Summary

Analys av Brain Mitokondrier Använda Serial Block-Face Svepelektronmikroskopi

Published: July 09, 2016
doi:

Summary

Mitochondrial visualization and analysis from mammalian brain tissue is a challenging task. Here, we describe how three dimensional (3D) reconstruction analysis from the serial block-face scanning electron microscopy (SBFSEM) can be used to gain insights on the morphological and volumetric analysis of this critical energy generating organelle.

Abstract

Mänskliga hjärnan är en energikrävande organ som huvudsakligen bygger på glukos som en energikälla. Glukos kataboliseras av hjärn mitokondrier via glykolysen tri-karboxylsyra (TCA) cykel och oxidativ fosforylering (OXPHOS) vägar för att producera cellulär energi i form av adenosintrifosfat (ATP). Nedskrivning av mitokondriella ATP produktionen orsakar mitokondriella sjukdomar, som uppvisar kliniskt med framstående neurologiska och myopatiska symptom. Mitokondriella defekter är också närvarande i nervsystemets sjukdomar (t.ex. autism) och neurodegenerativa sjukdomar (t.ex. amyotrofisk lateralskleros, Alzheimers och Parkinsons sjukdomar). Det finns således ett ökat intresse inom området för att utföra 3D analys av mitokondrie-morfologi, struktur och distribution under både friska och sjukdomstillstånd. Hjärnan mitokondriella morfologi är oerhört varierande, med några mitokondrier särskilt iden synaptiska området ligger i området av <200 nm i diameter, vilket är lägre än upplösningsgränsen av traditionell Ijusmikroskopi. Uttrycker en mitokondriellt riktade grönt fluorescerande protein (GFP) i hjärnan avsevärt förbättrar organeller upptäckt av konfokalmikroskopi. Men det inte övervinna de begränsningar på känsligheten för detektering av relativt liten storlek mitokondrier utan oversaturating bilder av stora och medelstora mitokondrier. Medan seriell transmissionselektronmikroskopi har med framgång använts för att karakterisera mitokondrier vid neuronala synapsen, är extremt tidskrävande, särskilt när man jämför flera prover denna teknik. Serieblock ansikte svepelektronmikroskop (SBFSEM) teknik innebär en automatiserad process för sektionering, bildbehandling block av vävnad och datainsamling. Här ger vi ett protokoll för att utföra SBFSEM av ett definierat område från gnagare hjärnan att snabbt rekonstruera och visualisera mitokondriella morfologi. denna technique kan också användas för att ge korrekt information om mitokondriell nummer, volym, storlek och fördelning i ett definierat område i hjärnan. Eftersom den erhållna bildupplösningen är hög (typiskt under 10 nm) eventuella grova mitokondriella morfologiska defekter kan också upptäckas.

Introduction

Mitokondrier är dynamiska organ som ändrar sin form och placering beroende på de cellulära signaler och behov, i tät samverkan med cell cytoskelettet, och som svar på cellulära händelser såsom kalciumströmmar i nervceller 1. Mitokondrier också interagera med andra cellulära organeller t.ex. endoplasmatiska retiklet, vilket i sin tur reglerar deras dynamik och metabolism 2. Mitokondriell morfologi visar heterogenitet i olika celltyper dvs. formen av organell varierar från rund som består av lakan, säckar och ovaler 3. Det har visat sig att mitokondriella fusion och fission cykelproteiner kan reglera läge, storlek, form och fördelning av mitokondrier 4. Dessutom är förändringar i mitokondriell form i samband med neurodegeneration, neuronal plasticitet, muskelatrofi, kalciumsignalering, reaktiva syreradikaler generation samt livslängd och celldöd blandar thaT-cellspecifika mitokondriell morfologi är avgörande för att upprätthålla normal cellfunktion 5-11.

