Summary

ニトロセルロース結合アッセイを用いて細菌ヒスチジンキナーゼ自己リン酸化の定量化

Published: January 11, 2017
doi:

Summary

We report and demonstrate an optimized nitrocellulose binding assay that can be used to quantify autophosphorylation of purified bacterial histidine kinases. Our method has several advantages over traditional SDS-PAGE based techniques, providing a valuable alternative for characterizing these important proteins.

Abstract

We demonstrate a useful method for quantifying autophosphorylation of purified bacterial histidine kinases. Histidine kinases are known for their involvement in two-component signal transduction, a ubiquitous system through which bacteria sense and respond to environmental stimuli. Two-component signaling features autophosphorylation of a histidine kinase, followed by phosphotransfer to the receiver domain of a response regulator protein, which ultimately leads to an output response. Autophosphorylation of the histidine kinase is responsive to the presence of a cognate environmental stimulus, thereby giving bacteria a means to detect and respond to changes in the environment. Despite their importance in bacterial biology, histidine kinases remain poorly understood due to the inherent lability of phosphohistidine. Conventional methods for studying these proteins, such as SDS-PAGE autoradiography, have significant shortcomings. We have developed a nitrocellulose binding assay that can be used to characterize histidine kinases. The protocol for this assay is simple and easy to execute. Our method is higher throughput, less time-consuming, and offers a greater dynamic range than SDS-PAGE autoradiography.

Introduction

適応応答は、細菌の生存のために重要です。検出し、環境変化に対応するためには、細菌は、二成分情報伝達として知られている刺激応答システムを使用しています。典型的な2成分系では1,2は 、ヒスチジンキナーゼは、同族の刺激を検出し、その保存されたヒスチジン残基を自己リン酸化し、その後、応答調節タンパク質のレシーバ・ドメインに保存されたアスパラギン残基にリン酸を転送します。 3このイベントは、下流の効果を刺激するレスポンスレギュレーターの活性の変化を誘発します。 4,5したがって 、細菌は、センスおよびローカル環境の変化に適応することができます。いくつかの二成分シグナリングシステムは、この原型から逸脱します。いくつかのケースでは、ヒスチジンキナーゼの感覚ドメインに直接感覚入力を検出し、タンパク質 – タンパク質相互作用を介してキナーゼ活性を修飾するスタンドアロンのタンパク質です。しかし8、ファンド 6amentalプロセスおよびシステムの全体的な役割は変わりません。二成分シグナル伝達は、細菌の生存に必須であるユビキタス刺激応答システムであって、ヒスチジンキナーゼは、シグナルの伝達に重要な役割を果たしています。 9

細菌の生物学へのヒスチジンキナーゼの重要性にもかかわらず、彼らは特徴付けが乏しいまま。これは、ホスホの固有の不安定性、および自己リン酸化を測定するための実用的な方法が不足しているためです。ホスホはホスホセリン、ホスホスレオニン、およびホスホチロシンよりも不安定です。 10はこのように、一般にセリン/スレオニン/ Tyrのキナーゼを分析するために使用されている技術は、ヒスチジンキナーゼには適用されません。ヒスチジンキナーゼを研究するためのインビトロアッセイにおいて 、11は、 SDS-PAGEオートラジオグラフィーに限られていました。 12,13この方法では、[γ-32 P] -ATPをキナーゼとインキュベートし、キナーゼのリン酸化がPOLによって分析されますyacrylamideゲル電気泳動(PAGE)は、ゲルのオートラジオグラフィーを行いました。この方法は、キナーゼの自己リン酸化、ならびにキナーゼからの応答レギュレーターのリン酸転移をモニターするために使用することができます。しかし、この方法では、顕著な欠点があります。ページベースのアッセイは、ロースループットおよび時間がかかります。このような制限は、タンパク質を特徴付けるし、その動態パラメータを確認に資するではありません。最近公開されたヒスチジンキナーゼを研究するための別の方法は、自己リン酸化を検出するためにホスホ抗体を利用します。 14この方法は、検出のために使用した測定方法に応じて、1-ホスホおよび3-ホスホとを区別するという利点を有しているが、この方法は、大きなダイナミックレンジまたは検出の高い上限を提供しない場合があります。したがって、これらの重要なタンパク質を研究するために使用することができるより速く、より少ない労力であり、より高感度のアッセイが必要とされています。

ここでは、説明すると、dインビトロでの精製の細菌ヒスチジンキナーゼの自己リン酸化を定量化するために使用することができる慎重に開発され、ニトロセルロース結合アッセイをemonstrate。このアッセイは、より高いスループットおよびPAGEベースのアッセイよりも時間がかかります。この方法はまた、検出と大きなダイナミックレンジの高い上限を提供していますホスホ定量化のためのチェレンコフ放射を利用します。アッセイは、ヒスチジンキナーゼの動力学的パラメーターを決定するために用いることができます。

Protocol

注意:このプロトコルは、放射性物質の使用および取り扱いに適切なトレーニングを必要とします。ベータ放射線遮蔽を含め、このアッセイを行う際に必要な個人用保護具を使用してください。廃棄物の大量の実験の洗浄段階中に生成される放射性廃棄物は、慎重に取り扱わなければなりません。廃棄物は、このような簡単に倒したりこぼしされることはありません大きなバケツや瓶などの直立コンテナに?…

