו / או מופעלים על ידי הבחנה נוירונים מוגדרים. מידע זה הוא קריטי ליישום המודל התא כדי פרדיגמה חדשה בדיקת רעילות, שבו כימיקלים מוערכים על בסיס יכולתם peRturb מסלולים ביולוגיים. כהוכחה לקונספט, rotenone, מעכב של מיטוכונדריה מורכבת I, שימש כדי להעריך את ההפעלה של נתיב איתות Nrf2, רגולטור מפתח של מנגנון נוגד חמצון תגובה אלמנט – (ARE) מונע מנגנון הגנה הסלולר נגד מתח חמצוני .
המועצה הלאומית למחקר של ארה"ב דו"ח 1 חזה חדש בדיקת רעילות פרדיגמה שבה בדיקות רעילות רגולטורית יועברו מתוך גישה להסתמך על שינויים פנוטיפי שנצפה בבעלי חיים לגישה המתמקדת מבחני מבחנה מכניסטית באמצעות תאים אנושיים. נגזרות של תאי גזע Pluripotent (PSC) עשויות לייצג חלופות למודלי תאים סרטניים, שכן התאים המתקבלים עשויים להיות דומים יותר לתנאים הפיזיולוגיים של רקמות האדם ולספק כלים רלוונטיים יותר לחקר השפעות שליליות הנגרמות על ידי כימי. שני סוגים עיקריים של תרבויות PSC כי הם המבטיחים ביותר לבדיקת רעילות הם תאי גזע עובריים אנושיים (hESCs) ו האדם המושרה בתאי גזע pluripotent (hiPSCs), אשר נמצאים בשימוש נרחב בתחומי מחקר בסיסי רפואה משובי 2 , 3 . מומחיות זו יכולה כעת להיות רתום לפיתוח של סוג חדש של toxicoloGical במבחנה בדיקות שמטרתן לזהות את המסלולים הפיזיולוגיים מוטרד מעורב עם התפתחות של תופעות לוואי in vivo . עם זאת, שיטות בדיקה עבור הערכות בטיחות רגולטורית המבוססת על hESCs יהיה סביר להתקבל על ידי כל המדינות החברות באיחוד האירופי ועל ידי מדינות ברחבי העולם בשל חששות אתיים אפשריים ומדיניות החקיקה הלאומית מגוונים המסדיר את השימוש בתאים הנגזרים העובר.
HiPSCs לשתף מאפיינים דומים hESCs 4 , 5 ו להחזיק פוטנציאל גדול לשיטות חוץ גופית , הן לזיהוי מטרות טיפוליות, כמו גם עבור הערכות בטיחות. בנוסף, הטכנולוגיה hiPSC מפחית את האילוצים של מאגר התורם מוגבל ואת החששות האתיים הקשורים תאים הנגזרות העובר. האתגר העיקרי עבור hiPSCs היא ההוכחה כי תאים אלה יכולים reproducibly ליצור מגוון משמעותי של נגזרות תאים הרלוונטיים מבחינה רעילה,עם מאפיינים ותגובות אופייניות לרקמות אנושיות. רמות מוגדרות מראש של סמנים נבחרים משמשים בדרך כלל לאפיון אוכלוסיות תאים לאחר תהליך ההבחנה ולספק תובנות לגבי היציבות של תהליך ההבחנה.
עבודות קודמות העריכו התאמה של hiPSCs ליצירת תרבויות מעורבות של תאים עצביים ותאי גלייה, ולהעריך את ההשפעות של רוטנון, מעכב של המורכבות הנשימתיות המיטוכונדריאליות I, בהפעלת נתיב Nrf2, וסת רגולציה של מנגנוני הגנה נוגדי חמצון סוגי תאים רבים 6 , 7 .
עבודה זו מתארת פרוטוקול המשמש להבחנה של hiPSCs לתוך תרבויות מעורבות נוירונים וגליאלי, מתן פרטים על מסלולי איתות (רמת גן וחלבון) המופעלים על בידול נוירוני / גליאלי. בנוסף, העבודה מראה נציג תוצאות המדגים כיצד זהHiPSC הנגזרות תאים תאיים נוירונים ותאי גלייה ניתן להשתמש כדי להעריך Nrf2 הפעלת איתות המושרה על ידי טיפול אקוטי (24 שעות) עם rotenone, המאפשר הערכה של אינדוקציה מתח חמצוני.
