Rilevazione rapida molecolare e la differenziazione dei virus influenzali A e B
Summary
Descriviamo un test rapido, molecolare a base di Influenza A e B. Il saggio Influenza rileva ogni bersaglio entro 15 minuti utilizzando l'amplificazione isotermica con primer specifici per l'influenza seguita da rilevamento di target con sonde segnale molecolare. Il saggio e influenza A B è facile da usare e richiede minimi hands-on tempo per eseguire.
Abstract
L'influenza è una malattia respiratoria contagiosa causata da virus influenzali A e B negli esseri umani e provoca una notevole quantità di morbilità e mortalità ogni anno. L'influenza A e B saggio è stato il primo test molecolare rapida influenza CLIA-rinunciato a disposizione. Il test di influenza A e B funziona utilizzando l'amplificazione isotermica con primer specifici per l'influenza seguita da rilevamento di target con sonde segnale molecolare. Qui, le prestazioni della influenza A e B saggio su congelato, archiviati tampone nasofaringeo (NPS) campioni conservati in terreno di trasporto virale (VTM) sono stati confrontati con un test del pannello respiratoria.
Le prestazioni della A e B saggio Influenza stata valutata confrontando i risultati al metodo di riferimento del pannello respiratoria. La sensibilità per il virus dell'influenza A totale è stata del 67,5% (95% CI (CI), 56,6-78,5) e la specificità del 86,9% (CI, 71,0-100). Per il test virus dell'influenza B, la sensibilità e la specificità sono state 90,2% (CI, 68,5-100) E il 98,8% (CI, 68,5-100), rispettivamente.
Questo sistema ha il vantaggio di un tempo di prova significativamente più breve rispetto a qualsiasi altro test molecolare attualmente disponibili e la procedura semplice, priva di pipetta viene eseguito su un chiuso, sistema completamente integrato dimensioni ridotte. Nel complesso, l'influenza A e dosaggio B valutati in questo studio ha il potenziale per servire come test diagnostico point-of-care rapida influenza.
Introduction
Infezioni da virus dell'influenza determinano una quantità significativa di morbilità e mortalità ogni anno 1, 2, 3. L'influenza non complicata è caratterizzata da sintomi costituzionali e respiratori quali febbre, mialgia, cefalea e tosse non produttiva 4, 5. Gli individui più anziani, bambini, pazienti immunocompromessi e pazienti con comorbilità sottostanti sono a più alto rischio di complicanze gravi come la polmonite, la miocardite, malattia del sistema nervoso centrale, o la morte 6, 7.
L'infezione influenzale è unico da altri virus respiratori in quel tempestiva somministrazione di terapia antivirale entro 48 ore dall'inizio dei sintomi può ridurre la gravità della malattia e la lunghezza 8. La rapida identificazione di influenza è stato anchedimostrato di ridurre l'uso di antibiotici inutili 9, 10. Inoltre, i pazienti ospedalizzati con infezioni influenzali devono essere collocati in locali isolati con opportune precauzioni per il controllo delle infezioni. Tuttavia, le malattie respiratorie causate da virus non influenzali possono essere difficili da distinguere da clinicamente l'influenza. Per questo motivo, i test diagnostici rapidi e precisi per l'influenza è molto importante per la gestione clinica del paziente.
Diversi test sono disponibili per il rilevamento e l'identificazione di virus influenzali. Test rapidi di rilevamento dell'influenza antigene (RIDTs) sono ampiamente utilizzati nella pratica clinica come test point-of-care perché sono semplici da usare e fornire i risultati entro 15 a 30 minuti 11, 12; tuttavia, la loro sensibilità variano ampiamente (10-80%) a seconda del produttore e la popolazione in fase di test, e il tipo di influenza e subtype 13, 14, 15. Saggi di fluorescenza diretta (DFA) forniscono sensibilità superiori rispetto RIDTs, ma il tempo di elaborazione è maggiore (~ 3 ore) e devono essere completati da tecnologi esperti 16, 17. Coltura virale è stato il gold standard per la diagnosi di influenza e ha migliorato la sensibilità su entrambi RIDTs e DFA 18. Tuttavia, l'influenza coltura virale può richiedere 2-14 d per completare, diminuendo la sua utilità nel favorire la gestione del paziente 19. Infine, nucleico test di amplificazione degli acidi (NAAT) hanno sostituito tecniche di coltura come il nuovo gold standard nella diagnostica di influenza. NAAT sono considerati avere la massima sensibilità per rilevare l'influenza in poche ore. Tuttavia, incidenza sensibile sono i test più costosi e richiedono attrezzature specializzate e tecnici di eseguire 5 <sup>, 20, 21, 22, 23, 24, 25.