Representative Results

代表的なデータセットは、蛍光イメージャー( 図1)ニトロセルロース膜を、ポンソーS染色( 図2)、およびシンチレーション計数データ( 図3)で撮影した画像の特徴を生成しました。 図3Aは、ラインウィーバー・バークプロット中の酵素反応速度定数を示しています。これらの結果は、グラム陰性種腸炎ビ…

Discussion

我々が説明したニトロセルロース結合アッセイは、ヒスチジンキナーゼを特徴付ける以前に使用されている方法に比べて多くの利点を有しています。従来のSDS / PAGEに基づくオートラジオグラフィーと比較して、我々の方法は、より高いスループットおよびより少ない時間がかかります。ニトロセルロース膜は、SDSゲルよりも取り扱いが容易であり、かつ固定される必要はありません。タンパ…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

この作品は、国立ニードプログラム(P200A100044)の分野で大学院支援を通じて教育省によってサポートされていました。

Materials

Phosphoric acid VWR AAAA18067-AP For quenching reactions and washing nitrocellulose
Tris base RPI T60040-5000.0 Tris-HCl pH 8.0, for kinase reaction buffer
Potassium chloride RPI P41000-2500.0 For kinase reaction buffer
Magnesium chloride RPI M24000-500.0 For kinase reaction buffer
Glycerol RPI G22020-4000.0 For kinase reaction buffer
5'-ATP Promega E6011 Kinase substrate
[γ-32P]-5'-ATP Perkin Elmer NEG002Z250UC  6000 Ci/mmol
96-well dot blot apparatus Bio-rad 1706545 For spotting reactions
Nitrocellulose Whatman 32-10401396-PK For spotting reactions
Ponceau S Sigma aldrich P3504-50G For staining nitrocellulose

References

  1. Stock, A. M., Robinson, V. L., Goudreau, P. N. Two-component signal transduction. Annu. Rev. Biochem. 69, 183-215 (2000).
  2. Jung, K., Fried, L., Behr, S., Heermann, R. Histidine kinases and response regulators in networks. Curr. Opin. Microbiol. 15 (2), 118-124 (2012).
  3. Parkinson, J. S., Kofoid, E. C. Communication modules in bacterial signaling proteins. Annu. Rev. Genet. 26, 71-112 (1992).
  4. Laub, M. T., Biondi, E. G., Skerker, J. M. Phosphotransfer profiling: systematic mapping of two-component signal transduction pathways and phosphorelays. Methods Enzymol. 423, 531-548 (2007).
  5. Ronson, C. W., Nixon, B. T., Ausubel, F. M. Conserved domains in bacterial regulatory proteins that respond to environmental stimuli. Cell. 49 (5), 579-581 (1987).
  6. Szurmant, H., Bu, L., Brooks, C. L., Hoch, J. A. An essential sensor histidine kinase controlled by transmembrane helix interactions with its auxiliary proteins. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (15), 5891-5896 (2008).
  7. Price, M. S., Chao, L. Y., Marletta, M. A. Shewanella oneidensis MR-1 H-NOX regulation of a histidine kinase by nitric oxide. Biochemistry. 46 (48), 13677-13683 (2007).
  8. Zhulin, I. B. The superfamily of chemotaxis transducers: from physiology to genomics and back. Adv. Microb. Physiol. 45, 157-198 (2001).
  9. Robinson, V. L., Buckler, D. R., Stock, A. M. A tale of two components: a novel kinase and a regulatory switch. Nature Struct. Biol. 7 (8), 626-633 (2000).
  10. Attwood, P. V., Piggott, M. J., Zu, X. L., Besant, P. G. Focus on phosphohistidine. Amino acids. 32 (1), 145-156 (2007).
  11. Kee, J. -. M., Muir, T. W. Chasing phosphohistidine, an elusive sibling in the phosphoamino acid family. ACS Chem. Biol. 7 (1), 44-51 (2012).
  12. Tawa, P., Stewart, R. C. Kinetics of CheA Autophosphorylation and Dephosphorylation Reactions. Biochemistry. 33 (25), 7917-7924 (1994).
  13. Marina, A., Mott, C., Auyzenberg, A., Hendrickson, W. A., Waldburger, C. D. Structural and mutational analysis of the PhoQ histidine kinase catalytic domain. Insight into the reaction mechanism. J. Biol. Chem. 276 (44), 41182-41190 (2001).
  14. Fuhs, S. R., et al. Monoclonal 1- and 3-Phosphohistidine Antibodies: New Tools to Study Histidine Phosphorylation. Cell. 162 (1), 198-210 (2015).
  15. Ueno, T. B., Johnson, R. A., Boon, E. M. Optimized assay for the quantification of histidine kinase autophosphorylation. Biochem. Biophys. Res. Commun. 465 (3), 331-337 (2015).
  16. Bradford, M. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding. Anal. Biochem. 7 (72), 248-254 (1976).
  17. Stoscheck, C. M. Quantitation of protein. Methods Enzymol. 182, 50-68 (1990).
  18. Funt, B. L., Hetherington, A. Scintillation counting of beta activity on filter paper. Science. 131 (3413), 1608-1609 (1960).
  19. Bem, E. M., Bem, H., Reimchüssel, W. Determination of phosphorus-32 and calcium-45 in biological samples by Čerenkov and liquid scintillation counting. Int. J. Appl. Radiat. Isot. 31 (6), 371-374 (1980).

Play Video

Cite This Article
Fischer, J., Johnson, R. A., Boon, E. Quantification of Bacterial Histidine Kinase Autophosphorylation Using a Nitrocellulose Binding Assay. J. Vis. Exp. (119), e55129, doi:10.3791/55129 (2017).

View Video