כאן אנו מציגים פרוטוקול מפורט של (א) זיהוי של מוצר טבעי עם פעילות אנטיביוטית, (B) הטיהור של המתחם, (ג) את הדגם הראשון של ביוסינתזה שלה, (ד) הגנום רצף / -mining ואת ( E) אימות של אשכול גני biosynthetic.
זני Streptomyces ידועים היכולת שלהם לייצר הרבה תרכובות שונות עם bioactivities השונה. טיפוח בתנאים שונים לעתים קרובות מוביל לייצור תרכובות חדשות. לכן, תרבויות הייצור של זנים המחולצים עם אתיל אצטט ואת תמציות גולמי מנותחים על ידי HPLC. יתר על כן, תמציות נבדקי הפעילות הביולוגית שלהם על ידי מבחנים שונים. לקבלת הבהרת מבנה במתחם העניין מטוהר על ידי שילוב של שיטות כרומטוגרפיה שונות.
הגנום רצף בשילוב עם כריית הגנום מאפשר זיהוי של אשכול גני biosynthetic מוצר טבעי באמצעות תוכנות מחשב שונות. כדי לאשר כי באשכול הגנים הנכון זוהה, ניסויי איון גן צריכות להתבצע. המוטציות כתוצאה מנותחות לייצור המוצר הטבעי בפרט. לאחר באשכול הגן התקין כבר מומת, אתזן ייכשל כדי לייצר את המתחם.
זרימת העבודה מוצגת עבור polyketomycin מתחם אנטיבקטריאלי המיוצר על ידי Streptomyces diastatochromogenes Tü6028. לפני כעשר שנים, כאשר רצף הגנום היה עדיין מאוד יקר, השיבוט וזיהוי אשכול גנים היה זמן רב בתהליך מאוד. רצף הגנום מהיר בשילוב עם כריית הגנום מאיץ את משפטו של זיהוי אשכול ופותח דרכים חדשות לחקור ביוסינתזה לייצר מוצרים טבעיים רומן מאת בשיטות גנטיות. הפרוטוקול המתואר במאמר זה ניתן להקצות כל תרכובת אחרת שמקורו בזן Streptomyces או מיקרואורגניזם אחר.
מוצרים טבעיים מצמחים ומיקרואורגניזמים תמיד היו מקור חשוב לפיתוח קליני של תרופה ומחקר. הפניצילין האנטיביוטי הראשון התגלה בשנת 1928 מפטרייה ידי אלכסנדר פלמינג 1. כיום, רבי מוצרים טבעיים יותר משמשים בטיפול קליני.
סוג אחת ידוע ביכולתה לייצר סוגים שונים של מטבוליטים משניים עם bioactivities השונה הוא Streptomyces. Streptomyces הם גראם חיוביים חיידקים שייכים למעמד של Actinobacteria וצו Actinomycetales. כמעט שני שלישים של אנטיביוטיקה בשימוש קליני נגזרות Actinomycetales, בעיקר Streptomyces, כמו amphotericin 2, daptomycin 3 או 4 טטרציקלין. שני פרסי נובל הוענקו בתחום המחקר אנטיביוטי Streptomyces. הראשון הלך זלמן אברהם וקסמן על גילוי סטרפטומיצין, היווצרותו הראשונהtibiotic יעיל נגד שחפת. 5 בשנת 2015, כחלק פרס נובל לפיזיולוגיה ורפואה, גילוי avermectin מ avermitilis ס הוענק גם כן. Avermectin משמש לטיפול במחלות טפיליות 6,7.
הגישה המסורתית על הגילוי של מוצרים טבעיים מיקרואורגניזמים כגון Streptomyces בדרך כלל כרוך טיפוח של הזן בתנאי גידול שונה, כמו גם מיצוי וניתוח של מטבוליטים משניים. מבחני פעילות ביולוגיים (מבחנים למשל לפעילות אנטיבקטריאלי נגד סרטן) מבוצעים על מנת לזהות את הפעילות של המתחם. לבסוף, במתחם של עניין מבודד ואת המבנה הכימי הוא הובהר.
המבנים של מוצרים טבעיים מורכבים לרוב moieties היחיד אשר יוצרים מולקולות מורכבות. יש כמה, אבל מוגבלים, שבילי biosynthetic גדולים מובילים לבניית גושKS, אשר משמש ביוסינתזה של חומרי טבע. מסלולי biosynthetic העיקריים הם נתיבי polyketide, שבילים מובילים אל terpenoids ו אלקלואידים, מסלולים באמצעות חומצות אמינו, ושבילים מובילים moieties סוכר. מסלול כל מאופיין על ידי קבוצה של אנזימים ספציפיים 8. בהתבסס על המבנה של המתחם, אנזימים biosynthetic אלה ניתן לחזות.
