Otomatik Modüler Yüksek Verimli Ekzopolisakkarit Tarama Platformu Oldukça hassas Karbonhidrat Parmak İzi Analizi ile birleştiğinde
Summary
We present an automated modular high-throughput-method for the identification and characterization of microbial exopolysaccharides in small scale. This method combines a fast preselection to analyze the total amount of secreted polysaccharides with a detailed carbohydrate fingerprint to enable the fast screening of newly isolated bacterial strains or entire strain collections.
Abstract
Birçok mikroorganizma üreten ve tıp alanları, gıda uygulamalarında ya petro-bazlı kimyasallar yerine önemli etkileri eksopolisakaridleri (EPS), salgılayan yeteneğine sahiptir. Biz türü ve mikroorganizmalar tarafından üretilen EPS miktarının hızlı ve güvenilir analiz sağlayan bir sıvı taşıma sistemi otomatik hale analitik platformu açıklar. Bu kullanıcı, yeni doğal mikrobiyal ekzopolisakkarit üreticileri tespit etmek ve yüksek verim (HT) bir gün içinde karşılık gelen polimerlerin karbohidrat parmak izi analizi sağlar. Bu platformu kullanarak, mühendislik yaklaşımlarına elde edilebilir gerilme koleksiyonları yanı sıra gerilme varyantları kütüphaneleri taranabilir. Platform iki ana bölüme protokolünün bir ayrılık sağlayan modüler kurulum vardır. İlk olarak, farklı bir polisakarit algılama modülleri birleştiren otomatik bir tarama sistemi vardır: Viscosit bir yarı-kantitatif analizibir santrifüjleme adımı alkol çökeltme yoluyla, polimer oluşumu, bir analiz ve bir fenol-sülfürik asit dönüştürme aracılığıyla toplam karbonhidrat içeriğinin belirlenmesi yoluyla Y oluşumu. Burada, dönemde başına 384 suşları kadar taranması mümkündür. İkinci bölüm, iki temel modülleri birleştirerek ilk bölümünde tanımlanmış tüm seçili EPS üreticileri için ayrıntılı bir monosakarit analizi sağlar: UV ve elektrosprey iyonizasyon iyon tuzağı algılama (birleştiğinde ultra yüksek performanslı sıvı kromatografisi ile tam bir monomer bileşiminin analizi UHPLC UV-ESI-MS) ile bir renk oluşumu ile birleştirilir enzimatik oksidasyon aracılığıyla, bir polimer ikame (piruvat ketal varlığı) ve piruvat belirlenmesi. Bu tarama platformun tüm analitik modüllerinin farklı şekillerde bir araya getirilmiş ve kişisel gereksinimlere göre ayarlanabilir. Buna ek olarak, hepsi elle hareket ettirilmesi veya bir sıvı taşıma sistemi ile gerçekleştirilebilir. Böylece, eleme plaTForm çeşitli EPS tanımlamak için büyük bir esneklik sağlar.
Introduction
Mikrobiyal eksopolisakaridlerin (EPS), çeşitli biyolojik fonksiyonları yerine getirir bir polimer yapısal yüksek gruptur. Genellikle, farklı monomer tipleri (şeker, şeker türevleri, şeker asitleri), bu monomerlerin ve ikameleri arasındaki bağlar ile ayırt edilir kompleksi tekrar birimlerinin, örülmüştür. Mikrobiyal polisakkaritler yapısal çeşitlilik gıda 1 gibi farklı alanlardaki uygulama sağlayan bu molekül sınıfına, kozmetik 2,3, inşaat kimya 4 veya su arıtma 5 üyelerine oldukça farklı özelliklere bahşeder. ayrıca yeni, doğal mikrobik polisakaritler tanımlanması ve yapısal varyantları tekniği umut vadeden yaklaşımlar temsil bu biyolojik bazlı ve sürdürülebilir polimerlerin uygulama alanını genişletmek için. Her iki durumda da, hızlı bir tarama yöntemidir hızla thei için mikrobiyal suşların geniş bir sayıda tarama için gereklidirr polisakkarit oluşumu ve ürünlerini analiz etmek. Bu nedenle, en son monomer bileşimin 6 belirlenmesini içeren, doğal izolatları ya da genetik mühendisliği suşu türevleri mikrobiyal polisakarit üretimi analizi için 96-çukurlu HT-görüntüleme platformunu geliştirdik.
