Summary

色素の実験とシミュレーションを使用したベッドフォームを通じてHyporheicフローの可視化

Published: November 18, 2015
doi:

Summary

This manuscript describes how to create regular bedforms in a flume, visualize flow through the bedforms, and use computer simulations to simulate the hyporheic flow. The computer simulations compare well with the experimental observations. This coupled simulation and experiment is well-suited for both research and educational purposes.

Abstract

河川環境でhyporheic為替と呼ばれる堆積物の孔空間と重なる水柱、間の移流交換は、川や多くの重要な生物地球化学的プロセス中の溶質の輸送を駆動します。ビジュアルデモを通じてこれらのプロセスの理解を改善するために、我々は、マルチエージェントコンピューターモデリングプラットフォームNetLogoにhyporheic流れのシミュレーションを作成しました。シミュレーションは、2次元のベッドフォームで覆われた河床を流れる仮想トレーサーを示しています。土砂、流量、及び堆積形態の特徴は、モデルの入力変数として使用されています。私たちは、これらのシミュレーションは、測定された入力パラメータに基づいて、実験室での水路実験からの実験観察と一致している方法を示しています。染料は、間隙水の流れを可視化するために水路堆積物内に注入されます。比較のために、仮想トレーサー粒子は、シミュレーションにおいて同じ位置に配置されます。この結合されたシミュレーションと実験室実験は、学部とgraduaで正常に使用されていますTE研究所が直接川間隙水の相互作用を可視化し、物理ベースのフローシミュレーションは環境現象を再現する方法を示します。学生は、透明な水路の壁を通ってベッドの写真を取って、シミュレーションで同じ時間に色素の形状にそれらを比較しました。これは、学生がより良い流れのパターンと数学的モデルの両方を理解することは許され非常によく似た傾向をもたらしました。シミュレーションは、ユーザが迅速に複数のシミュレーションを実行することにより、各入力パラメータの影響を視覚化することを可能にします。このプロセスはまた、基本的なプロセスを例示界面フラックスおよび間隙水の輸送に関連し、定量的なプロセスベースのモデリングを支援するための研究用途に使用することができます。

Introduction

ストリーム、川、あるいは潮間帯における地表水が移動すると、それはへと堆積物1から水を駆動ヘッド勾配を作成します。河川のシステムではこの交換が発生した河床堆積物の一部がhyporheicゾーン2,3として知られています。多くの栄養素や汚染物質は、保存された堆積、またはhyporheicゾーン4-9内変換されるため、このゾーンは重要です。トレーサーが土砂に費やす時間の量は、滞留時間と呼ばれています。両方の滞留時間と流路の位置は、変換プロセスに影響を与えます。土砂を通る流れに影響を与えるプロセスの改善された理解は、河川での溶質の輸送を予測し、そのような栄養素( 例えば、沿岸低酸素症10,11)などの材料の伝播に起因する大規模な環境問題に対処するために必要とされています。 hyporheic交流の重要性にもかかわらず、それは多くの場合、水文学における学部のコースで説明されていません、そのコースにhyporheic交換を追加することを望む流体力学、水理学などの教育者は、それが便利はっきりこのプロセスを示した実験と数値ビジュアライゼーションを持って見つけることができます。

ストリームチャネル曲がりくねり、周囲の地下水位と河床地形( すなわち、バー、ベッドフォーム、および生体塚)は、すべての様々な程度12-17にhyporheic為替に影響を与えます。この研究は、通常hyporheic流れ14,15に影響を与える重要な地形の特徴であり、このような砂丘やリップルなどのベッドフォーム、に焦点を当てました。私たちは、ベッドフォームの定期的な一連の流れを可視化する数値シミュレーションと実験室実験を作成しました。このシミュレーションはhyporheic流路に容易に観察可能なシステム特性15,18-21に関連する先行研究のボディをベースにしています。本研究は、シミュレーションのための科学的背景を形成しているように、理論の重要な側面の概要は以下の通りです。堆積形態地形、T(x)は、次式で与えられます。