כיום, ניתוח המבנים המפורט של תרכובת בשילוב עם רצף הדור הבא וניתוח bioinformatic יכול לעזור לזהות באשכול גני biosynthetic האחראי. מידע האשכול פותח דרכים חדשות למחקר מוצר טבעי נוסף. זה כולל ביטוי Heterologous כדי להגדיל את התשואה של המוצר הטבעי, שינוי במתחם ממוקד על ידי מחיקת הגן או שינוי וביוסינטזה קומבינטורית עם גנים של מסלולים אחרים.
Polyketomycin היה מבודד באופן עצמאי מן מרק התרבותשני זנים, sp Streptomyces. MK277-AF1 9 ו Streptomyces diastatochromogenes Tü6028 10. המבנה הוברר על ידי ניתוח NMR ו- X-ray. Polyketomycin מורכב decaketid tetracyclic וכן חומצה סליצילית דימתיל, מקושרים על ידי שני moieties deoxysugar β-D-amicetose ו α-L-axenose. הוא מציג ציטוטוקסיות פעילות אנטיביוטית, אפילו כנגד זנים עמידים multidrug גראם חיוביים כגון MRSA 11.
ספריית cosmid הגנומי של Tü6028 diastatochromogenes ס נוצרה והוקרנה לפני שנים רבות. באמצעות גן ספציפי בדיקות באשכול גני polyketomycin עם גודל של 52.2 kb, המכיל 41 גנים, זוהה לאחר מספר חודשים של עבודה אינטנסיבית 12. לאחרונה, רצף הגנום טיוטת diastatochromogenes ס הושג מוביל לזיהוי המהיר של אשכול גני biosynthetic polyketomycin. בסקירה זו, שיטה עוזרת iDENתצדיק מוצר טבעי להבהיר באשכול גני biosynthetic שלה יתואר, באמצעות polyketomycin כדוגמא.
נסביר את הצעדים יחידים אשר להוביל ממוצר טבעי באשכול גני biosynthetic שבו, המופיע על polyketomycin המיוצר על ידי Streptomyces diastatochromogenes Tü6028. הפרוטוקול כולל זיהוי וטיהור מוצר טבעי עם תכונות אנטיביוטיות. ניתוח והשוואה מבניים נוספים עם תוצאות החל להוביל כרייה הגנום לזיהוי באשכול גני biosynthetic. הליך זה יכול להיות מיושם על כל מתחם אחר שמקורו בזן Streptomyces או כל מיקרואורגניזם אחר.
במעבדה זו ספריית cosmid הגנומי של diastatochromogenes Streptomyces נוצרה והוקרנה לפני שנים רבות, וכתוצאה מכך ההזדהות של אשכול גני polyketomycin באמצעות תהליך זמן רב מאוד. אפיון של גנים בודדים היו אפשרי באמצעות מחיקות גן ממוקדות וניתוח של מוטציות וכתוצאה מכך 12. לאחרונה, רצף הגנום טיוטת diastatochromogenes ס הושג המאפשר זיהוי מהיר של אשכול גנים biosynthetic polyketomycin. יכולנו לזהות את גני biosynthetic בקלות, למרות רצף הגנום הטיוטה מכיל עדיין contigs רב. התהליך המתואר יכול להיות מושג בתוך חודשים. עם זאת, ההליך מורכב שלבים רבים. צעדים יחידים עלולים להיכשל מספר פעמים, מניעת התקדמות בשלבים הבאים:
הסוג Streptomyces ידוע ביכולת שלו לייצר תרכובות ביו. בעוד שהם נושאים לעתים קרובות יותר מ -20 BIOSאשכולות גני ynthetic, בדרך כלל רק אחד או שתיים תרכובות מיוצרות בתנאי מעבדה. היישום של גישת OSMAC (טיפוח זן אחד בתנאים שונים) להתעורר אשכולות גנים שקטים לעתים לא יספיק. מניפולציה גנטית של גנים רגולטוריים, כמו הגנים הרגולטור pleiotropic adpA 44 ו bldA 45,46, הוא גם שיטה יעילה כדי להפעיל את הייצור של מטבוליטים משניים אחרים.
לקבלת ההבהרה של המבנה המתחם, למשל על ידי ניתוח NMR, בדרך כלל יותר מ -2 מ"ג של מתחם מטוהר הוא הכרחי. לכן, תסיסה של יותר מ -10 תרבות L נדרשה לעתים קרובות. ללא פרמנטור כי הוא מסוגל לשמור על חמצן, תנאי pH וטמפרטורה, זה יכול להיות מאתגר במעבדה קטנה לטפל סכום זה של תרבות החילוץ הבא. במהלך הטיהור, במתחם ניתן לשנות עקב חמצון, קרינה או טמפרטורה.כמו כן, השלבים לטיהור יותר משמשים, כך עולה הסיכוי של השפלה.