~ 500 doğal izolatların bir ilk tarama turu için bu platformu uygulamak bize EPS üretmek mümkün varlık olarak yalnızca yaklaşık 10 İzole edilen suşların% 20 tespit izin (veriler gösterilmemiştir). Bu analiz suşların% 80-90 uygulanan koşullar altında EPS vermedi ve bu nedenle ayrıntılı bir karbohidrat parmak izi bir başka analizi, gerekli olmadığı anlamına gelmektedir. monomerik kompozisyon bu son derece sofistike kimlik olarak özellikle veri analizi için, hızlı bir ön tarama yöntemi, EPS üretimi olumlu suşları belirlemek için büyük ölçüde verimliliği artıracak, zaman alıcı bir süreçtir. Ayrıca, reaktifler,UHPLC-UV-ESI-MS de sarf malzemeleri ve ölçüm süresi azalacaktır. Bir yandan yöntem son derece güvenilir yaparken Buna ek olarak, farklı analitik modülleri paralel en az iki 96-yuvalı plakalar kılavuzu taşıma komplike Diğer taraftan, ve bu şekilde yöntemin tam potansiyelini sınırlamaktadır. Bu nedenlerden dolayı, biz otomatik tarama platformu geliştirmeye karar verdi. Bu nedenle, absorbans ölçümü dayalı olarak, toplam şeker içeriği tam otomatik hızlı bir algılama yöntemi mevcut karbohidrat parmak tekniğin modüler bir biçimde bir araya.
Fenol-sülfürik asit yöntemi hala bakteri ve bitki polisakkaritler 7,8 toplam karbonhidrat içeriğinin hızlı tayini için tercih yöntemi temsil eder. Bu yöntem, ilk 96-yuvalı plakalar 10,11 daha küçük ölçekli, farklı uygulamalar ve örnek boyutları için Dubois ve diğ. 9 ile tarif uyarlanmıştır. phenol-sülfürik asit yöntemi tüm monomerik, oligomerik ve örnekleri polimerik karbonhidrat summating, tek bir değere göre, toplam karbonhidrat içeriği ölçer.
dikkate bu yönleri alarak, uygun bir yetiştirme ortamının seçimi, bu yöntemin uygulanması için çok önemlidir. oligomerik veya maya özü gibi polimerik karbohidrat bileşikleri ihtiva eden kompleks ortam değişmiş bir polimer içeriğine yol açabilir ve bu nedenle, kesinlikle kaçınılması gerekmektedir. Bundan başka, şekerler, yüksek miktarlarda soylarının yetiştirilmesi için C-kaynağı olarak kullanılır. yetiştirme sürecinden kalan karbonhidratların yüksek seviyelerde olumsuz EPS içeriği ölçümü etkileyebilir.
Bu nedenle, tanımlanmış ve saf şekerler kullanılması tavsiye edilir. Deneylerimizde hücrelerinin kültivasyonu için glükoz kullanılır. yetiştirme sonrası kalan glukoz jel filtrasyon yoluyla indirgendi ve glikoz tahlili ile belirlendi. Son olarak, glukoz eşdeğeripolisakaritlerin s fenol-sülfürik asit yöntem ile tespit edilmiş toplam karbonhidrat içeriği jel filtreleme işleminden sonra kalan glukoz çıkarılarak hesaplanmıştır. fenol-sülfürik asit metodu ile kombinasyon halindeki jel filtre ve glukoz-deney güvenilir sonuçlar sağlar ve ilk, tamamen otomatik kontrol sistemi olma yeteneğine sahiptir.
çökeltme ve viskozitedeki bir artış gözlenmesi: İki yeni analitik modül EPS algılama sistemi bilgi miktarını artırmak için otomatik tarama platformu alındı.