式1:
式(1)

Hは、二回堆積形態の振幅であり、kは波数であり、xは平均河床表面に縦寸法に平行です。この堆積形態地形の例が図1に示されています。

図1
図1.パラメータの定義と設定は、ユーザによって制御される。 インターフェイスでは、トレーサー粒子を水/堆積物界面におけるフラックス加重的に放出され、土砂を通じて追跡します。 ショーパスか ?彼らは、そのパスを示すされた水のトレーサーマーク「ON」です。トレーサーは、表面水に戻ると、これは、Tを変更します彼は、システム内のトレーサーの総数、 再降下は?「オフ」に設定されています。累積滞留時間分布プロットは、時間の関数としての初期数に堆積物層に残っているトレーサーの数の比をプロットすることにより、この変化を示しています。 再ドロップした場合その後、システムを残すトレーサーは、元の粒子と同じフラックス加重的に置換され、累積プロットが無効になっている「オン」である。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

<tD> チェックマーク
パラメータ名 単位 定義 インタフェース Mousedrop
ラムダ(λ) cm 堆積形態の波長(図1参照)。</ TD> チェックマークチェックマーク
BedformHeight(H) cm 再度堆積形態の振幅(図1参照) チェックマークチェックマーク
BedDepth(D) cm 堆積物の深さ(図1参照) チェックマークチェックマーク
HydrCond(K) CM / sの透水チェックマークチェックマーク
気孔率(θ) 気孔率チェックマークチェックマーク
ChannelVelocity(U) CM / sの地表水またはチャネルの平均速度チェックマークチェックマーク
深さ(d)の cm 水の深さ(図1参照) チェックマークチェックマーク
勾配(S) ベッドフォームのスロープと水面チェックマーク
NumParticles 粒子の数は、システム内に放出。 チェックマーク
TIMEX(時刻1、タイム2 ..) 各色の変化が起こる時間チェックマーク
シミュレーションボタン 定義 インタフェース Mousedrop
セットアップ示されたパラメータを用いたシミュレーションをのを設定しますチェックマークチェックマーク
停止/行きます起動し、シミュレーションを停止チェックマークチェックマーク
ステップをクリックすると、合格するために1時間ステップが発生します。これにより、ユーザーはコードを遅くし、100秒で起こる正確に確認することができます。 チェックマーク
明確なパス画面からすべての彼の青色粒子のパスをクリアしますチェックマークチェックマーク
次回に進みますこれは、プログラムが次の色の変化時間(タイメックス)まで実行させますチェックマーク
マウスドロップ粒子が地下での場所をクリックすることで、表面下に置くことができる前に、このボタンをクリックする必要があります。 チェックマーク
ショーパス? ショーパス場合はどうなりますか?水粒子は、彼らがされている青色の上映の跡を残して「ON」である(図1を参照)。 チェックマークチェックマーク
再ドロップ? 再ドロップした場合?粒子は、システムを終了し、すべての粒子、フラックス加重的に置換され、累積プロットが機能しない「ON」です。ときパルティCLEは、再ドロップした場合、システム内の粒子数が減少hyporheicゾーンを出ますか? 「オフ」である(図1参照)。 チェックマーク

ユーザによって調節することができる。表1 Hyporheicパラメータとシミュレーションを制御します。各パラメータは、ボタン、スライダは、定義と一緒に、この表に示されています。

このシミュレーションでは、2つのプロセスが砂床内の流体速度を誘導します。最初はベッドフォームを使用してストリームの流れの相互作用に起因するものです。ベッドフォームによって誘導された水/堆積物界面における速度ヘッドもほぼ正弦波であり、堆積形態自体22から1/4波長だけシフト。表面地下界面における速度ヘッド関数の振幅は、16のように測定値から近似されています:

<p class="jove_content" fo:keep-together.within-pa GE = "常に"> 式2:
式(2)

Uは、平均表面水の速度であり、gは重力定数であり、dは( 図1に示す)の水の深さです。速度ヘッドの機能は、次に次式で与えられます。

式3:
式3

このヘッド関数は、一定の砂床の深さ20をラプラス方程式を解くことにより地下速度関数の堆積形態ベースの成分を計算することができます。間隙水の速度の第二の成分は、収量はに比例し、下流方向に流れることを重力ヘッド勾配に対応するシステム、Sの傾きによって決定されますS / ftp_upload / 53285 / 53285eq_S_inline.jpg "/>間隙水の速度の最終的な機能は次のとおりです。

式4:
式(4)

式5:
式(5)

uは 、長手方向速度成分であり、vは垂直方向速度成分であり、Kは、堆積物の平均透水係数は、堆積物の平均空隙率であり 、Y 垂直座標であり、Dは、堆積物の深さです。

NetLogoモデリング言語とシミュレーションプラットフォーム23を使用して作成された粒子追跡シミュレーション、。 2つの実装(Mousedrop.nlogoとInterface.nlogo)はHYPをモデル化するために、これらの式を使用同じシミュレーションコアとorheic流れ。主な違いは、トレーサ粒子の初期の位置である。Mousedropは、ユーザーが任意の場所に地下内でシミュレートされたトレーサーを配置することができます。地下速度方程式4及び5は、色素注入実験をシミュレートするために、トレーサーを移動させるために使用されます。 インターフェイスでは、トレーサーは常にフラックス加重方法で表面/表面下の境界に沿って配置されています。これはhyporheic交換を理解するために不可欠である間隙水、に地表水から溶解懸濁物質の送達を模倣。それが再び河川水に達するまでトレーサーはその後、地下内を移動します。水路中の染料のパスをトレースし、NetLogoを使用してパスをシミュレートする限り、流動条件と堆積形態の形態は、観察期間中に安定したままのように、流れ場の流線をもたらす。Interface.nlogoを示しており、累積滞留時間分布を作成しますの数の比時間の関数として、時間0に配置されたトレーサー粒子の初期数に堆積物中に残留するトレーサー粒子。

最近の文献調査24で説明したように、実践的な実験室での実験のシミュレートラボやコンピューターモデル対の相対的な利点についての教育研究コミュニティの中でかなりの議論が残っています。一方で、いくつかは、コスト削減の引数がを犠牲にし、コンピュータベースのシミュレーションによってハンズオンラボ活動の交換に燃料を供給することができること25、および注意」を実地体験学習の中心にある」と感じています学生の理解26。一方、科学/工学教育におけるいくつかの研究者は、シミュレーションは、伝統的なハンズオンラボ27と少なくとも同程度に効果的である、または学生中心の「発見学習」28の育成にコンピュータシミュレーションのメリットを議論することを主張しています。コンセンサスが再されていないが痛い、多くの研究者は、理想的には、コンピュータシミュレーションは、実験室での実験29,30ハンズオン、補完ではなく、取って代わるべきである、と結論しています。また、現象のコンピュータシミュレーションでセンシング同時にカップル物理実験や実世界の科学と工学教育の中の取り組みが行われてきました。 「二焦点モデル」31、 例えば 、参照してください。

学生はより深い概念の知識と物理システム、およびそのシステムのコンピュータベースのシミュレーションの両方と相互作用することによって、科学的研究プロセスのより良い理解を得ることができます。この手順では、学生が重力と堆積形態によって誘発されるhyporheic交換の流れを示している溶質の輸送実験を行い、独自の実験と同じ現象のコンピュータシミュレーションでの結果と一致したことを含みます。この比較は重要な学生の学習成果を促進し、およびtのより深い議論彼の科学的方法、およびデータ・コレクションをモデル/理論構築と実証的検証の間の相互作用。この比較を行った後、学生はまた、迅速にモデルのパラメータを変更することによって、代替シナリオの多くを探索するために、コンピュータベースのシミュレーションの利点を取ることができます。