כאשר בוחנים את המבנה של המוצר הטבעי, ואת האשכולות בגנום, לפעמים זה לא כל כך קל לזהות את האשכול המתאים. ראשית, אם יש רק רצף הגנום טיוטת חלק של האשכול עלול להיות חסר. שנית, לא כל הגנים אשר נדרשים עבור ביוסינתזה נמצאים באשכול. שלישית, לעתים אשכול מחולק לשני חלקים המופרדים זה מזה על ידי kilobases רב. רביעית, זה עלול להיות קשה להחליט איזה מהם הוא מתאים באשכול הגנים. במקרה של לי סוג PKS גדול או מערכות NRPS, שבו אפשר לחשב את מספר יחידות המאריכות מבוסס על מספר מודולים, או אפילו לזהות את יחידות מאריך היחידות על ידי ניתוח של תחומי הבחירה, זה מייד מתפרסם בקלות. עם זאת, במקרה של איטרטיבית עובד אנזימי התחזית של התרכובות המסונתזות היא לעתים קרובות לא אפשרית, במיוחד אם straיש יותר מ -40 אשכולות גנים. חמישית, הטבע הוא מאוד מורכב ומלא של תרכובות ידועות עדיין. לעתים קרובות ביוסינתזה היא תערובת של מסלולים שונים. אם המתחם החדש הוא לא זיהה עדיין, או שאינו קשור למתחם אחר, זה עלול להיות קשה לזהות את האשכול, להציע מודל ביוסינתזה וכדי להוכיח את זה.
לאחר באשכול מזוהה, הטכניקה המוצלבת אחת היא שיטה טובה ומהירה כדי לאמת את ההשערה. PCR, שיבוט לתוך וקטור התאבדות, נטייה, בחירה של שיבוטים חיוביים, assay ייצור הם הצעדים הנדרשים בלבד. אחד החסרונות של שיטה זו הוא כי שילוב של וקטור לתוך הכרומוזום אינו יציב עקב אירועי רקומבינציה נוספת. לכן, כדי להמשיך לנתח גנים בודדים, מחיקות גן מדויקות נדרשות. וכן זה היה יכול להיות מסובך לתמרן זני Streptomyces במישור הגנטי.
ניתן להקצות ההליך המתואר to כל תרכובת אחרים המיוצרים על ידי זן Streptomyces או מיקרואורגניזם אחר. הידיעה על באשכול גני biosynthetic המתחם המסונתז שלה נותנת לנו הזדמנויות נוספות לשנות כבר למולקולות קיימות במטרה לשפר אותם במאבק נגד פתוגנים עמידים multidrug.
The authors have nothing to disclose.
S. Zhang is funded by China Scholarship Council. The authors are very grateful to former people working on polyketomycin project in this lab and Prof. Dr. Hans-Peter Fiedler, University of Tübingen, for providing the polyketomycin producer. The research was supported by the DFG (RTG 1976).
agar | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | 5210.4 | |
agarose | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | 6352.4 | |
D-mannitol | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | 4175.1 | |
glucose | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | 6780.1 | |
LB | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | X964.3 | |
malt extract | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | X976.2 | |
MgCl2 | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | 2189.1 | |
Peptone | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | ||
soy flour | W.Schoenemberger GmbH, Magstadt, Germany | Hensec-Vollsoja | |
tryptic soy broth | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | X938.3 | Caso-Bouillon |
yeast extract | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | 2363.2 | |
Solvents | |||
Acetic acid | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | 3738.5 | |
Acetone | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | 9372.2 | |
Acetonitrile | Avantor Performance Materials B.V., Deventer, The Netherlands | JT-9012-03 | |
Dichlorofrom | Fisher Scientific GmbH, Schwerte, Germany | 1530754 | |
DMSO (Dimethyl sulfoxide) | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | 4720.1 | |
DMSO-d6 (Dimethyl sulfoxide-d6) 99.9atom%D | ARMAR Chemicals, Döttingen, Switzerland | 15200.204 | |
Ethyl acetate | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | 6784.4 | |
Hydrochloric acid | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | 6331.4 | |
Methanol | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | 7342.1 | |
Enzymes | |||
restriction enzymes | New England Biolabs GmbH, Frankfurt am Main, Germany | ||
polymerase | New England Biolabs GmbH, Frankfurt am Main, Germany | ||
DNA Polymerase I Large (Klenow) Fragment | Promega GmbH, Mannheim, Germany | ||
Antibiotics | |||
apramycin | AppliChem GmbH, Darmstadt, Germany | A7682.0005 | |
fosfomycin | Sigma-Aldrich Chemie GmbH, Taufkirchen, Germany | P5396-50G | |
kanamycin | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | T832.2 | |
Plasmid/Vectors | |||
pKC1132 | Bierman et al. 1992 | ||
Primer | |||