Birçok farklı EPS – örneğin suksinoglikanlar, ksantan ve kolon asit 12 – şeker pozisyonları C4 ve C6 olmayan bir karbonhidrat piruvat ketal ile modifiye olduğu bildirilmektedir. (Sadece süksinil yarım esterleri ve üronik asitler gibi) bu piruvat ketaller fiziksel prope için, bu nedenle polianyonik doğaya katkıda bulunmak veiki değerlikli katyon köprüleri 13 vasıtasıyla etkileşim polimerin ilgili taraflar. bu özel polimerler belirlemek amacıyla piruvat belirlenmesi ek başka bir analiz modülü olarak kurulmuştur. Bu polisakkarit ikamesi ve potansiyel makroskopik özellikleri hakkında bilgi arttırır.
tüm modülleri birleştiren farklı EPS belirlenmesini yanı sıra EPS üreticilerinin hızlı ve etkin belirlenmesini sağlar. Bu yaklaşımla tarama platformu iki ana bölümden (Şekil 1) bölünebilir. Otomatik tarama (Bölüm I) iş akışı tam otomatik oluşur içinde (Tablo 1) hızla üreten suşlar EPS preselect için. karbonhidrat parmak izi analizi (Bölüm II) nicel önceden seçilmiş suşları tarafından üretilen EPS monomer bileşimi belirler. Böylece, veri analizi büyük gerilme koleksiyonları tarama optimize etmek için minimize edilmiştir. Butek otomatik tarama vadede ve günde 768 suşları günde mümkün olan iki çalışan ile 384 suşları analiz imkanı sunuyor. Ayrıca, karbonhidrat parmak izi analizi, tüm belirlenen EPS daha da ayrıntılı bir bakış sunuyor. Bu yönelik analiz ve EPS önce tarif kimyasal yapıları ile karşılaştırıldığında sadece biraz farklı EPS varyantları ya da tamamen yeni olanlar tanımlanmasını sağlar.
Protocol
Representative Results
Discussion
Fenol-sülfürik asit yöntemle Polisakarit tespiti: Farklı monosakaridler bu yöntemin 9 kullanımı ile farklı bir absorpsiyon maksimum ve molar sönüm katsayılarını gösteriyor. Bu, farklı miktarlarda çeşitli şekerler içeren polimerlerden farklı soğurma maksimumları ile sonuçlanır. 16 farklı ticari olarak temin edilebilir polimerler için absorpsiyon maksimum seviyesinin farklı dalga boylarının Tablo 5'de verilmiştir. Polimerler (1 g / L) içinde eritildi GKD 2 O (150 rpm), gece boyunca karıştırıldı ve fenol-sülfürik asit-yöntemi ile ölçülmüştür . Diutan sakız 470 nm ve skleroglukan ve hyaluronik asit 484 nm'de en yüksek, en düşük maksimum absorpsiyon gösterdi. Bu sonuçlara dayanarak 480 nm bu tarama platformu için seçildi. Polimerlerin göreceli emme (% 100 olarak ayarlanmış), 1 g / L glikoz elde edilen absorbansa göre hesaplandı. düşük sonuçlar% 92, her ikisi de skleroglukan ve süksinoglikan ile elde edilmiştir. Bu ihr olduskleroglukan sadece glikoz içerir ve süksinoglikan 7 oranında glikoz ve galaktoz içerdiği yansıtılmaktadır: 1 arasındadır. Hem ticari polimerler kurutma ve farklı kül içeriğinin farklı kayıplar, bu ~% 110 teorik değeri ulaşılamamıştır nedeni budur. Ksilan 311% ile en bağıl absorbans gösterdi. Bunun nedeni daha baskın furanoz forma ksiloz ulaşılan yüksek molar tükenme katsayısı. 0.1 g / L glukoz seviyesinde miktar sınırı ulaşıldı, hem de bir konsantrasyonda <0.05 g / L'de tespit limiti. Bununla birlikte, tarama pozitif suşları için tespit limiti daha yüksek 0.7 g / L ve bu nedenle, tahlil, iyi bir performans göstermiştir. güvenilir sonuçlar elde etmek için, jel-filtreleme sonra kalan glikozu, bir glikoz-tahlili ile belirlendi ve bu değer, fenol-sülfürik asit yönteminden değerinden çıkarıldı.
