подтипов<em> Campylobacter jejuni</em> Подвид.<em> doylei</em> Изолятов Использование PhyloProteomics Масс-спектрометрия на основе (MSPP)

В течение последнего десятилетия, время пролета масс – спектрометрии матричной лазерной десорбцией ионизации (MALDI-TOF MS) выдвигала быть высоко оценен стандартным методом микробного рода и видовой идентификации в клинической микробиологии ^{1, 2.} идентификация видов основан на регистрации небольших белковых отпечатков пальцев интактных клеток или клеточных лизатов. Типичный диапазон массы для масс-спектрометра, используемого в обычной клинической микробиологии является 2-20 кД. Кроме того, в результате чего спектры могут быть использованы для различения деформаций на ниже видов и ниже подвида уровня ^3. Ранние пионерские исследования выявили специфические ионы биомаркеров для конкретной подгруппы штаммов в Campylobacter jejuni ⁴ Clostridium несговорчивый ^5, сальмонелла энтерика подвид. enterica серовар Typhi ^6, стафилококк ^{7 – 9,} и Escherichia палочка ^{10 – 12.}

Сочетание нескольких переменных масс биомаркеров, соответствующих аллельных изоформ дает возможность для более глубокого подтипов. Ранее мы успешно реализовали метод для преобразования этих вариаций массовых профилей в значимых и воспроизводимых phyloproteomic отношений , называемых массовых phyloproteomics основе спектрометрия (MSPP) на C. jejuni подвид. Коллекция jejuni изолят ^13. МОЗН может быть использован масс-спектрометрический, эквивалентную последовательности ДНК методов подтипов, основанных как последовательности мультилокусная ввода (MLST).

Виды Campylobacter являются основной причиной бактериального гастроэнтерита во всем мире ^{14, 15.} Как следствие Кампилобактериоз Постинфекционный осложнением, а именно, синдром Гийена – Барре, реактивный артрит и воспалительное заболевание кишечника может возникнуть ^16. Основными источниками инфекции являютсязараженного мяса скота из курицы, индейки, свиней, крупного рогатого скота, овец и уток, молока и поверхностных вод ^{15, 17.} Поэтому регулярные эпидемиологические исследования наблюдения в контексте безопасности пищевых продуктов необходимы. MLST является "золотым стандартом" в молекулярное типирование для Campylobacter видов ^18. Поскольку Сангер-секвенирования на основе метода MLST является трудоемким, требует много времени и относительно дорогой, MLST набрав ограничивается относительно небольшими изолят когорты. Таким образом, существует потребность в более дешевых и быстрых методов подтипов. Эта потребность может быть выполнено с помощью методов масс-спектрометрических как MSPP.

Эта статья представляет собой подробный протокол для MSPP-ввода с помощью набора Campylobacter jejuni подвида. Doylei изоляты и сравнение его потенциал с MLST.