Il test dell'influenza A e B qui descritto è il primo test di influenza CLIA-rinunciato molecolare rapida che è prontamente disponibile. Questo test funziona impiegando una reazione intaccare endonucleasi Amplification (NEAR) che utilizza l'amplificazione isotermica con primer specifici per l'influenza seguita da rilevamento di target con sonde segnale molecolare. Questo test differenzia dell'influenza A da B, richiede 2 min per impostare ed elaborare un campione, e richiede un totale di 15 minuti per completare.
Qui, vi presentiamo il protocollo per il saggio Influenza A & B. Inoltre, mettiamo a disposizione un insieme di dati di esempio impostare a confronto le prestazioni del virus dell'influenza A e B saggio sulla archiviato tampone nasofaringeo (NPS) campioni conservati in terreno di trasporto virale (VTM) con un kit pannello patogeno respiratorio.
Protocol
Representative Results
Discussion
I virus influenzali sono importanti cause mondiali di morbilità e mortalità. diagnosi rapida e accurata di influenza è una delle principali chiavi per la gestione di focolai di influenza durante la stagione delle vie respiratorie. Altri test antigene-based sono rapidi e facili da eseguire; Tuttavia, essi hanno bassi sensibilità 13. D'altra parte, i test molecolari tradizionali hanno migliorato la sensibilità, ma richiedono tecnici di laboratorio più esperti di eseguire e sono più costo…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
We thank the Clinical Microbiology Service staff of the Memorial Sloan-Kettering Cancer Center for help in collecting clinical specimens. This study was supported in part by a research agreement between MSKCC and Alere Scarborough (SK2013-0262).
Materials
| Alere i Instrument | Alere | NAT-000 (Global), NAT-024 (US) | |
| Alere i Influenza A & B 24 Test Kit | Alere | 425-000 (Global), 425-024 (US) | |
| Alere i Barcode Scanner | Alere | EQ001001 | |
| Alere Universal Printer | Alere | 55115 (Global), alereiprinter (US) | |
| 200 µL precision pipette | |||
| 200 µL disposable pipette tips | |||
| Viral transport medium | Remel | M4-RT |
References
- . . Prevention control of seasonal influenza with vaccines. Recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices–United States, 2013-2014. , 1-43 (2013).
- Poehling, K. A., et al. The Underrecognized Burden of Influenza in Young Children. New England Journal of Medicine. 355 (1), 31-40 (2006).
- . Estimates of Deaths Associated with Seasonal Influenza — United States, 1976-2007. MMWR. 59 (33), 1057-1089 (2010).
- Agrawal, A. S., et al. Comparative evaluation of real-time PCR and conventional RT-PCR during a 2 year surveillance for influenza and respiratory syncytial virus among children with acute respiratory infections in Kolkata, India, reveals a distinct seasonality of infection. Journal of Medical Microbiology. 58 (12), 1616-1622 (2009).
- Ginocchio, C. C. Strengths and Weaknesses of FDA-Approved/Cleared Diagnostic Devices for the Molecular Detection of Respiratory Pathogens. Clinical Infectious Diseases. 52, 312-325 (2011).
- Grohskopf, L. A., et al. Prevention and control of seasonal influenza with vaccines: recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices-United States, 2013-2014. MMWR Recomm Rep. 62 (07), 1-43 (2013).
- Molinari, N. -. A. M., et al. The annual impact of seasonal influenza in the US: measuring disease burden and costs. Vaccine. 25 (27), 5086-5096 (2007).
- Aoki, F. Y., et al. Early administration of oral oseltamivir increases the benefits of influenza treatment. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 51 (1), 123-129 (2003).
- Noyola, D. E., Demmler, G. J. Effect of rapid diagnosis on management of influenza A infections. The Pediatric infectious disease journal. 19 (4), 303-307 (2000).