Protocol

1.シミュレーションソフトこのセクションで説明されているソフトウェアを使用してください。 ダウンロードしてインストールフリー/オープンソースのマルチエージェントモデリング言語およびシミュレーションプラットフォームを、NetLogo(利用可能:http://ccl.northwestern.edu/netlogo/、バージョン5.1以降)。 注:このソフトウェアは無償…

Representative Results

実験と組み合わせてシミュレーションを使用することは、学生が理想化された数学的モデルと、より複雑な実際のシステムの類似点と相違点を観察することを可能にする。 図4は Mousedropシミュレーションと色素注入の写真を比較した例を示しています。最初の写真は、時間ゼロでのシミュレートされた染料トレーサーの配置を決定するために使用され、その後、シミュレ?…

Discussion

併せて、水路のデモと粒子追跡シミュレーションは、観客の範囲に対するhyporheic流れを総合的に紹介しています。すべてのレベルの参加者は、ベッドフォームによって誘発されるhyporheic交換、およびベッドフォームの下の地下流路に強い変動の発生を視覚的証拠を提供しています。これらの手順は、学部生やK-12学生のための間隙水の流れの簡単なデモとして使用することができ、またはそれ…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

This material is based upon work supported by National Science Foundation grants EAR-0810270, EAR-1215898, and EAR-1344280, as well as an NSF Graduate Research Fellowship.

Materials

Flume Engineering Laboratory Design Custom Laboratory flume with clear sides for 24-48 hours
Flowmeter Rosemount  8800 vortex  This is located inside the recirculation loop of the flume
Sand US. Silica F30 Research-grade sand to form a layer 10-20 cm deep throughout the flume
Dye Samples from food companies Water-soluble food grade dye made into an aqueous solution.  Dark colors like red, blue and green work best. (Avoid food dyes in propylene glycol)
Syringe HSW 4100.000V0 5-10 mL, e.g. HSW Norm-Ject 2-part disposable syringe
Pipetting Needle Cadence Science 7942 14-gage, 6-in blunt end,  to inject the dye deep into the sand.
Digital Camera Any Digital camera with steady tripod (Time lapse cameras can be used to collect rapid evenly spaced data.)  We used a Nikon D7000.
Ruler Any Transparent is best.
Measuring Tape Any
Netlogo Software CCL http://ccl.northwestern.edu/netlogo/
Mousedrop.nlogo Netlogo Commons 4259 http://modelingcommons.org/browse/one_model/4259
Interface.nlogo Netlogo Commons 4258 http://modelingcommons.org/browse/one_model/4258