IMR90 fibroblasts היו מתוכנתים לתוך hiPSCs ב I-Stem (צרפת) על ידי התמרה ויראלי של 2 גורמי שעתוק (Oct4 ו Sox2) באמצעות וקטורים pMIG 6 . מודלים hiPSC אנלוגי יכול להיות מיושם גם. הפרוטוקולים המתוארים להלן מסכמים את כל השלבים של ההבחנה בין hiPSCs לתאי גזע עצביים (NSCs) ובין תרבויות מעורבות של נוירונים פוסט-מיטוטיים ותאי גלייה (שלבים 1 ו -2, ראו גם את האתר של EURL ECVAM DBALM לתיאור מפורט של הפרוטוקול) 8 .
פרוטוקול נוסף לבידוד, הרחבה, cryopreservation, והבחנה נוספת של NSCs לתוך נוירונים מעורבים ותאי גלייה מפורטת בשלבים 3 ו 4 (גם מתייחסים EURL ECVAM DBALM אנחנוBsite לתיאור מפורט של פרוטוקול זה) 9 . שלב 5 מתאר את הניתוחים שניתן לעשות כדי להעריך את הזהות פנוטיפי של התאים במהלך שלבים שונים של מחויבות בידול.
עבודה זו מתארת פרוטוקול חזק ומהיר יחסית עבור בידול של IMR90-hiPSCs לתוך נוירונים פוסט מיטוטי ותאי גלייה. פורסמו בעבר פרוטוקולים בידול נוירונים המבוססים על hESCs ו hiPSCs בדרך כלל תשואה אחוזים גבוהים של מבשרי עצבים 25 , 26 ו מספר משמעותי של תאים היעד העצבית 27 , 28 , 29 , 30 , 31 , 32 , 33 . באופן אנלוגי, פרוטוקול ההבחנה המתואר כאן מתאים ליצירת תרבויות הטרוגניות של תאים עצביים של GABAergic, glutamatergic ו- dopaminergic, יחד עם גליה ושיעור דיסקרטי של תאי Nestin + . נוכחות של תאים עצביים גלוטמטריים (~ 35-42%) ו GABAergic (~ 15-20%) עצביים עולה כילתרבות זו יש תכונות של המוח הקדמי, כמו קליפת המוח, ונוכחות של מספר דיסקרטי של נוירונים דופאמינרגיים (~ 13-20%) עשויה גם להצביע על סגוליות של המוח התיכון. בנוסף, הקביעות של אחוז קטן של תאים + nestin עשוי להוכיח מתאים לחקר neurogenesis ואת ההשפעות האפשריות של כימיקלים על NSCs, אשר מוגבלים בעיקר הן את ההיפוקמפוס ואת אזור subventricular (SVZ) של forebrain 34 . ניתוח נוסף immunocytochemical ו ביטוי גנים יעזור להגדיר טוב יותר את הספציפיות האזורית של נגזרות תא מובחן.
שני הצעדים הקריטיים ביותר בפרוטוקול ההבחנה המתואר במסמך זה הם: (i) חיתוך מושבות hiPSC לשברים הומוגניים (קריטיים לדור EBS עם גודל הומוגני) ו- (ii) חיתוך מבנים נוירו-אוקטרומלים (שושנות) ) עבור בידול NSC, הדורש מיומנות ידנית משמעותיתואת דיוק כדי למנוע איסוף mesodermal ו תאים endodermal שעלולים להפחית את הפרופורציות של נוירונים ותאי גלייה שהושגו על בידול.
זה חיוני כדי לאפיין את פנוטיפים של התאים במהלך ההתרחבות (כמו מושבות לא מובחנות או NSCs) ובמהלך כל הצעדים בידול. בפרט, הגן פרופילים ביטוי חלבון של נגזרות תא עצבי / גליה צריך להראות upregulation והפעלה של מסלולי איתות נוירון הקשורים, ואילו הביטוי של סמנים pluripotency צריך להיות מופחת.
