imagerie confocale en direct fournit aux biologistes un outil puissant pour étudier le développement. Nous présentons ici un protocole détaillé pour l'imagerie confocale en direct de développer des fleurs Arabidopsis.
L'étude de la croissance des plantes et le développement a longtemps reposé sur des techniques expérimentales utilisant des tissus morts, fixes et sans une résolution cellulaire appropriée. Les progrès récents en microscopie confocale, combinées avec le développement de nombreux fluorophores, ont réussi à surmonter ces problèmes et a ouvert la possibilité d'étudier l'expression de plusieurs gènes en même temps, avec une bonne résolution cellulaire, dans des échantillons vivants. imagerie confocale en direct fournit phytobiologistes un outil puissant pour étudier le développement, et a été largement utilisé pour étudier la croissance des racines et la formation des organes latéraux sur les flancs du méristème apical. Cependant, il n'a pas été largement appliquée à l'étude du développement des fleurs, en partie en raison des défis spécifiques à l'imagerie des fleurs, telles que les sépales qui poussent sur le méristème de fleurs, et filtrer la fluorescence des tissus sous-jacents. Nous présentons ici un protocole détaillé pour effectuer l'imagerie confocale en direct sur en direct, le développement arabeidopsis boutons de fleurs, en utilisant soit un montant ou d'un microscope inversé.
La majeure partie du corps de la plante forme post-embryonnairement des groupes de cellules souches situées à ou près de la pointe – ou méristème apical – des pousses et des racines. Toutes les structures hors-sol de la plante adulte dérivent du méristème apical de la tige (SAM), qui produit en permanence des organes latéraux sur ses flancs: feuilles pendant la phase végétative, et méristèmes de fleurs (fms) après sa transition vers la phase de reproduction. FMs à son tour se transforment en fleurs. Bien que le produit Arabidopsis SAM organes latéraux une à la fois, dans un motif en spirale itératif, FMS produisent quatre types d'organes floraux dans les quatre verticilles, de façon partiellement synchrone, avec de multiples programmes de développement démêler simultanément. Les réseaux génétiques qui sous – tendent la spécification de l'identité des différents organes floraux ont été partiellement déchiffré (pour des revues, voir les références 1, 2), mais de nombreux aspects de dével de fleursnt, tels que le positionnement d'organes floraux et la définition des frontières entre les verticilles, restent mal compris.
Les premières études génétiques moléculaires de développement des plantes principalement fondé sur des techniques telles que l'hybridation in situ et les journalistes GUS pour analyser l' expression génique. Bien que ces méthodes ont fourni une mine d'informations et a grandement contribué à notre compréhension de la croissance des plantes et le développement des fleurs, il y a des limites importantes: ils manquent une bonne résolution cellulaire, ne permet pas l'observation facile du motif d'expression de plusieurs gènes dans le même échantillons, et surtout, ne peuvent être appliquées aux morts, des tissus fixes. Les progrès récents en microscopie confocale ont réussi à surmonter ces limitations, et de fournir des biologistes du développement d'un outil puissant pour étudier les processus morphogenèse végétale sous-jacente. En particulier, la microscopie confocale permet l'observation des tissus vivants et organes tout au long de leur formation, ce qui est critical pour comprendre un processus dynamique par excellence comme le développement.
Imagerie confocale en direct a été largement utilisé pour analyser la croissance aérienne des plantes et la production d'organes latéraux par le SAM (par exemple des références 3, 4, 5, 6), mais à l'exception de quelques rapports (par exemple les références 7, 8, 9, 10), il n'a pas été largement appliquée à l'étude du développement des fleurs. Protocoles pour l' imagerie confocale en direct du SAM sont disponibles (par exemple les références 11, 12), et de fournir une bonne base pour savoir comment l' image des bourgeons en développement de fleurs qui entourent le SAM. Cependant, les bourgeons de fleurs d'imagerie présente des défis spécifiques: par exemple,bourgeons de fleurs deviennent rapidement plus grand que le SAM, et à l' étape 4, sépales commencent à couvrir les FM (étapes comme décrit dans la référence 13), et la variation de la fluorescence des tissus sous – jacents (figure 2A). Ici, nous fournissons un protocole détaillé expliquant comment effectuer l'imagerie confocale en direct sur le développement des bourgeons de fleurs Arabidopsis en utilisant soit un montant ou d'un microscope inversé et une lentille à immersion d'eau. Nous avons publié précédemment ce protocole en référence 14.