References

  1. Huettel, M., Webster, I. T., Bordeau, B. P., Jørgensen, B. B. . Porewater flow in permeable sediments. In: The benthic boundary layer: Transport processes and biogeochemistry. , 144-179 (2001).
  2. Bencala, K. E., Walters, R. A. Simulation of Solute Transport in a Mountain Pool-and-Riffle Stream – a Transient Storage Model. Water Resour Res. 19, 718-724 (1983).
  3. Williams, D. D., Hynes, H. B. N. Occurrence of Benthos Deep in Substratum of a Stream. Freshwater Biol. 4, 233-255 (1974).
  4. Benner, S. G., Smart, E. W., Moore, J. N. Metal Behavior during Surface Groundwater Interaction, Silver-Bow Creek, Montana. Environ Sci Technol. 29, 1789-1795 (1995).
  5. Fuller, C. C., Harvey, J. W. Reactive uptake of trace metals in the hyporheic zone of a mining-contaminated stream, Pinal Creek, Arizona. Environ Sci Technol. 34, 1150-1155 (2000).
  6. Jones, J. B., Mulholland, P. J. . Streams and Ground Waters. , (1999).
  7. McKnight, D. M., et al. Spectrofluorometric characterization of dissolved organic matter for indication of precursor organic material and aromaticity. Limnol Oceanogr. 46, 38-48 (2001).
  8. Mulholland, P. J., et al. Inter-biome comparison of factors controlling stream metabolism. Freshwater Biol. 46, 1503-1517 (2001).
  9. Peterson, B. J., et al. Control of nitrogen export from watersheds by headwater streams. Science. 292, 86-90 (2001).
  10. Goolsby, D. A., Battaglin, W. A. Long-term changes in concentrations and flux of nitrogen in the Mississippi River Basin, USA. Hydrol Process. 15, 1209-1226 (2001).
  11. Rabalais, N. N., Smith, L. E., Harper, D. E., Justic, D. Effects of seasonal hypoxia on continental shelf benthos. Coast Est S. 58, 211-240 (2001).
  12. Huettel, M., Gust, G. Impact of bioroughness on interfacial solute exchange in permeable sediments. Mar Ecol Prog Ser. 89, 253-267 (1992).
  13. Cardenas, M. B., Wilson, J. L., Haggerty, R. Residence time of bedform-driven hyporheic exchange. Adv Water Resour. 31, 1382-1386 (2008).
  14. Stonedahl, S. H., Harvey, J. W., Detty, J., Aubeneau, A., Packman, A. I. Physical controls and predictability of stream hyporheic flow evaluated with a multiscale model. Water Resour Res. 48, (2012).
  15. Stonedahl, S. H., Harvey, J. W., Wörman, A., Salehin, M., Packman, A. I. A multiscale model for integrating hyporheic exchange from ripples to meanders. Water Resour Res. 46, (2010).
  16. Wörman, A., Packman, A. I., Marklund, L., Harvey, J. W., Stone, S. H. Fractal topography and subsurface water flows from fluvial bedforms to the continental shield. Geophys Res Lett. 34, (2007).
  17. Tonina, D., Buffington, J. M. A three-dimensional model for analyzing the effects of salmon redds on hyporheic exchange and egg pocket habitat. Can J Fish Aquat Sci. 66, 2157-2173 (2009).
  18. Elliott, A. H., Brooks, N. H. Transfer of nonsorbing solutes to a streambed with bed forms: Theory. Water Resour Res. 33, 123-136 (1997).
  19. Elliott, A. H., Brooks, N. H. Transfer of nonsorbing solutes to a streambed with bed forms: Laboratory experiments. Water Resour Res. 33, 137-151 (1997).
  20. Wörman, A., Packman, A. I., Marklund, L., Harvey, J. W., Stone, S. H. Exact three-dimensional spectral solution to surface-groundwater interactions with arbitrary surface topography. Geophys Res Lett. 33, (2006).
  21. Janssen, F., Cardenas, M. B., Sawyer, A. H., Dammrich, T., Krietsch, J., de Beer, D. A comparative experimental and multiphysics computational fluid dynamics study of coupled surface-subsurface flow in bed forms. Wat Resour Res. 48, (2012).
  22. Shen, H. W., Fehlman, H. M., Mendoza, C. Bed Form Resistances in Open Channel Flows. J Hydraul Eng-Asce. 116, 799-815 (1990).
  23. Ma, J., Nickerson, J. V. Hands-on simulated, and remote laboratories: A comparative literature review. Acm Comput Surv. 38, (2006).