הדור של EBS ונגיפים neuroectodermal (רוזטות) יכול להיות מאתגר באופן ידני נוטה השתנות. מסיבה זו, פיתחנו פרוטוקול להרחבת NSCs נגזר רוזטה והבחנה נוספת שלהם לתוך תאים עצביים / גליה.
המגבלות האפשריות של פרוטוקול זה בידול הם בעיקר (i) אחוז נמוך יחסית של דנגזרים גליליים שונים ו – (ii) היעדר פונקציות רשת נוירונים בוגרים (כפי שמוצג על ידי חוסר התפרצויות). יתר על כן, subpopulations ספציפיים של astrocytes יכול לתפקד כמו אבות ראשוניים או NSCs 35 . בעוד Nestin / GFAP תאים חיוביים פעמיים לא נצפו בתרבות תאים מובחנת זו (נתונים לא מוצג), הוא שיערו כי GFAP + תאים אלה תרבויות מעורבות הם אבות astrocytic ו astrocytes. סביר כי על ידי הארכת הזמן של בידול, מספר האסטרוציטים עשוי להגדיל, המורפולוגיה שלהם עשוי להיות יותר בוגרת, כפי שכבר צוין על ידי עבודות קודמות של הקבוצה של ג 'אנג 36 , 37 .
בפרדיגמת בדיקת הרעילות החדשה, הידע על הפרעות ביולוגיות של נתיבים ביולוגיים הוא בעל חשיבות עליונה בהערכת מצוקות כימיות. לכן, במבחנה מערכות הבדיקה צריכה להיות מסוגלתמתייחסים לתופעות שליליות להפרעות של מסלולי איתות, בהתאם למושג של מסלול התוצאה השלילית (AOP). כמו הוכחה של קונספט, rotenone ניתן להשתמש כדי להעריך את ההפעלה של נתיב Nrf2, אשר מעורב בהגנה הסלולרית נגד מתח חמצוני או electrophilic 38 , ואת הלחץ החמצוני הוא אירוע מפתח חשוב משותף ב- AOPs שונים הרלוונטיים נוירוטוקסיות התפתחותית ומבוגרת 39 .
Rotenone צריך לעורר את ההפעלה של נתיב Nrf2, אשר ניתן להוכיח על ידי Nrf2 חלבון טרנסלוקציה גרעינית ביטוי מוגבר של אנזימים היעד Nrf2, כולל NQO1 ו SRXN1. נמצא כי rotenone גורם לגידול תלוי מינון של רמות חלבון GFAP, המעיד על הפעלת אסטרוציטים 40 , 41 . Rotenone גם מקטין את מספר תאים dopaminergic (TH + ), אשר עולה בקנה אחד עם previOus במבחנה ובבדיקות vivo המציגות רוטנון תלוי במוות דופאמינרגי, שכן סוג זה של נוירון רגיש במיוחד למתח חמצוני 21 , 22 , 23 .
לסיכום, זה hiPSC הנגזרות נוירונים ותאי גלייה התרבות מודל הוא כלי רב ערך כדי להעריך את ההשפעות הנוירוטוקסיות של כימיקלים המעוררים מתח חמצוני וכתוצאה מכך הפעלה נתיב Nrf2. כמו פרוטוקול הבחנה זה מאפשר את הדור של תרבויות מעורבות של תאים עצביים (GABAergic, dopaminergic, ו נוירונים glutamatergic) ו astrocytes, זה עשוי להוכיח מתאים ללמוד את crosstalk בין נוירונים וגליה בתנאים פיזיולוגיים ופתולוגיים, כגון מחלות נוירודגנרטיבית ( למשל, מחלת פרקינסון). יתר על כן, הנוכחות של חלק משמעותי של NSCs עשוי לעזור להעריך את ההשפעות האפשריות של כימיקלים על פרווה עצביתEnitors, אשר ידוע להיות היעד העיקרי של מוטציות הנגרמות כימית או זיהומים ויראליים 42 .
The authors have nothing to disclose.