Otomatik glukoz-tahlil seyreltme: performansekimi (sulandırma 1: 100), daha sonra glukoz belirlenmesi araştırılmıştır. Bunun için, süpernatan 10 ul aspire ve seyreltme 180 ul dağıtma on kat ile derin oyuklu bir plaka içerisinde GKD 2 O 990 ul transfer edildi ve karıştırıldı. İkinci önemli bir adım jel filtrasyon sonrası glikoz tahlili 1:10 seyreltme için yalnızca 5 ul alikot doğru pipetleme idi. GKD 2 O seyreltme 25 ul oluşturmak için ilk 50 ul-ucu ile transfer edilmiştir, GKD 2 O ve 5 ul jel süzüntünün daha sonra 20 | il bir araya aspire edildi. Bu ucu dışarı 5 ul alikotununLH daha iyi uzaklaştırılmasını sağlar. Her ikisi de seyreltme adımları bir glikoz-tahlil yoluyla çeşitli glukoz standartları ile doğrulandı. İki örnek konsantrasyonları için sonuçları Tablo 6'da verilmiştir: 1. 100 seyreltme glukoz içeriğinin belirlenmesi için ekimi bir CV & # ile hem standartları yüksek hassasiyet gösterdi sonra60,% 1.2. Aynı zamanda, daha yüksek standartta için doğruluk 11.6 (% hatası) kadar oldu. glukoz belirlenmesi kültivasyonu takiben geriye kalan glukoz içeriği temsil eder ve bu nedenle, polimer, algılama için önemli değildir Ancak, bu ihmal edilebilir düzeydedir. Jel süzme sonra kalan glikoz 1:10 seyreltme CV <% 1,4 ve doğrulukla <% 2.1 hatası çok güvenilir sonuçlar göstermiştir.
buharlaşma göz önünde: tarama, ilk glukoz-tahlil ilk adım 3.5 saat gerektirir. Bu zaman çerçevesi kapatılmamış MTP depolama etkisinin olup olmadığını öğrenmek için, glukoz-tahlil kalibrasyon standartları 50 ul ve robot atlıkarınca 3,5 saat kapaksız saklandı. kalibrasyon aralığı (45-4,5 mg / L), numune konsantrasyonu hemen hemen artmıştır. Bir artış – buharlaşma nedeniyle -% 2,1 altında ve sadece iki düşük konsantrasyonlarda (1.8 ve 0.9 mg / L)% 12.4 kadar ulaşmıştır (oldu <strong> Tablo 7).
Jel filtrasyon: non-metabolize glikoz Yüksek miktarda hidrolize polimerden glikoz kantitatif tespiti rahatsız. Bu nedenle, bir jel filtrasyon aşaması, kültivasyondan sonra, kalan glukoz kaldırmak için gerekli oldu. Buna ek olarak, jel filtrasyon monomer analizinde analiz arka en aza indirmek için, glikoz daha tuzları ve monomerik karbohidrat bileşikler diğerlerinden süpernatan ihtiva eden polimer temizler. Jel filtrasyon adımında filtre 35 ul iyi merkezine yerleştirildi. otomatik sistemi içerisindeki jel-filtrasyon sağlamlığı doğrulama için, 9 g / L glikoz kadar 0.045 sekiz kalibrasyon standartları süzüldü (n = 8). Her konsantrasyon glükoz, her zaman ilk değer (Tablo 8)% 95'den daha fazla azalmıştır. Bu şekilde, jel filtrasyon glikoz çeşitli konsantrasyonlarda çok iyi sonuçlar elde edilmiştir. Buna ek olarak, diğer glukoz jel f sonra, filtrasyon da glukoz-testi ile belirlenmiştir ve hidrolize polimer için glukoz eşdeğeri doğru miktarda almak için fenol-sülfürik asit belirlenmesi çıkarıldı.