  24. Nersessian, N. J. Conceptual change in science and in science education. Synthese. 80, 163-183 (1989).
  25. Magin, D., Kanapathipillai, S. Engineering students’ understanding of the role of experimentation. European Journal of Engineering Education. 25, 351-358 (2000).
  26. Shin, D., Yoon, E. S., Lee, K. Y., Lee, E. S. A web-based, interactive virtual laboratory system for unit operations and process systems engineering education: issues, design and implementation. Comput Chem Eng. 26, 319-330 (2002).
  27. Smith, P. R., Pollard, D. The Role of Computer-Simulations in Engineering-Education. Comput Educ. 10, 335-340 (1986).
  28. Gillet, D., Ngoc, A. V. N., Rekik, Y. Collaborative web-based experimentation in flexible engineering education. Ieee T Educ. 48, 696-704 (2005).
  29. Subramanian, R., Marsic, I. ViBE: Virtual biology experiments. Proceedings of the 10th international conference on World Wide Web. , 316-325 (2001).
  30. Blikstein, P., Fuhrmann, T., Greene, D., Salehi, S. Bifocal Modeling: Mixing Real and Virtual Labs for Advanced Science Learning. Proceedings of Idc 2012: The 11th International Conference on Interaction Design and Children. , 296-299 (2012).
  31. Freeze, R. A., Cherry, J. A. . Groundwater. , (1979).
  32. Todd, D. K., Mays, L. W. . Groundwater Hydrology. , (2005).
  33. Box, G. E., Draper, N. R. . Empirical Model-Building and Response Surfaces. , (1987).
  34. Flavell, J. H. Metacognition and cognitive monitoring: A new area of cognitive–developmental inquiry. American Psychologist. 34, 906 (1979).
  35. Bransford, J. D., Brown, A. L., Cocking, R. R. . How People Learn. , (2000).
  36. Pintrich, P. R. The role of metacognitive knowledge in learning, teaching, and assessing. Theor Pract. 41 (4), 219-225 (2002).
  37. Zohar, A., Ben David, A. Paving a clear path in a thick forest: a conceptual analysis of a metacognitive component. Metacogn Learn. 4, 177-195 (2009).
  38. Fox, A., Boano, F., Arnon, S. Impact of losing and gaining streamflow conditions on hyporheic exchange fluxes induced by dune-shaped bed forms. Water Resour Res. 50, 1895-1907 (2014).
  39. Norman, F. A., Cardenas, M. B. Heat transport in hyporheic zones due to bedforms: An experimental study. Water Resour Res. 50, 3568-3582 (2014).
  40. Precht, E., Huettel, M. Rapid wave-driven advective pore water exchange in a permeable coastal sediment. J Sea Res. 51, 93-107 (2004).
  41. Salehin, M., Packman, A. I., Paradis, M. Hyporheic exchange with heterogeneous streambeds: Laboratory experiments and modeling. Water Resour Res. 40, (2004).
  42. Cardenas, M. B., Wilson, J. L., Zlotnik, V. A. Impact of heterogeneity, bed forms, and stream curvature on subchannel hyporheic exchange. Water Resour Res. 40, (2004).
  43. Sawyer, A. H., Cardenas, M. B. Hyporheic flow and residence time distributions in heterogeneous cross-bedded sediment. Water Resour Res. 45, (2009).
  44. Boano, F., Camporeale, C., Revelli, R., Ridolfi, L. Sinuosity-driven hyporheic exchange in meandering rivers. Geophys Res Lett. 33, (2006).
  45. Cardenas, M. B. A model for lateral hyporheic flow based on valley slope and channel sinuosity. Water Resour Res. 45, (2009).
  46. Tonina, D., Buffington, J. M. Hyporheic exchange in gravel bed rivers with pool-riffle morphology: Laboratory experiments and three-dimensional modeling. Water Resour Res. 43, (2007).
  47. Harbaugh, A. W., Banta, E. R., Hill, M. C., McDonald, M. G. . MODFLOW-2000, the US Geological Survey modular ground-water model: User guide to modularization concepts and the ground-water flow process. , (2000).

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Stonedahl, S. H., Roche, K. R., Stonedahl, F., Packman, A. I. Visualizing Hyporheic Flow Through Bedforms Using Dye Experiments and Simulation. J. Vis. Exp. (105), e53285, doi:10.3791/53285 (2015).

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