המחברים מבקשים להודות לד"ר מארק Peschanski (I-Stem, Évry, צרפת), על מתן IMR90-hiPSCs; ד"ר ג'ובאנה לזארי וד"ר סילביה קולוני (Avantea srl, קרמונה, איטליה); ד"ר סימון האפט (אוניברסיטת בון, גרמניה); ד"ר Tiziana Santini (המכון האיטלקי לטכנולוגיה, רומא), למתן ייעוץ על הערכת מכתים immunofluorescence; ד"ר בנדטה אקורדי, ד"ר אלנה רמפאצו וד"ר לוקה פרסאנו (אוניברסיטת פאדובה, איטליה), על תרומתם לניתוח ה- RPPA ולאימות הנוגדן. מימון: עבודה זו נתמכה על ידי האיחוד האירופי במימון פרויקט "SCR & Tox" (הסכם מענק מס '266753).
Complete hiPSC medium: | |||
mTeSR1 Basal Medium | Stem Cell Technologies | 05851 | (Step 1.2.6). Complete mTeSR1 is stable when stored at 2 – 8°C for up to 2 weeks. 5X Supplements can be dispensed into working aliquots and stored at -20°C. Use frozen aliquots within 3 months. |
mTeSR1 5X Supplements | Stem Cell Technologies | 05852 | |
Matrigel hESC-qualified Matrix | Corning | 354277 | 1:100 (Step 1.1). Thaw Matrigel on ice, prepare 200 ul aliquots and store them in -80°C. For coating, dilute 200ul aliquot in 20 ml of DMEM/F12 medium. |
CryoStem Freezing Medium | Stemgent | 01-0013-50 | Freeze ~ 100 fragments/250 ul/vial (Step 1.2.1) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
hiPSC EB medium: | |||
Knockout DMEM | Thermo-Fisher | 10829-018 | (Step 2.1.7) |
Knockout Serum Replacement (KOSR) | Thermo-Fisher | 10828-028 | 20% final concentration (Step 2.1.7) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 2.1.7) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.1.7) |
L-Glutamine 200 mM Solution | Thermo-Fisher | 25030-081 | 2 mM final concentration (Step 2.1.7) |
β-Mercaptoethanol | Thermo-Fisher | 31350-010 | 50 µM final concentration (Step 2.1.7) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Complete neuroepithelial induction medium (NRI): | |||
DMEM/F12 | Thermo-Fisher | 3133-038 | (Step 2.3.1) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 2.3.1) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 2.3.1) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.3.1) |
Heparin Grade I-A, ≥180 USP units/mg | Sigma-Aldrich | H3149-100KU | 2 µg/ml final concentration (Step 2.3.1) |
bFGF | Thermo-Fisher | 13256-029 | 20 ng/ml final concentration added before use (Step 2.3.1) |
Matrigel Basement Membrane Matrix | Corning | 354234 | 1:100 (Step 2.2). Thaw Matrigel on ice, prepare 200 ul aliquots and store them in -80°C. For coating, dilute 200 ul aliquot in 20 ml of cold DMEM/F12 medium. |
Laminin | Sigma-Aldrich | L2020 | 1:100 (Step 2.2). Dilute in PBS 1X. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Complete Neuronal Differentiation medium (ND): | |||
Neurobasal Medium | Thermo-Fisher | 21103049 | (Step 2.4.11) |
B-27 Supplements (50x) | Thermo-Fisher | 17504044 | (Step 2.4.11) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 2.4.11) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.4.11) |
GDNF | Thermo-Fisher | PHC7045 | 1 ng/ml final concentration. Added before use. (Step 2.4.11) |
BDNF | Thermo-Fisher | PHC7074 | 2.5 ng/ml final concentration. Added before use. (Step 2.4.11) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Neural induction medium (NI): | |||