En stor bioenergetisk funktion av mitokondrier är att generera adenosintrifosfat (ATP) genom att exekvera en serie av metaboliska reaktioner som involverar fullständig nedbrytning av näringsämnen (dvs. glukos, fett-syror eller aminosyror) via TCA-cykeln och OXPHOS Pathways 12. Den mänskliga hjärnan utgör endast 2% av kroppsvikten men det förbrukar ~ 20% av den totala energi som produceras vilket gör det extremt energikrävande organ 13. Det är därför inte förvånande att mitokondriell dysfunktion hos människor leder till ett stort antal neurologiska manifestationer 14-17. Genetiska mutationer i OXPHOS komponenter som försämrar ATP generation leder till mitokondriella sjukdomar 17,18, som är kliniskt heterogen grupp av sjukdomar med en prevalens på ~ 1: 5000 personer, och en av de vanligaste orsaken till metabolic störningar hos barn och vuxna. Underskott på mitokondrierna härrörande ATP påverkar flera organsystem med hög energikrävande organ såsom hjärna, hjärta och skelettmuskler som främst berörs i dessa patienter 14,17,18. Under de senaste åren har flera studier visade för mitokondriell dysfunktion hos både nervsystemets och neurodegenerativa sjukdomar 15-17,19,20. Eftersom mitokondrierna är viktigt och avgörande för hjärnans utveckling och funktion, är det absolut nödvändigt att utveckla protokoll som kan analysera förändringar i hjärnans mitokondriell morfologi, struktur, storlek, antal och fördelning under både friska och sjuka tillstånd. Musmodeller med mitokondriellt riktade grönt fluorescerande protein (GFP) har tagits fram för att visualisera mitokondriella rörelser och lokalisering i hjärnan 21,22. Även om detta är ett mycket användbart verktyg för att undersöka mitokondriell rörlighet och allmän spridning, det finns vissa nackdelar som inkludee begränsad upplösning och känslighet fluorescensmikroskopi. Dessa attribut gör det svårt att spåra de relativt liten storlek mitokondrier. På liknande sätt har seriell transmissionselektronmikroskopi med framgång använts för att visa synaptisk mitokondrier 23, men denna metod är mycket tidskrävande. Mitochondrial morfologi är känd för att vara mycket dynamisk som de genomgår kontinuerliga klyvnings och fusionscykler, och i de flesta celler mitokondrier upprätthålla ett starkt sammanhängande nätverk 24-26. Nervceller är mycket polariserade celler med flera dendriter och utökade axoner, och mitokondrier som bildar en ansluten retikulära nätverket i cellkroppen kan behöva separera när de gör sig igenom dessa neuriter (Figur 1). Detta gör hjärnmitokondrier extremt varierande i storlek och form. Exempelvis med användning av serieblock-face svepelektronmikroskopi (SBFSEM) teknik, som tidigare observerade vi att skillnaden i volymen eller storleken av extrasynaptic mitochondrIA till mitokondrierna som finns i nervändarna kan vara så mycket som sexton vika 27.

Det finns flera metoder för att utföra volym analyser 28, som innefattar serie avsnitt TEM 29, automatiserad tejp samla ultramicrotome SEM 30, fokuserad jonstråle SEM 31 och SBFSEM 32. Den SBFSEM analys har fördelar i att den har upplösningen för att ge kvantitativa uppgifter om den morfologiska form, storlek, fördelning och antal organeller såsom mitokondrier i områden upp till 1 mm i hjärnan. Den tekniska driften är också minst krävande, med datainsamling och analys inom kapacitet många biologiska laboratorier som saknar tidigare EM erfarenhet. Tillkomsten av kommersiella instrument för att generera seriesektionsliknande bilder har gjort 3D ultra analys av vävnader en rutinteknik, vilket ytterligare tillåter en opartisk volymetriska analyser på ett snabbt och repeterbart sätt 28 </sup>. Den SBFSEM beskrevs först och används inom neurobiologi 2004 32, baserat på en idé som infördes genom Leighton i 1981 33. Flera studier har sedan dess etablerat denna teknik som ett viktigt verktyg i återuppbyggnaden analys av neuronala kretsar 34. Dessutom för många mindre projekt, ger det återuppbyggnads analys för att identifiera cellulära organeller 27,35-39. Eftersom de förvärvade bilderna härrör från lågspänning tillbaka scatter elektroner har nya färgningsprotokoll som kombinerar olika kända tungmetallfärgningstekniker utvecklats för att öka upplösningen 40.

I detta dokument ger vi ett protokoll för att utnyttja 3D-elektronmikroskopi avbildning och volymetriska analys av hjärn mitokondrier baserat på metoder som tidigare har använts av oss och andra 38,39,41. De vävnads post-bearbetningsmetoder som användes var såsom beskrivits tidigare av Deerinck et al40.