Piruvat-deney: Her şeyden önce, bu hidroliz aşamasından nötralize edildi ve seyreltildi (1:10), TFA-matris, enzimatik reaksiyonu kesintiye uğrattığı araştırılmıştır. Bu nedenle, tam tahlil ile bir kez ve bir kez matris olmadan, iki kez gerçekleştirilen ve güvenilir sonuçlar gösterdi. Son olarak, 16 ticari olarak temin edilebilen polimerlerin piruvat içeriği başarıyla ölçülmüş ve Şekil 3'te gösterilmektedir. Genel olarak, bu 16 polimerler arasından, sadece süksinoglikan ve ksantan doğal piruvat içeren bilinmektedir. Bizim piruvat-tahlil ile bu polimerlerin iki doğru bir şekilde tespit edilmiştir. skleroglukan olarak, velan sakızı ve ksilan piruvat da önemli miktarda tespit edilmiştir. Genel olarak, yaklaşım yeteneği onaylanmış ve piruvat-tahlil s olduyüksek performans howed. Bu hidroliz sonrası farklı polimerler içinde piruvat tespit etmek mümkün olduğu kanıtlanmıştır.
Karbonhidrat parmak izi: Otomatik tarama tüm analitik modülleri gerçekleştirdikten sonra, potansiyel EPS üreticileri karbonhidrat parmak izi analizi için seçildi. Bunun için, çeşitli kriterler uygulanmıştır: viskozite 1) pozitif bir gözlem santrifüj sonra ve / veya süzme sonrasında. 2) Yağış süzme öncesinde ve sonrasında. Gözlenen lifler ve yongalar olumlu olarak değerlendirilmiştir. fenol-sülfürik asit yöntemiyle 3) Glikoz eşdeğer değer. > 700 mg / L değerleri arasında pozitif olarak değerlendirilmiştir ve 300 ve 700 mg / L arasındaki değerler varsayılan EPS üreticileri olarak değerlendirilmiştir. iki ya da üç kriter pozitif olarak değerlendirilmesi durumunda, suşları daha karbohidrat parmak izi analizi için seçildi. Kriterler EPS tarama (örneğin, düşük viskoziteli EPS) bireysel amaca yönelik özelleştirilebilir. Bizim yaklaşım effici bulma amaçlıent üreticileri EPS. Sadece EPS küçük miktarlarda üretmek suşları ararken glikoz eşdeğeri değerlendirme sınırı azaltılmalıdır.
Teknik yarar ve gelecek uygulamalar: Bu protokolün ilginç bir özelliği adımlar ve farklı analitik modüllerin modüler karakteridir. Bunlar bireysel gereksinimlere göre ayarlanabilir, farklı şekillerde kombine edilebilir ve yeni modüller kolayca uygulanabilir. Ayrıca, analiz modülü ayrı ayrı kullanılabilir örneğin HT-PMP-türetme modülü ile bir arada hidroliz modülü 96 oyuklu bir formatta, farklı polimer çözeltileri (1 gr / lt) bir monomerik bileşimin analizi gerçekleştirebilir. tam tarama pipetleme şemasında herhangi bir değişiklik olmadan manuel olarak ele alınabilir bir sıvı taşıma sistemine erişimi kalmadan laboratuvarlar için. Ancak, sıvı taşıma sistemi kullanılarak en fazla 768 suşları (yerine Screene eğer 192 suşları verimi artırırgün başına) elle d. Burada açıklanan protokol farklı cins için bir tarama özelliğine sahiptir ve bu nedenle, yeni bir EPS üreticileri belirlemek ve bir yaklaşımı (Şekil 4) da karbohidrat parmak izi analizi büyük Strain collections'da taranması için kullanılabilir. Ayrıca, fukoz gibi nadir şekerler, üronik asitler ya da bilinmeyen bir şeker içeren polisakaridler için hedeflenen bir tarama detaylı bir monosakarit analizi ile yapılabilir. Ayrıca, tanımlanan oranlarda çeşitli şeker kombinasyonları tespit edilebilir. Bu zaten bilinen EPS veya yeni EPS yapısal olarak ilişkili türevleri basit tanımlanmasını sağlar.
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
We sincerely thank Thomas Howe and Jörg Carsten for the programming and technical support with the liquid handling systems.