Nous présentons ici un protocole pour l'imagerie des vivants, développement des boutons floraux Arabidopsis avec un microscope confocal et une lentille d'eau par immersion. Même si cela peut être fait avec soit un montant ou d'un microscope inversé, il est plus facile et plus rapide d'utiliser l'ancien. Il est également intéressant de noter que les différents systèmes de confocale varient considérablement en termes de vitesse, sensibilité et capacité à séparer les longueurs d'onde. Les meilleurs microscopes confocaux permettent maintenant de l' image de plusieurs canaux différents (par exemple , GFP, YFP, DsRed et l' iodure de propidium, la figure 2G) dans les mêmes échantillons. Certains microscopes confocale sont équipés d'un détecteur spectral, qui peut recueillir la fluorescence de plusieurs fluorophores simultanément et de les séparer par la suite. Lors de l'utilisation d'un détecteur régulier, cependant, un ensemble de lasers et les filtres doivent être utilisés pour exciter et séparer la fluorescence de fluorophores différents. Certains fluorophores ont des spectres d'émission totalement distinctes (par exemple CFP und YFP), et peut être imagée simultanément. D' autres fluorophores ont des spectres d'émission se chevauchant partiellement (par exemple , GFP et YFP), et ont généralement besoin d'être imagé séparément, ce qui augmente le temps de formation d'image. L'imagerie fluorophores également à proximité nécessite souvent limiter la quantité de spectre est recueilli pour chaque canal pour empêcher la fluorescence d'un fluorophore de fuir dans un autre canal. Cela provoque une perte d'intensité du signal recueilli, qui peut être compensée par une augmentation de la puissance laser et le gain. Cependant, le temps de formation d'image prolongée et une augmentation de la puissance du laser peut décolorer et / ou endommager l'échantillon. Augmentation de la puissance du laser et / ou le gain peut également augmenter le bruit de fond. L'optimisation de l'intensité du signal, la résolution et le temps de formation d'image pour chaque échantillon se fait par un processus d'essais et d'erreurs, et implique des compromis permanents.
Ce protocole explique comment effectuer l'imagerie confocale en direct des bourgeons floraux en développement sur les flancs d'un sommet de la pousse disséqué. Ilpeut faire valoir que le fait que le sommet de la pousse n'est pas relié au reste de la plante et se développe dans un milieu contenant cytokinines pourraient affecter SAM et le développement des fleurs. Cependant, ce milieu a été conçu de façon empirique par un processus d' essais et d'erreurs pour assurer le méristème apical pousse disséquée produisent de nouveaux bourgeons de fleurs à la plastochrone normale, et que ces bourgeons floraux se développent normalement 15. De même, la dissection sépales ne semble pas affecter les profils d'expression des gènes ou le développement du reste de la fleur. D' autres protocoles détail comment réaliser une imagerie confocale en direct du SAM toujours attaché au reste de la plante (par exemple , référence 11). Ces protocoles pourraient être adaptés, et offrent une alternative intéressante pour l'imagerie du développement des fleurs, en particulier lors de l'étude des processus liés cytokinines. Ils présentent plusieurs inconvénients cependant: les tiges et allonge tord, et modifie l'orientation des bourgeons de fleurs; unend tandis que l'image d'une pointe de tournage attaché au reste de la plante fonctionne bien avec un microscope droit, il est beaucoup plus compliqué de le faire avec un microscope inversé.
Les lentilles d'immersion ont une meilleure ouverture numérique (NA) de lentilles « secs » ( à savoir les lentilles qui sont séparées de l'échantillon par l' air), et fournissent donc une résolution plus fine de l'échantillon, ce qui est essentiel pour l'utilisation d' un microscope confocal. En utilisant une lentille à immersion d'eau fournit ainsi une bien meilleure NA qu'un objectif à sec, tout en empêchant le sommet des pousses de se déshydrater pendant le processus d'imagerie. Bien que la glycérine et les lentilles d'huile ont une NA que les lentilles d'eau, ils ont besoin encore plus l'utilisation d'une lamelle, ce qui est très peu pratique avec un échantillon de la taille d'un sommet de la pousse, qui maintient également de plus en plus au cours des expériences en accéléré. Compte tenu de la taille des échantillons (en fonction des étapes de fleurs, les piles peuvent être de plus de 150 pm d'épaisseur), il est également important d'utiliser une lentille à longue distance de travail. Nous utilisons généralement une lentille 20 ou 40X avec un NA de 1 et une distance de travail de 1,7-2,5 mm.