Protocol

Etik uttalande: Rutiner som involverar djurförsök har godkänts av Institutional Animal Care och användning kommittén (IACUC) vid Virginia Tech. Varning: Extrema försiktighetsåtgärder måste vidtas vid hantering och bortskaffande flera komponenter som används i detta protokoll. Före användning, den lokala institutionella riktlinjer och rutiner för hälsa och säkerhet måste fastställas och följas, särskilt när det gäller osmiumtetroxid, som är flyktig och mycket giftig, uranylacetat, som är både en tungmetall och…

Representative Results

Vi visar att hjärnan mitokondriell morfologi och storlek är heterogen i olika neuronala underavdelningarna. Konfokalmikroskopi på låg densitet neuronala kulturer omvandlade med lentivirus uttrycker mitokondriellt riktade grönt fluorescerande protein visade att mitokondrierna är bosatta i neuronala soma bildar en reticular nätverk, medan de som bor i distala neuriter uppvisar en diskret långsträckt morfologi (Figur 1 AB). Använda SBFSEM tekniken var den mitokond…

Discussion

Komplexiteten av nervsystemet utgör en betydande utmaning i att rekonstruera stora vävnadsvolymer och analysera morfologin och distribution av organeller, såsom mitokondrier med tillräcklig upplösning. Flera celler inklusive neuroner, oligodendrocyter och astrocyter med många processer utökade i tre dimensioner samverkar inom hjärnvävnaden 43. Eftersom mitokondrierna ligger både i soma av celler och avlägsna processer, är mitokondriell morfologi extremt pleomorfa i nervsystemet (Figur 1).<…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

We thank Sidney Walker for providing technical help. This work was supported in part by a grant from the National Institute of Health (1R01EY024712-01A1).

Materials

C57BL/6J mice Jackson laboratory  664
Isoflurane VETone, tradename Fluriso 501017
Dissection tray Fisher scientific  S65105 
Dissection scissors Ted Pella Inc. 1316
Butterfly canula Exel International 26704
Phosphate buffer saline Sigma-Aldrich P4417-100TAB
Filter (0.45 micron) EMD Millipore NC0813356
Dissection microscope Olympus SZ61
Vibratome sectioning system Ted Pella Inc. Vibratome 3000
Sodium Cacodylate EMS 12300
Tannic Acid EMS 21700
Potassium Ferrocyanide J.T. Baker 14459-95-1
Osmium Tetroxide 4% Solution EMS 19150
Thiocarbohydrazide EMS 21900
L-Aspartic Acid Sigma-Aldrich A93100
Potassium Hydroxide Acros Organics 43731000
Lead Nitrate EMS 17900
EMbed-812 EMBEDDING KIT EMS 14120 Contains Embed 812  resin, DDSA, NMA, and DMP-30.
Glutaraldehyde 25% EM Grade Polysciences Inc. 1909
Paraformaldehyde EMS 19202
Uranyl Acetate EMS 22400
Ethanol EMS 15055
Propylene Oxide EMS 20400
Embedding Mold EMS 70907
Aluminum specimen pin EMS 70446
Colloidal Silver Liquid EMS 12630
Razor EMS 72000
Super Glue (Loctite Gel Control) Loctite 234790 Hardware/craft stores carry this item
Conductive epoxy Ted Pella Inc. 16043
Scanning electron microscope Zeiss Sigma VP
In chamber ultramicrotome for SEM Gatan Inc. 3View2 Can be designed for other SEMs
Trimming microscope for pin preparation Gatan Inc. supplied as part of 3View system
Low kV backscattered electron detector Gatan Inc. 3V-BSED
ImageJ/ Fiji processing package  ImageJ ver 1.50b, FIJI download Oct 1, 2015 http://zoi.utia.cas.cz/files/imagej_api.pdf
http://rsb.info.nih.gov/ij/
http://www.icmr.ucsb.edu/programs/3DWorkshop/Uchic-2015_FIJI_Tutorial.pdf
http://fiji.sc/TrakEM2