DMEM/F12 | Thermo-Fisher | 3133-038 | (Step 3.3) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 3.3) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 3.3) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 3.3) |
Heparin Grade I-A, ≥180 USP units/mg | Sigma-Aldrich | H3149-100KU | 2 µg/ml final concentration (Step 3.3) |
B-27 Supplement (50X), minus vitamin A | Thermo-Fisher | 12587010 | (Step 3.3) |
L-Glutamine 200 mM Solution | Thermo-Fisher | 25030-081 | 2 mM final concentration (Step 3.3) |
bFGF | Thermo-Fisher | 13256-029 | 10 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
EGF | Thermo-Fisher | PHG6045 | 10 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
BDNF | Thermo-Fisher | PHC7074 | 2.5 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
Defined Trypsin Inhibitor (DTI) | Thermo-Fisher | R007-100 | Pre-warm at 37°C. Add an equal amount of DTI to Trypsin-EDTA (Step 3.10) |
Trypsin-EDTA (0.5%), no phenol red | Thermo-Fisher | 15400054 | 1:10. Dilute Trypsin-EDTA in PBS 1x (without calcium and magnesium), pre-warm the solution at 37°C (Step 3.8) |
CryoStor cell cryopreservation medium | Sigma-Aldrich | C2874-100ML | (Step 4.2) |
Trypan Blue (0.4%) | Sigma-Aldrich | T8154-100ML | multiple manufacturers/suppliers |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
TaqMan Probesets and reagents for gene expression analysis: | |||
RNAqueous-Micro kit | Thermo-Fisher | AM1931 | (Step 5.1.6) |
High Capacity cDNA Reverse Transcription Kits | Thermo-Fisher | 4368814 | |
TaqMan Gene Expression Master Mix | Thermo-Fisher | 4369016 | |
GFAP | Thermo-Fisher | Hs00909233_m1 | |
MAP2 | Thermo-Fisher | Hs00258900_m1 | |
NQO1 | Thermo-Fisher | Hs02512143_s1 | |
SRXN1 | Thermo-Fisher | Hs00607800_m1 | |
HMOX1 | Thermo-Fisher | Hs01110250_m1 | |
GSR | Thermo-Fisher | Hs00167317_m1 | |
PAX6 | Thermo-Fisher | Hs01088112_m1 | |
NES | Thermo-Fisher | Hs00707120_s1 | |
GRIA1 | Thermo-Fisher | Hs00181348_m1 | |
GAP43 | Thermo-Fisher | Hs00967138_m1 | |
GABRA3 | Thermo-Fisher | Hs00968132_m1 | |
GABRA1 | Thermo-Fisher | Hs00168058_m1 | |
NR4A2 | Thermo-Fisher | Hs00428691_m1 | |
TH | Thermo-Fisher | Hs00165941_m1 | |
GAPDH | Thermo-Fisher | Hs02758991_g1 | |
ACTB | Thermo-Fisher | Hs99999903_m1 | |
MAPT | Thermo-Fisher | Hs00902194_m1 | |
SYP | Thermo-Fisher | Hs00300531_m1 | |
NANOG | Thermo-Fisher | Hs04260366_g1 | |
POU5F1 (OCT4) | Thermo-Fisher | Hs04195369_s1 | |
SOX1 | Thermo-Fisher | Hs01057642_s1 | |
AFP | Thermo-Fisher | Hs00173490_m1 | |
KRT18 | Thermo-Fisher | Hs01941416_g1 | |
NPPA | Thermo-Fisher | Hs00383230_g1 | |
T | Thermo-Fisher | Hs00610080_m1 | |
NCAM1 | Thermo-Fisher | Hs00941821_m1 | |
NR4A1 | Thermo-Fisher | Hs00374226_m1 | |
PHOX2A | Thermo-Fisher | Hs00605931_mH | |
PHOX2B | Thermo-Fisher | Hs00243679_m1 | |
NARG2 | Thermo-Fisher | Hs00973298_g1 | |
SLC18A3 | Thermo-Fisher | Hs00268179_s1 | |
SLC5A7 | Thermo-Fisher | Hs00222367_m1 | |
ISL1 | Thermo-Fisher | Hs00158126_m1 | |
LHX3 | Thermo-Fisher | Hs01033412_m1 | |