Logiciel de microscope confocal offre plusieurs façons de visualiser les données confocale, y compris les reconstructions en trois dimensions (figure 2, B1, B2 et B4) et vue sur la tranche (Figure 2, B3). Alors que les plus couramment utilisés des vues en trois dimensions sont des projections d'intensité maximale des Z-piles confocale (figure 2, B1 et B4), un logiciel (par exemple ZEN et Imaris) offrent également une vue sur la transparence qui filtre le signal provenant des parties les plus profondes de l'échantillon (figure 2, B2), qui peut être utile quand on regarde les processus qui se déroulent, ou des gènes exprimés dans la couche épidermique. L' intensité du signal peut être soit codée avec une couleur unique (figure 2, B1), en utilisant des pixels intensity, ou en utilisant un code de couleur (figure 2, B4).
imagerie confocale en direct offre non seulement des informations qualitatives précieuses sur le développement des fleurs, il fournit également potentiellement les biologistes du développement avec une richesse de données quantitatives. Logiciels différents (par exemple Imaris, FIDJI, MARS-ALT, MorphographX 15, 20, 21) permet la quantification du nombre ou du volume des cellules exprimant une ou plusieurs reporters, ou le niveau d'expression d'un rapporteur dans des cellules différentes. Un tel logiciel peut également être utilisé pour effectuer la segmentation automatique des cellules, le suivi des lignées cellulaires et de quantifier la croissance. Ce logiciel offre des outils différents semblables, mais diffère également à bien des égards. MARS-ALT et MorphoGraphX ont été conçus spécialement pour les plantes 15, 20, 21, contrairement à un Imarisnd FIDJI. MorphoGraphX ne permet que la segmentation et l'analyse de la couche épidermique, alors que Imaris et MARS-ALT permettent la segmentation et l'analyse de l'ensemble de l'échantillon. Cependant, MARS-ALT nécessite l'imagerie préalable du même échantillon sous trois angles différents de 15, et Imaris ne nécessite qu'une seule pile. L'accès à l'information quantitative est essentielle pour approfondir notre compréhension du développement des fleurs.
The authors have nothing to disclose.
L'auteur souhaite remercier le professeur Elliot M. Meyerowitz pour son soutien, et les commentaires sur le manuscrit, ainsi que Ann Lavanway à Dartmouth College et le Dr Andres Collazo au Fonds pour l'imagerie biologique à Caltech pour leur aide dans la résolution de problèmes techniques liés à la imagerie confocale en temps réel. Le travail de Nathanaël Prunet est pris en charge par les Instituts nationaux de la santé par le biais de Grant R01 GM104244 à Elliot M. Meyerowitz.
Forceps | Electron Microscopy Sciences | 72701-D | Dumont Style 5 Inox, for apex dissection |
Pin Vise | Ted Pella, Inc. | 13560 | 80 cm long, for sepal ablation |
Straight Stainless Steel Needles | Ted Pella, Inc. | 13561-50 | 0.1 mm Diameter, 1.2 cm long, for sepal ablation |
Round plastic boxes | Electron Microscopy Sciences | 64332 | transparent, 6 cm diameter, 2 cm deep, to use as dissecting dishes |
Rectangular hinged boxes | Durphy Packaging Co. | DG-0730 | transparent, 2-7/8” long, 2” wide, 1-1/4” deep, to use as imaging dishes with an upright microscope |
Tissue Culture Dishes, Polystyrene, Sterile | VWR | 25382-064 | transparent, 3.5 cm diameter, 1 cm deep,to use as imaging dishes with an inverted microscope |
P10 and P1000 pipettes | with corresponding filter tips | ||
Stereomicroscope | with an 80-90 x maximum magnification | ||
Laser ablation system | for sepal ablation | ||
Laser scanning confocal microscope system | |||
20 or 40 x water-dipping lens | with a NA of 1 and a working distance of 1.7-2.5 mm | ||
Agarose | |||
Sucrose | |||
Murashige and Skoog basic salt mixture | Sigma-Aldrich | M5524 | without vitamins |
Myo-inositol | Sigma-Aldrich | I7508 | vitamin |
Nicotinic acid | Sigma-Aldrich | N0761 | vitamin |
Pyridoxine hydrochloride | Sigma-Aldrich | P6280 | vitamin |
Thiamine hydrochloride | Sigma-Aldrich | T1270 | vitamin |
Glycine | Sigma-Aldrich | G8790 | vitamin |
N6-Benzyladenine | Sigma-Aldrich | B3408 | BAP, a cytokinin |
Propidium iodide solution | Sigma-Aldrich | P4864 | 1 mg/mL solution in water, to stain the cell walls |
FM4-64 | Invitrogen | F34653 | dilute in water to 80 μg/mL, to stain the plasma membranes |