References

  1. Kasahara, A., Scorrano, L. Mitochondria: from cell death executioners to regulators of cell differentiation. Trends Cell Biol. 24, 761-770 (2014).
  2. Friedman, J. R., et al. ER tubules mark sites of mitochondrial division. Science. 334, 358-362 (2011).
  3. Bereiter-Hahn, J., Voth, M., Mai, S., Jendrach, M. Structural implications of mitochondrial dynamics. Biotechnol J. 3, 765-780 (2008).
  4. Campello, S., Scorrano, L. Mitochondrial shape changes: orchestrating cell pathophysiology. EMBO Rep. 11, 678-684 (2010).
  5. Trimmer, P. A., et al. Abnormal mitochondrial morphology in sporadic Parkinson’s and Alzheimer’s disease cybrid cell lines. Exp Neurol. 162, 37-50 (2000).
  6. Chen, H., Chan, D. C. Mitochondrial dynamics–fusion, fission, movement, and mitophagy–in neurodegenerative diseases. Hum Mol Genet. 18, 169-176 (2009).
  7. Li, Z., Okamoto, K., Hayashi, Y., Sheng, M. The importance of dendritic mitochondria in the morphogenesis and plasticity of spines and synapses. Cell. 119, 873-887 (2004).
  8. Romanello, V., et al. Mitochondrial fission and remodelling contributes to muscle atrophy. EMBO J. 29, 1774-1785 (2010).
  9. Szabadkai, G., et al. Drp-1-dependent division of the mitochondrial network blocks intraorganellar Ca2+ waves and protects against Ca2+-mediated apoptosis. Mol Cell. 16, 59-68 (2004).
  10. Yu, T., Robotham, J. L., Yoon, Y. Increased production of reactive oxygen species in hyperglycemic conditions requires dynamic change of mitochondrial morphology. Proc Natl Acad Sci U S A. 103, 2653-2658 (2006).
  11. Scheckhuber, C. Q., et al. Reducing mitochondrial fission results in increased life span and fitness of two fungal ageing models. Nat Cell Biol. 9, 99-105 (2007).
  12. Scheibye-Knudsen, M., Fang, E. F., Croteau, D. L., Wilson, D. M., 3rd, V. A., Bohr, Protecting the mitochondrial powerhouse. Trends Cell Biol. 25, 158-170 (2015).
  13. Macke, J. H., et al. Contour-propagation algorithms for semi-automated reconstruction of neural processes. J Neurosci Methods. 167, 349-357 (2008).
  14. Parikh, S. The neurologic manifestations of mitochondrial disease. Dev Disabil Res Rev. 16, 120-128 (2010).
  15. Frye, R. E., Rossignol, D. A. Mitochondrial dysfunction can connect the diverse medical symptoms associated with autism spectrum disorders. Pediatr Res. 69, 41-47 (2011).
  16. Beal, M. F. Mitochondrial dysfunction in neurodegenerative diseases. Biochim Biophys Acta. 1366, 211-223 (1998).
  17. DiMauro, S., Schon, E. A. Mitochondrial disorders in the nervous system. Annu Rev Neurosci. 31, 91-123 (2008).
  18. DiMauro, S., Schon, E. A. Mitochondrial respiratory-chain diseases. N Engl J Med. 348, 2656-2668 (2003).
  19. Calkins, M. J., Manczak, M., Mao, P., Shirendeb, U., Reddy, P. H. Impaired mitochondrial biogenesis, defective axonal transport of mitochondria, abnormal mitochondrial dynamics and synaptic degeneration in a mouse model of Alzheimer’s disease. Hum Mol Genet. 20, 4515-4529 (2011).
  20. Anitha, A., et al. Downregulation of the expression of mitochondrial electron transport complex genes in autism brains. Brain Pathol. 23, 294-302 (2013).
  21. Misgeld, T., Kerschensteiner, M., Bareyre, F. M., Burgess, R. W., Lichtman, J. W. Imaging axonal transport of mitochondria in vivo. Nat Methods. 4, 559-561 (2007).
  22. Takihara, Y., et al. In vivo imaging of axonal transport of mitochondria in the diseased and aged mammalian CNS. Proc Natl Acad Sci U S A. 112, 10515-10520 (2015).
  23. Shepherd, G. M., Harris, K. M. Three-dimensional structure and composition of CA3→CA1 axons in rat hippocampal slices: implications for presynaptic connectivity and compartmentalization. J Neurosci. 18, 8300-8310 (1998).
  24. Wang, C., et al. Dynamic tubulation of mitochondria drives mitochondrial network formation. Cell Res. 25 (10), 1108-1120 (2015).
  25. Glancy, B., et al. Mitochondrial reticulum for cellular energy distribution in muscle. Nature. 523, 617-620 (2015).
  26. Chen, H., Chan, D. C. Mitochondrial dynamics in mammals. Curr Top Dev Biol. 59, 119-144 (2004).
  27. Chavan, V., et al. Central presynaptic terminals are enriched in ATP but the majority lack mitochondria. PLoS One. 10, e0125185 (2015).
  28. Peddie, C. J., Collinson, L. M. Exploring the third dimension: volume electron microscopy comes of age. Micron. 61, 9-19 (2014).