Materials
| 96 well deep well plate 2.0 mL (DWP) | Greiner Bio-One | 780271 | Main-culture (CP 1-1 to 1-4), equilibration plates for gel-filtration (CP 1-6, 1-7, 2-6 and 2-7), 1:100 dilution for the glucose assay (CP 4-1 to 4-4) containing 990µl of ddH2O |
| Breathable Sealing Film | Axygen | BF-400-S | Incubation film for pre- and main-culture DWP |
| Aluminum Sealing Film | Axygen | PCR-AS-200 | -80 °C storage film for glycerol-stock plates |
| MCA96 Nested Disposable Tips 200 µl | TECAN | 30038619 | Worktable position (WTP 2-1 to 2-4) |
| A/B glass-filter-plate 1µm | Pall Corporation | PN 8031 | Stored on collector plate (CP 2-1 to 2-4) |
| 96-well micro titer plate V-Bottom | Greiner Bio-One | 651201 | Collector plate for filtration plate (CP 2-1 to 2-4) |
| 96-well SpinColumn G-25 | Harvard Apparatus | 74-5612 | Stored on washing DWP (CP 1-6, 1-7, 2-6 and 2-7) |
| 96-well micro titer plate V-Bottom | Nunc | 249944 | Collector plate for gel-filtration plate (CP 3-1 to 3-4) |
| Nested Disposable Tips SBS 50 µl tips | TECAN | 30038609 | Carousel position (CP 4-6, 4-7 and 5-1 to 5-6) |
| Trough 250 ml | Axygen | Res-SW96-HP | Water WTP 1-1, Glucose assay reagent-mix WPT 1-2, ammonium-acetat buffer pH 5.6 (CP 5-7) |
| 96-well micro titer plate F-Bottom (MTP) | Greiner Bio-One | 655101 | precipitation 1 (CP 6-1 to 6-4), pH-value (CP 7-1 to 7-4), precipitation 2 (CP 8-1 to 8-4), phenol-sulfuric-acid method (CP 8-5 to 8-8), glucose-assay (CP 9-1 to 9-9), dummy plates (WTP 3-1, 3-2) |
| 96-well silicon cap mat | Whatmann | 7704-0105 | Cover mat for MTP |
| 200 µl pipette tips | Sarstedt | 70.760.002 | For manually handling |
| 1000 µl pipette tips | Sarstedt | 70.762 | For manually handling |
| 96-well-PCR micro titer plate | Brand | 781350 | Hydrolysis, PMP-derivatisation |
| TPE (thermoplastic elastomer) cap mat | Brand | 781405 | Hydrolysis, PMP-derivatisation |
| Filter plate 0.2 µm Supor, | Pall Corporation | PN 8019 | Filtration of samples for UHPLC-ESI-MS analysis with a MTP collector plate |
| Pipette Tips LHS 5-300 µl | Brand | 732150 | Brand LHS system |
| ABTS (2.2-azino‑bis-(3‑ethylbenzthiazoline)-6-sulfonic acid) | Sigma-Aldrich | A1888 | Glucose-assay |
| Glucose oxidase | Sigma-Aldrich | G2133 | Glucose-assay |
| Horseradish peroxidase | Sigma-Aldrich | P6782 | Glucose-assay, pyruvat-assay |
| DA-64 (N-(Carboxymethylaminocarbonyl)-4.4'-bis(dimethylamino)-diphenylamine sodium salt) | Wako Chemicals GmbH | 043-22351 | Pyruvat-assay |
| Pyruvate oxidase | Sigma-Aldrich | P4591 | Pyruvat-assay |
| Potassium phosphate dibasic | Carl-Roth | P749.3 | Pyruvat- and glucose-assay |
| Potassium phosphate monobasic | Carl-Roth | 3904.3 | Pyruvat- and glucose-assay |
| Thiamine pyrophosphate | Sigma-Aldrich | C8754 | Pyruvat-assay |
| Magnesium chloride hexahydrate | Sigma-Aldrich | 31413 | Pyruvat-assay |
| 2-Propanol | VWR | 20922.466 | Precipitation |
| Phenol | VWR | 20599.231 | Phenol-sulfuric-acid method |
| Sulfuric acid | Carl-Roth | 4623.4 | Phenol-sulfuric-acid method |
| Trifluoroacetic acid | Sigma-Aldrich | T6508 | Hydrolysis |
| Ammonium solution | Carl-Roth | P093.1 | Hydrolysis, PMP-derivatization |
| Ethanol absolut | VWR | 20821.321 | Hydrolysis, PMP-derivatization |
| Phenol red | Alfa Aesar | B21710 | Hydrolysis, PMP-derivatization |