TaqMan Human Protein Kinase Array | Thermo-Fisher | 4418721 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies and reagents for immunostaining: | |||
B-III-tubulin (Tuj1) | Covance | MMS-435P | 1:500 (Step 5.2.5). Other antibodies may also be used. |
MAP2 | Sigma Aldrich | M4403 | 1:500 |
NF200 | Sigma Aldrich | N4142 | 1:1000 |
GFAP | Acris Antibodies GmbH | AP02002SU-N | 1:500 |
Nestin | Sigma-Aldrich | N5413 | 1:200 |
synaptophysin (SYN) | Abcam | AB14692 | 1:200 |
Tau | Thermo-Fisher | MA5-12808 | 1:100 |
Nrf2 | Abcam | AB62352 | 1:200 |
Keap1 | Abcam | AB66620 | 1:200 |
sulfiredoxin1 (SRXN1) | Abcam | AB92298 | 1:200 |
NAD(P)H quinone oxidoreductase 1 (NQO1) | Abcam | AB2346 | 1:200 |
OCT4 | Millipore | MAB4401 | 1:100 |
SSEA3 | Millipore | MAB4303 | 1:100 |
Tra1-60 | Millipore | MAB4360 | 1:250 |
Tyrosine hydroxylase (TH) | Millipore | AB152 | 1:200 |
Gamma-aminobutyric acid (GABA) | Sigma-Aldrich | A0310 | 1:100 |
Vesicular glutamate transporter 1 (VGlut1) | Abcam | AB72311 | 1:500 |
Paraformaldehyde | Sigma-Aldrich | P6148-500G | 4% (4% formaldehyde can also be used) |
DPBS, no calcium, no magnesium | Thermo-Fisher | 14190144 | |
Triton-X-100 Solution | Sigma-Aldrich | 93443-100ML | 0.1% |
BSA 35% | Sigma-Aldrich | A7979-50ML | 3.5% |
Donkey anti-Rabbit IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 594 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10040 | 1:500. (Step 5.2.7) Other fluorochrome-conjugated secondary antibodies may also be used. In this case, appropriate dilutions should be tested by the enduser. |
Donkey anti-Mouse IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 488 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10166 | 1:500 |
Donkey anti-Goat IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 488 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10086 | 1:500 |
DAPI Solution (1 mg/ml) | Thermo-Fisher | 62248 | 1:1000 (Step 5.2.7) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies for Reverse Phase Protein Array (RPPA): | |||
4E-BP1 (S65) | Abcam | AB81297 | 1:250 (Note after step 5.2.8) |
Akt (T308) | Cell Signaling | 9275 | 1:100 |
Akt (S473) | Cell Signaling | 9271 | 1:100 |
AMPKalpha (T172) | Cell Signaling | 2531 | 1:100 |
AMPKbeta1 (S108) | Cell Signaling | 4181 | 1:100 |
ATF-2 (T71) | Cell Signaling | 9221 | 1:100 |
c-Jun (S63) | Cell Signaling | 9261 | 1:200 |
c-Jun (S73) | Cell Signaling | 9164 | 1:200 |
c-Kit (Y719) | Cell Signaling | 3391 | 1:250 |
CREB (S133) | Cell Signaling | 9191 | 1:100 |
EGFR (Y1068) | Cell Signaling | 2234 | 1:50 |
ErbB2/HER2 (Y1248) | Cell Signaling | 2247 | 1:100 |
ERK 1/2, p44/42 (T202/Y204) | Cell Signaling | 9101 | 1:2000 |
GSK-3alpha (S21) | Cell Signaling | 9337 | 1:50 |
Jak1 (Y1022/1023) | Cell Signaling | 3331 | 1:100 |
Lck (Y505) | Cell Signaling | 2751 | 1:500 |
LKB1 (S428) | Cell Signaling | 3051 | 1:100 |
mTOR (S2448) | Cell Signaling | 5536 | 1:100 |
NFkB p65 (S536) | Cell Signaling | 3031 | 1:50 |
p70 S6 Kinase (T389) | Cell Signaling | 9205 | 1:200 |
PDK1 (S241) | Cell Signaling | 3061 | 1:100 |
PKA C (T197) | Cell Signaling | 4781 | 1:250 |
PRAS40 (T246) | BioSource | 44-1100 | 1:2000 |