pokPI_for | TGATGGTGCCGCTGGCCATGG | Primer to amplify fragment containing pokPI gene | |
pokPI_rev | AGCGTTCACTGTTCCGCCCGAC | ||
Bacterial strains | |||
Bacillus subtilis COHN ATCC6051 | Gram-positive test strain | ||
Escherichia coli ET12567 pUZ8002 | MacNeil et al., 1992 | strain for conjugation | |
Escherichia coli XL1 Blue | Agilient Technologies, Santa Clara, USA | Gram-negative test strain + cloning host | |
Streptomyces diastatochromogenes Tü6028 | Paululat et al., 1999 | Polyketomycin producer | |
Online services | |||
antismash (Antibiotics and Secondary Metabolite Analysis Shell) | http://antismash.secondarymetabolites.org/ | Detection of secondary metabolite gene cluster | |
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) | http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi | finds regions of similarity between biological sequences | |
GenDB | https://www.uni-giessen.de/fbz/fb08/Inst/bioinformatik/software/gendb | Annotation of ORFs | |
MiBIG (Minimum Information about a Biosynthetic Gene cluster) | http://mibig.secondarymetabolites.org/ | Database of biosyntetic gene clusters | |
NaPDoS | http://napdos.ucsd.edu/ | Detection of seconary metabolite gene cluster | |
NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/ | Annotation of ORFs | |
NRPSpredictor | http://nrps.informatik.uni-tuebingen.de/ | Detection of NRPS domains | |
Prokka (rapid prokaryotic genome annotation) | http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtml | Annotation of ORFs | |
RAST (rapid annotation using subsystems technology) | http://rast.nmpdr.org/ | Annotation of ORFs | |
other programs | |||
Chem Station Rev. A.09.03 | Agilent Technologies, Waldbronn, Germany | Handling program for HPLC | |
Clone Manager Suite 7 | Scientific and Educational Software, Cary, USA | Designing Cloning Experiment | |
Newbler v2.8 | Roche Diagnostics | Alignment of sequencing reads | |
Machines | |||
Centrifuge Avanti J-6000, Rotor JA-10 | Beckman Coulter GmbH, Krefeld, Germany | ||
HPLC/MS | Agilent Technologies, Waldbronn, Germany | ||
_Autosampler: G1313A | Agilent Technologies, Waldbronn, Germany | ||
_Pre-column: XBridge C18 (20 mm x 4.6 mm; Particle size: 3.5 µm) | Agilent Technologies, Waldbronn, Germany | ||
_Column:Xbridge C18 (100 mm × 4.6 mm; Particle size: 3.5 μm) | Agilent Technologies, Waldbronn, Germany | ||
_semi-prep Pre-Column: Zorbax B-C18 (9.4 x 150 mm; Particle size: 5 µm) | Agilent Technologies, Waldbronn, Germany | ||
_semi-prep Column: Zorbax B-C18 (9.4 x 20 mm; Particle size: 5 µm) | Agilent Technologies, Waldbronn, Germany | ||
_Degasser: G1322A | Agilent Technologies, Waldbronn, Germany | ||
_Quarternary pump: G1311A | Agilent Technologies, Waldbronn, Germany | ||
_Diode array detector (DAD )G1315B (λ = 254 nm and 400 nm) | Agilent Technologies, Waldbronn, Germany | ||
_Quadrupole mass detector (MSD) G1946D(2-3000 m/z) | Agilent Technologies, Waldbronn, Germany | ||
rotary evaporator | |||
_heating bath Hei-VAP Value/G3 | Heidolph Instruments GmbH & Co.KG, Schwabach, Germany | ||
_vacuum pump system SC 920 G | KNF Global Strategies AG, Sursee, Switzerland | ||
other material | |||
Sephadex LH20 | GE Healthcare, | ||
Chromafil PVDF-45/15MS (pore size 0.45 µm; filter Ø15 mm) | MACHEREY-NAGEL GmbH & Co. KG, Düren, Germany | ||
SPE column Oasis HLB 20 35 cc (6g) | Waters GmbH, Eschborn, Germany | ||
E. coli | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | Medium: LB, Composition: LB, Amount to 1 L H2O: 20 g | |
Bacillus | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | Medium: LB, Composition: LB, Amount to 1 L H2O: 20 g | |
Streptomyces sp. | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | Medium: TSB, Composition: CASO Boullion, Amount to 1 L H2O: 30 g | |
fungus | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | Medium: YPD, Composition: Yeast extract, Amount to 1 L H2O: 10 g | |
fungus | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | Medium: YPD, Composition: Peptone, Amount to 1 L H2O: 20 g | |
fungus | Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany | Medium: YPD, Composition: Glucose, Amount to 1 L H2O: 20 g | |
for agar plates add 2 % agar |