| 1-Phenyl-3-methyl-5-pyrazolone | Sigma-Aldrich | M70800 | PMP-derivatization |
| Methanol LC-MS | VWR | 83638.320 | PMP-derivatization |
| Acetonitril LC-MS | VWR | 83040.320 | PMP-derivatization |
| Acetic acid | Sigma-Aldrich | 338826 | PMP-derivatization, |
| Ethanol absolut | VWR | 20821.321 | PMP-derivatization |
| Methyl red | Alfa Aesar | 36667 | pH-value |
| Robotic liquid handling system | Tecan | Freedom EVO | Worktable setup in Figure 2 |
| Liquid handling station LHS | Brand | 709400 | Worktable setup in Figure 2 |
| Tip-Adapter | Brand | 709434 | Worktable setup in Figure 2 |
| Liquid Ends MC 20-300µL | Brand | 709416 | Worktable setup in Figure 2 |
| Adapter 60mm | Brand | 709430 | Worktable setup in Figure 2 |
References
- Milani, J., Maleki, G., Valdez, B. Ch. 2, Hydrocolloids in Food Industry. Food Industrial Processes – Methods and Equipment. 2, (2012).
- Thibodeau, A. Protecting the skin from environmental stresses with an exopolysaccharide formulation. Cosmet Toiletries. 120 (12), 81-90 (2005).
- Prajapati, V. D., Jani, G. K., Zala, B. S., Khutliwala, T. A. An insight into the emerging exopolysaccharide gellan gum as a novel polymer. Carbohydr Polym. 93 (2), 670-678 (2013).
- Schmidt, W., Brouwers, H. J. H., Kuehne, H. C., Meng, B. The working mechanism of starch and diutan gum in cementitious and limestone dispersions in presence of polycarboxylate ether superplasticizers. Appl. Rheol. 23 (5), 52903 (2013).
- Srinivasan, R. Natural Polysaccharides as Treatment Agents for Wastewater. Green Materials for Sustainable Water Remediation and Treatment. , 51-81 (2013).
- Rühmann, B., Schmid, J., Sieber, V. High throughput exopolysaccharide screening platform: From strain cultivation to monosaccharide composition and carbohydrate fingerprinting in one day. Carbohydr Polym. 122, 212-220 (2015).
- Ortega-Morales, B. O., et al. Characterization of extracellular polymers synthesized by tropical intertidal biofilm bacteria. J Appl Microbiol. 102 (1), 254-264 (2007).
- Xu, R., Ma, S., Wang, Y., Liu, L., Li, P. Screening identification and statistic optimization of a novel exopolysaccharide producing Lactobacillus paracasei HCT. Afr. J. Microbiol. Res. 4 (9), 783-795 (2010).
- Dubois, M., Gilles, K. A., Hamilton, J. K., Rebers, P. A., Smith, F. Colorimetric method for determination of sugars and related substances. Anal. Chem. 28 (3), 350-356 (1956).
- Masuko, T., et al. Carbohydrate analysis by a phenol-sulfuric acid method in microplate format. Anal Biochem. 339 (1), 69-72 (2005).
- Geater, C. W., Fehr, W. R., Wilson, L. A., Robyt, J. F. A more rapid method of total sugar analysis for soybean seed. Crop Sci. 41 (1), 250-252 (2001).
- Sutherland, I. W., Dumitriu, S. Ch 16, Microbial Exopolysaccharides. Polysaccharides Structural Diversity and Functional Versatility. , 431-457 (2005).
- Wingender, J., Neu, T. R., Flemming, H. C., Wingender, J., Neu, T. R., Flemming, H. C. What are Bacterial Extracellular Polymeric Substances?. Microbial extracellular polymeric substances: characterization, structure and function. , 258 (1999).
- Rühmann, B., Schmid, J., Sieber, V. Fast carbohydrate analysis via liquid chromatography coupled with ultra violet and electrospray ionization ion trap detection in 96-well format. J. Chromatogr. A. 1350, 44-50 (2014).