PTEN (S380) | Cell Signaling | 9551 | 1:500 |
Smad1 (S463/465), Smad5 (S463/465), Smad8 (S426/428) | Cell Signaling | 9511 | 1:500 |
Src (Y527) | Cell Signaling | 2105 | 1:500 |
Src Family (Y416) | Cell Signaling | 2101 | 1:200 |
Stat1 (Y701) | Cell Signaling | 9171 | 1:200 |
Stat3 (S727) | Cell Signaling | 9134 | 1:200 |
Zap-70 (Y319) | Enogene | E011159 | 1:100 |
βCatenin (S33/37/T41) | Cell Signaling | 9561 | 1:250 |
CREB | Upstate Biotechnologies | 06-863 | 1:100 |
Fos B | Cell Signaling | 2251 | 1:200 |
GRB2 | Cell Signaling | 3972 | 1:2000 |
HSP70 | Stressgen | SPA-810 | 1:100 |
c-Jun | Cell Signaling | 9165 | 1:100 |
Kip1/p27 | BD | 610241 | 1:100 |
Lck | Cell Signaling | 2984 | 1:250 |
Mcl-1 | Cell Signaling | 4572 | 1:80 |
Musashi | Cell Signaling | 2154 | 1:100 |
NOTCH1 | Cell Signaling | 3439 | 1:100 |
PTEN | Cell Signaling | 9552 | 1:500 |
SGK1 | Abnova | PAB4590 | 1:250 |
Zap-70 | Cell Signaling | 2705 | 1:250 |
β-Catenin | Abcam | AB32572 | 1:1000 |
Dll4 | Abcam | AB7280 | 1:500 |
Shh | Abcam | AB53281 | 1:250 |
HIF-1α | BD | 610958 | 1:50 |
NUMB PAN-ISO | Upstate Biotechnologies | 07-207 | 1:400 |
NUMB-L | Chemicon | AB15145 | 1:750 |
Cyclin B | BD | 610220 | 1:75 |
c-Myc | Calbiochem | OP-10 | 1:100 |
BCIP/NBT Kit | Thermo-Fisher | 002209 | (Note after step 5.2.8). Kit used to measure alkaline phosphatase activity, similar kits can be used. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies for Flow Cytometry: | |||
SSEA1 Antibody, Pacific Blue conjugate | Thermo-Fisher | MHCD1528 | 1:100 (Note after step 5.2.8) |
SSEA4 Antibody (MC813-70), Alexa Fluor 647 | Thermo-Fisher | SSEA421 | 1:100 |
Name | Company | Catalog number | Comments |
Specific instruments, tools and softwares: | |||
Countess Automated Cell Counter | Thermo-Fisher | C10227 | Neubauer chamber or other suitable glass hemocytometer can be used. |
MEA1060-Inv-BC | Multichannel Systems | MEA1060-Inv-BC | (Step 5.3) |
MEA1060-BC control software | Multichannel Systems | MEA1060-BC | (Step 5.3) |
NeuroExplorer | Multichannel Systems | NeuroExplorer (NE) | (Step 5.3) For post-processing of MEA data |
Multielectrode arrays (MEA) | Multichannel Systems | 60MEA100/10iR-Ti-gr | (Step 5.3) Single-well MEA chip |
ArrayScan XTI High Content Platform | Thermo-Fisher | ASN00002P | (Step 5.2.8) Mean fluorescence can be quantified by using specific ArrayScan algorithms (e.g., Cytotoxicity V.4 and NucTrans V.4 bioapplications). It is recommended to take minimum 20 pictures/well, and have 7-8 internal replicates per condition |
7900HT Fast Real-Time PCR System | Thermo-Fisher | 4351405 | (Step 5.1.6) |
BD ULTRA-FINE Needle Insulin Syringe (with 30G needle) | BD | 328280 | (Steps 1.3.1, 2.1.2, and 2.4.1) |
StemPro EZPassage Disposable Stem Cell Passaging Tool | ThermoFisher | 23181010 | This colony cutting tool can be used as an alternative to the use of 30G needle 1 mL syringes (Step 1.3.1) |
Ultra-Low attachment Petri dish (60 mm) | Corning | 10010582 | (Step 2.1.8) Also other brands can be used. |
Mr. Frosty Freezing container | Sigma-Aldrich | C1562-1EA |