- Sharma, V., Dowd, M., Slaughter, A. J., Simon, S. D. EFfect of rapid diagnosis of influenza virus type a on the emergency department management of febrile infants and toddlers. Archives of Pediatrics & Adolescent Medicine. 156 (1), 41-43 (2002).
- Dale, S. E., Mayer, C., Mayer, M. C., Menegus, M. A. Analytical and clinical sensitivity of the 3M rapid detection influenza A+B assay. J Clin Microbiol. 46 (11), 3804-3807 (2008).
- van Doorn, H. R., et al. Clinical validation of a point-of-care multiplexed in vitro immunoassay using monoclonal antibodies (the MSD influenza test) in four hospitals in Vietnam. J Clin Microbiol. 50 (5), 1621-1625 (2012).
- Hurt, A. C., Alexander, R., Hibbert, J., Deed, N., Barr, I. G. Performance of six influenza rapid tests in detecting human influenza in clinical specimens. Journal of Clinical Virology. 39 (2), 132-135 (2007).
- Fiore, A. E., et al. Antiviral agents for the treatment and chemoprophylaxis of influenza — recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices (ACIP). MMWR Recomm Rep. 60 (1), 1-24 (2011).
- Harper, S. A., et al. Seasonal influenza in adults and children–diagnosis, treatment, chemoprophylaxis, and institutional outbreak management: clinical practice guidelines of the Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis. 48 (8), 1003-1032 (2009).
- Hannoun, C., Tumova, B. Survey on influenza laboratory diagnostic and surveillance methods in Europe. European Journal of Epidemiology. 16 (3), 217-222 (2000).
- Leonardi, G. P. Rapid identification of 2009 H1N1 influenza A virus using fluorescent antibody methods. Am J Clin Pathol. 134 (6), 910-914 (2010).
- Chartrand, C., Leeflang, M. M. G., Minion, J., Brewer, T., Pai, M. Accuracy of Rapid Influenza Diagnostic TestsA Meta-analysis. Annals of Internal Medicine. 156 (7), 500-511 (2012).
- Lee, G. C., et al. Evaluation of a rapid diagnostic test, NanoSign(R) Influenza A/B Antigen, for detection of the 2009 pandemic influenza A/H1N1 viruses. Virol J. 7, 244 (2010).
- Tang, Y. W., et al. Clinical accuracy of a PLEX-ID flu device for simultaneous detection and identification of influenza viruses A and B. J Clin Microbiol. 51 (1), 40-45 (2013).
- Bandt, D., et al. Economic high-throughput-identification of influenza A subtypes from clinical specimens with a DNA-oligonucleotide microarray in an outbreak situation. Molecular and Cellular Probes. 26 (1), 6-10 (2012).
- Pierce, V. M., Elkan, M., Leet, M., McGowan, K. L., Hodinka, R. L. Comparison of the Idaho Technology FilmArray system to real-time PCR for detection of respiratory pathogens in children. J Clin Microbiol. 50 (2), 364-371 (2012).
- Teo, J., et al. VereFlu™: an integrated multiplex RT-PCR and microarray assay for rapid detection and identification of human influenza A and B viruses using lab-on-chip technology. Archives of Virology. 156 (8), 1371-1378 (2011).
- Babady, N. E., et al. Comparison of the Luminex xTAG RVP Fast assay and the Idaho Technology FilmArray RP assay for detection of respiratory viruses in pediatric patients at a cancer hospital. J Clin Microbiol. 50 (7), 2282-2288 (2012).
- Chidlow, G., et al. Duplex real-time reverse transcriptase PCR assays for rapid detection and identification of pandemic (H1N1) 2009 and seasonal influenza A/H1, A/H3, and B viruses. J Clin Microbiol. 48 (3), 862-866 (2010).
- Bell, J. J., Selvarangan, R. Evaluation of the Alere I influenza A&B nucleic acid amplification test by use of respiratory specimens collected in viral transport medium. J Clin Microbiol. 52 (11), 3992-3995 (2014).
- Nie, S., et al. Evaluation of Alere i Influenza A&B for Rapid Detection of Influenza Viruses A and B. Journal of Clinical Microbiology. 52 (9), 3339-3344 (2014).
- Chapin, K. C., Flores-Cortez, E. J. Performance of the Molecular Alere i Influenza A&B Test Compared to That of the Xpert Flu A/B Assay. Journal of Clinical Microbiology. 53 (2), 706-709 (2015).