  29. Harris, K. M., et al. Uniform serial sectioning for transmission electron microscopy. J Neurosci. 26, 12101-12103 (2006).
  30. Hayworth, K. J., et al. Imaging ATUM ultrathin section libraries with WaferMapper: a multi-scale approach to EM reconstruction of neural circuits. Front Neural Circuits. 8, 68 (2014).
  31. Bushby, A. J., et al. Imaging three-dimensional tissue architectures by focused ion beam scanning electron microscopy. Nat Protoc. 6, 845-858 (2011).
  32. Denk, W., Horstmann, H. Serial block-face scanning electron microscopy to reconstruct three-dimensional tissue nanostructure. PLoS Biol. 2, e329 (2004).
  33. Leighton, S. B. SEM images of block faces, cut by a miniature microtome within the SEM – a technical note. Scan Electron Microsc. , 73-76 (1981).
  34. Briggman, K. L., Denk, W. Towards neural circuit reconstruction with volume electron microscopy techniques. Curr Opin Neurobiol. 16, 562-570 (2006).
  35. Shomorony, A., et al. Combining quantitative 2D and 3D image analysis in the serial block face SEM: application to secretory organelles of pancreatic islet cells. J Microsc. 259, 155-164 (2015).
  36. Pinali, C., Kitmitto, A. Serial block face scanning electron microscopy for the study of cardiac muscle ultrastructure at nanoscale resolutions. J Mol Cell Cardiol. 76, 1-11 (2014).
  37. Miyazaki, N., Esaki, M., Ogura, T., Murata, K. Serial block-face scanning electron microscopy for three-dimensional analysis of morphological changes in mitochondria regulated by Cdc48p/p97 ATPase. J Struct Biol. 187, 187-193 (2014).
  38. Traka, M., et al. WDR81 is necessary for purkinje and photoreceptor cell survival. J Neurosci. 33, 6834-6844 (2013).
  39. Ohno, N., et al. Mitochondrial immobilization mediated by syntaphilin facilitates survival of demyelinated axons. Proc Natl Acad Sci U S A. 111, 9953-9958 (2014).
  40. Deerinck, T. J., Bushong, E. A., Thor, A., Ellisman, M. H. . NCMIR methods for 3D EM: A new protocol for preparation of biological specimens for serial block face scanning electron microscopy. , (2010).
  41. Ohno, N., et al. Myelination and axonal electrical activity modulate the distribution and motility of mitochondria at CNS nodes of Ranvier. J Neurosci. 31, 7249-7258 (2011).
  42. Hammer, S., Monavarfeshani, A., Lemon, T., Su, J., Fox, M. A. Multiple Retinal Axons Converge onto Relay Cells in the Adult Mouse Thalamus. Cell Rep. 12, 1575-1583 (2015).
  43. Kasthuri, N., et al. Saturated Reconstruction of a Volume of Neocortex. Cell. 162, 648-661 (2015).
  44. Conchello, J. A., Lichtman, J. W. Optical sectioning microscopy. Nat Methods. 2, 920-931 (2005).
  45. Denk, W., Strickler, J. H., Webb, W. W. Two-photon laser scanning fluorescence microscopy. Science. 248, 73-76 (1990).
  46. Bohorquez, D., Haque, F., Medicetty, S., Liddle, R. A. Correlative Confocal and 3D Electron Microscopy of a Specific Sensory Cell. J Vis Exp. , e52918 (2015).
  47. Fiala, J. C. Reconstruct: a free editor for serial section microscopy. J Microsc. 218, 52-61 (2005).
  48. Cardona, A., et al. TrakEM2 software for neural circuit reconstruction. PLoS One. 7, e38011 (2012).
  49. Helmstaedter, M., Mitra, P. P. Computational methods and challenges for large-scale circuit mapping. Curr Opin Neurobiol. 22, 162-169 (2012).
  50. Helmstaedter, M., Briggman, K. L., Denk, W. High-accuracy neurite reconstruction for high-throughput neuroanatomy. Nat Neurosci. 14, 1081-1088 (2011).
  51. Saalfeld, S., Cardona, A., Hartenstein, V., Tomancak, P. CATMAID: collaborative annotation toolkit for massive amounts of image data. Bioinformatics. 25, 1984-1986 (2009).
  52. Giuly, R. J., Martone, M. E., Ellisman, M. H. Method: automatic segmentation of mitochondria utilizing patch classification, contour pair classification, and automatically seeded level sets. BMC Bioinformatics. 13, 29 (2012).
  53. Jakobs, S., Wurm, C. A. Super-resolution microscopy of mitochondria. Curr Opin Chem Biol. 20, 9-15 (2014).

Play Video

Cite This Article
Mukherjee, K., Clark, H. R., Chavan, V., Benson, E. K., Kidd, G. J., Srivastava, S. Analysis of Brain Mitochondria Using Serial Block-Face Scanning Electron Microscopy. J. Vis. Exp. (113), e54214, doi:10.3791/54214 (2016).

View Video